Duplikaatiot ja uudet rakenteet

Palstalla keskustellaan usein geenien duplikaatioista ja siitä, että voivatko nämä duplikaatiot johtaa uusiin funktioihin ja rakenteisiin, eli toimia yhtenä evoluution mekanismeista. Esimerkkejä uusien funktioiden kehittymisestä tällaisella mekanismilla on palstalla annettu runsaasti, ja kasvien osalta myös uusien rakenteiden kehittymisestä. Kreationistit ovat toistuvasti kiistäneet esitetyt havainnot vedoten yleensä siihen, ettei kyse ole todellisuudessa uudesta geneettisestä informaatiosta ja vaikka olisikin, niin ei ainakaan täsmennetystä informaatiosta, jota älykkään suunnittelun kannattajat peräänkuuluttavat.

Näillä William Dembskin puolimatemaattisilla informaatioteorioiden väännöksillä ei ole juuri mitään tekemistä vakiintuneiden käsitteiden, logiikan tai todellisuuden kanssa, mutta en anna sen tässä kirjoituksessa häiritä. Kertaan aluksi hiukan jo aiemmin kirjoittamaani geeniduplikaatioista.

Kreationistit ovat kritisoineet ajatusta siitä, että geenien dupikaatioit voivat tuottaa kvalitatiivisesti uuttaa informaatiota jo 1970-luvulta lähtien, kun Susumu Ohnon kirja Evolution by Gene Duplication oli julkaistu. Päävasta-argumentiksi Kitzmiller v. Dover oikeudenkäynnissä uuden informaation osalta muodostui Meyerin väite, ettei evoluutioteoria sisällä mekanismia, joka selittäisi kuinka duplikaatit voisivat säilyä genomissa riittävän pitkiä aikoja uuden funktion syntyyn.

Tämä sama väite on edelleen se, jota kreationistit peräänkuuluttavat geenien duplikaation ja uusien geenien ja informaation osalta. Vaikka kaikki epäsuorat havainnot ja looginen kokonaisuus viittasikin tämän ongelman mahdollistavien mekanismien olemassaoloon, ei tästä kuitenkaan ollut suoria objektiivisia havaintoja vielä oikeudenkäynnin aikaan. Tämä seikka on herättänyt ehkä eniten pahennusta ID:n kannattajien keskuudessa.

Nykyisin kuitenkin tiedetään jo kolme eri mekanismia, jotka mahdollistavat duplikaattien evoluution, eikä kreationisteilla ole enää todellista syytä kritisoida asiaa. Mutaatiot jotain tiettyä proteiinia koodaavassa geenissä voivat aiheuttaa pleiotropia ilmiön, jolloin sama geeni voi säädellä jossain määrin myös toisen proteiinin tuotantoa. Tällainen ominaisuus voi olla myös hyödyllinen. Jos duplikaatio kohdistuu tällaiseen geeniin, voi syntynyt duplikaatti olla heti positiivisen valinnan kohteena ja syntyä uusi geeni uudella funktiolla. Tämä osoitettiin kokeellisesti vuonna 2012.

”Prior to this study, scientists have relied on more theoretical approaches such as bioinformatics to infer how new genes arise. Now they have demonstrated the evolution of a new gene experimentally. The team published their results on October 19.”

http://www.scientificamerican.com/article/gene-genesis-scientists/

http://www.researchgate.net/publication/232535356_Real-Time_Evolution_of_New_Genes_by_Innovation_Amplification_and_Divergence

Duplikaatin päätyminen suoraan positiivsen valinnan kohteeksi ei kuitenkaan ole kovin yleistä, joten tutkijat ovat jatkaneet mekanismien tutkimista. Viime vuosina on julkaisu ainakin kaksi tutkimusta, joissa on osoitettu kokeellisesti lisää mekanismeja duplikaattien evoluutiolle. Toisessa tutkimuksessa osoitettiin, että geenin duplikaatti sietää maladaptiivisia (haitallisia) mutaatiota alkuperäisiä geenejä paremmin.

"The mechanism resolving the conflict between sister genes and their apparent evolutionary instability had remained a mystery for decades, but we have now cracked this latest part of the genetic code."

http://genome.cshlp.org/content/24/11/1830

Ja toinen tutkimus käsitteli yhtä erään tämän palstan kirjoittajan rakastamaa epigeneettistä tekijää eli DNA:n metylaatiota, joka voi suojata juuri kahdentuneita geenejä luonnonvalinnalta, jolloin alkuperäisen jatkaessa toimintaa metyloitunut uusi geeni voi säilyä suojassa odottaen hyödyllisiä mutaatioita ja saada uuden funktion.

”We show that a common heritable epigenetic modifier, DNA methylation, plays an important role in duplicate gene evolution. DNA methylation clearly distinguishes young and old duplicates, and the differences in DNA methylation of duplicate genes are associated with functional differences in expression. Remarkably, for a majority of duplicate gene pairs, a specific duplicate partner is consistently hypo- or hypermethylated across highly divergent tissues. Our results indicate that epigenetic modifications are intimately involved in the regulation and maintenance of duplicate genes.”

http://www.pnas.org/content/111/16/5932.full

Kuten siis huomaamme, niin useita duplikaattien evoluutiomekanismeja on osoitettu kokeellisesti toimiviksi, mutta voivatko ne olla uusien funktioiden lisäksi myös kvalitatiivisesti uutta täsmennettyä informaatiota vaativien uusien rakenteiden kehittymisen taustalla, jota kreationistit ovat pitäneet mahdottomana? Vastaus on kyllä.

Jatkuu
2
Ilmoita


Tänä vuonna Naturessa julkaistu tutkimus kertoo, että tutkijaryhmä onnistui seeprakaloja tutkimalla selvittämään, kuinka luukalojen osaluokkaan Teleostei kuuluville kaloille on kehittynyt ainutlaatuinen sydämen ulosvirtauskanavan laajentuma, joka rakentuu poikkeuksellisesti poikkijuovaisen sydänlihaskudoksen sijaan sileästä lihaskudoksesta. Tuo uusi rakenne hienosäätää noiden kalojen verenkiertojärjestelmää, ja on ollut yksi tärkeimmistä rakenteellisista uudistuksista niiden sopeutumislevittäytymisessä (adaptiivinen radiaatio). Tämän uuden rakenteen taustalla on tapahtunut koko genomin duplikaatio, jonka seurauksena tapahtuneet mutaatiot duplikaateissa ja niiden säätelyjärjestelmissä johtivat uuden rakenteen syntyyn.

”Here we address the genetic and developmental basis underlying BA formation and deduce the evolutionary path of acquisition of the BA in vertebrate evolution. We reveal that the BA is indeed an evolutionary novelty in the teleost lineage, and that elnb, which was generated by duplication of the elastin gene in the teleost-specific 3rd round WGD (3R WGD), is involved in morphogenesis of BA. We provide evidence that elnb was subsequently neofunctionalized, acquiring a function to regulate cell fate determination of BA cells into smooth muscle cells. Furthermore, we found that the mechanotransducer gene yap is involved in the process of cell fate determination in BA. These facts suggest that alteration of the extracellular environment by a novel extracellular matrix (ECM) generated evolutionary novelty by changing cell fate determination through mechanotransduction. Taken together, our results clearly illustrate that the 3R WGD and subsequent sub/neofunctionalization of elastin genes contributed to generation of the evolutionary novel BA, and to the explosive radiation under natural selection in the teleost lineage.”

http://www.nature.com/ncomms/2016/160119/ncomms10397/full/ncomms10397.html

Kuten olemme useasti kreationisteille kertoneet, niin LUCA:sta lähtien kaikki kehitys on ollut vanhan geneettisen materiaalin uudelleen modifioimista mitä erilaisimpiin tehtäviin ja rakenteisiin. Tässäkin tapauksessa tärkein tekijä oli EMC*-geenin (*solunulkopuolinen matriksi) muuokset täysin uudenlaiseen lopputulokseen. Tämä vain muistutuksena sen takia, koska ainakin yksinkertaisimmat kreationistit kuvittelevat, että evoluutioteorian mukaan olisi olemassa jokin mekanismi, joka synnyttäisi täysin tyhjästä uusia rakenteita ja toimintoja uusille lajeille, mikä ei tietenkään pidä paikkaansa.

Kun kerran tässä duplikaateista kirjoitan, niin voisin samalla huomauttaa nimimerkille Raamattu_on_totuus (ent. TBitT), että kun kirjoitit geenihäviöistä geeniduplikaatioden ja lajiutumisen yhteydessä, niin taisit taas ymmärtää jotain väärin. Siitähän ei tietenkään ollut kyse, että geeniduplikaatiot hävittäisivät systemaattisesti vanhoja geenejä ja rappeuttaisivat genomia, vaan niissä tutkimuksissa selvitettiin sitä, että miten lajiutumista aiheutuu siitä, että eri populaatioissa luonnonvalinta ja muut yllä mainitut mekanismit vaikuttavat koko genomin duplikaation yhteydessä syntyneiden duplikaattien säilymiseen myöhemmin eri tavoin, ja eri populaatioissa häviää eri määrä duplikaatteja ja siten eri duplikaatit ovat vapaita muuntelemaan.

Ainoastaan se on evoluution kannalta merkittävää, että osa duplikaateista todella säilyy karsivalta valinnalta. Yhdessä tutkimuksessa käsiteltiin tiettyjä kloonautuvia mikrobeja, joilla geenihäviöt ohjasivat merkittävästi sopeutumista, mutta ymmärrettävistä syistä siitä ei voi johtaa minkäänlaista aasinsiltaa suvullisesti lisääntyviin eukaryootteihin, kuten esimerkiksi ihmisiin.

Jaakobin ja Torpan kaltasille kreationisteille voisin todeta, että kukaan ei ollut satoja miljoonia vuosia sitten todistamassa tuon sydämen ulosvirtauskanavan laajentuman syntyä, mutta voimme hyödyntää genomitutkimuksen antamia vihjeitä ja testata niistä johdettuja hypoteeseja nykypäivän tutkumusmenetelmillä ja osoittaa, että tällainen kehitys on ollut mahdollinen. Teidän ei ole mikään pakko uskoa siihen, että näin on myös todellisuudessa tapahtunut, mutta kun hyödynnämme kaikkea sitä tietoa mitä meilla on ylipäätään käytössämme, ei oikein toisenlaista loogista johtopäätöstä voi tehdä.

Muistutan vielä, ettei geenien duplikaatiot ole evoluution ainoa mekanismi, vaan muitakin uusia funktioita ja rakenteita synnyttäviä tunnetaan, mutta tämä avaus koski pelkästään duplikaatioita.
2
Ilmoita
Kun varsinkin nimimerkki Raamattu_on_totuus on jatkuvasti kiistänyt duplikaatioiden ja ylipäätään mutaatioiden merkityksen evoluutiossa, niin lainaan vielä pikku pätkän uunituoreesta uutisesta, jossa kerrotaan proteiinikinaasi entsyymien alkuperästä ja evoluutiosta.

"Researchers at the University of British Columbia have identified a common ancestral gene that enabled the evolution of advanced life over a billion years ago.

The gene, found in all complex organisms, including plants and animals, encodes for a large group of enzymes known as protein kinases that enabled cells to be larger and to rapidly transfer information from one part to another.

"If the duplications and subsequent mutations of this gene during evolution didn't happen, then life would be completely different today," said Steven Pelech, a professor in Division of Neurology in the UBC Faculty of Medicine. "The most advanced life on our planet would probably still be bacterial slime."

Eikö tällaisten tutkimusten pitänyt olla viime vuosituhannen juttuja?

http://phys.org/news/2016-03-ancestral-gene-life-earth-evolved.html
1
Ilmoita
Peukku ylös!
10 VASTAUSTA:
Samoin.
Ette te tosin mitää Solonin kirjoituksesta ymmärrä (kuten en minäkään), mutta kun hän sattuu puolustamaan evoluutiota, niin olette samaa mieltä. Samoin ette ymmärrä Bibleäkään, tai kykene väittelemään häntä vastaan. Mutta kun hän puolustaa Raamattua, niin olette periaatteesta eri mieltä.
2plus19 kirjoitti:
Ette te tosin mitää Solonin kirjoituksesta ymmärrä (kuten en minäkään), mutta kun hän sattuu puolustamaan evoluutiota, niin olette samaa mieltä. Samoin ette ymmärrä Bibleäkään, tai kykene väittelemään häntä vastaan. Mutta kun hän puolustaa Raamattua, niin olette periaatteesta eri mieltä.
Kyllä me ateistit olemme pipliamme lukeneet, toisin kuin useimmat kristityt lähimmäisemme.

Olemme myös erittäin raskaalla tavalla kevyeksi, suorastaan wc-paperin kaltaiseksi tuon suomennoksen todenneet.

Enklanninkielinen kuningas Jaakon käännös on tuon enklannin kielen kannalta kiinnostava, mutta sanomaltaa ihan samaa väärennöstä kuin muutkin.

Jos tutustut pipliasi syntyhistoriaan, toteat alta aikayksikön palvaavasi epäjumalaa.

Sori, että pitää olla tällai realistinen, mutta tosiasiat eivät uskomalla muutu mihinkään.
he-ma kirjoitti:
Kyllä me ateistit olemme pipliamme lukeneet, toisin kuin useimmat kristityt lähimmäisemme.

Olemme myös erittäin raskaalla tavalla kevyeksi, suorastaan wc-paperin kaltaiseksi tuon suomennoksen todenneet.

Enklanninkielinen kuningas Jaakon käännös on tuon enklannin kielen kannalta kiinnostava, mutta sanomaltaa ihan samaa väärennöstä kuin muutkin.

Jos tutustut pipliasi syntyhistoriaan, toteat alta aikayksikön palvaavasi epäjumalaa.

Sori, että pitää olla tällai realistinen, mutta tosiasiat eivät uskomalla muutu mihinkään.
Ei ollu kyse piplia kirjasta vaan täällä teitä evoja nöyryyttävästä kirjoittajasta!!
huuhaaevot kirjoitti:
Ei ollu kyse piplia kirjasta vaan täällä teitä evoja nöyryyttävästä kirjoittajasta!!
Sori, ekaa kertaa törmään tähän tyyppiin.

Jos hänellä on uskonharha, voi kyseessä olla pahanlaatuinen aivokasvain, uskonvammaisten vanhempien vaikutus tai jakomielitauti, jonka vuoksi selvästi älykästä henkilöä en kyllä kadehdi. Älyn puoleen kyllä kadehdin :(
huuhaaevot kirjoitti:
Ei ollu kyse piplia kirjasta vaan täällä teitä evoja nöyryyttävästä kirjoittajasta!!
Bible nyt ei ole todistettavasti ikinä nöyryyttänyt kuin itseään, on sen homman ammattilainen, kenties jopa ennätyksen haltija. Katsotaan josko saapuu tähänkin ketjuun keräämään parit nolouspisteet itselleen lisää.

Solonille peukku pystyyn täältäkin, olet taas nähnyt aloituksesi eteen vaivaa. Harmi vaan että mitä vastapuoleen tulee, niin hukkaanhan tuollaiset sivistysyritykset täällä enimmäkseen menee kuitenkin. Bible varmaan tulee sentään hauskuuttamaan meitä tännekin väärinymmärryksillään. Kun vain ymmärtäisi mitä bible edes yrittää lopulta argumentoida ja millälailla bible on vääristellyt sen mainostamansa raamatullisen totuuden.
2plus19 kirjoitti:
Ette te tosin mitää Solonin kirjoituksesta ymmärrä (kuten en minäkään), mutta kun hän sattuu puolustamaan evoluutiota, niin olette samaa mieltä. Samoin ette ymmärrä Bibleäkään, tai kykene väittelemään häntä vastaan. Mutta kun hän puolustaa Raamattua, niin olette periaatteesta eri mieltä.
"Samoin ette ymmärrä Bibleäkään, tai kykene väittelemään häntä vastaan. Mutta kun hän puolustaa Raamattua, niin olette periaatteesta eri mieltä."

Missä bible puolustaa Raamattua? Biblehän juoksee karkuun kun Raamatusta aletaan puhumaan. Olen nyt odotellut jo monta päivää että bible tulisi tänne puolustamaan sitä Raamattuaan:

http://keskustelu.suomi24.fi/t/14147872/kreationismi-on-tiensa-paassa-amen

Kutsu on edelleen voimassa.
utti kirjoitti:
"Samoin ette ymmärrä Bibleäkään, tai kykene väittelemään häntä vastaan. Mutta kun hän puolustaa Raamattua, niin olette periaatteesta eri mieltä."

Missä bible puolustaa Raamattua? Biblehän juoksee karkuun kun Raamatusta aletaan puhumaan. Olen nyt odotellut jo monta päivää että bible tulisi tänne puolustamaan sitä Raamattuaan:

http://keskustelu.suomi24.fi/t/14147872/kreationismi-on-tiensa-paassa-amen

Kutsu on edelleen voimassa.
Kiinostaisi tietää, millaien vastaus sinulle kelpaisi? Arvaanpa että ei mikään. Kyllä sinäkin kerran saat kohdata Luojasi: Toivottavasti vain et liian myöhään. Silloin et enää epäile.
11. Ja minä näin suuren, valkean valtaistuimen ja sillä istuvaisen, jonka kasvoja maa ja taivas pakenivat, eikä niille sijaa löytynyt.
12. Ja minä näin kuolleet, suuret ja pienet, seisomassa valtaistuimen edessä, ja kirjat avattiin; ja avattiin toinen kirja, joka on elämän kirja; ja kuolleet tuomittiin sen perusteella, mitä kirjoihin oli kirjoitettu, tekojensa mukaan.
13. Ja meri antoi ne kuolleet, jotka siinä olivat, ja Kuolema ja Tuonela antoivat ne kuolleet, jotka niissä olivat, ja heidät tuomittiin, kukin tekojensa mukaan.
14. Ja Kuolema ja Tuonela heitettiin tuliseen järveen. Tämä on toinen kuolema, tulinen järvi.
15. Ja joka ei ollut elämän kirjaan kirjoitettu, se heitettiin tuliseen järveen.
18plus17 kirjoitti:
Kiinostaisi tietää, millaien vastaus sinulle kelpaisi? Arvaanpa että ei mikään. Kyllä sinäkin kerran saat kohdata Luojasi: Toivottavasti vain et liian myöhään. Silloin et enää epäile.
11. Ja minä näin suuren, valkean valtaistuimen ja sillä istuvaisen, jonka kasvoja maa ja taivas pakenivat, eikä niille sijaa löytynyt.
12. Ja minä näin kuolleet, suuret ja pienet, seisomassa valtaistuimen edessä, ja kirjat avattiin; ja avattiin toinen kirja, joka on elämän kirja; ja kuolleet tuomittiin sen perusteella, mitä kirjoihin oli kirjoitettu, tekojensa mukaan.
13. Ja meri antoi ne kuolleet, jotka siinä olivat, ja Kuolema ja Tuonela antoivat ne kuolleet, jotka niissä olivat, ja heidät tuomittiin, kukin tekojensa mukaan.
14. Ja Kuolema ja Tuonela heitettiin tuliseen järveen. Tämä on toinen kuolema, tulinen järvi.
15. Ja joka ei ollut elämän kirjaan kirjoitettu, se heitettiin tuliseen järveen.
"Kiinostaisi tietää, millaien vastaus sinulle kelpaisi? Arvaanpa että ei mikään."

Vastaus mihin kysymykseen?
huuhaaevot kirjoitti:
Ei ollu kyse piplia kirjasta vaan täällä teitä evoja nöyryyttävästä kirjoittajasta!!
Vai "evoja nöyryyttävä kirjoittaja"? Teillä jeesuspörinäisillä jeesuksenmorsiammilla noita mielikuvitushahmoja riittää ... Taitaa multinikkeilevä PiippeliTruutti aivopiereskellä itseään.

Täällä palstalla kun ei ole kukaan kreationisti nöyryyttänyt ketään evoa - muuten kuin jeesuspörinäisessä mielikuvituksessaan.

Jatka vaan jeesuksenmorsian itsesi nöyryyttänistä ja taikauskolahkosi seuroissa hihhulointia.
+Lisää kommentti
Jos solon1 saa käsiinsä paperilapun, joka sisältää informaatiota esim. kynällä kirjoitetun runon, hän ei epäile hetkeäkään, onko se peräisin älylliseltä olennolta vai seurausta jostain geenien duplikaatiosta tai muusta evoluutioprosessista.
Jokainen rehellinen ihminen tietää, että kaiken informaation lähde on äly. Jos se on peräisin jostain muusta lähteestä kuin älylliseltä persoonalta, se ei ole informaatiota ollenkaan, vaan kyse on vain jostain luonnonoikusta, joka vain sattumalta muistuttaa jotain älyllistä viestiä. Tällainen luonnonoikku ei kuitenkaan koskaan aja sitä asiaa, jota informaatio on tarkoitettu ajamaan.
Sattumalta syntyneet luonnonilmiöt eivät osaa ajatella, eivätkä tiedä mitään minkään eläimen tai tarpeista, jotta ne voisivat ohjata niiden toimintaa millään tavoin.
3 VASTAUSTA:
Vastaa nyt ihan vilpittömästi että ootko huolissas omasta uskosta ja taivaspaikasta vai mikä sua motivoi toistaan tota mantraa vailla logiikkaa? Ku siinä ei ole mitään järkeä jos oot muka huolissas ateistien sieluista ja haluisit pelastaa ne ku toi mantra ei varmasti tehoa yhteenkään ateistiin vaan paremminki kääntää ihmisiä sun ajamaa uskoa vastaan. Voitko rehellisesti kertoo sun motiivin?
mä-en-ymmärrä kirjoitti:
Vastaa nyt ihan vilpittömästi että ootko huolissas omasta uskosta ja taivaspaikasta vai mikä sua motivoi toistaan tota mantraa vailla logiikkaa? Ku siinä ei ole mitään järkeä jos oot muka huolissas ateistien sieluista ja haluisit pelastaa ne ku toi mantra ei varmasti tehoa yhteenkään ateistiin vaan paremminki kääntää ihmisiä sun ajamaa uskoa vastaan. Voitko rehellisesti kertoo sun motiivin?
Kait tuo on Markin epätoivoinen yritys vakuuttaa itsensä. Tiedäthän periaatteella kun sen sanoo riittävän monta kertaa niin ehkä siitä tulee totta... Ei tule.
"Jos solon1 saa käsiinsä paperilapun, joka sisältää informaatiota esim. kynällä kirjoitetun runon, hän ei epäile hetkeäkään, onko se peräisin älylliseltä olennolta vai seurausta jostain geenien duplikaatiosta tai muusta evoluutioprosessista."
Mietipäs, Markku tolvana edes hetken, miksi niin käy. Jos solon1 tai minä saamme käsiimme paperilapun, jossa on runo, mistä ihmeestä me heti huomaamme, että sen täytyy olla jonkun tekemä.
Tietysti huomaamme sen heti siitä, että se poikkeaa täysin kaikesta luonnon muovaamasta ja meillä ei ole tiedossa eikä edes kuviteltavissa prosessia, joka olisi voinut sen paperilapun runonpätkän kanssa tuottaa luonnossa itsekseen. Siis kaikki suunniteltu ja tarkoituksella tehty on erilaista, kuin kaikki se, mitä luonnosta löytyy. Puille, kiville, sammalille, kastemadoille, koko maapallolle tiedämme prosessin, joka ne on voinut synnyttää ja on todennäköisesti synnyttänyt.
"Jokainen rehellinen ihminen tietää, että kaiken informaation lähde on äly."
Ei pidä paikkaansa. Informaatio on pohjimmiltaan järjestystä. Valtaosa informaatiosta ei ole lähtöisin älyllisestä suunnittelusta, eikä ole edes tarkoitettu minkään älyllisen tulkittavaksi. Geneettinen informaatio on juuri tällaista. Mutta ethän sinä sitä suostu tajuamaan infernofobiasi takia.
+Lisää kommentti
Kiitos solonille vaihteeksi asiallisesta kirjoituksesta. Geeniduplikaatiot ovat mielenkiintoinen ilmiö. Lähtökohtaisesti täytyy todeta, että ne ovat yleensä haitallisia, erityisesti nisäkkäillä. Solun korjausjärjestelmät pyrkivät erittäin tehokkaasti ne korjaamaan. On kuitenkin havaittu, että ns. DSB:t (DNA double-strand breaks) voivat saada aikaan sen, että korjausjärjestelmä paikkaa vaurioituneen kaksoiskierteen joko lisäämällä geeniainesta (insertions) tai kopioimalla kokonaisen geenin vioittuneen osan paikalle. Koko prosessi on RNA:n ohjaamaa. Järjestelmä on siis erittäin nerokkaasti suunniteltu. Ihmisellä geeniduplikaatioilla ei ole minkäänlaista 'evolutiivista' merkitystä, sen voi havaita erittäin pienestä geneettisestä eroavaisuudesta ihmisen genomissa kautta maailman. Ihmisen genomi on n. 99.6%:sti samanlainen ja populaatioiden väliset erot ovat pienemmät kuin yksilöiden väliset erot populaatioiden sisällä. Tämä vähäinen ero, SNP, selittyy pääosin CpG-saarekkeiden eroavaisuuksilla, jotka ovat pitkälti epigeneettisten tekijöiden aikaansaamia muutoksia. Suurin osa niistä on yhteydessä geneettisiin sairauksiin.

Geeniduplikaatiot ovat suunniteltu mekanismi polyploideille eliöille, kuten kaloille, hyönteisille ja kasveille. Mekanismi on nerokas. Vaikka tiede ei kovin hyvin tunne vielä syitä, miksi geeniduplikaatioita tapahtuu, rohkenen kertoa oman teoriani.

Luonnossa kaikelle muutokselle on aina syy. Kaikki perustuu suunniteltuihin mekanismeihin. Satunnaiset mutaatiot ovat pelkkää kohinaa älykkäässä signaalissa. Muutoksia genomitasolla kuitenkin tapahtuu. Olen osoittanut jo yhden mekanismin, jossa epigeneettiset muutokset johtavat geenisekvenssin muutokseen. Termi on englanniksi Base Flip. On siis hyvä syy kysyä, miksi mikään muutos tapahtuisi ohjaamattomasti tai satunnaisten voimien aikaansaamana? DNA:n integriteetti on tarkasti valvottua koko dna:n säätelyverkoston toimesta, joten geeniduplikaatiot eivät ole satunnaisia tapahtumia.

Geeniduplikaatiot ovat siis RNA:n ohjaamia mekanismeja, joilla on tehtävä. Joskus eliöllä voi tulla vastaan tilanne, että sen geeniaines ei tarjoa mahdollisuutta valmistaa haluttuja aminohappoja ja sitä kautta oikeaa proteiinikoostumusta. Solulla on useita erilaisia mekanismeja yrittää valmistaa sen tarvitsemaa proteiinia.

1. Metylaatioita voi tapahtua usealla tasolla, joko DNA:ssa tai mRNA:ssa. mRNA:n m6a ja m1a toimivat nopeina epigeneettisinä kytkiminä.
2. Histonien modifikaatiot
3. DNA:n emäsjärjestysmodifikaatiot, esim. CpG alueen modifikaatio. Emäsjärjestyksen muutokset tapahtuvat vetyatomien siirtymisestä.

Voi olla, että geenin emäsjärjestys ei mahdollista vaadittujen aminohappojen valmistusta oikeassa järjestyksessä. Mikäli edellämainitut mekanismit eivät riitä, niin RNA turvautuu geeniduplikaatioon. Mekanismi säilyttää alkuperäisen geenin siltä varalta, että adaptoituminen taaksepäin sujuisi tehokkaasti. Uudella geenillä ja mahdollisesti sen kombinaatioilla vanhan geenin kanssa eliön solut kykenevät tuottamaan vaadittua proteiinia. Geeniduplikaatti voi myös toimia eräänlaisena prototyyppinä. Näin eliö kykenee adaptoitumaan tehokkaasti muuttuviin olosuhteisiin ja käyttämään erityyppistä ravintoa tehokkaasti. Kun vaadittu proteiini on onnistuneesti valmistettu, palauttaa solu genomin eheyden ja poistaa turhat geenirippeet. Jos muutos johtaa lajiutumiseen (huono termi), on mahdollista että tässä vaiheessa tapahtuu myös kromosomihäviöitä. En näe geeniduplikaatiota niinkään informaation lisäyksenä vaan pikemminkin nerokkaana Jumalan luomana mekanismina joka turvaa eliöiden selviytymisen.
7 VASTAUSTA:
Olipahan taas melkoinen kontrasti Solonin tekstin ja tämän bs:n välillä. Eipä tuo taaskaan ollut juuri muuta kuin pakonomaista tarvettasi toistella suosikkisanojasi (epigenetiikka, CpG-saarekkeet jne.) ja täysin päin p:tä vääristelyjä versioita biologisista prosesseista.

Mutta kerro nyt ihmeessä että mihin nämä teoriasi perustuvat? Tiedettähän nämä eivät ole ja siksi et voi näille mitään tieteellisiä lähdeviitteitä osoittaa. Raamatussakaan tuollaisia ei kerrota, siellä elukat taiotaan 7 päivässä ja sanotaan että homma valmis. Joten veteletkö näitä ihan omasta epätieteellisestä hatustasi vai mistä? Vai ovatko lähdeviitteesi niin epämääräisiä ettet itsekään kehtaa niitä täällä kertoa?
utti kirjoitti:
Olipahan taas melkoinen kontrasti Solonin tekstin ja tämän bs:n välillä. Eipä tuo taaskaan ollut juuri muuta kuin pakonomaista tarvettasi toistella suosikkisanojasi (epigenetiikka, CpG-saarekkeet jne.) ja täysin päin p:tä vääristelyjä versioita biologisista prosesseista.

Mutta kerro nyt ihmeessä että mihin nämä teoriasi perustuvat? Tiedettähän nämä eivät ole ja siksi et voi näille mitään tieteellisiä lähdeviitteitä osoittaa. Raamatussakaan tuollaisia ei kerrota, siellä elukat taiotaan 7 päivässä ja sanotaan että homma valmis. Joten veteletkö näitä ihan omasta epätieteellisestä hatustasi vai mistä? Vai ovatko lähdeviitteesi niin epämääräisiä ettet itsekään kehtaa niitä täällä kertoa?
Lisättäköön nyt vielä siltä varalta että joku asiasta uikuttaa että tuolla on tietysti yksittäisiä tieteellisiä tosiasioita välissä mutta kokonaisuutena asiat on yhdistelty ihan huuhaaksi.
Olipa kerrassaan mielenkiintoinen kokoelma suurimmaksi osaksi täysin hatusta heitettyjä yhdistämisiä erilaisten prosessien ja mekanismien kesken. Tämmöisellä kirjoittelulla voit ehkä jossain hämätä sellaisia kuulijoita, jotka eivät ole perehtyneet solubiologiaan, mutta tieteellisen tiedon kanssa tuolla kokonaisuudella on hyvin vähän tekemistä. Tämän toki tiedät itsekin, kun et esittänyt yhdellekään väitteellesi tieteellisiä lähteitä.

”Solun korjausjärjestelmät pyrkivät erittäin tehokkaasti ne korjaamaan. On kuitenkin havaittu, että ns. DSB:t (DNA double-strand breaks) voivat saada aikaan sen, että korjausjärjestelmä paikkaa vaurioituneen kaksoiskierteen joko lisäämällä geeniainesta (insertions) tai kopioimalla kokonaisen geenin vioittuneen osan paikalle.”

En oikein ymmärrä mitä haet tällä takaa, mutta tuskinpa ymmärrät itsekään. Vai yritätkö vain päteä olemattomilla tiedoillasi?

”Gene duplications can arise as products of several types of errors in DNA replication and repair machinery as well as through fortuitous capture by selfish genetic elements. Common sources of gene duplications include ectopic homologous recombination, retrotransposition event, aneuploidy, polyploidy, and replication slippage.[1]”

”Recombination occurs not only during meiosis, but also as a mechanism for repair of double-strand breaks (DSBs) caused by DNA damage. These DSBs are usually repaired using the sister chromatid of the broken duplex and not the homologous chromosome, so they would not result in allelic conversion. Recombination also occurs between homologous sequences present at different genomic loci (paralogous sequences) which have resulted from previous gene duplications. Gene conversion occurring between paralogous sequences (ectopic gene conversion) is responsible for concerted evolution of gene families.[1][2] ”

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_conversion

”Koko prosessi on RNA:n ohjaamaa. Järjestelmä on siis erittäin nerokkaasti suunniteltu.”

Todellisuudessa nuo konvertiot voivat olla erilaisten RNA-molekyylien, proteiinien, pseudogeenien tai DNA:n toistosekvenssien ohjaamia, enkä kyllä keksi miten tämä liittyy suunnitteluun.

”Ihmisellä geeniduplikaatioilla ei ole minkäänlaista 'evolutiivista' merkitystä, sen voi havaita erittäin pienestä geneettisestä eroavaisuudesta ihmisen genomissa kautta maailman.”

Paitsi tässä todellisuudessa geeniduplikaatioilla on ollut ratkaiseva rooli ihmisten evoluutiossa.

”Gene duplication has had a significant impact on all genomes and the humangenome is no exception, as gene duplication contributes much of the rawmaterial for natural selection to shape novel genes. In the context of humanevolution, interest in gene duplication has been intense as the human genome isparticularly rich in duplicated genomic regions. These duplicate genes contributeto genomic instability, leading to genome rearrangement and speciation. Recentevidence suggests that duplicated genes have undergone greater diversificationthan other loci in the human lineage, and so have been key in the evolution of uniquely human traits.”

”In the context of human evolution, both ancient and modern geneand genome duplications have contributed to the human genomic repertoire andmay have played a key part in both producing the human species and in theevolution of many of the key traits setting us apart from our closest relatives.”

http://www.academia.edu/654113/The_Impact_of_Gene_Duplication_on_Human_Genome_Evolution

Ihmisten geneettisestä homogeenisuudesta ja siihen liittyen epigeneettisten tekijöiden vaikutuksesta fenotyypin eroihin voit tehdä oman avauksen, koska tuo sivupolku ei suoranaisesti liity käsiteltävään aiheeseen.

”Geeniduplikaatiot ovat suunniteltu mekanismi polyploideille eliöille, kuten kaloille, hyönteisille ja kasveille.”

Mitä tähänkin pitäisi vastata? Geeniduplikaatiot eivät ole millään tavoin riippuvaisia polyploidiasta.

”Olen osoittanut jo yhden mekanismin, jossa epigeneettiset muutokset johtavat geenisekvenssin muutokseen. Termi on englanniksi Base Flip.”

Mitä sinä muka olet osoittanut ja kenelle?

https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_base_flipping

Lopussa esittelemäsi ”teoria” on niin lennokasta mielikuvituksen tuotetta höystettynä todellisilla prosesseilla ja mekanismeilla, ettei siihen voi ottaa mitenkään kiinni. Esitä tieteelliset perusteet mallillesi.
solon1 kirjoitti:
Olipa kerrassaan mielenkiintoinen kokoelma suurimmaksi osaksi täysin hatusta heitettyjä yhdistämisiä erilaisten prosessien ja mekanismien kesken. Tämmöisellä kirjoittelulla voit ehkä jossain hämätä sellaisia kuulijoita, jotka eivät ole perehtyneet solubiologiaan, mutta tieteellisen tiedon kanssa tuolla kokonaisuudella on hyvin vähän tekemistä. Tämän toki tiedät itsekin, kun et esittänyt yhdellekään väitteellesi tieteellisiä lähteitä.

”Solun korjausjärjestelmät pyrkivät erittäin tehokkaasti ne korjaamaan. On kuitenkin havaittu, että ns. DSB:t (DNA double-strand breaks) voivat saada aikaan sen, että korjausjärjestelmä paikkaa vaurioituneen kaksoiskierteen joko lisäämällä geeniainesta (insertions) tai kopioimalla kokonaisen geenin vioittuneen osan paikalle.”

En oikein ymmärrä mitä haet tällä takaa, mutta tuskinpa ymmärrät itsekään. Vai yritätkö vain päteä olemattomilla tiedoillasi?

”Gene duplications can arise as products of several types of errors in DNA replication and repair machinery as well as through fortuitous capture by selfish genetic elements. Common sources of gene duplications include ectopic homologous recombination, retrotransposition event, aneuploidy, polyploidy, and replication slippage.[1]”

”Recombination occurs not only during meiosis, but also as a mechanism for repair of double-strand breaks (DSBs) caused by DNA damage. These DSBs are usually repaired using the sister chromatid of the broken duplex and not the homologous chromosome, so they would not result in allelic conversion. Recombination also occurs between homologous sequences present at different genomic loci (paralogous sequences) which have resulted from previous gene duplications. Gene conversion occurring between paralogous sequences (ectopic gene conversion) is responsible for concerted evolution of gene families.[1][2] ”

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_conversion

”Koko prosessi on RNA:n ohjaamaa. Järjestelmä on siis erittäin nerokkaasti suunniteltu.”

Todellisuudessa nuo konvertiot voivat olla erilaisten RNA-molekyylien, proteiinien, pseudogeenien tai DNA:n toistosekvenssien ohjaamia, enkä kyllä keksi miten tämä liittyy suunnitteluun.

”Ihmisellä geeniduplikaatioilla ei ole minkäänlaista 'evolutiivista' merkitystä, sen voi havaita erittäin pienestä geneettisestä eroavaisuudesta ihmisen genomissa kautta maailman.”

Paitsi tässä todellisuudessa geeniduplikaatioilla on ollut ratkaiseva rooli ihmisten evoluutiossa.

”Gene duplication has had a significant impact on all genomes and the humangenome is no exception, as gene duplication contributes much of the rawmaterial for natural selection to shape novel genes. In the context of humanevolution, interest in gene duplication has been intense as the human genome isparticularly rich in duplicated genomic regions. These duplicate genes contributeto genomic instability, leading to genome rearrangement and speciation. Recentevidence suggests that duplicated genes have undergone greater diversificationthan other loci in the human lineage, and so have been key in the evolution of uniquely human traits.”

”In the context of human evolution, both ancient and modern geneand genome duplications have contributed to the human genomic repertoire andmay have played a key part in both producing the human species and in theevolution of many of the key traits setting us apart from our closest relatives.”

http://www.academia.edu/654113/The_Impact_of_Gene_Duplication_on_Human_Genome_Evolution

Ihmisten geneettisestä homogeenisuudesta ja siihen liittyen epigeneettisten tekijöiden vaikutuksesta fenotyypin eroihin voit tehdä oman avauksen, koska tuo sivupolku ei suoranaisesti liity käsiteltävään aiheeseen.

”Geeniduplikaatiot ovat suunniteltu mekanismi polyploideille eliöille, kuten kaloille, hyönteisille ja kasveille.”

Mitä tähänkin pitäisi vastata? Geeniduplikaatiot eivät ole millään tavoin riippuvaisia polyploidiasta.

”Olen osoittanut jo yhden mekanismin, jossa epigeneettiset muutokset johtavat geenisekvenssin muutokseen. Termi on englanniksi Base Flip.”

Mitä sinä muka olet osoittanut ja kenelle?

https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_base_flipping

Lopussa esittelemäsi ”teoria” on niin lennokasta mielikuvituksen tuotetta höystettynä todellisilla prosesseilla ja mekanismeilla, ettei siihen voi ottaa mitenkään kiinni. Esitä tieteelliset perusteet mallillesi.
"En oikein ymmärrä mitä haet tällä takaa, mutta tuskinpa ymmärrät itsekään."

Tuon voisi yleistää yleiseksi kysymykseksi biblen tavoitteesta. Välillä on jokseenkin vaikea ymmärtää minkä puolesta bible edes yrittää argumentoida. Asiaa ei helpota yhtään se että mies pelkää keskustelua Raamatusta ja mitä se kertoo, ja toisekseen on kykenemätön ja/tai haluton kertomaan mihin (lähteisiin) kummat teoriansa perustuvat.

On esim. jokseenkin käsittämätöntä miten bible tuntuu samaan aikaan vastustavan kaikkia satunnaisesti tapahtuvia muutoksia, silti jaarittelee loputtomiin miten hienosti suunniteltuja kaikki korjausjärjestelmät ovat (niille satunnaisille muutoksille). Kretulogiikalla hienosti suunniteltu tietokone tallentaisi varmaan kaiken tiedon kaurapuuroksi ja sillä olisi apunaan toinen tietokone, joka yrittäisi tulkita siitä kaurapuurosta mitä sinne olikaan tallennettu, ja sekin toimisi kaurapuurolla.

Esim tämä:

"Voi olla, että geenin emäsjärjestys ei mahdollista vaadittujen aminohappojen valmistusta oikeassa järjestyksessä. Mikäli edellämainitut mekanismit eivät riitä, niin RNA turvautuu geeniduplikaatioon."

Kuulostaa jotensakin yhtä järkevältä kuin että RNA olisi joku tietoinen olio joka miettisi että ei tämä järjestys nyt oikein mene oikein näin, hmm. taidanpa tehdäkin geeniduplikaation ratkaistakseni ongelmani. Tuo on niin lapsellista, kun kaikki nyt oikeasti tietää miten paljon hommaan liittyy sattumaa ja epätarkkuutta, ja bible ainakin jollain tapaa myöntää sen itsekin, niin miksi pitää yrittää vääristellä asioita ikäänkuin sitä sattumaa ja epätarkkuutta ei taas siellä olisikaan? Geeniduplikaatio ilmeisesti kuuluu taas niihin asioihin joita bible ei voi myöntää kopiointivirheeksi.
utti kirjoitti:
"En oikein ymmärrä mitä haet tällä takaa, mutta tuskinpa ymmärrät itsekään."

Tuon voisi yleistää yleiseksi kysymykseksi biblen tavoitteesta. Välillä on jokseenkin vaikea ymmärtää minkä puolesta bible edes yrittää argumentoida. Asiaa ei helpota yhtään se että mies pelkää keskustelua Raamatusta ja mitä se kertoo, ja toisekseen on kykenemätön ja/tai haluton kertomaan mihin (lähteisiin) kummat teoriansa perustuvat.

On esim. jokseenkin käsittämätöntä miten bible tuntuu samaan aikaan vastustavan kaikkia satunnaisesti tapahtuvia muutoksia, silti jaarittelee loputtomiin miten hienosti suunniteltuja kaikki korjausjärjestelmät ovat (niille satunnaisille muutoksille). Kretulogiikalla hienosti suunniteltu tietokone tallentaisi varmaan kaiken tiedon kaurapuuroksi ja sillä olisi apunaan toinen tietokone, joka yrittäisi tulkita siitä kaurapuurosta mitä sinne olikaan tallennettu, ja sekin toimisi kaurapuurolla.

Esim tämä:

"Voi olla, että geenin emäsjärjestys ei mahdollista vaadittujen aminohappojen valmistusta oikeassa järjestyksessä. Mikäli edellämainitut mekanismit eivät riitä, niin RNA turvautuu geeniduplikaatioon."

Kuulostaa jotensakin yhtä järkevältä kuin että RNA olisi joku tietoinen olio joka miettisi että ei tämä järjestys nyt oikein mene oikein näin, hmm. taidanpa tehdäkin geeniduplikaation ratkaistakseni ongelmani. Tuo on niin lapsellista, kun kaikki nyt oikeasti tietää miten paljon hommaan liittyy sattumaa ja epätarkkuutta, ja bible ainakin jollain tapaa myöntää sen itsekin, niin miksi pitää yrittää vääristellä asioita ikäänkuin sitä sattumaa ja epätarkkuutta ei taas siellä olisikaan? Geeniduplikaatio ilmeisesti kuuluu taas niihin asioihin joita bible ei voi myöntää kopiointivirheeksi.
Tarkemmin katsoen bible näemmä myönsikin edellä geeniduplikaatiot kopiointivirheiksi tai jotain:

"Geeniduplikaatiot ovat mielenkiintoinen ilmiö. Lähtökohtaisesti täytyy todeta, että ne ovat yleensä haitallisia, erityisesti nisäkkäillä. Solun korjausjärjestelmät pyrkivät erittäin tehokkaasti ne korjaamaan."

Miksi siis tässä taas piti esittää ikäänkuin RNA päättäisi tehdä sellaisia tavoitteellisesti:

"Mikäli edellämainitut mekanismit eivät riitä, niin RNA turvautuu geeniduplikaatioon."

Eihän tästä kurasta nyt ota taas mitään selvää.
utti kirjoitti:
"En oikein ymmärrä mitä haet tällä takaa, mutta tuskinpa ymmärrät itsekään."

Tuon voisi yleistää yleiseksi kysymykseksi biblen tavoitteesta. Välillä on jokseenkin vaikea ymmärtää minkä puolesta bible edes yrittää argumentoida. Asiaa ei helpota yhtään se että mies pelkää keskustelua Raamatusta ja mitä se kertoo, ja toisekseen on kykenemätön ja/tai haluton kertomaan mihin (lähteisiin) kummat teoriansa perustuvat.

On esim. jokseenkin käsittämätöntä miten bible tuntuu samaan aikaan vastustavan kaikkia satunnaisesti tapahtuvia muutoksia, silti jaarittelee loputtomiin miten hienosti suunniteltuja kaikki korjausjärjestelmät ovat (niille satunnaisille muutoksille). Kretulogiikalla hienosti suunniteltu tietokone tallentaisi varmaan kaiken tiedon kaurapuuroksi ja sillä olisi apunaan toinen tietokone, joka yrittäisi tulkita siitä kaurapuurosta mitä sinne olikaan tallennettu, ja sekin toimisi kaurapuurolla.

Esim tämä:

"Voi olla, että geenin emäsjärjestys ei mahdollista vaadittujen aminohappojen valmistusta oikeassa järjestyksessä. Mikäli edellämainitut mekanismit eivät riitä, niin RNA turvautuu geeniduplikaatioon."

Kuulostaa jotensakin yhtä järkevältä kuin että RNA olisi joku tietoinen olio joka miettisi että ei tämä järjestys nyt oikein mene oikein näin, hmm. taidanpa tehdäkin geeniduplikaation ratkaistakseni ongelmani. Tuo on niin lapsellista, kun kaikki nyt oikeasti tietää miten paljon hommaan liittyy sattumaa ja epätarkkuutta, ja bible ainakin jollain tapaa myöntää sen itsekin, niin miksi pitää yrittää vääristellä asioita ikäänkuin sitä sattumaa ja epätarkkuutta ei taas siellä olisikaan? Geeniduplikaatio ilmeisesti kuuluu taas niihin asioihin joita bible ei voi myöntää kopiointivirheeksi.
”Tuon voisi yleistää yleiseksi kysymykseksi biblen tavoitteesta. Välillä on jokseenkin vaikea ymmärtää minkä puolesta bible edes yrittää argumentoida. Asiaa ei helpota yhtään se että mies pelkää keskustelua Raamatusta ja mitä se kertoo, ja toisekseen on kykenemätön ja/tai haluton kertomaan mihin (lähteisiin) kummat teoriansa perustuvat.”

En minä ainakaan ole ymmärtänyt :)

”On esim. jokseenkin käsittämätöntä miten bible tuntuu samaan aikaan vastustavan kaikkia satunnaisesti tapahtuvia muutoksia, silti jaarittelee loputtomiin miten hienosti suunniteltuja kaikki korjausjärjestelmät ovat (niille satunnaisille muutoksille). Kretulogiikalla hienosti suunniteltu tietokone tallentaisi varmaan kaiken tiedon kaurapuuroksi ja sillä olisi apunaan toinen tietokone, joka yrittäisi tulkita siitä kaurapuurosta mitä sinne olikaan tallennettu, ja sekin toimisi kaurapuurolla.”

Kai hänen mielestään sattumaa on vain niissä haitallisissa muutoksissa, ja kaikki sellaiset hyödylliset muutokset, joita hän ei enää pysty kiistämään, ovatkin yhtäkkiä muuttuneet nerokkaasti suunnitelluiksi mekanismeiksi, vaikka hän olisi niiden olemassaolon kiistänyt suunnilleen vielä edellisenä päivänä.

”Kuulostaa jotensakin yhtä järkevältä kuin että RNA olisi joku tietoinen olio joka miettisi että ei tämä järjestys nyt oikein mene oikein näin, hmm. taidanpa tehdäkin geeniduplikaation ratkaistakseni ongelmani.”

En ylipäätään ymmärrä miksi hän takertuu aina uuteen taikasanaan, kuten viime aikoina RNA:han, ihan kuin RNA:n välittämät prosessit olisivat jotenkin evoluution vastaisia. Duplikaatioiden osalta RNA välitteisyys liittyy ainoastaan retrotranspositioihin ja retropositioihin, ja muut duplikaatioiden meknismit on DNA välitteisiä.
solon1 kirjoitti:
”Tuon voisi yleistää yleiseksi kysymykseksi biblen tavoitteesta. Välillä on jokseenkin vaikea ymmärtää minkä puolesta bible edes yrittää argumentoida. Asiaa ei helpota yhtään se että mies pelkää keskustelua Raamatusta ja mitä se kertoo, ja toisekseen on kykenemätön ja/tai haluton kertomaan mihin (lähteisiin) kummat teoriansa perustuvat.”

En minä ainakaan ole ymmärtänyt :)

”On esim. jokseenkin käsittämätöntä miten bible tuntuu samaan aikaan vastustavan kaikkia satunnaisesti tapahtuvia muutoksia, silti jaarittelee loputtomiin miten hienosti suunniteltuja kaikki korjausjärjestelmät ovat (niille satunnaisille muutoksille). Kretulogiikalla hienosti suunniteltu tietokone tallentaisi varmaan kaiken tiedon kaurapuuroksi ja sillä olisi apunaan toinen tietokone, joka yrittäisi tulkita siitä kaurapuurosta mitä sinne olikaan tallennettu, ja sekin toimisi kaurapuurolla.”

Kai hänen mielestään sattumaa on vain niissä haitallisissa muutoksissa, ja kaikki sellaiset hyödylliset muutokset, joita hän ei enää pysty kiistämään, ovatkin yhtäkkiä muuttuneet nerokkaasti suunnitelluiksi mekanismeiksi, vaikka hän olisi niiden olemassaolon kiistänyt suunnilleen vielä edellisenä päivänä.

”Kuulostaa jotensakin yhtä järkevältä kuin että RNA olisi joku tietoinen olio joka miettisi että ei tämä järjestys nyt oikein mene oikein näin, hmm. taidanpa tehdäkin geeniduplikaation ratkaistakseni ongelmani.”

En ylipäätään ymmärrä miksi hän takertuu aina uuteen taikasanaan, kuten viime aikoina RNA:han, ihan kuin RNA:n välittämät prosessit olisivat jotenkin evoluution vastaisia. Duplikaatioiden osalta RNA välitteisyys liittyy ainoastaan retrotranspositioihin ja retropositioihin, ja muut duplikaatioiden meknismit on DNA välitteisiä.
"Kai hänen mielestään sattumaa on vain niissä haitallisissa muutoksissa, ja kaikki sellaiset hyödylliset muutokset, joita hän ei enää pysty kiistämään, ovatkin yhtäkkiä muuttuneet nerokkaasti suunnitelluiksi mekanismeiksi, vaikka hän olisi niiden olemassaolon kiistänyt suunnilleen vielä edellisenä päivänä."

Jotenkin noinhan se tuntuu menevän. Se on sitä vastaavaa logiikkaa kuin siinä "rakastavassa taivaan isässä", jonka suorittamat massamurhat yritetään aina jotenkin unohtaa tai kääntää jonkun muun vastuulle. Aina pitää olla joku naivi hyvä vs. paha kahtiajako. Nyt sitten ilmeisesti sattumalta paha muutos on mutaatio ja sattumalta hyvä muutos on älykästä suunnittelua. Ja kokonaisuutena tuollaista ajattelua on tapana sanoa älylliseksi epärehellisyydeksi.

"En ylipäätään ymmärrä miksi hän takertuu aina uuteen taikasanaan, kuten viime aikoina RNA:han, ihan kuin RNA:n välittämät prosessit olisivat jotenkin evoluution vastaisia."

Onko RNA jo syrjäyttänyt aiemman suosikin eli CpG-saarekkeet? Nehän oli kait tähän asti kuuminta shittiä, kun jotenkin ne ilmeisesti kumosivat evoluutiota, kun niissä runsaasti tapahtuvat mutaatiot muuttuivatkin ilmeisesti kaikki maagisesti epigeneettisiksi älykkäiksi metylaatioiksi tai jotain.
+Lisää kommentti
Osaako Solon vastata, kuinka suuri ero on originaalin ja dublikaatin välillä. Eli siis montako pistemutaatiota on tarvittu uuden ominaisuuden synnyttämiseen? Entä millaisia ja miten suuria muutoksia tai lisäyksiä on tarvittu kasvun säätelyyn niin että sileä lihas kasvaa oikean muotoisena oikealle paikalleen?
1 VASTAUS:
En käynyt tuota tutkimusta noin yksityiskohtaisesti läpi, enkä tähän väliin ehdi noita tarkistaa, mutta tästä osuudesta löydät todennäköisesti vastaukset kysymyksiisi.

http://www.nature.com/ncomms/2016/160119/ncomms10397/full/ncomms10397.html#methods
+Lisää kommentti
Nostetaanpa tämäkin keskustelu kontrastiksi ROTin jatkuvien valheiden rinnalle. Evoluution mekanismit ja niiden toimivuus ovat tieteellinen fakta. Objektiivisesti havaittu tuhansissa ja tuhansissa tutkimuksissa ja myös kokeellisesti todennettu. Kuten uuden hyödyllisen geneettisen informaation syntyminen geeni duplikaation kautta.
2
Ilmoita

Vastaa alkuperäiseen viestiin

Duplikaatiot ja uudet rakenteet

Palstalla keskustellaan usein geenien duplikaatioista ja siitä, että voivatko nämä duplikaatiot johtaa uusiin funktioihin ja rakenteisiin, eli toimia yhtenä evoluution mekanismeista. Esimerkkejä uusien funktioiden kehittymisestä tällaisella mekanismilla on palstalla annettu runsaasti, ja kasvien osalta myös uusien rakenteiden kehittymisestä. Kreationistit ovat toistuvasti kiistäneet esitetyt havainnot vedoten yleensä siihen, ettei kyse ole todellisuudessa uudesta geneettisestä informaatiosta ja vaikka olisikin, niin ei ainakaan täsmennetystä informaatiosta, jota älykkään suunnittelun kannattajat peräänkuuluttavat.

Näillä William Dembskin puolimatemaattisilla informaatioteorioiden väännöksillä ei ole juuri mitään tekemistä vakiintuneiden käsitteiden, logiikan tai todellisuuden kanssa, mutta en anna sen tässä kirjoituksessa häiritä. Kertaan aluksi hiukan jo aiemmin kirjoittamaani geeniduplikaatioista.

Kreationistit ovat kritisoineet ajatusta siitä, että geenien dupikaatioit voivat tuottaa kvalitatiivisesti uuttaa informaatiota jo 1970-luvulta lähtien, kun Susumu Ohnon kirja Evolution by Gene Duplication oli julkaistu. Päävasta-argumentiksi Kitzmiller v. Dover oikeudenkäynnissä uuden informaation osalta muodostui Meyerin väite, ettei evoluutioteoria sisällä mekanismia, joka selittäisi kuinka duplikaatit voisivat säilyä genomissa riittävän pitkiä aikoja uuden funktion syntyyn.

Tämä sama väite on edelleen se, jota kreationistit peräänkuuluttavat geenien duplikaation ja uusien geenien ja informaation osalta. Vaikka kaikki epäsuorat havainnot ja looginen kokonaisuus viittasikin tämän ongelman mahdollistavien mekanismien olemassaoloon, ei tästä kuitenkaan ollut suoria objektiivisia havaintoja vielä oikeudenkäynnin aikaan. Tämä seikka on herättänyt ehkä eniten pahennusta ID:n kannattajien keskuudessa.

Nykyisin kuitenkin tiedetään jo kolme eri mekanismia, jotka mahdollistavat duplikaattien evoluution, eikä kreationisteilla ole enää todellista syytä kritisoida asiaa. Mutaatiot jotain tiettyä proteiinia koodaavassa geenissä voivat aiheuttaa pleiotropia ilmiön, jolloin sama geeni voi säädellä jossain määrin myös toisen proteiinin tuotantoa. Tällainen ominaisuus voi olla myös hyödyllinen. Jos duplikaatio kohdistuu tällaiseen geeniin, voi syntynyt duplikaatti olla heti positiivisen valinnan kohteena ja syntyä uusi geeni uudella funktiolla. Tämä osoitettiin kokeellisesti vuonna 2012.

”Prior to this study, scientists have relied on more theoretical approaches such as bioinformatics to infer how new genes arise. Now they have demonstrated the evolution of a new gene experimentally. The team published their results on October 19.”

http://www.scientificamerican.com/article/gene-genesis-scientists/

http://www.researchgate.net/publication/232535356_Real-Time_Evolution_of_New_Genes_by_Innovation_Amplification_and_Divergence

Duplikaatin päätyminen suoraan positiivsen valinnan kohteeksi ei kuitenkaan ole kovin yleistä, joten tutkijat ovat jatkaneet mekanismien tutkimista. Viime vuosina on julkaisu ainakin kaksi tutkimusta, joissa on osoitettu kokeellisesti lisää mekanismeja duplikaattien evoluutiolle. Toisessa tutkimuksessa osoitettiin, että geenin duplikaatti sietää maladaptiivisia (haitallisia) mutaatiota alkuperäisiä geenejä paremmin.

"The mechanism resolving the conflict between sister genes and their apparent evolutionary instability had remained a mystery for decades, but we have now cracked this latest part of the genetic code."

http://genome.cshlp.org/content/24/11/1830

Ja toinen tutkimus käsitteli yhtä erään tämän palstan kirjoittajan rakastamaa epigeneettistä tekijää eli DNA:n metylaatiota, joka voi suojata juuri kahdentuneita geenejä luonnonvalinnalta, jolloin alkuperäisen jatkaessa toimintaa metyloitunut uusi geeni voi säilyä suojassa odottaen hyödyllisiä mutaatioita ja saada uuden funktion.

”We show that a common heritable epigenetic modifier, DNA methylation, plays an important role in duplicate gene evolution. DNA methylation clearly distinguishes young and old duplicates, and the differences in DNA methylation of duplicate genes are associated with functional differences in expression. Remarkably, for a majority of duplicate gene pairs, a specific duplicate partner is consistently hypo- or hypermethylated across highly divergent tissues. Our results indicate that epigenetic modifications are intimately involved in the regulation and maintenance of duplicate genes.”

http://www.pnas.org/content/111/16/5932.full

Kuten siis huomaamme, niin useita duplikaattien evoluutiomekanismeja on osoitettu kokeellisesti toimiviksi, mutta voivatko ne olla uusien funktioiden lisäksi myös kvalitatiivisesti uutta täsmennettyä informaatiota vaativien uusien rakenteiden kehittymisen taustalla, jota kreationistit ovat pitäneet mahdottomana? Vastaus on kyllä.

Jatkuu

5000 merkkiä jäljellä

Rekisteröidy, jos haluat käyttää nimimerkkiä.

Peruuta