Eliöiden genomin koko - Ameeba

Ei siinä ole mitään ongelmaa. Vaikka genomin koko ei korreloikaan geenien lukumäärän kanssa, tarkoittaa tuollainen määrä dataa 670 Gb:iä. Se on hurja määrä informaatiota, joten voinemme hyvällä syyllä todeta, että ameeba ei olekaan mikään yksinkertainen eliömuoto, vaikka yksisoluinen onkin.

Eikös ameeba olisi aika hyvä tutkimuskohde, kun halutaan saada yksisoluinen jakautumaan monisoluiseksi? Onkohan sitä yritetty ameeballa? Veikkaan, että on ja tuhansia kertoja. Mutta ameeban genomissa on niin monimutkainen datan korjausjärjestelmä, että se ei lähde jakautumaan monisoluiseksi.

The_Bible_is.the_Truth kirjoitti:

Ei siinä ole mitään ongelmaa. Vaikka genomin koko ei korreloikaan geenien lukumäärän kanssa, tarkoittaa tuollainen määrä dataa 670 Gb:iä. Se on hurja määrä informaatiota, joten voinemme hyvällä syyllä todeta, että ameeba ei olekaan mikään yksinkertainen eliömuoto, vaikka yksisoluinen onkin.

Eikös ameeba olisi aika hyvä tutkimuskohde, kun halutaan saada yksisoluinen jakautumaan monisoluiseksi? Onkohan sitä yritetty ameeballa? Veikkaan, että on ja tuhansia kertoja. Mutta ameeban genomissa on niin monimutkainen datan korjausjärjestelmä, että se ei lähde jakautumaan monisoluiseksi.

Lue lisää

DNA ei ole "dataa" vaan DNA:ta. DNA:n määrän mittaaminen informaationa ei ole yksiselitteistä johtuen jo siitä, että informaatiolle ei ole yksikäsitteistä määritelmää.

Tuon ennätys-ameban genomin koko selittyy käsittääkseni paljolti sillä, että sillä on sama genomi kopioituna lukuisia kertoja. Jos asian esittää fundamentalistienkin ymmärtämällä tavalla, niin kysymys on siitä että jos minulla on yksi Raamattu ja sinulla tuhat kopiota Vanhasta Testamentista, niin kummalla on enemmän informaatiota? Sivuissa ja kirjaimissa mitattuna sinulla, mutta onko se oikea tapa mitata?

Epäjumalienkieltäjä kirjoitti:

DNA ei ole "dataa" vaan DNA:ta. DNA:n määrän mittaaminen informaationa ei ole yksiselitteistä johtuen jo siitä, että informaatiolle ei ole yksikäsitteistä määritelmää.

Tuon ennätys-ameban genomin koko selittyy käsittääkseni paljolti sillä, että sillä on sama genomi kopioituna lukuisia kertoja. Jos asian esittää fundamentalistienkin ymmärtämällä tavalla, niin kysymys on siitä että jos minulla on yksi Raamattu ja sinulla tuhat kopiota Vanhasta Testamentista, niin kummalla on enemmän informaatiota? Sivuissa ja kirjaimissa mitattuna sinulla, mutta onko se oikea tapa mitata?

Lue lisää

Osoitit juuri, että geeniduplikaatio ei tuota uutta informaatiota.

The_Bible_is.the_Truth kirjoitti:

Osoitit juuri, että geeniduplikaatio ei tuota uutta informaatiota.

Se tuottaa vain, kun duplikaatteja käytetään lisääntymisen tai solutuotannon ohjaukseen, mitä ameeballa ei tapahtu.

tieteenharrastaja kirjoitti:

Se tuottaa vain, kun duplikaatteja käytetään lisääntymisen tai solutuotannon ohjaukseen, mitä ameeballa ei tapahtu.

"Se tuottaa vain, kun duplikaatteja käytetään lisääntymisen tai solutuotannon ohjaukseen, mitä ameeballa ei tapahtu"

Ainuttakaan tapausta informaation lisääntymiseen sillä menetelmällä ei ole koskaan havaittu.

The_Bible_is.the_Truth kirjoitti:

Osoitit juuri, että geeniduplikaatio ei tuota uutta informaatiota.

Kreationistit ovat kritisoineet ajatusta siitä, että geenien dupikaatioit voivat tuottaa kvalitatiivisesti uuttaa informaatiota jo 1970-luvulta lähtien, kun Susumu Ohnon kirja Evolution by Gene Duplication oli julkaistu. Päävasta-argumentiksi Kitzmiller v. Dover oikeudenkäynnissä uuden informaation osalta muodostui Meyerin väite, ettei evoluutioteoria sisällä mekanismia, joka selittäisi kuinka duplikaatit voisivat säilyä genomissa riittävän pitkiä aikoja uuden funktion syntyyn.

Tämä sama väite on edelleen se, jota kreationistit peräänkuuluttavat geenien duplikaation ja uusien geenien ja informaation osalta. Vaikka kaikki epäsuorat havainnot ja looginen kokonaisuus viittasikin tämän ongelman mahdollistavien mekanismien olemassaoloon, ei tästä kuitenkaan ollut suoria objektiivisia havaintoja vielä oikeudenkäynnin aikaan. Tämä seikka on herättänyt ehkä eniten pahennusta ID:n kannattajien keskuudessa.

Nykyisin kuitenkin tiedetään jo kolme eri mekanismia, jotka mahdollistavat duplikaattien evoluution, eikä kreationisteilla ole enää todellista syytä kritisoida asiaa. Mutaatiot tiettyä proteiinia koodaavassa geenissä voivat aiheuttaa pleiotropia ilmiön, jolloin sama geeni voi säädellä jossain määrin myös toisen proteiinin tuotantoa. Tällainen ominaisuus voi olla myös hyödyllinen. Jos duplikaatio kohdistuu tällaiseen geeniin, voi syntynyt duplikaatti olla heti positiivisen valinnan kohteena ja syntyä uusi geeni uudella funktiolla. Tämä osoitettiin kokeellisesti vuonna 2012.

”Prior to this study, scientists have relied on more theoretical approaches such as bioinformatics to infer how new genes arise. Now they have demonstrated the evolution of a new gene experimentally. The team published their results on October 19.”

http://www.scientificamerican.com/article/gene-genesis-scientists/

http://www.researchgate.net/publication/232535356_Real-Time_Evolution_of_New_Genes_by_Innovation_Amplification_and_Divergence

Duplikaatin päätyminen suoraan positiivsen valinnan kohteeksi ei kuitenkaan ole kovin yleistä, joten tutkijat ovat jatkaneet mekanismien tutkimista. Viime vuonna julkaistiin kaksi tutkimusta, joissa osoitettiin kokeellisesti lisää mekanismeja duplikaattien evoluutiolle. Toisessa tutkimuksessa osoitettiin, että geenin duplikaatti sietää maladaptiivisia (haitallisia) mutaatiota alkuperäisiä geenejä paremmin.

"The mechanism resolving the conflict between sister genes and their apparent evolutionary instability had remained a mystery for decades, but we have now cracked this latest part of the genetic code."

"They 'evolved' yeast cells in the laboratory under conditions that allowed the spread of mutations rejected by natural selection, by simply reducing the effect that natural selection had on these 'maladapted' cells. They found that duplicate genes tolerated the maladaptive mutations to a greater degree than non-duplicate genes.

The geneticists' simple experimental approach revealed that these genes, duplicated 100 million years ago, were still able to respond to different environments as they changed, as well as highlighting their potential to generate new adaptations that might give them an advantage in new environments.

"Discovering the mechanism of innovation through gene duplication marks an exciting beginning for a new era of research in which evolution can be conducted in the laboratory and theories hitherto speculative tested," added Dr Fares."
http://genome.cshlp.org/content/24/11/1830

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140930212204.htm

Toinen tutkimus käsitteli DNA:n metylaatio, joka voi suojata juuri kahdentuneita geenejä luonnonvalinnalta, jolloin alkuperäisen jatkaessa toimintaa metyloitunut uusi geeni voi säilyä suojassa odottaen hyödyllisiä mutaatioita ja saada uuden funktion.

”We show that a common heritable epigenetic modifier, DNA methylation, plays an important role in duplicate gene evolution. DNA methylation clearly distinguishes young and old duplicates, and the differences in DNA methylation of duplicate genes are associated with functional differences in expression. Remarkably, for a majority of duplicate gene pairs, a specific duplicate partner is consistently hypo- or hypermethylated across highly divergent tissues. Our results indicate that epigenetic modifications are intimately involved in the regulation and maintenance of duplicate genes.”

http://www.pnas.org/content/111/16/5932.full

Olen kertonut näistä mekanismeista jo aiemmin, mutta olet silti esittänyt samat kysymykset lukuisia kertoja, ja tästä johtuu turhautumiseni, ei siitä että jotenkin esittäisit liian haasteellisia kysymyksiä. En myöskään päivystä palstalla vastaamassa kysymyksiin, vaan saatan välillä olla viikkoja pois. Evoluutiolla on lukuisia erilaisia mekanismeja, mutta tämä vastaus koski geenien duplikaatiota.

solon1 kirjoitti:

Kreationistit ovat kritisoineet ajatusta siitä, että geenien dupikaatioit voivat tuottaa kvalitatiivisesti uuttaa informaatiota jo 1970-luvulta lähtien, kun Susumu Ohnon kirja Evolution by Gene Duplication oli julkaistu. Päävasta-argumentiksi Kitzmiller v. Dover oikeudenkäynnissä uuden informaation osalta muodostui Meyerin väite, ettei evoluutioteoria sisällä mekanismia, joka selittäisi kuinka duplikaatit voisivat säilyä genomissa riittävän pitkiä aikoja uuden funktion syntyyn.

Tämä sama väite on edelleen se, jota kreationistit peräänkuuluttavat geenien duplikaation ja uusien geenien ja informaation osalta. Vaikka kaikki epäsuorat havainnot ja looginen kokonaisuus viittasikin tämän ongelman mahdollistavien mekanismien olemassaoloon, ei tästä kuitenkaan ollut suoria objektiivisia havaintoja vielä oikeudenkäynnin aikaan. Tämä seikka on herättänyt ehkä eniten pahennusta ID:n kannattajien keskuudessa.

Nykyisin kuitenkin tiedetään jo kolme eri mekanismia, jotka mahdollistavat duplikaattien evoluution, eikä kreationisteilla ole enää todellista syytä kritisoida asiaa. Mutaatiot tiettyä proteiinia koodaavassa geenissä voivat aiheuttaa pleiotropia ilmiön, jolloin sama geeni voi säädellä jossain määrin myös toisen proteiinin tuotantoa. Tällainen ominaisuus voi olla myös hyödyllinen. Jos duplikaatio kohdistuu tällaiseen geeniin, voi syntynyt duplikaatti olla heti positiivisen valinnan kohteena ja syntyä uusi geeni uudella funktiolla. Tämä osoitettiin kokeellisesti vuonna 2012.

”Prior to this study, scientists have relied on more theoretical approaches such as bioinformatics to infer how new genes arise. Now they have demonstrated the evolution of a new gene experimentally. The team published their results on October 19.”

http://www.scientificamerican.com/article/gene-genesis-scientists/

http://www.researchgate.net/publication/232535356_Real-Time_Evolution_of_New_Genes_by_Innovation_Amplification_and_Divergence

Duplikaatin päätyminen suoraan positiivsen valinnan kohteeksi ei kuitenkaan ole kovin yleistä, joten tutkijat ovat jatkaneet mekanismien tutkimista. Viime vuonna julkaistiin kaksi tutkimusta, joissa osoitettiin kokeellisesti lisää mekanismeja duplikaattien evoluutiolle. Toisessa tutkimuksessa osoitettiin, että geenin duplikaatti sietää maladaptiivisia (haitallisia) mutaatiota alkuperäisiä geenejä paremmin.

"The mechanism resolving the conflict between sister genes and their apparent evolutionary instability had remained a mystery for decades, but we have now cracked this latest part of the genetic code."

"They 'evolved' yeast cells in the laboratory under conditions that allowed the spread of mutations rejected by natural selection, by simply reducing the effect that natural selection had on these 'maladapted' cells. They found that duplicate genes tolerated the maladaptive mutations to a greater degree than non-duplicate genes.

The geneticists' simple experimental approach revealed that these genes, duplicated 100 million years ago, were still able to respond to different environments as they changed, as well as highlighting their potential to generate new adaptations that might give them an advantage in new environments.

"Discovering the mechanism of innovation through gene duplication marks an exciting beginning for a new era of research in which evolution can be conducted in the laboratory and theories hitherto speculative tested," added Dr Fares."
http://genome.cshlp.org/content/24/11/1830

http://www.sciencedaily.com/releases/2014/09/140930212204.htm

Toinen tutkimus käsitteli DNA:n metylaatio, joka voi suojata juuri kahdentuneita geenejä luonnonvalinnalta, jolloin alkuperäisen jatkaessa toimintaa metyloitunut uusi geeni voi säilyä suojassa odottaen hyödyllisiä mutaatioita ja saada uuden funktion.

”We show that a common heritable epigenetic modifier, DNA methylation, plays an important role in duplicate gene evolution. DNA methylation clearly distinguishes young and old duplicates, and the differences in DNA methylation of duplicate genes are associated with functional differences in expression. Remarkably, for a majority of duplicate gene pairs, a specific duplicate partner is consistently hypo- or hypermethylated across highly divergent tissues. Our results indicate that epigenetic modifications are intimately involved in the regulation and maintenance of duplicate genes.”

http://www.pnas.org/content/111/16/5932.full

Olen kertonut näistä mekanismeista jo aiemmin, mutta olet silti esittänyt samat kysymykset lukuisia kertoja, ja tästä johtuu turhautumiseni, ei siitä että jotenkin esittäisit liian haasteellisia kysymyksiä. En myöskään päivystä palstalla vastaamassa kysymyksiin, vaan saatan välillä olla viikkoja pois. Evoluutiolla on lukuisia erilaisia mekanismeja, mutta tämä vastaus koski geenien duplikaatiota.

Lue lisää

Saa sitä uskoo mitä haluaa. Ei tuo mitään todista uusista geeneistä.

Bible truutti meni hilijaiseksi.

Tässä taas nähtiin, ettei The_Bible_is.the_Truth nimimerkillä ole esittää mitään todellista kritiikkiä uusien geenien synnylle kromosomeihin. Hän on itse linkittänyt tutkimuksia koskien sekä Hawaiian Silversword alliancea että kirjoahvenia, joiden kummakin evoluutiossa duplikaatioiden kautta syntyneet uudet geenit kromosomeissa ovat olleet merkittävässä roolissa. Hän ei ole psykologisten defenssien vuoksi kyennyt sisäistämään tutkimuksista löytyvää tietoa.

Kreationistit ovat vedonneet siihen, että bioinformatiiviset ja muut menetelmät, joiden avulla geenien duplikaatioita on selvitetty, perustuvat evoluutiopohjaiseen paradigmaan ilman objektiivisia havaintoja sen mahdollistavista mekanismeista. Nyt kun osoitin, ettei tämäkään väite pidä paikkaansa, kyseinen nimimerkki jätti perinteisesti tämän huomiotta, vaikka olikin osallistunut ketjun keskusteluun myöhemmin. Todennäköisesti hän jatkaa samojen väitteiden esittämistä toisissa ketjuissa.

Tomi Aalto on jeesuspörinöissään kova poika luulemaan. Täytyy olla sairaan epärehellinen itselleen ja muille, että voi elää tuollaisessa taikauskossa kuin Tomi elää.

Hän vahingoittaa todellista Raamatun sanaa. Ei Raamatussa puhuta mitään tuollaista.

Jaahas, ja niin menee taas tämä alleen paskova nyhjäke pistämään päänsä pensaaseen.

Sen sijaan Amoeba dubia luokitellaan eläinkuntaan kuuluvaksi.
Eli kun keskustelemme eläimistä ja kasveista, niin edelleenkään ei ole näyttöä siitä, että yksisoluinen kehittyisi monisoluiseksi.

The_Bibleis.the_Truth kirjoitti:

Sen sijaan Amoeba dubia luokitellaan eläinkuntaan kuuluvaksi.
Eli kun keskustelemme eläimistä ja kasveista, niin edelleenkään ei ole näyttöä siitä, että yksisoluinen kehittyisi monisoluiseksi.

Lue lisää

Niin ne maalitolpat siirtyy. Kretu yrittää taas kerran kieroilla. Nyt ei enää eliökään tarkoita eliötä, ja vaikka tarkoittaisikin, niin ei sillä ole mitään väliä. Juuri tällainen patologinen kierous ja ketkuilu on tyypillistä teille moraalisesti rappeutuneille kreationisteille.

Seliseli_kretu kirjoitti:

Niin ne maalitolpat siirtyy. Kretu yrittää taas kerran kieroilla. Nyt ei enää eliökään tarkoita eliötä, ja vaikka tarkoittaisikin, niin ei sillä ole mitään väliä. Juuri tällainen patologinen kierous ja ketkuilu on tyypillistä teille moraalisesti rappeutuneille kreationisteille.

Lue lisää

http://dictybase.org/Dicty_Info/genome_statistics.html

Katsopa Dictyostelium discoideum:in genomin kokoa. 6 kromosomia ja 34 Mb genomin koko. Varsin uskottava hyppäys Amoeba dubiasta. Genomin koko kun on murto-osa. Yhtä uskottavaa kehitystä, kuin koko evoluutioteoria.

Vai ei osata luokitella:

"..species of soil-living amoeba belonging to the phylum Amoebozoa, infraphylum Mycetozoa."

Tunnustaisit jo, että edes uskottavuuden ripe säilyisi.

Seliseli_kretu kirjoitti:

Niin ne maalitolpat siirtyy. Kretu yrittää taas kerran kieroilla. Nyt ei enää eliökään tarkoita eliötä, ja vaikka tarkoittaisikin, niin ei sillä ole mitään väliä. Juuri tällainen patologinen kierous ja ketkuilu on tyypillistä teille moraalisesti rappeutuneille kreationisteille.

Lue lisää

Tässä on nyt JC:n asema palstan kovimpana kieroilijana uhattuna. Saattaa tämä Aalto viedä JC:ltä tämän kyseenalaisen kunnian. Ellei kyse sittenkin ole samasta ketkusta?

tieteenharrastaja kirjoitti:

Vai ei osata luokitella:

"..species of soil-living amoeba belonging to the phylum Amoebozoa, infraphylum Mycetozoa."

Tunnustaisit jo, että edes uskottavuuden ripe säilyisi.

Lue lisää

Ja mihinkäs noista edellisistä ryhmistä se silloin kuuluu?
Onko kyseisessä ryhmässä muuten muita eliöitä? Mielenkiintoinen eliö.

Kyllähän minua imartelee, kun niin kovasti yritätte selvittää henkilöllisyyttäni. Sen verran olen lainaillut Torpan, Aallon ja parin muunkin fiksun kreationistin tekstejä, että ymmärrettävästi luulette minua milloin Torpaksi, milloin Aalloksi ja ties miksi.
Mutta vaikka jotkut jatkuvasti tekevät kiusaa ja rekisteröivät itselleen nimimerkkiäni, niin katson silti parhaaksi tässä vaiheessa pitää identiteettini salaisena. Sen verran huolestuttaa tuo joidenkin ateistien käytös tällä palstalla.

The_Bible.is.the_Truth kirjoitti:

Ja mihinkäs noista edellisistä ryhmistä se silloin kuuluu?
Onko kyseisessä ryhmässä muuten muita eliöitä? Mielenkiintoinen eliö.

Kyllähän minua imartelee, kun niin kovasti yritätte selvittää henkilöllisyyttäni. Sen verran olen lainaillut Torpan, Aallon ja parin muunkin fiksun kreationistin tekstejä, että ymmärrettävästi luulette minua milloin Torpaksi, milloin Aalloksi ja ties miksi.
Mutta vaikka jotkut jatkuvasti tekevät kiusaa ja rekisteröivät itselleen nimimerkkiäni, niin katson silti parhaaksi tässä vaiheessa pitää identiteettini salaisena. Sen verran huolestuttaa tuo joidenkin ateistien käytös tällä palstalla.

Lue lisää

Kumpaankin tietysti, kun jälkimmäinen on edellisen aliryhmä. Tosiaan mielenkiinroinen eliö, siitä riippumatta onko ainoa ryhmässään. Niinhän ihminenkin on, ja moni muukin otus.

Kieltäydyn muuten kunniasta olla ateisti, kun olen suomenluterilainen kristitty. Enkä yritä - en edes halua - selvittää henkilöllisyyttäsi.

The_Bible.is.the_Truth kirjoitti:

Ja mihinkäs noista edellisistä ryhmistä se silloin kuuluu?
Onko kyseisessä ryhmässä muuten muita eliöitä? Mielenkiintoinen eliö.

Kyllähän minua imartelee, kun niin kovasti yritätte selvittää henkilöllisyyttäni. Sen verran olen lainaillut Torpan, Aallon ja parin muunkin fiksun kreationistin tekstejä, että ymmärrettävästi luulette minua milloin Torpaksi, milloin Aalloksi ja ties miksi.
Mutta vaikka jotkut jatkuvasti tekevät kiusaa ja rekisteröivät itselleen nimimerkkiäni, niin katson silti parhaaksi tässä vaiheessa pitää identiteettini salaisena. Sen verran huolestuttaa tuo joidenkin ateistien käytös tällä palstalla.

Lue lisää

"Mutta vaikka jotkut jatkuvasti tekevät kiusaa ja rekisteröivät itselleen nimimerkkiäni"

Ymmärtääkseni ylläpito tekee niin automaattisesti, kun rekisteröimättömän nimimerkin kirjoitus ilmiannetaan.

glutamaatti kirjoitti:

"Mutta vaikka jotkut jatkuvasti tekevät kiusaa ja rekisteröivät itselleen nimimerkkiäni"

Ymmärtääkseni ylläpito tekee niin automaattisesti, kun rekisteröimättömän nimimerkin kirjoitus ilmiannetaan.

Lue lisää

Ootko varma tosta?