Evoluutioteoria kaatumassa

old_profile_3668 kirjoitti:

Kyse on Naturen sähköpostiini lähettämästä "Nature alert" -uutiskirjeestä, jossa esitellään seuraavan numeron artikkeleita tms. Minulla ei ole oikeuksia täysiin artikkeleihin (Full text), ainoastaan tiivitelmiin (First paragraph).
Nyt näyttää siltä, että Alexey Kondrashov on tehnyt Naturen "News and Views" -osioon yleistajuisemman selostuksen ainakin pääosin Peter Andolfatton artikkelista, josta tässä lisää:
Letter

Nature 437, 1149-1152 (20 October 2005) | doi: 10.1038/nature04107
Adaptive evolution of non-coding DNA in Drosophila

Peter Andolfatto


A large fraction of eukaryotic genomes consists of DNA that is not translated into protein sequence, and little is known about its functional significance. Here I show that several classes of non-coding DNA in Drosophila are evolving considerably slower than synonymous sites, and yet show an excess of between-species divergence relative to polymorphism when compared with synonymous sites. The former is a hallmark of selective constraint, but the latter is a signature of adaptive evolution, resembling general patterns of protein evolution in Drosophila1, 2. I estimate that about 40–70% of nucleotides in intergenic regions, untranslated portions of mature mRNAs (UTRs) and most intronic DNA are evolutionarily constrained relative to synonymous sites. However, I also use an extension to the McDonald–Kreitman test3 to show that a substantial fraction of the nucleotide divergence in these regions was driven to fixation by positive selection (about 20% for most intronic and intergenic DNA, and 60% for UTRs). On the basis of these observations, I suggest that a large fraction of the non-translated genome is functionally important and subject to both purifying selection and adaptive evolution. These results imply that, although positive selection is clearly an important facet of protein evolution, adaptive changes to non-coding DNA might have been considerably more common in the evolution of D. melanogaster.

Juttuhan on kirjoitettu evoluutio-oletuksesta käsin, jolloin eliöiden DNA:n yhtäläisyydet ja eroavuudet tulkitaan erilailla vaikuttaneiksi evoluutiotekijöiksi.

Itse kiinnitin vain huomiota siihen, että neutraalievoluutioteoria on ongelmissa, eikä molekyylikellotkaan ole vissiin tarkkoja. Muistaakseni yksi oletus niissä oli, että "Junk-DNA" antaa vertailukohdan valintapaineettomasta mutaationopeudesta.
Ja neutraalievoluutioteorian kehittäjä Kimura loi teoriansa juurikin siksi, ettei valintateoria vaikuttanut uskottavalta.

Olisko sulla antaa tietoa sellaisesta evoluutioteoriasta, jota voi pitää tieteellisenä?

"Olisko sulla antaa tietoa sellaisesta evoluutioteoriasta, jota voi pitää tieteellisenä?"

Yhteisen kantamuodon teoria. Todisteet ja falsifikaatiokriteerit vanhasta tutusta osoitteesta http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/
Ilmiselvästi selvimmät säännönmukaisuudet biologian maailmassa on johdettavissa juuri yhteisen kantamuodon teoriasta, sillä se seuraa yksinomaan lisääntymisestä ja lajiutumisesta.

Luonnonvalinnan teoria. Muistat varmaan vielä tarjoamani koejärjestelyt? Kuten olen maininnut, on kyse osaprosesseista ja todennäköisyyksistä, joten mistään ehdottomista laeista ála fysiikka ei ole kyse. Jos tahdot vieläkin niin väittää, otan osaa, sillä osoitat olevasi kykenemätön käsittämään biologian perusteita. Olemme tekemisissä niin monen muuttujan ja monimutkaisten järjestelmien kanssa, että esim. ennusteita kyyhkysen lentoradasta ei voi tehdä, jos lintu on elävä. Tämä ei kuitenkaan johda siihen, että kyyhkysen lentämisen tutkiminen olisi mahdotonta tai turhaa.

Neutraaliteoria seuraa havainnoista, jonka mukaan osa geneettisestä materiaalista, kuten polyploidisessa kasvissa, on neutraalia. Tätä voit testata vapaasti poistamalla vaikka vehnärukiin vastinkromosomeista "vapaita" geenejä.

old_profile_3668 kirjoitti:

Kyse on Naturen sähköpostiini lähettämästä "Nature alert" -uutiskirjeestä, jossa esitellään seuraavan numeron artikkeleita tms. Minulla ei ole oikeuksia täysiin artikkeleihin (Full text), ainoastaan tiivitelmiin (First paragraph).
Nyt näyttää siltä, että Alexey Kondrashov on tehnyt Naturen "News and Views" -osioon yleistajuisemman selostuksen ainakin pääosin Peter Andolfatton artikkelista, josta tässä lisää:
Letter

Nature 437, 1149-1152 (20 October 2005) | doi: 10.1038/nature04107
Adaptive evolution of non-coding DNA in Drosophila

Peter Andolfatto


A large fraction of eukaryotic genomes consists of DNA that is not translated into protein sequence, and little is known about its functional significance. Here I show that several classes of non-coding DNA in Drosophila are evolving considerably slower than synonymous sites, and yet show an excess of between-species divergence relative to polymorphism when compared with synonymous sites. The former is a hallmark of selective constraint, but the latter is a signature of adaptive evolution, resembling general patterns of protein evolution in Drosophila1, 2. I estimate that about 40–70% of nucleotides in intergenic regions, untranslated portions of mature mRNAs (UTRs) and most intronic DNA are evolutionarily constrained relative to synonymous sites. However, I also use an extension to the McDonald–Kreitman test3 to show that a substantial fraction of the nucleotide divergence in these regions was driven to fixation by positive selection (about 20% for most intronic and intergenic DNA, and 60% for UTRs). On the basis of these observations, I suggest that a large fraction of the non-translated genome is functionally important and subject to both purifying selection and adaptive evolution. These results imply that, although positive selection is clearly an important facet of protein evolution, adaptive changes to non-coding DNA might have been considerably more common in the evolution of D. melanogaster.

Juttuhan on kirjoitettu evoluutio-oletuksesta käsin, jolloin eliöiden DNA:n yhtäläisyydet ja eroavuudet tulkitaan erilailla vaikuttaneiksi evoluutiotekijöiksi.

Itse kiinnitin vain huomiota siihen, että neutraalievoluutioteoria on ongelmissa, eikä molekyylikellotkaan ole vissiin tarkkoja. Muistaakseni yksi oletus niissä oli, että "Junk-DNA" antaa vertailukohdan valintapaineettomasta mutaationopeudesta.
Ja neutraalievoluutioteorian kehittäjä Kimura loi teoriansa juurikin siksi, ettei valintateoria vaikuttanut uskottavalta.

Olisko sulla antaa tietoa sellaisesta evoluutioteoriasta, jota voi pitää tieteellisenä?

Tuo "large fraction" on parikymmentä prosenttia artikkelin mukaan ainakin positiivisen valinnan osalta, ja yleteeman sivuilla sanotaan samaa artikkelia koskevassa uutisessa näin: "Suuremmat erot lajien välillä näyttävät löytyvän geenien väliin jäävällä alueella. Siellä sijaitsee sekä toimintakykynsä kadottaneita geenejä eli ns. pseudogeenejä että pitkiä pätkiä dna-ketjua, joka ei näytä oikein miltään. Banaanikärpäsen perimästä tätä roska-dna:ta on noin 80%."

Lisäksi suuren muuntelun yhdistäminen valintapaineisiin ei ole täysin varmalla pohjalla, sillä genomi elää aina myös omaa elämäänsä mm. alujen ja transposoneiden muodossa.

old_profile_3668 kirjoitti:

Empiristi:[Neutraaliteoria seuraa havainnoista, jonka mukaan osa geneettisestä materiaalista, kuten polyploidisessa kasvissa, on neutraalia. Tätä voit testata vapaasti poistamalla vaikka vehnärukiin vastinkromosomeista "vapaita" geenejä.]
Näyttäisi siltä, että pidät ylimääräisiä geenikopioita (duplikaatteja) neutraalin evoluutioteorian perusjuttuna. Näinhän ei ole.

Kimura:[...when one compares the genomes of existing species, the vast majority of molecular differences are selectively "neutral."]
http://en.wikipedia.org/wiki/Neutral_theory_of_molecular_evolution

Kyse on neutraaleista _mutaatioista_ niissä _toimivissa_ geeneissä ja siitä, ettei luonnonvalinnan teoria selitä monimuotoisuutta tältä osin. Kuten varmaan hyvin tiedät, ei falsifikaatiokriteeriä ole voitu soveltaa luonnonvalinnan teoriaan, mutta jos olisi, tässä olisi yksi kumouspiste.

Luettelit sitten osateorioita. Esim. yhteisen kantamuodon teoria ei kuulunut kattavasti Darwinin esitykseen (hän salli myös useamman alun), joten sen kaatuminen tuskin olisi kohtalokasta koko evoluutio-opille. Tämän hetken tilannetta koko biosfäärin yhteisestä kantamuodosta voitaneen pitää epäselvänä.
http://nsmserver2.fullerton.edu/departments/chemistry/evolution_creation/web/PhilipeForterre1999.pdf
http://cas.bellarmine.edu/tietjen/Ecology/phylogenetic_classification_and_.htm
Varsinkin, kun vertaa jälkimmäisessä kuviota 1 kuvioon 2, niin näyttäisi LUCA olevan aika tippaleipää.

Siis lyhyesti antamistasi (osa)teorioista:
Universaali yhteinen kantamuoto on kyseenalainen tai kumottu
Luonnonvalinnan teoria on riittämätön ja vailla falsifikaatiokriteeriä
Neutraaliteoria, jonka esitit, perustui omaan väärinkäsitykseesi tai oli muuten ihmeellinen.

"Siis lyhyesti antamistasi (osa)teorioista:
Universaali yhteinen kantamuoto on kyseenalainen tai kumottu"

Tippaleipämäisyys johtuu siitä, että kauemmas kelaaminen on mahdotonta geeninvaihdon ja sitä kautta periytymisen epäsuoran luonteen vuoksi. Lajeilla, joilla ei geenienvaihtoa tapahdu, voidaan risteämättömiä oksia seurata kantaan saakka, jolloin jokaisen tutkitun ominaisuuden pitäisi viitata mutaatioiden sattumanvarainen luonne huomioon ottaen samaan suuntaan (maximum parsimony, bootstrapping).


"Luonnonvalinnan teoria on riittämätön ja vailla falsifikaatiokriteeriä"

Toistan taasen että muistatko tarjoamani koejärjestelyn? Jos et, niin voin kopioida sen tänne.


"Neutraaliteoria, jonka esitit, perustui omaan väärinkäsitykseesi tai oli muuten ihmeellinen."

Duplikaation yhdistäminen Kimuran teoriaan takasi minulle pääsyn yliopistolle. Vastaukseni mutaatiokysymykseen oli ainakin laajin mitä kirjoitin pääsykokeessa. Kimuran sitaatista sen verran, että monet samaa funktiota suorittavien proteiinien tuottavien geenien ominaisuudet eroavat toisistaan sukulaisuussuhteen mukaan. Tästä voi päätellä, että muuntelu on neutraalia. Itse asiassa sen voi todistaakin kemiallisesti. Kimuran painotus onkin molekyylitasolla, eikä neutraalilla evoluutiolla ole mielestäni merkittäviä vaikutuksia fenotyyppin. Selvä vaikutus sillä kuitenkin on molekyylikelloihin ja geneettisten eroavaisuuksien tutkimuksessa.

old_profile_3668 kirjoitti:

Myönnät, että dublikaattien yhdistäminen Kimuraan on oma ideasi (ehkä pääsykokeissa palkittiin idearikkaista evotarinoista?), mutta laitapa viitettä, että joku vakavasti otettava tutkijakin olisi yhdistänyt neutraaliteorian ja dublikaatit.

"...mutta laitapa viitettä, että joku vakavasti otettava tutkijakin olisi yhdistänyt neutraaliteorian ja dublikaatit."

Duplikaattien säilyminen ja divergenssi on useiden tutkijoiden mukaan neutraalin evoluution hommaa. Tästä kerroin pääsykokeessa:
http://www.genomenewsnetwork.org/articles/03_02/leaf_eating_monkey.shtml

Tuostakin 'pitäisi' käydä epäsuorasti ilmi se, että duplikaatti säilyi tutkijoiden mukaan neutraalilla valinta-arvolla eli geneettisen ajautumisen myötä.

old_profile_3668 kirjoitti:

Mitä linkkii tulee, niin siellähän näkyi hymiö (-;
Ja se oli tämä Alexey S. Kondrashov joka arvioi neutraaliteorian järkkyneen. En ota tästä kunniaa itselleni (-;
Jos olet noin tosikko, muistutat joitakin muun aatteen fundamentalisteja. Ehkä se ei haittaa.

Pelkkä hymiö on kovin epämääräinen symboli merkitsemään lausetta " en ota tästä kunniaa itselleni, tämä oli vain Alexey S. Kondrashovin näkemys, josta teen tulkintoja".

Ylipäätään, sinun tulkintasi tuntuu tässäkin viestissä olevan, että evoluutioteoria menettää uskottavuuttaan ja otsikon mukaisesti kaatuu. Kunniaa et toki ota taaskaan itsellesi. Mutta tulkintoja teet ja vastuu niistä kuuluu sinulle.

old_profile_3668 kirjoitti:

Mitä linkkii tulee, niin siellähän näkyi hymiö (-;
Ja se oli tämä Alexey S. Kondrashov joka arvioi neutraaliteorian järkkyneen. En ota tästä kunniaa itselleni (-;
Jos olet noin tosikko, muistutat joitakin muun aatteen fundamentalisteja. Ehkä se ei haittaa.

Elävä olentohan on oikeastaan materiavirtausta kaiken elämänsä ajan.
Tässä virtauksessa on kohtalon hyvä ohjata eliölle sen sukurasitteen mikä ilmenee muuntuneina perintötekijöinä. Näinhän meidän kaikki jälkeläisemmekin ovat mukana kukin sukusolu saaden eri koodin.
Vain kuollutta solua tutkiessa voidaan solusta nähdä asiat pysähtyneinä ja tutkia geenejä.