solon1

Vapaa kuvaus

Aloituksia

273

Kommenttia

2386

  1. "Sinun+tulisi+muuten+pikku+hiljaa+ottaa+yhteyttä+yliopistoihin,+sillä+tietääkseni+Solon+on+opiskellut+bilsaa+jo+monta+vuotta+eikä+silti+näköjään+osaa+vielä+alkeitakaan."Itse+asiassa+juuri+valmistuin,+mutta+jatko-opnnot+näyttäisivät+olevan+edessä,+ja+aiemmin+aihetta+on+tullut+harrastettua+parisenkymmentä+vuotta,+vaikka+edellinen+koulutus+ja+ammatti+ovatkin+toiselta+alalta.+Kokonaisuutena+pitäisin+aika+huolestuttavana,+jos+en+edes+alkeita+ymmärrä,+kuten+ROT+jatkuvasti+väittää.
  2. ”Höpöhöpö.+Ihmisen+ja+simpanssin+pitkät+koodaamattomat+RNA-molekyylit+ovat+vain+alle+30-prosenttisesti+yhteneviä.+Niiden+tehtävänä+on+mm.+asettaa+ominaisuudet+paikoilleen+alkionkehityksessä,+eli+ne+vastaavat+mm.+morfologiasta.”Olen+jo+kertonut+sinulle,+että+se+lncRNA-transkriptien+29,8%+yhteneväisyys+riippuu+tarkastelutavasta.+Tuossa+käytettiin+uutta+etsimistyökalua,+slncky,+joka+kykenee+automaattisesti+tunnistamaan+ja+poistamaan+esim.+bona+fide+lncRNA:t,+kääntämättömät+alueet+(UTR),+pseudogeenit,+geeniduplikaatit+ja+tietyt+spesifit+koodaavat+geeniperheet,+kuten+sinkkisormiproteiineja+koodaavat+alueet.+Nämä+alueet+voivat+sekoittuvat+homologian+takia+perinteisillä+menetelmillä+lncRNA:han,+ja+epätarkka+karsinta+on+jouduttu+suorittamaan+manuaalisesti.+Uusi+menetelmä+on+paljon+herkempi,+ja+kyseisessä+tutkimuksessa+laskettiin+vain+>+95%:n+sekvenssihomologian+saavuttaneet+monieksoniset+lncRNA:t,+jolloin+vastaatuus+rinnastuksessa+ihmisen+ja+simpanssin+välillä+oli+29,8%.+Vanhalla+menetelmällä+tutkittuna+homologisia+sekvenssejä+ihmisen+ja+simpanssin+kesken+löytyi+rinnastuksessa+72%,+kun+vertailtiin+monieksonista+lncRNA:ta.+Ja+kun+sinä+tykkäät+käyttää+tätä+todistamaan+sian+olevan+samankalaisempi+meidän+kanssamme+kuin+simanpanssi,+niin+minisian+tapauksessa+etsittiin+synteniaa+ja+sekvenssihomologiaa+nimenomaan+sillä+vanhalla+RNA-sekvensoinnilla+monieksonisesta+lncRNA:sta+rinnastaen+sekvenssejä.+Tällä+menetelmällä+vastaavuudeksi+saatiin+57%+ja+samalla+menetelmällä+siis+simpanssin+kanssa+72%.Edelleenkään+lncRNA:n+tehtävänä+ei+ole+asettaa+ominaisuuksia+paikoilleen+alkionkehityksessä,+vaan+sillä+on+lukuisia+muita+funktioita+esim.+alkionkehityksen+geenien+ilmentymisen+säätelyssä+ja+solujen+erilaistumisessa.+Mitä+edes+tarkoittaa+ominaisuuksien+paikoilleen+asettaminen?+Kuvitteletko+että+siemennesteen+eksosomeissa+kulkeutuu+spesifejä+lncRNA-transkriptejä,+jotka+sitoutuvat+tiettyyn+kohtaan+tsygootin+genomia+ja+ilmenevät+sitten+myöhemmin+tiettynä+fenotyyppinä,+kuten+esim.+ruskeana+hiustenvärinä?+Jos+näin+on,+niin+uneksi+lisää+vaikka+Kellokoskella.
  3. ”Tuskin+Burgio+uskaltaa+vastustaa+evoluutioteoriaa,+pyhää+lehmää.+Akateeminen+kuristusote+pitää+siitä+huolta.”Evolutiivinen+lääketiede,+jota+Burgio+edustaa,+tarvitsee+ehdottomasti+myös+epigenetiikkaa+täydentääkseen+ymmärrystä+kokonaiskuvasta+sairauksien+synnyn+ja+alkuperän+taustalla,+mutta+se+ei+ole+millään+tavalla+evoluutioteorian+vastaista.+Etkö+ymmärrä,+että+on+moraalisesti+täysin+väärin+väittää+tuollaista+hänestä?”Tärkeintä+on+kuitenkin+ymmärtää+DNA:n+luonne+informaatiovarastona,+jota+solu+käyttää+RNA-tuotteiden+valmistukseen.”Lapsellisen+suppea+on+käsityksesi+DNA:n+luonteesta+ja+roolista+[1].+Jos+kuitenkin+leikimme,+että+DNA:n+ainoa+rooli+on+toimia+passiivisena+informaatiovarastona+toiminnalliselle+RNA:lle,+niin+miten+selität+sen+että+DNA:sta+transkriptiodaan+vain+n.+76%?+Jos+nyt+unohdetaan+se+tosiasia,+että+syntyvistä+transkripteistä+suuri+osa+on+toimimattomia,+niin+sinullekin+jää+selitettävää+tuolle+24%:lle+DNA:sta,+jota+ei+transkriptioida+RNA:ksi.+Sinun+mukaasi+genomissa+ei+ole+roskaa,+mutta+toisaalta+sinun+mukaasi+DNA:n+ainoa+tehtävä+on+toimia+informaatiovarastona+toiminnallisen+RNA:n+valmistuksessa,+joten+miten+selität+tämän+ristiriidan?+Mitä+tekee+se+24%+DNA:sta?[1]+https://en.wikipedia.org/wiki/DNA#Biological_functions”Koska+kaikki+muutokset+DNA:ssa+menevät+epigenomin+kautta,+niin+on+vain+tutkittava+käytännön+havaintoja+siitä,+onko+evoluutiolle+mekanismia.”Näin+ei+todellisuudessa+ole.+Stokastiset+prosessit+aiheuttavat+suuremman+osan+muutoksista+sekä+genomiin+että+epigenomiin,+kuin+suorat+ympäristötekijöiden+vaikutukset+niihin.+Evoluutiolle+on+lukuisia+erilaisia+mekanismeja,+kuten+esim.+minä+olen+satoja+kertoja+sinulle+esitellyt,+mutta+niiden+esittely+on+sinulle+täysin+hyödytöntä+lukuisista+syistä.+Tässä+on+esimerkkejä+rakenteellisen+ja+toiminnallisen+monimutkaisuuden+lisääntymisestä+geneettisten+muutosten+aikaansaaman+uuden+informaation+kautta+[2,3,4,5].+Se+on+nähty+jo+tarpeeksi+monta+kertaa,+ettet+osaa+niihin+mitään+älyllistä+vastata.[2]+https://www.nature.com/articles/ncomms10397[3]+https://www.nature.com/articles/s41598-017-07385-4[4]+https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1534580715005195[5]+https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-016-0683-3”Ja+kaikki+mitä+olen+jo+näyttänyt+tälläkin+palstalla,+osoittaa+ainoastaan+sitä,+että+geneettinen+rappeutuminen+on+tieteellinen+fakta+kaikilla+eliölajeilla.”Et+ole+mitään+tällaista+osoittanut.+Olet+esitellyt+vain+omaa+ymmärtämättömyyttäsi+ja+kognitiivisia+vinoumiasi.”Tätä+tuskin+solon+ymmärtää,+koska+luulee,+että+RNA+on+DNA:n+kopio.+Perusasiat+kun+ovat+noin+hukassa,+niin+miten+hän+kykenisi+ymmärtämään+biologisen+informaation+todellisesta+luonteesta+yhtään+mitään.”Eihän+tämä+ole+enää+todellista,+sillä+viimeksi+eilen+kommentoin+tätä:”Aiotko+toistaa+tätä+samaa+kymmenissä+seuraavissa+viesteissä,+kuten+teit+RNA-geenien+kohdalla?+Kukaan+ei+ole+varmaan+1950-luvun+jälkeen+kuvitellut,+että+DNA+yksin+pyörittäisi+koko+orkesteria,+joten+miksi+pieksät+tällaista+kummallista+olkiukkoa?+Jos+epigenetiikan+alle+lasketaan+kaikki+funktionaalisesti+relevantit+muutokset+genomissa,+mitkä+eivät+muuta+itse+nukleotidisekvenssiä,+niin+tietenkin+epigeneettiset+tekijät+liittyvät+kaikkiin+mainitsemiini+tekijöihin,+mutta+mitä+siitä?+DNA:n+informaatio+on+edelleen+siellä+pohjalla.””Tuon+kun+yhdistää+väitteeseen,+etten+ymmärtäisi+miten+mRNA+rakentuu+on+niin+tyylipuhdas+ad+hominem+kuin+olla+ja+voi.+Siinä+keskustelussa+kerroin,+että+mRNA:t+rakentuvat+DNA:n+informaation+ohjaamina,+vaikka+prosessit+eivät+aina+olekaan+mitenkään+suoraviivaisia.+Tämä+tarkoittaa+sitä,+että+vaikka+esi-mRNA:ta+voidaan+modifioida+vaihtoehtoisessa+silmukoinnissa+esim.+eksonin+ohituksella,+intronin+säilyttämisellä,+vaihtoehtoisella+5´silmukointikohdalla,+vaihtoehtoisella+3´silmukointikohdalla+tai+vastavuoroisesti+toisensa+poissulkevien+eksonien+muodossa+ja+koodaavaan+alueen+5´päähän+lisätään+5´hattu+ja+3´päähän+poly-A-häntä,+niin+silti+kypsän+mRNA:n+funktionaalinen+informaatio+rakentuu+pääosin+siitä+geenin+DNA:sta.””Ja+siinä+keskustelussa+kirjoitin+ensin+nimenomaan+SE-geeneistä+(yhden+eksonin+geeneistä),+jotka+eivät+käy+lävitse+RNA-silmukointia,+ja+hyvin+harvoin+vaihtoehtoisia+5´+ja+3´+päiden+silmukointikohtia,+eli+se+kypsä+mRNA+kopioituu+käytännössä+suoraan+sen+ainoan+eksonin+DNA:n+emäsjärjestyksestä.+Ylipäätään+keskustelu+käytiin+post-transkriptionaalisesta+modifioinnista,+niin+luulisi+asiasta+jotain+ymmärtävän+tietävän+sen+automaattisesti+tarkoittavan+esi-mRNA:n+modifiointia+kypsäksi+mRNA:ksi.”Olet+yksinkertaisesti+hyvin+epärehellinen+yksilö.
  4. Ja+lisätään+tuohon+vielä+yksi+lainaus.”DNA+sisältää+lyhyesti+ilmaistuna+koko+ihmislajin+”geneettisen+ohjelman”+ja+tiettyjä+yksilöllisiä,+ilmiasua+määrittäviä+erityispiirteitä.+Tämän+lisäksi+meillä+on+toinen+muisti,+proteiinirakenteisten+histonien+ja+entsyymien,+pienten+signaalimolekyylien+ja+mikroRNA:n+muodostama+järjestelmä,+joka+on+genomin+joustavampi,+muokkaantumiskykyisempi+osa+(genomin+”software”,+käyttöjärjestelmä,+eli+juurikin+epigenomi).”Burgio+nimenomaan+tähdentää,+että+on+vanhanaikaista+nähdä+DNA+vain+stabiilina+ja+passiivisena+tietovarastona,+kuten+ROT+väittää,+vaan+nimenomaan+genomi+tulisi+nähdä+koko+kehon+kattavana+dynaamisena+ja+monisyisenä+molekulaariverkostona,+jossa+ympäristötekijät+osaltaan+muovaavat+epigeneettisten+tekijöiden+välityksellä+DNA:n+informaatioita.+En+ymmärrä,+että+millä+tavoin+Burgion+näkemyskset+eroavat+muka+omistani,+vaikka+ROT+selvästi+vihjaa+näin+olevan+myös+minun+kohdallani.Ylipäätään+on+hyvin+vastenmielistä,+että+ROT+yrittää+esittää+Burgion+jotenkin+evoluutiota+vastustavana+tahona,+joka+”joutuisi+käyttämään+tiettyjä+ilmaisuja”,+koska+sellainen+hän+ei+täysin+selvästi+ole.+Huomionarvoista+on+myös+se,+että+kirjoitus+käsittelee+nimenomaan+tautikentän+muutosta,+johon+teknologian+kehittyminen+on+ihmiskunnan+ajanut,+joten+epigenetiikan+korostaminen+tällaisessa+asiayhteydessä+on+oikeastaan+itsestäänselvyys.
  5. ”Älä+puhu+sontaa.+Militantti+ateisti,+joka+ei+tajua+edes+sitä,+ettei+RNA+ole+DNA:n+kopio,+ei+tietenkään+ymmärrä+sitä,+että+kaikki+nuo+mainitsemasi+säätelytekijät+perustuvat+epigeneettisiin+mekanismeihin.+Esim.+transkriptiotekijät+ovat+proteiineja,+joiden+rakentamiseen+ovat+vaikuttaneet+useat+epigeneettiset+tekijät.+DNA+ei+kontrolloi+yhtään+mitään.”Jos+et+ole+sattunut+huomaamaan,+niin+tämä+”militantti+ateisti”+ei+ihan+hirveän+aktiivisesti+pyri+levittämään+ateismiaan,+vaan+pääpaino+kirjoittelussani+on+tukevasti+luonnontieteiden+puolustamisessa.+Tuon+kun+yhdistää+väitteeseen,+etten+ymmärtäisi+miten+mRNA+rakentuu+on+niin+tyylipuhdas+ad+hominem+kuin+olla+ja+voi.+Siinä+keskustelussa+kerroin,+että+mRNA:t+rakentuvat+DNA:n+informaation+ohjaamina,+vaikka+prosessit+eivät+aina+olekaan+mitenkään+suoraviivaisia.+Tämä+tarkoittaa+sitä,+että+vaikka+esi-mRNA:ta+voidaan+modifioida+vaihtoehtoisessa+silmukoinnissa+esim.+eksonin+ohituksella,+intronin+säilyttämisellä,+vaihtoehtoisella+5´silmukointikohdalla,+vaihtoehtoisella+3´silmukointikohdalla+tai+vastavuoroisesti+toisensa+poissulkevien+eksonien+muodossa+ja+koodaavaan+alueen+5´päähän+lisätään+5´hattu+ja+3´päähän+poly-A-häntä,+niin+silti+kypsän+mRNA:n+funktionaalinen+informaatio+rakentuu+pääosin+siitä+geenin+DNA:sta.Ja+siinä+keskustelussa+kirjoitin+ensin+nimenomaan+SE-geeneistä+(yhden+eksonin+geeneistä),+jotka+eivät+käy+lävitse+RNA-silmukointia,+ja+hyvin+harvoin+vaihtoehtoisia+5´+ja+3´+päiden+silmukointikohtia,+eli+se+kypsä+mRNA+kopioituu+käytännössä+suoraan+sen+ainoan+eksonin+DNA:n+emäsjärjestyksestä.+Ylipäätään+keskustelu+käytiin+post-transkriptionaalisesta+modifioinnista,+niin+luulisi+asiasta+jotain+ymmärtävän+tietävän+sen+automaattisesti+tarkoittavan+esi-mRNA:n+modifiointia+kypsäksi+mRNA:ksi.+Aiotko+toistaa+tätä+samaa+kymmenissä+seuraavissa+viesteissä,+kuten+teit+RNA-geenien+kohdalla?+Kukaan+ei+ole+varmaan+1950-luvun+jälkeen+kuvitellut,+että+DNA+yksin+pyörittäisi+koko+orkesteria,+joten+miksi+pieksät+tällaista+kummallista+olkiukkoa?+Jos+epigenetiikan+alle+lasketaan+kaikki+funktionaalisesti+relevantit+muutokset+genomissa,+mitkä+eivät+muuta+itse+nukleotidisekvenssiä,+niin+tietenkin+epigeneettiset+tekijät+liittyvät+kaikkiin+mainitsemiini+tekijöihin,+mutta+mitä+siitä?+DNA:n+informaatio+on+edelleen+siellä+pohjalla.”Maailmalta+löytyy+lukematon+määrä+tutkimuksia,+jotka+vahvistavat+siemennesteen+miRNA-molekyylien+merkityksen+alkion+solujen+epigeneettisessä+uudelleenohjelmoinnissa.”Olisit+sitten+laittanut+linkin+sellaiseen+tutkimukseen,+koska+nyt+annat+jälleen+sen+kuvan+ettet+ymmärrä+mitään+aiheesta.+Linkkaamasi+tutkimus+ei+käsittele+sen+paremmin+siemennesteen+miRNA-molekyylejä+kuin+ylempänä+esittämäsi+tutkimuksen+paternaalisia+RNA-transkriptejä+kypsissä+siittiösoluissakaan,+puhumattakaan+epigeneettisestä+uudelleenohjelmoinnista.+Tutkimus+käsittelee+sitä,+kuinka+kivesten+somaattisissa+soluissa+syntyvät+miRNA:t+toimivat+välittäjinä+spermatogeneesin,+eli+siementiehyissä+tapahtuvan+sukusolun+erilaistumisen+kantasolusta+siittiösoluksi,+post-transkriptionaalisessa+kontrolloinnissa.+”Solon+on+palstan+epärehellisin+harhaanjohtaja.”Nyt+kun+tiedät+mitä+tutkimus+oikeasti+käsitteli,+niin+miltä+tällainen+syytös+sen+jälkeen+tuntuu?”Tämäkin+jo+melko+vanha+tutkimus+löysi+yli+350+000+RNA-tuotetta+hiiren+siemennesteestä.”Ei+löytänyt.+Siinä+löydettiin+hiiren+kypsistä+siittiösoluista+13+erilaista+pientä+ncRNA-molekyyliä.+Tarkempi+analyysi+suoritettiin+sitten+noista+reilusta+350+tuhannesta+monistetusta+sekvenssistä.+Mitä+et+ymmärrä+seuraavasta+lauseesta?+Tai+mitä+luulet+sanan+”spermatozoa”+tarkoittavan,+joka+on+jo+tutkimuksen+otsikossa?Lainaus:+”Further+analysis+has+revealed+a+distinct+signature+for+these+mature-sperm-enriched+small+RNAs.””Tutkijat+ovat+yksimielisiä+siitä,+että+niillä+on+suuri+vaikutus+alkion+epigeneettiseen+uudelleenohjelmointiin.”Näytä+minulle+yksi+ainoa+tutkimus,+jossa+todetaan+nimenomaan+siemennesteen+vesikkeleiden+sisältämällä+RNA:lla+olevan+suuri+vaikutus+alkion+epigeneettisessä+uudelleenohjelmoinnissa?”Siemennesteessä+solunulkoiset+vesikkelit+kuljettavat+tuhansia+erilaisia+RNA-molekyylejä.”Taisit+jälleen+laittaa+väärän+linkin,+koska+kyseisessä+tutkimuksessa+ei+kerrota+esittämääsi.+Minä+voi+auttaa+sinua+ja+kertoa,+että+tässä+tutkimuksessa+[1]+käsitellään+siemennesteen+eksosomien+RNA:ta+ja+spekuloidaan+niiden+mahdollisilla+säätelyfunktioilla,+mutta+siinäpä+se.+Sinulla+on+edelleen+täysin+osoittamatta+se,+että+niillä+olisi+ylipäätään+vaikutusta+alkion+epigeneettiseen+uudelleenohjelmointiin,+puhumattakaan+siitä+että+ne+nimenomaan+asettaisivat+kaiken+periytyvän+epigeneettisen+informaation,+joka+vieläpä+määrittelee+uuden+eliön+ominaisuudet.+Olet+niin+sekaisin,+ettet+enää+ymmärrä+kuinka+harhaisia+mielesi+liikkeet+ovat,+kun+yrität+päteä+ilman+mitään+kompetenssia.[1]+https://academic.oup.com/nar/article/42/11/7290/1440924
  6. ”Tutkijat+ihmettelivät,+miten+on+mahdollista,+että+geneettisesti+täysin+identtiset+kissat+voivat+näyttää+niin+erilaisilta.+Syynä+on+kissojen+erilainen+epigenomi.+Solutasolla+tämä+merkitsee+erilaisia+DNA:n+metylaatioprofiileja+ja+histonien+epigeneettisiä+markkereita.+DNA+ei+siis+sanele+eliön+ominaisuuksia,+koska+ilman+epigeneettisiä+informaatiokerroksia+solu+on+vain+ilman+tehtävää+oleva+kantasolu.”Olet+sinä+kyllä+nolo+tapaus.+X-kromosomin+inaktivaatio+eli+lyonisaatio+ymmärrettiin+jo+1960-luvulla,+ja+siitä+erilaisen+fenotyypin+klooneissa+on+hyvin+pitkälle+kyse.+Se+on+kyllä+epigeneettinen+mekanismi,+ja+siinä+ylivoimaisesti+suurin+osa+toisen+X-kromosomin+geeneistä+kokee+transkirptionaalisen+hiljentämisen,+mutta+siitähän+sinä+et+kirjoittanut.+Lyonisaatiossa+inaktivoituvan+kromosomin+määräytyminen+on+hyvin+pitkälle+stokastisen+prosessin+tulos,+ja+sinä+selvästi+haaveilet+taas+jostain+muusta.+Ja+jos+DNA+ei+sanele+taas+mitään,+niin+miten+selität+sen,+että+solusyklistä+riippuvaiset+transkriptiotekijät+aktivoivat+DNMT-geenien+ilmentymisen,+ja+koodatut+DNMT3a,+DNMT3b+ja+DNMT3l+DNA-metyylitransferaasit+katalysoivat+de+novo+metylaation+siirron,+joka+mahdollistaa+erilaistumisen+alkamisen+ja+lopettaa+demetyloidun+kantasolun+aktiivisen+transkription+tilan?+Solusykliä+säätelevät+puolestaan+sykliinien+ja+sykliineistä+riippuvaisten+kinaasien+muodostama+proteiinikompleksi,+transkriptiotekijät,+kasvutekijät,+epigeneettiset+modifikaatiot+jne.+Kuten+sinunkin+pitäisi+havaita,+käytännössä+kaikessa+säätelyssä+on+kyse+monimutkaisesta+orkesterista,+jossa+on+useita+kontrollereita+ja+määrittäjiä,+ja+hyvin+usein+ne+löytyvät+DNA:n+informaatiosta.+”Myös+perhosen+muodonvaihdos+on+hyvä+esimerkki+siitä,+miten+merkittäviä+eroja+eliön+fenotyypissä+voi+olla+geneettisestä+identtisyydestä+huolimatta.+Kaikissa+hyönteisten+muodonvaihdoksen+vaiheissa+DNA+on+täysin+sama.”Ei+oikeastaan+ole.+Metamorfoosia+kontrolloi+streroidogeenisten+PG-solujen+endoreduplikaatio,+jossa+sisarkromaditit+irtoavat,+mutta+sitä+ei+seuraakaan+mitoottinen+jakautuminen+vaan+seurauksena+on+polyploidiset+solut.+Tätä+säätelevät+ravitsemuksesta+riippuvaiset+signalointireitit+TOR:n+tai+FoxO+-transkriptiotekijöiden+välityksellä.+Replikaatio+voi+olla+vaillinainen+sekä+eukromatiinin+että+heterokromatiinin+alueilla,+ja+tästä+siis+seuraava+PG-solujen+kudosspesifinen+geenien+ilmentymisohjelma.+”Siemennesteessä+on+tuhansia+erilaisia+koodaamattomia+RNA-molekyylejä+(erityisesti+microRNA:t+ja+lncRNA:t),+jotka+vastaavat+eliön+epigeneettisestä+uudelleenohjelmoinnista.”Eikä+ole,+eivätkä+vastaa.+Kypsissä+siittiösoluissa+niitä+on+tuhansia,+mutta+nekään+eivät+vastaa+eliön+epigeneettisestä+uudelleenohjelmoinnista,+vaan+niillä+on+muita+erilaisia+funktioita.”Äidin/emon+puolelta+solujen+exosomit+kuljettavat+solunulkoisia+vesikkeleitä,+jotka+välittävät+koodaamattomia+RNA-molekyylejä+epigeneettistä+ohjelmointia+varten.”Lauseessa+ei+ole+millään+tasolla+mitään+järkeä.+Eksosomit+ovat+solunulkoisia+vesikkeleitä+ja+ne+kuljettavat+suurimmaksi+osaksi+melko+konservoituneita+pitoisuuksia+proteiineja,+RNA:ta,+lipidejä+ja+aineenvaihduntatuotteita.+Näin+on+myös+siemennesteen+eksosomien+laita,+eikä+niistä+löydettyjen+miRNA-,+piwi-RNA-+jne.+transkriptien+todellisista+funktioista+tiedetä+vielä+paljoakaan.”Tämä+mekanismi+ja+RNA-molekyylien+vaikutus+alkionkehitykseen+on+vastikään+saanut+hyväksynnän+tiedeyhteisöltä.+(Linkki+ketjussa.)+Se,+mistä+olen+kertonut+teille+jo+kolmisen+vuotta,+on+siis+ollut+totta.”Puhut+jälleen+puutaheinää.+Se+on+hyväksytty+viime+vuosina,+että+myös+kypsien+siittiösolujen+paternaalisella+RNA:lla+on+todennäköisesti+hyvin+merkittäviä+funktioita+alkionkehityksen+säätelyssä.+Linkin+katsauksessa+ei+puhuta+sanaakaan+siemennesteen+vesikkeleiden+mukana+kulkeutuvista+RNA-transkripteistä.+Etkö+ymmärrä+linkkisi+ensimmäistä+lausetta?+Lainaus:+”...the+presence+and+role+of+spermatozoal+RNAs+is+resolving,+and+their+contribution+to+development+is+now+appreciated.”
  7. ”Kuka+tahansa+vähänkin+näitä+keskusteluja+seuraava+ymmärtää+että+tuossa+tarkoitetaan+vain+DNA:ta+informaation+perimmäisenä+lähteenä,+ei+sitä+että+mRNA+olisi+suora+kopio+DNA:sta.”Tuota+juuri+tarkoitin+sillä+savuverhon+sisään+rakennetulla+olkiukolla.Wikipedia:+”Tällöin+tavallaan+pannaan+sanoja+toisen+suuhun+pyrkimättä+ymmärtämään+sitä,+mitä+toinen+todella+tarkoittaa,+jotta+tämä+joutuisi+huonoon+valoon,+tai+esitetään+toisen+ajatus+niin+kärjistetyssä+muodossa,+että+sillä+mitätöidään+toinen+tai+toisen+ajatus+[1].”[1]+https://fi.wikipedia.org/wiki/Olkinukke”Ja+tästä+Solon+taisi+mainitakin,+tosin+turhaan+anteeksi+pyytäen+epätarkkuudesta.+Ainoastaan+epärehellinen+keskustelija,+kuten+RoT,+tarttuisi+johonkin+tuollaiseen.”Turhaa+toki,+mutta+varman+päälle+pelatessa+kenellekään+ei+jää+mitään+nokan+koputtamista+ja+jossiteltavaa.
  8. ”Ei+ROT:ista+ole+siihen.”Olen+toki+ollut+näissä+keskusteluissa+niin+pitkään+mukana,+että+tiedän+ettei+vastausta+tule+kuulumaan+:)+Kysymys+oli+tarkoitettu+nimenomaan+alleviivaamaan+tätä+asiaa.
  9. ”No+miksi+sitten+valehtelet+moisesta+perusasiasta+ja+sanot,+että+mRNA+on+DNA:n+kopio?”Ja+näin+luodaan+olkiukko+savuverhossa,+eli+klassinen+argumentaatiovirhe,+jolla+pyritään+harhauttamaan+ja+viemään+keskustelu+pois+varsinaisista+argumenteista.+Ylempänä+kirjoitan+ensin+SE-geeneistä,+jotka+eivät+käy+lävitse+RNA-silmukointia,+ja+hyvin+harvoin+vaihtoehtoisia+5´+ja+3´+päiden+silmukointikohtia,+eli+se+kypsä+mRNA+kopioituu+käytännössä+suoraan+sen+ainoan+eksonin+DNA:n+emäsjärjestyksestä.+Ja+kuten+olen+ylempänä+myös+kirjoittanut,+niin+solu+käyttää+pääsääntöisesti+monieksonisista+geeneistä+RNA-silmukoinnin+läpikäynyttä+isoformia,+vaikka+myös+vaihtoehtoisia+variantteja+rakennetaan,+josta+on+vain+intronit+silmukoitu+eli+toimintaan+päätyvien+kypsien+mRNA-transkriptien+informaatio+kopioituu+käytännössä+usein+suoraan+eksonien+DNA:n+informaatioista.+Ja+kun+kirjoitan+koko+ajan+post-transkriptionaalisesta+modifioinnista,+niin+luulisi+asiasta+jotain+ymmärtävän+tietävän+sen+automaattisesti+tarkoittavan+esi-mRNA:n+modifiointia+kypsäksi+mRNA:ksi.+Eli+vaikka+kirjoitinkin+yhdessä+kappaleessa+huolimattomasti+ja+teknisesti+ottaen+epätarkasti,+jonka+tietenkin+myönnän,+niin+se+on+täysin+epäollennaista+koko+ketjun+kannalta,+jossa+esitettyihin+argumentteihin+et+ole+kyennyt+mitään+vastaamaan.”Tuohan+on+juuri+tapasi+keskustella+tällä+palstalla;+heittelet+omia+juttujasi+ja+oletat,+ettei+kukaan+niitä+tarkista.”Olet+oikeasti+kuin+joku+sketsihahmo,+Projektio-ROT,+jonka+erityistaito+on+ylikorostetusti+projisoida+omia+käytösmalleja+muihin+henkilöihin.”Onko+sinussa+miestä+myöntää,+että+olit+väärässä?”Tietenkin+myönnän+kirjoittaneeni+tuossa+kappaleessa+huolimattomasti+ja+epätarkasti,+mutta+ketjun+lukemalla+pitäisi+jokaisen+ymmärtää+argumenttini,+ja+tämän+olevan+täysin+epäolennainen+savuverho.+Onko+sinussa+miestä+myöntämään+ne+kymmenet+virheet+tässäkin+ketjussa,+jotka+johtuvat+oikeasti+siitä+ettet+tiedä+miten+ne+asiat+oikeasti+ovat?”Ja+sinulta+en+ole+vaihtoehtoisesta+silmukoinnista+oppinut+yhtään+mitään.+Enkä+muistakaan+mekanismeista.”Minä+kerroin+sykysllä+2015+useita+kertoja,+että+Kohl+pyrkii+saamaan+vaihtoehtoisesta+silmukoinnista+vetoapua+mallilleen+ja+kerroin+kuinka+tuo+mekanismi+todellisuudessa+toimii,+etkä+sinä+reagoinut+kirjoituksiini+silloin+mitenkään.+Vasta+kevättalvella+2016+aloit+kirjoittaa+vaihtoehtoisesta+silmukoinnista,+ja+silloinkin+alkuun+kerroit+sen+useaan+otteeseen+olevan+epigeneettisesti+tarkasti+säädeltyä+mRNA:n+modifiointia,+ja+minä+korjasin+sen+olevan+esi-mRNA:n+post-transkriptionaalista+modifiointia+ja+vain+osittain+epigeneettisesti+säädeltyä.+Kerroin+jo+silloin+spliseosomin+toiminnan+vaativan+ainakin+5´silmukointikohdan+GU+dinukleotidilla+ja+konsensussekvenssillä,+3´silmukointikohdan+AG+dinukleotideilla+ja+konsensussekvenssillä,+polypyrimidiini-+ja+haara-alueet,+ja+sen+millä+eri+tavoin+vaihtoehtoinen+silmukointi+voi+tapahtua.”Jos+et+edes+ymmärrä,+ettei+mRNA+ole+DNA:n+kopio,+niin+miksi+haluaisin+oppia+sinulta+yhtään+mitään?”Ad+hominen+argumentaatio+ei+pelasta+sinua+siltä,+että+ilman+Dunning-Kruger+vaikutusta+voisit+oppia+hyvinkin+paljon.”Mutta+tulkitsen+kommenttisi+niin,+että+pikku+hiljaa+alat+myöntää,+että+DNA+on+passiivista+informaatiota,+joka+ei+kontrolloi+solun+tapahtumia.+Kontrolloivia+elementtejä+ovat+RNA-tuotteet,+joita+valmistetaan+DNA-kirjastosta.”Tulkitse+aivan+miten+haluat,+minua+ei+kiinnosta+lapsellinen+”mun+iskä+on+kovempi+ku+sun+iskä”+vertailu+täysin+välttämättömien+nukleiinihappojen+välillä,+tai+ylipäätään+erilaisten+makromolekyylien+kesken.+Solun+toimintojen+aikaansaanti+ja+kontrollointi+vaatii+lukemattomia+erilaisia+tekijöitä,+joista+sekä+DNA:lla+että+RNA:lla+ratkaisevat+roolinsa.++Kerro+minulle+looginen+perustelu+sille+miksi+nimenomaan+RNA+on+se+ainoa+pääkontrolleri,+eivätkä+esim.+proteiinit+kuten+transkriptiota+säätelyllä+kontrolloivat+transkriptiotekijät+(yhdessä+RNA-polymeraasin+kanssa),+morfogeneesiä+kontrolloivat+kasvutekijät+(esim.+TGF-β,+Shh,+BMP),+Wnt-solusignalointiproteiinit+jne.?”Näin+se+menee.”Jos+määrittelemme+RNA+merkittävimmäksi+kontrolleriksi,+niin+miten+se+konkretian+tasolla+vie+meitä+lähemmäs+suunnittelua,+Jumalan+olemassaoloa+ja+Raamatun+totuutta?
  10. ”Ei+mRNA+ole+enää+DNA:n+kopio.+Solon+ei+ymmärrä,+että+ainoastaan+pre-mRNA+on+kopio+DNA-jaksosta,+mutta+sitä+muokataan+vaihtoehtoisessa+silmukointiproseduurissa+ennen+translaatiota.”Älä+nyt+kehtaa+päteä+moisesta+perusasiasta,+jonka+jokaisen+lukion+käyneenkin+pitäisi+ymmärtää,+varsinkaan+kun+jokainen+voi+palstahistoriasta+tarkistaa,+että+minä+kerroin+sinulle+useita+kertoja+vaihtoehtoisesta+silmukoinnista,+sen+toiminnasta+ja+ylipäätään+post-transkriptionaalisesta+modifioinnista+useita+kertoja+sitä+ennen,+kuin+sinä+ensimmäistä+kertaa+yritit+niistä+edes+jotain+onnetonta+selostaa.+Juuri+ennen+tuota+tuota+lausetta+kirjoitin,+että+mRNA:t+rakentuvat+DNA:n+informaation+ohjaamina,+vaikka+prosessit+eivät+aina+olekaan+mitenkään+suoraviivaisia.+Tämä+tarkoittaa+sitä,+että+vaikka+esi-mRNA:ta+voidaan+modifioida+vaihtoehtoisessa+silmukoinnissa+esim.+eksonin+ohituksella,+intronin+säilyttämisellä,+vaihtoehtoisella+5´silmukointikohdalla,+vaihtoehtoisella+3´silmukointikohdalla+tai+vastavuoroisesti+toisensa+poissulkevien+eksonien+muodossa+ja+koodaavaan+alueen+5´päähän+lisätään+5´hattu+ja+3´päähän+poly-A-häntä,+niin+silti+kypsän+mRNA:n+funktionaalinen+informaatio+rakentuu+pääosin+siitä+geenin+DNA:sta.+Useinmiten+solu+hyödyntää,+kuten+ylempänä+osoitin,+nimenomaan+sitä+villityypin+proteiinia,+eli+normaalissa+silmukoinnissa+eksonin+DNA:sta+käänntettyä+informaatiota+ja+siitä+translaatiossa+rakentuvaa+isoformia.”DNA+on+passiivista+informaatiota.+Solusta+voidaan+poistaa+koko+genomi+ja+se+kykenee+elämään+ilman+DNA:ta+varsin+pitkään.”Se+on+oikeastaan+sekä+passiivista+että+aktiivista+informaatiota.+Jos+solusta+poistetaan+DNA,+se+ei+kykene+tuottamaan+lisää+mRNA:ta.+Tämä+johtaa+siihen,+että+kun+jo+tuotetut+proteiinit+ja+muut+biomolekyylit+on+käytetty+loppuun,+solu+alkaa+hajota+ja+kuolee+pois,+kun+se+ei+kykene+replikaatioon.+”Kantasolussa+on+DNA+tallella+täydellisenä,+mutta+solu+ei+pluripotenttina+kantasoluna+tee+yhtään+mitään,+koska+siltä+puuttuvat+identiteetin+määrittelevät+ohjeet,+eli+epigeneettiset+informaatiorakenteet.”Hypometyloitu+kantasolu+on+aktiivisen+transkription+tilassa,+eikä+se+voi+erilaistua+ilman+epigeneettisiä+modifikaatioita.+Solusyklistä+riippuvaiset+transkriptiotekijät+aktivoivat+DNMT-geenien+ilmentymisen,+ja+koodatut+DNMT3a,+DNMT3b+ja+DNMT3l+DNA-metyylitransferaasit+katalysoivat+de+novo+metylaation+siirron+[1],+joka+mahdollistaa+erilaistumisen+alkamisen.+Solusykliä+säätelevät+puolestaan+sykliinien+ja+sykliineistä+riippuvaisten+kinaasien+muodostama+proteiinikompleksi,+transkriptiotekijät,+kasvutekijät,+epigeneettiset+modifikaatiot+jne.+Kuten+sinunkin+pitäisi+havaita,+käytännössä+kaikessa+säätelyssä+on+kyse+monimutkaisesta+orkesterista,+jossa+on+useita+kontrollereita+ja+määrittäjiä,+ja+hyvin+usein+ne+löytyvät+DNA:n+informaatiosta.[1]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4003274/”DNA:n+passiivinen+luonne+on+yksi+niistä+asioista,+jonka+myöntävät+jopa+ne+evoluutiobiologit,+jotka+ovat+muuttamassa+evoluutioteorian+periaatteita.+Solonille+tämän+tieteellisen+faktan+ymmärtäminen+tuntuu+olevan+mahdotonta.”Kyllä+minä+sen+ymmärrän+hyvinkin,+että+DNA-templaatin+voi+nähdä+pasiivisena,+kuten+Shapiro+ja+Noble+esimerkisi+ovat+esittäneet,+jos+dymaaminen+solujen+säätelyverkosto+suljetaan+ajattelun+ulkopuolelle.+Mutta+onko+se+millään+tavalla+mielekäs+lähtökohta?+Yhtä+hyvin+voi+argumentoida,+että+koko+säätelyverkosto,+epigeneettiset+modifikaatiot+mukaanlukien,+on+vain+passiivinen+verkosto,+elleivät+ne+saa+DNA:n+informaatiota+työstettäväkseen.”Mutta+olkaa+aktiivisia+ja+lukekaa,+mitä+maailmalla+tapahtuu!”Voisit+lukea+hiukan+lisää+meidän+pluripotenteista+kantasoluistamme,+ettei+sinun+tarvitse+enää+käyttää+tuota+yksinkertaistettua+fraasia,+jota+aina+toistat+[2].+Voisit+myös+lukea+vaihtoehtoisen+silmukoinnin+säätelystä+ja+erilaistumisesta+eri+pääryhmien+ja+lajien+välillä+(evoluutiosta),+ja+ymmärtää,+että+ne+tapahtuvat+laajoilta+osin+geneettisten+mekanismien+kautta+[3].+Älä+huoli,+kummatkin+tutkimukset+ovat+viime+vuodelta,+eivät+80-luvulta.[2]+https://www.nature.com/articles/ncomms15055[3]+https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/02/13/107938.full.pdf”Tämäkin+havainto+entisestään+korostaa+sitä,+että+solun+mekanismit+lukevat+DNA:n+jaksoja+ja+valitsevat+niistä+sellaisia+jaksoja,+joita+voisi+käyttää+RNA-tuotteiden+valmistukseen.”Eivät+ne+mitään+valitse.+Vaihtoehtoinen+silmukointi+tuottaa+lukemattomia+toimimattomia+ennenaikaisen+lopetuskodonin+sisältäviä+transkriptejä,+joita+NMD+pyrkii+poistamaan,+vaikka+joillakin+lyhyillä+proteiini-isoformeille+onkin+funktio,+Tämän+lisäksi+siitä+valtavasta+massasta+potentiaalisesti+funktionaalisia+transkripti-isoformeja+solu+hyödyntää+hyvin+suuressa+määrin+vain+villityypin+isoformia.+Mikään+älykäs+taho+ei+suunnittelisi+näin+tuhlaavaista+mekanismia,+mutta+evoluution+kautta+kompromissina+proteomin+diversiteetin+laajentuma+esim.+ympäristötekijöiden+stressivaikutukseen+reagoimiseen+ja+toisaalta+geenien+ilmentymisen+säätelyn+mekanismina+tällainen+on+ymmärrettävissä.
  11. ”Sinulta+jäi+osoittamatta+se+olennainen,+eli+et+kyennyt+todistamaan,+että+DNA:lla+olisi+kontrolli+solun+mekanismeista.”Sinulla+on+vahvistusharhan+ajamana+kummallinen+tapa+nähdä+asiat+hyvin+mustavalkoisesti+ja+ehdottomina.+Se,+että+DNA:n+säätelyelementtejä,+koodaavien+alueiden+sekvenssejä+ja+funktionaalisia+lopputuotteita+voidaan+myös+epigeneettisesti+modifioida,+ja+ne+sekvenssit+voivat+käydä+lävitse+post-transkriptionaalista+modifiointia+kuten+vaihtoehtoisessa+silmukoinnissa,+niin+silti+se+DNA:n+informaatio+on+siellä+kaiken+pohjalla.+Solun+toimintaohjeet+löytyvät+pääosin+tuman+rakenteiden+ja+dynamiikan+kompleksista,+ja+tuon+kokonaisuuden+pääarkkitehteinä+toimivat+esim.+erilaiset+proteiinit,+kuten+transkriptiotekijät,+kasvutekijät+ja+katalyytteinä+toimivat+entsyymit,+samoin+kuin+erilaiset+ncRNA:t+ja+katalyytteinä+toimivat+ribotsyymit.+Nämä+kaikki+rakentuvat+DNA:n+informaation+ohjaamina,+vaikka+prosessit+eivät+aina+olekaan+mitenkään+suoraviivaisia.+Mistä+luulet+kopiotuvan+mRNA:n+saavan+informaationsa,+tai+mistä+ncRNA-molekyylit+saavat+suurimman+osan+informaatiostaan?+Ei,+se+informaatio+ei+tule+kuin+osin+epigeneettisistä+markkereista.+Oletko+kaatamassa+sitä+1950-luvulta+asti+ollutta+paradigmaa,+että+DNA:n+informaatio+kopioituu+mRNA:han,+ja+toimii+funktionaalisten+proteiinien+ja+muiden+biomolekyylien+rakennusohjeena?+Kuten+olen+aina+sanonut,+niin+solujen+mekanismien+toiminnan+kontrolloinnin+ja+säätelyn+taustalla+on+hyvin+kompleksisinen+joukko+erilaisia+tekijöitä,+paljon+muutakin+kuin+suoraan+DNA:sta+rakentuvaa,+mutta+silti+DNA:n+vähätteleminen,+edes+uskonnollisen+agendan+tähden,+on+hyvin+kummallista.+”Ehkä+alat+vähitellen+ymmärtää,+hyvä+niin.+Se+on+ensimmäinen+askel+sen+ymmärtämiseen,+ettei+evoluutiota+tapahdu.”Itse+toivoisin,+että+saisit+hiljalleen+purettua+niitä+kognitiivisten+vinouminen+myötä+syntyneitä+haitallisia+ajatusmalleja,+ja+pystyisit+analyyttisen+ajattelun+kautta+ymmärtämään+vahvistusharhan+luoman+suppean+kuvan+sijaan+laajoja+todellisia+kokonaisuuksia.+Ehkä+sitten+voisit+ymmärtää,+että+evoluutiota+todella+tapahtuu,+ja+evoluutioteoria+on+paras+malli+selittämään+objektiiviset+havainnot.”Aurinkoista+sunnuntaita!”Sitä+samaa!
  12. Vielä+enemmän+se+osoittaa+käsittämättömän+voimakkaita+kognitiivisia+vinoumia,+kuten+vahvistusharhaa+ja+Dunnig-Kruger+-vaikutusta.
  13. ”Jokainen+noista+DNA-jaksoista+käy+läpi+vaihtoehtoisen+silmukointimekanismin.+Huono+yritys.”Mitä+sitten+vaikka+kävisikin,+jos+kuitenkin+funktionaalinen+lopputuote+on+käytännössä+villityypin+proteiini-isoformi,+eli+mRNA+on+rakennettu+suoraan+alkuperäisten+eksonien+DNA:sta?”SEG-geenejä+koskeva+tutkimus+oli+vuodelta+2005.+13+vuodessa+tutkimus+ja+ymmärrys+on+mennyt+eteenpäin.+Yrität+reppana+vielä+roikkua+kiinni+jossakin+12+prosentissa+ja+uskotella+ihmisille,+että+DNA:lla+olisi+jonkinlainen+kontrolli.”Näköjään+osuus+on+pienentynyt+pari+prosenttia+[1],+mutta+pointtihan+oli+siinä,+että+yhden+eksonin+geenit+eivät+luonnollisesti+käy+lävitse+vaihtoehtoista+silmukointia,+koska+niissä+ei+ole+introneita+ja+vain+yksi+eksoni,+jonka+DNA:sta+mRNA+kopioidaan+suoraan+ja+lopputuote+translaatiossa+valmistetaan.+En+yritä+uskotella+ihmisille+mitään,+vaan+kerron+sen+faktan,+että+soluprosessien+ja+niiden+kontrolloinnin+taustalla+ovat+tuman+rakenteet+ja+kompleksinen+dynamiikka,+joka+sisältää+esim.+proteiini-proteiini+yhteistoimintaa,+geenien+kontrollointia,+kasvutekijöitä,+lukuisia+erilaisia+RNA-molekyylejä,+muita+biomolekyylejä,+soluviestintää+monimutkaisine+signaalitransduktioineen+jne.[1]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4897596/”Jo+se,+että+solu+lukee+SEG-jaksoja+ja+RAKENTAA+niistä+mRNA:n+todistaa,+ettei+DNA+mitään+kontrolloi.”Miten+mRNA-ketju+rakentuu+ja+mitä+informaatiota+se+sisältää,+jos+se+ei+rakennu+sen+eksonin+DNA:n+emäsjärjestyksen+ohjaamana+sisältäen+eksonin+DNA:n+informaation?+Toki+se+käy+lävitse+ennen+translaatioon+päätymistä+post-transkriptionaalista+modifiointia,+jossa+esim.+mRNA:n+koodaavaan+alueen+5´päähän+lisätään+5´hattu+ja+3´päähän+poly-A-häntä,+mutta+funktionaalinen+informaatio+rakentuu+siitä+DNA:sta.”Histonien+epigeneettiset+markkerit+asettavat+paikalleen+pääsääntöisesti+pitkät+koodaamattomat+RNA-molekyylit,+ei+siis+DNA.+Esim.+siemennesteessä+on+satojatuhansia+erilaisia+RNA-tuotteita,+joiden+välittämästä+informaatiosta+osa+tallennetaan+histonien+markkereihin.+Sinulla+on+perusasiat+ihan+hukassa.”Eivät+aseta,+vaan+siirtoa+katalysoivat+histoni+metyylitransferaasit,+histoni+asetyylitransferaasit+ja+erilaiset+proteiinikompleksit,+joita+ja+joiden+osia+geenit+koodaavat+lopputuotteinaan.+Siemennesteessä+kulkeutuvista+eksosomeista+ei+todellakaan+ole+löydetty+tuollaista+määrää+erilaisia+RNA-molekyylejä,+mutta+niiden+kuljettamilla+ncRNA-molekyyleillä+ja+proteiineilla+on+toki+tärkeitä+funktioita+[2,3].+Sekoitat+jatkuvasti+siemennesteen+vesikkeleiden+kuljettamat+biomolekyylit+ja+kypsyneiden+siittiösolujen+akrosomeista+ja+sentrosomeista+transferaasien+siirtämät+RNA-transkriptit.+Sinä+et+ole+perusteita+ikinä+opetellutkaan.[2]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4755440/[3]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4066774/”Puhut+jälleen+epigeneettisistä+ja+suunnitelluista+mekanismeista.+Kiitos.”Melkoisen+laveasti+pitäisi+epigenetiikka+määritellä,+jos+esim.+cis-vaikutteiset+esi-mRNA:n+säätelyelementit+(tehostajat,+hiljentäjät)+ja+transkriptiotekijöinä+toimivat+RNA-sitoutumisproteiinit+halutaan+sellaisina+nähdä.+Olet+uskomattoman+hassu,+kun+kuvittelet,+että+jos+puhunkin+epigeneettisistä+mekanismeista,+niin+se+jotenkin+tukisi+harhaisia+käsityksiäsi+ja+suunnittelua.”alternative+splicing+dna+methylation+(solon+sanoo,+etteivät+dna:n+metylaatioprofiilit+vaikuta+silmukointiin)”Kirjoitin,+että+DNA-metylaatiolla+on+myös+useita+säätelytoimintoja,+mutta+merkitys+ei+ole+samanlainen+kuin+esim.+histonimodifikaatioilla+[4].+Lainaus:+”Two+different+mechanisms+convey+DNA+methylation+information+into+the+regulation+of+alternative+splicing...These+two+mechanisms,+however,+regulate+only+a+fraction+of+such+events.”[4]+http://www.cell.com/trends/genetics/fulltext/S0168-9525(15)00040-2”alternative+splicing+histone+modification+(solon+ei+edes+tätä+ymmärrä)”Kirjoitin+juuri,+että+kromatiinin+rakennetta+muokkaavat+histonimodifikaatiot+ovat+yksi+merkittävä+säätelymekanismi+vaihtoehtoisessa+silmukoinnissa,+paljon+tärkeämpi+kuin+DNA-metylaatio.”alternative+splicing+microrna+regulation”Olen+kertonut+sinulle,+että+miRNA-molekyyleillä+on+lukuisia+säätelytoimintoja+vaihtoehtoisessa+silmukoinnissa.”Mitä+tulee+enhancer-proteiineihin,+niin+solon+on+muna-kana+-ongelman+edessä.+Koska+nämäkin+proteiinit+tarvitsevat+oman+tuotantoproseduurinsa,+jossa+jälleen+epigeneettiset+tekijät+vaikuttavat+niiden+rakentamiseen.”Aktiivisesti+transkriptoitavia+geenejä+ei+tietenkään+metyloida,+eikä+transkriptiotekijöiden+koodauksessa+tai+niiden+sitoutumiskohtien+synnyssä+ole+mitään+poikkeavaa+verrattuna+muuhun+genomin+molekyylievoluution,+vaan+nekin+syntyvät+esim.+duplikaatioiden+ja+de+novo+innovaatioiden+synnyttäminä.+Juuri+tehostaja-alueiden+ja+niihin+sitoutuvien+transkriptiotekijöiden+evoluutio+ja+niiden+vaikutus+geenien+ilmentymiseen+on+ollut+yksi+suurimmista+tekjöistä+meidän+ja+simpanssien+välisten+erojen+synnyssä+[5].[5]++https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/07/16/083212.full.pdf
  14. Noin+92-95%+monieksonisista+geeneistä+käy+lävitse+vaihtoehtoisen+silmukoinnin,+mutta+vaikka+silmukointivariantteja+syntyy+siis+paljon,+ei+se+tarkoita+automaattisesti+niiden+päätymistä+translaatioon+ja+toimiviksi+proteiineiksi.+Monimuotoisuuden+taustalla+voikin+olla+suuremmassa+mittakaavassa+geenien+ilmentymisen+säätelyn+monitasoisuus,+mukaan+lukien+epigeneettinen+säätely,+kuin+vaihtoehtoiset+transkripti-isoformit.+Lainaus:+”By+contrast,+proteomics+studies+strongly+suggest+that+most+genes+have+a+single+main+protein+isoform;+99.63%+of+the+peptides+we+detected+mapped+to+the+reference+isoform+for+each+gene.Lainaus:+”Indeed,+most+alternative+exons+do+not+seem+to+be+under+selective+pressure,+suggesting+that+a+large+majority+of+predicted+alternative+transcripts+may+not+even+be+translated+into+proteins.”[1]+https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000416301189Yhden+eksonin+geenit+(SEG)+muodostavat+noin+12%+koodavista+geeneistä+[2],+ja+niillä+on+havaittu+lukuisia+merkityksellisiä+toimintoja+esim.+histonien+koodauksessa+ja+geenien+ilmentymisen+säätelyyn+osallistuvien+transkirptiotekijöiden+koodauksesta+aina+alkiokehityksen+säätelyyn+[3].+Nämä+geenit+eivät+luonnollisestikaan+käy+juuri+lävitse+vaihtoehtoista+silmukointia,+koska+niillä+ei+yksinkertaisesti+ole+eksonien+välisiä+introneita.+Tällöin+eksonin+DNA:sta+suoraan+rakennettava+mRNA+määrittää+lopputuotteen+ja+siten+funktion,+eikö+vain?Lainaus:+”Among+the+well+characterized+SEGs,+with+experimentally+verified+functions,+are+multiple+genes+encoding+histones+(4),+G+protein+coupled+receptors+(GPCRs)+(5–7),+olfactory+receptors+(8),+transcription+factors+and+proteins+involved+in+the+regulation+of+development,+growth+and+proliferation+(9).”[2]+https://www.bioscience.org/2005/v10/af/1627/fulltext.htm[3]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4897596/Jos+DNA+ei+kontrolloi+mitään,+niin+miten+korvaat+esim.+alkionkehityksessä+homeobox-transkriptiotekijöitä+koodaavat+geenit,+transformoiva+kasvutekijä+β+-perhettä+koodaavat+geenit,+fibroblastikasvutekijöitä+koodaavat+geenit,+Shh-geenit,+Wnt-geenit,+BMP-geenit,+erilaiset+SR-silmukointitekijöitä+koodaavat+geenit+ja+niitä+RNA-molekyylejä+koodaavat+geenit?+Splisesomin+ja+vaihtoehtoisen+silmukoinnin+evoluutiosta+voi+lukea+seuraavasta+tutkimuksesta+[4].[4]+http://cshperspectives.cshlp.org/content/6/6/a016071.full+Pysyisit+pelle+yhdessä+ketjussa+aiheen+käsittelyn+loppuun+asti,+etkä+pelkurimaisesti+turvautuisi+Gish+Gallop+-strategiaan+avaamalla+päällekkäin+useita+ketjuja+samasta+aiheesta.
  15. Gish+Gallop+näköjään+jatkuu,+mutta+tähän+voi+onneksi+vastata+kopioimalla+vahoja+viestejä.Ihmisten+parinkymmenen+tuhannen+koodaavan+geenin+teoreettinen+potentiaali+on+pari+miljoonaa+erilaista+proteiinia,+jos+lasketaan+se+maksimi,+jonka+vaihtoehtoinen+silmukointi,+vaihtoehtoiset+promoottorit+ja+vaihtoehtoiset+transkription+aloituskohdat+voisivat+erilaisia+variantteja+tuottaa,+mutta+todellisten+tapahtumien+kanssa+se+ei+näytä+suoraan+korreloivan.Ihmiseltä+on+löydetty+tähän+mennessä+(2017)+n.+20+000+todennäköisesti+funktionaalista+proteiinia+[1],+niistä+n.+80+000+vaihtoehtoista+transkriptivarianttia+(isoformia)+ja+tämän+hetken+ennusteet+ovat+maksimissaan+n.+200+000+variantissa.+Näitä+transkriptien+variaatioita+on+kuitenkin+identifiotu+pääosin+RNA-sekvenssitutkimuksissa,+eikä+niinkään+proteomianalyysin+yhteydessä,+joissa+selvitetään+niiden+toiminnallisuutta+sekä+niiden+todellista+määrää+soluissa+että+evolutiivista+konservoitumista,+joiden+kautta+voidaan+päätellä+translaatioon+päätyneiden+transkriptien+määrää.Tällaiset+proteomianalyysit+ovat+osoittaneet,+että+solut+pyrkivät+käyttämään+tiettyä+proteiini-isoformia,+mutta+jotuvat+hyödyntämään+välillä+esim.+helpommin+laskostuvaa+muotoa.+Näyttääkin+siltä,+että+proteomin+kompleksisuus+ja+kudosten+erityispiirteet+ovat+ennemminkin,+ainakin+jossain+määrin,+seurausta+geenien+ilmentymisen+muista+vaiheista+ja+muusta+säätelystä,+kuin+erilaisten+vaihtoehtoisesti+prosessoitujen+proteiinivarianttien+määrästä+[2].Viime+vuoden+tammikuussa+(2017)+neXtProt:n+mukaan+HPP+oli+edennyt+20+055+erilaiseen+proteiiniin,+joista+16+518+on+tähän+mennessä+identifioitu+toiminnalliseksi+proteiiniksi.+Muut+projektit+ovat+tällä+hetkellä+vielä+pienemmissä+luvuissa.+RefSeq:n+mukaan+funktionaalisia+silmukointivariantteja+(isoformia)+ei+todellisuudessa+olisi+kuin+pari/koodaava+geeni,+ja+GENCODE+(osa+ENCODE-projektia)+pysyttelee+nykyisissä+arvioissaan+muutamassa+toiminnallisessa+variantissa/geeni.[1]+https://www.nature.com/articles/ncomms14271[2]+http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/fulltext/S0968-0004(16)30118-9”Esimerkiksi+hedelmäkärpäsen+Dscam+-geenistä+voidaan+valmistaa+peräti+38+016+erilaista+proteiinia.”Juuri+tällaiset+havainnot,+joita+massaspektrometria+ja+RNA-sekvensointia+hyödyntäen+saatiin+aikaiseksi,+laukaisivat+hurjat+spekulaatiot+toiminnallisten+proteiinien+määrästä.+Aivan+parina+viime+vuotena+on+kuitenkin,+kuten+jo+ensimmäisessä+vastauksessani+kerroin,+kyetty+myös+analysoimaan+silmukointivarianttien+toiminnallisuutta,+määrää+soluissa+ja+konservoitumista,+ja+havaittu+että+suuri(n)+osa+transkripteistä+ei+päädy+translaatioon+ja+siten+toiminnalliseksi+proteiiniksi,+vaan+kyseessä+on+erilaiset+silmukointivirheet.”Vaihtoehtoista+silmukointia+ohjaavat+useat+epigeneettiset+tekijät,+kuten+DNA:n+metylaatioprofiilit,+histonien+epigeneettiset+markkerit+sekä+koodaamattomien+RNA-molekyylien+epigeneettiset+markkerit,+joita+tunnetaan+yli+140+erityyppistä.”Todellisuudessa+vaihtoehtoisen+silmukoinnin+merkittävimmät+ohjaustekijät+ovat+cis-reaktiivisten+RNA-elementtien+ja+RNA-sitoutumisproteiinien+(esim.+PTBP1)+yhteistoiminta,+RNA-RNA+emäspariutuminen+ja+kromatiinin+rakennetta+muokkaavat+histonimodifikaatiot.+DNA-metylaatiolla+on+myös+useita+säätelytoimintoja,+mutta+merkitys+ei+ole+samanlainen+kuin+esim.+histonimodifikaatioilla.+Se,+että+on+löydetty+140+modifioitua+RNA-nukleotidivarianttia+ei+tietenkään+tarkoita+niiden+kaikkien+olevan+osallisena+vaihtoehtoisessa+silmukoinnissa,+mutta+esim.+N6-metyyliadenosiinilla+(m6A)+on+merkittävä+roolinsa.
  16. ”Lässynlässyn.+Jokainen+näistä+ns.+geeneistä+käy+läpi+vaihtoehtoisen+silmukointiproseduurin+osoittaen,+että+itse+DNA-jakso+ei+ohjaa+yhtään+mitään.+Ohjaus+on+epigeneettisissä+tekijöissä,+joista+suurinta+osaa+tiede+ei+vielä+edes+tunne.”En+nyt+jaksa+tarkistaa,+että+kuuluvatko+kaikki+noista+siihen+92-95%:iin+monieksonisista+geeneistä,+jotka+käyvät+lävitse+vaihtoehtoisen+silmukoinnin,+mutta+eipä+sillä+ole+oikeastaan+väliäkään.+Siitä+puolestaan+on+näyttöä,+että+vaikka+toiminnallisia+vaihtoehtoisia+isoformeja+toki+syntyy+runsaasti,+niin+proteomianalyysit+ovat+osoittaneet,+että+solut+pyrkivät+kuitenkin+käyttämään+villityypin+proteiini-isoformia,+mutta+jotuvat+hyödyntämään+välillä+esim.+helpommin+laskostuvaa+muotoa+[1].+Eli+vaikka+silmukointivariantteja+syntyy+paljon,+ei+se+tarkoita+automaattisesti+niiden+päätymistä+translaatioon+ja+toimiviksi+proteiineiksi.+Monimuotoisuuden+taustalla+voikin+olla+suuremmassa+mittakaavassa+geenien+ilmentymisen+säätelyn+monitasoisuus,+mukaan+lukien+epigeneettinen+säätely,+kuin+vaihtoehtoiset+transkripti-isoformit.+Lainaus:+”By+contrast,+proteomics+studies+strongly+suggest+that+most+genes+have+a+single+main+protein+isoform;+99.63%+of+the+peptides+we+detected+mapped+to+the+reference+isoform+for+each+gene.Lainaus:+”Indeed,+most+alternative+exons+do+not+seem+to+be+under+selective+pressure,+suggesting+that+a+large+majority+of+predicted+alternative+transcripts+may+not+even+be+translated+into+proteins.”[1]+https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0968000416301189Yhden+eksonin+geenit+(SEG)+muodostavat+noin+12%+koodavista+geeneistä+[2],+ja+niillä+on+havaittu+lukuisia+merkityksellisiä+toimintoja+esim.+histonien+koodauksessa+ja+geenien+ilmentymisen+säätelyyn+osallistuvien+transkirptiotekijöiden+koodauksesta+aina+alkiokehityksen+säätelyyn+[3].+Nämä+geenit+eivät+luonnollisestikaan+käy+juuri+lävitse+vaihtoehtoista+silmukointia,+koska+niillä+ei+yksinkertaisesti+ole+eksonien+välisiä+introneita.+Tällöin+eksonin+DNA:sta+suoraan+rakennettava+mRNA+määrittää+lopputuotteen+ja+siten+funktion,+eikö+vain?Lainaus:+”Among+the+well+characterized+SEGs,+with+experimentally+verified+functions,+are+multiple+genes+encoding+histones+(4),+G+protein+coupled+receptors+(GPCRs)+(5–7),+olfactory+receptors+(8),+transcription+factors+and+proteins+involved+in+the+regulation+of+development,+growth+and+proliferation+(9).”[2]+https://www.bioscience.org/2005/v10/af/1627/fulltext.htm[3]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4897596/”Solonista+huomaa,+että+hänen+tietonsa+ovat+kahdenkymmenen+vuoden+takaa,+jossa+hän+edelleenkin+elää.+Jäit+pois+nykytieteen+junasta.+Päivitä+opintosi.”Ja+kun+päteviä+vasta-argumentteja+ei+yksinkertaisesti+löydy,+niin+siirrytään+tyylipuhtaaseen+ad+hominem+argumentaation,+josta+surkuhupaisasti+projisoiden+syytät+minua+jatkuvasti.
  17. ”RNA-molekyylit+kuuluvat+epigeneettisiin+mekanismeihin,+joten+tässäkin+asiassa+jäit+toiseksi.”Missä+jäin+toiseksi?+Epigenetiikalla+tarkoitetaan+päällekkäin+oikeastaan+kahta+asiaa,+ja+tämä+aiheuttaa+jonkun+verran+sekaannusta,+ja+sinulle+sitäkin+enemmän.+Perinteisemmin+epigenetiikalla+on+tarkoitettu+periytyvien+ominaisuuksien+siirtoa+solun+tai+eliön+seuraaville+sukupolville+siten,+ettei+periytyvä+informaatio+ole+koodattuna+DNA:n+tai+RNA:n+sekvenssiin.+Tämä+on+nimenomaan+se+puoli,+joka+on+ollut+keskustelun+keskipisteessä.+Ja+vielä+tarkemmin+se,+että+kuinka+stabiileja+epigeneettiset+modifikaatiot+voivat+olla,+ja+voivatko+ne+näytellä+suurta+roolia+biodiversiteetin+kehityksessä.Ja+sitten+on+se+toinen+puoli.+Termiä+on+alettu+viimeisen+kymmenen+vuoden+aikana+käyttää+myös+yleisemmin+kaikista+funktionaalisesti+relevanteista+muutoksista+genomissa,+jotka+eivät+kuitenkaan+muuta+itse+nukleotidisekvenssiä.+Sinä+olet+nimenomaan+keskittynyt+viime+aikoina+tähän+jälkimmäiseen,+vaikka+evoluutiota+vastustavana+olisit+paljon+loogisempi,+jos+keskittyisit+sen+alkuperäiseen+merkitykseen.+Tällä+tavoin+määriteltynä+käytännössä+suuri+osa+geenien+ilmentymisen+säätelyyn+liittyvistä+tekijöistä,+mukaan+luettuna+erilaiset+ncRNA-molekyylit+kuin+myös+modifioidut+mRNA-molekyylit+ja+RNAi-mekanismi,+voidaan+laskea+epigeneettisiksi,+mutta+ei+suurinta+osaa+tukijoita+kiinostaa+oikeastaan+pätkääkään,+että+käytetäänkö+jotain+erityistä+nimitystä+vai+puhutaanko+edelleen+yleisesti+vain+geenien+säätelytoiminnoista+ja+niihin+vaikuttavista+tekijöistä.+Olen+tästä+aiemminkin+sinulle+maininnut,+mutta+et+osaa+mitenkään+perustella+agendaasi.+”Havainto+koodaamattomien+eksonien+päätymisestä+vaihtoehtoiseen+silmukointiproseduuriin+herättää+älykkäissä+ihmisissä+heti+muutamia+kysymyksiä:+-+Mitkä+tekijät+ohjaavat+ja+säätelevät+ko.+silmukointiproseduuria?+(Vastaan+itse:+epigeneettiset+tekijät,+kuten+histonien+epigeneettiset+markkerit,+DNA:n+metylaatioprofiilit+ja+yli+140+tunnettua+RNA:n+erityyppistä+epigeneettistä+markkeria.)”Et+olisi+sitten+itse+vastannut.+Todellisuudessa+vaihtoehtoisen+silmukoinnin+merkittävimmät+ohjaustekijät+ovat+cis-reaktiivisten+RNA-elementtien+ja+RNA-sitoutumisproteiinien+(esim.+PTBP1)+yhteistoiminta,+RNA-RNA+emäspariutuminen+ja+kromatiinin+rakennetta+muokkaavat+histonimodifikaatiot.+DNA-metylaatiolla+on+myös+useita+säätelytoimintoja,+mutta+merkitys+ei+ole+samanlainen+kuin+esim.+histonimodifikaatioilla.+Se,+että+on+löydetty+140+modifioitua+RNA-nukleotidivarianttia+ei+tietenkään+tarkoita+niiden+kaikkien+olevan+osallisena+vaihtoehtoisessa+silmukoinnissa,+mutta+esim.+N6-metyyliadenosiinilla+(m6A)+on+merkittävä+roolinsa.”-+Mitä+voimme+sanoa+DNA:n+luonteesta+em.+havaintojen+jälkeen?+(Vastaan+itse:+DNA+on+vain+hyvin+karkea+digitaalinen+tallennusmuoto,+jota+solu+käyttää+raaka-aineena+RNA:n+tuotannossa.+RNA-molekyylit+välittävät+signaaleja+solujen+välillä+ja+vastaavat+myös+periytyvien+ominaisuuksien+välittämisestä+jälkipolville.)”Aika+onnettoman+yksinkertaistettu+kuva+sinulle+on+muodostunut+DNA:n+luonteesta+[3].+Tämäkään+ei+ole+vähättelyä,+mutta+eksosomien+RNA-molekyyleillä+on+kohtuullisen+pieni+rooli+solujen+signaalitransduktiossa,+ja+vielä+pienempi+rooli+kokonaiskuvassa+on+jälkeläisille+välittyvillä+lncRNA-,+pri-miRNA-,+piRNA-+ja+miRNa-molekyyleillä,+joten+niiden+esiin+nostaminen+vaikuttaa+melko+keinotekoiselta+ja+tarkoitushakuiselta.[3]+https://en.wikipedia.org/wiki/DNA#Biological_functionsLopun+tyhjyyttään+kumiseva+hätähuuto+alkaa+olla+jo+hyvin+koominen,+eikä+sille+löydy+minkäänlaista+tukea+tieteellisestä+tutkimuksesta.+Olet+kantasi+lukinnut,+eikä+siinä+mitään,+mutta+se+aiheuttaa+sen+ettei+sinulle+ole+mitään+hyötyä+esitellä+niitä+lukemattomia+mekanismeja+joita+tutkijat+ovat+evoluutiolle+löytäneet.+Tämä+on+nähty+jo+satoja+kertoja.
  18. Jaa,+että+tästä+piti+tehdä+vielä+oma+avaus,+ja+vielä+kaksin+kappalein?+No,+kopioidaan+vastaukset+näihinkin,+jos+nämä+joskus+tulevaisuudessa+ponnahtavat+esille,+eikä+kukaan+enää+löydä+alkuperäistä+ketjua.++”Termi+'gene+evolution'+tarkoittaa+nyt+paniikissa+oleville+evolutionisteille+sitä,+että+solu+rakentaa+erittäin+monimutkaisilla+mekanismeilla+sekä+proteiinien+koodaamiseen+käytettävistä+DNA-jaksoista+että+koodaamattomista+jaksoista+RNA-molekyylejä,+joiden+kirjo+on+aivan+uskomaton.”Olet+sinä+kyllä+koominen+hahmo.+Jos+olisit+lukenut+linkkaamasi+tutkimuksen+[1],+olisit+saattanut+ymmärtää,+että+transkriptionaalisen+monimuotoisuuden+lisääntyminen+luo+tilaa+uusien+molekulaaristen+innovaatioiden+syntymiselle.+Tämä+johtuu+siitä,+että+esim.+tuon+autosomi+21:n+vaihtoehtoisten+isoformien+havaittiin+koodaavan+845+uutta+mahdollista+avointa+lukukehystä+(ORF),+joista+voi+potentiaalisesti+syntyä+funktionaalisia+polypeptidejä+koodavia+de+novo+geenejä.+Olethan+itsekin+polleana+pätenyt,+että+jotkut+lncRNA:t+voivat+koodata+proteiineja,+ja+tästä+juuri+on+kyse.+Pieni+avoin+lukukehys+syntyy+mutaatioden+kautta+ja+lncRNA-transkripti+saa+kaksoisfunktion,+jolloin+se+voi+koodata+mahdollisesti+toiminnalliseksi+proteiiniksi+laskostuvia+polypeptidimolekyylejä+kuten+SPAR+[2].+Tällainen+on+yksi+esimerkki+täysin+uuden+geneettisen+informaation+synnystä.[1]+https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/12/18/136275.full.pdf[2]+https://www.nature.com/articles/nature21034”Ja+nyt+koska+solon+ja+muut+epärehelliset+ateistit+ovat+viimeinkin+tajunneet,+ettei+DNA+kontrolloi+yhtään+mitään,+niin+he+ovat+alkaneet+kutsua+RNA-molekyylejä+geeneiksi,+jotta+voisivat+edelleen+sanoa,+että+geenit+kontrolloivat.”En+oikeasti+tiedä+oletko+niin+tyhmä,+läpeensä+epärehellinen+vai+psykologisten+defenssien+sokaisema+siten,+ettet+oikeasti+kymmenien+korjaustenkaan+jälkeen+ymmärrä+lukemaasi.+Esim.+kolmisen+viikkoa+sitten+kirjoitin+turhautuneena+tähän+samaan+toistuvaan+olkiukkoon+seuraavaa:”En+jaksa+enää+edes+kysyä+miksi+valehtelet.+Olen+kertonut+sinulle,+että+osa+proteiineja+koodaamattomista+DNA-jaksoista+koodaa+kuitenkin+toiminnallisia+ncRNA-transkriptejä,+kuten+lncRNA-molekyylejä,+ja+noista+DNA-jaksoista+käytetään+nimitystä+RNA-geeni.+Loogista,+eikö+vain?+”Geeni+sattuu+tarkoittamaan+toiminnallisia+molekyylejä+lopputuotteenaan+koodaavaa+aluetta+Tämän+takia+oli+luonnollista+kun+90-luvulla+havaittiin+osan+lopullisista+funktionaalisista+tuotteista+olevan+erilaisia+RNA-molekyylejä,+että+noitakin+alueita+kutsutaan+geeneiksi.+Tällä+asialla+ei+ole+mitään+tekemistä+kuvittelemiesi+salaliittojen+kanssa.+Jos+DNA+ei+kontrolloi+mitään,+niin+miten+korvaat+esim.+alkionkehityksessä+homeobox-transkriptiotekijöitä+koodaavat+geenit,+transformoiva+kasvutekijä+β+-perhettä+koodaavat+geenit,+fibroblastikasvutekijöitä+koodaavat+geenit,+Shh-geenit,+Wnt-geenit,+BMP-geenit,+erilaiset+SR-silmukointitekijöitä+koodaavat+geenit+ja+niitä+RNA-molekyylejä+koodaavat+geenit?+”Niin+läpinäkyvää+ja+niin+säälittävää+maalitolppien+siirtelyä.”Miten+on,+mikä+yllä+esitetyistä+vaihtoehdoista+saa+aikaan+tällaista+käytöstä?”Muista+solon,+kuka+sanoi+jo+kolme+vuotta+sitten,+että+solun+prosessit+ovat+RNA:n+ohjaamia+tapahtumia.+Nyt+on+sinun+aika+myöntää+tappiosi.+Olet+vain+yrittänyt+harhaanjohtaa+koko+ajan,+mutta+nyt+jäit+kiinni.”Elätkö+oikeasti+jossain+vaihtoehtoisessa+todellisuudessa?+Olen+varmaankin+20+vuotta+ymmärtänyt,+että+solun+prosesseja+ohjaavat+tuman+rakenteet+ja+dynamiikka,+jonka+muodostavat+lukuisat+erilaiset+tekijät,+yhtenä+merkittävänä+osana+erilaiset+RNA-molekyylit.
  19. ”RNA-molekyylit+kuuluvat+epigeneettisiin+mekanismeihin,+joten+tässäkin+asiassa+jäit+toiseksi.”Missä+jäin+toiseksi?+Epigenetiikalla+tarkoitetaan+päällekkäin+oikeastaan+kahta+asiaa,+ja+tämä+aiheuttaa+jonkun+verran+sekaannusta,+ja+sinulle+sitäkin+enemmän.+Perinteisemmin+epigenetiikalla+on+tarkoitettu+periytyvien+ominaisuuksien+siirtoa+solun+tai+eliön+seuraaville+sukupolville+siten,+ettei+periytyvä+informaatio+ole+koodattuna+DNA:n+tai+RNA:n+sekvenssiin.+Tämä+on+nimenomaan+se+puoli,+joka+on+ollut+keskustelun+keskipisteessä.+Ja+vielä+tarkemmin+se,+että+kuinka+stabiileja+epigeneettiset+modifikaatiot+voivat+olla,+ja+voivatko+ne+näytellä+suurta+roolia+biodiversiteetin+kehityksessä.Ja+sitten+on+se+toinen+puoli.+Termiä+on+alettu+viimeisen+kymmenen+vuoden+aikana+käyttää+myös+yleisemmin+kaikista+funktionaalisesti+relevanteista+muutoksista+genomissa,+jotka+eivät+kuitenkaan+muuta+itse+nukleotidisekvenssiä.+Sinä+olet+nimenomaan+keskittynyt+viime+aikoina+tähän+jälkimmäiseen,+vaikka+evoluutiota+vastustavana+olisit+paljon+loogisempi,+jos+keskittyisit+sen+alkuperäiseen+merkitykseen.+Tällä+tavoin+määriteltynä+käytännössä+suuri+osa+geenien+ilmentymisen+säätelyyn+liittyvistä+tekijöistä,+mukaan+luettuna+erilaiset+ncRNA-molekyylit+kuin+myös+modifioidut+mRNA-molekyylit+ja+RNAi-mekanismi,+voidaan+laskea+epigeneettisiksi,+mutta+ei+suurinta+osaa+tukijoita+kiinostaa+oikeastaan+pätkääkään,+että+käytetäänkö+jotain+erityistä+nimitystä+vai+puhutaanko+edelleen+yleisesti+vain+geenien+säätelytoiminnoista+ja+niihin+vaikuttavista+tekijöistä.+Olen+tästä+aiemminkin+sinulle+maininnut,+mutta+et+osaa+mitenkään+perustella+agendaasi.+”Havainto+koodaamattomien+eksonien+päätymisestä+vaihtoehtoiseen+silmukointiproseduuriin+herättää+älykkäissä+ihmisissä+heti+muutamia+kysymyksiä:+-+Mitkä+tekijät+ohjaavat+ja+säätelevät+ko.+silmukointiproseduuria?+(Vastaan+itse:+epigeneettiset+tekijät,+kuten+histonien+epigeneettiset+markkerit,+DNA:n+metylaatioprofiilit+ja+yli+140+tunnettua+RNA:n+erityyppistä+epigeneettistä+markkeria.)”Et+olisi+sitten+itse+vastannut.+Todellisuudessa+vaihtoehtoisen+silmukoinnin+merkittävimmät+ohjaustekijät+ovat+cis-reaktiivisten+RNA-elementtien+ja+RNA-sitoutumisproteiinien+(esim.+PTBP1)+yhteistoiminta,+RNA-RNA+emäspariutuminen+ja+kromatiinin+rakennetta+muokkaavat+histonimodifikaatiot.+DNA-metylaatiolla+on+myös+useita+säätelytoimintoja,+mutta+merkitys+ei+ole+samanlainen+kuin+esim.+histonimodifikaatioilla.+Se,+että+on+löydetty+140+modifioitua+RNA-nukleotidivarianttia+ei+tietenkään+tarkoita+niiden+kaikkien+olevan+osallisena+vaihtoehtoisessa+silmukoinnissa,+mutta+esim.+N6-metyyliadenosiinilla+(m6A)+on+merkittävä+roolinsa.”-+Mitä+voimme+sanoa+DNA:n+luonteesta+em.+havaintojen+jälkeen?+(Vastaan+itse:+DNA+on+vain+hyvin+karkea+digitaalinen+tallennusmuoto,+jota+solu+käyttää+raaka-aineena+RNA:n+tuotannossa.+RNA-molekyylit+välittävät+signaaleja+solujen+välillä+ja+vastaavat+myös+periytyvien+ominaisuuksien+välittämisestä+jälkipolville.)”Aika+onnettoman+yksinkertaistettu+kuva+sinulle+on+muodostunut+DNA:n+luonteesta+[3].+Tämäkään+ei+ole+vähättelyä,+mutta+eksosomien+RNA-molekyyleillä+on+kohtuullisen+pieni+rooli+solujen+signaalitransduktiossa,+ja+vielä+pienempi+rooli+kokonaiskuvassa+on+jälkeläisille+välittyvillä+lncRNA-,+pri-miRNA-,+piRNA-+ja+miRNa-molekyyleillä,+joten+niiden+esiin+nostaminen+vaikuttaa+melko+keinotekoiselta+ja+tarkoitushakuiselta.[3]+https://en.wikipedia.org/wiki/DNA#Biological_functionsLopun+tyhjyyttään+kumiseva+hätähuuto+alkaa+olla+jo+hyvin+koominen,+eikä+sille+löydy+minkäänlaista+tukea+tieteellisestä+tutkimuksesta.+Olet+kantasi+lukinnut,+eikä+siinä+mitään,+mutta+se+aiheuttaa+sen+ettei+sinulle+ole+mitään+hyötyä+esitellä+niitä+lukemattomia+mekanismeja+joita+tutkijat+ovat+evoluutiolle+löytäneet.+Tämä+on+nähty+jo+satoja+kertoja.
  20. Jaa,+että+tästä+piti+tehdä+vielä+oma+avaus,+ja+vielä+kaksin+kappalein?+No,+kopioidaan+vastaukset+näihinkin,+jos+nämä+joskus+tulevaisuudessa+ponnahtavat+esille,+eikä+kukaan+enää+löydä+alkuperäistä+ketjua.+”Termi+'gene+evolution'+tarkoittaa+nyt+paniikissa+oleville+evolutionisteille+sitä,+että+solu+rakentaa+erittäin+monimutkaisilla+mekanismeilla+sekä+proteiinien+koodaamiseen+käytettävistä+DNA-jaksoista+että+koodaamattomista+jaksoista+RNA-molekyylejä,+joiden+kirjo+on+aivan+uskomaton.”Olet+sinä+kyllä+koominen+hahmo.+Jos+olisit+lukenut+linkkaamasi+tutkimuksen+[1],+olisit+saattanut+ymmärtää,+että+transkriptionaalisen+monimuotoisuuden+lisääntyminen+luo+tilaa+uusien+molekulaaristen+innovaatioiden+syntymiselle.+Tämä+johtuu+siitä,+että+esim.+tuon+autosomi+21:n+vaihtoehtoisten+isoformien+havaittiin+koodaavan+845+uutta+mahdollista+avointa+lukukehystä+(ORF),+joista+voi+potentiaalisesti+syntyä+funktionaalisia+polypeptidejä+koodavia+de+novo+geenejä.+Olethan+itsekin+polleana+pätenyt,+että+jotkut+lncRNA:t+voivat+koodata+proteiineja,+ja+tästä+juuri+on+kyse.+Pieni+avoin+lukukehys+syntyy+mutaatioden+kautta+ja+lncRNA-transkripti+saa+kaksoisfunktion,+jolloin+se+voi+koodata+mahdollisesti+toiminnalliseksi+proteiiniksi+laskostuvia+polypeptidimolekyylejä+kuten+SPAR+[2].+Tällainen+on+yksi+esimerkki+täysin+uuden+geneettisen+informaation+synnystä.[1]+https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/12/18/136275.full.pdf[2]+https://www.nature.com/articles/nature21034”Ja+nyt+koska+solon+ja+muut+epärehelliset+ateistit+ovat+viimeinkin+tajunneet,+ettei+DNA+kontrolloi+yhtään+mitään,+niin+he+ovat+alkaneet+kutsua+RNA-molekyylejä+geeneiksi,+jotta+voisivat+edelleen+sanoa,+että+geenit+kontrolloivat.”En+oikeasti+tiedä+oletko+niin+tyhmä,+läpeensä+epärehellinen+vai+psykologisten+defenssien+sokaisema+siten,+ettet+oikeasti+kymmenien+korjaustenkaan+jälkeen+ymmärrä+lukemaasi.+Esim.+kolmisen+viikkoa+sitten+kirjoitin+turhautuneena+tähän+samaan+toistuvaan+olkiukkoon+seuraavaa:”En+jaksa+enää+edes+kysyä+miksi+valehtelet.+Olen+kertonut+sinulle,+että+osa+proteiineja+koodaamattomista+DNA-jaksoista+koodaa+kuitenkin+toiminnallisia+ncRNA-transkriptejä,+kuten+lncRNA-molekyylejä,+ja+noista+DNA-jaksoista+käytetään+nimitystä+RNA-geeni.+Loogista,+eikö+vain?+”Geeni+sattuu+tarkoittamaan+toiminnallisia+molekyylejä+lopputuotteenaan+koodaavaa+aluetta+Tämän+takia+oli+luonnollista+kun+90-luvulla+havaittiin+osan+lopullisista+funktionaalisista+tuotteista+olevan+erilaisia+RNA-molekyylejä,+että+noitakin+alueita+kutsutaan+geeneiksi.+Tällä+asialla+ei+ole+mitään+tekemistä+kuvittelemiesi+salaliittojen+kanssa.+Jos+DNA+ei+kontrolloi+mitään,+niin+miten+korvaat+esim.+alkionkehityksessä+homeobox-transkriptiotekijöitä+koodaavat+geenit,+transformoiva+kasvutekijä+β+-perhettä+koodaavat+geenit,+fibroblastikasvutekijöitä+koodaavat+geenit,+Shh-geenit,+Wnt-geenit,+BMP-geenit,+erilaiset+SR-silmukointitekijöitä+koodaavat+geenit+ja+niitä+RNA-molekyylejä+koodaavat+geenit?+”Niin+läpinäkyvää+ja+niin+säälittävää+maalitolppien+siirtelyä.”Miten+on,+mikä+yllä+esitetyistä+vaihtoehdoista+saa+aikaan+tällaista+käytöstä?”Muista+solon,+kuka+sanoi+jo+kolme+vuotta+sitten,+että+solun+prosessit+ovat+RNA:n+ohjaamia+tapahtumia.+Nyt+on+sinun+aika+myöntää+tappiosi.+Olet+vain+yrittänyt+harhaanjohtaa+koko+ajan,+mutta+nyt+jäit+kiinni.”Elätkö+oikeasti+jossain+vaihtoehtoisessa+todellisuudessa?+Olen+varmaankin+20+vuotta+ymmärtänyt,+että+solun+prosesseja+ohjaavat+tuman+rakenteet+ja+dynamiikka,+jonka+muodostavat+lukuisat+erilaiset+tekijät,+yhtenä+merkittävänä+osana+erilaiset+RNA-molekyylit.
    21. 2 / 120
TietosuojaselosteKäyttöehdotEvästeasetuksetSäännöt