Vapaa kuvaus

Aloituksia

273

Kommenttia

2386

  1. "Solon jopa kieltää joiltakin kirjoittamisen HÄNEN aloituksiinsa!"

    En tietenkään voi kieltää ketään kirjoittamasta, mutta näen itse hiukan vaivaa tehdessäni avauksia, joten haluaisin silloin keskustella niiden aiheista. Minusta se on epäkohteliasta toista kohtaan, että viedään keskustelu heti aiheen kannalta täysin merkityksettömille sivuraiteille.
  2. "Eräs asia on myös se, että kaikki 20 aminohappoa, joita elämälle välttämättömien proteiinien valmistamiseen tarvitaan, ovat vasenkätisiä.
    Miten todennäköistä on, että nuo juuri oikeat 20 aminohappoa alkoivat kimpassa toimimaan?"

    Elämä todellakin käyttää vain aminohappojen L-muotoa, mutta ei tämä mikään suuri ongelma ole elämän synnylle. Kreationistit ovat nostaneet molekyylien kiraalisuuden ongelmaksi, koska Millerin kokeessa syntyi kumpikin kätisiä aminohappoja suunnilleen samassa suhteessa. Meteoriittilöydöt ovat kuitenkin osoittaneet, että niiden mukana tulleista aminohapoista suurin osa on vasenkätisiä. Saattoi myös olla vain sattumaa, että elämä syntyi käyttäen L-muotoa. Molekyylien kiraalisuus voi olla seurausta suoraan luonnonlaeista.

    http://www.nature.com/news/force-of-nature-gave-life-its-asymmetry-1.15995

    Elämän alussa aminohappoja oli ilmeisesti käytössä vain kymmenkunta. LUCA kuitenkin käytti jo 20 aminohappoa, joten on täysin loogista, että kaikki nykyinen elämä käyttää niitä. Selenokysteiinia esiintyy vain muutamassa entsyymissä ja pyrrolysiini löytyy vain erään arkin proteiinista. Evoluutio ja kaiken elämän periytyminen LUCA:sta selitää käytössä olevat aminohapot.

    "Solun toimintaan ei riitä vain muutama proteiini, vaan se tarvitsee kaikkiaan 2000 entsyymeinä toimivaa proteiinia."

    Suuruusluokka on oikein nykyisen elämän osalta, mutta protosolut toimivat vielä huomattavasti pienemmällä määrällä proteiineja, eikä alkeellisellakaan proteiinisynteesillä ollut ongelmia tuottaa sitä määrää.
  3. ”Proteiineja on hyvin montaa eri tyyppiä. Sikäli kuin muistan, tutkijoiden määrittelemät elämälle välttämättömiä proteiineja on vain muutama niiden kokonaismäärään verrattuna.”

    On toki, ja on sellaisia proteiinidomeeneja, jotka ovat käytössä kaikella tunnetulla elämällä. Erilaisia proteiineja on kehittynyt arviolta muutama miljardi, mutta teoriassa niitä voi syntyä nykyisistä 20 aminohaposta käsittämättömän suuri määrä.

    ”Mikä johti siihen, että juuri ne oikeat proteiinit alkoi kaveerata RNA:n kanssa? Kauanko RNA:N täytyi odottaa tätä rikastuttavaa kohtaamista?”

    RNA pystyi itse katalysoimaan protosolun toimintoja ja proteiinikoneisto kehittyi miljoonien vuosien aikana rinnakaisevoluutiolla. Kyse on valinnasta; ennen elämän syntyä kemiallisesta ja elämän synnyn jälkeen luonnonvalinnasta. Tehokkaimmin toimivat ja parhaiten ympäristöönsä sopeutuvat molekyyliyhdisteet jatkoivat runsastumista. Elämä olisi voinut mahdolliseti alkaa maapallollakin muista molekyylien yhdistelmistä, mutta tuntemamme biokemia menestyi parhaiten.

    Proteiinit itse osoittavat selvästikin yhteiseen alkuperään, josta domeenit ovat miljardien vuosien aikana kehittyneet. Hyvin erilaisiinkin kolmiulotteisiin muotoihin laskostuneet proteiinit voidaan konstruoida samoista aminohappoketjuista. Erilaisten laskostumistyyppien välille on löydetty välimuotoja, joissa on ollut muita yhdistäviä aminohappoketjujen osia vanhempien ja uudempien domeenien välillä. Mallinnus on myös osoittanut, että proteiinisekvenssit ovat käytännössä varmasti peräisin yhteisistä kantamuodoistaan.

    ”Näin minäkin asian muistelen. Aika mystien sattuma, vai mitä.”

    Eipä oikeastaan :)
  4. Kiitos asiallisesta viestistä. Osoitat, että näistä asioista voi todellakin keskustella myös rakentavasti.

    ”Ehkä tarkoitat synteesiä....”

    En tarkoita, vaan kyseessä on syntetaasientsyymi.

    http://en.wikipedia.org/wiki/Aminoacyl_tRNA_synthetase

    ”Ensinnäki, TAP-molekyylistä olisi täytynyt oletusten mukaan kehittyä kolmea erilaista RNA:ta, joilla on eri tehtävä.”

    Ei ole tarvinnut. RNA:n eri muodot ovat kehittyneet ns. alku-RNA:sta, joka kehittyi jostain TAP:n kaltaisesta molekyylistä. TAP on hyvä ehdokas RNA:n edeltäjäksi, koska se pystyy varastoimaan ja kopioimaan informaationsa myös vedessä, ja se muodostaa spontaanisti sidoksia riboosin kanssa, joka on RNA:n rakenneosana toimiva sokeri. RNA:n kemiallinen evoluutio sen alkumuodosta on tapahtunut mahdollisesti vetyperoksidin avulla hydrotermisten lähteiden ympäristössä.

    Vetyperoksidi on voinut aiheuttaa spontaanisti eksotermisen reaktion, joka saa aikaan luonnollisen termokemiallisen oksillaattorin. Vetyperoksidin synnyttämällä luonnollisella, jaksollisesti värähtelevällä järjestelmällä, on ollut juuri oikea värähtelyväli RNA:n kopioimiseen. Järjestelmän lämmön heilahtelut saivat aikaan monimutkaisempia muotoja, joten järjestelmä pystyy tuottamaan erilaisia RNA-säikeitä. Vetyperoksidin läsnäolo tekee kopioitumisesta hiukan epävakaata, joten kopiot eivät ole täydellisiä klooneja keskenään. Tästä syntyy myös valintaa, koska luonnollisesti toimivimmat kopiot syrjäyttävät heikommin toimivat.

    RNA:n tehtäviä ei pidä ajatella tietoisen toiminnan tuloksena, vaan tietynlaiset kemialliset yhdisteet reagoivat luonnonlakien mukaisesti keskenään, ja tästä syntyy vääristynyt käsitys, että molekyylit jotenkin ”tietäisivät” mitä niiden pitää tehdä.

    ”Toiseksi:”
    "Monissa proteiinientsyymeissä aktiivinen keskus koostuu muusta kuin aminohapoista, usein aminohappoihin koordinoituneesta yhdestä tai useammasta metalli-ionista."

    En oikein ymmärrä mitä haet tällä?

    ”Kolmanneksi:
    Miten "kehittyi" kyseienen entsyymi?”

    Ei siihen tarvita kuin kemiallista evoluutiota ja luonnonlakeja. Kyseessä ei ole mitenkään monimutkainen entsyymi, vaikka se hyvin tärkeä onkin.

    ”Neljänneksi:
    Mistä se tiesi "tarjota" RNA:lle juuri sen oikean aminohappotyypin? Entä miten se sai aikaan elämälle välttämättömät valkuaisaine-molekyylit?”

    Se ”tietää” ne kemian lainalaisuuksista. Jos tRNA:han kiinnittyy väärä aminohappo, niin syntetaasin sidos purkautuu nopeasti, koska oikeaa kemiallista reaktiota ei synny. Elämä käyttää miljardeja erilaisia proteiineja ja uusia syntyy jatkuvasti evoluutiolla. Ajattelet jotenkin nurinkurisesti, että elämällä olisi jotkin ennalta määrätyt proteiinit, jotka alkeellisen proteiinisynteesin olisi tullut kyetä valmistamaan. Se menee niin päin, että sopivia proteiineja sattui syntymään, jotta tuntemamme elämä oli mahdollista.
  5. Minä kiitän.
  6. "Kannattaa myös muistaa se, että evoteorian todistelut ovat useimmiten aivan mahdottomia kokeellisesti testattaviksi. Lyhyesti sanottuna ne perustuvat evoluutiouskoon. Ja taas ne ilmiöt, jotka ovat todennettavissa eivät lainkaan kerro evoluutiosta, vaan ovat luomisopin mukaisia lajeille annetun sopeutumiskyvyn ilmentymiä."

    Suurin osa avauksessa käyttämistäni lähteistä oli nimenomaan kokeellisten tutkimusten esittelyä.

    "Kuka havaitsi?"

    "Chemists at the Georgia Institute of Technology have shown how molecules that may have been present on early Earth can self-assemble into structures that could represent a starting point of RNA. The spontaneous formation of RNA building blocks is seen as a crucial step in the origin of life, but one that scientists have struggled with for decades.

    "In our study, we demonstrate a reaction that we see as important for the formation of the earliest RNA-like molecules," said Nicholas Hud, professor of Chemistry and Biochemistry at Georgia Tech, where he's also the director of the Center for Chemical Evolution."

    http://phys.org/news/2013-12-scientists-closer-rna.html

    "Todellisuudessahan kantamuodot olivat kunkin lajin ensimmäiset edustajat, suoraan luomistyön tuloksena syntyneet."

    Baraminologia epäonnistuu täydellisesti pyrkiessään selittämään elämän monimuotoisuutta.

    "Alunperin lajien geneettinen koodi oli todellakin täydellinen."

    Ei ollut., eikä se ole sitä vieläkään.

    Viestisi on niin täynnä typeryyttä, etten jaksa kaikkiin ääliömäisyyksiin vastata. Voin kuitenkin kertoa sen, ettei tiede ikinä pysty esittämään absoluuttisia totuuksia menneisyydestä, mutta se pystyy selvittämään mahdollisia tapahtumankulkuja. Vaikka tiedämmekin jostain asiasta, että se on ollut mahdollinen objektiivisten havaintojen mukaan, niin tiede käyttää siitä huolimatta sanoja kuten mahdollisesti, on voinut, todennäköisesti jne, koska täyttä varmuutta ei ole.
  7. Jos sitten siirrytään LUCA:an, joka siis on kaiken nykyisen elämän viimeinen yhteinen kantamuoto. Miten LUCA:n pienestä genomista kehittyi nykyisin näkemämme biodiversitteetti? Onko evoluutiolla siis mekanismeja tuottaa esimerkiksi uusia proteiineja kodaavia geenejä, eli uutta geneettistä informaatiota, vastaus on kyllä.

    Uutta geneettistä informaatiota syntyy esimerkiksi vanhojen geenien duplikaation seurauksena, jos uusi kopio saa uuden funktion esim. pistemutaation seurauksena ja alkuperäinen jatkaa toimintaansa.

    Vaikka tiedämmekin, että elämän kannalta ratkaisevimmat vanhat geenit sijatsevat paremmin mutaatiolta suojassa olevilla alueilla, ja mutaatiot kohdistuvatkin enemmän juuri uusien geenien replikaatioon, niin evoluutiolla on tähänkin keinonsa, koska DNA:n metylaatio voi suojata juuri kahdentuneita geenejä luonnonvalinnalta, jolloin ne voivat ”odottaa” hyödyllistä mutaatiota, jonka sattuessa kemiallinen väliintulo lakkaa ja luonnonvalinta voi taas suosia sellaisia, jotka johtavat uusiin fuktioihin solussa.

    Tällaiset geenit eivät aina ole pseudogeenejä, vaan ne voivat havaitusti olla myös proteiinia koodaavia. Uuden emäsjärjestyksen takia käytössä on eri aminohapot ja näin ollen syntyy alkuperäiseen nähden uusi proteiini.

    Kuten vasta kerroin, niin uusia de novo geenejä voi syntyä proteiineja koodaamattomista genomin osista silloin, kun mutaatio osuu säätelyjärjestelmään, joka aiheuttaa proteiinia koodaamattoman DNA jakson transkription RNA:ksi. Näiden synty ja leviäminen populaatioihin luonnonvalinnan ansiosta on yleistä ja nopeaa.

    Tarkemmassa tutkimuksessa keskityttiin lncRNA -jaksoihin (long non-coding RNA), jotka ovat DNA:n transkriptiossa syntyviä pitkiä, biokemiallisessa mielessä yleensä (ei aina) ilman funktiota olevia RNA -jaksoja. Tutkimuksessa selvisi, että lncRNA:lla on todennäköisesti merkittävä rooli uusien proteiinien synnyssä ja evoluutiossa, koska osa näistä jaksoista kokee translaation, eli ribosomien pinnalla se tulkitaan ja siirtäjä-RNA:t rakentavat sitä vastaavan aminohappoketjun josta muodostuu uusi proteiini. Näin siis uusia proteiineja koodaavia geenejä voi mahdollisesti syntyä ja samalla tietenkin uutta geneettistä informaatiota.

    Ei myöskään pidä unohtaa rekombinaatioita, horisontaalista geenisiirtoa ja muita ”perinteisiä” mekanismeja, jotka mahdollistavat eliölle uutta informaatiota. Evoluutio toimii juuri muovaamalla jo olemassa olevaa informaatiota uudelleen, ja tässä genomien tilke-DNA toimii varastona uudelle informaatiolle proteiineja koodaavien geenien lisänä.

    Ei ole olemassa kahta erillistä evoluutioprosessia, vaan sekä mikro- että makroevoluutio toimivat samoilla mekanismeilla, ja evoluutio on juurikin määritelmänsä mukaisesti populaation geenialleelien suhteiden muutosta sukupolvien myötä.

    Mistä erot sitten johtuvat eliöiden välillä? Erot johtuvat pääosin säätelygeenien ja säätelyjärjestelmien eroista. Esimerkiksi lukuisat sellaiset säätelygeenit, jotka ovat aluksi kehittyneet pysäyttämään retrotrasposoneja (hyppiviä geenejä), ovat voimakkaan valinnan kohteena ja niiden evoluutio on nopeaa. Tämä on kokeellisesti osoitettu. Tämä johtaa siihen, että alunperin samanlaiset ilmentymät eroavat huomattavasti eri lajeilla, ja luonnollisestikin sitä enemmän mitä kauempana ne ovat toisistaan elämän fylogenissa. Esimerkiksi ihmisen ja simpanssin erot selittyvät juurikin proteiineja koodaamattoman genomin osan säätelyosilla, koska proteiineja koodavat genomin osat ovat 98,7 prosenttisesti identtisiä.

    Kreationistit pyrkivät aina iskemään kiinni sellaisiin esimerkkeihin evoluutiosta, joissa esimerkiksi jonkin geenin kiinni kytkeytyminen on aiheuttanut hyödyllisen ominaisuuden, mutta tämä ei ole lähellekään koko totuus evoluutiosta. Kuten olen osoittanut, evoluutiolla on todellisuudessa lukuisia mekanismeja, joiden avulla nykyinen biodiversiteetti on voinut kehittyä, ja on jokseenkin varmaa, että tutkijat löytävät vielä paljon lisää.


    http://news.sciencemag.org/2013/02/self-assembling-molecules-offer-new-clues-lifes-possible-origin
    http://phys.org/news/2013-08-insight-genetic-code.html

    http://phys.org/news/2013-10-chemists-life-earth-fluke.html

    http://phys.org/news/2014-09-dna-humble-nutrient-carrier.html

    http://phys.org/news/2014-09-genome-function-key-role-birth.html

    http://phys.org/news/2014-01-genes-non-coding-dna.html

    http://medicalxpress.com/news/2014-04-evolution-duplicate-genes.html

    http://www.newscientist.com/article/mg21528795.500-dna-could-have-existed-long-before-life-itself.html

    http://www.sciencedaily.com/releases/2013/08/130828144800.htm

    Jne.
  8. Kerro toki?
  9. "Yksinkertaisin ja oikea selitys proteiinille on se, että noilla lajeilla on jokin sama luomisratkaisu."

    Tässä todellisuudessa elävä tietää, että tuhannet tutkijat ovat selvittäneet lintujen evoluutiota fossiiliaineiston pohjalta, ja päätyneet käytännössä yksimielisesti siihen johtopäätökseen, että linnut kehittyivät teropodeihin kuuluneista dinosauruksista. Tässä todellisuudessa elävä myös ymmärtää, että kun vielä teropodin fossiilista saadaan jäljitettyä sellaiseksi proteiinin muodoksi paljastuva löytö, jota ei löydy miltään muilta nykyisin eläviltä eliöiltä kuin linnuilta niiden osteosyyteistä, niin sille on looginen selitys, nimittäin evoluutio.

    Erilaisia proteiineja voi teoriassa olla sellaiset 20*50,000, ja ihmisellä erilaisia proteiineja on esimerkiksi yli 2 miljoonaa, niin kuinka hyvin Jumalan oikkuna toimiva selitys samanlaisesta luomisratkaisusta oikein toimii yhden proteiinin, jota ei muualta löydy, osalta? Varsinkin kun kreationistien mukaan dinosauruksilla ja linnuilla ei ollut sen enempää tekemistä keskenään kuin muidenkaan luotujen kanssa. Lähinnä te olette esittäneet mahdollisimman paljon eroavaisuuksia niiden välillä. Samanlainen luomisratkaisu ei todellisuudessa selitä yhtään mitään.

    "Ei kerro. Löydökset kertovat vain aikoja sitten hävinneiden lajien luomisratkaisuista."

    Voidaan me toki leikkiä, että Jumala loi runsaasti sellaisia lajeja, joilla osalla oli jotain linnuille kuuluneita ominaisuuksia ja toisilla taas joitain enemmän ja joitain vähemmän. Nämä kaikki sattuivat sitten hautautumaan suuressa vedenpaisumuksessa sellaiseen järjestykseen, että kerrostumia tutkimalla ne näyttävät muodostavan vähitellen sarjan kohti sellaista eläintä, jolla on kaikki lintujen ominaisuudet, tämähän on varsin loogista, eiku hetkonen...

    "Mitä tähän pitäisi sanoa? Evojen väitteet ovat julkeasti ristiriitaisia: "linnut ovat kehittyneet dinoista, mutta dinoista ei koskaan tullut lintuja" tai : "puuttuva rengas, välimuoto, kyllä löytyy vielä, mutta toisaalta eipä sellaista edes ole"."

    Tähän pitää sanoa, että et ymmärtänyt mitä tutkija tarkoitti, (mikä ei ollut tuo sinun pähkäilysi) ja todistit juuri alotuksessa esittämäni väitteen kreationistien ajattelukyvystä.

    Kyse on siitä, että evoluutioteorian mukaan jälkeläinen on aina samaa lajia vanhempiensa kanssa. Et esimerkiksi mene nukkumaan jonain tiettynä iltana keski-ikäisenä, ja herää seuraavana aamuna vanhuksena, mutta jos tarkastelet myöhemmin asiaa taaksepäin, huomaat muuttuneesi vähitellen vanhukseksi. Samaa koskee evoluutiota, ei voida sanoa tiettyä tarkkaa hetkeä milloin ensimmäinen lintu syntyi, mutta laajasti tarkasteltuna huomaamme niiden vähitellen kehittyneen teropodeista omaksi luokakseen.