Pitkät ei-koodaavat RNA:t ja niiden mutaatiot, HAR

Niin jos et huomannut, niin edellisessä ketjussa tuli niin paljon valheita evolutionisteilta, että on parempi oikaista ne kerralla tässä aloituksessa. Erityisesti viittaan nyt lncRNA ja HAR-väitteisiin.

Evoluutioteorian mukaan tulisi tapahtua kehitystä. Käytännössä havaitsemme vain rappeutumista. Miksi todellisuuden havainnot ja evoluutioteoria ovat niin kaukana toisistaan? Koska evoluutioteoriaa ei voi vahvistaa todellisuuden havainnoilla, ei sillä ole mitään tekemistä tieteen kanssa.

Joko muuten välimuoto ihmisen ja apinan välillä on löydetty?

RaamattuOnTotuus kirjoitti:

Evoluutioteorian mukaan tulisi tapahtua kehitystä. Käytännössä havaitsemme vain rappeutumista. Miksi todellisuuden havainnot ja evoluutioteoria ovat niin kaukana toisistaan? Koska evoluutioteoriaa ei voi vahvistaa todellisuuden havainnoilla, ei sillä ole mitään tekemistä tieteen kanssa.

Joko muuten välimuoto ihmisen ja apinan välillä on löydetty?

Lue lisää

Olet siis liian tyhmä tajuamaan että solon pieksee sinut joka kerta?

TÄH?? Ei teistä evoista ota selvää ku toisessa paikassa Solon selittää ihan muuta. Kumpi valehtelee??

>Olen jo kertonut sinulle, että se lncRNA-transkriptien 29,8% yhteneväisyys riippuu tarkastelutavasta. Tuossa käytettiin uutta etsimistyökalua, slncky, joka kykenee automaattisesti tunnistamaan ja poistamaan esim. bona fide lncRNA:t, kääntämättömät alueet (UTR), pseudogeenit, geeniduplikaatit ja tietyt spesifit koodaavat geeniperheet, kuten sinkkisormiproteiineja koodaavat alueet. Nämä alueet voivat sekoittuvat homologian takia perinteisillä menetelmillä lncRNA:han, ja epätarkka karsinta on jouduttu suorittamaan manuaalisesti.

Uusi menetelmä on paljon herkempi, ja kyseisessä tutkimuksessa laskettiin vain > 95%:n sekvenssihomologian saavuttaneet monieksoniset lncRNA:t, jolloin vastaatuus rinnastuksessa ihmisen ja simpanssin välillä oli 29,8%. Vanhalla menetelmällä tutkittuna homologisia sekvenssejä ihmisen ja simpanssin kesken löytyi rinnastuksessa 72%, kun vertailtiin monieksonista lncRNA:ta. Ja kun sinä tykkäät käyttää tätä todistamaan sian olevan samankalaisempi meidän kanssamme kuin simanpanssi, niin minisian tapauksessa etsittiin synteniaa ja sekvenssihomologiaa nimenomaan sillä vanhalla RNA-sekvensoinnilla monieksonisesta lncRNA:sta rinnastaen sekvenssejä. Tällä menetelmällä vastaavuudeksi saatiin 57% ja samalla menetelmällä siis simpanssin kanssa 72%.

Edelleenkään lncRNA:n tehtävänä ei ole asettaa ominaisuuksia paikoilleen alkionkehityksessä, vaan sillä on lukuisia muita funktioita esim. alkionkehityksen geenien ilmentymisen säätelyssä ja solujen erilaistumisessa. Mitä edes tarkoittaa ominaisuuksien paikoilleen asettaminen? Kuvitteletko että siemennesteen eksosomeissa kulkeutuu spesifejä lncRNA-transkriptejä, jotka sitoutuvat tiettyyn kohtaan tsygootin genomia ja ilmenevät sitten myöhemmin tiettynä fenotyyppinä, kuten esim. ruskeana hiustenvärinä? Jos näin on, niin uneksi lisää vaikka Kellokoskella.

mitä_uskoa kirjoitti:

TÄH?? Ei teistä evoista ota selvää ku toisessa paikassa Solon selittää ihan muuta. Kumpi valehtelee??

>Olen jo kertonut sinulle, että se lncRNA-transkriptien 29,8% yhteneväisyys riippuu tarkastelutavasta. Tuossa käytettiin uutta etsimistyökalua, slncky, joka kykenee automaattisesti tunnistamaan ja poistamaan esim. bona fide lncRNA:t, kääntämättömät alueet (UTR), pseudogeenit, geeniduplikaatit ja tietyt spesifit koodaavat geeniperheet, kuten sinkkisormiproteiineja koodaavat alueet. Nämä alueet voivat sekoittuvat homologian takia perinteisillä menetelmillä lncRNA:han, ja epätarkka karsinta on jouduttu suorittamaan manuaalisesti.

Uusi menetelmä on paljon herkempi, ja kyseisessä tutkimuksessa laskettiin vain > 95%:n sekvenssihomologian saavuttaneet monieksoniset lncRNA:t, jolloin vastaatuus rinnastuksessa ihmisen ja simpanssin välillä oli 29,8%. Vanhalla menetelmällä tutkittuna homologisia sekvenssejä ihmisen ja simpanssin kesken löytyi rinnastuksessa 72%, kun vertailtiin monieksonista lncRNA:ta. Ja kun sinä tykkäät käyttää tätä todistamaan sian olevan samankalaisempi meidän kanssamme kuin simanpanssi, niin minisian tapauksessa etsittiin synteniaa ja sekvenssihomologiaa nimenomaan sillä vanhalla RNA-sekvensoinnilla monieksonisesta lncRNA:sta rinnastaen sekvenssejä. Tällä menetelmällä vastaavuudeksi saatiin 57% ja samalla menetelmällä siis simpanssin kanssa 72%.

Edelleenkään lncRNA:n tehtävänä ei ole asettaa ominaisuuksia paikoilleen alkionkehityksessä, vaan sillä on lukuisia muita funktioita esim. alkionkehityksen geenien ilmentymisen säätelyssä ja solujen erilaistumisessa. Mitä edes tarkoittaa ominaisuuksien paikoilleen asettaminen? Kuvitteletko että siemennesteen eksosomeissa kulkeutuu spesifejä lncRNA-transkriptejä, jotka sitoutuvat tiettyyn kohtaan tsygootin genomia ja ilmenevät sitten myöhemmin tiettynä fenotyyppinä, kuten esim. ruskeana hiustenvärinä? Jos näin on, niin uneksi lisää vaikka Kellokoskella.

Lue lisää

Lue tuo artikkeli, jonka doi-numeron annoin, ja tee omat johtopäätelmäsi. Artikkeli on täysin ilmainen lukea, mutta seuraava lause on melko paljastava: "The empirical threshold for calling a significant human-chimp alignment was 29.8 % sequence similarity while for human-mouse alignments it was approximately 14 % ". Suomennos tuosta on jotakuinkin: "Empiirinen raja-arvo sille, että sekvenssien vertailua voitiin kutsua merkitseväksi ihmis-simpanssivertailussa oli 29,8% sekvenssisamankaltaisuus..." Mutta kumpikaan meistä ei puhu eri asiasta. Itse selitin asian lyhemmin, Solon vaikuttaa laittaneen selitykseensä myös menetelmiä, eli juuri tämän raja-arvon yläpuolella olevien transkriptien poiston vertailusta.

Tuo artikkeli oli ensimmäinen, joka RoT:n hakusanoilla googlen kautta tuli.

mitä_uskoa kirjoitti:

TÄH?? Ei teistä evoista ota selvää ku toisessa paikassa Solon selittää ihan muuta. Kumpi valehtelee??

>Olen jo kertonut sinulle, että se lncRNA-transkriptien 29,8% yhteneväisyys riippuu tarkastelutavasta. Tuossa käytettiin uutta etsimistyökalua, slncky, joka kykenee automaattisesti tunnistamaan ja poistamaan esim. bona fide lncRNA:t, kääntämättömät alueet (UTR), pseudogeenit, geeniduplikaatit ja tietyt spesifit koodaavat geeniperheet, kuten sinkkisormiproteiineja koodaavat alueet. Nämä alueet voivat sekoittuvat homologian takia perinteisillä menetelmillä lncRNA:han, ja epätarkka karsinta on jouduttu suorittamaan manuaalisesti.

Uusi menetelmä on paljon herkempi, ja kyseisessä tutkimuksessa laskettiin vain > 95%:n sekvenssihomologian saavuttaneet monieksoniset lncRNA:t, jolloin vastaatuus rinnastuksessa ihmisen ja simpanssin välillä oli 29,8%. Vanhalla menetelmällä tutkittuna homologisia sekvenssejä ihmisen ja simpanssin kesken löytyi rinnastuksessa 72%, kun vertailtiin monieksonista lncRNA:ta. Ja kun sinä tykkäät käyttää tätä todistamaan sian olevan samankalaisempi meidän kanssamme kuin simanpanssi, niin minisian tapauksessa etsittiin synteniaa ja sekvenssihomologiaa nimenomaan sillä vanhalla RNA-sekvensoinnilla monieksonisesta lncRNA:sta rinnastaen sekvenssejä. Tällä menetelmällä vastaavuudeksi saatiin 57% ja samalla menetelmällä siis simpanssin kanssa 72%.

Edelleenkään lncRNA:n tehtävänä ei ole asettaa ominaisuuksia paikoilleen alkionkehityksessä, vaan sillä on lukuisia muita funktioita esim. alkionkehityksen geenien ilmentymisen säätelyssä ja solujen erilaistumisessa. Mitä edes tarkoittaa ominaisuuksien paikoilleen asettaminen? Kuvitteletko että siemennesteen eksosomeissa kulkeutuu spesifejä lncRNA-transkriptejä, jotka sitoutuvat tiettyyn kohtaan tsygootin genomia ja ilmenevät sitten myöhemmin tiettynä fenotyyppinä, kuten esim. ruskeana hiustenvärinä? Jos näin on, niin uneksi lisää vaikka Kellokoskella.

Lue lisää

”TÄH?? Ei teistä evoista ota selvää ku toisessa paikassa Solon selittää ihan muuta. Kumpi valehtelee??”

Kumpikaan ei valehtele, mutta YB on oikeassa tuon 29,8% suhteen. Itse olin aiemmin törmännyt slncky etsintätyökaluun, ja tiesin sen kehitetyn tunnistamaan entistä tehokkaammin konservoituneita lncRNA-transkriptejä suoraan RNA-sekvenssidatasta, joten se on tehokas työkalu identifioimaan lajien välistä sekvenssihomologiaa. Kun ROT sitten esitteli tuon lukeman, niin Google tarjosi juuri sitä artikkelia jonka olin jo joskus aiemmin lukenut, ja pikaisella silmäilyllä sellainen luku todella löytyi siitä, joten ajattelin asian olevan kunnossa.

Nyt vasta tarkemmin katsoin kyseistä paperia uudelleen, ja siinä todellakin puhutaan empiirisessä tutkimuksessa yleisesti käytetystä P-arvosta 0,05. Ja kuten YB toteaa, slncky:n osalta tilastollinen merkittävyys löytyy sekvenssihomologian ollessa 29,8%, eli tuo luku itsessään ei koske mitenkään suoraan löydettyjen transkriptien välistä synteniaa lajien välillä.

Oikeampi luku lajien välisen sekvenssihomologian suhteen on siis ~70%, vaikkakin niiden molekulaarinen säätely ja ilmentymisprofiilit voivat olla hyvinkin poikkeavat. Mitä tästä opimme? Ainakin sen, ettei mitään ROT:in kertomaa asiaa, vaikka se kuinka yksinkertaiselta tuntuisi, voi ostaa sellaisenaan ilman tuplatarkistusta. Toisaalta vastuuta ei voi vierittää kokonaan lähes syyntakeettoman henkilön harteille, joten yritän itse olla jatkossa vieläkin huolellisempi. Kiitos myös YB:lle, joka huomasi tuon asian.