solon1

Vapaa kuvaus

Aloituksia

273

Kommenttia

2386

  1. Olipa+yllättävää,+että+pakenit+paikalta.+Olisit+toki+voinut+kertoa+oman+näkemyksesi+AID:stä,+niin+olisimme+voineet+sitten+katsoa+kuinka+paljon+sillä+on+tekemistä+todellisuuden+kanssa.
  2. "Minä+tulen+osoittamaan+kirjassani,+että+kaikki+muuntelu+perustuu+olemassaolevan+biologisen+informaation+epigeneettiseen+säätelyyn+tai+sen+vähenemiseen."En+jaksa+provosoitua+lässytyksestäsi+sen+enempää,+mutta+voisitko+kertoa+kirjaprojektistasi+hiukan+enemmän?+Onko+kirja+jo+tekeillä?+Oletko+löytänyt+sille+kustantajan+vai+julkaisetko+sen+omakustanteena?+Päättämäsi+kanta+on+tietenkin+aika+hassu,+kun+jopa+minä+olen+sen+verran+ehtinyt+laboratoriossa+viettää+aikaani,+että+tiedän+varmuudella+sen+olevan+paskapuhetta.
  3. Olisihan+se+varmastikin+hyödyllistä,+ja+säästäisi+omaakin+aikaa,+jos+voisi+aina+viitata+jo+valmiiksi+kirjoitettuun+tekstiin+kun+ROT+harrastaa+kroonista+aivopiereskelyä.+Pitää+katsoa,+jos+jossain+vaaiheessa+jaksaisi+muokata+vanhoja+kirjoituksia+sopivampaan+muotoon.
  4. Typot+olisi+tietenkin+voinut+tuosta+korjata...Konservoitunut
  5. Samoja+tuttuja+virheitä+taas+vilisee,+niin+en+minäkään+jaksa+mitään+uutta+kirjoittaa,+vaan+kopioin+jotain+vanhoja+vastauksia."Kuten+sinulle+on+jo+kerrottu,+osa+lncRNA-transkripteistä+on+voimakkaan+valinnan+kohteena+eli+ne+kokevat+nopeaa+adaptiivista+evoluutiota,+ja+toisaalta+osa+on+ilmeisen+toimimatonta.[1]+Yritä+arvata,+että+mihin+nuo+kummatkin+johtavat+konservoitumisen+kannalta?+Ja+todellisuudessahan+evolutiivinen+konsevoituminen+ihmisten+ja+simpanssien+lncRNA:n+kesken+on+edelleen+havaittavissa+syntenian+ja+sekvenssihomologian+muodossa+(tapahtuneista+substituutioista+huolimatta+tunnistettavissa),+mutta+niiden+molekulaarinen+säätely+ja+ilmentymiskuviot+ovat+jo+hyvin+erilaisia,+eli+ne+toimivat+nykyisin+suurelta+osin+eri+tavoin.+[2]+Toki+myös+täysin+konsevoituneita+alueita+on+löydetty+lncRNA:sta,+jotka+on+todellisuudessa+oikeastaan+mahdotonta+selittää+muulla+kuin+yhteisellä+kantamuodolla.Toisaalta+voisit+miettiä+sitäkin,+että+vaikka+kaikki+vajaat+28000+ihmiseltä+löydettyä+lncRNA-transkriptiä+toimisivat+täysin+eri+tavoin+kuin+simpansseilla+(todellisuudessa+merkittävä+osa+niistä+on+toimimattomia),+niin+mitä+se+tarkoittaisi+suhteutettuna+koko+genomiin+ja+meidän+väliseen+geneettiseen+eroavaisuuteen.+Ihmisen+yhden+lncRNA-transkriptin+keskimääräinen+pituus+on+noin+1000+nukleotidia[3],+joten+jaksojen+yheispituus+on+noin+28+miljoonaa+emästä.+Ja+kun+ihmisen+genomi+käsittää+vähän+yli+kolme+miljardia+emäsparia,+niin+löydettyjen+lncRNA-transkriptien+osuus+on+selvästi+alle+prosentti+koko+genomista.+LncRNA:n+erot+toki+muodostavat+merkittävän+osan+meidän+välisestä+geneettisestä+erostamme,+mutta+tuosta+voit+havannoida+sen+suuruusluokan.""LncRNA:ta+kulkeutuu+tietenkin+niin+siittiöiden+kuin+myös+siemennesteen+kuljetusvesikkeleiden+mukana,+ja+erilaisten+lncRNA-transkriptien+määrä+on+tuhansia.+Osa+niistä+on+konservoituneita,+mutta+suurimman+osan+ilmentymisprofiili+on+erilainen.+Kun+huomioidaan+niiden+funktio+alkionkehityksen+ja+hedelmällisyyden+säätelyssä,+niin+eroavaisuudet+lajien+välillä+on+itsestään+selvä+välttämättömyys.+Ilmentymisprofiili+on+kuitenkin+sitä+yhtenevämpi,+mitä+läheisempää+sukua+kyseiset+lajit+ovat.+Me+nimenomaan+näemme+evoluutiota+noissa+lncRNA-transkripteissä."Tähän+pitää+jälleen+puuttua.ROT:+"Histonien+paikalleenasettamisesta+vastaavat+pitkät+ei-koodaavat+RNA-molekyylit+alkion-+ja+sikiönkehityksen+aikana."Mitä+oikein+tarkoitat+tällä?++Tarkoitatko+kenties+kromatiinin+uudelleen+järjestymistä,+jossa+tapahtuu+histonien+kovalenttisia+modifikaatioita?++Siihen+lncRNA+osallistuu+kyllä+tärkeänä++säätelytekijänä,+mutta+histonimodifikaatioiden+asettaminen+tapahtuu+kyllä+histoni+metyylitransferaasien,+histoni+deasetylaasien+sekä+erilaisten+proteiinikompleksien+välityksellä.++Kyse+on+siis+vahvasti+geneettisen+ja+epigeneettisen+säätelyn+yhteistoiminnasta.+Vai+tarkoitatko,+että+lncRNA:t+asettavat+histonit+paikalleen+nukleosomien+muodostumisessa,+vai+mitä+ihmettä?+Lähdettä+kehiin,+kiitos!
  6. ”Solonille+kaikki+on+yhtä+suurta+sotkua,+jossa+eliöt+kokevat+muutoksia+ilman+selvää+syytä+satunnaisten+mutaatioiden+johdosta.+Tähän+samaan+sotkuun+kuuluu+se,+että+sekoitetaan+termit,+kuten+geeni+ja+mutaatio.”Eikö+Jumalasi+suutu,+kun+valehtelet+jatkuvasti+minun+näkemyksistäni?+Kirjoituksistani+ei+yksinkertaisesti+voi+saada+sellaista+kuvaa,+että+väittäisin+erilaisten+soluprosessien+ohjautuvan+sattuman+seurauksena,+vaikka+se+onkin+vaikuttava+tekijä+useissa+tapahtumissa.+Minulle+kaikki+ei+ole+yhtä+sotkua,+vaan+useiden+päällekkäisten+ja+rinnakkain+toimivien+järjestelmien+”kompromisseina”+syntynyt+monimutkainen+kokonaisuus.+Sinä+itse+yksinkertaistat+kaiken,+jotta+saisit+solujen+toiminnasta+uskoosi+sopivan+selkeän+systeemin,+mutta+se+ei+sovi+yhteen+todellisuuden+havaintojen+kanssa.”Geeni+-termi+on+tarkoitettu+DNA-jaksoille,+ei+suinkaan+dynaamisille+RNA-jaksoille.+Tai+jos+käytätte+geeni-termiä+RNA-jaksoille,+niin+erottakaa+ne+sitten+selkeästi+termeillä+DNA-geeni+ja+RNA-geeni.”Etkö+vieläkään+ymmärtänyt,+mitä+kerroin+RNA:sta+rakentuvista+geeneistä+(osa+viruksista)+ja+RNA-geeneistä+(DNA:ta)?”Mitä+tulee+minun+osaamiseeni,+niin+olen+nyt+huomannut,+että+olen+alusta+lähtien+ollut+oikeassa.+Solon+ei+ole+muuhun+kyennyt+kuin+väheksymään,+haukkumaan+ja+johtamaan+harhaan.+Olet+paha+mies,+solon.”Ei+voi+mitään,+mutta+tämänkaltaiset+harhaiset+kuvitelmat+ja+projisointi+viittaavat+jonkin+asteiseen+ylivertaisuusvinoumaan+ja+narsistiseen+persoonallisuuteen.+”Solon,+kerro+mikä+on+AID+mediated+deamination+ja+tapahtuuko+siinä+tarkoituksellista+sekvenssimuutosta?+Mikä+mekanismia+ohjaa?”Miten+tämä+nyt+liittyy+tähän+avaukseen?+Adaptiivinen+immuunijärjestelmä+on+kehittynyt+jo+melko+varhaisille+selkärankaisille.+Leuallisille+selkärankaisille+on+kehittynyt+osittain+samoista+järjestelmistä+muutama+mekanismi+vasta-aineiden+monimuotoisuuden+lisääntymiseksi,+ja+niiden+järjestymisestä+on+kehittynyt+erilaisia+variaatioita+eri+kehityslinjoissa.+Aktivaatio-indusoituva+sytidiinideaminaasi+(AID)+entsyymi+toimii+pääasiallisesti+B-lymfosyyteissä+ja+se+muodostaa+transkription+aikana+katkoksia+koodaamattomaan+DNA:han+ja+välillisesti+myös+koodaavaan+DNA-juosteeseen.+Tästä+sitten+seuraa+korjausentsyymien+aktivoituminen,+mikä+johtaa+parin+eri+mahdollisen+emäksen+vaihtumiseen.+AID+on+osana+ainakin+somaattisissa+hypermutaatioissa,+geenikonversiossa+ja+Ig-luokanvaihto+rekombinaatioissa,+osassa+pääsäätelijänä+ja+osassa+avustavassa+roolissa.+Mekanismin+säätely+on+niin+monimutkainen+prosessi,+etten+sitä+tähän+ala+kirjoittaa,+mutta+voit+lukea+siitä+tästä+linkistä.[1]+Epigeneettiset+modifikaatiot+ovat+vain+yksi+pieni+osa+koko+järjestelmän+säätelyssä.+Niitähän+sinä+olit+jälleen+kuitenkin+tarjoamassa?[1]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3762583/AID:n+ja+muiden+immunoglobuliinien+monimuotoisuuden+taustalla+olevien+mekanismien,+kuten+V(D)J-rekombinaation,+evoluutiosta+voit+lukea+täältä.[2]+[2]+http://www.jimmunol.org/content/jimmunol/188/8/3559.full.pdfSuunnitteluahan+sinä+haet+tähänkin+taustalle,+mutta+todellisuudessa+AID:n+toiminta+on+täysin+selvästi+evolutiivinen+”kompromissi”,+koska+immunoglobuliinien+monimuotoisuudesta+saatavan+hyödyn+varjopuolena+on+riski+yleisimmän+imukudossyövän,+B-solulymfooman+kehittyimsestä,+koska+sama++mutaatioprosessi+on+kummankin+taustalla.
  7. ”Tätä+juuri+arvelinkin.+Evolutionistit+ovat+ottaneet+RNA-jaksot+mukaan+geeneihin.+Ette+voi+kuitenkaan+tallentaa+RNA:ta+mihinkään.”Mitä+sinä+onneton+taas+yrität+arvella?+Oletko+ikinä+kuullut+viruksista?+Oletko+kuullut+ikinä+viruksista,+joiden+koko+genomi+muodostuu+RNA:sta?+Mitä+arvelisit,+ovatko+niiden+geenit+silloin+tallennettuna+RNA-jaksoihin?+Oletko+toisaalta+tietoinen,+etteivät+kaikki+koodaavat+geenit+koodaa+proteiineja,+vaan+toiminnalliset+tuoteet+ovat+erilaisia+RNA-molekyylejä?+Luulisi+sinun+olevan,+kun+niin+usein+tykkäät+esitellä+esim.+miRNA:ta.+Näitä+toiminnallisia+RNA-molekyylejä+koodaavia+geenejä+kutsutaan+RNA-geeneiksi.+”Ja+vaikka+toimittekin+noin+epärehellisesti,+ette+siltikään+kykene+osoittamaan,+että+informaatiota+tulisi+lisää.+Osaatte+kyllä+sekoittaa+käsitteet+ja+termit+ja+aiheuttaa+sekaannusta.”Olet+aivan+pihalla+täysin+perusasioista,+etkä+ymmärrä+lukemaasi+johtuen+tuosta+tiedon+puutteestasi.+Sen+takia+teet+sitten+aivan+järjettömiä+päätelmiä+ja+kuvittelet,+että+toiset+sotkevat+käsitteistöä+ja+se+olisi+erilaista+eri+tieteenhaaroissa.+Ei+se+ole,+onglema+on+vain+ja+ainoastaan+sinussa.+Olen+parin+vuoden+aikana+antanut+sinulle+varmastikin+satoja+esimerkkejä,+joissa+geneettinen+informaatio+kasvaa,+jokainen+kerta+vielä+niillä+reunaehdoilla,+jotka+olet+sattunut+kulloinkin+keksimään.+Viimeksi+näin+tapahtui+tässä+ketjussa,+mutta+sinä+kuvittelet+ohittaneesi+sen+heittäytymällä+idiootiksi+tekemällä+täysin+naurettavia+päätelmiä+tutkimuksesta.+Anna+jo+olla,+sinä+et+yksinkertaisesti+osaa!”Tämä+kaikki+vain+vahvistaa+sitä,+että+solon+on+palstan+suurin+eksyttäjä.”Jos+kykenisit+edes+hetkittäin+rationaaliseen+ajatteluun,+niin+voisit+miettiä+kumpi+eksyttää,+henkilö+joka+opiskelee+alaa+ja+referoi+asiasisällön+suoraan+tutkimuksista,+vai+alalle+kouluttamaton+henkilö,+joka+tekee+päätelmiä+omasta+päästään?+Et+ymmärrä+edes+sitä,+että+taistelet+täysin+yksin+tuulimyllyjä+vastaan,+koska+väitteesi+ovat+lähes+poikkeuksetta+tieteen+vastaisia,+mutta+hyvin+usein+myös+näitä+aiheita+ymmärtävien+ID-”tutkijoiden”+näkemyksiä+vastaan.
  8. Kiitos!
  9. ”Ethän+sinä+solon+edes+tiedä+mikä+on+geeni.+Jos+väität+modifioitavia+mRNA-jaksoja+geeneiksi,+olet+ihan+pihalla.”Ja+missä+olen+näin+tarkalleen+ottaen+väittänyt?+Jospa+sinä+lukisit+vähän+esim.+eksonien+sekoittumisesta+ja+sen+mahdollistamista+mekanismeista,+niin+et+olisi+ihan+pihalla.[1]+[1]+https://en.wikipedia.org/wiki/Exon_shuffling”Kerropa+solon+eksyttäjä,+mikä+on+geeni.+Katsotaan+kykenetkö+edes+siihen.”Nykyisin+suositaan+aika+laveaa+määritelmää,+joten+Wikipediasta+löytyvä+on+aivan+hyvä,+eli+geeni+on+biologisen+informaation+yksikkö,+joka+on+tallentunut DNA:n tai RNA:nnukleiinihappoketjuun.+Tarkemmin+voit+lukea+täältä,[2]+koska+minulla+ei+ole+tapana+keksiä+omia+määritelmiä,+kuten+joillakin+toisilla,+vaan+tyydyn+yleisesti+hyväksyttyihin+sellaisiin.[2]+https://en.wikipedia.org/wiki/GeneOnko+sinulla+nyt+mitään+oikeaa+asiaa+tästä+aiheesta,+vai+olisiko+jo+aika+taas+paeta+keskustelusta?
  10. ”Nematosomit+ovat+vain+normaalia+solutyypin+erilaistumista....Solon+oli+valinnut+tutkimuksen+hädissään+otsikon+perusteella,+mutta+syvempi+analyysi+paljasti,+että+kyseessä+oli+vain+normaali+epigeneettinen+solun+erilaistumistapahtuma.+Vieläpä+menetetyllä+ominaisuudella.”Ja+itse+tutkimuksessa+todetaan+muun+muassa+näin:+”Since+nematosomes+are+restricted+only+to+the+genus Nematostella (i.e.,+they+have+no+phylogenetic+homologs)+and+they+are+found+only+in+adult+polyps+(i.e.,+they+have+no+serial+homologs),+these+unique+structures+are+an+unequivocal+example+of+a+phenotypic/tissue-level+novelty+[36, 37].”Lainaus:+”Despite+the+small+number+of+cell+types+they+contain,+nematosomes+are+distinct+among+tissues,+both+functionally+and+molecularly.”Lainaus:+”Nematosomes+are+molecularly+distinct+from+mesenteries+and+tentacles.”Lainaus:+”Herein,+we+(i)+assess+the+function+of+this+tissue+by+explicitly+testing+existing+hypotheses+from+the+literature,+(ii)+examine+the+morphology+of+this+tissue+for+evidence+of+novel+cell+types,+(iii)+characterize+the+gene+expression+profile+of+the+nematosomes+(using+RNA-Seq),+and+(iv)+test+hypotheses+about+the+contribution+of+novel+genes+to+novel+structures+by+evaluating+the+distribution+of+novel+and+conserved+genes+in+nematosomes+and+other+tissues...We+further+report+that Nematostella-specific+genes+are+indeed+overrepresented+in+this Nematostella-specific+tissue+but+these+novel+genes+also+comprise+a+large+proportion+of+the+upregulated+transcripts+across+tissues,+suggesting+that+novel+genes+may+play+important+roles+in+the+tissue-specific+biology+of+all+tissues.”Lainaus:+”Considering+there+are+only+3-4+cell+types+present+in+this+tissue,+this+unique+molecular+profile+of+nematosomes+must+be+associated+with+the+identity+of+only+few+cell+types.+Nematosomes,+therefore,+provide+a+valuable+opportunity+to+evaluate+the+relationship+between+the+expression+of+novel+genes+and+the+evolution+of+novel+cell+and+tissue+functions.+Rather+than+being+intriguing+curiosities,+novelties+provide+a+unique+opportunity+to+evaluate+the+mechanisms+of+evolution+that+result+in+the+origin+of+new+structures+and+have+ultimately+contributed+to+the+morphological+and+genomic+diversity+exhibited+in+the+animal+kingdom.”Kuten+jo+totesin,+epigeneettisillä+tekijöillä+on+todennäköinen+roolinsa+tuon+uuden+kudostyypin+organogeneesissä+ja+myöhemmissä+vaiheissa+vaikuttavien+geenien+ilmentymisen+säätelyssä,+mutta+ne+eivät+selitä+tuon+uuden+kudostyypin+syntymistä.+Siihen+tarvittiin+kuvailemiani+mekanismeja,+ja+tätä+et+voi+kiistää+kuin+valehtelemalla+tuosta+tutkimuksesta.”Tutkimus+no+5+ei+tee+muuta+kuin+vertailee+olemassaolevia+nisäkkäiden+geenejä+ja+olettaa,+että+ne+ovat+kehittyneet.+Lisää+pseudosontaa.”Ja+kertoo+myös+lajikohtaisten+orpogeenien+funktioista,+joiden+on+objektiivisesti+todistettu+kehittyvän+esim.+koodaamattomaan+DNA:han+syntyneestä+uudesta+avoimesta+lukukehyksestä.”Tutkimus+10.+Kukas+tässä+on+puhunut+kromosomien+ja+genomin+koon+yhteydestä?+En+minä+ainakaan.”Koodaavat+jaksot+eivät+myöskään+vähentyneet.+Mitä+luulisit+sen+tarkoittavan?”Tutkimus+no+7.+Kyllä,+minäkin+olen+kertonut,+että+solu+voi+rakentaa+uusia+dna-jaksoja+rikkinäisistä+geeneistä.+Mutta+kaikki+tapahtuu+informaation+menettämisen+jälkeen,kun+solu+etsii+vaihtoehtoisia+biologisia+reittejä.”Sössötykselläsi+ei+vain+ole+mitään+tekemistä+kyseisen+tutkimuksen+kanssa.”Tutkimus+no+9.+Polyploidi+eliö.”No+voi+ei,+katso+sitten+seuraava+tutkimus,+koska+siinä+havaitaan+sama+käpypalmuilla,+joilla+on+diploidinen+kromosomisto.+Et+itse+selvästikään+tajua+kuinka+huvittavaa+argumentaatiosi+on.”Tutkimus+no+1+on+ikivanhaa+ja+väärää+tietoa,+joka+on+jo+kumottu.”Olet+pelkkä+vitsi+koko+mies.
  11. ”Niinpä+pyydän+jokaista+etsimään+tutkimustietoa,+jossa+osoitetaan,+että+diploidi+organismi+saa+lisää+proteiineja+koodaavia+geenejä+jo+olemassaolevien+geenien+rinnalle.”Olet+sinä+kyllä+hassu,+kun+tämäkin+pitää+rajata+nimenomaan+diploidisen+kromosomiston+omaaviin+lajeihin,+ja+vielä+niin++että+uusi+informaatio+syntyy+koodaavien+geenien+muodossa,+mutta+eipä+sillä+ole+mitään+väliä+lopputuloksen+kannalta.+Uusia+proteiineja+koodavia+geenejä+syntyy+usealla+eri+mekanismilla,+kuten+esim.+konservoituneiden+geenien+duplikaatio+ja+erilaistuminen,+RNA-välitteiset+duplikaatiot/retropositiot,+eksonien+sekoittuminen/mis-silmukointi+ja+muut+koodaavan+sekvenssin+modifikaatiot,+horisontaalinen+geeninsiirto,+avoimen+lukukehyksen+de+novo+evoluutio+koodaamattomaan+sekvenssiin+ja+ylimerkintä,+jossa+osa+geenin+sekvenssistä+luetaan+vaihtoehtoisesti+toisen+samassa+lokusessa+olevan+geenin+lukukehyksestä.[1]Oletan+kuitenkin,+että+haet+tässä+takaa+nimenomaan+avoimen+lukukehyksen+de+novo+geenejä,+joille+ei+löydy+vastaavaa+sekvenssihomologiaa+tunnetuista+geeneistä+miltään+sukulaislajilta?+Tällaisia+de+novo+geenejä+on+löydetty+tähän+mennessä+kaikilta+tutkituilta+eukaryooteilta+aina+yksisoluisista+mikrobeista+ihmisiin+saakka,[2,3]+ja+niiden+leviäminen+populaatioissa+on+osoitettu+luonnonvalinnan+ansiosta+nopeaksi+kontrolloiduissa+laboratorio-olosuhteissa.[4]+Nisäkkäillä,+ihmiset+mukaan+lukien,+koodaavien+de+novo+geenien+eksplisiittinen+funktio+on+hyvin+haastavaa+määrittää,+mutta+siihenkin+ollaan+tulossa,+kuten+aivan+hiljattain+ladatussa+esijulkaisussa+todetaan.[5]+Erilaisilla+malliorganismeilla,+sekä+kasvi-+että+eläinkuntaan+kuuluvilla+lajeilla+on+kuitenkin+jo+voitu+määrittää+syntymekanismin+lisäksi+myös+funktiota.[6,7]Jotta+pyyntösi+suhteen+ei+jäisi+mitään+epäselvyyttä+tai+tulkinnanvaraa,+niin+esittelen+sinulle+eläinkuntaan+kuuluvan+lajin,+jolla+on+diploidinen+kromosomisto,+ja+se+on+saanut+jo+olemassa+olevien+geenien+lisäksi+uusia+geeniä.+Nämä+uudet+geenit+ovat+vieläpä+olleet+ratkaisevassa+asemassa,+kun+kyseiselle+lajin+suvulle+on+kehittynyt+täysin+uudet+rakenteet,+joille+ei+löydy+suoraa+homologiaa+aiemmista+rakenteista.+Laji+on+Nematostella+vectensis,+ja+se+kuuluu+merivuokkoihin+kuuluvaan+Nematostella-sukuun.+Niille+on+ainoana+sukuna+kehittynyt+suoliliepeestä+eriytyvät+ja+muutamasta+solutyypistä+rakentuvat+vapaasti+ruoansulatusontelossa+liikkuvat+orgaanit,+nematosomit,+joilla+on+funktio+saaliin+tainnuttamisessa,+kehittyvän+alkion+suojaamisessa+ja+immuunijärjestelmässä.Ne+ovat+kehittyneet+uusien+koodaavien+de+novo+geenien,+konservoituneiden+koodavien+geenijaksojen+kuin+myös+sekä+suoliliepeen+että+lonkeroiden+kehityksestä+vastaavien+geenien+säätelyelementtien+(promoottorit,+vahvistajat)+uudelleen+organisoitumiseen+johtaneista+muutoksista.[8]Tässä+esimerkissä+syntyi+siis+uutta+geneettistä+informaatiota+diploidisen+kromosomiston+omaavalle+organismille+uusia+funktionaalisia+proteiineja+koodavien+de+novo+geenien+vaikutuksella.+Ja+kuten+hyvin+tiedät,+vaikka+sen+toki+kiistätkin,+tällainen+evoluutiomekanismi+uudelle+informaatiolle+ei+ole+ainoa,+eikä+edes+yleisimmästä+päästä,+mutta+siltikin+kykenin+antamaan+esimerkin+rajaamillasi+ehdoilla.+Epigeneettiset+modifikaatiot+liittyvät+sekä+organogeneesissä+että+myöhemmissä+vaiheissa+vaikuttavien+geenien+ilmentymisen+säätelyyn,+mutta+eivät+ole+millään+tavoin+vastuussa+niiden+evolutiivisesta+kehityksestä+adaptaatioina.Kromosomifuusioiden+yhteydessä+ei+yleensä+menetetä+funktionaalista+geneettistä+informaatiota,+vaikka+esim.+toistuvia+sentromeerisiä+DNA-jaksoja+usein+häviääkin.[9]+Tarkkaa+syytä+miksi+fuusioita+ja+fissioita+tapahtuu+ei+tunneta,+mutta+kuten+käytännössä+kaikissa+geneettisissä+muutosprosesseissa,+lopputulos+voi+olla+neutraali,+haitallinen+tai+hyödyllinen.+Havaitusti+myös+fuusioituneisiin+kromosomeihin+voi+syntyä+uusia+de+novo+geenejä,+aivan+kuten+fuusioitumattomiinkin,+ja+niitä+voi+myös+kadota,+joten+geenien+määrä+ja+genomin+koko+ei+korreloi+suoraan+kromosomien+määrän+kanssa.[10][1]+http://www.nature.com/nrg/journal/v14/n9/box/nrg3521_BX1.html[2]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2390625/[3]+http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1005721[4]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4391638/Tähän+kohtaan+pieni+väli,+jos+vaikka+poistoautomaatti+armahtaisi[5]+http://www.biorxiv.org/content/early/2017/06/29/090860.full.pdf+html[6]+http://rstb.royalsocietypublishing.org/content/370/1678/20140332[7]+https://www.nature.com/articles/s41559-017-0146[8]+https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-016-0683-3[9]+http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2214662814000103[10]+http://www.journals.uchicago.edu/doi/full/10.1086/678085Tällä+viestillä+ei+ikävä+kyllä+tule+olemaan+mitään+vaikutusta+ajatteluusi+tai+kirjoituksiisi,+vaan+tulet+esittämään+samat+väitteet+vielä+lukuisia+kertoja+tulevaisuudessa.
  12. Tätä+se+taas+on,+kun+ilman+minkäänlaista+kompetenssia+yritetään+jotain+argumentoida.+Ensinnäkin+sellainen+vinkki,+kun+käytät+ResearchGate+yhteisöpalvelua,+niin+selvitä+myös+itse+tutkimuksen+julkaisuajankohta+äläkä+katso+pelkästään+hakukoneen+antaman+linkin+päiväystä.+Tässä+kävi+nimittäin+niin,+että+rakensit+kirjoituksesi+16+vuotta+vanhan+tutkimuksen+tiivistelmän+pohjalta,+jonka+tekijät+sattuvat+olemaan+evoluutiobiologeja+ja+populaatiogeneetikkoja.+Et+kai+sinä+nyt+yhtäkkiä+heitä+usko,+tai+ainakaan+ajalta+ennen+epigenetiikan+vallankumousta?+Miten+tässä+näin+pääsi+käymään?Päätelmäsi+ovat+taas+tietenkin+ihan+perseestä+revittyjä,+ja+voit+lukea+useammasta+tuoreesta+tutkimuksesta+syitä+siihen+miksi+prokaryoottien+mutaatioprosessi+eroaa+eukaryooteista+ja+miksi+sillä+on+taipumus+johtaa+eri+tekijöiden+vaikutuksesta+kompaktiin+genomiin.[1,2,3,4]+Minä+en+sitä+jaksa+sinulle+alkaa+opettaa.+Hurmoksessasi+unohdit+myös+sen,+että+meillekin+täysin+välttämättömien+symbioottisten+bakteerien+genomit+ovat+samalla+tavoin+pienetyneet+kuin+haitallisten+loisbakteerien.+Hauska+asia+tässä+on+myös+se,+että+älykkään+suunnittelijan+kannattajista+ainakin+Dembski,+Michael+Denton+ja+Ronald+F+Hirsch+ovat+pitäneet+tätä+prokaryoottien+kromosomiston+rakenteellista+muutosta+ajavaa+mutaatioprosessia+älykkäänä+suunnitteluna,+koska+se+ei+noudata+peristeisiä+malleja+satunnaisista+mutaatioista+ja+luonnonvalinnasta.*+Hyvä+että+ROT+kumosi+”virkaveljiensä”+näkemyksen.+Lopun+hölmöily+on+käyty+jo+riittävän+monta+kertaa+lävitse.[1]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5447742/[2]+http://www.pnas.org/content/114/28/E5616.full[3]+http://www.nature.com/ismej/journal/v11/n6/full/ismej201718a.html[4]+http://pubmedcentralcanada.ca/pmcc/articles/PMC5339279/*Nykyisin+syyt+on+siis+selvitetty.Kuten+sinulle+on+lukemattomia+kertoja+todettu,+kromosomien+määrä+tai+genomin+koko+ei+kerro+mitään+suoraa+merkityksellisen+geneettisen+informaation+määrästä+tai+organismin+elinvoimasta.+Seuraava+analogia+ei+ole+suoraan+rinnastettavissa+kyseiseen+aiheeseen,+mutta+antaa+eväitä+hahmottaa+tilannetta.+Ei+tarvitse+mennä+kauas+ajassa+taaksepäin,+kun+tarvittiin+useita+tietokoneita+suorittamaan+annetut+tehtävät,+jotka+nykyisin+hoituvat+useimpien+taskusta+löytyvällä+älylaiteella.+Samalla+tavoin+genomin+koko+voi+pienetyä+ja+kromosomien+määrä+vähentyä,+vaikka+funktionaalinen+informaatio+ei+vähentyisi,+vaan+jopa+kasvaisi+ja+tehostuisi.
  13. Tätä+se+taas+on,+kun+ilman+minkäänlaista+kompetenssia+yritetään+jotain+argumentoida.+Ensinnäkin+sellainen+vinkki,+kun+käytät+ResearchGate+yhteisöpalvelua,+niin+selvitä+myös+itse+tutkimuksen+julkaisuajankohta+äläkä+katso+pelkästään+hakukoneen+antaman+linkin+päiväystä.+Tässä+kävi+nimittäin+niin,+että+rakensit+kirjoituksesi+16+vuotta+vanhan+tutkimuksen+tiivistelmän+pohjalta,+jonka+tekijät+sattuvat+olemaan+evoluutiobiologeja+ja+populaatiogeneetikkoja.+Et+kai+sinä+nyt+yhtäkkiä+heitä+usko,+tai+ainakaan+ajalta+ennen+epigenetiikan+vallankumousta?+Miten+tässä+näin+pääsi+käymään?Päätelmäsi+ovat+taas+tietenkin+ihan+perseestä+revittyjä,+ja+voit+lukea+useammasta+tuoreesta+tutkimuksesta+syitä+siihen+miksi+prokaryoottien+mutaatioprosessi+eroaa+eukaryooteista+ja+miksi+sillä+on+taipumus+johtaa+eri+tekijöiden+vaikutuksesta+kompaktiin+genomiin.[1,2,3,4]+Minä+en+sitä+jaksa+sinulle+alkaa+opettaa.+Hurmoksessasi+unohdit+myös+sen,+että+meillekin+täysin+välttämättömien+symbioottisten+bakteerien+genomit+ovat+samalla+tavoin+pienetyneet+kuin+haitallisten+loisbakteerien.+Hauska+asia+tässä+on+myös+se,+että+älykkään+suunnittelijan+kannattajista+ainakin+Dembski,+Michael+Denton+ja+Ronald+F+Hirsch+ovat+pitäneet+tätä+prokaryoottien+kromosomiston+rakenteellista+muutosta+ajavaa+mutaatioprosessia+älykkäänä+suunnitteluna,+koska+se+ei+noudata+peristeisiä+malleja+satunnaisista+mutaatioista+ja+luonnonvalinnasta.*+Hyvä+että+ROT+kumosi+”virkaveljiensä”+näkemyksen.+Lopun+hölmöily+on+käyty+jo+riittävän+monta+kertaa+lävitse.[1]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5447742/[2]+http://www.pnas.org/content/114/28/E5616.full[3]+http://www.nature.com/ismej/journal/v11/n6/full/ismej201718a.html[4]+http://pubmedcentralcanada.ca/pmcc/articles/PMC5339279/*Nykyisin+syyt+on+siis+selvitetty.Kuten+sinulle+on+lukemattomia+kertoja+todettu,+kromosomien+määrä+tai+genomin+koko+ei+kerro+mitään+suoraa+merkityksellisen+geneettisen+informaation+määrästä+tai+organismin+elinvoimasta.+Seuraava+analogia+ei+ole+suoraan+rinnastettavissa+kyseiseen+aiheeseen,+mutta+antaa+eväitä+hahmottaa+tilannetta.+Ei+tarvitse+mennä+kauas+ajassa+taaksepäin,+kun+tarvittiin+useita+tietokoneita+suorittamaan+annetut+tehtävät,+jotka+nykyisin+hoituvat+useimpien+taskusta+löytyvällä+älylaiteella.+Samalla+tavoin+genomin+koko+voi+pienetyä+ja+kromosomien+määrä+vähentyä,+vaikka+funktionaalinen+informaatio+ei+vähentyisi,+vaan+jopa+kasvaisi+ja+tehostuisi.
  14. ”Perusongelmahan+tässä+on+se,+että+ROT+ei+selvästikään+enää+edes+välitä+siitä+miten+tekee+teksteillään+itsestään+totaalisen+pellen.+Noissa+ei+tosiaan+ole+enää+minkäänlaista+logiikkaa,+punaista+lankaa+tai+mielekästä+suhdetta+todellisuuteen.+ROT+vain+toistelee+sotkunsa+seassa+niitä+samoja+tieteenvastaisia+hokemiaan,+eikä+varmaan+enää+itsekään+hahmota+mitä+tekemistä+niillä+on+keskenään.”Jonkin+sortin+terminaalivaiheen+hän+on+saavuttanut,+koska+hänestä+tulee+jatkuvasti+maanisempi,+röyhkeämpi+ja+”itsevarmempi”+oman+asiansa+suhteen,+vaikka+todellisuudessa+hän+joutuu+joka+paikassa+yhä+ahtaammalle+ja+torjutuksi.+Tämä+johtuu+tietenkin+yhä+useampien+defenssien+aktivoitumisesta.+Silloin+kun+hän+vielä+plagioi,+tai+ainakin+sai+inspiraation+kirjoituksiinsa+Kohlin+teksteistä,+oli+niissä+tosiaan+jokin+logiikka+ja+punainen+lanka,+mutta+enää+sitä+ei+tahdo+löytyä+hakemallakaan.Koska+hän+kirjoittaa+todellisuudessa+hänelle+vieraista+aiheista,+ja+sellaisista+jotka+eivät+ole+arkipäiväisiä,+niin+niiden+järkevyyden+hahmottamisesta+on+tullut+hänelle+ylitsepääsemätön+ongelma.+Ylipaino,+sen+perinnöllisyys+ja+siihen+johtavat+tekijät+ovat+esim.+hyvin+arkinen+asia+ja+jokaisella+on+jonkinlainen+käsitys+niistä.+Jos+kuvitellaan+ettei+näin+olisi,+niin+ROT+voisi+aivan+hyvin+kirjoittaa,+että+mutaatiot+eivät+aiheuta+ylipainoa,+vaan+se+on+seurausta+DNA-metylaation+aikaansaamasta+geneettisestä+leimautumisesta,+ja+tämä+todistaa+suunnittelun+todeksi+sekä+evoluutioteorian+harhaopiksi.+Yhtä+järkeviä+nämä+ROTin+nykyiset+kirjoitukset+ovat.+Kukaan+ei+tietenkään+oikeasti+kuvittele,+että+lihoaminen+johtuisi+pääsääntöisesti+satunnaisista+mutaatioista,+vaan+energiankulutusta+suuremmasta+kalorien+saannista,+sekä+geneettisesti+että+epigeneettisesti+periytyvistä+altistavista+tekijöistä,+suolistomikrobeista,+eri+sairauksista+ja+lukuisista+muista+syistä.+ROT+ei+yksinkertaisesti+hahmota+kokonaisuuksia,+vaan+suoltaa+ensin+sontaa+olkiukkojen+muodossa+esim.+satunnaisista+mutaatioista,+ja+sitten+esittelee+ratkaisuksi+jonkin+yhden+pienen+osasen+kokonaisuudesta.+Asialla+on+nykyisin+hyvin+harvoin+edes+tekemistä+evoluutioteorian+kanssa.”Eikä+ROT+käytännössä+keskustele+enää+lainkaan,+vaan+tuuppaa+tänne+valheensa+ja+pakenee,+eli+on+käytännössä+mielekkään+kommunikaation+ulottumattomissa.+Keskusteluyritykset+ovat+jo+ilmeisen+turhia.”Yleensä+hän+tekee+vielä+sen+yhden+epätoivoisen+väistöyrityksen,+johon+lataa+kaikki+syytökset+ja+projektiot+omasta+mielensisällöstä+toivoen+ettei+siihen+enää+jakseta+vastata.+Jos+siihen+vielä+vastaa+suhteellisen+asiapitoisesti,+on+pakeneminen+nähty+reaktio.+Täysin+turha+enää+ROTia+ajatellen+on+vastata,+mutta+kun+kyseisistä+asioista+jotain+tietää,+niin+sivullisia+on+ihan+hyödyllistä+valistaa+siitä,+miten+asiat+oikeasti+ovat.
  15. Kysyn+aivan+vakavissani,+että+mietitkö+ollenkaan+kirjoituksiasi+laajemmassa+kontekstissa,+vai+kirjoitatko+suu+vaahdossa+hurmoshengessä+ajattelematta+mitään,+jos+vastaan+tulee+tuore+tutkimus+epigeneettisen+säätelyn+vaikutuksista?+Etkö+ikinä+käsittele+tai+pyri+sisäistämään+saamiasi+vastauksia,+ja+yritätkö+ikinä+edes+hahmottaa+mitä+toiset+argumentoivat?+Tai+turha+näitä+on+kysellä,+kun+kirjoituksesi+ja+jatkuva+olkiukkojen+rakentelusi+kertovat+jo+vastauksen.En+ymmärrä,+miten+sinä+et+jatkuvasta+rautalangasta+vääntämisestä+huolimatta+käsitä,+ettei+kukaan+kuvittele+geenien+toimivan+täysin+satunnaisesti+ja+lukemattomien+ominaisuuksien+ja+piirteiden+syntyvän+jokainen+kerta+yksilöllisten+mutaatioiden+seurauksena.+Minäkin+olen+takonut+kalloosi+yli+puolitoista+vuotta,+että+epigeneettinen+säätely+on+mukana+jollain+tasolla+hyvin+suuressa+osassa+geenien+ilmentymisprosessia,+ja+tämä+säätely+on+täysin+välttämätöntä+alkionkehityksen+varhaisimmista+hetkistä+lähtien.+Se+on+kaikille+selvää,+että+epigeneettiset+tekijät+toimivat+vuorovaikutuksessa+sekä+ulkoisten+että+sisäisten+ympäristötekijöiden+kanssa,+ja+mahdollistavat+näin+tietyn+asteisen+nopean+reaktiotivasteen+ja+siitä+seuraavan+mahdollisen+adaptoitumisen.Tämä+ei+kuitenkaan+tarkoita,+etteikö+kaiken+takana+suuressa+mittakaavassa+olisi+geenit+ja+niiden+erilaisissa+DNA-sekvensseissä+tapahtuvat+muutokset.+Muutokset+noissa+DNA-alueissa+ja+niiden+erilaiset+kombinaatiot+ovat+sen+taustalla,+että+minkälaiset+muun+muassa+kasvojen+peruspiirteet,+ihonväri,+pituus,+silmien+ja+hiusten+väri+sekä+rakenne+tiettyyn+haploryhmään+kuuluvalla+väestönosalla+keskimäärin+on.+Näihin+kaikkiin+ominaisuuksiin+ja+yksilöllisiin+eroihin+vaikuttaa+sitten+geenien+ilmentymisen+säätely,+joka+tapahtuu+kasvojen+yksilöllisten+piirteiden+osalta+uuden+tutkimuksen+mukaan+suurelta+osin+histonien+modifikaatioista+johtuvista+kromatiinin+rakenteen+muutoksista+useiden+geenien+promoottori-+ja+vahvistaja-alueilla.+Vastaavasti+epigeneettinen+säätely+vaikuttaa+jossain+määrin+esim.+pigmentin+sävyyn,+mutta+se+ei+itsessään+sitä+määritä+tai+kykene+muuttamaan.En+ole+aivan+varma+siitä,+etkö+oikeasti+ymmärrä+ettei+tälläkään+avauksella+ole+mitään+tekemistä+evoluutioteorian+kanssa,+vaan+se+kertoo+geenien+ilmentymisen+säätelystä.+Erilaiset+ilmentymistä+säätelevät+mekanismit+ovat+kyllä+evoluution+tulosta,+kuten+sinunkin+pitäisi+tietää,+koska+olen+sen+sinulle+tieteellisillä+tutkimuksilla+osoittanut.Kirjoituksillesi+tyypillisiin+epätarkkuuksiin+en+edes+jaksa+puuttua,+kun+et+kuitenkaan+korjaa+mitään+seuraavaan+tekstiisi.++Kirjoituksissasi+ei+ole+enää+mitään+punaista+lankaa,+jos+sellainen+vielä+joskus+ehkä+löytyi.+Et+tunnu+ymmärtävän+millään+tasolla,+mitä+tutkimukset+käsittelevät+ja+miten+ne+nivoutuvat+suurempiin+kokonaisuuksiin.
  16. ”Tyypillistä+evolutionistien+vähättelyä.”Mitä+ihmeen+vähättelyä?+Oletko+aivan+sekaisin?+Miksi+kenelläkään+”evolutionistilla”+olisi+tarvetta+pienentää+proteomin+kokoa+todellista+pienemmäksi?”Tuo+projekti+valmistautuu+vähintään+500,000:n,+jopa+miljoonan+proteiinin+analysointiin.Jos+lukisit+muutakin+kuin+wikipediaa,+saattaisit+joskus+oppiakin+jotain.+Olen+myös+lukenut+tutkimuksia,+joiden+mukaan+erilaisten+proteiinien+määrä+ihmisessä+voi+ylittää+jopa+kaksi+miljoona.”Tuossa+tutussa+artikkelissa+puhutaan+useasta+eri+tutkimuksesta+ja+projektista,+ja+siinä+kerrotaan+HUPO:n+vuonna+2001+lanseeraamasta+ihmisen+proteomi+-projektista+(HPP),+jolloin+arviot+proteomin+koosta+liikkuivat+noissa+huimissa+lukemissa.+Samassa+jutussa+kerrotaan,+että+vuonna+2014+löydettyjen+erilaisten+proteiinien+määrä+oli+hiukan+yli+18+000.Tämän+vuoden+tammikuussa+(2017)+neXtProt:n+mukaan+HPP+on+edennyt+20+055+erilaiseen+proteiiniin,+joista+16+518+on+tähän+mennessä+identifioitu+toiminnalliseksi+proteiiniksi.[1]+Muut+projektit+ovat+tällä+hetkellä+vielä+pienemmissä+luvuissa.+RefSeq:n+mukaan+funktionaalisia+silmukointivariantteja+ei+todellisuudessa+olisi+kuin+pari/koodaava+geeni,+ja+GENCODE+(osa+ENCODE-projektia)+pysyttelee+nykyisissä+arvioissaan+muutamassa+toiminnallisessa+variantissa/geeni.+Tämä+tarkoittaisi+n.+80+000+funktionaalista+proteiinia.+Nuokin+arviot+voivat+osoittautua+liian+suuriksi.”Jo+pelkästään+hedelmäkärpäsen+Dscam+-geenin+perusteella+solu+voi+valmistaa+38,016+erilaista+proteiinia+vaihtoehtoista+silmukointia+käyttämällä.”Juuri+tällaiset+havainnot,+joita+massaspektrometria+ja+RNA-sekvensointia+hyödyntäen+saatiin+aikaiseksi,+laukaisivat+hurjat+spekulaatiot+toiminnallisten+proteiinien+määrästä.+Aivan+parina+viime+vuotena+on+kuitenkin,+kuten+jo+ensimmäisessä+vastauksessani+kerroin,+kyetty+myös+analysoimaan+silmukointivarianttien+toiminnallisuutta,+määrää+soluissa+ja+konservoitumista,+ja+havaittu+että+suuri(n)+osa+transkripteistä+ei+päädy+translaatioon+ja+siten+toiminnalliseksi+proteiiniksi,+vaan+kyseessä+on+erilaiset+silmukointivirheet.”Eliöiden+muuntelu+perustuu+pääasiassa+vaihtoehtoiseen+silmukointimekanismiin.”Muuntelu+perustuu+vain+osittain+vaihtoehtoiseen+silmukointiin,+ei+pääasiassa.”Ei+muuta+kuin+lukuintoa.+Tämä+viimeisin+on+muuten+hyvä+sivusto.+Kannattaa+bookmarkata.+Ei+sanaakaan+evoluutiosta.”Ja+kuten+osaat+lähdeviitteistä+lukea,+lainaamasi+kohta+perustuu+vuonna+2004+julkaistuun+tutkimukseen,+jolloin+noita+hurjia+arvioita+tehtiin.+Miksi+ihmeessä+post-translaationaalisista+modifikaatioista+kerrottaessa+pitäisi+puhua+samalla+evoluutiosta,+varsinkin+kun+kyse+on+monikansallisen+bioteknologiayrityksen+sivustosta,+jonka+yritystoiminta+ei+liity+millään+tavoin+evoluutioon?+Olet+sinä+hassu+tapaus.Ei+minulle+ole+mitään+väliä+sillä,+onko+esim.+ihmisen+proteomissa+toiminnallisia+proteiini-isoformeja+10+000+vai+10+000+000,+minä+vain+kerron+miltä+tämän+hetkinen+tilanne+näyttää.+On+sinun+oma+ongelmasi,+jos+osittain+muilta+plagioimasi+pseudotieteellinen+pannukakku+lässähtää,+jos+saarnasi+esim.+vaihtoehtoisen+silmukoinnin+”suunnittelusta”+ja+merkityksestä+ei+kestäkään+uusinta+tieteellistä+tietoa.+[1]+https://www.nature.com/articles/ncomms14271Kyllä+ne+Wikipedian+artikkelit+pääsääntöisesti+ovat+aivan+laadukkaita,+joten+suosittelen+niitä+edelleen+sinulle.
  17. Käytetyt+lähteet.[1]+https://www.nature.com/articles/ncomms14271[2]+http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/fulltext/S0968-0004(16)30118-9[3]+http://genesdev.cshlp.org/content/20/13/1679.full[4]+http://cshperspectives.cshlp.org/content/6/6/a016071.fullOn+ylipäätään+jokseenkin+mahdotonta+nähdä+solujen+olevan+suunniteltuja+kokonaisuuksia,+koska+ainakin+kasveilla+jopa+koko+solukohtalo+on+suurelta+osin+sattumanvaraisen+prosessin+seurausta,+vaikka+sen+määrittämiseen+vaikuttavia+geenejä+onkin+kehittynyt+ja+säätelyyn+vaikuttavat+myös+useat+epigeneettiset+tekijät.[5]+En+nyt+henkilökohtaisesti+aio+vastata,+että+miten+juuri+minun+mielestäni+DNA,+geenit+ja+geneettinen+koodi+toimivat+muun+muassa+proteiinien+rakentamisessa,+vaan+saat+linkit+joista+voit+opetella+kattavan+peruskäsityksen+niiden+toiminnasta.[6,7,8,9,10,11][5]+https://elifesciences.org/articles/19131[6]+https://en.wikipedia.org/wiki/Gene[7]+https://en.wikipedia.org/wiki/Protein_biosynthesis[8]+https://en.wikipedia.org/wiki/Transcription_(biology)[9]+https://en.wikipedia.org/wiki/Translation_(biology)[10]+https://en.wikipedia.org/wiki/DNA[11]+https://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_codeEi+muuta+kuin+lukuintoa!
  18. ”Ihmisen+genomissa+on+vain+n.+19,600+sellaista+ns.+geeniä,+joita+käytetään+proteiinien+valmistamiseen.+Näinkin+vähäisestä+määrästä+DNA:ta+solumme+kykenevät+tuottamaan+jopa+kaksi+miljoonaa+erilaista+proteiinia.”Ihmisten+parinkymmenen+tuhannen+koodaavan+geenin+teoreettinen+potentiaali+on+tuo+pari+miljoonaa,+jos+lasketaan+se+maksimi,+jonka+vaihtoehtoinen+silmukointi,+vaihtoehtoiset+promoottorit+ja+vaihtoehtoiset+transkription+aloituskohdat+voisivat+erilaisia+variantteja+tuottaa,+mutta+todellisten+tapahtumien+kanssa+sillä+ei+näytä+juuri+olevan+tekemistä.+Ihmiseltä+on+löydetty+n.+20+000+funktionaalista+proteiini-isoformia[1],+niistä+n.+80+000+vaihtoehtoista+transkriptivarianttia+ja+korkeimmat+ennusteet+ovat+olleet+yli+200+000+variantissa.+Näitä+transkriptien+variaatioita+on+kuitenkin+identifiotu+pääosin+RNA-sekvenssitutkimuksissa,+eikä+niinkään+proteomianalyysin+yhteydessä,+joissa+selvitetään+niiden+toiminnallisuutta+sekä+niiden+todellista+määrää+soluissa+että+evolutiivista+konservoitumista,+joiden+kautta+voidaan+päätellä+translaatioon+päätyneiden+transkriptien+määrää.[2]Tällaiset+proteomianalyysit+ovat+osoittaneet,+että+solut+pyrkivät+käyttämään+tiettyä+proteiini-isoformia,+mutta+jotuvat+hyödyntämään+välillä+esim.+helpommin+laskostuvaa+muotoa.+Näyttääkin+siltä,+että+proteomin+kompleksisuus+ja+kudosten+erityispiirteet+ovat+ennemminkin+seurausta+geenien+ilmentymisen+muista+vaiheista+ja+muusta+säätelystä,+kuin+erilaisten+vaihtoehtoisesti+prosessoitujen+proteiinivarianttien+määrästä.+”Havainnollistan+mekanismia+kielellisellä+esimerkillä.+Muutetaan+yksi+DNA-jakso+ihmisen+ymmärtämään+muotoon+sanoiksi+ja+lauseeksi:evoluutioonsssharhaoppijassssateistiensssuskontojonkassstarkoitusonssseksyttäässsihmiset1.+Tästä+jaksosta+solu+valmistaa+proteiinia+A+seuraavasti:evoluutio+on+uskontoSolu+siis+käytti+koko+jaksoa,+mutta+valitsi+ns.+geenistä+vain+osan+informaatiosta.2.+Tuon+pitkän+jakson+sisäisestä+jaksosta+solu+valitsee+sanat+evoluutioonsssharhaoppi,+josta+se+valmistaa+proteiinia+B:evoluutio+on+harhaoppi3.+Ja+edelleen+käyttäen+pitkän+jakson+sanoja+eksyttäässsihmiset+solu+lisäksi+valitsee+täysin+toisesta+ns.+geenistä+sanat+tietosssspuutteellinen+ja+rakentaa+näistä+proteiinin+C:puutteellinen+tieto+eksyttää+ihmiset”Havainnollistit+erilaisia+proteiinisynteesin+vaiheita+kyllä+melko+onnettomasti.Yrität+ehkä+kuvata+transkriptiota+seuraavaa+post-transkriptionaalista+modifiointia,+silmukointia,+jossa+eksonit+yhdistetään+intronit+poistamalla+ja+tämän+jälkeen+m-RNA:n+koodaavaan+alueen+5´päähän+lisätään+5´hattu+ja+3´päähän+poly-A-häntä.+Silmukoinnin+mahdollistavan+mekanismin+evolutiivinen+selitys+on+ollut+jo+pitkään+tunnettu.[3]+Tai+mistä+minä+tiedän+mitä+yrität+selittää,+ja+tuskinpa+ymmärrät+itsekään,+koska+niin+karkeita+ja+pelkistettyjä+”havainnollistamisesi”+ovat,+ettei+niistä+oikein+saa+todellisuuteen+mitään+liitosta.+Ja+tuokin+on+hiukan+outo+väite,+että+solu+valitsi+vain+tuo+osan+informaatiosta,+kun+koko+homma+lähtee+käyntiin+transkription+kohteena+olevan+DNA:n+avoimen+lukukehyksen+molemmin+puolin+olevien+säätelysekvenssien+informaatiosta,+joihin+myös+lukuisat+epigeneettiset+modifikaatiot+vaikuttavat.+Toisessa+kohdassa+yrität+kuvata+ilmeisesti+sitten+vaihtoehtoista+silmukointia,+joka+voi+toteutua+eksonin+ohituksella,+intronin+säilyttämisellä,+vaihtoehtoisella+5´silmukointikohdalla,+vaihtoehtoisella+3´silmukointikohdalla+tai+vastavuoroisesti+toisensa+poissulkevien+eksonien+muodossa.+Vaihtoehtoiset+modifioinnit+eivät+tietenkään+valitse+informaatiota+”mielensä+mukaan”+mistä+sattuu,+vaan+ainoastaan+niistä+kohdista+jotka+biokemia+sallii.+Kaiken+lisäksi+vaihtoehtoisen+silmukoinnin+kehityskulku+on+selvitetty+mahdolliseksi.[4]+Viimeinen+kohta+kuvaa+arvaukseni+mukaan+operoneja+eli+joukkoa+vierekkäisiä+geenejä,+joiden+ilmentymistä+säätelee+yksi+ja+sama+promoottori+ja+jotka+koodaavat+yhteistä+transkriptiotuotetta.+Harmi+vain+ettei+kovinkaan+monelta+eukaryootilta+löydy+operoneja,+joten+niiden+merkitys+erilaisten+proteiini-isoformien+muodostuksessa+on+meidän+osaltamme+olematon.Jos+arvaukseni+menivät+pieleen,+niin+voitko+kertoa+mitä+niillä+sitten+tarkoitit+lähteineen?Kerro+nyt+aivan+oikeasti+mitä+kuvittelet+saavuttavasi+sillä,+että+esittelet+näitä+toistaitoisia+kirjoituksia+geenien+ja+solujen+toiminnasta,+kun+valtaosalle+on+jo+selvitetty+mahdollinen+evolutiivinen+historia?+Et+käytännössä+nykyisin+ikinä+edes+yritä+argumentoida+sen+puolesta,+että+miksi+jokin+tukisi+paremmin+älykästä+suunnittelua+ja+luomista+kuin+evoluutioa,+vaan+tyydyt+kirjoittamaan+jotain+vähän+sinnnepäin+olevaa+ja+toteamaan+lopussa+laiskasti+evoluution+tulleen+jälleen+kumotuksi.+Onko+syy+todellakin+siinä,+ettet+enää+yritä+vain+plagioida+muiden+ajatuksia,+vaan+yrität+ponnistaa+omilla+saavutuksillasi?+Sinänsä+aivan+kunnioitettava+päätös,+jos+olet+sen+tehnyt,+mutta+valitettavasti+omat+rahkeesi+eivät+riitä+oiken+edes+alkuun.Lähteitä+seuraavassa+viestissä.
  19. ”Oli+taas+kiva+saada+Solon1+kiinni+valheesta.”Mistä+valheesta?+Tietenkin+atomitason+kuvaukset+signaalitransduktiosta+on+erittäin+tärkeä+asia,+nimenomaan+lääketieteen+näkökulmasta,+mutta+edelleen+Ivan+Gushchin+ryhmineen+tutki+kahden+komponentin+signaalitransduktio+-systeemiä,+ja+se+on+vain+pisara+meressä+koko+prosessissa,+joka+tapahtuu+usealla+eri+tavalla+ja+on+usealta+osalta+sekä+teoreettisella+että+nykyisin+myös+molekyylitasolla+pääpiirteissään+kuvattu.+Sinä+täysin+selvästi+kuvittelit,+että+nyt+on+löydetty+taas+jotain+täysin+mullistavaa+ja+uutta,+jonka+pitäisi+todistaa+tyhmemmällekin+älykäs+suunnittelu.+Tätä+minä+kritisoin,+enkä+kohdistanut+kritiikkiä+itse+tutkimusta+kohtaan.Ja+ylipäätänsä+tuo+sinun+pelkurimaisuutesi+ja+projisointi+on+erittäin+ärsyttävää.+Mitä+sitten,+jos+muotoilin+yhden+lauseen+hieman+epäselvästi,+josta+voi+saada+kuvan+etten+pitäisi+tehdyn+tutkimuksen+antia+tarpeeksi+suuressa+arvossa?+Siitäkö+pöyhkeilemällä+kuvittelit+ohittavasi+kaikki+esittämäni+argumentit+ja+muun+kritiikin,+jotta+voit+taas+juosta+karkuun+ja+kuvitella+selviytyneesi+kuivin+jaloin+voittajana+tästäkin+tilanteesta?+Lue+seuraavista+artikkeleista+yleistason+esitykset,+minkälainen+prosessi+signaalitransduktio+on,+ja+miten+kahden+komponentin+systeemi+on+evoluutiolla+kehittynyt+yksi+mahdollinen+tapa+signaalivälitykseen+ja+säätelyyn.Linkki+1+https://en.wikipedia.org/wiki/Signal_transductionLinkki+2+https://en.wikipedia.org/wiki/Two-component_regulatory_system+Ja+osoita+samalla+muutama+valhe,+joita+olen+esittänyt+aiemmin,+kun+väitit+minun+taas+jääneen+sellaisesta+kiinni?
  20. ”Miten+signaalit+välitetään+solukalvon+läpi,+on+ollut+yksi+haastavimpia+kysymyksiä+nykyaikaisessa+biologiassa.+Ja+siksi+esittelemäni+tutkimus+on+erittäin+merkittävä.”Yritä+nyt+hyvä+mies+jo+ymmärtää,+että+tässä+oli+kyse+olfaktorisen+aistin+mahdollistaman+kahden+komponentin+signaalitransduktio+-systeemin+atomitason+kuvauksesta,+eikä+signaalitransduktioprosessista+yleisellä+tasolla.[1]+Tutkimus+voi+olla+erittäin+merkittävä+potentiaalisen+lääkekehityksen+kannalta,+mutta+ei+niinkään+solukalvon+läpäisevän+signaalivälityksen+kannalta,+joka+on+yleisellä+tasolla+tunnettu+jo+pitkään.”On+hienoa,+että+eliöissä+vaikuttavat+mekanismit+selviävät+vähitellen,+koska+pseudotieteelliset+uskomukset+satunnaisista+mutaatioista+ja+luonnonvalinnasta+vain+sotkevat+vakavasti+otettavaa+tiedettä.”Mutta+todellisuudessa+tiedämme,+kuinka+nyt+kyseessä+oleva+mekanismi,+kahden+komponentin+signaalitransduktio+-systeemi,+on+kehittynyt+satunnaisten+mutaatioiden+ja+luonnonvalinnan+toimesta[2],+ja+kuinka+sellainen+verkosto+voi+edelleen+kehittyä.[3][1]+https://en.wikipedia.org/wiki/Signal_transduction[2]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4097194/[3]+http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0050905”Evoluutioteoria+on+aikamme+vakavin+harhaoppi.”Ja+näin+julistaa+henkilö,+joka+ei+ymmärrä+aiheesta+juuri+mitään,+vaan+valehtelee+aina+jotain+vähän+sinnepäin+olevaa,+eikä+tilinteon+hetkellä+kykene+vastaamaan+esitettyihin+kysymyksiin+tai+argumentoimaan+ylipäätään+mitään+järjellistä+esitettyyn+kritiikkiin.+Olet+pelkkä+huono+vitsi.
    21. 9 / 120
TietosuojaselosteKäyttöehdotEvästeasetuksetSäännöt