Oma sovelluksen 'Microsoft rekisteröinti?'

Ei se mitään rekisteröintiä tarvitse. Tällainen tulee vastaan jos kääntää natiivikoodia ja koodia ei ole allekirjoitettu. Tarvitset sertifikaatin samaan tapaan kuin tekisit salatun HTTP yhteyden että voidaan varmistaa kuka olet.

Tällä voit itse allekirjoittaa sen sovelluksen: https://docs.microsoft.com/en-us/powershell/module/pkiclient/new-selfsignedcertificate?view=win10-ps

Koska tätä ei kukaan muu varmista että kuka olet niin olet silloin itse myöntänyt sen sertifikaatin että se ei tietenkään ohjelman käyttäjälle kerro mitään mutta toimii testauskäytössä.

Googlesta löysin tuohonkin vastauksen.

Googlettamalla:
"Certify your desktop application"
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/win32/win_cert/windows-certification-portal

Beta-testaus vaiheessa noita uusia versioita tulee tuhkatiheään.
Yksinkertaisin ratkaisu lienee ohjeistaa käyttäjää valitsemaan eka kerralla exe:ä ajettaessa esiin pompahtavasta Käyttäjävalvonta -ikkunasta 'Näytä lisätietoja' linkki ja painamaan sitten 'Kyllä' varmistus. Sen jälkeen ohjelma käynnistyy ongelmitta.