Pitkät ei-koodaavat RNA:t ja niiden mutaatiot, HAR

Pitkillä ei-koodaavilla RNA-molekyyleillä on äärimmäisen tärkeä tehtävä useissa solun toiminnoissa. Ne mm. säätelevät proteiinituotantoa mutta eritoten niiden merkitys alkionkehityksessä on erittäin suuri. Ne välittävät informaatiota histonien epigeneettisten markkerien perustamista varten. Histonit ovat genomin pakkaajaproteiineja, joiden ympärille DNA kiertyy. Histonien markkerit toimivat biologisena osoitetietokantana mahdollistaen huikean muuntelupotentiaalin perusryhmän sisällä. Esim. Histoni H3:een on havaittu kiinnittyvän peräti 19 lysiiniä, jotka kaikki voivat metyloitua neljällä eri tavalla: un-, mono-, di- tai trimetylaatiolla. Kun pelkästään lysiinin metylaatiovariaatiot otetaan huomioon ihmisen genomissa, saadaan 10^19 , eli 280 miljardia mahdollista variaatiota. Ja nämä siis pelkästään lysiinin metylaatiovarianteilla. Kun kaikki histonien erityyppiset markkerit metylaatiovariaatioineen lasketaan, päästään mielikuvituksellisiin lukuihin. Tämä on yksi merkittävä syy luonnon monimuotoisuuteen. Mutaatiot, eli virheet histonimarkkereissa ovat usein syynä vakaviin sairauksiin. Histonit ja niiden markkerit eivät ole voineet siis kehittyä, vaan ne on luotu kerralla valmiiksi järjestelmäksi. Miten ne voisivat kehittyä, koska tulee tuntea koko järjestelmä, jotta tietokanta voisi toimia.

Jo histonien markkerit, biologinen tietokanta, todistaa suunnittelun puolesta. Histonien markkerit toimivat nimittäin monella eri tavalla: niiden avulla kromatiini voi olla suljetussa tilassa, eli passiivisena, jolloin DNA-jaksoa ei lueta transkriptioon. Avoimena oleva kromatiini puolestaan mahdollistaa DNA:n lukemisen. Kromatiinin kolmiulotteiseen muotoon vaikuttavat histonien markkerit. Näin siis digitaalinen informaatio muunnetaan analogiseksi. Nerokasta. Histonien markkerit vaikuttavat myös vaihtoehtoiseen silmukointiin, RNA-molekyylien epigeneettisten merkintöjen toteuttamiseen RNA-polymeraasissa sekä moniin muihin solun elintärkeisiin toimintoihin.

Pitkät ei-koodaavat RNA-molekyylit siis vastaavat pääsääntöisesti histonien uudelleenohjelmoinnista alkionkehityksen aikana. Ihmisen ja simpanssin lncRNA-transkriptien yhtenevyys on vaivaiset 29.8% (hakusanat: human chimp lncRNAs slncky). Evoluutiobiologit, jotka tämän heikon yhtenevyyden huomasivat, kehittivät nopeasti uuden termin: HAR (human accelerated region). Tutkijat siis olettavat, että lncRNA-molekyylit ovat nopeasti kehittyneet ihmisen kohdalla. Näyttöä hyödyllisistä lncRNA-mutaatioista siis tarvitaan. Toistaiseksi tiede on löytänyt vain negatiivisia seurauksia lncRNA-mutaatioille, kuten voitte jokainen todeta käyttämällä hakusanoja

lncrnas mutation diseases

Evoluutioteoria on aikamme vakavin harhaoppi. Tiede ei tunne hyödyllisiä mutaatioita ihmisen genomissa. Sen sijaan voin näyttää yli 220 000 haitallista mutaatiota ja todistaa, että tapahtuu vain geneettistä rappeutumista. Raamatusta löytyy totuus.

8

279

    Vastaukset

    Anonyymi (Kirjaudu / Rekisteröidy)
    5000
    • OnnetontaTunarointia

      "Evoluutioteoria on aikamme vakavin harhaoppi."
      Ei, vaan se on tieteellinen teoria, joka selittää biodiversiteetin synnyn.

      Eikö edellinen lättyyn saaminen riittänyt? Samaa hölmön mölinää eri aloituksessa.
      Menisit vaikka ulos hiihtämään. Vois pää vähän selvetä.

      • Niin jos et huomannut, niin edellisessä ketjussa tuli niin paljon valheita evolutionisteilta, että on parempi oikaista ne kerralla tässä aloituksessa. Erityisesti viittaan nyt lncRNA ja HAR-väitteisiin.


      • Evoluutioteorian mukaan tulisi tapahtua kehitystä. Käytännössä havaitsemme vain rappeutumista. Miksi todellisuuden havainnot ja evoluutioteoria ovat niin kaukana toisistaan? Koska evoluutioteoriaa ei voi vahvistaa todellisuuden havainnoilla, ei sillä ole mitään tekemistä tieteen kanssa.

        Joko muuten välimuoto ihmisen ja apinan välillä on löydetty?


      • allajee
        RaamattuOnTotuus kirjoitti:

        Evoluutioteorian mukaan tulisi tapahtua kehitystä. Käytännössä havaitsemme vain rappeutumista. Miksi todellisuuden havainnot ja evoluutioteoria ovat niin kaukana toisistaan? Koska evoluutioteoriaa ei voi vahvistaa todellisuuden havainnoilla, ei sillä ole mitään tekemistä tieteen kanssa.

        Joko muuten välimuoto ihmisen ja apinan välillä on löydetty?

        Olet siis liian tyhmä tajuamaan että solon pieksee sinut joka kerta?


    • "Pitkät ei-koodaavat RNA-molekyylit siis vastaavat pääsääntöisesti histonien uudelleenohjelmoinnista alkionkehityksen aikana. Ihmisen ja simpanssin lncRNA-transkriptien yhtenevyys on vaivaiset 29.8% (hakusanat: human chimp lncRNAs slncky). "

      Kesti aikansa löytää, että mistä tämä lukema oikein tulee, ja vielä hetki siitä ymmärtää, että mitä tämä lukema tarkoittaa. Eikä se tarkoita lähellekään sitä, mitä sinä kuvittelet sen tarkoittavan. Kyseessä ei ollut koskaan samanlaisuusvertailu ihmisen ja simpanssin välillä, vaan raja-arvo sekvenssisamankaltaisuudesta, jonka jälkeen näitä pidettiin tilastollisesti merkitsevänä. Kun katsot artikkelin (doi:10.1186/s13059-016-0880-9) liitteitä (liite 1, kuva S1), voisit huomata, että aluksi katsottiin kaikkia lncRNA-transkriptejä, ja nämä näitä vertailtiin keskenään (~12000). Käytännössä kaikki nämä sekvenssit olivat lähes 100% samanlaisia ihmisen ja simpanssin välillä.

      • mitä_uskoa

        TÄH?? Ei teistä evoista ota selvää ku toisessa paikassa Solon selittää ihan muuta. Kumpi valehtelee??

        >Olen jo kertonut sinulle, että se lncRNA-transkriptien 29,8% yhteneväisyys riippuu tarkastelutavasta. Tuossa käytettiin uutta etsimistyökalua, slncky, joka kykenee automaattisesti tunnistamaan ja poistamaan esim. bona fide lncRNA:t, kääntämättömät alueet (UTR), pseudogeenit, geeniduplikaatit ja tietyt spesifit koodaavat geeniperheet, kuten sinkkisormiproteiineja koodaavat alueet. Nämä alueet voivat sekoittuvat homologian takia perinteisillä menetelmillä lncRNA:han, ja epätarkka karsinta on jouduttu suorittamaan manuaalisesti.

        Uusi menetelmä on paljon herkempi, ja kyseisessä tutkimuksessa laskettiin vain > 95%:n sekvenssihomologian saavuttaneet monieksoniset lncRNA:t, jolloin vastaatuus rinnastuksessa ihmisen ja simpanssin välillä oli 29,8%. Vanhalla menetelmällä tutkittuna homologisia sekvenssejä ihmisen ja simpanssin kesken löytyi rinnastuksessa 72%, kun vertailtiin monieksonista lncRNA:ta. Ja kun sinä tykkäät käyttää tätä todistamaan sian olevan samankalaisempi meidän kanssamme kuin simanpanssi, niin minisian tapauksessa etsittiin synteniaa ja sekvenssihomologiaa nimenomaan sillä vanhalla RNA-sekvensoinnilla monieksonisesta lncRNA:sta rinnastaen sekvenssejä. Tällä menetelmällä vastaavuudeksi saatiin 57% ja samalla menetelmällä siis simpanssin kanssa 72%.

        Edelleenkään lncRNA:n tehtävänä ei ole asettaa ominaisuuksia paikoilleen alkionkehityksessä, vaan sillä on lukuisia muita funktioita esim. alkionkehityksen geenien ilmentymisen säätelyssä ja solujen erilaistumisessa. Mitä edes tarkoittaa ominaisuuksien paikoilleen asettaminen? Kuvitteletko että siemennesteen eksosomeissa kulkeutuu spesifejä lncRNA-transkriptejä, jotka sitoutuvat tiettyyn kohtaan tsygootin genomia ja ilmenevät sitten myöhemmin tiettynä fenotyyppinä, kuten esim. ruskeana hiustenvärinä? Jos näin on, niin uneksi lisää vaikka Kellokoskella.


      • mitä_uskoa kirjoitti:

        TÄH?? Ei teistä evoista ota selvää ku toisessa paikassa Solon selittää ihan muuta. Kumpi valehtelee??

        >Olen jo kertonut sinulle, että se lncRNA-transkriptien 29,8% yhteneväisyys riippuu tarkastelutavasta. Tuossa käytettiin uutta etsimistyökalua, slncky, joka kykenee automaattisesti tunnistamaan ja poistamaan esim. bona fide lncRNA:t, kääntämättömät alueet (UTR), pseudogeenit, geeniduplikaatit ja tietyt spesifit koodaavat geeniperheet, kuten sinkkisormiproteiineja koodaavat alueet. Nämä alueet voivat sekoittuvat homologian takia perinteisillä menetelmillä lncRNA:han, ja epätarkka karsinta on jouduttu suorittamaan manuaalisesti.

        Uusi menetelmä on paljon herkempi, ja kyseisessä tutkimuksessa laskettiin vain > 95%:n sekvenssihomologian saavuttaneet monieksoniset lncRNA:t, jolloin vastaatuus rinnastuksessa ihmisen ja simpanssin välillä oli 29,8%. Vanhalla menetelmällä tutkittuna homologisia sekvenssejä ihmisen ja simpanssin kesken löytyi rinnastuksessa 72%, kun vertailtiin monieksonista lncRNA:ta. Ja kun sinä tykkäät käyttää tätä todistamaan sian olevan samankalaisempi meidän kanssamme kuin simanpanssi, niin minisian tapauksessa etsittiin synteniaa ja sekvenssihomologiaa nimenomaan sillä vanhalla RNA-sekvensoinnilla monieksonisesta lncRNA:sta rinnastaen sekvenssejä. Tällä menetelmällä vastaavuudeksi saatiin 57% ja samalla menetelmällä siis simpanssin kanssa 72%.

        Edelleenkään lncRNA:n tehtävänä ei ole asettaa ominaisuuksia paikoilleen alkionkehityksessä, vaan sillä on lukuisia muita funktioita esim. alkionkehityksen geenien ilmentymisen säätelyssä ja solujen erilaistumisessa. Mitä edes tarkoittaa ominaisuuksien paikoilleen asettaminen? Kuvitteletko että siemennesteen eksosomeissa kulkeutuu spesifejä lncRNA-transkriptejä, jotka sitoutuvat tiettyyn kohtaan tsygootin genomia ja ilmenevät sitten myöhemmin tiettynä fenotyyppinä, kuten esim. ruskeana hiustenvärinä? Jos näin on, niin uneksi lisää vaikka Kellokoskella.

        Lue tuo artikkeli, jonka doi-numeron annoin, ja tee omat johtopäätelmäsi. Artikkeli on täysin ilmainen lukea, mutta seuraava lause on melko paljastava: "The empirical threshold for calling a significant human-chimp alignment was 29.8 % sequence similarity while for human-mouse alignments it was approximately 14 % ". Suomennos tuosta on jotakuinkin: "Empiirinen raja-arvo sille, että sekvenssien vertailua voitiin kutsua merkitseväksi ihmis-simpanssivertailussa oli 29,8% sekvenssisamankaltaisuus..." Mutta kumpikaan meistä ei puhu eri asiasta. Itse selitin asian lyhemmin, Solon vaikuttaa laittaneen selitykseensä myös menetelmiä, eli juuri tämän raja-arvon yläpuolella olevien transkriptien poiston vertailusta.

        Tuo artikkeli oli ensimmäinen, joka RoT:n hakusanoilla googlen kautta tuli.


      • mitä_uskoa kirjoitti:

        TÄH?? Ei teistä evoista ota selvää ku toisessa paikassa Solon selittää ihan muuta. Kumpi valehtelee??

        >Olen jo kertonut sinulle, että se lncRNA-transkriptien 29,8% yhteneväisyys riippuu tarkastelutavasta. Tuossa käytettiin uutta etsimistyökalua, slncky, joka kykenee automaattisesti tunnistamaan ja poistamaan esim. bona fide lncRNA:t, kääntämättömät alueet (UTR), pseudogeenit, geeniduplikaatit ja tietyt spesifit koodaavat geeniperheet, kuten sinkkisormiproteiineja koodaavat alueet. Nämä alueet voivat sekoittuvat homologian takia perinteisillä menetelmillä lncRNA:han, ja epätarkka karsinta on jouduttu suorittamaan manuaalisesti.

        Uusi menetelmä on paljon herkempi, ja kyseisessä tutkimuksessa laskettiin vain > 95%:n sekvenssihomologian saavuttaneet monieksoniset lncRNA:t, jolloin vastaatuus rinnastuksessa ihmisen ja simpanssin välillä oli 29,8%. Vanhalla menetelmällä tutkittuna homologisia sekvenssejä ihmisen ja simpanssin kesken löytyi rinnastuksessa 72%, kun vertailtiin monieksonista lncRNA:ta. Ja kun sinä tykkäät käyttää tätä todistamaan sian olevan samankalaisempi meidän kanssamme kuin simanpanssi, niin minisian tapauksessa etsittiin synteniaa ja sekvenssihomologiaa nimenomaan sillä vanhalla RNA-sekvensoinnilla monieksonisesta lncRNA:sta rinnastaen sekvenssejä. Tällä menetelmällä vastaavuudeksi saatiin 57% ja samalla menetelmällä siis simpanssin kanssa 72%.

        Edelleenkään lncRNA:n tehtävänä ei ole asettaa ominaisuuksia paikoilleen alkionkehityksessä, vaan sillä on lukuisia muita funktioita esim. alkionkehityksen geenien ilmentymisen säätelyssä ja solujen erilaistumisessa. Mitä edes tarkoittaa ominaisuuksien paikoilleen asettaminen? Kuvitteletko että siemennesteen eksosomeissa kulkeutuu spesifejä lncRNA-transkriptejä, jotka sitoutuvat tiettyyn kohtaan tsygootin genomia ja ilmenevät sitten myöhemmin tiettynä fenotyyppinä, kuten esim. ruskeana hiustenvärinä? Jos näin on, niin uneksi lisää vaikka Kellokoskella.

        ”TÄH?? Ei teistä evoista ota selvää ku toisessa paikassa Solon selittää ihan muuta. Kumpi valehtelee??”

        Kumpikaan ei valehtele, mutta YB on oikeassa tuon 29,8% suhteen. Itse olin aiemmin törmännyt slncky etsintätyökaluun, ja tiesin sen kehitetyn tunnistamaan entistä tehokkaammin konservoituneita lncRNA-transkriptejä suoraan RNA-sekvenssidatasta, joten se on tehokas työkalu identifioimaan lajien välistä sekvenssihomologiaa. Kun ROT sitten esitteli tuon lukeman, niin Google tarjosi juuri sitä artikkelia jonka olin jo joskus aiemmin lukenut, ja pikaisella silmäilyllä sellainen luku todella löytyi siitä, joten ajattelin asian olevan kunnossa.

        Nyt vasta tarkemmin katsoin kyseistä paperia uudelleen, ja siinä todellakin puhutaan empiirisessä tutkimuksessa yleisesti käytetystä P-arvosta 0,05. Ja kuten YB toteaa, slncky:n osalta tilastollinen merkittävyys löytyy sekvenssihomologian ollessa 29,8%, eli tuo luku itsessään ei koske mitenkään suoraan löydettyjen transkriptien välistä synteniaa lajien välillä.

        Oikeampi luku lajien välisen sekvenssihomologian suhteen on siis ~70%, vaikkakin niiden molekulaarinen säätely ja ilmentymisprofiilit voivat olla hyvinkin poikkeavat. Mitä tästä opimme? Ainakin sen, ettei mitään ROT:in kertomaa asiaa, vaikka se kuinka yksinkertaiselta tuntuisi, voi ostaa sellaisenaan ilman tuplatarkistusta. Toisaalta vastuuta ei voi vierittää kokonaan lähes syyntakeettoman henkilön harteille, joten yritän itse olla jatkossa vieläkin huolellisempi. Kiitos myös YB:lle, joka huomasi tuon asian.


    Ketjusta on poistettu 1 sääntöjenvastaista viestiä.

    Luetuimmat keskustelut

    1. Ole rohkeampi kuin koskaan

      ja kerro tähän suoraan kaivattusi nimi
      Ikävä
      92
      1898
    2. Oulussa puukotettu lasta

      Onko perussuomalaiset huolissaan julkisten tilojen turvallisuudesta. Miten sisäministeri Rantanen suhtautuu lapsiin kohd
      Perussuomalaiset
      409
      1476
    3. Mitä tekisit jos

      täällä ois viesti sulle, otsikossa sun etunimi ? Ja viestissä sanotaan "minä rakastan sua" ja allekirjoituksena kaiva
      Ikävä
      90
      1270
    4. Nyt pärähtää - Uusi lavatanssiohjelma starttaa tv:ssä!

      Oletko toivonut lavatanssiohjelmaa televisioon? Puoli seiskan kesäilta tuo lavatanssit suomalaisiin koteihin. Juontajin
      Tv-sarjat
      13
      1049
    5. Milloin olet viimeksi nähnyt

      Kaivattusi ja missä? Onko ikävä vastaa rehellisesti.
      Ikävä
      69
      976
    6. Ääripersu puukotti taas.

      Kamalaksi on mennyt. Persut ammuskelee ja puukko heiluu..
      Oulu
      179
      953
    7. Kokki Akseli Herlevin ex-rakas Emmi Suuronen kisasi Diilissä - Nyt Selviytyjissä: "Vaikka olen..."

      Emmi Suuronen ja Akseli Herlevi ovat ex-pariskunta. Nyt Emmi nähdään taas tosi-tv-ohjelmassa. Takana on jo Diili ja mis
      Suomalaiset julkkikset
      10
      946
    8. Miten ihmeessä

      on kaksi niin samanlaista. Älä ymmärrä väärin, en yritä mitenkään itseäni ylentää mutta eiköhän me jollakin radioaallol
      Ikävä
      49
      919
    9. Onpas punavihreät taas ärhäkkäinä

      😺 Ihan tuntuu kuin syyttäisitte meikäläisiä/meikäläistä Oulun puukotuksesta. Tapaus on hyvin ikävä ja tuomittava. En
      Luterilaisuus
      239
      884
    10. Pelkäätkö että olisin

      Ilkeä sulle jos nähtäisiin? Naiselta miehelle
      Ikävä
      74
      827
    Aihe