Vapaa kuvaus

Aloituksia

273

Kommenttia

2386

  1. "Solon pieksee vanhoja olkiukkoja. 2011 löydetty fossiili todistaa valaan evoluution mahdottomaksi. Aika ei riitä!"

    Onko tämä todella kreationistien paras vasta-argumentti valaiden evoluutiota vastaan? Ilmeisesti, koska olen jo ainakin kahdesti vastannut tähän. Linkin sisältö perustuu Richard M. Sternbergin väitteisiin Durretin ja Schmitdtin tutkimuksesta. Sternberg on varsin kyseenalainen henkilö, eikä hänen väitteillään ole mitäään merkitystä. Sternbergin uskottavuudesta voi lukea wikipediasta; http://en.wikipedia.org/wiki/Sternberg_peer_review_controversy .

    Durretin ja Schmitdtin tutkimus puolustaa todellisuudessa evoluutiota ja lyttää Behen väitteet, mutta silti Sternberg onnistuu lainauslouhinnalla ja vääristelyllä saamaan sen mukamas tukemaan evoluution ongelmia.

    "In addition, we use these results to expose flaws in some of Michael Behe's arguments concerning mathematical limits to Darwinian evolution."

    Sternberg esittää banaanikärpäs-tutkimuksen pohjalta ensin ihmiselle ja siitä johdettuna valaille mielivaltaiset luvut, että kauanko mutaatioiden kestäisi ilmaantua. Lainauslouhinnan kiimassa Sternberg "unohti" tutkimuksesta tämän.

    "Fortunately, in biological reality, the match of a regulatory protein to the target sequence does not have to be exact for binding to occur. Biological reality is complicated, with the acceptable sequences for binding described by position weight matrices that indicate the flexibility at different points in the sequence. To simplify, we assume that binding will occur to any eight-letter word that has seven letters in common with the target word. If we do this, then the mean waiting time reduces to ~60,000 years."

    Sternberg siis laski mielivaltaisesti todennäköisyydet kahdelle tietylle mutaatiolle tietyssä kohdassa. Voisi jopa sanoa että epärehellistä toimintaa. Valaat eivät tarvitse sen enempää kuin ihmisetkään tarkoin ennaltamäärättyjä täsmämutaatioita oikeaan paikkaan, vaan satunnaiset mutaatiot, joita on sattunut myös säätelyalueilla ovat hyvin riittäneet.

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2581952/?tool=pubmed

    Valheella on lyhyet jäljet.
  2. Tämän jälkeen Mortenson esittää kreationisteille hyvin tyypillisen väitteen, eli evolutionistien pitäisi kyetä tyhjentävästi selittämään elämän synty, koska ennen sitä evoluutioteoria on yhtä tyhjän kanssa ja kuollut. Tämä ei pidä lähtökohdiltakaan paikkaansa. Sillä ei ole evoluutioteorian kannalta mitään merkitystä, vaikka jumala olisi luonut LUCA:n (http://en.wikipedia.org/wiki/Last_universal_ancestor ), koska evoluutioteoria käsittelee vain biodiversiteetin kehittymistä.

    Todellisuudessa tiedämme jo, että elämä alkoi jostain LUCA:aa paljon yksinkertaisemmasta, vaikka emme tiedäkään kaikkia yksityiskohtia siitä miten elämän synty on tapahtunut. LUCA:n muinainen olemassaolo on periaatteessa jo tieteellinen fakta, koska ei ole mitään muuta mallia selittämään yhteisiä proteiinisekvenssejä kuin periytyminen yhteiseltä kantamuodolta, ja evoluutioteorian pohjalta rakennettu mallinnus onnistuu tässä loistavasti;

    http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0069924

    Elämän syntyä en tässä ala erikseen käymään läpi, mutta laitan muutaman linkin aloituksiini, joista tämän hetken tietämyksestä voi lukea.

    http://keskustelu.suomi24.fi/node/11709829

    http://keskustelu.suomi24.fi/node/11835874

    http://keskustelu.suomi24.fi/node/11967314

    http://keskustelu.suomi24.fi/node/12129129

    http://keskustelu.suomi24.fi/node/11806900

    Sitten Mortenson siirtyy toiseen kreationistien lempiaiheeseen, eli väitteeseen ettei uutta geneettistä informaatiota voi syntyä. Tämä on edelleen täysin järjetön väite. Kreationistit eivät ole ikinä kyenneet, eivät tällä palstalla, eivätkä maailmallakaan esittämään järkeviä vasta-argumentteja evolutionistien perusteluihin.

    Geneettinen informaatio on tallennettuna DNA:n emästen järjestykseen, ja kodoni (kolmen emäksen jakso) määrää proteiinisynteesissä käytettävät aminohapot, joista proteiinit muodostuvat. Geenit ovat biologisen informaation perusyksiköitä. Todellisuudessa tiedämme, että uutta geneettistä informaatiota syntyy esimerkiksi vanhojen geenien duplikaation seurauksena, jos uusi kopio saa uuden funktion esim. pistemutaation seurauksena ja alkuperäinen jatkaa toimintaansa. Syntynyttä geneettistä materiaalia ei ollut aikaisemmin olemassa, ja tällaiset geenit eivät aina ole pseudogeenejä, vaan ne voivat havaitusti olla myös proteiinia koodaavia. Jos siis uuden emäsjärjestyksen takia käytössä on eri aminohapot ja syntyy alkuperäiseen nähden eri proteiini, niin eikö kyseessä ole uusi geneettinen informaatio, ja jos ei ole, niin miksei?

    Myös horisontaalinen geenisiirto synnyttää uusia geenejä ja näin ollen uutta geneettistä informaatiota. Muitakin geenien syntytapoja on havaittu, kuten tilke-DNA:sta syntyvät de novo geenit, joiden syntyminen ja leviäminen populaatioihin luonnonvalinnan ansiosta on jopa nopeampaa kuin aikaisemmin on oletettu. Uudet geenit syntyvät todennäköisesti kun mutaatio osuu säätelyjärjestelmään, joka aiheuttaa proteiinia koodaamattoman DNA jakson transkription RNA:ksi, ja jos sillä on hyödyllinen ominaisuus, niin luonnonvalinta suosii sitä.

    http://phys.org/news/2014-01-genes-non-coding-dna.html

    Geneettisen koodin alkuperästä voi lukea täältä; http://keskustelu.suomi24.fi/node/11680927

    Loppuun vielä Mortensonin tyylinäyte projisoinnista ja katkeruudesta.

    ” The only reason that the majority of people believe in evolution and millions of years is because the schools, universities, museums, TV science programs, media, etc., have brainwashed them. This has been done by showing people imaginative artwork (like Gingerich’s Pakicetus), telling just-so stories, and denying people the opportunity to hear any of the scientific evidence that refutes evolution and millions of years and confirms the truth of the Bible.”

    On aina yhtä hämmentävää tajuta, että pääkonttoreiden kirjoittajat pitävät lukijoitaan idiootteina, joille uppoaa kaikki Raamattua jollain tavoin puolustava materiaali, olipa se sitten helposti havaittavissa valehteluksi tai ei, ja vielä enemmän hämmentää se, että lukijat todellakin todistavat tämän. No, en nyt todellisuudessa pidä asiaa aivan näin yksinkertaisena, mutta aiheen psykologinen puoli on äärimmäisen mielenkiintoinen.
  3. "Eikä ole."

    "...Based on the analysis of data provided in various publications, including the often cited 2005 chimpanzee genome report, it is safe to conclude that human–chimp genome similarity is not more than ~87% identical, and possibly not higher than 81%. "

    Tomkins valehtelee teille. Etkö osaa itse tarkistaa asioita? Tomkins viittaa lainaamassasi kohdassa Naturessa vuonna 2005 julkaistuun tutkimukseen. Lähdeviitteissä kerrotaan mistä tutkimuksesta on kyse. Minulle tuo tutkimus on tuttu, mutta laitetaanpa se kokonaisuudessaan tähän:

    http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7055/full/nature04072.html

    Siinä santotaan seuraavaa;

    "Genome-wide rates. We calculate the genome-wide nucleotide divergence between human and chimpanzee to be 1.23%, confirming recent results from more limited studies12, 33, 34. The differences between one copy of the human genome and one copy of the chimpanzee genome include both the sites of fixed divergence between the species and some polymorphic sites within each species. By correcting for the estimated coalescence times in the human and chimpanzee populations (see Supplementary Information ‘Genome evolution’), we estimate that polymorphism accounts for 14–22% of the observed divergence rate and thus that the fixed divergence is ~1.06% or less."

    Tuossa tutkimuksessa on vertailtu lähes kaikkea ihmisen ja simpanssin väliltä ja se on hyvin pitkä ja kattava, joten en voi sanoa etteikö Tomkinsin ilmoittama 87% myös jossain vilahtaisi jonkun tietyn alueen erona, mutta kuten lainauksestani selviää, niin todellinen yhtäläisyys on huomattavasti suurempi. Tomkins siis valehtelee, niin kuin kaikki "johtavat kreationistit" ja te uskotte kaiken tarkistamatta lähteitä.
  4. Olen kyllä oikeastaan samaa mieltä kanssasi siitä, etteivät tuollaiset protosolut olleet vielä eläviä siinä merkityksessä kuin elämän nykyisin ymmärrämme.

    "Tuosta kuvauksesta en tunnista periytyvää muuntelua monistumisessa, koska RNA-mutaatiot eivät nähdäkseni pysty tuottamaan sellaista ilman "protein machineryä", jonka toimintaa ohjata."

    Tästä jatkoin edellisessä vastauksessani, että poteiinikoneisto kehittyi myöhemmin. Kemiallinen valinta antoi proteiineille kyvyn joustavuuteen, joka mahdollisti uudet funktiot. Ennen varsinaisen proteiinikoneiston kehittymistä aminoasyyli-tRNA-syntetaasi -nimiset entsyymit pystyivät katalysoimaan niitä reaktioita, jotka kuuluvat nykyisessä proteiinisynteesissä ribosomeille. Ribosomikin on ribotsyytti, joka koostuu pääosin RNA:sta, mutta siinä on myös ribosomaalisia proteiineja. Tässä nimenomaan on geneettisen koodin alkuperä ja tämän alkeellisen koodin syntymisen jälkeen puhutaan jo elämästä.

    http://phys.org/news/2013-08-insight-genetic-code.html

    Lisäksi;

    "We consider a world of nucleotide sequences and protocells. The sequences have the property of spontaneous self-replication. Some sequences - so-called replicases - have enzymatic activity in the sense of enhancing the replication rate of all (or almost all) sequences. In a well-mixed medium, natural selection would not favor such replicases because their presence equally benefits sequences with or without replicase activity. Here we show that protocells can select for replicases. We assume that sequences replicate within protocells and that protocells undergo spontaneous division. This leads to particular population structures which can augment the abundance of replicases. We explore various assumptions regarding replicase activity and protocell division. We calculate the error threshold that is compatible with selecting for replicases."

    http://www.ploscompbiol.org/article/info:doi/10.1371/journal.pcbi.1003051

    "They suggest a similar self-perpetuating system in which a cluster of two types of molecules catalyse replication for one another and demonstrate a rudimentary form of cell division.

    Kaneko and Kamimura argue that natural selection acts on the cluster, improving copy fidelity and boosting the complexity of the protocell. "This may solve the origin of heredity and origin of compartmentalisation simultaneously," says Kaneko."

    http://www.newscientist.com/article/mg20927942.400-cluster-model-shows-how-first-cells-could-have-divided.html#.UnyyikCs0ng
  5. Jos nyt hiukan oiotaan tiettyjä tapahtumia, niin pyrin vastaamaan kysymykseesi. Elämän määrittely on melko monimutkainen asia, jos siis yritämme vastata, että milloin ensimmäinen protosolu määritellään eläväksi.

    Fofolipidejä syntyy spontaanisti ja ne ovat sopivan katalyytin avulla voineet rakentua toimivaksi solukalvoksi hyödyntäen spontaanin proteiinisynteesin tarjoamia proteiineja. Rakentuneet kalvot ovat voineet vangita erillään kehittyneitä RNA-jaksoja tai vastaavia vielä yksinkertaisempia säilytysmolekyylejä. Vetyperoksidi näyttää aiheuttavan spontaanin kopioitumisen ja tämä on voinut ehkä tapahtua myös lipidikalvon sisällä. Jakautuminen ei ole myöskään vaatinut varsinaista proteiinikoneistoa protosolulle.

    "Four billion years ago, soon after the planet cooled enough for life to begin, primordial cells may have replicated and divided without protein machinery or cell walls, relying instead on just a flimsy lipid membrane. New research on bacteria examines exactly how these primitive cells could have evolved without such crucial structures."

    "The main surprise for me was how simple the mechanism was. It doesn't require any sophisticated protein-based machinery," says senior study author Jeff Errington of Newcastle University. "This makes it plausible as an explanation for how very primitive cells could have proliferated in the very early days of evolution."

    http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130228124138.htm

    Onko tämä vielä elämää, niin siihen en osaa vastata. Kemiallinen valinta on sitten antanut proteiineille kyvyn joustavuuteen, joka mahdollisti uudet funktiot. Ennen varsinaisen proteiinikoneiston kehittymistä aminoasyyli-tRNA-syntetaasi -nimiset entsyymit pystyivät katalysoimaan niitä reaktioita, jotka kuuluvat nykyisessä proteiinisynteesissä ribosomeille. Ribosomikin on ribotsyytti, joka koostuu pääosin RNA:sta, mutta siinä on myös ribosomaalisia proteiineja.

    On hyvin hankala sanoa, että missä vaiheessa puhutaan elämästä ja missä vaiheessa kemiallisesta evoluutiosta siirrytään biologiseen evoluutioon.

    Energiasta ja metaboliasta;

    "A coherent pathway which starts from no more than rocks, water and carbon dioxide and leads to the emergence of the strange bio-energetic properties of living cells, has been traced for the first time in a major hypothesis paper in Cell this week. At the origin of life the first protocells must have needed a vast amount of energy to drive their metabolism and replication, as enzymes that catalyse very specific reactions were yet to evolve. Most energy flux must have simply dissipated without use.

    So where did it all that energy come from on the early Earth, and how did it get focused into driving the organic chemistry required for life?

    The answer lies in the chemistry of deep-sea hydrothermal vents. In their paper Nick Lane (UCL, Genetics, Evolution and Environment) and Bill Martin (University of Dusseldorf) address the question of where all this energy came from - and why all life as we know it conserves energy in the peculiar form of ion gradients across membranes."

    http://www.spacedaily.com/reports/Origin_of_life_emerged_from_cell_membrane_bioenergetics_999.html

    En tiedä, että vastasinko vieläkään kysymykseesi, koska minulla on välillä hiukan vaikeuksia hahmottaa, että mitä tarkalleen ottaen kysyt. Joskus tuntuu, että ajattelet ja oletat liian monimutkaisia siirtymisiä ja rakenneratkaisuja sellaisiin paikkoihin, joissa näyttäisi olevan kyseessä vain biokemian lainalaisuuksista johtuvia tapahtumia.

    Kaikkea ei kuitenkaan vieläkään tiedetä.
  6. "Jokseenkin varmasti avauksen tutkimuksessa mainittu vetyperoksidin läsnäolo estää yläolevassa tutkimuksessa mainittuje TAP -molekyylien syntymisen. Eli prosessit eivät voi toimia samassa paikassa."

    Jokseenkin varmasti varmasti keksit tämän päästäsi, eikä sinulla ole mitään todisteita väitteellesi. On kuitenkin mahdollista, että erilaisia aineita ja rakennuspalikoita on syntynyt erillään. Kivien huokoset ja erityisesti hydrogeelin peittämät saviliuskeet ovat imeneet ympäristöstään erilaisia molekyylejä ja aineita ja toimineet suojana niille. Tapahtumat ovat voineet käynnistyä, kun jonkun taskun sisään on muodostunut sopiva sekoitus.

    "Avauksessa mainittu RNA:n dublikoitumisessa RNA -molekyylien koodisisältö ei saa mitään kilpailuetua toisiinsa nähden, niin ollen kemiallista evoluutiota ei voi tapahtua. Koodin muuttumista tapahtuu ja välillä syntyy monimutkaisempi ja välillä yksinkertaisempia yhdisteitä. Mutta koodi itsessään ei vaikuta kopioitumistapahtumaan."

    Mutta kun vetyperoksidin läsnäolo teki kopioitumisesta epävakaata, joten satunnaisia muutoksia tapahtui ja tietenkin silloin syntyneet molekyylit kilpailevat ympäristössään. Täydellisen tyhjä väite siis sinulta.

    "Avauksen tutkimuksessa on siis ID -näkökulmasta katsoen kysymys kemiallisten luonnonlakien mukaisesta välttämättömästä tapahtumasta, jossa ei synny informaatiota."

    ID onkin pseudotiedettä ja todellisuudessa uudet, hiukan erilaisen informaation omanneet molekyylit, kilpailivat ja näin syntyi uutta informaatiota.

    "Varsinaisen monistuvan RNA palikan, jonka "perimä" vaikuttaisi monistumiseen, joka siten voisi olla evolutiotiivisen kehityksen alku, syntyminen jää sattuman varaan. Itse asiassa monet kreationistiset todennäköisyyslaskelmat lähtevät tästä pisteestä. Itsekopioituvan palikan syntymisen todennäköisyys sattumalta on häviävän pieni."

    Kreationistien todennäköisyyslaskelmilla voi pyyhkiä persettä, koska ne ovat täysin mielivaltaisia. Emme yksinkertaisesti pysty laskemaan todennäköisyyttä kaikelle. Vihreä fluorisoivan proteiinin molekyylien ja POPC-kemikaalin yhteistominnan tuloksen muodostumisen laskennallinen todennäköisyys oli käytännössä nolla, mutta siltikin se tapahtui havaitusti tutkijoiden silmien edessä. Vastaavia esimerkkejä, joissa laskennallinen todennäköisyys on "äärettömän" pieni, mutta silti tapahtuu on lukuisia. Tästä syystä emme yksinkertaisesti voi mielekkäällä tavalla laskea kaikille tapahtumille todennäköisyyksiä.

    "Elämän synty jää edelleen ratkaisematta ja Nobelit jakamatta."

    Niin jääkin, enkä tästä Nobelia ollut ehdottamassakaan. Itse en edes pidä RNA-maailmaa lähtökohtaisesti parhaana mallina elämän synnylle, vaan paremmat perustelut löytyy mielestäni proto-molekyylien maailmasta, joka johti RNA-maailmaan. Tämän avauksen tarkoitus oli lähinnä tuoda esiin se tosiasia, että mahdottomina pidettyjä tapahtumia voi kuin voikin tapahtua myös täysin luonnollisesti.
  7. "Olemassaolevan itsekopioituvan RNA palikan kopiointinopeuden kasvaminen lämpösyklillä ei selitä palikan syntyä puhumattakaan elämän synnystä, jossa palikan osuus on aika pieni."

    Olet taas käsittänyt jotain väärin.

    "Ensimmäinen kysymys on, että miten tuo itsekopioituva RNA palikka on syntynyt."

    Ensimmäiseen kysymykseen vastaus:

    "Chemists at the Georgia Institute of Technology have shown how molecules that may have been present on early Earth can self-assemble into structures that could represent a starting point of RNA. The spontaneous formation of RNA building blocks is seen as a crucial step in the origin of life, but one that scientists have struggled with for decades.

    "In our study, we demonstrate a reaction that we see as important for the formation of the earliest RNA-like molecules," said Nicholas Hud, professor of Chemistry and Biochemistry at Georgia Tech, where he's also the director of the Center for Chemical Evolution."

    Osittain synteettistä RNA:ta on kyetty jo valmistamaan useammassa paikassa, mutta sen spontaanissa rakentumisessa alkumaapallon olosuhteita simuloivissa kokeissa ei aikaisemmin kunnolla onnistuttu. Nyt tutkijat ovat pyrkineet löytämään nykyisen RNA:n emäksien kemiallisia "sukulaisia", jotka olisivat voineet esiintyä alkumaapallolla ja hoitaa samoja tehtäviä sekä muodostaa spontaanisti sidoksia riboosin kanssa. He onnistuivat löytämään triaminopyrimidiinin (TAP), jonka onnistunut reagointi jopa yllätti tutkijat.

    "The researchers mixed TAP with ribose under conditions meant to mimic a drying pond on early Earth. TAP and ribose reacted together in high yield, with up to 80 percent of TAP being converted into nucleosides, which is the name for the ribose-base unit of RNA. Previous attempts to form a ribose-base bond with the current RNA bases in similar reactions had either failed or produced nucleosides in very low yields."

    "This study is important in showing a feasible step for how we get the start of an RNA-like molecule, but also how the building blocks of the first RNA-like polymers could have found each other and self-assembled in what would have been a very complex mixture of chemicals," Hud said."

    "The study demonstrated one possible way that the building blocks for an ancestor of RNA could have come together on early Earth. TAP is an intriguing candidate for one of the first bases that eventually led to modern RNA molecules, but there are certainly others, Hud said."

    http://phys.org/news/2013-12-scientists-closer-rna.html

    Tämän jälkeen sitten avauksessa esitelty järjestelmä astuu kuvioon ja systeemi molekyylievoluutiolle on olemassa.

    En nyt millään jaksaisi kerrata kaikkia vaiheita mitä jo tunnetaan, mutta jos sinulla on kysyttävää, niin vastaan kyllä.
  8. En minä ole missään vaiheessa väittänyt tämän millään tavoin haastavan käsitystä jumalan olemassaolosta. Jos havainnot vahvistetaan, niin tiedämme maailmankaikkeuden syntyneen alkuräjähdyksestä ja sitä seuranneesta kosmisesta inflaatiosta. Ei tämä uutinen ole myrkkyä kuin YEC-porukalle, jotka kiistävät koko alkuräjähdyksen.