Cat ja grep-komennot hidastelee

nörddi

Käytössä on palvelin, jossa on vanha CentOS 4.6. Palvelimella käsitellään suuria ascii-tiedostoja, jotka ovat kooltaan noin 20-100Mb. Tiedostoja käsitellään skriptillä, joka avaa tiedoston cat-komennolla ja komentoon on putkitettu grep, jolla poimitaan tiedoston dataa. Poimittu data otetaan talteen jatkokäsittelyyn, mutta se ei nyt liity tähän. Komento menee esim. seuraavasti:

cat tiedosto | grep -i -E -o 'poimittava data'

Ongelmana on nyt se, että tuo komennon suoritus ts. tiedoston avaus ja greppaus kestää tiedoston koosta riippuen kauan. Epäilen, että tuokomento nyt hidastaa lukua, joten miten sitä voisi tehostaa, jotta tiedoston käsittely nopeutuisi?

14

58

    Vastaukset

    Anonyymi (Kirjaudu / Rekisteröidy)
    5000
    • einopeudu

      tiedostojen koko on niin suuri että vaatii aikaa.

    • "Käytössä on palvelin, jossa on vanha CentOS 4.6."

      Toivottavasti ei ole verkossa kun tämän turvapäivitykset loppuivat 4,5v sitten. CentOS 5:n päivitykset loppuu myös maaliskuussa 2017.

      Epäilen että kone on niin vanha, että siinä siksi kestää.

    • nörddi

      Tiedostot ovat tosiaankin suuria, ja niiden koko yllätti itsenikin. Mikäli komentoa ei saa nopeammaksi tai tehokkaammaksi, niin sitten ei voi mitään.

      Niin ja kone on tosiaankin verkossa, ainakin vielä hetken aikaa :)

      • Se kone voi olla vaikka korkattu ja häärätä ihan muita asioita taustalla lisäksi.

        Helpointa hävittää se kone heti. Kympin kuussa hinnalla saa vaikka SSD:llä sen koneen.


    • fgrep

      Kone siis hidas, ja vanha kone hidas kiintolevy :( Ikävä yhdistelmä.
      Lisäksi voit jättää tuon cat -komennon kokonaan. grep/fgrep/egrep on monipuolinen ohjelma. man grep on mielenkiintoista luettavaa.

      • fgrep

        Lisäksi voisi harkita ram-levyä, jolla tuo käsiteltävä tiedosto on. Voisi kummasti nopeuttaa tiedoston käsittelyä, jos koneessa riittää RAM-muistia.


    • A-pu-va-ja

      Toinen (uusi) kone auttaa. Ja uusi käyttis ja ssd-levy vaikka m.2-liitännällä.

    • jotain_parannuksia

      Tarkista hdparm-ohjelmalla että levyn lukeminen tapahtuu dma:lla, niin ainakin yksi kohta grep-ongelmasta on selätetty. Onko koneen bios-asetukset tarkistettu koska viimeksi? Joskus sain lähes 20% lisää tehoa vain tekemällä asetukset oikein. Myös tulostiedostojen kirjoittaminen vie aikaa, joten jos mahdollista, kirjoita eri osiolle.

    • nörddi

      Kiitos vastauksista ja neuvoista!

      Tosiaan tuo serveri on jo ainakin 8-vuotta vanha rauta, joten sille ei enää tehdä mitään suurempia huoltotoimenpiteitä, koska se ollaan ajamassa alas piakoin. Se on tiedostettu, että siinä on hidas levyjärjestelmä ja levyt, jotka ovat pullonkaulana lukuisia pieniä tiedostoja käsiteltäessä. Uusi virtuaaliympäristö komeilee uutuuttaan vieressä, mutta tällä on siis vielä pärjättävä tovi. Syy miksi kyselin tuon komennon tehostamisesta on se, että nämä suuret filut tulivat vastikään käsiteltäviksi ja tuo hitaus vähän yllätti.

      • Täytyy olla vanhempi. CentOS 4 on vuodelta 2005 ja CentOS 5 joka vanhenee myös keväällä, tuli korvaamaan sitä vuonna 2007.

        Koneen ikä on arviolta 9.5 - 11.5 vuotta. 12v on sellainen aikajänne, että saa samaan hintaan 100x nopeamman pelkästään raudan osalta. Softakin toki nopeutuu ja nythän mennään CentOS 7:ssa jo.



      • ongelmien_tuottaminen
        M-Kar kirjoitti:

        Täytyy olla vanhempi. CentOS 4 on vuodelta 2005 ja CentOS 5 joka vanhenee myös keväällä, tuli korvaamaan sitä vuonna 2007.

        Koneen ikä on arviolta 9.5 - 11.5 vuotta. 12v on sellainen aikajänne, että saa samaan hintaan 100x nopeamman pelkästään raudan osalta. Softakin toki nopeutuu ja nythän mennään CentOS 7:ssa jo.

        Ei ole ihan näin yksioikoista: Olen jo pidempään seurannut ilmiötä siitä miten uudet koneet pakottavat vanhojen koneiden tehoja alaspäin. Tämä käy siten, että se vanha cpu on optimoitu käyttämään tiettyä määrää säikeitä ja tietylle cache:n määrälle. Uusi käyttöjärjestelmä usein kuitenkin lisää molempien käyttöastetta ja määrää: Prosesseja pitää vaihtaa useammin ja esim. yhdellä corella se tarkoittaa hidastumista. Cache kuormittuu enemmän eli käytännössä aiemmin cachessa pyörinyt softa alkaa pyöriä ram-muistin nopeudella. Samaan aikaan uusi arkkitehtuuri luo painetta muuntaa ohjelmia sen mukaiseksi, jotta ohjelmat saataisiin vieläkin nopeammiksi. Seurauksena on se, että ennen hyvin pyörineen ohjelman suorituskyky romahtaa vanhemmassa ympäristössä. Ne on ne yhteisvaikutukset, mitkä aiheuttavat ongelman.
        Eli varmemmin todistellen: Kanattaa kokeilla cat/grep suoritusaikoja eri kernelin versioilla 2.2, 2.4, 2.6 jne. Lisäksi kannattaa valita kerneli joka on käännetty omalle arkkitehtuurille optimoiden. Geneerinen koodi kun ei oikein toimi jos vaaditaan optimoitua toimintaa.


      • ongelmien_tuottaminen kirjoitti:

        Ei ole ihan näin yksioikoista: Olen jo pidempään seurannut ilmiötä siitä miten uudet koneet pakottavat vanhojen koneiden tehoja alaspäin. Tämä käy siten, että se vanha cpu on optimoitu käyttämään tiettyä määrää säikeitä ja tietylle cache:n määrälle. Uusi käyttöjärjestelmä usein kuitenkin lisää molempien käyttöastetta ja määrää: Prosesseja pitää vaihtaa useammin ja esim. yhdellä corella se tarkoittaa hidastumista. Cache kuormittuu enemmän eli käytännössä aiemmin cachessa pyörinyt softa alkaa pyöriä ram-muistin nopeudella. Samaan aikaan uusi arkkitehtuuri luo painetta muuntaa ohjelmia sen mukaiseksi, jotta ohjelmat saataisiin vieläkin nopeammiksi. Seurauksena on se, että ennen hyvin pyörineen ohjelman suorituskyky romahtaa vanhemmassa ympäristössä. Ne on ne yhteisvaikutukset, mitkä aiheuttavat ongelman.
        Eli varmemmin todistellen: Kanattaa kokeilla cat/grep suoritusaikoja eri kernelin versioilla 2.2, 2.4, 2.6 jne. Lisäksi kannattaa valita kerneli joka on käännetty omalle arkkitehtuurille optimoiden. Geneerinen koodi kun ei oikein toimi jos vaaditaan optimoitua toimintaa.

        Juu onhan niissä optimointeja uudemmalle raudalle. Käyttöjärjestelmävalmistajat ovat menneet sen mukaan, että rautaa uusitaan n. 6v välein kun silloin saa sen 10x parannuksen. Eli käytännössä jos on vanha kone niin voi olla järkevää ajella vanhemmalla käyttöjärjestelmäversiolla.

        Käytännössä valitaan uusin käyttöjärjestelmä mikä sopii kyseisen laitteen muistiavaruudelle ja CPU ytimille ja arkkitehtuurille.

        Esimerkiksi,

        CentOS 7 on tarkoitettu tuplaydin 64-bit koneille, muistia 2Gt tai enemmän.
        CentOS 6 on tarkoitettu koneille joissa on 1Gt tai enemmän muistia.
        CentOS 5 on tarkoitettu koneille joissa 512Mt tai enemmän muistia.

        Tuon mukaan kun valikoi niin saa aika optimaalisen. jos on alle 512Mt muistia niin varmaan kannattaa käyttää jotain siihen sopivampaa käyttöjärjestelmämerkkiä.


    • Pitääkö putkittaa? Miksei grep "jotain" tiedosto.txt. Jos noita on paljon Python tai joku muu kieli voi olla tehokkaampi.

    Ketjusta on poistettu 0 sääntöjenvastaista viestiä.

    Luetuimmat keskustelut

    1. Taasko se show alkaa

      Koo osottaa taas mieltään
      Ikävä
      24
      1749
    2. Miksi ihmeessä nainen seurustelit kanssani joskus

      Olin ruma silloin ja nykyisin vielä rumempi En voi kuin miettiä että miksi Olitko vain rikki edellisestä suhteesta ja ha
      Ikävä
      20
      1654
    3. Minun oma kaivattuni

      Ei ole mikään ilkeä kiusaajatyyppi, vaan sivistynyt ja fiksu sekä ystävällinen ihminen, ja arvostan häntä suuresti. Raka
      Ikävä
      71
      1495
    4. Persut nimittivät kummeli-hahmon valtiosihteeriksi!

      Persujen riveistä löytyi taas uusi törkyturpa valtiosihteeriksi! Jutun perusteella järjenjuoksu on kuin sketsihahmolla.
      Perussuomalaiset
      60
      1493
    5. Heikki Silvennoinen petti vaimoaan vuosien ajan

      Viiden lapsen isä Heikki kehuu kirjassaan kuinka paljon on pettänyt vaimoaan vuosien varrella.
      Kotimaiset julkkisjuorut
      102
      1414
    6. Onko ministeri Juuso epäkelpo ministerin tehtäviensä hoitamiseen?

      Eikö hänellä ole kompetenttia hoitaa sosiaali- ja terveysministetin toimialalle kuuluvia ministerin tehtäviä?
      Perussuomalaiset
      57
      1382
    7. Pelastakaa Lapset: Netti ei ole turvallinen paikka lapsille - Erätauko-tilaisuus to 25.4.2024

      Netti ei ole turvallinen paikka lapsille, mutta mitä asialle voi vanhempana tehdä? Torstaina 25.4.2024 keskustellaan ne
      Suomi24 Blogi ★
      14
      1349
    8. Sakarjan kirjan 6. luku

      Jolla korva on, se kuulkoon. Sain profetian 22.4.2023. Sen sisältö oli seuraava: Suomeen tulee nälänhätä niin, että se
      Profetiat
      19
      1192
    9. Tervehdys!

      Sä voit poistaa nää kaikki, mut mä kysyn silti A:lta sen kokemuksia sun käytöksestä eron jälkeen. Btw, miks haluut sabot
      Turku
      65
      1140
    10. Elia tulee vielä

      Johannes Kastaja oli Elia, mutta Jeesus sanoi, että Elia tulee vielä. Malakian kirjan profetia Eliasta toteutuu kokonaan
      Helluntailaisuus
      35
      1124
    Aihe