solon1

Vapaa kuvaus

Aloituksia

273

Kommenttia

2386

  1. ”On+se+erikoista,+ettei+edes+virallinen+'evoluutiotiede'+ole+vieläkään+löytänyt+välimuotoa+ihmisen+ja+apinan+välillä,+mutta+solonin+mielikuvituksessa+tämä+elää+vahvana.”Välillä+tuntuu+siltä,+että+sinulle+pitäisi+puhua+kuin+lapselle,+niin+onnetonta+on+kykysi+sisäistää+lukemaasi.+Ihmisten+ja+muiden+ihmisapinoiden+sukulaisuudesta+ei+ole+mitään+epäselvyyttä,+eikä+edes+Homo+-suvun+evoluutiossa+ole+suuria+epäselvyyksiä+enää+jäljellä.+Artikkeli+kertoo+siitä,+ettemme+ole+löytäneet+sellaista+fossiilia,+jonka+voisi+suurella+todennäköisyydellä+olettaa+olevan+ihmisten+ja+simpanssien+LCA.+Olemme+löytäneet+oletetusta+erkanemisajankohdasta+ajallisesti+kumpaankin+suuntaan+useita+sellaisia+fossiileja,+joilta+löytyy+tiettyjä+odotettuja+anatomisia+piirteitä,+mutta+sitä+”puuttuvaa+välimuotoa”+ei+olla+toistaiseksi+löydetty.+Suuressa+kuvassa+sellaisen+löytyminen+on+vain+mielenkiintoinen+kuriositeetti,+josta+saisimme+varmistuksen+tiettyihin+kiisteltyihin+yksityiskohtiin.+Molekyyligeneettiset+tutkimukset+yhdessä+nykyisen+fossiiliaineiston+kanssa+antavat+suuren+kuvan+kannalta+täyden+varmuuden+asiasta,+vaikka+yksityiskohtien+tasolla+onkin+vielä+aukkoja.+”Ihmisellä+on+joskus+ollut+jopa+pentakromaattinen+värinäkö.+Tetrakromaattinen+värinäkö+todistaa+geneettisestä+rappeutumisesta.”Kerrohan+tästä+lisää+lähteineen.+Nelivärinäkö+on+hyvin+harvinainen+ominaisuus+ja+esiintyy+vain+naisilla.+Sen+synty+vaatii+kummassakin+X-kromosomissa+tapahtuvan+geneettisen+muutoksen.+Todellisuudessa+tiedämme+päinvastoin,+kuinka+kolmivärinäkö+kehittyi+ihmisten+kehityslinjassa+[1].[1]+https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1004884”LRP5-geenin+mutaatio+on+osoitus+geneettisestä+virheestä,+jolla+on+pääasiassa+negatiivinen+vaikutus.”Edelleenkin+mutaatioiden+vaikutus+on+kontekstista+riippuvainen.+Kukaan+ei+varmastikaan+kiistä,+että+esim.+korkealla+vuoristossa+asuvilla+kehittyneet+adaptaatiot+esim.+ohueen+ilmanalaan+ovat+hyödyllisiä,+mutta+jos+samat+mutaatiot+tapahtuisivat+Kuolleenmeren+rannikolla+asuvassa+populaatiossa,+niin+tilanne+olisi+aivan+toinen.++”Juuri+näistä+Sanford+kertoo+kirjassaan+'Eliömaailma+rappeutuu'.+Eli+noin+joka+kymmenestuhannes+mutaatio+on+sellainen,+että+sille+voidaan+löytää+jokin+positiivinen+ominaisuus,+mutta+kokonaisuudessaan+mutaatio+on+silti+genomista+kielioppia+rikkova+ja+aiheuttaa+enemmän+harmia+kuin+hyötyä.”Sanfordin+perustelut+eivät+kestä+päivänvaloa.”Et+sinä+solon+kykene+tieteellisesti+todistamaan+evoluutiota.”Ei+minun+tarvitsekaan+tehdä+jo+tehtyä+asiaa.+Olet+paennut+kymmenistä+keskusteluketjuista+joissa+olen+esitellyt+sitä+tutkittua+tietoa,+kun+argumenttisi+ovat+yksinkertaisesti+loppuneet.
  2. ”Ja+kun+ei+solonista+ole+miestä+esittämään+havainnoituja+todisteita+hyödyllisistä+mutaatioista,+niin+alkaa+satujen+kerronta.”Ja+näin+turvaudutaan+tyylipuhtaaseen+ad+hominem+-argumentaatioon.+Yritä+ymmärtää,+että+ihminen+on+noin+neljän+miljardin+vuoden+evoluution+tulos,+joten+kaikki+ominaisuutemme+ovat+peräisin+joko+stokastisista+ja+spontaaneista+geneettisistä/epigeneettisistä+muutoksista+tai+sitten+elinympäristön+ja+ympäristötekijöiden+indusoimista+muutoksista+niin+ikään+sekä+geneettisellä+että+epigeneettisellä+tasolla.+Molekyylitasolla+evoluutio+voi+olla+usein+lähes+neutraalia,+mutta+fenotyyppi+on+aina+valinnan+kohteena.+Toisin+sanoen+et+todellisuuspaossasi+hyväksy+kuin+nykyihmisen+jo+kehityttyä+tapahtuneita+hyödyllisiä+adaptiivisia+mutaatioita.+Näitäkin+on+tietenkin+lukuisia,+kuten+ihonväri+sopeutumana+erilaisiin+elinympäristöihin+[1],+sopeutuminen+korkeaan+ilmanalaan+[2],+sopeutuminen+erilaisiin+ruokavalioihin+[3]+sopeutumat+immuunivasteessa+[4]+jne.+Tietenkin+myös+näissä+tapauksissa+fenotyypin+ilmentymiseen+liittyy+epigeneettisiä+tekijöitä,+joten+sinun+ei+sitä+itsestäänselvyyttä+tarvitse+kertoa.Toisin+kuin+lääketieteellisissä+tutkimuksissa,+joissa+selvitetään+sairauksien+syitä,+ei+samanlaista+mielenkiintoa+ja+rahoitusta+löydy+etsimään+laajassa+mittakaavassa+hyödyllisiä+mutaatioita.+Sanotaan+vaikka+esimerkin+vuoksi,+että+Helsingissä+syntyy+lapsi,+jolla+on+stokastisten+mutaatioiden+seurauksena+2%+”keskiarvoa”+parempi+hapenottokyky+ja+1,5%+”keskiarvoa”+parempi+lihasten+voimantuotto,+niin+millä+todennäköisyydellä+kuvittelet+että+nämä+mutaatiot+havaitaan?+Ylipäätään+mutaatioiden+hyödyllisyys+riippuu+pitkälti+kontekstista.+Onko+eisim.+Tetrakromaattinen+värinäkö+ihmisellä+hyödyllinen,+neutraali+vai+haitallinen+ominaisuus?+Tai+onko+ylempänä+esittelemäni+LRP5-geenin+gain-of-function+mutaatio,+joka+tekee+osteoporoosin+kehittymisen+kantajalleen+käytännössä+mahdottomaksi+mutta+aiheuttaa+mahdollisia+luupiikkejä+hyödyllinen+vai+haitallinen+ominaisuus?+Todellisuudessa+tämä+riippuu+siitä+kontekstista.[1]+http://europepmc.org/backend/ptpmcrender.fcgi?accid=PMC5759959&blobtype=pdf[2]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5161537/[3]+https://bmcgenet.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12863-015-0212-1[4]+http://jem.rupress.org/content/jem/early/2017/03/27/jem.20161942.full.pdf”Alan+vasta+päästä+vauhtiin.”Et+itse+sitä+huomaa+ja+varmasti+ymmärräkään,+mutta+et+ole+onnistunut+vielä+kertaakaan+tekemään+oikeita+ja+tutkimusten+johtopäätelmien+mukaisia+esityksiä+hyödyllisten+mutaatioiden+suhteen.+Mutta+huvinsa+suotakoon+kullekin.”John+Sanfordin+mukaan+hyödyllisten+ja+haitallisten+mutaatioiden+suhde+on+n.+1:10'000,+mutta+näyttää+vahvasti+siltä,+että+todellisuudessa+hyödyllisiä+mutaatioita+syntyy+huomattavasti+harvemmin.”Sanfordin+teoreettiset+mallinnukset+tietotekniikan+ja+teoreettisen+matematiikan+julkaisuissa+keinotekoisesti+määritellyillä+parametreillä+eivät+ole+aiheuttaneet+biotieteiden+puolella+minkäänlaista+liikehdintää.+Itse+asiassa+ensimmäiset+suorat+havainnot+uusista+mutaatioista+kertovat+haitallisten+mutaatioiden+olevan+ennakoitua+paljon+harvinaisempia+[5].[5]+http://science.sciencemag.org/content/359/6381/1283”On+siis+täysin+selvää,+että+haitalliset+mutaatiot+voittavat+ja+siksi+geneettinen+rappeutuminen+on+tieteellinen+fakta.”Mitään+tällaista+trendiä+ei+ole+havaittavissa+suurissa+luonnonvaraisissa+eliöpopulaatioissa.+Sekundaarisista+syistä+pienissä+ja+sisäsiittoisissa+populaatioissa+tätä+tietenkin+tapahtuu,+mutta+ihmisen+osalta+syyt+sukusolujen+mutaatiofrekvenssin+kasvuun+löytyvät+väestönräjähdystä+seuranneesta+mutageeneille+altistumisesta+teollistuneessa+maailmassa.+Tähän+vaikuttavat+muun+muassa+moderni+lääketiede,+perhekoot+ja+sosiaalipolitiikka+yhdistettynä+siihen,+että+lapsia+hankitaan+yhä+vanhempina,+mikä+lisää+mutaatioiden+määrää+sekä+isän+että+äidin+puolelta.+Nämä+kaikki+tekijät+yhdessä+aiheuttavat+sen,+että+yhä+useampi+ihminen,+sekä+lapset+että+aikuiset,+perii+ja+altistuu+yhä+useammin+mutaatioita+aiheuttaville+tekijöille+samalla,+kun+luonnonvalinnan+merkitys+neutralisoituu,+vaikkakaan+ei+kokonaan+katoa.+Tästä+ei+kuitenkaan+seuraa+mitään+”raamatullista”+rappeutumista,+koska+synergistisen+luonteen+omaava+negatiivinen+epistaasi+ja+karsiva+valinta+pitävät+edelleenkin+kuorman+siedettävänä+populaatiotasolla,+vaikka+siis+yhä+useampi+yksilö+tästä+kärsiikin.+Suurin+syy+tietenkin+noihin+hurjiin+vuosikasvuihin+löytyy+havaintomenetelmien+ja+diagnostiikan+kehittymisestä.
  3. ”Väärin+solon.+Äidinmaidon+microRNA-molekyylit+säätelevät+LCT-jakson+aktiivisuutta+ja+ohittavat+MCM6-jakson+säätelevän+vaikutuksen.”No+ei.+Äidinmaidosta+eksosomien+välityksellä+kulkeutuvat+miRNA:t+kiinnittyvät+DNA-metyylitransferaaseihin+ja+osallistuvat+sitä+kautta+lukuisten+geenien+ilmentymisen+säätelyyn,+mutta+eivät+ne+vastaa+sikiöaikana+ohutsuolessa+aktivoituvasta+laktaasientyymin+tuottamisesta.+Imetysajan+laktaasientsyymin+tuotannon+aktiivisuuteenkin+eksosomien+miRNA:lla+on+todennäköisesti+hyvin+pieni+merkitys+jos+olleenkaan,+vaikka+muita+tärkeitä+säätelyfunktiota+löytyykin.+”Näin+siis+geneettisellä+mutaatiolla+ei+ole+imeväisikäisille+lapsille+mitään+merkitystä.”Niinhän+juuri+kerroin,+että+genotyypistä+riippumatta+laktaasientsyymin+tuotanto+on+aktiivista+ja+sitä+säädellään+usealla+transkriptionaalisella+ja+epigeneettisellä+tasolla,+ja+mutatoituneella+genotyypillä+on+vaikutusta+vasta+silloin,+kun+ansestraalinen+muoto+alkaisi+normaalisti+vaimentua+ja+hypolaktasia+syntyä,+mutta+esim.+C/T+-13910+genotyyppi+estää+yleensä+tämän+”normaalin”+säätelykehityksen.”Darwinin+demoni+estää+sinua+solon+näkemästä+totuutta.+Ihmisen+genomissa+on+jo+224'642+sairautta+aiheuttavaa+mutaatiota+maailmanlaajuisesti+enkä+tiedä+ainuttakaan+hyödyllistä+satunnaista+mutaatiota.”Näin+sitä+projisoidaan+tyylikkäästi.+Lue+vaikka+seuraava+artikkeli+ja+yritä+ymmärtää+jotain+nykyihmisen+adaptoitumisesta+[1].[1]+http://jem.rupress.org/content/jem/early/2017/03/27/jem.20161942.full.pdf
  4. ”On+siis+täysin+selvää,+ettei+laktoositoleranssin+muodostumiseen+tarvita+tuota+C/T+-13910+-alleelia”Ei+niin,+koska+esim.+Afrikassa+ja+Lähi-idässä+tunnetaan+useita+vaihtoehtoisia+genotyyppejä+laktoosin+sietokyvyn+säilymiselle,+ja+joiden+synnyttämien+fenotyyppien+parempaan+ennakointiin+tarvitaan+varmasti+samalla+tavoin+metylaatioprofiilien+tutkimista+kuin+C/T+-13910+genotyypin+kohdalla.+”mutta+se+on+usein+tapahtunut+ihmisillä,+joiden+immuunipuolustusjärjestelmä+on+aiheuttanut+tuon+adaptoitumisen.+Ko.+mutaation+syynä+on+metyloitunut+sytosiini,+kuten+niin+usein+aiemminkin+olen+todennut.”Sittenhän+sinun+on+helppo+osoittaa,+että+kyseessä+on+varmuudella+5-metyylisytosiinista+johtunut+muutos.+Tämän+lisäksi+sinun+pitäisi+osoittaa,+ettei+kyseessä+ole+stokastinen+ja+spontaani+muutos+jota+luonnonvalinta+on+suosinut,+vaan+ympäristötekijöiden+suoraan+indusoima+muutos.+Saa+suorittaa.”Kerropa+solon,+miksi+vastasyntyneet+kykenevät+pilkkomaan+laktoosia+riippumatta+siitä,+onko+niillä+tuo+geenimutaatio+vai+ei.”Genotyypistä+riippumatta+laktaasientsyymin+aktiivisuus+kehittyy+huippuunsa+sikiöaikana+ja+alkaa+ensimmäisten+elinkuukausien+jälkeen+tietyillä+genotyypeillä+hiljalleen+hiipua.+Tätä+laktaasientsyymin+aktiivista+muodostumista+ohutsuolessa+säädellään+sekä+transkriptionaalisella+että+epigeneettisellä+tasolla.+Esim.+C/T+-13910+genotyyppi+estää+useinmiten,+jos+ei+muista+sekundaarisista+tekijöistä+muuta+johdu,+hypolaktasian+syntymisen.+Etkö+ymmärrä+näin+yksinkertaista+asiaa+vai+miksi+kyselet+tyhmiä?”Nuo+listalla+olevat+mutaatiot+eivät+ole+havaittuja+mutaatioita+vaan+oletettuja+mutaatioita.”Sehän+on+ollut+selvää,+että+huutelusi+hyödyllisistä+mutaatioista+ihmisten+kehityksessä+on+pelkkää+tyhjää+puhetta+etkä+edes+periaatteessa+voisi+hyväksyä+kuin+viimeisten+vuosikymmenten+aikana+tapahtuneita+mutaatioita,+joiden+syntymän+alkuperä+voidaan+eksplisiittisesti+osoittaa.+No,+tällainen+on+esim.+luutiheyteen+vaikuttava+LRP5-geenin+gain-of-function+mutaatio,+joka+tekee+osteoporoosin+kehittymisen+kantajalleen+käytännössä+mahdottomaksi+[1].[1]+https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa013444#t=article”Ja+sitten+vielä+kutsutaan+tällaista+toimintaa+tieteeksi.”Tiedeyhteisössä+ei+ole+minkäänlaista+epäselvyyttä+kädellisten+sukulaisuudesta.
  5. ”Tuore+tutkimus+vahvistaa+jälleen+kaiken,+mistä+olen+jo+vuosia+kertonut”Näin+ei+taaskaan+ole+todellisuudessa+tapahtunut.+Tutkimuksessa+keskitytään+LCT-geenin+polymorfismin+tunnetuimpaan+laktoosin+sietokykyä+aiheuttavaan+C/T+-genotyyppiin+ja+MCM6-geenin+introni-+ja+eksonivariantteihin.+Tutkijat+halusivat+selvittää+tarkemmin+genotyypin+lisäksi+transkriptionaalisia+ja+epigeneettisiä+dynaamisesti+vaikuttavia+säätelytekijöitä,+koska+tunnetut+hetero-+ja+homotsygootit+genotyypit+eivät+aina+indikoi+tiettyä+fenotyyppiä,+johtuen+sekundaarisista+tekijöistä.+SNP:t+säätelygeeneissä+voivat+vaikuttaa+DNMT1-metyylitransferaasien+tuottamiseen,+jolloin+syntyy+erilaisia+metylaatioprofiileja,+jotka+puolestaan+vaikuttavat+LCT+mRNA:n+ilmentymiseen.Tutkimuksessa+todetaan,+että+normaalista+ilmentymisen+säätelystä+tärkein+vaste+on+erilaisilla+transkriptiotekijöillä,+mutta+niistä+ei+ole+hyötyä+sietokyvyn+identifioinnissa,+koska+niistä+ei+löydy+ilmentymisen+eroa+sietokyvyn+ja+sen+puutteen+välillä.+Metylaatioprofiilien+muutoksista+tutkijat+puolestaan+pystyvät+paremmin+indikoimaan+laktoosin+sietokykyä,+kuin+pelkän+tunnetun+genotyypin+perusteella.+Eli+DNA:n+metylaatio+näyttelee+tiedettyä+tärkemäpää+roolia+myös+tässä+asiassa,+ja+se+ilmeisesti+toimii+tällä+hetkellä+parhaana+indikaattorina+sietokyvyn+tai+sen+puutteen+havaitsemisessa.+Kun+kuitenkin+syytät+minua+seuraavaksi+valehtelijaksi+ja+harhaanjohtajaksi,+niin+voitko+osoittaa+sen+käyttämällä+kyseistä+tutkimusta?”Tutkijoilta+jää+kuitenkin+useita+tekijöitä+selvittämättä,+kuten:”Mitä+heidän+olisi+pitänyt+tässä+yhteydessä+seuraavista+huomioida?+Tiedätkö+sinä+mitään+tieteellisen+tutkimuksen+tekemisestä+ja+tutkimusongelman+asettamisesa?”Samoin+he+eivät+mainitse+mitään+siitä,+että+metyloituneella+sytosiinilla+on+taipumus+vaihtua+tymiiniksi+deaminaatiossa,+jota+voi+aiheuttaa+jopa+immuunipuolustusjärjestelmän+ohjaama+AID-mediated+deamination+-mekanismi.”Miksi+se+olisi+tässä+tutkimuksessa+pitänyt+mainita?+AID/APOBEC+-deaminaasit+ovat+todennäköisesti+peräisin+sinkki-riippuvaisia+deaminaaseja+koodaavasta+superperheestä,+joiden+koodaamilla+entsyymeillä+on+rooli+pyrimidiini-+ja+puriiniaineenvaihdunnassa,+ja+vielä+tarkemmin+ilmaistuna+tRNA+adenosiini+deaminaaseista+(Tad/ADAT2).+Adaptiivisen+immuunijärjestelmän+ja+immunoglobuliinien+monimuotoisuuden+taustalla+olevien+mekanismien+historia+ja+evoluutio+tunnetaan+jo+melko+hyvin.+Aktivaatio-indusoituva+sytidiinideaminaasi+(AID)+entsyymi+toimii+pääasiallisesti+B-lymfosyyteissä+ja+se+muodostaa+transkription+aikana+katkoksia+koodaamattomaan+DNA:han+ja+välillisesti+myös+koodaavaan+DNA-juosteeseen.+Tästä+sitten+seuraa+korjausentsyymien+aktivoituminen,+joka+johtaa+emästen+vaihtumiseen.+AID+on+osana+ainakin+somaattisissa+hypermutaatioissa,+geenikonversiossa+ja+Ig-luokanvaihto+rekombinaatioissa,+osassa+pääsäätelijänä+ja+osassa+avustavassa+roolissa.+Immunoglobuliinien+monimuotoisuudesta+saatavan+hyödyn+varjopuolena+on+riski+yleisimmän+imukudossyövän,+B-solulymfooman+kehittyimsestä,+koska+sama+mutaatioprosessi+on+kummankin+taustalla,+joten+kyseinen+mekanismi+ei+kerro+mitään+suunnittelusta+vaan+evolutiivisesta+kompromissista.”Hauskinta+on,+että+evoluutiouskovaisilta+viedään+nyt+heidän+rakkain+tikkarinsa+pois.+Yksi+mahdollinen+satunnainen+ja+hyödyllinen+mutaatio+on+taas+kumottu.”Näin+ei+siis+todellisuudessa+tapahtunut.+Etkö+ymmärrä,+että+ihminen+on+miljardien+vuosien+evoluution+tulos,+joten+meissä+on+tapahtunut+lukematon+määrä+luonnonvalinnan+testaamia+geneettisiä+muutoksia.+Tässä+on+esim.+tuore+tutkimus,+jossa+on+identifioitu+25+hyödyllistä+mutaatiota,+jotka+ovat+johtaneet+eliniän+pitenemiseen+ihmisillä+[1].[1]+https://academic.oup.com/mbe/article/35/8/1990/5000154
  6. Tulin+muutaman+kuukauden+tauon+jälkeen+selailemaan+palstaa,+ja+näköjään+minua+ei+ole+täällä+unohdettu.+Vastaan+yhdellä+viestillä+omalta+osaltani+syytöksiin.Sanojen+suuhun+syöttäminen:On+hyvin+mahdollista,+että+ymmärsin+ja+tulkitsin+kirjoituksesi+väärin,+kun+väitin+sinulla+olevan+fakkiutunut+solipsistinen+näkemys+fenomenaalisen+kokemuksen+absoluuttisuudesta.+Mutta+kun+huomioidaan+mitä+suoraan+kirjoitit+useampaan+kertaan,+niin+ei+väitettäni+voi+kohtuuden+nimissä+pitää+tahallisena+sanojen+toisen+suuhun+syöttämisenä+tai+varsinkaan+valehteluna.Sinä+kirjoitit:+”Tässä+on+nyt+vain+kaksi+eri+näkövinkkeliä+samasta+asiasta,+joista+toinen+on+absoluuttinen+totuus+eli+kokemuksellisuus+(minulle,+tyyliä+solipsismi,+jotain+tapahtuu)+ja+teoria+siitä+mitä+sen+alla+tapahtuu,+mistä+se+johtuu.+Ja+ärsyttää+kun+sen+absoluuttisen+totuuden+ympärillä+taaplataan+ja+astuillaan+tai+ainakin+ollaan+astuvinaan+sen+varpaille,+mikä+olisi+kaikille+hyvin+selvää+jos+kyseessä+oleva+teoria+olisi+enemmän+utopistinen.””Kokemuksellisuus+jokatapauksessa+on+olemassa,+jäljittää+sen+alkuperän+minne+tahansa.””Ei+tämä+tietoinen+kokemuksellisuutemme+poistu+mihinkään+paljastuisi+tietoisuuden+alkuperäksi,+funktioksi+tms.+mikä+tahansa.”jne.Saatoin+hyvinkin+ylitulkita+kirjoituksiasi,+mutta+en+niistä+tietoisesti+valehdellut.Erimielisyys+ja+lainauslouhinta:Kuten+tuossa+ylempänä+jo+todetaan,+niin+kirjoitin+heti+alkuun,+että+AST:n+esittämän+skemaattisen+karikatyyrin+illusorisella+luonteella+ei+tietenkään+ole+mitään+merkitystä+sen+kannalta,+miten+sen+”itse+koemme”.+Se+on+”minulle”+todellinen.+Et+ilmeisesti+tätä+huomioinut,+koska+jatkoit+saman+asian+käsittelyä.+Tästä+johtuen+yritin+sitten+argumentoida+sen+näkökulman+puolesta,+miksei+teorian+mukaan+mekanistisen+funktion+omaava+adaptiivinen+osa+informaationkäsittelyprosessia+sisällä+todellista+fenomenaalista+tietoisuutta,+vaikka+aivomme+niin+inttävätkin.Ja+mitä+tulee+siihen+lainauslouhintaan,+jolla+pyrit+todistamaan+meidän+olevan+samaa+mieltä,+niin+sinä+lainasit+tätä+osaa:+”tunnemme+olemuksellisuutena+ja+subjektiivisena+kokemuksena”,+kun+lause+kuului+kokonaisuudessaan+näin:+”Se+tarkoitti+tietenkin+sitä,+että+se+minkä+”tunnemme+olemuksellisuutena+ja+subjektiivisena+kokemuksena”,+on+AST:n+mukaan+aivojen+sepittämä+päätelmä+prosessoimastaan+informaatiosta.”Ja+juuri+sen+yläpuolella+olin+kertonut,+kuinka+AST:n+mukaan+se+sepite+on+illusorinen+(karikatyyri),+eikä+se+olemuksellisuuden+tunne+ole+siis+siinä+mielessä+todellinen,+kuin+arkijärkemme+meille+sen+kertoo+olevan.+Ja+koska+teorian+mukaan+sitä+minää+tai+edes+koko+tietoisuutta+ei+sinänsä+ole+olemassakaan,+vaan+on+huomion+todellinen+kohdistuminen+ja+informaation+prosessoinnin+seurauksena+syntynyt+skemaattinen+karikatyyri,+jolla+on+mekanistinen+ja+adaptiivinen+funktio,+ei+vaikeaa+ongelmaa+ole+teorian+mukaan+siinä+mielessä+olemassa,+kuin+Chalmers+sen+aikoinaan+esitti.+Tätä+väittelyä+ei+olisi+todennäköisesti+syntynyt,+jos+olisit+huomioinut+sen+toisessa+viestissäni+kirjoittamani+kohdan.En+oikeasti+ymmärrä,+että+miten+tämän+voi+käsittää+epärehellisyytenä+ja+valehteluna.Vastaamattomuus:Yritin+usean+Grazianon+kirjoituksen+avulla+näyttää,+mitä+hän+tietoisuudella+teoriassaan+tarkoittaa,+vaikka+lainatut+kohdat+eivät+ehkä+aivan+niitä+selkeimpiä+olleetkaan.+Itse+kyllä+ymmärsin+heti,+mitä+hän+niissä+pyrkii+selvittämään.+En+pitänyt+keskustelun+kannalta+oleellisena+sitä,+miten+minä+olen+tietoisuutta+arkimerkityksessä+käsitellyt.+Hyviin+keskustelutapoihin+olisi+varmasti+kuulunut,+että+olisin+siihenkin+heti+vastannut.+Sait+kuitenkin+lopulta+vastauksen.Henkilöön+meneminen+ja+mustamaalaus:Tätä+todellakin+tapahtui,+ja+pahoittelin+sitä+myöhemmin.+En+kuitenkaan+ymmärrä,+että+miten+tämä+tekee+minusta+yleisellä+tasolla+epärehellisen+keskustelijan.Oman+mukaan+lisääminen:Ymmärrän+itse+oman+lisäämisen+asioiden+päästä+heittämisenä.+Tätä+en+mielestäni+suoraan+tehnyt,+koska+olin+lukenut+Grazianon+ajatuksista+koskien+esim.+illusionismin+malleja+ja+niiden+yhteensovittamista+AST:hen,+vaikka+teoria+itsessään+ei+sisällä+illuusion+käsitettä,+vaan+siinä+lähes+sama+ajatus+on+korvattu+karikatyyria+käyttäen.+Sama+koskee+muita+kohtia,+joissa+syytät+minun+lisänneen+omiani.+Eli+vaikka+kaikki+kirjoittamani+ei+suoraan+itse+teoriasta+löydykään,+niin+niillä+on+merkitykselliset+ja+Grazianon+itse+hyväksymät+yhtymäkohtansa+hänen+teoriaan.+Olisin+toki+voinut+aina+erikseen+ilmoittaa,+jos+tietty+kohta+ei+suoraan+AST:stä+ole.Mitä+tulee+kirjoittajien+rehellisyyteen+noin+yleisellä+tasolla,+niin+en+usko+ateismin/teismin+olevan+kovinkaan+hyvä+indikaattori+sitä+määrittelemään.+Kummastakin+”leiristä”+löytyy+väkeä+moneen+junaan.+Ihmisiä+me+kaikki+olemme,+ja+syyllistymme+toisinaan+erilaisiin+asioihin,+niin+minä+kuin+sinäkin.+En+kuitenkaan+myönnä,+että+pyrkisin+tietoisesti+olemaan+väittelyissä+epärehellinen,+jotta+voisin+”voittaa”+ne.+Voi+toki+olla,+että+olen+sokea+omia+tekstejäni+kohtaan.+En+tiedä+milloin+palaan+seuraavan+kerran+palstalle,+joten+tämä+oli+todennäköisesti+osaltani+tässä.
  7. ”Ja+solon,+missä+lienetkään,+tässä+sinulle+todella+tuoretta+tietoa+epigeneettisten+mekanismien,+koodaamattomien+RNA-molekyylien,+DNA:n+metylaation+ja+histonien+vaikutuksesta+periytymiseen.+Olin+taas+oikeassa.”Ei+minulla+ole+tällä+hetkellä+aikaa+kommentoida+näitä+sinun+päättömyyksiäsi.+Minä+nimenomaan+olen+kertonut,+kuten+tämäkin+tutkimus+toteaa,+siittiösolujen+sisältämien+biomolekyylien+ja+niiden+modifikaatioiden+merkityksestä+epigeneettisen+informaation+sukupolvien+yli+tapahtuvassa+periytymisessä.+Sinä+olet+vain+jankannut+solunulkoisten+vesikkeleiden+kuljettavan+kaiken+sen+informaation+siemennesteessä.+Olit+taas+väärässä.+Palataan+ehkä+ensi+viikolla+asiaan.
  8. Koiraeläinten+(Canidae)+alkuperäinen+karyotyyppi+on+2n=38,+joten+mielivaltainen+jaottelusi+ei+edelleenkään+toimi.+Pampaviskatsarotan+(Tympanoctomys+barrerae),+diploidinen+kromosomiluku+on+2n=102,+ja+tuo+nisäkkäiden+suurin+genomi+on+kehittynyt+vieläpä+evolutiisesti+ajatellen+hyvin+nopeasti+[1]?+Miten+tämä+sopii+”teoriaasi”+jatkuvasta+kromosomikadosta?Lainaus:+”Taken+together,+these+results+provide+insights+into+the+origin+of+the+largest+mammalian+genome+and+support+that+1)+it+evolved+by+expansion+of+a+diverse+mosaic+of+repetitive+sequences,+and+2)+the+genomic+distribution+of+these+elements+is+not+uniform.”[1]+https://academic.oup.com/gbe/article/9/6/1711/3954029
  9. Tällaista+sekasotkua+syntyy,+kun+ei+ymmärrä+kirjoittamastaan+aiheesta+yhtään+mitään.+RNA-termosensorit+ovat+rakenteeltaan+hyvin+yksinkertaisia+ncRNA-molekyylejä,+jotka+sijaitsevat+lähes+poikkeuksetta+transkriptoidun+mRNA:n+transloitumattoman+alueen+(UTR)+5´-päässä,+ja+ovat+muutamasta+kymmenestä+vähän+yli+toistasataa+nukleotidia+pitkiä+(lyhyitä)+transkripteja.+Yleisimmin+näitä+löytyy+lämpösokkiproteiineja+koodaavista+geeneistä,+mutta+jonkin+verran+myös+esim.+joistain+virulenssigeeneistä.Perusrakenteeltaan+ja+toiminnaltaan+RNAT:t+ovat+kaikki+samanlaisia,+eli+ne+toimivat+”vetoketjun”+tavoin+sisältäen+hiuspinnirakenteen+(stem-loop),+joiden+lukumäärä+vaihtelee+yhdestä+viiteen.+Kaikki+tunnetut+RNAT:t+sisältävät+esim.+Shine-Dalgarno+-sekvenssin+(5'-AGGAGG-3'),+joka+on+yleinen+sekvenssi+bakteeri-mRNA:ssa.+RNAT-perheiden+sisällä+on+myös+konservoituneita+jaksoja,+kuten+FourU-termosensoreiden+neljän+uridiini-nukleosidin+jakso+hiusneularakenteessa+SD-sekvenssiä+vastapäätä.+Sekundäärirakenne+on+siis+hyvin+konservoitunut+RNAT-molekyyleissä,+mutta+nukleiinihapposekvenssit+poikkeavat+noita+konservoituneita+jaksoja+lukuunottamatta+merkittävästi.Pääasiassa+RNAT:t+säätelevät+mRNA:n+translaatiota+proteiiniksi+tukkimalla+ribosomien+sitoutumiskohdan+lämpötilan+laskiessa+tietyn+arvon+alle,+ja+vice+versa+lämpötilan+noustessa+tietyn+rajan+yli.+Konformaation+muutos+tapahtuu+sekundääritasolla,+kun+silmukkalaskos+denaturoituu,+ja+tämä+prosessi+on+siis+palautuva.+Hiuspinnirakenteiden+laskostuminen+on+termodynaaminen+prosessi,+joka+kontrolloi+lähes+yksin+kyseistä+tapahtumaa,+vaikka+esim.+Mg2++-ioneilla+on+havaittu+säätelyvaikutusta+johinkin+RNA-termosensoreihin.+Ribokytkinten+säätelyn+liittyy+enemmän+tekijöitä+kuin+RNA-termosensorien,+kuten+esim.+erilaiset+ligandit.+Eli+siis+toisin+kuin+ROT+kuvittelee,+ei+RNAT:den+tapauksessa+ole+kyse+monimutkaisesti+säädellystä+järjestelmästä,+vaan+sekundääritason+kemiallisisesta+rakenteesta+(esim.+pieni+määrä+pariutumattomia+emäksiä,+hairpin-rakenne+jne.),+joka+hakeutuu+lämpötilan+muuttuessa+kohti+termodynaamista+tasapainotilaa,+koska+se+ei+ole+stabiili+rakenne.RNA-termosensorit+voivat+myös+joissain+tapauksissa+säädellä+transkriptiota+esim.+kontrolloimalla+virulenssitekijöiden+transkription+aktivaattoreiden+valmistusta,+johon+vaikuttaa+myös+quorum-sensing+-järjestelmä.+Kokeellisesti+on+osoitettu,+kuinka+sekundäärirakenteen+pistemutaatiot+voivat+muuttaa+denaturoitumislämpötilaa,+ja+tällaisia+variaatioita+on+havaittu+myös+luonnossa.+Ei+ole+vaikeaa+ymmärtää,+että+erilaisissa+olosuhteissa+voi+olla+edullisempaa+säädellä+translaatiota+eri+lämpötiloissa.Se+on+totta,+että+niiden+ylipäätään+hankalasta+havaitsemisesta+perinteisillä+sekvensointimenetelmillä+johdosta+RNA-termosensoreiden+evolutiivinen+alkuperä+ei+ole+vielä+selvillä.+Ribokytkimet+ovat+konservoituneempina+molekyyleinä+helpommin+tutkittavissa,+ja+niiden+evoluutiohistoria+on+jo+pystytty+kartoittamaan+pääpiirteissään.+Niiden+samankaltaisesta+levittäytymisestä+on+päätelty+myös+RNAT:den+olevan+peräisin+peptidi-RNA+-maailman+ajoilta,+jolloin+RNA:n+erilaiset+sekvenssit+saattoivat+toimia+niin+biokatalyytteina,+säätelijöinä+kuin+erilaisina+sensoreinakin,+joista+nykyisin+laajemmassa+vastuussa+ovat+muut+biomolekyylit.Onko+uusi+taktiikkasi+kiikuttaa+palstalle+kaikki+muinaiset+RNA-molekyylit,+ja+pohjata+argumentaatiosi+siihen+ettet+niistä+mitään+ymmärrä,+joten+niiden+täytyy+olla+suunniteltuja?
  10. ”Vain+solon+voi+kuvitella,+että+lukuisista+proteiineista+valmistettu+monimutkainen+molekyylikone+voisi+rakentua+ihan+itsekseen.”Ei+erilaisten+useasta+alayksiköstä+rakentuvien+entsyymien+kehittyminen+ole+mitään+uskon+asiaa,+varsinkaan+kun+primäärifunktio+ei+tarvitse+kaikkia+alayksikköjä+toimiakseen,+vaan+se+pohjautuu+homodimeeriseen+muotoon+[1].[1]+http://discovery.ucl.ac.uk/1561085/1/Fouqueau_Evolutionary_Origins_Two-Barrel.pdf”Tutkijat,+jotka+kuvittelivat+RNA:n+syntyneen+ennen+DNA:ta,+saivat+nolon+opetuksen.+Tämä+takaisinveto+kumoaa+solonin+höpötykset.”Szostakin+laboratorion+vuonna+2016+julkaisema+artikkeli+koski+sitä,+että+arginiinirikkaat+peptidit+voisivat+heidän+mallissaan+katalysoida+ei-entsymaattista+RNA-templaatin+kopioitumista+vesikkeleiden+sisällä+alkumaapallon+olosuhteissa.+Koejärjestelyissä+havaittiin+puutteellisuuksia,+joten+keskeiset+johtopäätökset+olivat+osin+virheellisiä.+Minä+esittelin+kaksi+vaihtoehtoista+ja+eri+tavoin+rakennettua+mallia,+joista+toinen+julkaistiin+syksyllä+2017+ja+toinen+tämän+vuoden+tammikuussa.+Toinen+malli+ei+edes+sisällä+samoja+oligopeptidejä,+kuin+Szostakin+laboratorion+julkaisema+malli.+Et+selvästikään+ymmärrä+mistä+tuossa+tutkimuksessa+oli+kyse,+koska+päätelmäsi+sen+merkityksestä+on+täysin+posketon.
  11. ”RNA-polymeraasin+olemassaoloon+tarvitaan+joko+RNA-polymeraasi+tai+luominen.”Ei+tämä+ole+mikään+joko-tai-kysymys.+Tähän+on+tarvittu+esim.+itsereplikoivia+ribotsyymejä+tai+vaihtoehtoisesti+jokin+toinen+itseään+spontaanisti+replikoiva+molekyyli,+joka+kykenee+sekä+informaation+koodaukseen+että+katalyyttinä+toimimiseen.+Oligonukleotideja,+lipidejä+ja+peptidejä+on+voinut+syntyä+spontaanisti+yhtäaikaisesti+kemiallisista+prosesseista+esim.+prebioottisen+fosforylaation+avulla+[1,2].+Nämä+passiiviset+prosessit+eivät+ole+tarvinneet+biologisia+katalyytteja.+[1]+https://www.nature.com/articles/nchem.2878.epdf?referrer_access_token=MaYd1GzQSQbXYNNVtDJwidRgN0jAjWel9jnR3ZoTv0PnB_JG_wCKgI6Xbdre9s2g8KkviHJumvGtopQSCut4y0J8U56fBSArihyH_mnCyN0NOk8ViK6aR2HzD7QehhTFFTtAEqmdRY5Oo2OY1JUyEp1OBlBKAGEs8ZwuG2_uVHHct4DxnLe7BllM6baxDWIteDo-BPi2DMX6oEGA_A8wtlbeGenkhuzeI4jLlTcO9Qc=&tracking_referrer=www.space.com[2]+http://europepmc.org/backend/ptpmcrender.fcgi?accid=PMC4568310&blobtype=pdfSpontaani+ja+satunnainen+proteiinisynteesi+on+siis+ollut+mahdollinen+prebioottisista+kemiallisista+prosesseista,+mutta+passiivinen+replikaatio+on+ollut+hyvin+virheherkkä.+Replikoituva+ribotsyymi+on+voinut+toimia+ensimmäisenä+RNA-polymeraasina+[3],+ja+useasta+alayksiköstä+koostuvat+RNA-polymeraasit+ovat+voineet+kehittyä+primordiaalisesta+RNAP:stä+[4].+Ja+kuten+totesin,+vaihtoehtoisesti+esim.+itsereplikoivat+amyloidit+ovat+voineet+toimia+katalyytteina+RNA-entsyymien+sijaan,+jos+(ja+kun)+kerran+sinunkin+mielestä+peptidi-RNA-maailma+näyttää+todennäköisemmältä+kuin+puhdas+RNA-maailma+[5].+[3]+http://rsos.royalsocietypublishing.org/content/4/9/170376[4]+http://discovery.ucl.ac.uk/1561085/1/Fouqueau_Evolutionary_Origins_Two-Barrel.pdf[5]+https://www.nature.com/articles/s41467-017-02742-3Tästä+voit+lukea+lisää+siitä,+miten+autokatalyyttinen+polymerointi+satunnaisista+sekvensseistä+on+voinut+syntyä+[6].+Ja+tästä+puolestaan+siitä,+miten+prebioottisten+protosolujen+jakautuminen+on+esimerkiksi+mahdollisesti+voinut+kehittyä,+ettei+sinun+tarvitse+pähkäillä+päätäsi+puhki+sillä+aivopierulla,+että+”miten+bakteerit+oppivat+jakautumaan+minuuteissa”+[7].+Ai+niin,+ja+vielä+bonuksena+voit+lukea,+kuinka+satunnaisesta+proteiinisynteesistä+on+mahdollisesti+voitu+siirtyä+proto-tmRNA+välivaiheen+kautta+ribosomien+suorittamaan+translaatioon+[8].[6]+http://www.pnas.org/content/114/36/E7460.full[7]+https://arxiv.org/pdf/1603.01571.pdf[8]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5041485/Kaikkea+ei+tietenkään+neljän+miljardin+vuoden+takaisista+tapahtumista+tiedetä,+eikä+varmaa+selvyyttä+kaikkeen+koskaan+saadakaan,+koska+monet+vaiheet+ja+niiden+jäljet+ovat+jo+hävinneet+ja+kadonneet+ikuisiksi+ajoiksi.+On+silti+valheellista+väittää,+ettemme+voisi+mitään+selvittää+ja+sitä+kautta+tietää+mahdollisia+reittejä+niiden+syntyyn+ja+kehitykseen.P.S.+Ja+kun+kerran+RNA-polymeraaseista+on+puhe,+niin+niistä+saatta+löytyä+myös+selitys+DNA-genomiin+siirtymiseen+[9].[9]+https://elifesciences.org/articles/32330
  12. Ei+tämä+ole+enää+tottakaan!+Mitä+sinä+yritit+kertoa+tuolla+twiitillä?+John+Greally+on+Albert+Einstein+College+of+Medicine:n+epigenetiikan+yksikön+johtaja,+ja+hän+kritisoi+tuolla+twiitillä+uuden+katsausartikkelin+antaneen+liikaa+painoarvoa+noille+mekanismeille+näyttöön+nähden+molekyylipsykiatrisessa+kontekstissa.+Hän+siis+suhtautui+minua+kriittisemmin+tuohon+katsaukseen,+ja+sinä+kiikutit+tuon+twiitin+meidän+kaikkien+nähtäville.+Mitä+ihmettä+sinä+oikein+ajattelet?”Solon,+sinusta+ei+ole+opettajaksi.+Olet+jo+lähtökohtaisesti+väärässä+uskoessasi+evoluutioteoriaan,+jolle+ei+ole+ainuttakaan+tieteellistä+todistetta.”Jos+olet+noin+ehdoton,+niin+miksi+sitten+innoistuit+kahden+neurotieteilijän+kirjoittamasta+katsausartikkelista,+kun+he+kummatkin+hyväksyvät+evoluutioteorian+ja+ovat+aiemmin+kirjoittaneet+muun+muassa+DNA:n+toistojaksojen+polymorfismin+vaikutuksesta+aivojen+geneettiseen+plastisuuteen+ja+evoluutioon,+kuin+myös+sairauksien+syntyyn?+Nämä+viimeksi+esittämäni+esimerkit+rakenteellisen+ja+toiminnallisen+monimutkaisuuden+lisääntymisestä+geneettisten+muutosten+aikaansaaman+uuden+informaation+kautta+ovat+edelleen+ilman+älyllistä+kommentointia,+niin+kuin+kaikki+muutkin+esittämäni+tieteelliset+todisteet+evoluutiosta+[1,2,3,4].[1]+https://www.nature.com/articles/ncomms10397[2]+https://www.nature.com/articles/s41598-017-07385-4[3]+https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1534580715005195[4]+https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-016-0683-3
  13. On+jokseenkin+käsittämätöntä,+kuinka+naurettavaksi+onnistut+tekemään+itsesi+kerta+toisensa+jälkeen,+ja+silti+kuvittelet+olevasi+jotenkin+asian+ytimessä.+Kyseessä+on+jälleen+katsausartikkeli,+eikä+se+siis+sisällä+uutta+alkuperäistä+tutkimusta.+Artikkeliin+on+koottu+laaja+ja+kattava+katsaus+tämän+hetken+ymmärryksestä+ympäristöllisten+tekijöiden+vaikutuksesta+paternaalisesti+sukupolvelta+toiselle+periytyvien+epigeneettisten+modifikaatioiden+yhteydestä+aivotoimintaan+ja+psykiatrisiin+sairauksiin.+Siemennesteestä+tai+passiivisesta+DNA:sta+ei+puhuttu+sanaakaan,+vaan+siittiösolujen+paternaalisten+pienten+ncRNA-molekyylien+merkityksestä+ja+DNMT-geenien+koodaamien+DNA-metyylitransferaasien+katalysoiman+metylaation+muutosten+merkityksestä.+Noista+olemme+keskustelleet+satoja+kertoja,+vaikka+et+tunnu+millään+mitään+oppivan.+Puuttuvan+perimän+ongelmaan+liittyen+olen+jo+aiemmin+kertonut+sinulle,+että+osasyynä+hankalaan+havainnointiin+ovat+tosiaan+todennäköisesti+epigeneettiset+säätelytekijät.+Ylipäätään+puuttuvan+perimän+ongelma+on+koskenut+yhden+emäksen+monimuotoisuuden+(SNP)+kaltaisia+variantteja+ja+niiden+linkittämistä+tiettyihin+ominaisuuksiin+ja+sairauksiin.+Polygeenisten+ominaisuuksien+ja+pleiotrooppisen+vaikutuksen+takia+havainnointi+voi+olla+usein+hyvin+haastavaa,+ja+siihen+vaikuttaa+myös+dominanssipoikkeamat+ja+epistaasi.Näistä+huolimatta+suurin+ongelma+on+ehkäpä+kuitenkin+käytetyissä+menetelmissä.+Genomilaajuinen+yhteistutkimus+-menetelmä+(GWAS)+voidaan+kalibroida+GCTA-tilastointimenetelmää+hyödyntäen+ja+havaita+SNP:den+puuttuva+perinnöllisyys.+Tutkittujen+ominaisuuksien+yllättävän+korkeasta+polygeenisyydestä+johtuen+otanta+on+ollut+yleensä+liian+pientä+ja+GWAS-analyysiä+on+tehty+siksi+puutteellisesta+datasta.+”Nature,+joka+harvoin+julkaisee+vakavasti+otettavia+tutkimuksia,+on+nyt+uskaltanut+julkaista+sellaista+materiaalia,+joka+taatusti+kuumentaa+evolutionistien+tunteet.”On+hyvin+surullista,+ettet+itse+ymmärrä+kuinka+järjetön+ja+tyhmä+kirjoittamasi+lause+on.+Kaiken+kaikkiaan+katsausartikkeli+oli+todella+laadukas,+niin+kuin+Naturessa+aina,+eikä+se+tukenut+millään+tavoin+harhojasi.+Ei+jatkoon.P.S.+Etkö+oikeasti+erota+katsausartikkelia+tutkimusartikkelista+(alkuperäisartikkeli),+koska+olet+sortunut+samanlaiseen+sekoiluun+useita+kertoja,+vai+etkö+vain+välitä+siitä+mitä+valehtelet?
  14. "En+käsitä+vieläkään,+että+mitä+tällä+oikein+tahdot+sanoa."En+puutu+sivusta+sen+enempää+teidän+väliseen+keskusteluun,+mutta+uskoisin+esim.+näiden+tutkimusten+[1,2,3]+olevan+sen+asian+ytimessä,+jota+tuo+kirjoittaja+yrittää+esittää+Tuulirannan+epäselvän+argumentaation+takaa.[1]+https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0079610716300542[2]+https://www.nature.com/articles/s41598-017-16229-0[3]+https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2018/01/24/161711.full.pdfKannattaa+vilkuilla+nuo+lävitse.
  15. ”Oikiksesta+tyhmyyden+vuoksi+poispotkittu+Solon+uskoi+sikana+roska-dna-evoluutiojäämään+aikoinaan,+joten+en+anna+tuolle+sällille+muuta+roolia+kuin+sen+että+siinäpä+vasta+oivallinen+esimerkki+herkkäuskoisesta+auktoriteettiuskovasta+evokista.”Sinä+se+Jyri+jaksat+vuodesta+toiseen+olla+aina+yhtä+vitsikäs.+Kyllä+minä+oman+laskuoppini+mukaan+olen+aika+monta+vuotta+juristina+toiminut,+vaikka+ne+hommat+saavatkin+tulevaisuudessa+jäädä+ehkä+kokonaan.+Mitä+tulee+sitten+ilman+todellista+funktiota+olevaan+DNA:han,+niin+sitä+genomista+löytyy+runsain+mitoin,+ja+tulee+aina+löytymään.+Kokonaan+merkityksellisesti+funktionaalinen+genomi+on+pelkkää+utopiaa.+Todellisuudessa+ihmisen+mutaatiofrekvenssi+osoittaa,+ettei+genomista+voi+olla+merkityksellisesti+toiminnallista+kuin+maksimissaan+25%,+ja+todennäköisesti+toiminnallinen+osuus+on+selvästi+vielä+pienempi.Optimaalinen+funktionaalisuusaste+olisi+korkeintaan+10-15%+tunnetulla+mutaatiofrekvenssillä,+mutta+uusin+ja+laajin+tutkimus,+jossa+funktionaalisuutta+selvitettiin+ncRNA:n+osalta+niin+biokemiallisella,+geneettisellä+kuin+evolutiivisella+lähestymismetodilla,+toiminnalliseksi+osuudeksi+määriteltiin+18,5%+[2,3].+Tämä+tarkoittaisi,+kun+lukuun+lisätään+proteiineja+koodaavat+jaksot,+että+noin+20%+genomista+olisi+oikeasti+toiminnallista.Lainaus:+”Mutational+load+considerations+lead+to+the+conclusion+that+the+functional+fraction+within+the+human+genome+cannot+exceed+25%,+and+is+probably+considerably+lower.”Lainaus:+”We+find+support+for+the+functionality+of+18.5%+annotated+ncRNAs+based+on+their+resemblance+to+known+genes.”[2]+https://academic.oup.com/gbe/article/9/7/1880/3952726[3]+http://shiulab.plantbiology.msu.edu/images/6/69/Tsai.pdfTutkimuksessa+ei+kuitenkaan+voitu+määritellä+intronien+ja+intrageenisten+alueiden+toiminnallisten+osien+seassa+olevaa+toimimatonta+välike-DNA:ta,+joten+todellinen+lukema+funktionaalisuuden+osalta+on+todennäköisesti+jonkin+verran+pienempi.
  16. "Olen+huomannut+nyt+ehkä+puolen+kymmenen+viestiketjun+osalta+viimeisen+noin+viikon+aikana,+että+jossain+vaiheessa,+kun+olen+jaksanut+etsiä+viitteet+ja+perustella+väittämäni+kunnolla,+sinä+katoat.+Kymmentä+minuuttia+myöhemmin+löytyy+uusi+ketju,+jossa+olet+pääsääntöisesti+jättänyt+ne+argumentit+pois,+jotka+olen+osoittanut+juuri+vääriksi,+mutta+uusi+setti+vääriä+argumenttejä+on+ilmestynyt."Tuota+samaa+ROT+on+harrastanut+kustannuksellani+jo+kolmatta+vuotta.+Vastailen+hänen+väitteisiinsä+vain+sivullisia+ajatellen.
  17. ”Mikähän+mahtaa+olla+viimeisin+tieto?+Ettei+olisi+yli+90%?”Ei+ainakaan+nykytiedon+valossa,+mutta+lopullista+varmuutta+ei+tietenkään+ole+saatavilla.”Loppuosa+on+varattu+immuunipuolustusjärjestelmälle,+joka+tallettaa+virusten+jälkiä+genomiimme.”ERV:istä+melkoinen+osa+transkriptoidaan+RNA:ksi,+vaikka+se+ei+funktionaalista+olisikaan.+Tämän+lisäksi+on+olemassa+suuri+määrä+transkriptoimattomia+pseudogeenejä,+intronien+ja+intrageenisten+alueiden+toiminnallisten+osien+seassa+olevaa+transkriptoimatonta+välike-DNA:ta+ja+muita+transkriptoimattomia+elementtejä,+joten+selityksesi+ei+toimi.”Kuulostaako+suunnittelulta?”Ei+kuulosta.
  18. Evoluutiolle+on+lukuisia+erilaisia+mekanismeja,+kuten+esim.+minä+olen+satoja+kertoja+sinulle+esitellyt,+mutta+niiden+esittely+on+sinulle+täysin+hyödytöntä+lukuisista+syistä.+Tässä+on+esim.+muutamia+esimerkkejä+rakenteellisen+ja+toiminnallisen+monimutkaisuuden+lisääntymisestä+geneettisten+muutosten+aikaansaaman+uuden+informaation+kautta+[1,2,3,4].+[1]+https://www.nature.com/articles/ncomms10397[2]+https://www.nature.com/articles/s41598-017-07385-4[3]+https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1534580715005195[4]+https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-016-0683-3+Miten+ajattelit+tällä+kertaa+selittää+nuo+olemattomiksi?+Anna+kun+arvaan,+hakukone+tulee+laulamaan+ja+yrität+sitten+jollain+idioottimaisella+aasinsillalla+saada+ne+yhditettyä+epigenetiikasta+johtuvaan+ekologiseen+adaptoitumiseen.
  19. ”Tutkitaanpa+ensin,+mitä+jo+tiedetään+histonien+epigeneettisistä+markkereista+ja+niiden+vaikutuksesta+proteiinituotantoon,+yksilön+ominaisuuksiin,+morfologiaan+ja+ns.+body+plan:iin.”Olemme+käsitelleet+histonien+kovalenttisten+modifikaatioiden+vaikutuksia,+ja+myös+ncRNA:n+osuutta+niissä+jo+kymmenissä+ketjuissa,+joten+et+tuo+mitään+uutta+keskusteluun.”Pitkät+ei-koodaavat+RNA-molekyylit+välittävät+histonien+epigeneettiset+markkerit+paikalleen.+Tehtävään+osallistuvat+myös+jotkut+muut+koodaamattomat+RNA:t,+mutta+päävastuu+on+lncRNA-molekyyleillä.”Eivät+välitä,+vaan+vaan+siirtoa+katalysoivat+histoni+metyylitransferaasit,+histoni+asetyylitransferaasit+ja+erilaiset+proteiinikompleksit.+Tietenkin+lncRNA-transkripteillä,+kuten+vaikkapa+HOTAIR-geenin+koodaamalla+lncRNA:lla+ja+lncRNA+Xist-transkripteillä+on+tärkeät+roolinsa+alkionkehityksen+säätelyssä+ja+uudelleenohjelmoinnissa,+mutta+eivät+ne+toimi+itse+transferaaseina.”No+mistä+alkio,+jonka+epigenomi+on+lähes+kokonaan+pyyhitty+pois,+saa+informaation+histonimarkkereitaan+varten,+jos+kerran+lncRNA:t+vastaavat+niiden+paikalleenasettamisesta?””Hakusanat:+sperm+lncrnas”Sinä+siis+todella+väität,+että+siemennesteen+eksosomeissa+kulkeutuu+spesifejä+lncRNA-transkriptejä,+jotka+sitoutuvat+tiettyyn+kohtaan+tsygootin+genomia+ja+ilmenevät+sitten+myöhemmin+tiettynä+fenotyyppinä?+Tervemenoa+Kellokoskelle!+Eilen+onnistuit+todistelemaan+tätä+muun+muassa+tutkimuksella,+joka+käsitteli+sitä,+kuinka+kivesten+somaattisissa+soluissa+syntyvät+miRNA:t+toimivat+välittäjinä+spermatogeneesin,+eli+siementiehyissä+tapahtuvan+sukusolun+erilaistumisen+kantasolusta+siittiösoluksi,+post-transkriptionaalisessa+kontrolloinnissa.+Tämän+lisäksi+esittelit+liudan+tutkimuksia,+jotka+koskivat+kypsien+siittiösolujen+paternaalisen+RNA:n+funktiota,+mutta+niistäkään+yksikään+ei+liittynyt+epigeneettiseen+uudelleenohjelmointiin.+Siemennesteen+eksosomien+RNA:n+säätelyfunktioista+on+vain+jotain+spekulaatioita+olemassa,+mutta+sinä+nostat+ne+vastaamaan+meidän+kaikista+ominaisuuksista.+Jos+tämä+ei+kerro+kognitiivista+vinoumista+ja+muista+kognitiivisen+toimintakyvyn+häiriöistä,+niin+kuinka+megalomaanisia+väitteitä+pitäisi+esittää,+jotta+näin+olisi?”DNA+on+vain+passiivista+digitaalista+tietovarastoa,+joka+on+tarkoitettu+RNA-tuotteiden+rakentamiseksi.”Kysytään+nyt+tässäkin+yhteydessä,+koska+jätit+toisaalla+vastaamatta,+että+jos+DNA:n+ainoa+rooli+on+toimia+passiivisena+informaatiovarastona+toiminnalliselle+RNA:lle,+niin+miten+selität+sen+että+DNA:sta+transkriptiodaan+vain+n.+80%?+Jos+nyt+unohdetaan+se+tosiasia,+että+syntyvistä+transkripteistä+suuri+osa+on+toimimattomia,+niin+sinullekin+jää+selitettävää+tuolle+~20%:lle+DNA:sta,+jota+ei+transkriptioida+RNA:ksi.+Sinun+mukaasi+genomissa+ei+ole+roskaa,+mutta+toisaalta+sinun+mukaasi+DNA:n+ainoa+tehtävä+on+toimia+informaatiovarastona+toiminnallisen+RNA:n+valmistuksessa,+joten+miten+selität+tämän+ristiriidan?+Mitä+tekee+se+20%+DNA:sta?
  20. ”TÄH??+Ei+teistä+evoista+ota+selvää+ku+toisessa+paikassa+Solon+selittää+ihan+muuta.+Kumpi+valehtelee??”Kumpikaan+ei+valehtele,+mutta+YB+on+oikeassa+tuon+29,8%+suhteen.+Itse+olin+aiemmin+törmännyt+slncky+etsintätyökaluun,+ja+tiesin+sen+kehitetyn+tunnistamaan+entistä+tehokkaammin+konservoituneita+lncRNA-transkriptejä+suoraan+RNA-sekvenssidatasta,+joten+se+on+tehokas+työkalu+identifioimaan+lajien+välistä+sekvenssihomologiaa.+Kun+ROT+sitten+esitteli+tuon+lukeman,+niin+Google+tarjosi+juuri+sitä+artikkelia+jonka+olin+jo+joskus+aiemmin+lukenut,+ja+pikaisella+silmäilyllä+sellainen+luku+todella+löytyi+siitä,+joten+ajattelin+asian+olevan+kunnossa.+Nyt+vasta+tarkemmin+katsoin+kyseistä+paperia+uudelleen,+ja+siinä+todellakin+puhutaan+empiirisessä+tutkimuksessa+yleisesti+käytetystä+P-arvosta+0,05.+Ja+kuten+YB+toteaa,+slncky:n+osalta+tilastollinen+merkittävyys+löytyy+sekvenssihomologian+ollessa+29,8%,+eli+tuo+luku+itsessään+ei+koske+mitenkään+suoraan+löydettyjen+transkriptien+välistä+synteniaa+lajien+välillä.+Oikeampi+luku+lajien+välisen+sekvenssihomologian+suhteen+on+siis+~70%,+vaikkakin+niiden+molekulaarinen+säätely+ja+ilmentymisprofiilit+voivat+olla+hyvinkin+poikkeavat.+Mitä+tästä+opimme?+Ainakin+sen,+ettei+mitään+ROT:in+kertomaa+asiaa,+vaikka+se+kuinka+yksinkertaiselta+tuntuisi,+voi+ostaa+sellaisenaan+ilman+tuplatarkistusta.+Toisaalta+vastuuta+ei+voi+vierittää+kokonaan+lähes+syyntakeettoman+henkilön+harteille,+joten+yritän+itse+olla+jatkossa+vieläkin+huolellisempi.+Kiitos+myös+YB:lle,+joka+huomasi+tuon+asian.
    21. 1 / 120
TietosuojaselosteKäyttöehdotEvästeasetuksetSäännöt