Vapaa kuvaus

Aloituksia

852

Kommenttia

7730

  1. 1. Autocatalytic ribozymes. “These ribozymes can replicate on their own, without the help of any other molecules. They are typically found in viruses and bacteria” (lihavointi minun). Tämä ei siis pidä paikkaansa: Virusten RNA kopioidaan soluissa (kuten bakteereissa) RNA-replikaaseilla, jotka koostuvat proteiineista. Esim. E. coli -basilleja infektoivilla RNA-viruksilla, kuten faagi-MS2:lla on oma replikaasi (siis proteiini) tai sen geeni, josta bakteeri sitten tuottaa replikaasia (ribosomilla). Mutta Wikipedia kutsuu myös tällaista RNA-replikaasia (proteiinia) ribotsyymiksi (joka on RNA:ta)! Onko tämä lapsus vai tarkoituksellista, sitä en tiedä, mutta joka tapauksessa sen verran harhauttavaa, että tekoäly sotkee nämä käsitteet.
    2. Ribozymes that require enzymes… They are typically found in eucaryotes.
    *Information for their own replication?: Tietyt, spesifiset nukleotidijaksot pystyvät liittämään tiettyjä spesifisiä RNA-pätkiä toisiinsa (ligaatio). Sitäkö tämä ”information for own replication” tarkoittaa? Tai sitten sillä viitataan RNA:ssa olevaan replikaasigeeniin – tai sitten kyseessä on pelkkä tekoälyn generoima tyhjä fraasi.
    En siis löytänyt mistään todisteita, että ”elävässä maailmassa” olisi olemassa itsenäisesti kopioituvaa RNA:ta.
    Kysymykset Biomi 1:n kustantajalle, tekijöille ja tarkastajalle
    Lähetin 1.1.2024 sähköpostin Otavan asiakaspalveluun, josta se seuraavana päivänä ohjattiin oppimateriaaleista vastaavalle kustannustoimittajalle. Kysyin, että mihin perustuu Biomi 1:n lause:
    ”Varhaisen biologisen evoluution aikana RNA:sta kehittyi DNA. Päätelmä näiden molekyylien syntyjärjestyksestä perustuu siihen, että RNA voi kopioitua itsenäisesti ja toimia entsyyminä, mutta DNA:n kopioimiseen tarvitaan entsyymejä, eikä se voi toimia itse entsyyminä.”
    Kirjoitin, että kysymys pitää välittää oppikirjan kirjoittajille ja heidän tulisi kertoa, mihin tutkimuksiin perustuu tieto, että RNA voi kopioitua itsenäisesti. Kustannustoimittaja lähetti ympäripyöreän vastauksen 17.1.:
    ”Biomi -sarjan sisältö perustuu lukion uusimpaan opetussuunnitelmaan ja tiedeyhteisön nykyiseen konsensukseen biologisten ilmiöiden mekanismeista. Sarjan sisällön ovat myös tarkistaneet useat suomalaiset asiantuntijat, joiden nimet on lueteltu kirjan nimiösivuilla. Oppikirjojen tehtävä ei ole lähteä kyseenalaistamaan vallitsevia tieteellisiä näkemyksiä tai asiantuntijoiden lausuntoja. Jos haluatte tarkempia vastauksia, tulee kysymys esittää tutkijayhteisön edustajille, joilla on pätevyys vastata näihin spesifisiin seikkoihin.”
    Tämän itse kysymyksen väistävän ja ympäripyöreän vastauksen lienee joku kirjoittajista pannut kustannustoimittajan suuhun. Vastasin, että sain sellaisen ympäripyöreän vastauksen, jota jo etukäteen osasin odottaakin. Mutta se riitä. Jos kirjoittajilla on todellista tutkimustietoa itse itseään kopioivasta luonnollisesta RNA-molekyylista, ei tarvita muuta vaivaa kuin lähettää viitteet minulle. Sanoin, että saatte aikaa vastata tammikuun loppuun – muussa tapauksessa joudun kirjoittamaan Biomi 1:stä kielteisen kommentaarin.
    Vastausta ei kuulunut, joten katsoin kirjan nimiöosasta tarkastajien luettelon. Päätarkastajina ovat toimineet yliopiston lehtori Sari Timonen, joka on tarkastanut luvut 1-5. Toisena päätarkastajana on toiminut professori Juha Merilä. Ymmärsin niin, että hän on tarkastanut loppuluvut 6-13. Lähetin hänelle sähköpostin 30.1., jossa epäilin tuon itseään kopioivan RNA:n olemassaoloa ja kysyin, mihin tietoon sellaisen olemassaolo perustuu. Hän vastasi: ”Asiatarkistin ekologian ja evoluutiobiologian osiot, en mainitsemaasi kappaletta. Ikävä kyllä en osaa tässä asiassa auttaa.” Mutta kirjassa ei ole ekologian osiota ja RNA-väite on nimenomaan evoluutiobiologian osiossa (Solujen synty ja evoluutio)!
    Tulkitsin vastaukset niin, että Biomi 1:n kirjoittajilla ja tarkastajalla ei ole esittää mitään tutkimustietoa kirjan RNA-väitteen tueksi.
    Emme silti voi olla varmoja siitä, etteikö joidenkin aitotumaisten eliöiden tumakotelon sisällä olisi löytämistään odottavia lyhyitä RNA-molekyylejä, sellaisia, jotka tuossa erikoisympäristössä voisivat katalysoida omaa kopioitumistaan. Tumassa tarvitaan paljon RNA:ta, erityisesti solun jakautumisen aikana. Mutta vaikka tumasta löytyisikin omaa synteesiään katalysoivia lyhyitä RNA-jaksoja, ei sillä ole mitään tekemistä elämän synnyn eikä kuvitellun RNA-maailman kanssa.
    Jos jotakin kiinnostaa nobelisti Jack Szostakin elämänsyntykokeet ja yritykset saada RNA kopioitumaan ilman entsyymejä, Googlesta löytyy hänen lokakuussa 2020 pitämä puolitoistatuntinen esitelmä ”The emergence of RNA from prebiotic mixtures of nucleotides” hakusanoilla Jack Szostak RNA.
    Liitteestä 2 löytyy kolme ”RNA-osoitetta” aiheesta enemmän kiinnostuneille englantia ymmärtäville lukijoille. Kukaan artikkelien kirjoittajista kirjoittajista ei ole kreationisti. Liitteessä 3 lyhyttä yhteenvetoa laboratoriokokeista, jotka liittyvät RNA:n niin sanottuun itsestään kopioitumiseen.
  2. 2. Essential Cell Biology, Alberts, Hopkin ym. 2019: Tässä kirjassa on sama kuva virtuaalisesta omaa synteesiään katalysoivasta RNA:sta punaisine säteineen. Hakemistostakaan sanalla ”self” ei löydy muuta kuin ”self assembly”, ei self-replicating RNA. Mutta yhdessä taulukossa on lueteltu RNA:n erilaisia katalysoivia ominaisuuksia, joista yksi on ”RNA-polymerization” – mutta: vain in vitro [koeputkessa] for selected RNAs! (p. 261).
    3. Lehringer Principles of Biochemistry (Nelson, Cox ym., 7. painos 2017): Tästä biokemian Raamatusta en löytänyt kuvausta itsenäisesti kopioituvasta luonnollisesta RNA:sta, eikä hakemistosta löydy sanoja ”RNA self-replication” tai ”self-replicating RNA”. Tietoa tosin löytyy RNA-replikaaseista, jotka ovat RNA:ta monistavia proteiinientsyymejä ja joita RNA-virukset kantavat mukanaan – ja joita löytyy monista muistakin soluista. Ns. RNA+ -viruksissa tosin on vain replikaasin geeni (koska se toimii suoraan lähetti-RNA:na) ja itse replikaasi tuotetaan solun ribosomeilla. Mutta RNA- -viruksilla (esim. influenssa) on mukanaan oma replikaasi koska ns. minus-strand-RNA ei voi toimia lähetti-RNA:na, vaan replikaasin täytyy kopioida se, jolloin syntyy lähettinä toimiva +juoste. (On olemassa hyviä perusteita sille, että RNA-virukset ovat nisäkkäiden soluista karkuun päässeitä RNA-partikkeleita, ns. proviruksia. Siitä lisää joskus myöhemmin.)
    Jos itse itseään monistavaa RNA:ta etsii englanninkielisestä Wikipediasta hakusanoilla ”self-replicating RNA” (tai ”RNA self-replication”), saa vastauksen:
    The page "Self-replicating RNA" does not exist eli ko. sivua ei ole olemassa – eikä siis myöskään itsestään kopioituvaa RNA:ta. Jos sellainen olisi luonnosta löydetty, sille olisi varmasti luotu oma sivu.
    Jos Google-hakuun kirjoittaa ”self-replicating RNA” tai ”RNA self-replication”, se ohjaa Wikipedian ns. RNA-maailman sivulle, joka vuorostaan kertoo tämän maailman olevan ”hypoteettinen vaihe evoluution historiassa”:
    The RNA world is a hypothetical stage in the evolutionary history of life on Earth, in which self-replicating RNA molecules proliferated before the evolution of DNA and proteins.
    Kysyin* samaa tekoälyltä (muistaakseni gpt chat free) ja sain vastauksen, että on olemassa ribotsyymi-nimistä RNA:ta, joka voi katalysoida kemiallisia reaktioita, mukaan lukien RNA:n itsensä replikaatioita… siis laboratoriokokeissa!
    *Kysymys: Are there self-replicating RNA molecules? Tekoälyn vastaus: Yes, there are self-replicating RNA molecules known as ribozymes. Ribozymes are RNA molecules that can catalyze chemical reactions, including the replication of RNA itself. They have been studied extensively in the field of RNA biology and are considered to be important in understanding the origin of life and the early evolution of genetic systems. These self-replicating RNA molecules have been observed [only] in laboratory experiments and are believed to have played a role in the early stages of life on Earth (hakasulkeet ja lihavointi minun).
    Kysyin asiaa myös Googlen tekoälyltä eli Bardilta (ja sain väärän vastauksen). Kysymys: ”Are there self-replicating RNAs?” Vastaus: ”Yes, there are self-replicating RNAs known as ribozymes. Ribozymes are RNA molecules that can catalyze their own replication. Self-replicating RNAs are small RNA molecules that contain the information for their own replication*. They can be divided in two main types:
  3. 2. Essential Cell Biology, Alberts, Hopkin ym. 2019: Tässä kirjassa on sama kuva virtuaalisesta omaa synteesiään katalysoivasta RNA:sta punaisine säteineen. Hakemistostakaan sanalla ”self” ei löydy muuta kuin ”self assembly”, ei self-replicating RNA. Mutta yhdessä taulukossa on lueteltu RNA:n erilaisia katalysoivia ominaisuuksia, joista yksi on ”RNA-polymerization” – mutta: vain in vitro [koeputkessa] for selected RNAs! (p. 261).
    3. Lehringer Principles of Biochemistry (Nelson, Cox ym., 7. painos 2017): Tästä biokemian Raamatusta en löytänyt kuvausta itsenäisesti kopioituvasta luonnollisesta RNA:sta, eikä hakemistosta löydy sanoja ”RNA self-replication” tai ”self-replicating RNA”. Tietoa tosin löytyy RNA-replikaaseista, jotka ovat RNA:ta monistavia proteiinientsyymejä ja joita RNA-virukset kantavat mukanaan – ja joita löytyy monista muistakin soluista. Ns. RNA+ -viruksissa tosin on vain replikaasin geeni (koska se toimii suoraan lähetti-RNA:na) ja itse replikaasi tuotetaan solun ribosomeilla. Mutta RNA- -viruksilla (esim. influenssa) on mukanaan oma replikaasi koska ns. minus-strand-RNA ei voi toimia lähetti-RNA:na, vaan replikaasin täytyy kopioida se, jolloin syntyy lähettinä toimiva +juoste. (On olemassa hyviä perusteita sille, että RNA-virukset ovat nisäkkäiden soluista karkuun päässeitä RNA-partikkeleita, ns. proviruksia. Siitä lisää joskus myöhemmin.)
    Jos itse itseään monistavaa RNA:ta etsii englanninkielisestä Wikipediasta hakusanoilla ”self-replicating RNA” (tai ”RNA self-replication”), saa vastauksen:
    The page "Self-replicating RNA" does not exist eli ko. sivua ei ole olemassa – eikä siis myöskään itsestään kopioituvaa RNA:ta. Jos sellainen olisi luonnosta löydetty, sille olisi varmasti luotu oma sivu.
    Jos Google-hakuun kirjoittaa ”self-replicating RNA” tai ”RNA self-replication”, se ohjaa Wikipedian ns. RNA-maailman sivulle, joka vuorostaan kertoo tämän maailman olevan ”hypoteettinen vaihe evoluution historiassa”:
    The RNA world is a hypothetical stage in the evolutionary history of life on Earth, in which self-replicating RNA molecules proliferated before the evolution of DNA and proteins.
    Kysyin* samaa tekoälyltä (muistaakseni gpt chat free) ja sain vastauksen, että on olemassa ribotsyymi-nimistä RNA:ta, joka voi katalysoida kemiallisia reaktioita, mukaan lukien RNA:n itsensä replikaatioita… siis laboratoriokokeissa!
    *Kysymys: Are there self-replicating RNA molecules? Tekoälyn vastaus: Yes, there are self-replicating RNA molecules known as ribozymes. Ribozymes are RNA molecules that can catalyze chemical reactions, including the replication of RNA itself. They have been studied extensively in the field of RNA biology and are considered to be important in understanding the origin of life and the early evolution of genetic systems. These self-replicating RNA molecules have been observed [only] in laboratory experiments and are believed to have played a role in the early stages of life on Earth (hakasulkeet ja lihavointi minun).
    Kysyin asiaa myös Googlen tekoälyltä eli Bardilta (ja sain väärän vastauksen). Kysymys: ”Are there self-replicating RNAs?” Vastaus: ”Yes, there are self-replicating RNAs known as ribozymes. Ribozymes are RNA molecules that can catalyze their own replication. Self-replicating RNAs are small RNA molecules that contain the information for their own replication*. They can be divided in two main types:
    1. Autocatalytic ribozymes. “These ribozymes can replicate on their own, without the help of any other molecules. They are typically found in viruses and bacteria” (lihavointi minun). Tämä ei siis pidä paikkaansa: Virusten RNA kopioidaan soluissa (kuten bakteereissa) RNA-replikaaseilla, jotka koostuvat proteiineista. Esim. E. coli -basilleja infektoivilla RNA-viruksilla, kuten faagi-MS2:lla on oma replikaasi (siis proteiini) tai sen geeni, josta bakteeri sitten tuottaa replikaasia (ribosomilla). Mutta Wikipedia kutsuu myös tällaista RNA-replikaasia (proteiinia) ribotsyymiksi (joka on RNA:ta)! Onko tämä lapsus vai tarkoituksellista, sitä en tiedä, mutta joka tapauksessa sen verran harhauttavaa, että tekoäly sotkee nämä käsitteet.
    2. Ribozymes that require enzymes… They are typically found in eucaryotes.
    *Information for their own replication?: Tietyt, spesifiset nukleotidijaksot pystyvät liittämään tiettyjä spesifisiä RNA-pätkiä toisiinsa (ligaatio). Sitäkö tämä ”information for own replication” tarkoittaa? Tai sitten sillä viitataan RNA:ssa olevaan replikaasigeeniin – tai sitten kyseessä on pelkkä tekoälyn generoima tyhjä fraasi.
    En siis löytänyt mistään todisteita, että ”elävässä maailmassa” olisi olemassa itsenäisesti kopioituvaa RNA:ta.