Vapaa kuvaus

Aloituksia

725

Kommenttia

3861

  1. Myös Hox-geenit ovat DNA-jaksoja, joita lukemalla solu valmistaa useita erilaisia Hox-transkriptiotekijöitä muuttamatta DNA:ta. Rakennusohjeet eivät ole DNA:ssa, vaan epigeneettisessä ohjelmistossa. DNA on tässä prosessissa passiivista, luettavaa informaatiota, joka ei ilman epigeneettisiä informaatioprofiileja säätele yhtään mitään.

    Jos edes perusteet voisitte opiskella...
  2. Nykytutkimuksen mukaan useat erilaiset pitkät ei-koodaavat RNA:t (lncRNA:t) osallistuvat eliöiden ruumiinkaavan (body plan) säätelyyn, erityisesti alkionkehityksen aikana. Tämä on nopeasti kehittyvä tutkimusalue kehitysbiologiassa ja epigenetiikassa.

    Solu rakentaa lncRNA-molekyylejä käyttämällä nerokasta mekanismia nimeltään vaihtoehtoinen silmukointi. Se tarvitsee epigeneettisen ohjauksen.

    🔹 Mitä lncRNA:t ovat?
    lncRNA:t (long non-coding RNAs) ovat RNA-molekyylejä, jotka:

    Eivät koodaa proteiineja

    Ovat yleensä yli 200 nukleotidia pitkiä

    Toimivat säätelijöinä geenien ilmentymisessä

    🔹 Miten lncRNA:t säätelevät ruumiinkaavaa?
    Säätely Hox-geenien ympäristössä

    Hox-geenit määräävät eläimen anteroposteriorisen akselin eli pään–häntäpään rakenteet.

    Hox-lokusten ympäriltä löytyy useita lncRNA:ita, jotka vaikuttavat siihen, mitkä Hox-geenit aktivoituvat missä ja milloin.

    Esim. ihmisellä ja hiirellä tunnetaan lncRNA:t kuten:

    HOTTIP – säätelee Hoxa-lokuksen geenien ilmentymistä

    HOTAIR – osallistuu HoxD-lokuksen säätelyyn ja kromatiinirakenteen muokkaukseen

    Haunt ja HauntlncRNA – vaikuttavat myös Hox-lokusten toimintaan

    Kromatiinin rakenteen ja tilan säätely

    lncRNA:t voivat rekrytoida kromatiinia muokkaavia komplekseja (esim. Polycomb-ryhmä), jotka hiljentävät tai aktivoivat laajoja geenialueita.

    Ne voivat toimia:

    Ohjaimina (guides)

    Siltarakenteina (scaffolds)

    Houkuttimina tai estäjinä transkriptiotekijöille tai epigeneettisille entsyymeille

    Tarkka ajallinen ja paikallinen geenien säätely

    Alkion eri osissa aktivoituvat eri lncRNA:t, mikä mahdollistaa hienosäädetyn aluekohtaisen geneettisen ilmentymisen.

    🔬 Tutkimusesimerkkejä
    Sun et al., Cell Reports, 2013: lncRNA HOTTIP ohjaa WDR5/MLL-kompleksin HoxA-lokukselle ja vaikuttaa sormien kehitykseen.

    Rinn et al., Cell, 2007: lncRNA HOTAIR säätelee kromatiinirakennetta ja HoxD-lokuksen geeniekspressiota selkäytimen kehityksessä.

    Maamar et al., Science, 2013: osoitti, että yksittäinen lncRNA voi ohjata solujen erilaistumista neuroektodermin ja mesodermin välillä.
  3. The number of DIFFERENT lncRNAs in a human body according to NONCODEv5 is 172,216. However, the number of different lncRNAs in a chimp body is only 18,604. LncRNAs play a very significant role in cellular differentiation, tissue type regulation, organ function, and even body plan. We should also remember that the number of different lncRNAs in a human body is almost 9 times higher than the number of protein-coding genes. Studies have also revealed that human/chimp lncRNAs are very different (non-conserved). Evolution believers claim that lncRNAs have evolved through mutations (HAR = human accelerated regions). However, medical science is aware that lncRNAs don't tolerate mutations:

    https://www.qmul.ac.uk/blizard/about/news/items/long-noncoding-rnas-in-neurological-diseases.html

    Excerpt: "Because of their important role in gene expression regulation, it should not be surprising to assume that any malfunction of lncRNAs, for example due to mutations, could have even serious consequences on the normal development of body organs. In fact, this is exactly what has been found by comparing the sequences of these RNAs in normal people versus diseased individuals.

    In the field of neurology, mutations in lncRNAs have been associated with abnormalities of neurological development or neurodegenerative diseases such as Alzheimer’s, Parkinson’s, Huntington’s and ASD (Autism spectrum disorder). Given the high personal and social impact of these diseases, it is very important to understand how these RNAs carry out their activity and what goes wrong following disease-causing mutations."
  4. 🔹 1. Eroja PAX6:n säätelyssä ihmisen ja hiiren välillä
    ✅ a) DNA:n metylaatioprofiilit
    DNA-metylaatio (yleensä CpG-alueilla) vaikuttaa geenin ilmentymiseen.

    Ihmisellä ja hiirellä PAX6-geenin metylaatiokuviot poikkeavat toisistaan, erityisesti:

    Alkion kehityksen aikana eri kudoksissa

    Aivojen eri osissa (esim. etuaivokuoressa)

    Tämä vaikuttaa siihen, milloin ja missä PAX6 ilmentyy.

    ✅ b) Histonien epigeneettiset modifikaatiot
    Esim. H3K4me3 (aktivoiva) ja H3K27me3 (vaimentava) merkinnät vaihtelevat lajeittain.

    Ihmisellä saattaa olla laajempi tai monimutkaisempi enhanseriverkosto, joka vaikuttaa PAX6:n ilmentymiseen aivojen kehityksessä ja silmän erilaistumisessa.

    Hiirellä tietyt cis-säätelyalueet sijaitsevat eri etäisyydellä geenistä tai niissä voi olla erilaisia transkriptiotekijöiden sitoutumiskohtia.

    ✅ c) Ei-koodaavat RNA-molekyylit (esim. lncRNA:t ja miRNA:t)
    PAX6:een vaikuttaa joukko ei-koodaavia RNA:ita, jotka voivat:

    Stabiloida tai hajottaa PAX6:n mRNA:ta (esim. miR-7, miR-375)

    Vaikuttaa kromatiinirakenteeseen geenin lähialueilla (lncRNA:t)

    Näiden RNA-molekyylien esiintyvyys ja säätely voivat poiketa ihmisen ja hiiren välillä, mikä johtaa erilaiseen PAX6:n hienosäätöön kehityksessä.

    Ei-koodaavat RNA-molekyylit eivät siedä mutaatioita, eli geneettisiä virheitä. Ne eivät toimi virheellisinä.

    🔬 Miksi tämä on tärkeää?
    Vaikka proteiinisekvenssi on hyvin samanlainen, kehityksellinen lopputulos ei ole identtinen.

    Esimerkiksi:

    Ihmisen aivojen kehitys on monimutkaisempi ja PAX6 on siinä erittäin keskeisessä roolissa.

    Ajallinen ja paikallinen ekspressio voi vaihdella merkittävästi lajien välillä juuri epigeneettisten säätelytekijöiden ansiosta.
  5. Höpöhöpö! Pax6 on vaihtoehtoisen silmukointiproseduurin läpikäynyt proteiini (geeni PAX6 kirjoitetaan kursiivilla), joka on TRANSKRIPTIOTEKIJÄ eikä mikään signaalimolekyyli.

    Transkriptiotekijät ovat PROTEIINEJA, signaalimolekyylit ovat useimmiten ei-koodaavia (koodaamattomia) RNA-molekyylejä.

    Ravenilla on perusteetkin olleet ihan hukassa, joten ei ihme, että hän uskoo evoluutioon. Kun ei ymmärrä eikä osaa...

    https://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Splice?db=core;g=ENSG00000007372;r=11:31784779-31817961

    Hakusanat: pax6 alternative splicing
  6. Tutkimuksessa (https://www.nature.com/articles/nature06967) ei puhuta yksittäisistä geeneistä vaan konservoituneista säätelyverkoista ja kehityksellisistä geeniryhmistä, joita yhdistävät ns. "linkittävät ryhmät". Nämä eivät välttämättä ole proteiinia koodaavia geenejä, vaan voivat sisältää myös säätelyelementtejä, kuten vahvistajia (enhancers) tai promoottorialueita, jotka säätelevät kehityksessä keskeisten geenien ilmentymistä. Vahvistajat ja promoottorit ovat epigeneettisiä säätelyalueita, jotka tarvitsevat DNA:n ulkopuolista informaatiota toimiakseen oikein, erityisesti metylaatioprofiileja.

    Signaalimolekyylejä koodaavia geenejä ei ole vain "muutamia kymmeniä" vaan satoja ja jopa tuhansia, riipuen luokituksesta.Transkriptiotekijät eivät ole signaalimolekyylejä, vaan proteiineja, jotka tyypillisesti sitoutuvat niihin DNA:n alueisiin, jotka tulee lukea transkriptioon. Esimerkiksi ihmisellä tunnetaan satoja transkriptiotekijöitä, jotka osallistuvat geenien säätelyyn eri kudoksissa ja kehityksen vaiheissa. Vaikka jotkut keskeiset säätelygeenit (esim. Hox-geenit tai TGF-beta-signalointiin osallistuvat geenit) ovat säilyneet melko muuttumattomina monilla eläimillä, niiden säätelyverkostot voivat silti vaihdella merkittävästi lajien välillä.

    Säilyneiden geenien tai säätelyverkkojen löytyminen eri eläinryhmiltä voi tukea yhteisen alkuperän mallia, mutta ne eivät sellaisenaan ole "vastaansanomattomia todisteita" evoluutiosta. Ne voivat myös osoittaa, että tietyt biologiset ratkaisut ovat niin keskeisiä eliön toiminnalle, että ne säilyvät riippumatta alkuperäselityksestä. Esimerkiksi rakenne- ja säätelygeenien säilyvyys voidaan selittää joko yhteisellä alkuperällä tai tarkoituksenmukaisella suunnittelulla, riippuen siitä, millaista lähtöoletusta tutkimuksessa sovelletaan.

    Aloitus on niin täynnä asiavirheitä, että sitä ei voi ottaa vakavasti.
  7. Arvioitaessa, kuinka todennäköistä tai mahdollista olisi liskon suomujen kehittyminen linnun höyheniksi pelkkien satunnaisten mutaatioiden kautta, on syytä nojautua sekä molekyylibiologiseen että kehitykselliseen tietoon. Kun otamme huomioon äsken tarkastellun tieteellisen aineiston sulkien kehityksestä (geenit, epigeneettiset säätelyalueet, ei-koodaavat RNA:t, histonimarkkerit), voimme tehdä seuraavan analyysin:

    1. Kehitysbiologinen ero: suomu vs höyhen
    Liskon suomut ja linnun höyhenet ovat pinnalta katsottuna molemmat ihoon liittyviä rakenteita (integumentaarisia), mutta niiden kehitysbiologia on radikaalisti erilainen.

    Suomut muodostuvat yksinkertaisista epidermis-kerroksen työntymistä, ilman haarautumista.

    Höyhenet sen sijaan muodostuvat kolmiulotteisessa prosessissa, jossa epidermis ja dermis muodostavat komplekseja symmetrisiä ja asymmetrisiä haaroittuvia rakenteita, joiden aikataulutettu ohjelmointi vaatii kymmeniä signaalireittejä (Wnt, BMP, FGF, SHH, Notch jne.) ja satoja geenejä.

    Höyhen ei ole vain modifioitu suomu, vaan täysin uusi morfogeneettinen innovaatio, jonka synty vaatii uudenlaista , monikerroksellista koodia.

    2. Geeni- ja säätelyverkoston monimutkaisuus
    Sulkien kehitykseen osallistuu vähintään satoja geenejä, joista osa kuuluu suuriin signaaliverkostoihin (esim. Wnt-reitti, joka yksinään vaatii >100 proteiinia ja säätelijää).

    Epigeneettisiä säätelyalueita (enhancers) tarvitaan kymmeniä, joista monet ovat kudos- ja ajankohtakohtaisesti aktivoituvia.

    Lisäksi ei-koodaavat RNA-molekyylit, kuten satoja pitkäjaksoisia lncRNA:ita ja kymmeniä miRNA-molekyylejä, osallistuvat geenien hiljentämiseen tai aktivoimiseen oikeaan aikaan ja paikassa.

    Histonimuutokset (esim. H3K27ac, H3K4me3) muovaavat kromatiinia siten, että vain tietyt geenit voivat ylipäänsä aktivoitua sulkakehityksen aikana.

    Pelkkä yhden geenin mutaatio ei laukaise tätä verkostoa – vaaditaan satojen, jopa tuhansien molekyylien yhteistoimintaa, ajoitusta ja tarkkaa säätelyä.

    3. Satunnaisten mutaatioiden näkökulma
    Satunnaiset mutaatiot:

    - ovat harvoin hyödyllisiä,
    - kohdistuvat useimmiten yksittäiseen kohtaan DNA:ssa, eivät monen geenin koordinoituun uudelleenjärjestelyyn,
    - eivät muodosta uusia säätelyverkostoja tai uusia ei-koodaavia RNA-elementtejä määrätietoisesti,
    - usein häiritsevät olemassa olevia rakenteita tai säätelyä.

    Ajatus siitä, että satunnaisten mutaatioiden kautta voisi syntyä:

    - kymmeniä uusia enhancer-alueita,
    - satoja sulkarakenteeseen liittyviä geeniaktivaatiota,
    - täysin uusi sulkaputken ja haarautumisen morfologia,
    - sekä nämä kaikki koordinoituna embryogeneesin kriittisiin vaiheisiin,
    - on matemaattisesti ja biologisesti äärimmäisen epätodennäköinen.

    Johtopäätös
    Sulkarakenteen kehitys vaatii monitasoista, hienosäädettyä säätelyverkostoa, jonka synnyttäminen pelkkien satunnaisten mutaatioiden kautta on äärimmäisen epätodennäköistä, lähes mahdotonta.

    Tämä tukee näkemystä, että:

    -sulka ei ole vähitellen muuntunut suomusta, vaan on kehityksellisesti erillinen rakenne, jonka takana on erityinen säätelyohjelma,

    -tällainen ohjelma ei synny ilman älykästä suunnittelua tai tarkkaa etukäteiskoodia, oli mekanismi sitten suunniteltu tai ohjelmoitu.
  8. Sinähän et ymmärtänyt mitään koko artikkelista. Olen jo yli vuosi sitten kirjoittanut Lucy-huijauksesta oman artikkelin lähteineen. Tässä olennaisimmat asiat.

    Lucy-huijaus on nyt paljastettu
    Lucy ei ole esi-isämme

    Australopithecus afarensis -lajin tunnetuimman yksilön, Lucyn, löytymistä ja sen tulkintaa on pitkään pidetty keskeisenä todisteena ihmisen evoluution tarinassa. Uudemmat tutkimukset kuitenkin asettavat tämän kertomuksen vakavasti kyseenalaiseksi, ja viittaavat siihen, että Lucy ei välttämättä ole nykyihmisen suora esi-isä, vaan muistuttaa enemmän simpanssia tai paviaania.

    Epäilyksiä Lucyn luokittelusta hominiiniksi
    Fossiilinäytöt ja liikkumistapa
    Tuoreet tutkimukset ovat korostaneet, että Australopithecus afarensis edusti sekä puissa elämiseen että maan pinnalla liikkumiseen soveltuvia piirteitä, mikä on ristiriidassa sen kanssa, että ne olisivat olleet pakollisesti kaksijalkaisia kuten nykyihmiset. Todisteet viittaavat siihen, että näillä yksilöillä oli merkittäviä kiipeämiseen sopeutuneita ominaisuuksia, kuten pitkät käsivarret ja kaarevat sormet – piirteitä, jotka ovat tyypillisiä puissa eläville kädellisille, eivät maalla kulkeville ihmisille (SCIEPublish).

    Poimintoja ja havaintoja tutkimuksesta:

    "Käymme läpi australopitekiinien ja nykyisten afrikkalaisten apinoiden lukuisia yhtäläisyyksiä, mikä viittaa siihen, että ne eivät välttämättä ole hominiineja eivätkä siten suoria esi-isiämme."

    "Australopitekiineilla on lukuisia luustollisia piirteitä, jotka vastaavat enemmän nykyisiä afrikkalaisia apinoita kuin nykyihmistä."

    "Australopitekiinien hampaisto muistuttaa selvästi simpanssien dentaalimorfologiaa, mikä viittaa enemmän ei-inhimillisten kädellisten kaltaiseen ruokavalioon."

    "Raajojen piirteet, kuten pitkät käsivarret ja kaarevat sormet, osoittavat sopeutumia puoliin tapahtuvaan liikkumiseen – kuten nykyapinoilla."

    "Kallonsisäinen tilavuus pysyy australopitekiineilla simpanssien ja gorillojen vaihteluvälin sisällä, ja on selvästi pienempi kuin Homo-suvun lajeilla."

    "Lantion rakenteen analyysi osoittaa muodon, joka on johdonmukaisempi neliraajaisten apinoiden kuin kaksijalkaisten ihmisten kanssa."

    "Australopitekiinit osoittavat huomattavan määrän nelijalkaisten apinoiden ominaisuuksia – erityisesti raajojen suhteissa ja liikkumismekanismeissa – jotka vastaavat läheisemmin nykyisiä simpansseja ja gorilloja."

    "Lantion ja alaraajojen rakenne viittaa siihen, että vaikka australopitekiinit kykenivät kaksijalkaiseen kävelyyn, niiden ensisijainen liikkumistapa oli todennäköisesti samanlainen kuin nykyapinoiden puissa tapahtuva kiipeily."

    "Hampaistossa näkyvät kuviot muistuttavat selkeästi ei-inhimillisiä kädellisiä, mikä viittaa enemmän apinamaiseen ruokavalioon ja elämäntapaan."

    "Kasvojen morfologia ja kallon piirteet muistuttavat vahvasti afrikkalaisia apinoita – erityisesti esiin työntyvää kasvojen rakennetta (prognatismi) – ja niistä puuttuvat Homo-lajeille ominaiset kehittyneet piirteet."

    "Australopitekiinien ja apinoiden fossiilisten jalkapohjan painaumien vertailu viittaa siihen, että niiden kävelytekniikka oli lähempänä nykyapinoiden liikkumista kuin ihmisen kaksijalkaista askellusta."

    Kysymyksiä herättävät rekonstruktiot
    Yksi kiistanalaisimmista Lucyn esitystavoista on se, kuinka inhimillisinä hänen piirteensä on esitetty. Taiteelliset rekonstruktiot esittävät Lucyn usein valkoisin silmän kovakalvoin (sclera), joka on ihmiselle ominainen piirre, mutta jota ei voida fossiilisten luiden perusteella todentaa. Tällainen kuvaustapa on todennäköisesti suunniteltu tekemään Lucysta ihmismäisempi kuin mitä fossiiliaineisto oikeasti tukee, ja se palvelee evoluutionarratiivia ilman vahvaa tieteellistä perustaa.

    Fossiilien konteksti ja eheys
    Millä perusteella Lucylle on annettu valkoiset silmänvalkuaiset?
    Lucyn jäännökset löydettiin useista eri paikoista, kuten Hadarista Etiopiassa. Fossiilit eivät muodostaneet yhtenäistä, ehjää luurankoa, vaan olivat hajallaan useilla eri alueilla ja kerrostumissa, mikä herättää kysymyksiä näytteiden yhteydestä ja rekonstruoidun yksilön tarkkuudesta. Fossiilien hajanaisuus maantieteellisesti ja stratigrafisesti vaikeuttaa edelleen väitettä, että ne kuuluisivat yhdelle yksilölle tai edes yhdelle ihmiselle läheisesti sukua olevalle lajille (SCIEPublish).

    Johtopäätös
    Uusissa tutkimuksissa esitetyt todisteet kyseenalaistavat vakavasti pitkään vallinneen väitteen, että Lucy olisi nykyihmisen suora esi-isä. Sekä puissa että maalla liikkumiseen viittaavat ominaisuudet, kyseenalaiset rekonstruktiot ja fossiilien hajanaisuus viittaavat siihen, että Australopithecus afarensis saattaa olla lähempänä nykyisiä simpansseja tai paviaaneja kuin Homo sapiens -lajia. Evoluutiota ei tapahtunut.

    Lähteet:
    Nature Anthropology – Volume 2, Issue 1
    SCIEPublish Article – https://www.sciepublish.com/article/pii/94
  9. Höpöhöpö. Yhtä ainoata varmaksi luokiteltua välimuotoa ei fossiiliaineistosta ole löydetty. Jokainen kandidaatti on kyseenalaistettu, suurin osa jopa evoluutiobiologien ja paleontologien toimesta. Tässä 20 tunnetuinta välimuotoa (transitional fossil) evoluutioteorian näkökulmasta. Mikään niistä ei ole saanut sataprosenttista tukea tiedemaailmassa:

    # Fossiili Väitetty siirtymä Lyhyt kuvaus
    1 Archaeopteryx Matelijat → Linnut Siivekäs fossiili, jolla on hampaat ja kynnet siivissä.
    2 Tiktaalik Kalat → Nelijalkaiset Lapaluut ja ranneluut muistuttavat maalla liikkuvia eläimiä.
    3 Australopithecus afarensis (esim. "Lucy") Apinat → Ihmiset Kaksijalkainen, mutta apinamaisia piirteitä.
    4 Pakicetus Maalla elävät nisäkkäät → Valaat Muinaisvalas, jolla oli jalat ja kuonomainen pää.
    5 Ambulocetus Maaeläimet → Merinisäkkäät "Kävelevä valas", jolla oli sekä uimiseen että kävelemiseen sopivat raajat.
    6 Ichthyostega Kalat → Sammakkoeläimet Ensimmäisiä tunnettuja nelijalkaisia.
    7 Coelacanth Kalat → Nelijalkaiset? Väitettiin välimuodoksi, mutta elää yhä – ei liiku maalla.
    8 Acanthostega Kalat → Maaeläimet Nelijalkainen eläin, joka eli vedessä.
    9 Sinornithosaurus Dinosaurus → Lintu Höyhenpeitteinen dinosaurus Kiinasta.
    10 Basilosaurus Välimuoto valaille Pitkä, käärmemäinen runko ja takajalkojen alkeelliset muodot.
    11 Hyracotherium (Eohippus) Pienet nisäkkäät → Hevoset Pieni nelivarpainen esihevonen.
    12 Rodhocetus Maalta → Valaisiin Oletettu valaan esimuoto, mutta fossiili on osittainen ja kiistanalainen.
    13 Therapsidit Matelijat → Nisäkkäät "Nisäkäsmäiset matelijat", joiden piirteet yhdistyvät.
    14 Microraptor Dinosaurus → Lintu Siivekäs dinosaurus, jossa neljä siipeä.
    15 Homo habilis Australopithecus → Homo sapiens Varhainen ihmislaji, jolla oli kiviesineitä.
    16 Homo erectus Välimuoto ihmisen kehityksessä Täysin kaksijalkainen, mutta aivokapasiteetti pienempi kuin nykyihmisellä.
    17 Proconsul Apinat → Ihmisen esimuodot Varhainen apinaihminen Afrikasta.
    18 Morganucodon Matelijat → Nisäkkäät Erittäin varhainen nisäkäs, jolla matelijamaisia piirteitä.
    19 Seymouria Sammakkoeläimet → Matelijat Välimuotoinen fossiili, jolla on molempien piirteitä.
    20 Feathered Dinosaurs (yleisnimitys, esim. Caudipteryx, Sinosauropteryx) Dinosaurus → Lintu Höyhenpeitteisiä dinosauruksia, usein kiinalaisista kerrostumista.

    Voin näyttää sinulle tarkempia tutkimuksia näistä jokaisesta ja osoittaa, että välimuotoja ei todellakaan ole löydetty.