Kyselyikä jatkuu; tällä kertaa mielessä pyörii geenien siirto. Jos vain joku jaksaisi taas valistaa.
Restriktioentsyymit ovat alkujaan bakteerien puolustuskeino viruksia vastaan pilkkoen hyökkäävän DNA:n vaarattomaksi. Restriktioentsyymit voivat katkaista DNA:n vain tietyn nukleotidisekvenssin kohdalta (esim. GGCC). Miten niillä siis voi leikata hallitusti geenejä irti DNA-rihmasta? Eikö r-entsymit ennemminkin hajóttaisi perintöaineksen ja geenit epämääräisen pituisiksi kappaleiksi katkaistessaan DNA:n jokaisesta vastaan tulevasta GGCC-"katkaisujaksosta", jollaisia yhdessä geenissä lienee useita?
Entä miten puolestaan vektorit lisäävät siirrettävän DNA:n kohteen perintöaineeseen, kun kyseessä on ei-bakteerisolu, joka ei voi käyttää plasmideja? Miten estetään siirrättävää geeniä tuhoamasta alkuperäistä perintöainesta? Lisätäänkö siirtogeeni vain kromosomien loppuun? (Ja millä perusteella tämä kromosomi valikoituu kaikista solun kromosomeista?)
Restriktioentsyymit ovat alkujaan bakteerien puolustuskeino viruksia vastaan pilkkoen hyökkäävän DNA:n vaarattomaksi. Restriktioentsyymit voivat katkaista DNA:n vain tietyn nukleotidisekvenssin kohdalta (esim. GGCC). Miten niillä siis voi leikata hallitusti geenejä irti DNA-rihmasta? Eikö r-entsymit ennemminkin hajóttaisi perintöaineksen ja geenit epämääräisen pituisiksi kappaleiksi katkaistessaan DNA:n jokaisesta vastaan tulevasta GGCC-"katkaisujaksosta", jollaisia yhdessä geenissä lienee useita?
Entä miten puolestaan vektorit lisäävät siirrettävän DNA:n kohteen perintöaineeseen, kun kyseessä on ei-bakteerisolu, joka ei voi käyttää plasmideja? Miten estetään siirrättävää geeniä tuhoamasta alkuperäistä perintöainesta? Lisätäänkö siirtogeeni vain kromosomien loppuun? (Ja millä perusteella tämä kromosomi valikoituu kaikista solun kromosomeista?)
Vastaukset 1
Vanhimmat
"...Miten niillä siis voi leikata hallitusti geenejä irti DNA-rihmasta? Eikö r-entsymit ennemminkin hajóttaisi perintöaineksen ja geenit epämääräisen pituisiksi kappaleiksi katkaistessaan DNA:n jokaisesta vastaan tulevasta GGCC-"katkaisujaksosta", jollaisia yhdessä geenissä lienee useita?"
Olet ymmärtänyt asian periaatteessa oikein, mutta havaitsemasi ongelmat voidaan kuitenkin kiertää parillakin eri tavalla.
GGCC-sekvenssejä löytyy DNA:sta keskimäärin 256 emäsparin välein (=4^4), mutta jos käytetään 6 emäsparia (GGATCC) tunnistavaa entsyymiä, tulee keskimääräiseksi katkaisuväliksi 4096 emäsparia (=4^6), mikä voi riittää yksittäisten geenien säilymiseen kokonaisina.
Toinen tapa on tehdä GGCC-sekvenssin tunnistavalla entsyymillä osittaisdigestio, mikä tarkoittaa sitä että entsyymi ei "ehdi" katkaista kaikkia tunnistuskohtiaan reaktion aikana. Näin käsitellystä DNA:sta saadaan monia eripituisia kappaleita, joista voidaan eristää halutun pituiset pätkät jatkokäsittelyihin (analysointi, kloonaukset yms).
"Entä miten puolestaan vektorit lisäävät siirrettävän DNA:n kohteen perintöaineeseen, kun kyseessä on ei-bakteerisolu, joka ei voi käyttää plasmideja?"
Käsittääkseni geenisiirrot ei-bakteerisoluihin tehdään nykyisin useimmiten homologisen rekombinaation avulla (korjatkaa jos olen väärässä). Siirrettävän geenin molemmille puolille lisätään DNA-sekvenssiä, jolle löytyy identtinen alue isäntäsolun DNA:sta. Kun tällainen DNA-pätkä saadaan solun (tuman) sisälle, se voi liittyä osaksi isäntäsolun genomia.
Pari linkkiä, joissa asia selitetään hieman tarkemmin
http://en.wikipedia.org/wiki/Homologous_recombination
http://en.wikipedia.org/wiki/Gene_targeting
"Miten estetään siirrättävää geeniä tuhoamasta alkuperäistä perintöainesta?"
Käyttämällä tekniikoita, joilla DNA saadaan liittymään tarkalleen haluttuun kohtaan genomia tai varmistamalla geeninsiirron jälkeen geenin sijainti genomissa.
"Lisätäänkö siirtogeeni vain kromosomien loppuun?"
Kromosomia ei lueta kuin kirjaa, eikä sen loppuun voi liittää "lisäsivuja". Geeni liitetään sellaiseen paikkaan, missä se ei häiritse muiden geenien toimintaa.