Streptomycetes in indoor environments – PCR based detection and diversity (Streptomykeettien toteaminen ja monimuotoisuus sisäympäristössä)
Vastaväittäjä: Professori Atte von Wright, Kuopion yliopisto
Kustos: Dosentti Aino Nevalainen, Kansanterveyslaitos
--------------------------------------------------------------------------------
Väitöskirjan tiivistelmä:
UUSI MENETELMÄ HOMETALOBAKTEERIN TOTEAMISEEN
Tässä Kansanterveyslaitoksen ympäristöterveyden osastossa tehdyssä tutkimuksessa kehitettiin PCR-menetelmä streptomykeetti-bakteerien toteamiseen ja sitä testattiin kotipölynäytteiIlä. Vertailussa viljelyn kanssa menetelmä todettiin herkemmäksi ja se ennusti viljelyä paremmin kosteusvaurion esiintymistä rakennuksessa. Sisäympäristöissä esiintyvä streptomykeettilajisto myötäilee luonnossa esiintyvää lajikirjoa, ja tulosten perusteella voidaan olettaa, että mitään erityistä, hometaloissa viihtyvää lajistoa ei ole.
AIHE
Kosteusvauriorakennuksissa esiintyy lukuisten homelajien lisäksi myös bakteereita, joista tunnetuimpia ovat aktinomykeetit eli sädesienet. Näihin kuuluvat streptomykeetit ovat olleet Kansanterveyslaitoksen hometalotutkimusryhmän tutkimuksen kohteina jo vuosia mahdollisten terveyshaittojen aiheuttajina ja kosteusvaurion indikaattoreina. Tässä työssä haluttiin kehittää viljelyä nopeampi ja tarkempi menetelmä streptomykeettien toteamiseksi sisäympäristöissä, sekä tutkia streptomykeettien lajikirjoa rakennuksissa.
TÄRKEIMMÄT TULOKSET
PCR-menetelmän todettiin tunnistavan vain streptomykeettejä. Tutkituista pölynäytteistä streptomykeettejä todettiin 36 %:ssa viljelemällä ja 81 %:ssa PCR -menetelmällä. Streptomykeettien esiintyminen kotipölyssä PCR -menetelmällä todettuna oli yhteydessä kosteusvaurioon, viljelymenetelmällä määritettynä yhteys ei ollut yhtä selvä. Lajikirjoa määritettäessä suurin osa kannoista ryhmittyi 16S rRNA -geenisekvenssin perusteella lajin suurimpaan, Streptomyces griseus –ryhmään. Loput kannat ryhmittyivät kolmeen ryhmään. Näiden tulosten perusteella voidaan sanoa, ettei rakennuksissa esiintyvä lajisto poikkea merkitsevästi luonnossa esiintyvästä lajistosta.
AINEISTO JA MENETELMÄT
Kehitetyn PCR-menetelmän kyky tunnistaa streptomykeettejä määritettiin aluksi geenisekvenssivertailujen avulla. Menetelmää testattiin lisäksi lähisukuisilla bakteereilla, muilla sisäympäristöistä löytyvillä mikrobeilla sekä maa- ja rakennusmateriaalinäytteillä. Streptomykeettien esiintymistä kotipölynäytteissä tutkittiin sekä perinteisellä viljelymenetelmällä että PCR-menetelmällä. Kodeissa, joista pölynäytteet otettiin, tehtiin myös kosteusvauriokuntoarvio. Tutkittuja kohteita oli 47. Streptomykeettien monimuotoisuutta tutkittiin sekvensoimalla 26 eri sisäympäristöistä eristetyn kannan 16S rRNA geeni, sekä monistamalla 16S rRNA -geeniä PCR:n avulla suoraan kosteusvaurioituneista rakennusmateriaaleista, ja tutkimalla geenin vaihtelua tarkoitukseen kehitettyjen tietokoneohjelmien avulla.
TAUSTAA
Hometaloissa esiintyy homesienten lisäksi myös bakteereita, joilla saattaa myös olla merkitystä ihmisten oireilun kannalta. Tähän asti tunnetuimmat näistä bakteereista kuuluvat Streptomyces -sukuun. Streptomykeetit ovat yleisiä maaperässä, ja vaikka ne eivät ole erityisen patogeenejä, niiden on solu- ja eläinkokeissa todettu aiheuttavan korkeita tulehdusvasteita. Mikrobien määritykseen käytetään yleensä viljelymenetelmiä, joilla kuitenkin pystytään osoittamaan vain elinkykyinen osa mikrobistosta. DNA-tunnistukseen pohjautuvilla menetelmillä, kuten PCR, pystytään toteamaan mikrobit niiden elinkyvystä riippumatta.
--------------------------------------------------------------------------------
Kansanterveyslaitoksen julkaisuja A. ISBN 951-740-336-4
--------------------------------------------------------------------------------
Kuopion yliopisto
Viestintä
[email protected]
Vastaväittäjä: Professori Atte von Wright, Kuopion yliopisto
Kustos: Dosentti Aino Nevalainen, Kansanterveyslaitos
--------------------------------------------------------------------------------
Väitöskirjan tiivistelmä:
UUSI MENETELMÄ HOMETALOBAKTEERIN TOTEAMISEEN
Tässä Kansanterveyslaitoksen ympäristöterveyden osastossa tehdyssä tutkimuksessa kehitettiin PCR-menetelmä streptomykeetti-bakteerien toteamiseen ja sitä testattiin kotipölynäytteiIlä. Vertailussa viljelyn kanssa menetelmä todettiin herkemmäksi ja se ennusti viljelyä paremmin kosteusvaurion esiintymistä rakennuksessa. Sisäympäristöissä esiintyvä streptomykeettilajisto myötäilee luonnossa esiintyvää lajikirjoa, ja tulosten perusteella voidaan olettaa, että mitään erityistä, hometaloissa viihtyvää lajistoa ei ole.
AIHE
Kosteusvauriorakennuksissa esiintyy lukuisten homelajien lisäksi myös bakteereita, joista tunnetuimpia ovat aktinomykeetit eli sädesienet. Näihin kuuluvat streptomykeetit ovat olleet Kansanterveyslaitoksen hometalotutkimusryhmän tutkimuksen kohteina jo vuosia mahdollisten terveyshaittojen aiheuttajina ja kosteusvaurion indikaattoreina. Tässä työssä haluttiin kehittää viljelyä nopeampi ja tarkempi menetelmä streptomykeettien toteamiseksi sisäympäristöissä, sekä tutkia streptomykeettien lajikirjoa rakennuksissa.
TÄRKEIMMÄT TULOKSET
PCR-menetelmän todettiin tunnistavan vain streptomykeettejä. Tutkituista pölynäytteistä streptomykeettejä todettiin 36 %:ssa viljelemällä ja 81 %:ssa PCR -menetelmällä. Streptomykeettien esiintyminen kotipölyssä PCR -menetelmällä todettuna oli yhteydessä kosteusvaurioon, viljelymenetelmällä määritettynä yhteys ei ollut yhtä selvä. Lajikirjoa määritettäessä suurin osa kannoista ryhmittyi 16S rRNA -geenisekvenssin perusteella lajin suurimpaan, Streptomyces griseus –ryhmään. Loput kannat ryhmittyivät kolmeen ryhmään. Näiden tulosten perusteella voidaan sanoa, ettei rakennuksissa esiintyvä lajisto poikkea merkitsevästi luonnossa esiintyvästä lajistosta.
AINEISTO JA MENETELMÄT
Kehitetyn PCR-menetelmän kyky tunnistaa streptomykeettejä määritettiin aluksi geenisekvenssivertailujen avulla. Menetelmää testattiin lisäksi lähisukuisilla bakteereilla, muilla sisäympäristöistä löytyvillä mikrobeilla sekä maa- ja rakennusmateriaalinäytteillä. Streptomykeettien esiintymistä kotipölynäytteissä tutkittiin sekä perinteisellä viljelymenetelmällä että PCR-menetelmällä. Kodeissa, joista pölynäytteet otettiin, tehtiin myös kosteusvauriokuntoarvio. Tutkittuja kohteita oli 47. Streptomykeettien monimuotoisuutta tutkittiin sekvensoimalla 26 eri sisäympäristöistä eristetyn kannan 16S rRNA geeni, sekä monistamalla 16S rRNA -geeniä PCR:n avulla suoraan kosteusvaurioituneista rakennusmateriaaleista, ja tutkimalla geenin vaihtelua tarkoitukseen kehitettyjen tietokoneohjelmien avulla.
TAUSTAA
Hometaloissa esiintyy homesienten lisäksi myös bakteereita, joilla saattaa myös olla merkitystä ihmisten oireilun kannalta. Tähän asti tunnetuimmat näistä bakteereista kuuluvat Streptomyces -sukuun. Streptomykeetit ovat yleisiä maaperässä, ja vaikka ne eivät ole erityisen patogeenejä, niiden on solu- ja eläinkokeissa todettu aiheuttavan korkeita tulehdusvasteita. Mikrobien määritykseen käytetään yleensä viljelymenetelmiä, joilla kuitenkin pystytään osoittamaan vain elinkykyinen osa mikrobistosta. DNA-tunnistukseen pohjautuvilla menetelmillä, kuten PCR, pystytään toteamaan mikrobit niiden elinkyvystä riippumatta.
--------------------------------------------------------------------------------
Kansanterveyslaitoksen julkaisuja A. ISBN 951-740-336-4
--------------------------------------------------------------------------------
Kuopion yliopisto
Viestintä
[email protected]
Vastaukset 1
Vanhimmat
aiheuttavat sitten allergisen alveoliitin.
Ei siis astmaa!!!
Tuliko selväksi?