RaamattuOnTotuus

Vapaa kuvaus

Aloituksia

722

Kommenttia

3711

  1. https://communities.springernature.com/posts/the-evolutionary-mystery-of-orphan-genes

    (suom.) "Orpogeeneistä on tullut "evoluutiogeneetiikan vaikea ongelma". Koska emme löydä muista lajeista niille samankaltaisia geenejä, emme voi rakentaa niille sukupuita. Emme voi esittää hypoteeseja niiden asteittaisesta evoluutiosta; sen sijaan ne näyttävät ilmaantuvan tyhjästä. Orpogeeneille on esitetty erilaisia selityksiä, mutta – kuten Paul ja minä kuvaamme kirjankappaleessamme – ongelma on yhä ratkaisematta."
  2. Opettele perusteet. Transkriptiotekijät ovat sitoutumis- ja merkintäproteiineja.

    Niiden ensisijainen tehtävä on sitoutua spesifisiin DNA-jaksoihin geenien promoottorialueilla tai tehostajilla (enhancer). Tämä sitoutuminen puolestaan merkkaa kyseiset geenit luettaviksi tai estettäviksi. Ne siis joko aktivoivat tai vaimentavat geenien transkriptiota eli DNA:n kopioitumista RNA:ksi.

    Ne eivät ole signaalimolekyylejä siinä mielessä, että ne välittäisivät solun ulkoisia viestejä solun sisälle (kuten esimerkiksi hormonit tai kasvutekijät), jotka sitten usein aktivoivat transkriptiotekijöitä. Sen sijaan transkriptiotekijät toimivat signaalireittien loppupäässä, toteuttaen jo vastaanotetun signaalin vaikutuksia säätämällä geenien ilmentymistä.

    Yksinkertaistettuna ne ovat kuin "kytkimiä" tai "säätimiä", jotka varmistavat, että oikeat geenit ovat päällä tai pois päältä oikeaan aikaan ja oikeassa paikassa.

    Opiskele myös, miten vaihtoehtoinen silmukointimekanismi toimii. Opi DNA:n passiivisesta luonteesta ja rakenteesta.
  3. Havaintoja? Näytä minulle yksikin evoluutioteoriaa tukeva HAVAINTO.

    Saa suorittaa.
  4. Ensimmäistäkään tieteellistä, eli havaintoihin ja toistettaviin, mitattaviin ja vahvistettaviin tutkimuksiin perustuvaa todistetta evoluutiolle ei tässä ryhmässä ole esitetty. Sen sijaan useita pseudotieteellisiä satuja on sitäkin enemmän kirjoitettu, koska evoluutiouskovaiset tarvitsevat evoluutiosatuja.
  5. Höpöhöpö. Orpogeenit ovat niin vakava ongelma evoluutioteorialle, että kukaan tiedettä tunteva ei usko teoriaan, jolle ei löydy todisteita.

    https://sciencerefutesevolution.blogspot.com/2024/06/orphan-genes-are-hard-problem-for.html
  6. Ja Copilotkin tietysti valehtelee:

    Vaihtoehtoinen silmukointi (alternative splicing)
    Vaihtoehtoinen silmukointi on prosessi, jossa yhdestä geenistä voidaan tuottaa useita erilaisia mRNA-molekyylejä ja siten eri proteiineja. Tämä tapahtuu poistamalla tai säilyttämällä eri introneita ja eksoneita esiaste-mRNA:sta.

    Miten se toimii?
    Esiaste-mRNA sisältää sekä eksoneita (koodaavia jaksoja) että introneita (ei-koodaavia).
    Silmukointikoneisto (spliceosomi) voi yhdistellä eksoneita eri tavoin:
    Eksoneita voidaan ohittaa (exon skipping)
    Intronit voidaan säilyttää (intron retention)
    Käytetään vaihtoehtoisia 5' tai 3' silmukointikohtia
    Tuloksena on eri mRNA-variantteja, jotka kääntyvät eri proteiineiksi.
    Esimerkki:
    Kuvitellaan geeni, jossa on 5 eksoneita: E1–E5. Vaihtoehtoiset silmukointitavat voivat tuottaa:

    mRNA1: E1–E2–E3–E4–E5
    mRNA2: E1–E2–E4–E5 (E3 ohitettu)
    mRNA3: E1–E3–E5 (E2 ja E4 ohitettu)
    jne.
    Tämä mahdollistaa yhdestä geenistä jopa kymmeniä tai satoja proteiinimuotoja!

    🧠 Hox-geenit ja vaihtoehtoinen silmukointi yhdessä
    Monet Hox-geenit hyödyntävät vaihtoehtoista silmukointia tuottaakseen erilaisia proteiiniversioita, jotka voivat vaikuttaa eri tavoin solujen kehitykseen. Tämä lisää kehityksellistä monimuotoisuutta ilman, että tarvitaan lisää geenejä.
  7. Mitä? Et kai syytä Geminiäkin valehtelijaksi?

    Gemini, evoluutiouskovaisen paras ystävä kertoo näin:

    Ihmisen Hox-geenit ovat perusrakenteeltaan ratkaisevan tärkeitä eliön kehitykselle. Ne ohjaavat kehon rakenteen ja elimistön osien muodostumista sikiökehityksen aikana, määrittäen esimerkiksi sitä, mihin kohtaan kehon akselia mikäkin osa kehittyy. Vaikka Hox-geenit ovat elintärkeitä, ne eivät itsessään kykene tuottamaan kymmeniä erilaisia proteiineja samasta jaksosta ilman lisämekanismeja. Tässä tulee kuvaan vaihtoehtoinen silmukointi.

    Miten geeni luetaan ja proteiini valmistetaan
    Geenin luenta eli geeniekspressio etenee yleisesti ottaen kahdessa päävaiheessa:

    Transkriptio: DNA:n sisältämä geneettinen tieto kopioidaan esiaste-RNA:ksi (pre-mRNA). Tässä vaiheessa luetaan koko geenialue, mukaan lukien sekä proteiinia koodaavat osat (eksonit) että koodaamattomat välialueet (intronit).

    RNA:n prosessointi (silmukointi): Esiaste-RNA:sta poistetaan intronit, ja eksonit liitetään yhteen muodostaen kypsän lähetti-RNA:n (mRNA). Tämä mRNA toimii sitten ohjeena proteiinin valmistukseen.

    Translaatio: Kypsä mRNA siirtyy ribosomiin, missä sen sisältämä koodi luetaan ja sen pohjalta rakennetaan proteiini aminohappo kerrallaan.

    Vaihtoehtoinen silmukointi: Yksi geeni, monta proteiinia
    Juuri vaihtoehtoinen silmukointi mahdollistaa sen, että samasta geenistä, eli samasta DNA-jaksosta, voidaan valmistaa useita erilaisia proteiineja. Yhdessä Hox-geenin luennassa vaihtoehtoinen silmukointi voi tuottaa useita proteiinimuotoja. Seuraavassa periaate:

    Eksonit ja intronit: Geenit koostuvat eksoneista (proteiinia koodaavat alueet) ja introneista (koodaamattomat alueet). Transkriptiossa muodostuva esiaste-RNA sisältää molemmat.

    Silmukoinnin joustavuus: Vaihtoehtoisessa silmukoinnissa eksoneja voidaan liittää yhteen eri yhdistelminä. Tämä tarkoittaa, että jokin eksoni voi jäädä pois lopullisesta mRNA:sta tai se voidaan sisällyttää siihen, riippuen solun tarpeista, kehitysvaiheesta tai ulkoisista signaaleista.

    Monimuotoiset mRNA-molekyylit: Koska eksonien yhdistelmät voivat vaihdella, yhdestä esiaste-RNA:sta voi syntyä useita erilaisia kypsiä mRNA-molekyylejä.

    Erilaiset proteiinit: Jokainen näistä eri tavoin silmukoiduista mRNA-molekyyleistä käännetään sitten proteiiniksi. Koska niiden eksonijärjestys on erilainen, myös niistä syntyvien proteiinien aminohappojärjestys – ja siten niiden kolmiulotteinen rakenne ja toiminta – eroavat toisistaan.

    Esimerkki: Kuvitellaan geeni, jossa on viisi eksonia (1, 2, 3, 4, 5). Tavallisessa silmukoinnissa ne voisivat liittyä yhteen järjestyksessä 1-2-3-4-5. Vaihtoehtoisessa silmukoinnissa voisimme nähdä seuraavia yhdistelmiä:

    1-2-3-4-5 (alkuperäinen proteiini)

    1-3-4-5 (eksoni 2 jätetty pois)

    1-2-4-5 (eksoni 3 jätetty pois)

    1-2-3-5 (eksoni 4 jätetty pois)

    1-2-3-4 (eksoni 5:n poistaminen tai uuden loppumiskohdan käyttäminen)

    Ja niin edelleen. Mahdollisia yhdistelmiä voi olla erittäin paljon, mikä mahdollistaa huomattavan proteiinimonimuotoisuuden suhteellisen pienestä geenimäärästä. On arvioitu, että jopa yli 90 % ihmisen geeneistä käy läpi vaihtoehtoista silmukointia, mikä selittää, kuinka noin 20 000 ihmisgenomin geeniä voi tuottaa yli 90 000 erilaista proteiinia.

    Hox-geenien kontekstissa tämä monipuolisuus on erityisen tärkeää, sillä se mahdollistaa hienosäädön kehityksen aikana. Eri kudoksissa tai eri kehitysvaiheissa voi tarvita hieman erilaisia Hox-proteiineja, jotka säätelevät spesifisiä kehityspolkuja. Vaihtoehtoisen silmukoinnin ansiosta sama Hox-geeni voi täyttää useita rooleja tuottamalla erilaisia, mutta sukulaisproteiineja.
  8. Myös Hox-geenit ovat DNA-jaksoja, joita lukemalla solu valmistaa useita erilaisia Hox-transkriptiotekijöitä muuttamatta DNA:ta. Rakennusohjeet eivät ole DNA:ssa, vaan epigeneettisessä ohjelmistossa. DNA on tässä prosessissa passiivista, luettavaa informaatiota, joka ei ilman epigeneettisiä informaatioprofiileja säätele yhtään mitään.

    Jos edes perusteet voisitte opiskella...
  9. //"Hedelmöittyneessä munasolussa on kaikki solujen kasvuun tarvittava tieto//

    HÖPÖHÖPÖ!

    Suuri osa periytymiseen vaadittavasta informaatiosta välitetään solunulkoisissa vesikkeleissä, jotka kuljettavat sisällään RNA-molekyylejä, erilaisia proteiineja ja myös DNA-jaksoja.

    hakusanat: extracellular vesicles in human reproduction

    Ravenin höpötykset edustavat ikivanhaa pseudotiedettä pahimmillaan.
  10. Nykytutkimuksen mukaan useat erilaiset pitkät ei-koodaavat RNA:t (lncRNA:t) osallistuvat eliöiden ruumiinkaavan (body plan) säätelyyn, erityisesti alkionkehityksen aikana. Tämä on nopeasti kehittyvä tutkimusalue kehitysbiologiassa ja epigenetiikassa.

    Solu rakentaa lncRNA-molekyylejä käyttämällä nerokasta mekanismia nimeltään vaihtoehtoinen silmukointi. Se tarvitsee epigeneettisen ohjauksen.

    🔹 Mitä lncRNA:t ovat?
    lncRNA:t (long non-coding RNAs) ovat RNA-molekyylejä, jotka:

    Eivät koodaa proteiineja

    Ovat yleensä yli 200 nukleotidia pitkiä

    Toimivat säätelijöinä geenien ilmentymisessä

    🔹 Miten lncRNA:t säätelevät ruumiinkaavaa?
    Säätely Hox-geenien ympäristössä

    Hox-geenit määräävät eläimen anteroposteriorisen akselin eli pään–häntäpään rakenteet.

    Hox-lokusten ympäriltä löytyy useita lncRNA:ita, jotka vaikuttavat siihen, mitkä Hox-geenit aktivoituvat missä ja milloin.

    Esim. ihmisellä ja hiirellä tunnetaan lncRNA:t kuten:

    HOTTIP – säätelee Hoxa-lokuksen geenien ilmentymistä

    HOTAIR – osallistuu HoxD-lokuksen säätelyyn ja kromatiinirakenteen muokkaukseen

    Haunt ja HauntlncRNA – vaikuttavat myös Hox-lokusten toimintaan

    Kromatiinin rakenteen ja tilan säätely

    lncRNA:t voivat rekrytoida kromatiinia muokkaavia komplekseja (esim. Polycomb-ryhmä), jotka hiljentävät tai aktivoivat laajoja geenialueita.

    Ne voivat toimia:

    Ohjaimina (guides)

    Siltarakenteina (scaffolds)

    Houkuttimina tai estäjinä transkriptiotekijöille tai epigeneettisille entsyymeille

    Tarkka ajallinen ja paikallinen geenien säätely

    Alkion eri osissa aktivoituvat eri lncRNA:t, mikä mahdollistaa hienosäädetyn aluekohtaisen geneettisen ilmentymisen.

    🔬 Tutkimusesimerkkejä
    Sun et al., Cell Reports, 2013: lncRNA HOTTIP ohjaa WDR5/MLL-kompleksin HoxA-lokukselle ja vaikuttaa sormien kehitykseen.

    Rinn et al., Cell, 2007: lncRNA HOTAIR säätelee kromatiinirakennetta ja HoxD-lokuksen geeniekspressiota selkäytimen kehityksessä.

    Maamar et al., Science, 2013: osoitti, että yksittäinen lncRNA voi ohjata solujen erilaistumista neuroektodermin ja mesodermin välillä.
  11. The number of DIFFERENT lncRNAs in a human body according to NONCODEv5 is 172,216. However, the number of different lncRNAs in a chimp body is only 18,604. LncRNAs play a very significant role in cellular differentiation, tissue type regulation, organ function, and even body plan. We should also remember that the number of different lncRNAs in a human body is almost 9 times higher than the number of protein-coding genes. Studies have also revealed that human/chimp lncRNAs are very different (non-conserved). Evolution believers claim that lncRNAs have evolved through mutations (HAR = human accelerated regions). However, medical science is aware that lncRNAs don't tolerate mutations:

    https://www.qmul.ac.uk/blizard/about/news/items/long-noncoding-rnas-in-neurological-diseases.html

    Excerpt: "Because of their important role in gene expression regulation, it should not be surprising to assume that any malfunction of lncRNAs, for example due to mutations, could have even serious consequences on the normal development of body organs. In fact, this is exactly what has been found by comparing the sequences of these RNAs in normal people versus diseased individuals.

    In the field of neurology, mutations in lncRNAs have been associated with abnormalities of neurological development or neurodegenerative diseases such as Alzheimer’s, Parkinson’s, Huntington’s and ASD (Autism spectrum disorder). Given the high personal and social impact of these diseases, it is very important to understand how these RNAs carry out their activity and what goes wrong following disease-causing mutations."
  12. 🔹 1. Eroja PAX6:n säätelyssä ihmisen ja hiiren välillä
    ✅ a) DNA:n metylaatioprofiilit
    DNA-metylaatio (yleensä CpG-alueilla) vaikuttaa geenin ilmentymiseen.

    Ihmisellä ja hiirellä PAX6-geenin metylaatiokuviot poikkeavat toisistaan, erityisesti:

    Alkion kehityksen aikana eri kudoksissa

    Aivojen eri osissa (esim. etuaivokuoressa)

    Tämä vaikuttaa siihen, milloin ja missä PAX6 ilmentyy.

    ✅ b) Histonien epigeneettiset modifikaatiot
    Esim. H3K4me3 (aktivoiva) ja H3K27me3 (vaimentava) merkinnät vaihtelevat lajeittain.

    Ihmisellä saattaa olla laajempi tai monimutkaisempi enhanseriverkosto, joka vaikuttaa PAX6:n ilmentymiseen aivojen kehityksessä ja silmän erilaistumisessa.

    Hiirellä tietyt cis-säätelyalueet sijaitsevat eri etäisyydellä geenistä tai niissä voi olla erilaisia transkriptiotekijöiden sitoutumiskohtia.

    ✅ c) Ei-koodaavat RNA-molekyylit (esim. lncRNA:t ja miRNA:t)
    PAX6:een vaikuttaa joukko ei-koodaavia RNA:ita, jotka voivat:

    Stabiloida tai hajottaa PAX6:n mRNA:ta (esim. miR-7, miR-375)

    Vaikuttaa kromatiinirakenteeseen geenin lähialueilla (lncRNA:t)

    Näiden RNA-molekyylien esiintyvyys ja säätely voivat poiketa ihmisen ja hiiren välillä, mikä johtaa erilaiseen PAX6:n hienosäätöön kehityksessä.

    Ei-koodaavat RNA-molekyylit eivät siedä mutaatioita, eli geneettisiä virheitä. Ne eivät toimi virheellisinä.

    🔬 Miksi tämä on tärkeää?
    Vaikka proteiinisekvenssi on hyvin samanlainen, kehityksellinen lopputulos ei ole identtinen.

    Esimerkiksi:

    Ihmisen aivojen kehitys on monimutkaisempi ja PAX6 on siinä erittäin keskeisessä roolissa.

    Ajallinen ja paikallinen ekspressio voi vaihdella merkittävästi lajien välillä juuri epigeneettisten säätelytekijöiden ansiosta.
  13. Tarvitset vaan jonkun erittäin monimutkaisen mekanismin, joka saa aikaan evoluutiota. Mikä se voisi olla? Jos sinulla on siitä tieteellisiä havaintoja, niin ole hyvä ja näytä ne täällä. Olen valmis korjaamaan käsityksiäni, mikäli näen tieteellisiä todisteita!
  14. PALAUTESILMUKAT!!

    BUAAHHHAAHHHAHAHAHHAHHAHAAAAAA!!

    Paras sadepäivän vitsi!!
  15. Itsehän koko ajan toitotatte, että evoluutio on faktaa mutta kun pyytää teiltä tieteellisiä todisteita, niin hiljaista on. Tiedätte, että kykenen tieteellisesti osoittamaan väitteenne vääriksi.

    Hiljaista on. Yrittäisitte edes.
  16. Esitinkö kysymyksen? Opettele edes suomen kielen alkeet.
  17. Tässä Geminin tekemät korjaukset. Kiemurtelen kyllä, lähinnä naurusta.

    "17 yhteistä geeniä": Tutkimuksessa puhuttiin "17 yhteisestä linkkiryhmästä" (linkage groups), ei suoraan 17 yksittäisestä geenistä. Linkkiryhmät ovat laajempia DNA-alueita, jotka sisältävät geenejä sekä niiden säätelyosia ja muuta toiminnallista DNA:ta.

    Genomin duplikaatio: Selkärankaisilla on tapahtunut kaksi kokonaisen genomin duplikaatiota, mikä näkyy "nelinkertaisena redundanssina" näissä linkkiryhmissä, ei vain "kaksinkertaisena duplikoitumisena".

    Transkriptiotekijät: Transkriptiotekijät eivät ole signaalimolekyylejä vaan proteiineja, jotka sitoutuvat DNA:han ja säätelevät geenien luentaa (transkriptiota).
  18. Jos sinun tehtävänäsi olisi suunnitella järjestelmä, jossa samaa jaksoa lukemalla tuotetaan DNA:n lukemista eli transkriptiota varten välttämättömiä proteiineja, niin olisitko tehnyt erilaisen järjestelmän ihmisille kuin esim. hiirille? Molemmat eliöt, kuten miljoonat muut, elävät samojen fysiikan ja kemian lakien alaisuudessa. Pohdipa kysymystä erityisesti ravintoketjujen näkökulmasta.

    PAX6 on DNA-jakso, jota lukemalla solu kykenee valmistamaan jopa satoja erilaisia proteiineja, joista suurin osa on ns. transkriptiotekijöitä. Osa proteiineista valvoo ko. järjestelmän tuotantoprosessia, eli tuotantoprosessin tuotteet valvovat, että tuotanto sujuu oikein. Pohdipa tätä.
  19. Jos ymmärtäisit genetiikasta ja molekyylibiologiasta edes rahtusen ja erityisesti, jos esittämäsi väitteet olisivat edes jollain asteella nykytutkimuksen mukaisia ja ajan tasalla, tietäisit, että body plan:ia, eli ruumiinkaavaa tai ruumiinmuotoa EI SÄÄTELE DNA!!

    Ruumiinkaavaa säätelevät nykytutkimuksen mukaan pitkät ei-koodaavat RNA-molekyylit (lncRNA:t), jotka säätelevät ja ohjaavat myös solujen erilaistumista, kudostyyppejä ja elinten toimintaa ja rakennetta.

    Kun vertailemme ihmisen ja simpanssin lncRNA-molekyylejä, on niiden yhtenevyys (samankaltaisuus) vain noin kymmenen prosenttia!! Ihmisessä on nimittäin noin yhdeksän kertaa enemmän erilaisia lncRNA-molekyylejä kuin simpanssissa.
  20. Voit kirjoittaa evoluution tieteelliset todisteet toiseen ketjuun. Niitä on sitten mukava debunkata näin sadepäivien iloksi.

    Saa suorittaa. Näytä ja todista, että evoluutio on faktaa!!
    21. 1 / 186
TietosuojaselosteKäyttöehdotEvästeasetuksetSäännöt