Molekyylikello

Molekyylikellon tomintaperiaate nojaa oletukseen,että kokonais mutaatioiden määrä on suhteellisen vakio ja niiden paikallistuminen genomissa "satunnainen tai siltä vaikuttava".
Mutaatioita tapahtuuoletuksen mukaan myösniin paljon,että "keskiarvo" nousee esiin.
(tämä on tilastollinen ilmiö:mitä enemmänheitetäännoppia,sen lähemmäs tulos todennäköisesti noudattaa 3.5*noppien määrää.)
Mutaatiokellon ensimmäinen ongelma on luonnonvalinta,joka karsii mutaatioita,joten on löydettävä jokin osa,johon luonnonvalinta ei vaikuta. Näitä ovat "tilke-DNA" alueet jotka eivät koodaa ominaisuutta.

Useampien eläinten ja kasvien DNA:ssa on suurehko määrä materiaalia, jolla ei ole tunnettu geneettinen rooli. Ihmisen tapauksessa tämä "roska-DNA:n" eli tilke-DNA:n osuus on peräti 97%. Tämä prosenttimäärä vaihtelee suuresti eri, myös toisille lähellä olevien, lajien välillä. Mutaatiot näissä alueissa ovat aina neutraaleja ja näihin ei kohdistu ns. selektiivinen paine. Siksi ne ovat sopivia ns. "molekyylikelloja", joiden avulla eri lajien geneettiset etäisyydet voidaan mitata.

Aina on kuitenkaan oltava varovainen. Se, että emme tiedä, jonkin DNA-alueen käyttötarkoitus, ei välttämättä merkitse, että sellaista ei olisi olemassa. Viime aikoina on löytynyt esimerkkejä tästä juuri roska-DNA:n joukosta. Silloin molekyylikellon käytön edellytykset eivät täyty.
Siksi toimimattomat geenit,"plagioidut virheet" ovat hyviä:esim ihmisen C-vitamiinia valmistava geeni on sammunut,joten sitä voidaan käyttää mutaatiokellona.

Mutaatiokello nojaa "sattumaan tai siltä vaikuttavaan seikkaan" samaan tapaan kuin esim. ihmisen aivoissa tiittävä vuorokausikello(joka luo vuorokausirytmin). Sisäinen kello on suht. vakio,vaikka se nojaa kaaokseen.

"Kukin molekyylikello (DNA-alue) käy omaa tahtiaan. Ilman evoluutio-oletusta niistä ei ole mitään iloa, eikä paljoa sen kanssakaan."

No vaikka näin olisi, niin sukusolujen genomin tiettyihin kohtiin aikoinaan integroituneiden virusten (endogeeniset retrovirukset) avulla saadaan selvitettyä eri lajien todellinen sukulaisuus kiistattomasti. Retroviruksien jäänteiden avulla saataisiin selvitettyä myös kansojen välisiä sukulaisuussuhteita.

1.Jotkin virukset, kuten HIV, pystyvät siirtymään osaksi isäntänsä DNA:ta tunkeuduttuaan soluun. Jos DNA:ksi käännetty paketti sattuu huonoon kohtaan genomia, solu ei ala viruksen alkuperäisen suunnitelman mukaisesti valmistamaan lisää viruksia, vaan sen sijaan virus jää staattisena osaksi isäntäsolunsa genomia. Jos tämä tapahtuu sukusolussa, jälkeläinen perii sen.

2.Koska ihmisgenomi on huikean suuri (n. 3 miljardia emäsparia), on täsmälleen samasta kohdasta löytyvä retroviruksen jäänne todiste yhteisestä esi-isästä. Olisi esim. äärimmäisen epätodennäköistä, että 7 samassa lokuksessa olevaa endogeenistä retrovirusta löytyisi ihmisiltä, joiden esi-isille nämä kaikki ovat samoihin lokuksiin erikseen tulleet. Siksi täytyy olettaa, että näillä ihmisillä on yhteinen esi-isä.

3.Kreationisteille ongelma on siinä, että esim. ihmiseltä ja simpanssilta on löydetty yli 7 yhteistä endogeenistä retrovirusta, ja lisää tulee tarkemman sekvenssoinnin ansiosta löytymään.

Tässä kuva, jossa näkyy suhteellinen aika, jolloin virusten integroitumisen genomiin on tapahtunut eli samat jäänteet löytyvät nuolikohdissa eläneiden kädellisten jälkeläisiltä (oikealla mentäessä):
http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/images/retrovirus.gif

Kreationistit eivät pysty selittämään asiaa loogisesti, vaan turvautuvat, kuten aina, mystiseen Goddidit:iin.

"4. Maybe the Lord inserted those similarities for a reason we do not understand. They could even have been inserted as tests of our faith. The Lord does not force any to believe, but gives opportunity to doubt for those who are seeking it.

5. Another possibility is that the Lord, when he cursed Adam and Eve after the fall, also cursed all life by introducing errors into the DNA. One could expect that similar species were cursed in a similar way, out of fairness."

sivulta
http://www.cs.unc.edu/~plaisted/ce/junk.html


Sivulla http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/section4.html asiaa puidaan melko syvällisesti.

Empiristi kirjoitti:

"Kukin molekyylikello (DNA-alue) käy omaa tahtiaan. Ilman evoluutio-oletusta niistä ei ole mitään iloa, eikä paljoa sen kanssakaan."

No vaikka näin olisi, niin sukusolujen genomin tiettyihin kohtiin aikoinaan integroituneiden virusten (endogeeniset retrovirukset) avulla saadaan selvitettyä eri lajien todellinen sukulaisuus kiistattomasti. Retroviruksien jäänteiden avulla saataisiin selvitettyä myös kansojen välisiä sukulaisuussuhteita.

1.Jotkin virukset, kuten HIV, pystyvät siirtymään osaksi isäntänsä DNA:ta tunkeuduttuaan soluun. Jos DNA:ksi käännetty paketti sattuu huonoon kohtaan genomia, solu ei ala viruksen alkuperäisen suunnitelman mukaisesti valmistamaan lisää viruksia, vaan sen sijaan virus jää staattisena osaksi isäntäsolunsa genomia. Jos tämä tapahtuu sukusolussa, jälkeläinen perii sen.

2.Koska ihmisgenomi on huikean suuri (n. 3 miljardia emäsparia), on täsmälleen samasta kohdasta löytyvä retroviruksen jäänne todiste yhteisestä esi-isästä. Olisi esim. äärimmäisen epätodennäköistä, että 7 samassa lokuksessa olevaa endogeenistä retrovirusta löytyisi ihmisiltä, joiden esi-isille nämä kaikki ovat samoihin lokuksiin erikseen tulleet. Siksi täytyy olettaa, että näillä ihmisillä on yhteinen esi-isä.

3.Kreationisteille ongelma on siinä, että esim. ihmiseltä ja simpanssilta on löydetty yli 7 yhteistä endogeenistä retrovirusta, ja lisää tulee tarkemman sekvenssoinnin ansiosta löytymään.

Tässä kuva, jossa näkyy suhteellinen aika, jolloin virusten integroitumisen genomiin on tapahtunut eli samat jäänteet löytyvät nuolikohdissa eläneiden kädellisten jälkeläisiltä (oikealla mentäessä):
http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/images/retrovirus.gif

Kreationistit eivät pysty selittämään asiaa loogisesti, vaan turvautuvat, kuten aina, mystiseen Goddidit:iin.

"4. Maybe the Lord inserted those similarities for a reason we do not understand. They could even have been inserted as tests of our faith. The Lord does not force any to believe, but gives opportunity to doubt for those who are seeking it.

5. Another possibility is that the Lord, when he cursed Adam and Eve after the fall, also cursed all life by introducing errors into the DNA. One could expect that similar species were cursed in a similar way, out of fairness."

sivulta
http://www.cs.unc.edu/~plaisted/ce/junk.html


Sivulla http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/section4.html asiaa puidaan melko syvällisesti.

Lue lisää

Muuten voisimme mm. C-vitamiiniromugeenistämme kysyä,että "toistaako Herra samoja virheitä".
Koska geeni on "sammunut" samasta paikkaa genomia.

PS.
Miksi Jumala on laittanut geeneille suunnilleen saman lokuksen?
Ymmärrän melkein,että "samankaltaisessa ohjelmassa samat geenit",mutta geenin lokuksella ei ole väliä(todiste:GM manipuloidut eliöt elävät ja siirretyt geenit toimivat,vaikka niitä ei voida laittaa tiettyyn lokukseen.)
Eli Jumala laittaa geenit samaan järjestykseen,-myös "virheelliset" osat,kuten mikrotransposonit ja sammuneet geenit.
Tavalla joka luo "sukupuita" jotka yhteensopivat niin ulkonäöllisten kuin fossiiliaineiston kanssa.(jos joillain läheisiä välimuotofossiileita,niin genomit samankaltaisempia. >Todistaa muustakin kuin pelkästä ulkonäköyhteydestä.)
Jos Herra ei halua testata uskoamme,niin mitä sitten oikein ajaa takaa tällä?
Emme voi tietää->Kreationistilogiikalla vastausta ei ole(vrt. IC.)

Empiristi kirjoitti:

"Kukin molekyylikello (DNA-alue) käy omaa tahtiaan. Ilman evoluutio-oletusta niistä ei ole mitään iloa, eikä paljoa sen kanssakaan."

No vaikka näin olisi, niin sukusolujen genomin tiettyihin kohtiin aikoinaan integroituneiden virusten (endogeeniset retrovirukset) avulla saadaan selvitettyä eri lajien todellinen sukulaisuus kiistattomasti. Retroviruksien jäänteiden avulla saataisiin selvitettyä myös kansojen välisiä sukulaisuussuhteita.

1.Jotkin virukset, kuten HIV, pystyvät siirtymään osaksi isäntänsä DNA:ta tunkeuduttuaan soluun. Jos DNA:ksi käännetty paketti sattuu huonoon kohtaan genomia, solu ei ala viruksen alkuperäisen suunnitelman mukaisesti valmistamaan lisää viruksia, vaan sen sijaan virus jää staattisena osaksi isäntäsolunsa genomia. Jos tämä tapahtuu sukusolussa, jälkeläinen perii sen.

2.Koska ihmisgenomi on huikean suuri (n. 3 miljardia emäsparia), on täsmälleen samasta kohdasta löytyvä retroviruksen jäänne todiste yhteisestä esi-isästä. Olisi esim. äärimmäisen epätodennäköistä, että 7 samassa lokuksessa olevaa endogeenistä retrovirusta löytyisi ihmisiltä, joiden esi-isille nämä kaikki ovat samoihin lokuksiin erikseen tulleet. Siksi täytyy olettaa, että näillä ihmisillä on yhteinen esi-isä.

3.Kreationisteille ongelma on siinä, että esim. ihmiseltä ja simpanssilta on löydetty yli 7 yhteistä endogeenistä retrovirusta, ja lisää tulee tarkemman sekvenssoinnin ansiosta löytymään.

Tässä kuva, jossa näkyy suhteellinen aika, jolloin virusten integroitumisen genomiin on tapahtunut eli samat jäänteet löytyvät nuolikohdissa eläneiden kädellisten jälkeläisiltä (oikealla mentäessä):
http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/images/retrovirus.gif

Kreationistit eivät pysty selittämään asiaa loogisesti, vaan turvautuvat, kuten aina, mystiseen Goddidit:iin.

"4. Maybe the Lord inserted those similarities for a reason we do not understand. They could even have been inserted as tests of our faith. The Lord does not force any to believe, but gives opportunity to doubt for those who are seeking it.

5. Another possibility is that the Lord, when he cursed Adam and Eve after the fall, also cursed all life by introducing errors into the DNA. One could expect that similar species were cursed in a similar way, out of fairness."

sivulta
http://www.cs.unc.edu/~plaisted/ce/junk.html


Sivulla http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/section4.html asiaa puidaan melko syvällisesti.

Lue lisää

Geenien analyysillä saadaan sukulaisuutta selvitettyä.
Jos Aatamista ja Eevasta lähtöisin,ei voitaisi sukulaisuutta niin hyvin havainnoida. Tai sitten mutaatioita tulee siihen tahtiin,että mutaatiokello saadaan toimimaan...

Empiristi kirjoitti:

"Kukin molekyylikello (DNA-alue) käy omaa tahtiaan. Ilman evoluutio-oletusta niistä ei ole mitään iloa, eikä paljoa sen kanssakaan."

No vaikka näin olisi, niin sukusolujen genomin tiettyihin kohtiin aikoinaan integroituneiden virusten (endogeeniset retrovirukset) avulla saadaan selvitettyä eri lajien todellinen sukulaisuus kiistattomasti. Retroviruksien jäänteiden avulla saataisiin selvitettyä myös kansojen välisiä sukulaisuussuhteita.

1.Jotkin virukset, kuten HIV, pystyvät siirtymään osaksi isäntänsä DNA:ta tunkeuduttuaan soluun. Jos DNA:ksi käännetty paketti sattuu huonoon kohtaan genomia, solu ei ala viruksen alkuperäisen suunnitelman mukaisesti valmistamaan lisää viruksia, vaan sen sijaan virus jää staattisena osaksi isäntäsolunsa genomia. Jos tämä tapahtuu sukusolussa, jälkeläinen perii sen.

2.Koska ihmisgenomi on huikean suuri (n. 3 miljardia emäsparia), on täsmälleen samasta kohdasta löytyvä retroviruksen jäänne todiste yhteisestä esi-isästä. Olisi esim. äärimmäisen epätodennäköistä, että 7 samassa lokuksessa olevaa endogeenistä retrovirusta löytyisi ihmisiltä, joiden esi-isille nämä kaikki ovat samoihin lokuksiin erikseen tulleet. Siksi täytyy olettaa, että näillä ihmisillä on yhteinen esi-isä.

3.Kreationisteille ongelma on siinä, että esim. ihmiseltä ja simpanssilta on löydetty yli 7 yhteistä endogeenistä retrovirusta, ja lisää tulee tarkemman sekvenssoinnin ansiosta löytymään.

Tässä kuva, jossa näkyy suhteellinen aika, jolloin virusten integroitumisen genomiin on tapahtunut eli samat jäänteet löytyvät nuolikohdissa eläneiden kädellisten jälkeläisiltä (oikealla mentäessä):
http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/images/retrovirus.gif

Kreationistit eivät pysty selittämään asiaa loogisesti, vaan turvautuvat, kuten aina, mystiseen Goddidit:iin.

"4. Maybe the Lord inserted those similarities for a reason we do not understand. They could even have been inserted as tests of our faith. The Lord does not force any to believe, but gives opportunity to doubt for those who are seeking it.

5. Another possibility is that the Lord, when he cursed Adam and Eve after the fall, also cursed all life by introducing errors into the DNA. One could expect that similar species were cursed in a similar way, out of fairness."

sivulta
http://www.cs.unc.edu/~plaisted/ce/junk.html


Sivulla http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/section4.html asiaa puidaan melko syvällisesti.

Lue lisää

Empiristi:[2.Koska ihmisgenomi on huikean suuri (n. 3 miljardia emäsparia), on täsmälleen samasta kohdasta löytyvä retroviruksen jäänne todiste yhteisestä esi-isästä. Olisi esim. äärimmäisen epätodennäköistä, että 7 samassa lokuksessa olevaa endogeenistä retrovirusta löytyisi ihmisiltä, joiden esi-isille nämä kaikki ovat samoihin lokuksiin erikseen tulleet.]
Päätelmä nojautunee siihen oletukseen, että retrovirusten sijainti paikka genomissa on satunnaisesti valittu. Jos niillä onkin (en tiedä asiaa, sorry, oletus vain) jokin mekanismi, joka suosii tietynlaisia ympäristöjä/alueita genomissa, tuo oletus ei sitten enää pädekään.

Minulla olisi yksi molekyylikellon testausidea: pitää löytää muodollisesti muuttumaton pari eläviä fossiileja (sanotaan keuhkokala ja varsieväinen). Sitten verrataan niiden keskinäisiä eroja ja joitakin niiden oletettuja jälkeläislajeja (lintuja, sammakoita, kirahveja jne). Jos kellot on käyneet tasaisesti, on niillä kaikilla joitakin samanverran muuntuneita (ts. yhtä kaukana "keskipisteestä" olevia) DNA-alueita. Ainakaan kello ei ole voinut käydä pitempään myöhemmin eronneissa ryhmissä (linnut ja kirahvit) kuin keuhkokalat ja varsieväiset.
Tosin epäilen, ettei yhtään sopivaa kelloa löydetä, vaan kukin "säädetään" oletetun jakaantumisajankohdan yms. mukaisesti.

Neutraalimutaatioteoria viittaa molekyylikelloihin, mutta sehän ei taidakaan pitää paikkaansa yleisesti.

squirrel kirjoitti:

Muuten voisimme mm. C-vitamiiniromugeenistämme kysyä,että "toistaako Herra samoja virheitä".
Koska geeni on "sammunut" samasta paikkaa genomia.

PS.
Miksi Jumala on laittanut geeneille suunnilleen saman lokuksen?
Ymmärrän melkein,että "samankaltaisessa ohjelmassa samat geenit",mutta geenin lokuksella ei ole väliä(todiste:GM manipuloidut eliöt elävät ja siirretyt geenit toimivat,vaikka niitä ei voida laittaa tiettyyn lokukseen.)
Eli Jumala laittaa geenit samaan järjestykseen,-myös "virheelliset" osat,kuten mikrotransposonit ja sammuneet geenit.
Tavalla joka luo "sukupuita" jotka yhteensopivat niin ulkonäöllisten kuin fossiiliaineiston kanssa.(jos joillain läheisiä välimuotofossiileita,niin genomit samankaltaisempia. >Todistaa muustakin kuin pelkästä ulkonäköyhteydestä.)
Jos Herra ei halua testata uskoamme,niin mitä sitten oikein ajaa takaa tällä?
Emme voi tietää->Kreationistilogiikalla vastausta ei ole(vrt. IC.)

Lue lisää

Squirrel:[...mutta geenin lokuksella ei ole väliä...]
Ainakin tuossa ID-tilaisuudessa TKK:lla esitettiin eri tietoa. Geenin aktiivisuus riippuu sen etäisyydestä kiasmasta tai jostakin vastaavasta pisteestä. Kyse oli evoluutioajattelusta puhdistetusta tiedosta, joten luotan toistaiseksi enemmän siihen kuin sinun evoluutioajattelun turmelemaan tietoosi. Mutta minulla on vara vaihtaa kantaani. En ole tässä omalla alallani.