solon1

Vapaa kuvaus

Aloituksia

273

Kommenttia

2386

  1. "Tutkimuksen ongelma on siinä, että se ei vastaa kysymykseen, miten geneettinen valmius yhteistoimintaan sienten ja levien kanssa on syntynyt. Havainto yhteistoiminnasta ei kerro mitään sen syntytavasta."

    Se on totta, ettei tämä tutkimus kerro siitä, mutta asiaa on kyllä tutkittu. Endo-, ekto-, ja ektendomykorritsoja on todennäköisesti kehittynyt useita kertoja parralleeli evoluution kautta ( https://en.wikipedia.org/wiki/Parallel_evolution ).

    Tässä pari uutista tänä vuonna julkaistuista tutkimuksista.

    http://phys.org/news/2015-02-retracing-roots-fungal-symbioses.html

    "Mycorrhizal symbioses are highly complex, but analyses of the 49 genomes indicate that they have evolved independently in many fungal lineages," said INRA's Francis Martin, one of the study's senior authors. To understand the genetic shifts underlying the repeated origins of mycorrhizal lifestyles, the researchers focused on enzymes that degrade plant cell walls from 16 gene families associated with plant cell wall degradation."

    http://phys.org/news/2015-02-key-genes-symbiosis-mycorrhiza-fungi.html

    "The other big part of this story is that the genome of ectomycorrhiza fungi displays a huge turnover of genes that are up regulated during the symbiosis. Many of these genes have no homologs even in closed related species, which indicates that the emerging of the symbiosis was always coupled with massive genetic innovation. Many of these genes are probably involved in controlling the immune system of plants while the root tissues are colonized by fungi", Francis Martin underlines. The researchers consider that those genes which are necessary to rule the common life between fungi and plants had to be rediscovered repeatedly, because the ectomycorrhiza symbiosis evolved independently in separated fungal lines during the evolution."

    Tarkalleen tuon mekanismin syntyä ei siis tunneta, mutta periaatteessa vastaavanlaisien mekanismien syntyyn vaadittavia tekijöitä tunnetaan, joten kyseessä ei ole palautumattomasti monimutkainen järjestelmä.

    Nyt oli kyse vain siitä, että symbioosin mahdollistavat säätöjärjestelmät olivat kehittyneet jo ennen kuivalle maalle siirtymistä, jota on aiemmin pidetty hyvin ongelmallisena.
  2. "Kymmenen vuotta tuota naurua kesti, ja sikäli juttu oli kivakin että nauroin mukana koko ajan. Olin itse asiassa hiukan harmissani kun joku meni paljastamaan roska-dna ajatuksen evouskomus-erehdykseksi. Meinaan että nyt oli yksi irvailun kohde vähemmän."

    Jätän nämä vain tähän.

    'We found that 8.2% of our human genome is functional,' says Dr Lunter. 'We cannot tell where every bit of the 8.2% of functional DNA is in our genomes, but our approach is largely free from assumptions or hypotheses. For example, it is not dependent on what we know about the genome or what particular experiments are used to identify biological function.'

    The rest of our genome is leftover evolutionary material, parts of the genome that have undergone losses or gains in the DNA code – often called 'junk' DNA."

    "This figure is very different from one given in 2012, when some scientists involved in the ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) project stated that 80% of our genome has some biochemical function.

    That claim has been controversial, with many in the field arguing that the biochemical definition of 'function' was too broad – that just because an activity on DNA occurs, it does not necessarily have a consequence; for functionality you need to demonstrate that an activity matters."

    http://phys.org/news/2014-07-percent-dna-functional.html

    "Massive research consortia, like the ENCODE Project, have provided the scientific community with a trove of information about genomic function over the last few years," says Siepel. "Other groups have sequenced large numbers of humans and nonhuman primates. For the first time, these big data sets give us both a broad and exceptionally detailed picture of both biochemical activity along the genome and how DNA sequences have changed over time."

    "The scientists found that, at most, only about 7% of the letters in the human genome are functionally important."

    http://phys.org/news/2015-01-harnessing-nature-great-evolutionary.html

    Voit toki osoittaa uudemman vertaisarvioidun tutkimuksen DNA:n funktionaalisuudesta, joka osoittaa tuon Nature Genetics -lehdessä olevan tiedon paikkansapitämättömäksi. En ole ikinä väittänyt proteiinia koodaamatonta genomin osaa roska-DNA:ksi, vaan olen kertonut tilke-DNA:n sisätävän paljon todellisia funktioita, mutta silti suurimman osan siitä olevan evolutiivista kohinaa menneisyydestä, ja tätä tukee edelleen kaikki uusin tutkimustieto.
  3. "Kyse on kehäpäätelmästä. Kasvit eivät voineet tulla toimeen ilman sieniä ja sienet eivät voineet tulla ilman kasveja. Toisin sanoen kasvit eivät voineet kehittyä ennen kuin sienet olivat olemassa ja sienet eivät voineet kehittyä ennen kuin kasvit olivat olemassa."

    Välillä on vaikea veikata, että etkö oikeasti ymmärrä mitään lukemaasi, vai suodattaako Mortonin demoni (defenssi) murenevan uskosi kannalta epämieluisan tiedon siten, että onnistut kerta toisensa jälkeen tekemään sellaisia hätäisiä päätelmiä, jotka eivät kestä loogista tarkastelua.

    Merissä eläneet levät ovat tulleet toimeen ilman sieniä, kuten vielä tänäkin päivänä, ja merissä eläneet sienet ovat tulleet toimeen ilman symbioosia levien kanssa toimimalla hajottajina erilaisissa vesiekosysteemeissä. Ongelma on ollut kuivalle maalle siirtyminen, ja nyt siis havaittiin, että joillakin matalan veden levillä on ollut geneettinen valmius yhteistoimintaan tiettyjen mykorritsasienten kanssa, joten symiboosi on ollut suoraan mahdollinen ja näin syntyivät ensimmäiset maakasvit.

    "Kreationismissa ei ole tätä ongelmaa. Jumala loi sekä sinet että kasvit saman luomisviikon aikana."

    Edustamassasi kreationismissa ei ole ongelmaa minkään asian suhteen, koska kaiken voi selittää yliluonnollisella taikomisella, mutta todellisuuden havaintojen kanssa sillä ei ole juuri mitään tekemistä.
  4. *molukkiravut
  5. "Näin kirjoittaa Pekka Reinikainen. Pekka on fiksu ja oppinut mies ja tietää biologiasta enemmän kun tällä palstalla kirjoittavat."

    Ehkä Pekka jotain tietää, mutta silti hän valehtelee jokaisessa kappaleessa. Geneettistä informaatiota lisäävistä mekanismeista olen kirjoittanut useita kertoja, esim. näissä avauksissa: http://keskustelu.suomi24.fi/t/13811035/uutta-informaatiota-ilman-uusia-geeneja , http://keskustelu.suomi24.fi/t/12626555/geneettisen-informaation-alkupera-ja-evoluutio

    Molukkuravuistakin Pekka valehtelee.

    "A new fossil discovery in Britain captures a previously unseen stage in the evolution of these ancient arthropods—the transformation of two-branched legs into nearly identical but separately attached limbs, one of which was destined to disappear. "This fossil provides remarkable confirmation of the loss of a limb branch during horseshoe crab evolution, a change predicted by the common presence of two branches in the arthropods that appeared earlier, during the Cambrian explosion," said Derek E. G. Briggs, director of the Yale Peabody Museum of Natural History and lead author of a paper to be published online the week of Sept. 10 in the journal PNAS."

    http://phys.org/news/2012-09-fossil-discovery-clues-evolutionary-horseshoe.html

    Tämän lisäksi genomien sekvensoinnit ovat osoittaneet täysin vastaansanomattomasti, että kaikki organismit kokevat evoluutiota, vähintääkin molekyylitasolla.
  6. "Ateistinen uskontotieteilijä Jesse Bering esittelee uskontotieteellistä tutkimusta kirjassaan "Jumalvaisto" (2011). Sen mukaan ihmisellä on välittömän kokemuksen tasolla vaistomaista tietoa Jumalasta, vaikka ei olisi saanut uskonnollista kasvatusta. Lapsella on luontainen taipumus uskoa Jumalaan. Uuden tutkimuksen mukaan lapsi on "synnynnäinen uskovainen"."

    Kirjoitat taas hiukan muunneltua totuutta, mutta syy on varmaankin käyttämissäsi lähteissä. Bering on evoluutiopsykologi, jonka pääargumentti kirjassa ei ole tuo mitä esität, vaan että idea yliluonnollisista agenteista (kuten Jumala) on tärkeä adaptiivinen illuusio, jolla on ollut suuri merkitys ihmisen evoluutiossa abstraktin ajattelun ja puheen sekä monitasoisten mielenmallien ymmärtämisen ohella.

    http://www.academia.edu/1097888/Review_of_The_God_instinct_the_psychology_of_souls_destiny_and_the_meaning_of_life

    Olen kirjoittanut korkean tietoisuuden ja uskomusten evoluutiohypoteeseista aikoinaan palstalla, ja tuo kirja oli yksi niistä, jonka luin ennen tätä avausta:

    http://keskustelu.suomi24.fi/t/12114526/usko-ja-epausko
  7. Se on totta, että monet elämän käyttämät molekyylit esiintyvät kiraalisessa muodossa, eli niistä löytyy peilikuvina sekä vasen (L) että oikea (D) kätisyys. Elämä todellakin käyttää molekyyleistä vain toista kätisyyttä, kuten aminohappojen L-muotoa ja D-riboosi-RNA:ta, eikä enantiomeerien eli peilikuvaisomeerien valikoitumista homokiraalisuuteen elämän eri molekyylien osalta täysin tunneta. Tästä huolimatta tähänkin ongelmaan on löydetty useampikin mahdollinen selitys. Tässä niistä pari:

    http://phys.org/news/2014-10-scientists-enzyme-life.html

    http://www.nature.com/news/force-of-nature-gave-life-its-asymmetry-1.15995

    Tämän lisäksi Murchisonin ja Tagish-järven meteoriiteista löydetyt aminohapot ovat pääosin vasenkätisiä ja tämä selittynee tutkimusten mukaan meteoriittien sisällä olleen vesiseoksen lämpötilan muutoksilla, mikä tekisi vasenkätisyyden syntymisen mahdolliseksi myös elottomassa luonnossa.

    ”Nyt on niin, että aminohappojen dimeroituminen tuottaa vettä, kondensaatioreaktiosta kun on kyse. Reaktiotasapainoa hallitsee myös luonnonlaki (Le Chatelierin periaate), joka sanoo, että mitä enemmän vettä sitä vähemmän dimeroitumista. Ei kuullosta kovin hyvältä reaktioedellytykseltä. Pakotettuna prosessina on konsteja tasapainoasemaa reivata oikealle, mutta kuka sen teki oletetussa alkumeressä?”

    Tämänkaltaiset väitteet on huvittavia siinä mielessä, että joku kuvittelee lukion pitkän kemian pohjalta, ettei maailman parhaat abiogeneesin tutkijat olisi ajatelleet tällaisia triviaaleja perusasioita. Toki reaktio on epäsuotuisa termodynaamisesta ja kineettisestä näkökulmasta, mutta ei mikään todellinen ongelma.

    ”Here, we have unambiguously demonstrated peptide bond formation at the air–water interface using small, water-soluble amino acid esters. Condensation reactions that must eliminate water are thermodynamically unfavorable in aqueous bulk, and yet are ubiquitous and essential to life.”

    ”Through in situ spectroscopic measurements, we have identified that the peptide bond forms through the coordination of the amine group of leucine ethyl ester to Cu2+ ions at the surface, inducing an orientational change at the surface observed using IRRAS. Then, peptide bond formation occurs spontaneously at the surface of water, facilitated by the formation of the copper complex at the interface. This work gives insight into oligomeric peptide formation en route to the emergence of more complex biomolecules on early Earth, and reinforces the importance of orientation, alignment, and proximity in the functioning of modern ribosomal peptide bond synthesis.”

    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3465415/

    ”Kemiallisen osan täysin kyntämätön sarka on entsyymin synty. Nyt ollaan jo sen verran noissa molekyyleissä järjestäytymisastetta kohotettu, ettei spontaanille syntymekanismille löydy sijaa edes hypoteesitasolla. Elämälle tuiki tärkeät enstyymit ovat yleensä perusrakenteeltaan proteiineja.”

    Paitsi kuten jo kerroin aiemmin, niin spontaani proteiinisynteesi oli mahdollinen, eikä esimerkiksi ATP-yhdistettä aikaisemmin energianlähteenä toimineet pyrofosfiitit tarvinneet entsyymikatalyytteja energian siirtoon. Tiedämme myös todellisuudessa mahdollisuuden, miten ensimmäiset entsyymit ovat voineet syntyä. Näitä ennen katalyytteina toimivat muunlaiset kemialliset tekijät, tosin paljon tehottomammin.

    ”In the Journal of Biological Chemistry, scientists from the UNC School of Medicine provide the first direct experimental evidence for how primordial proteins developed the ability to accelerate the central chemical reaction necessary to synthesize proteins and thus allow life to arise not long after Earth was created.

    This finding provides another insight into the dramatic inventions nature made as prebiotic chemistry evolved into life billions of years ago. Earlier this month, Carter and his UNC colleague Richard Wolfenden, PhD, reported in the Proceedings of the National Academy of Sciences more evidence for how amino acids were selected to match with a genetic blueprint to form proteins, the machines of living cells.

    This latest paper provides evidence that the two major superfamilies of enzymes that translate the genetic code in modern biology evolved from opposite strands of the same remarkable ancestral gene.”

    http://phys.org/news/2015-06-scientists-evidence-key-ingredient-dawn.html

    Kovin oli ”opettajalla” heppoiset eväät abiogeneesin kritisointiin. Se on totta, että kokonaisuutta ei ainakaan vielä tunneta, mutta lukion kemia ei riitä juuri alkua pidemmälle, jos ei aiheeseen ole muuten perehtynyt.
  8. ”Jos joku asia on selkeän luonnossa vallitsevan lainalaisuuden kanssa ristiriidassa, siinä eivät silloin apuun riennä edes miljardit vuodet.”

    Abiogeneesin ristiriitaisuudet ovat enemmänkin näennäisiä tai arvostelijan omasta tietämättömyydestä johtuvia, ja lukuisiin tällaisina pidettyihin ongelmiin on löydetty objektiivisiin havaintoihin pohjautuva selitys. Kreationistien monet väitteet vaativat puolestaan yliluonnollisen selityksen, eikä mitään objektiivista havaintotukea ole löydetty, vaikka apologeettisissa pseudotiedejulkaisuissa näin väitetäänkin.

    ”Järjestäytymisasteen tulisi kasvaa, mikä spontaanille reaktiolle on systeemissä useimmiten ongelmallinen tilanne. Ei toki mahdoton, jos on muita tekijöitä myötävaikuttamassa.”

    Niin, ja aivan kuten elämä on monimutkainen dissipatiivinen järjestelmä, myös ei-entsymaattiset prebioottiset synteesit tulee ymmärtää avoimina systeemeinä, jolloin argumentiltasi putoaa pohja.

    ”Living systems are open systems, driven far from equilibrium by inputs of mass and energy, and biopolymers are held in non-equilibrium states by the energetic input of ATP (adenosine triphosphate). Similarly, the non-enzymatic prebiotic synthesis of biopolymers must be understood in this open non-equilibrium context.”

    Processes 2015, 3, 309-338; doi:10.3390/pr3020309

    ”Kaikissa tähänastisissa kokeiluissa- jos joku tietää poikkeuksen kertokoon sellaisesta heti – on käytetty aina pakotettua prosessia... Laboratoriossa erilaisten energialatausten antaminen on aivan eri asia kuin auringon paiste alkumeressä. Samat lainalaisuudet ovat aina olleet toiminnassa.”

    Tämä ei pidä lainkaan paikkaansa. Ainetta ja energiaa tietenkin vaihtuu, mutta pakottamattomista, spontaaneista, reaktioista on lukuisia esimerkkejä niin nukleotidien, lipidien, sokerien ja aminohappo->polypeptidiketjujen synnyn osalta. Voi jopa olla, että kaikkia syntyy samoissa yksinkertaisissa reaktioissa, jotka olisivat olleet mahdollisia alkumaapallon olosuhteissa.

    ”In their paper published in the journal Nature Chemistry, the team describes how they were able to map reactions that produced two and three-carbon sugars, amino acids, ribonucleotides and glycerol—the material necessary for metabolism and for creating the building blocks of proteins and ribonucleic acid molecules and also for allowing for the creation of lipids that form cell membranes.”

    ”They believe they have found a way to show that everything necessary for life to evolve could have done so from just hydrogen sulfide, hydrogen cyanide and ultraviolet light and that those building blocks could have all existed at the same time—in their paper, they report that using just those three basic ingredients they were able to produce more than 50 nucleic acids—precursors to DNA and RNA molecules.”

    http://phys.org/news/2015-03-chemists-riddle-life-began-earth.html

    ”Elämän syntymisen perusaskeliin kuuluu aminohappojen ketjuuntuminen polypeptidiketjuksi, joka... Monet proteiinit sisältävät vielä tämän lisäksi oman sekudääri-, tertiääri- ja kvartäärirakenteensa, mikä tekee kemialliseen evoluutioprosessiin vielä uusia kynnyksiä. Ja jo aminohappojen tulee olla valikoituja, vain toiset enantiomeerit kelpaavat meidän rakenteisiimme.”

    Itse asiassa spontaani polypeptidiketjujen muodostuminen on todennäköisesti ollut mahdollista useammallakin tavalla alkumaapallon olosuhteissa, jopa toimiviksi proteiineiksi asti.

    ”Research reported July 15 in the journal Angewandte Chemie International Edition demonstrates that important molecules of contemporary life, known as polypeptides, can be formed simply by mixing amino and hydroxy acids - which are believed to have existed together on the early Earth - then subjecting them to cycles of wet and dry conditions.”

    ”Professor Michael Blaber and his team produced data supporting the idea that 10 amino acids believed to exist on Earth around 4 billion years ago were capable of forming foldable proteins in a high-salt (halophile) environment. Such proteins would have been capable of providing metabolic activity for the first living organisms to emerge on the planet between 3.5 and 3.9 billion years ago.”

    http://phys.org/news/2013-04-clues-life.html

    http://phys.org/news/2015-07-life-puddle-video.html

    Ensimmäisten proteiinien ei ole välttämättä tarvinnut laskostua uniikkeihin muotoihin.

    ”Wolfenden and Carter's findings imply that the relationships between tRNA and the physical properties of the amino acids - their sizes and polarities - were crucial during the Earth's primordial era. In light of Carter's previous work with very small active cores of tRNA synthetases called Urzymes, it now seems likely that selection by size preceded selection according to polarity. This ordered selection meant that the earliest proteins did not necessarily fold into unique shapes, and that their unique structures evolved later.”

    http://phys.org/news/2015-06-evidence-emerges-life.html
  9. Et selvästikään ymmärtänyt sanakaan, mistä tuossa tutkimuksessa oli oikeasti kyse.
  10. "Siis toistan: Mitään lähellekään aitoa solukalvoa olevaa ei ole ihmistekoisena koskaan nähty. Tökeröitö seliseliteorioita sen sijaan vilisee, siis niitä joissa joillekin asioille annetaan huomattavasti enemmän merkitystä kuin itse tehdyt kokeet ansaitsisivat, mutta kun evokeilla ei muuta ole niin paisutellaan sitten olemattomista faktauutisia lehtiin."

    Ja tähän päädyit vanhan navettasi laboratoriossa, kun yritit keinosiementää hirvinautaasi puhaltelemalla fairykuplia sen perseeseen?

    Todellisuus on toki hiukan toinen. Tässä yksi esimerkki.

    "Chemists and biologists at UC San Diego have succeeded in designing and synthesizing an artificial cell membrane capable of sustaining continual growth, just like a living cell."

    'Our results demonstrate that complex lipid membranes capable of indefinite self-synthesis can emerge when supplied with simpler chemical building blocks,' said Devaraj. 'Synthetic cell membranes that can grow like real membranes will be an important new tool for synthetic biology and origin of life studies.'

    http://www.sciencedaily.com/releases/2015/06/150622154541.htm

    Ensimmäinen "solukalvo" ei kuitenkaan ollut noin monimutkainen, kuten olen useasti kertonut, vaan yksinkertainen, vuotavasta kalvosta syntyvä "ionipumppujärjestelmä" takasi protonien pääsyn ympäristöjen erilaisten konsentraatioiden takia protosoluun ja tuotoksena muodostui esimerkiksi ATP-molekyylejä, joita protosolu pystyi hyödyntämään kasvussa.
  11. "Siis jo pelkkä yksinkertaisimman tunnetun solun solukalvo on aivan liian monimutkainen muodostuakseen sattumalta."

    Käyn tämän sivullisia varten läpi. Onko joku tutkija jossain väittänyt, että yksinkertaisin tunnettun eliön solukalvo olisi sattumalta syntynyt? Ei tietenkään ole.

    "Se toimii ikäänkuin sillä olisi dataverkosto ja äly ohjaamassa siteä, siis sitä että mitä aineita sinne kulkee sisälle ja mitä ulos ja kuinka paljon kumpaakin ja sen on tiedettävä ettei solukalvon porteista sovi päästää mitään muita aineksia kuin niitä mitä solu tarvitsee elääkseeen ja kopioituakseen."

    Tämä kertoo vain sen ettet ymmärrä kemiasta, biokemiasta tai biofysiikasta yhtään mitään, mikä ei varmastikaan ole kenellekään yllätys.

    "Tämmöinen ohjelmoitu laite ei vain yksinkertaisesti voi vaikeusasteensa vuoksi syntyä missään olosuhteissa ikinä sattumalta."

    Yksinkertainen toimiva kokonaisuus voi kuitenkin muodostua spontaanisti kemian lainalaisuuksien seurauksena, halusitpa sinä tätä tai et.

    "On aivan turhaa ruveta vänkäämään joistakin lipidikuorista jotka sattumalta imaisivat sisäänsä dna-rihman pätkän tai edes rna-pätkää joka osasi sitten alkaa hyödyntää tuota rasvakuplaa ja osasi lisätä siihen tarvittavia "inhimillisiä" ominaisuuksia, hehehe."

    Miksi ei saisi puhua noista tietyssä ympäristössä spontaanisti muodostuvista lipidikalvoista, jotka todellakin kykenevät ottamaan epävakaan ja suhteellisen läpäisevän kalvonsa läpi suuriakin molekyyliyhdisteitä ja pitämään ne sisällään. Eikö saisi myöskään puhua siitä, että juuri hydrotermisten lähteiden ympäristössä näihin lipidikalvoihin voi spontaanisti muodostua sellainen ionipumppujärjestelmä, joka muuttaa luonnolliset protonigradientit natriumgradienteiksi ilman energian kulumista. Mitään inhimillisiä ominaisuuksia ei protosoluilla ollut, vaikka emme vielä tiedäkään mikä johti tästä yhtälöstä varsinaisen elämän syntyyn ja biologiseen evoluutioon, mutta avauksen tutkimus tuo juuri tähän lisävaloa.
  12. ”Elämän synnyn tutkimus näyttää nykyvaiheessa keskittyvän selvittelemään geneettisen aineiston kopioitumisen sekä solukalvon muodostumisen mahdollisia kemiallisia mekanismeja.”

    Näistä ei tässä enää aivan ole kysymys, koska noita on selvitetty jo lukuisissa tutkimuksissa onnistuneesti. Tutkijat pyrkivät mimikoimaan alkeellisen solusyklin(kasvuvaihe, replikaatio, eheyden varmistus ja jakautuminen) kokonaisuudessaan. Tässä yhteydessä he käyttivät synteettistä GV-protosolua. Varsinaisesta elämästä ei kuitenkaan voida näiden protosolujen tapauksessa puhua, mutta selkeä askel kohti mahdollisen kokonaiskuvan ymmärrystä otettiin.

    ”As stated above, our recursive GV-based model protocell demonstrated a primitive model cell cycle comprising four discrete phases. However, the mechanism of division of our model protocell in the division phase seems too simple for a living cell. For example, even Escherichia coli express a special protein (FtsZ) that they arrange along the circumference of the cell for compression24. It has recently been suggested that even modern bacteria retain the ability to switch to a simple division mode in which a lipid-synthesizing protein is activated to produce excess membrane lipids, leading the elongated cell to divide25, 26. This phenomenon suggests that primitive cell division could potentially proceed without complicated division machinery derived from proteins27.”

    ”On vaikea tietää, montako muuta välttämätöntä edellytystä on vielä löydettävä ja tutkittava ennenkuin elämän spontaanisynnyn kokonaishahmo alkaa luotettavasti näkyä.”

    Abiogeneesi vaikuttaa olevan holistinen prosessi, jossa osien summa ei yksistään selitä syntyvää kokonaisuutta vaan emergentit ominaisuudet muodostuvat toistaiseksi tuntemattomasta dynamiikasta näiden välillä. Jotkin tutkijat kyllä epäilevät ilmiön olevan redusoitavissa, mutta enpä ainakaan vielä ota tähän itse kantaa. Yleiset edellytykset on jo varmaankin löydetty, mutta kokonaisuuden saattaminen yhteen on se ongelma. Tässä voi kestää vielä pitkäänkin, vaikka tämä tutkimus todellakin antaa aihetta ainakin spekulointiin.

    ”The aim of our investigation was to explore the universal concept of life by embodying a model protocell that demonstrates how collaborative dynamics emerged from nonliving matter under certain circumstances.”

    ”As a rare event in a round of divisions, a ‘mutant model protocell’ containing a specific length or ratio of DNA could emerge during fusion not with the conveyer GVs but with a ‘different species’ of model protocell containing different DNA. This cell might exhibit a high frequency of self-proliferation and could become the predominant species in a given environment. Then, this event could be regarded as evolution for the GV-based model protocell. Hence, the construction of a recursive model protocell may represent a first step towards an advanced model protocell, which in some respects could mimic evolution.”

    ”Silti on tietenkin ihan älytöntä leimata jokin tutkimus humpuukiksi edes sitä lukematta tai ymmärtämättä.”

    Näin juuri.
  13. "Mistä sinä tiedät Torpan koulutuksen?"

    En varmuudella tiedäkään. Torppa voi toki kertoa, jos hänellä on jokin luonnontieteellinen tutkinto tai opintoja luonnontieteistä yliopistosta. Epäilen tätä hänen yleisen tietotason ja tekstien kirjoitusasun vuoksi.

    "Muistaakseni Torppa on torpannut jo nuo esittämäsi väitteet."

    Ei tietenkään ole. Tuo kirjoitus on apologeettista roskaa, jonka sanoma on edelleen se ettei uutta geneettistä informaatiota voi syntyä evoluution mekanismeilla. Katsotaan vaikka muutamia väitteitä ja niiden perusteluja.

    1) Mutaatiot

    Torppa lainaa muutamaa kreationistia, jotka vain väittävät asioiden olevan tietyllä tavalla, mutta eivät perusta väitteitään mihinkään konkreettiseen.

    Todellisuudessa tiedämme, että uusia geenejä ja sitä kautta uusia proteiineja voi syntyä, kun kun mutaatio osuu säätelyjärjestelmään, joka aiheuttaa proteiinia koodaamattoman DNA-jakson transkription RNA:ksi. Syntynyt uusi geneettinen materiaali voi olla myös funktionaalista ja valinnan alaista. Kyseessä on siis täysin selvästi uusi geneettinen informaatio, määrittelipä informaation miten tahansa.

    "A new study from researchers at the University of California, Davis, published Jan. 23 in Science Express, shows that new genes are created from non-coding DNA more rapidly than expected.

    "This shows very clearly that genes are being born from ancestral sequences all the time," said David Begun, professor of evolution and ecology at UC Davis and senior author on the paper.

    http://phys.org/news/2014-01-genes-non-coding-dna.html

    http://phys.org/news/2014-09-genome-function-key-role-birth.html

    Ylempänä kerroin jo tarkemmin duplikaattien evoluution mahdollistavista tekijöistä, ja todellisuudessa tiedetään lukuisia esimerkkejä, joissa alkuperäiset proteiinisekvenssit toimivat edelleen normaalisti, mutta duplikaatioissa syntyneet kopiot ovat pistemutaatioiden seurauksena saanet uuden funktion tuottamalla sellaisia proteiiniyhdisteitä, joita ei aikaisemmin ollut.

    http://medicalxpress.com/news/2014-04-evolution-duplicate-genes.html

    Torppa käyttää taas Leisolaa asiantuntijana, mutta ei Matti oikein onnistu.

    Leisola: "Makroevoluutiolla tarkoitetaan täysin uuden rakenteen tai ominaisuuden syntyä. Makroevoluutiosta luonnossa ei ole olemassa yhtään esimerkkiä."

    Solon1

    Täysin uusi rakenne: "Even in the most complex organisms, the genetic repertoire is limited. If creatures don't evolve by acquiring new genes, how do new anatomical structures arise? Physical structures—organs, limbs, etc.—are encoded during development through the actions of collections of genes that work together in "networks." Connections between genes in these networks take form primarily via gene products binding and controlling gene activation at regulatory sequences known as "switches." These switches function as a blueprint for how to build an organism. They represent information that can be exploited to understand a network's evolutionary beginnings.

    Rebeiz, an assistant professor of evolutionary development in Pitt's Department of Biological Sciences within the Kenneth P. Dietrich School of Arts and Sciences, used these switches to uncover the origins of a recently evolved structure called the posterior lobe—part of the genitalia of a certain kind of male fruit fly. Other fruit flies lack these lobes, making it a simple test system to study how an anatomical structure originated."

    http://phys.org/news/2015-09-uncovering-evolutionary-secrets.html

    Täysin uusi ominaisuus: "Now, after more than two decades of painstaking research, scientists have finished a detailed and complete picture of the evolution of human color vision. "

    "We've clarified these molecular pathways at the chemical level, the genetic level and the functional level."

    http://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1004884

    Leisola: "Teoreettisten laskelmien tai kokeellisten havaintojen perusteella voidaan todeta, että edes proteiinin perusrakenteen muuttaminen toisenlaiseksi ei onnistu mutaatioiden avulla."

    Solon1: "Proteins can be regulated to perform specific biochemical tasks. We have used a technology that allows us to make changes to the molecular backbone of the protein and have thus created 22 completely new designer proteins on the basis of recognised material."

    http://phys.org/news/2014-01-proteins-body.html

    Lisäksi keinotekoinen entsyymi on valmistettu evoluution mekanismeilla koeputkessa: http://phys.org/news/2013-01-unveil-artificial-enzyme-evolution-tube.html

    Valinnasta sen verran, ettei kukaan väitä luonnonvalinnan olevan itsessään geneettistä informaatiota synnyttävä mekanismi, mutta sen vaikutuksesta kyllä geneettinen diversiteetti kasvaa lajiutumisten myötä.

    Vanhan muovaamisesta vielä loppuun sananen tutkijalta: "How do you make something completely new?" asks Rebeiz. The answer, it seems, is to use something old. "

    Että semmoista Torpalle...
  14. "Ligniini ei ole voinu kehittyä kahta kertaa."

    Se olisikin epätodennäköistä, mutta ligniini ei ole kehittynyt kasveille ja leville erikseen konvergentilla evoluutiolla, vaan kuten avauksessa totean, se on muinaisen kemiallisen polun yksi tuotteista, jonka juuret löytyvät jo kahdelta muinaiselta bakteeriryhmältä.
  15. Torppa antaa jälleen erinomaisen esimerkin kreationisteille tyypillisestä projisoinnista, kun hän kirjoittaa evoluutiopropagandasta. Hän ei psykologisten defenssien vuoksi hahmota, että hänen arkiajattelunsa nojaa vahvan auktoriteettiuskon mukana tulleeseen tarkasti valikoituun tietoon, joka luo mielekkään sisällön hänen intuitioidensa tueksi. Propagandaa on tässä yhteydessä vain Torpan oma kirjoitus.

    Torppa kirjoittaa: ”Evolutionistit pyrkivät antamaan teoriansa tueksi aina esimerkkejä sopeutumisesta. Se on kuitenkin looginen virhepäätelmä sillä ympäristöön sopeutuminen on täysin erilainen prosessi kuin uusien rakenteiden "kehittyminen". ”

    Kumpikin väite on periaatteessa virheellinen. Varsinkin peruskoulun oppikirjoissa ja tällaisissa lehtihaastatteluissa annetaan kansantajuisia ja monesti yksinkertaistettuja esimerkkejä, jotta ne olisivat kaikkien helppo ymmärtää. Luuleeko Torppa aivan oikeasti, että yliopistoissa pysähdytään tälle asteelle? Tiedejulkaisuissa ja yliopistojen oppikirjoissa aihetta käsitellään tietenkin hyvin paljon syvällisemmin, mutta tämän tasoista materiaalia ei suuri yleisö enää kykene hahmottamaan suoralta kädeltä, vaan se vaati opiskelua. Uusien rakenteiden ja funktioiden synnyn taustalla on samat mekanismit, jotka löytyvät myös pienten mikroevolutiivisten muutosten taustalta, ja nämä muutokset johtavat erilaisiin sopeutumiin erilaisissa ja muuttuvissa ympäristöolosuhteissa.

    Torpan mukaan sopeutuminen köyhdyttää aina populaatioiden geenipoolia. Torppa ei kuitenkaan lainkaan hyväksy sitä, johtuen hänen maailmankuvasta, että vaikka suuntaavan, hajottavan tai tasapainottavan valinnan takia jokin populaatio voikin välillä menettää geneettistä variaaatiota, niin suuri trendi on ollut se, että globaali geneettinen biodiversiteetti on ollut suurimmillaan juuri ennen ihmisen aiheuttamaa uutta sukupuuttoaaltoa. Tähän viittaa kaikki tieteellinen tieto mitä voimme tällä hetkellä hyödyntää. Vaikka pienissä populaatioissa esimerkiksi geneettinen ajautuminen vähentääkin variaatioiden määrää ja madaltaa geneettistä diversiteettiä, niin tämä ei ole kokonaiskuva, kuten Torppa antaa ymmrätää. Silläkään ei ole yhtään mitään merkitystä mitä Ludwig von Bertalanffy on mahdolliseti sanonut joskus 1950-luvulla.

    Torpan pitkän kirjoituksen pääpremissi on jälleen kerran se, ettei evoluutiolla ole mekanismeja tuottaa uutta geneettistä informaatiota ja luoda siten uusia rakenteita ja funktioita.

    ”Syntyminen vaatisi makroevolutiivisen muutoksen - sellaista ei ole koskaan havaittu. Makroevolutiivisilta muutoksilta puuttuu mekanismi ja sitä kautta koko evoluutioteorialta puuttuu mekanismi.”

    Vaikka Torppa asiasta valehteleekin, niin todellisuudessa tutkijat ovat selvittäneet niitä mekanismeja, joilla muun muassa mutaatiot voivat tuottaa uutta informaatiota.

    Tiedämme esimerkiksi, että elämän kannalta ratkaisevimmat vanhat geenit sijatsevat paremmin mutaatiolta suojassa olevilla alueilla, ja mutaatiot kohdistuvat useammin uusien geenien replikaatioon, mutta DNA:n metylaatio voi suojata juuri kahdentuneita geenejä luonnonvalinnalta, jolloin alkuperäisen jatkaessa toimintaa metyloitunut uusi geeni voi säilyä suojassa odottaen hyödyllistä mutaatiota. Geenin duplikaatti sietää myös maladaptiivisia (haitallisia) mutaatiota alkuperäisiä geenejä paremmin. Tämän jälkeen mutatoituneet geenit eivät aina ole pseudogeenejä, vaan ne voivat havaitusti olla myös proteiinia koodaavia. Uuden emäsjärjestyksen takia käytössä on eri aminohappojärjestys ja näin ollen syntyy alkuperäiseen nähden uusi proteiini, jolla voi olla toimiva funktio. Proteiinia koodaavia de novo geenejä voi syntyä havaitusti proteiineja koodaamattomista genomin osista.

    Geneettinen informaatio kasvaa myös ilman uusia geenejä. Näin tapahtuu esimerkiksi rekombinaanaatiossa ja horisontaalisessa geeninsiirrossa. Uudet tutkimukset osoittavat, kuinka säätelyjärjestelmissä tapahtuvat muutokset mahdollistavat uusien rakenteiden ja funktioiden synnyn, ja näin ollen luovat mekanismin makroevolutiivisille muutoksille. Säätelyjärjestelmän suuri muutos voi johtua esimerkiksi transposoituvien elementtien muutoksista tai toisessa tehtävässä olleen geeniverkoston säätökytkinten aktivoitumisesta toisessa vaiheessa. Nämä ovat juuri niitä mekanismeja, joita Torppa peräänkuuluttaa.

    On täysin selvää, että biologiset tutkimukset osoittavat a) biologisen evoluution olevan totta ja b) evoluutioteorian olevan paras malli selittämään tätä prosessia.
  16. "Lupaan harkita evoteoriaan uskomista, jos voitte jotenkin uskottavasti selittää kilpikonnan olemassa olemisen."

    En jaksa kirjoittaa auki kilpikonnien evoluutiohistoriaa, koska epäilen ettet kuitenkaan sitä uskoisi, mutta voin laittaa linkit tutkimusten uutisointiin, joissa kaikki olennainen selviää.

    http://phys.org/news/2015-09-scientists-key-clues-turtle-evolution.html

    http://phys.org/news/2015-06-key-link-turtle-evolution.html

    http://phys.org/news/2013-07-turtle-shell-mystery.html

    http://phys.org/news/2013-05-evolutionary-turtle-shell.html

    http://phys.org/news/2014-11-turtles-muscle-power-due-rigid.html

    Näillä eväillä sinun pitäisi päästä hyvään alkuun.
  17. "Mutta silti artikkeli olisi mm. Solonille hyvin valaiseva, sillä hänhän uskoo sokeasti jälkeenjääneenlukio -yliopisto - kouluopetuksen myötä että alativähenevällä tutkimattomalla dna-aineksella muka voisi sittenkin olla jokin yhteys kuviteltuun täysin hatusta vedettyyn ajatukseen evoluutiojäämästä."

    Jos olisit tosissasi, niin olisit täydellinen idiootti, mutta "onneksi" länkytät vain huomionkipeyttäsi. Jos et huomannut tai ymmärtänyt, niin tuo artikkeli oli vuodelta 2012 ja koski ENCODEA, eli juuri sitä mistä olen kymmenissä viesteissä sinulle kertonut. Toistan vielä, nuo ENCODE-projektin alustavat tulokset on tänäkin vuonna (2015) kumottu, kun dataa on tutkittu kehittyneemmillä menetelmillä ja ohjelmilla. Olet idiootti.

    Tuossa artikkelissa vielä ihmeteltiin sitäkin, että miksi eliöt eivät olisi päässeet ns. evolutiivisesta roskasta (turhista toistoista) eroon, mutta siihenkin on viime aikoina löytynyt useampikin selitys ja vaihtoehto. Toisaalta löydettiin sellainen kasvilaji, joka omaa sellaisen deletointimekanismin ettei sen genomissa käytännössä enää ole ylimääräistä tilkettä. Samoihin aikoihin myös havaittiin, että koodaamattomasta DNA:sta todellakin syntyy de novo geenejä ja niiden leviäminen populaatiohin luonnonvalinnan ansiosta on jopa nopeampaa kuin aikaisemmin on oletettu.

    "A new study from researchers at the University of California, Davis, published Jan. 23 in Science Express, shows that new genes are created from non-coding DNA more rapidly than expected."

    "This shows very clearly that genes are being born from ancestral sequences all the time," said David Begun, professor of evolution and ecology at UC Davis and senior author on the paper."

    http://phys.org/news/2014-01-genes-non-coding-dna.html

    Tästä syystä ylimääräisen toiston deletointi on poikkeustapaus eliömaailmassa. Evoluutioteorian todisteisiin tilke-DNA ei edelleenkään kuulu, vaikka sen olemassaolo sopiikin täydellisesti evoluution mekanismeihin.
  18. "Toki alan minäkin väsyä tyhjään inttämiseesi Solon1, ja sitäpaitsi lainailet vanhentuneita vuosia vanhoja artikkeleita jotka eivät enäöä pidä kutiansa."

    Lässyn lässyn, minä edelleenkin perustin väitteeni tämän vuoden tutkimustietoon, ja sinä lähinnä sairaan mielesi aiheuttamiin harhoihin.

    "Mutta kysäisen tässsä yhden sivukysymyksen: Mitä mielestäsi osoitti evolutionistisista lajiutumisuskomuksista se että kaikkien aikojen valtavin biloginen tutkimus eli geenimanipulaatiotutkimus uusien lajien tuottamiseksi on kokenut täydellisen romahduksen lähes kaikkien maiden lopetettua gm-jalostusyritykset?"

    Tällaista ei tietenkään ole koskaan tapahtunut, joten jätän harhasi kommentoimatta.
  19. "Ja juu ei, kummallakaan ei ole rahtusenkaan verran tekemistä jonkun helvetin gm:n tai tilke-dna:n kanssa."

    Ei Jyri tule tätä ikinä ymmärtämään, kuten hyvin tiedät, mutta hänellä on omat syynsä pitää asiaa esillä. Kreationistit ja älykkään suunnittelun kannattajat ovat jo vuosikymmeniä väittäneet ettei jumala luo mitään turhaa, joten genomeissamme jokaisella yksityiskohdalla täytyisi olla todellinen funktio.

    Tästä väitteestä oltiin maailmalla melko hiljaa pitkiä aikoja, mutta Jyri jaksoi aina välillä tuoda tätäkin väitettä esiin. Voit sitten arvata mikä riemu siitä repesi, kun vuonna 2012 ENCODE-julkaisussa kerrottiin 80% ja mahdollisesti koko genomin olevan aktiivinen. Huomionkipeä mytomaani näytti hetken olleen lähellä todellisuutta, mutta löytää se sokea kanakin jyvän jos niitä miljoonittain viljellään pitkin matkaa.

    Hyvin pian ENCODE:n tulosten julkaisun jälkeen ne kuitenkin kyseenalaistettiin, ja viimeistään tänä vuonna on selvinnyt ettei biokemiallinen aktiivisuus genomissa tarkoita välttämättä mitään funktiota. Tämä on Jyrille niin kova paikka, koska hän kerrankin oli uskomuksensa pohjalta tehdyssä arvauksessa, tosin tietenkin ilman oikeita perusteita, lähellä olla oikeassa. Tämän takia Jyri suoltaa "roska"-DNA:ta joka paikkaan, vaikka sillä ei käytännössä evoluutioteorian kanssa ole juuri mitään tekemistä, kuten tuossa jo totesit.

    Globaalit gm-projektit, joiden tarkoituksena olisi ollut selvittää lajiutumista on tietenkin vain Jyrin sairaan mielen tuottamaa trollausta.
  20. Sinä olet tietenkin niin yksinkertainen, että sinun tulisi nähdä omin silmin hiiren synnyttävän hevosen jotta uskoisit itse kehittelemääsi irvikuvaan evoluutiosta, joka todellisuudessa kumoaisi koko evoluutioteorian. Eikö täysin uusi rakenne ole uutta informaatiota?

    Tässä todellisuudessa eläville uusi geneettinen informaatio on sellaista, jota ei aiemmin ollut, syntyipä se sitten de novo tai muovaamalla aiemmin käytössä olleita geenejä ja säätelyjärjestelmiä. Kreationistit ovat aina väittäneet , ettei evoluutiolla ole mekanismia synnyttää uusia rakenteita. Tässäkin esimerkissä juuri todistettiin, kuinka tiettyjen, aiemmin yksilönkehityksessä muusta vastaavat geeniverkostot ja niiden säätelyjärjestelmien kytkimet uudelleen aktivoituessaan uudessa kohdassa ovat tuottaneet eräälle lajille täysin uuden rakenteen. Siitä ollaan täysin varmoja, ettei tuota rakennetta ole ollut kovin pitkään.

    Voittehan te tietenkin uskoa, että älykäs suunnittelija parantelee jatkuvasti luomiensa eliöiden rakenteita tai vaihtoehtoisesti loi tuonkin uuden säätelyjärjestelmän kaikkitietävänä aktivoitumaan yhdelle lajille tiettynä aikana, mutta tieteen ja logiikan kanssa näillä uskomuksilla ei tietenkään ole mitään tekemistä.

    Lajiutumisesta sinulle on täysin turhaa selittää yhtään mitään, ja oikeastaan mistään muustakaan, mutta tehdään tätä välillä sivullisia varten.
    21. 23 / 120
TietosuojaselosteKäyttöehdotEvästeasetuksetSäännöt