- Et vastannut kysymyksiin:
Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?
Tarvitsetko apua tiedon etsinnässä?
Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä? - Ymmärrätkö lainkaan, mitä tarkoittaa, että solumme rakentavat vähintään 81 erilaista silmukointivarianttia Pax6 -jaksosta?
Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?
Kun näihin olet antanut nykytutkimukseen perustuvat oikeat vastaukset, voimme ehkä jatkaa keskustelua. - Koita nyt kiemurrella itsesi ulos kaiken sen disinformaation jälkeen, mitä olet suoltanut.
- Ethän sinä tuota tekstiä kopioimalla kerro mitään niistä mekanismeista tai informaatioprofiileista, joita solu tarvitsee erilaistuakseen oikein. Tuo Wikipedia-artikkeli kertoo signaalireiteistä ja solusignaloinnista. Jos tätäkin tutkitaan tarkemmin, niin havaitsemme, että sekä solun sisäinen että solujen välinen signaalinvälitys perustuu epigeneettisiin mekanismeihin. Olen kirjoittanut myös näistä kirjassani:
Epigenetic mechanisms and factors are essential in both intercellular and intracellular signaling, enabling cells to gather information about their processes and surroundings to react to changing conditions. Their role is crucial in the production of receptors and signaling proteins, which are responsible for detecting and responding to specific molecular messages. Receptors, complex protein structures located in cell membranes, the nuclear envelope, or even on DNA itself, recognize particular signals of natural induction and relay them further, often following a lock-and-key model. Receptors are almost invariably splice variants, meaning they are products of epigenetic regulation that influences their structure and function. Cells use various signaling molecules and proteins, many of which are not classified as epigenetic factors, but epigenetic mechanisms play a significant regulatory role in signaling pathways. These pathways are crucial for embryonic development, cell differentiation, metabolism, immunity, and various cell functions across most organisms. Through signaling pathways, cells obtain information about their inductive environment and regulate gene expression, often influencing an organism’s phenotype.
Prominent pathways include:
i. Hedgehog Signaling Pathway (Sonic Hedgehog, SHH)
This pathway is vital for embryonic development and cell differentiation. DNA methylation, histone modifications, and non-coding RNAs, especially microRNAs (miRNAs), regulate and control Hedgehog signaling37a. In this pathway, PTCH receptors, which are regulated through epigenetic splicing37b, play a central role.
ii. Wnt Signaling Pathway (Wnt/β-Catenin)
A group of signal transduction pathways crucial for cellular metabolism, tissue-specific cell differentiation, and the growth of tissues and organs. The Wnt pathway significantly affects the organism’s body plan*, or the development of limbs and organs. DNA methylation, histone modifications, and non-coding RNAs, particularly lncRNAs, direct and control Wnt signaling37, 38. (*Body plan is not written in DNA as we have been told – “genes” are not blueprint of life; blueprints are elsewhere, see later.)
iii. Transforming Growth Factor-Beta (TGF-β) Signaling
This pathway is essential for embryonic development, organ function, adaptive immunity, and tissue repair (e.g., wound healing). DNA methylation, histone modifications, and lncRNAs regulate TGF-β signaling39a, which relies on TGF-beta receptors for signal transmission. These receptors, a family of splice variants39b, are produced via alternative splicing.
iv. Receptor Protein Tyrosine Kinases
This is a special group of enzyme receptors embedded in cell membranes. To activate, they require pairing with another protein kinase receptor, forming a receptor pair, or dimer. These receptors relay phosphorylation-based messages to cells through complex pathways (illustrated in Image 20). Human cells contain 58 different tyrosine kinase receptors. These receptors play a crucial role in cell differentiation, immune responses, metabolism, and programmed cell death (apoptosis). Their function is controlled and regulated through histone modifications, DNA methylation profiles, and non-coding RNAs, particularly miRNAs40. Their reprogramming activity heavily depends on dietary factors41. Tyrosine kinase receptors are also splice variants, meaning they are generated through alternative splicing. Mutations in the DNA sequences that encode these receptors can lead to serious diseases, including cancer.
v. Notch Signaling Pathway
The Notch signaling pathway, utilizing four specific receptors, is crucial in cellular differentiation, growth, division, apoptosis, and survival under stress. It is particularly significant in neuron differentiation, playing a vital role in central nervous system development. This pathway is also regulated by DNA methylation profiles, histone epigenetic marks, and non-coding RNAs, particularly microRNAs43. The Notch receptors are splice variants, meaning their production relies on epigenetic guidance.
vi. vi. JAK/STAT Signaling Pathway
For immune function, the JAK/STAT pathway is a key communication system. It employs cytokines, protein messengers that, when binding to cytokine receptors, initiate the release and rapid transport of STAT proteins to the nucleus through nuclear pore complexes. Within the nucleus, STAT proteins act as transcription factors, initiating and modulating transcription. Cytokines, cytokine receptors, and STAT proteins are all splice variants, requiring epige... - Se on totta. En ymmärrä evoluutiosta yhtään mitään. Auta minua siis ymmärtämään evoluutiota; kerro, millä mekanismeilla se toimii ja näytä minulle evoluutiosta havainnoituja esimerkkejä. Tee aiheesta oma aloitus. Saat kopioida nämä minun kommenttini aloitukseen. Odottelen mielenkiinnolla....
- //joka pystyy tämän kämmekän pöyttämään//
Mitä tämäkin tarkoittaa? Opettele kirjoittamaan. - //Ja lähde näille on mikä?//
Tutki mitä tahansa 'genome annotation database':a ja huomaa, että ihmisessä on yli yhdeksän kertaa enemmän toiminnallisia lncRNA-molekyylejä kuin simpanssissa.
Muistatko niiden tehtäviä? Tuskin, koska todennäköisesti pidät niitä roskana. Olet tässäkin asiassa väärässä. - 1. Moos. 1:26 And God said, Let us make man in our image, after our likeness: and let them have dominion over the fish of the sea, and over the fowl of the air, and over the cattle, and over all the earth, and over every creeping thing that creepeth upon the earth.
27 So God created man in his own image, in the image of God created he him; male and female created he them.
Suunnitelma: in our image, after our likeness
Toteutus: In his own image
Tässä ei ole kysymys useista jumalista vaan siitä, että luomisessa olivat mukana Isä ja Poika, eli Jumala ja hänen poikansa Jeesus Kristus.
https://www.gotquestions.org/let-Us-make-man-in-Our-image.html
Ehkä on parempi, ettet ala vääristellä myös Raamattua, kuten teet nykyaikaiselle tieteelle. - Kun kerran tykkäät käyttää myös Wikipediaa, niin lukaisepa tämä. Wikipediakin tietää sinua paremmin, miten solun erilaistuminen tapahtuu. Tähän tietolähteeseen varmasti luotat.
https://en.wikipedia.org/wiki/Epigenetics_in_stem-cell_differentiation - BUAAAHHAAAHHHAAA!
Katsopa tuon linkkaamasi tutkimuksen lähdeluetteloa! Suurin osa viitteistä on 1980- ja 1990-luvuilta, osa jopa vuodelta 1901!
Ei ihme, että rakastat tätä tutkimusta! Ikivanhaa hölynpölyä! Noloa. - Ethän sinä edes tiedä, mikä on geeni.
- The_Raven: //Morfogeenit kertovat pitoisuuksien vaihtelulla soluille niiden paikan alkiossa ja näin käynnistävät solujen erilaistumisen.//
Tuo väite perustuu niin sanottuun morfogeenigradienttimalliin, joka on klassinen kehitysbiologinen teoria 1900-luvun puolivälistä. Ajatuksen mukaan morfogeenit (esim. signaalimolekyylit kuten Sonic Hedgehog, BMP:t, Wnt) muodostavat pitoisuusgradientin alkion kudoksiin. Solut tulkitsevat oman sijaintinsa tämän pitoisuuden perusteella ja käynnistävät spesifisiä geenien ilmentymisohjelmia, jotka johtavat erilaistumiseen.
Tämä malli tunnetaan erityisesti Lewis Wolpertin "positional information" -teoriasta, jonka hän esitti vuonna 1969. Wolpertin kuuluisa fraasi oli:
"It is not birth, marriage, or death, but gastrulation which is truly the most important time in your life."
Kuinka vanha tämä 'tieto' siis on?
Perusajatus on 1960-luvulta, ja se perustui lähinnä havaintoihin alkionkehityksestä, kuten selkärangan dorsoventraalisesta kaavoittumisesta ja raajojen kehityksestä. Tämä oli ennen kuin epigeneettisestä säätelystä tai ei-koodaavista RNA-molekyyleistä ymmärrettiin juuri mitään.
Mikä on nykykäsitys?
Vaikka morfogeenigradientit ovat todellisia ja toimivia tietyissä kehitysvaiheissa, nykykäsitys on paljon laajempi ja moniulotteisempi. Solujen erilaistuminen ei ole pelkästään seurausta pitoisuuseroista, vaan siihen osallistuvat:
Transkriptiotekijöiden vuorovaikutusverkostot (gene regulatory networks)
Epigeneettinen ohjelmointi, joka määrittää, mitkä solut ovat vastaanottavaisia morfogeeneille
Solujen välinen viestintä (esim. Notch/Delta-signaalit)
Solujen mekaaninen ympäristö ja kudosjännitykset
lncRNA:t ja mikroRNA:t, jotka säätelevät geeniekspressiota hienovaraisesti
Ajan dynamiikka: solujen vasteet muuttuvat kehityksen edetessä
Lisäksi on havaittu, että morfogeenien vaikutus on kontekstiriippuvaista – eli eri solut voivat reagoida samaan pitoisuuteen eri tavoin riippuen niiden epigeneettisestä tilasta.
Morfogeenigradientti on siis osa totuutta, mutta pelkkä pitoisuusgradientti ei selitä solujen erilaistumisen koko monimutkaisuutta. Jos joku esittää sen ainoa tai riittävä selityksenä, hän viittaa vanhentuneeseen, yksinkertaistettuun malliin. Tämä olisi kuin väittäisi, että tietokone toimii vain sähkövirran ansiosta – jättämättä huomioimatta logiikkapiirit, ohjelmistot ja arkkitehtuurin.
Päivitä siis tietosi, seniili. - Höpöhöpö. Kirjani on tarkistettu kolmeen kertaan ammattilaisten taholta ja siinä on 186 vertaisarvioitua tutkimusta lähdeviitteinä. Kirja on tietojensa puolesta ehdottoman ajantasainen toisin kuin sinun 1960-luvun höpinät.
- Solun epigeneettinen erilaistumisohjelma voidaan poistaa solusta ja palauttaa solu näin aina totipotentiksi kantasoluksi saakka, siis perustilaan, jossa solulla ei ole minkäänlaista epigeneettistä ohjelmaa. Tutkijat ovat jo oppineet poistamaan tietyt epigeneettiset informaatiokerrokset ja saaneet solun palautumaan erilaistumisessaan hallitusti askeleita taaksepäin96 aina totipotentiksi kantasoluksi saakka. Epigeneettisen informaation poistaminen on helppoa verrattuna tehtäviin, joissa tutkijoiden tulisi kirjoittaa soluun erilaistumiseen johtava toimiva epigeneettinen ohjelma. Kantasolut onkin luontevinta saattaa spesifiin erilaistumistilaansa hyödyntämällä solujen kommunikointimekanismeja; jo erilaistuneet solut alkavat ohjata kantasolun epigeneettistä ohjelmointia eli viemällä kantasoluja esim. vaurioituneeseen kudokseen, alkavat kudoksen terveet solut ohjelmoida kantasoluja epigeneettisesti, jolloin ne alkavat erilaistua kudoksen vaatimiin tehtäviin. Missä tämä monimutkainen ohjelmointikoodi sijaitsee, sitä ei kukaan tiedä. Ohjelmoinnin hoitavat immuunijärjestelmän ohjauksessa koodaamattomat RNA-molekyylit, erityisesti lncRNA:t, jotka välittävät epigeneettistä informaatiota kantasoluille. LncRNA-molekyyleillä vaikuttaa siis olevan erittäin suuri merkitys paitsi solun, myös kudoksen, elimen ja lopulta koko eliön rakenteelle, toiminnalle ja ominaisuuksille alkion-, sikiön- ja yksilönkehityksen näkökulmasta. Siksi eliöiden mahdollisia sukulaisuussuhteita tutkiessa tulisi verrata erityisesti lncRNA-molekyylien samankaltaisuutta. Esimerkiksi ihmisen ja simpanssin lncRNA-molekyylien eroavaisuudet ovat dramaattiset. Tähän palataan kirjan loppupuolella.
Kadonnut evoluutio: Voisiko sokea ja sattumaan perustuva evoluutio kehittää monimutkaiseen koodiin perustuvia solujen ohjelmointijärjestelmiä? - Lue lisää kirjastani:
"Ihmisen solujen erilaistuminen alkaa jo alkionkehityksen varhaisvaiheessa. Hedelmöittyneen munasolun ensimmäisten jakautumisten tuloksena muodostuu soluja, joita kutsutaan blastomeereiksi. Blastomeerit jatkavat jakautumistaan ja kunkin blastomeerin epigeneettisellä säätelyllä on ratkaiseva merkitys, minkä erilaistumislinjan solu saa. Toisen raskausviikon jälkeen erilaistumislinjat johtavat alkion peruskerrosten (ektodermi, mesodermi ja endodermi) muodostumiseen. Tätä vaihetta kutsutaan gastrulaatioksi. Jokaisella peruskerroksella on omat tehtävänsä ja niistä erilaistuu edelleen valtava määrä erityyppisiä soluja. Erityyppiset solut muodostavat erilaistuneita kudoksia. Erilaisista kudoksista rakentuu elimiä. Solujen tulee lisäksi kyetä kommunikoimaan keskenään, jotta koko kehon kattavat ohjaus- ja valvontajärjestelmät toimisivat oikein. Näitä ovat mm. immuunijärjestelmä sekä hermojärjestelmät. Jokainen solujen erilaistumisvaihe tarvitsee tarkasti ohjatun ja hienosäädetyn epigeneettisen ohjelmoinnin.
Erilaistumislinjoissaan solut eivät ole vielä valmiita toimimaan lopullisessa tehtävässään, vaan ne ovat eräänlaisia esisoluja tai valmiussoluja, joista edelleen ohjelmoimalla voi erilaistua useita erilaisia solutyyppejä. Tällaisia soluja kutsutaan pluripotenteiksi ja multipotenteiksi kantasoluiksi. Erilaistumisreiteillään soluilla on siis useita eri vaiheita, joista jokainen vaatii yksityiskohtaisen, atomintarkan ja usein oikea-aikaisen ohjelmointiproseduurin. Mitä pidemmälle solun erilaistuminen etenee, sitä vähemmän solulla on mahdollisuuksia erilaistua tarkemmin. Erilaistumislinjojen vaihtoehdot siis vähenevät erilaistumisen edetessä. Kantasolututkimus on nimennyt erilaistumislinjat seuraavasti:
Totipotentti --> Pluripotentti --> Multipotentti --> Oligopotentti --> Bipotentti
-->Unipotentti
Ihminen on kyennyt jo noin 15 vuoden ajan uudelleenohjelmoimaan soluja taaksepäin kohti pluripotenttia tilaa. Tällaisia soluja kutsutaan indusoiduiksi pluripotenteiksi kantasoluiksi (iPS-solut, iPSC:t). Menetelmä perustuu epigeneettisten informaatioprofiilien poistamiseen.
jatkuu... - //Morfogeenit kertovat pitoisuuksien vaihtelulla soluille niiden paikan alkiossa ja näin käynnistävät solujen erilaistumisen.//
BUAAHHAAHHAAAAA! Nyt en voi muuta sanoa kuin että repesin!!! Tuo käsitys on 1960-luvulta!!!
Voiko joku olla näin tietämätön??? Taidat olla ainakin 70-vuotias etkä ole päivittänyt opintojasi sityten 1970-luvun?
On ihan peruskauraa ymmärtää, että solujen erilaistuminen perustuu epigeneettiseen ohjelmointiin, mikä tarvitsee epigeneettiset informaatioprofiilit.
Ihan turha jatkaa keskusteluja kanssasi, koska olet niin laiska oppimaan. - Kutsutko tuota argumentiksi?
Trollihan sinä olet... - The_Raven käyttää 1990-luvun tutkimuksia tietolähteinä. MInun käyttämäni lähteet on kaikki 2010-luvulta tai sitä tuoreempia. Siinä on lähes 20 vuoden ero.
Voi tätä ironian määrää. - Olisiko siis The_Raven:in aika päivittää opinnot tälle vuosituhannelle? Voin auttaa sinua tiedonhaussa.
- //DNA:ssa on eliön ruumiinkaava.//
No kun ei ole. Kaikissa solutyypeissäsi paria poikkeusta lukuun ottamatta on sama DNA. Jos DNA säätelisi tai sanelisi ruumiinkaavan, ei olisi olemassa erilaisia soluja, kudoksia tai edes ruumiinkaavaa. Eikö näin yksinkertainen asia mene jakeluun???
Kerro ensin, miten vaihtoehtoinen silmukointi toimii.