- "Sinun tulisi muuten pikku hiljaa ottaa yhteyttä yliopistoihin, sillä tietääkseni Solon on opiskellut bilsaa jo monta vuotta eikä silti näköjään osaa vielä alkeitakaan."
Itse asiassa juuri valmistuin, mutta jatko-opnnot näyttäisivät olevan edessä, ja aiemmin aihetta on tullut harrastettua parisenkymmentä vuotta, vaikka edellinen koulutus ja ammatti ovatkin toiselta alalta. Kokonaisuutena pitäisin aika huolestuttavana, jos en edes alkeita ymmärrä, kuten ROT jatkuvasti väittää. - ”Höpöhöpö.+Ihmisen+ja+simpanssin+pitkät+koodaamattomat+RNA-molekyylit+ovat+vain+alle+30-prosenttisesti+yhteneviä.+Niiden+tehtävänä+on+mm.+asettaa+ominaisuudet+paikoilleen+alkionkehityksessä,+eli+ne+vastaavat+mm.+morfologiasta.”
- ”Tuskin+Burgio+uskaltaa+vastustaa+evoluutioteoriaa,+pyhää+lehmää.+Akateeminen+kuristusote+pitää+siitä+huolta.”
- Ja lisätään tuohon vielä yksi lainaus.
”DNA sisältää lyhyesti ilmaistuna koko ihmislajin ”geneettisen ohjelman” ja tiettyjä yksilöllisiä, ilmiasua määrittäviä erityispiirteitä. Tämän lisäksi meillä on toinen muisti, proteiinirakenteisten histonien ja entsyymien, pienten signaalimolekyylien ja mikroRNA:n muodostama järjestelmä, joka on genomin joustavampi, muokkaantumiskykyisempi osa (genomin ”software”, käyttöjärjestelmä, eli juurikin epigenomi).”
Burgio nimenomaan tähdentää, että on vanhanaikaista nähdä DNA vain stabiilina ja passiivisena tietovarastona, kuten ROT väittää, vaan nimenomaan genomi tulisi nähdä koko kehon kattavana dynaamisena ja monisyisenä molekulaariverkostona, jossa ympäristötekijät osaltaan muovaavat epigeneettisten tekijöiden välityksellä DNA:n informaatioita. En ymmärrä, että millä tavoin Burgion näkemyskset eroavat muka omistani, vaikka ROT selvästi vihjaa näin olevan myös minun kohdallani.
Ylipäätään on hyvin vastenmielistä, että ROT yrittää esittää Burgion jotenkin evoluutiota vastustavana tahona, joka ”joutuisi käyttämään tiettyjä ilmaisuja”, koska sellainen hän ei täysin selvästi ole. Huomionarvoista on myös se, että kirjoitus käsittelee nimenomaan tautikentän muutosta, johon teknologian kehittyminen on ihmiskunnan ajanut, joten epigenetiikan korostaminen tällaisessa asiayhteydessä on oikeastaan itsestäänselvyys. - ”Älä puhu sontaa. Militantti ateisti, joka ei tajua edes sitä, ettei RNA ole DNA:n kopio, ei tietenkään ymmärrä sitä, että kaikki nuo mainitsemasi säätelytekijät perustuvat epigeneettisiin mekanismeihin. Esim. transkriptiotekijät ovat proteiineja, joiden rakentamiseen ovat vaikuttaneet useat epigeneettiset tekijät. DNA ei kontrolloi yhtään mitään.”
Jos et ole sattunut huomaamaan, niin tämä ”militantti ateisti” ei ihan hirveän aktiivisesti pyri levittämään ateismiaan, vaan pääpaino kirjoittelussani on tukevasti luonnontieteiden puolustamisessa. Tuon kun yhdistää väitteeseen, etten ymmärtäisi miten mRNA rakentuu on niin tyylipuhdas ad hominem kuin olla ja voi. Siinä keskustelussa kerroin, että mRNA:t rakentuvat DNA:n informaation ohjaamina, vaikka prosessit eivät aina olekaan mitenkään suoraviivaisia. Tämä tarkoittaa sitä, että vaikka esi-mRNA:ta voidaan modifioida vaihtoehtoisessa silmukoinnissa esim. eksonin ohituksella, intronin säilyttämisellä, vaihtoehtoisella 5´silmukointikohdalla, vaihtoehtoisella 3´silmukointikohdalla tai vastavuoroisesti toisensa poissulkevien eksonien muodossa ja koodaavaan alueen 5´päähän lisätään 5´hattu ja 3´päähän poly-A-häntä, niin silti kypsän mRNA:n funktionaalinen informaatio rakentuu pääosin siitä geenin DNA:sta.
Ja siinä keskustelussa kirjoitin ensin nimenomaan SE-geeneistä (yhden eksonin geeneistä), jotka eivät käy lävitse RNA-silmukointia, ja hyvin harvoin vaihtoehtoisia 5´ ja 3´ päiden silmukointikohtia, eli se kypsä mRNA kopioituu käytännössä suoraan sen ainoan eksonin DNA:n emäsjärjestyksestä. Ylipäätään keskustelu käytiin post-transkriptionaalisesta modifioinnista, niin luulisi asiasta jotain ymmärtävän tietävän sen automaattisesti tarkoittavan esi-mRNA:n modifiointia kypsäksi mRNA:ksi.
Aiotko toistaa tätä samaa kymmenissä seuraavissa viesteissä, kuten teit RNA-geenien kohdalla? Kukaan ei ole varmaan 1950-luvun jälkeen kuvitellut, että DNA yksin pyörittäisi koko orkesteria, joten miksi pieksät tällaista kummallista olkiukkoa? Jos epigenetiikan alle lasketaan kaikki funktionaalisesti relevantit muutokset genomissa, mitkä eivät muuta itse nukleotidisekvenssiä, niin tietenkin epigeneettiset tekijät liittyvät kaikkiin mainitsemiini tekijöihin, mutta mitä siitä? DNA:n informaatio on edelleen siellä pohjalla.
”Maailmalta löytyy lukematon määrä tutkimuksia, jotka vahvistavat siemennesteen miRNA-molekyylien merkityksen alkion solujen epigeneettisessä uudelleenohjelmoinnissa.”
Olisit sitten laittanut linkin sellaiseen tutkimukseen, koska nyt annat jälleen sen kuvan ettet ymmärrä mitään aiheesta. Linkkaamasi tutkimus ei käsittele sen paremmin siemennesteen miRNA-molekyylejä kuin ylempänä esittämäsi tutkimuksen paternaalisia RNA-transkriptejä kypsissä siittiösoluissakaan, puhumattakaan epigeneettisestä uudelleenohjelmoinnista. Tutkimus käsittelee sitä, kuinka kivesten somaattisissa soluissa syntyvät miRNA:t toimivat välittäjinä spermatogeneesin, eli siementiehyissä tapahtuvan sukusolun erilaistumisen kantasolusta siittiösoluksi, post-transkriptionaalisessa kontrolloinnissa.
”Solon on palstan epärehellisin harhaanjohtaja.”
Nyt kun tiedät mitä tutkimus oikeasti käsitteli, niin miltä tällainen syytös sen jälkeen tuntuu?
”Tämäkin jo melko vanha tutkimus löysi yli 350 000 RNA-tuotetta hiiren siemennesteestä.”
Ei löytänyt. Siinä löydettiin hiiren kypsistä siittiösoluista 13 erilaista pientä ncRNA-molekyyliä. Tarkempi analyysi suoritettiin sitten noista reilusta 350 tuhannesta monistetusta sekvenssistä. Mitä et ymmärrä seuraavasta lauseesta? Tai mitä luulet sanan ”spermatozoa” tarkoittavan, joka on jo tutkimuksen otsikossa?
Lainaus: ”Further analysis has revealed a distinct signature for these mature-sperm-enriched small RNAs.”
”Tutkijat ovat yksimielisiä siitä, että niillä on suuri vaikutus alkion epigeneettiseen uudelleenohjelmointiin.”
Näytä minulle yksi ainoa tutkimus, jossa todetaan nimenomaan siemennesteen vesikkeleiden sisältämällä RNA:lla olevan suuri vaikutus alkion epigeneettisessä uudelleenohjelmoinnissa?
”Siemennesteessä solunulkoiset vesikkelit kuljettavat tuhansia erilaisia RNA-molekyylejä.”
Taisit jälleen laittaa väärän linkin, koska kyseisessä tutkimuksessa ei kerrota esittämääsi. Minä voi auttaa sinua ja kertoa, että tässä tutkimuksessa [1] käsitellään siemennesteen eksosomien RNA:ta ja spekuloidaan niiden mahdollisilla säätelyfunktioilla, mutta siinäpä se. Sinulla on edelleen täysin osoittamatta se, että niillä olisi ylipäätään vaikutusta alkion epigeneettiseen uudelleenohjelmointiin, puhumattakaan siitä että ne nimenomaan asettaisivat kaiken periytyvän epigeneettisen informaation, joka vieläpä määrittelee uuden eliön ominaisuudet. Olet niin sekaisin, ettet enää ymmärrä kuinka harhaisia mielesi liikkeet ovat, kun yrität päteä ilman mitään kompetenssia.
[1] https://academic.oup.com/nar/article/42/11/7290/1440924 - ”Tutkijat ihmettelivät, miten on mahdollista, että geneettisesti täysin identtiset kissat voivat näyttää niin erilaisilta. Syynä on kissojen erilainen epigenomi. Solutasolla tämä merkitsee erilaisia DNA:n metylaatioprofiileja ja histonien epigeneettisiä markkereita. DNA ei siis sanele eliön ominaisuuksia, koska ilman epigeneettisiä informaatiokerroksia solu on vain ilman tehtävää oleva kantasolu.”
Olet sinä kyllä nolo tapaus. X-kromosomin inaktivaatio eli lyonisaatio ymmärrettiin jo 1960-luvulla, ja siitä erilaisen fenotyypin klooneissa on hyvin pitkälle kyse. Se on kyllä epigeneettinen mekanismi, ja siinä ylivoimaisesti suurin osa toisen X-kromosomin geeneistä kokee transkirptionaalisen hiljentämisen, mutta siitähän sinä et kirjoittanut. Lyonisaatiossa inaktivoituvan kromosomin määräytyminen on hyvin pitkälle stokastisen prosessin tulos, ja sinä selvästi haaveilet taas jostain muusta.
Ja jos DNA ei sanele taas mitään, niin miten selität sen, että solusyklistä riippuvaiset transkriptiotekijät aktivoivat DNMT-geenien ilmentymisen, ja koodatut DNMT3a, DNMT3b ja DNMT3l DNA-metyylitransferaasit katalysoivat de novo metylaation siirron, joka mahdollistaa erilaistumisen alkamisen ja lopettaa demetyloidun kantasolun aktiivisen transkription tilan? Solusykliä säätelevät puolestaan sykliinien ja sykliineistä riippuvaisten kinaasien muodostama proteiinikompleksi, transkriptiotekijät, kasvutekijät, epigeneettiset modifikaatiot jne. Kuten sinunkin pitäisi havaita, käytännössä kaikessa säätelyssä on kyse monimutkaisesta orkesterista, jossa on useita kontrollereita ja määrittäjiä, ja hyvin usein ne löytyvät DNA:n informaatiosta.
”Myös perhosen muodonvaihdos on hyvä esimerkki siitä, miten merkittäviä eroja eliön fenotyypissä voi olla geneettisestä identtisyydestä huolimatta. Kaikissa hyönteisten muodonvaihdoksen vaiheissa DNA on täysin sama.”
Ei oikeastaan ole. Metamorfoosia kontrolloi streroidogeenisten PG-solujen endoreduplikaatio, jossa sisarkromaditit irtoavat, mutta sitä ei seuraakaan mitoottinen jakautuminen vaan seurauksena on polyploidiset solut. Tätä säätelevät ravitsemuksesta riippuvaiset signalointireitit TOR:n tai FoxO -transkriptiotekijöiden välityksellä. Replikaatio voi olla vaillinainen sekä eukromatiinin että heterokromatiinin alueilla, ja tästä siis seuraava PG-solujen kudosspesifinen geenien ilmentymisohjelma.
”Siemennesteessä on tuhansia erilaisia koodaamattomia RNA-molekyylejä (erityisesti microRNA:t ja lncRNA:t), jotka vastaavat eliön epigeneettisestä uudelleenohjelmoinnista.”
Eikä ole, eivätkä vastaa. Kypsissä siittiösoluissa niitä on tuhansia, mutta nekään eivät vastaa eliön epigeneettisestä uudelleenohjelmoinnista, vaan niillä on muita erilaisia funktioita.
”Äidin/emon puolelta solujen exosomit kuljettavat solunulkoisia vesikkeleitä, jotka välittävät koodaamattomia RNA-molekyylejä epigeneettistä ohjelmointia varten.”
Lauseessa ei ole millään tasolla mitään järkeä. Eksosomit ovat solunulkoisia vesikkeleitä ja ne kuljettavat suurimmaksi osaksi melko konservoituneita pitoisuuksia proteiineja, RNA:ta, lipidejä ja aineenvaihduntatuotteita. Näin on myös siemennesteen eksosomien laita, eikä niistä löydettyjen miRNA-, piwi-RNA- jne. transkriptien todellisista funktioista tiedetä vielä paljoakaan.
”Tämä mekanismi ja RNA-molekyylien vaikutus alkionkehitykseen on vastikään saanut hyväksynnän tiedeyhteisöltä. (Linkki ketjussa.) Se, mistä olen kertonut teille jo kolmisen vuotta, on siis ollut totta.”
Puhut jälleen puutaheinää. Se on hyväksytty viime vuosina, että myös kypsien siittiösolujen paternaalisella RNA:lla on todennäköisesti hyvin merkittäviä funktioita alkionkehityksen säätelyssä. Linkin katsauksessa ei puhuta sanaakaan siemennesteen vesikkeleiden mukana kulkeutuvista RNA-transkripteistä. Etkö ymmärrä linkkisi ensimmäistä lausetta?
Lainaus: ”...the presence and role of spermatozoal RNAs is resolving, and their contribution to development is now appreciated.” - ”Kuka tahansa vähänkin näitä keskusteluja seuraava ymmärtää että tuossa tarkoitetaan vain DNA:ta informaation perimmäisenä lähteenä, ei sitä että mRNA olisi suora kopio DNA:sta.”
Tuota juuri tarkoitin sillä savuverhon sisään rakennetulla olkiukolla.
Wikipedia: ”Tällöin tavallaan pannaan sanoja toisen suuhun pyrkimättä ymmärtämään sitä, mitä toinen todella tarkoittaa, jotta tämä joutuisi huonoon valoon, tai esitetään toisen ajatus niin kärjistetyssä muodossa, että sillä mitätöidään toinen tai toisen ajatus [1].”
[1] https://fi.wikipedia.org/wiki/Olkinukke
”Ja tästä Solon taisi mainitakin, tosin turhaan anteeksi pyytäen epätarkkuudesta. Ainoastaan epärehellinen keskustelija, kuten RoT, tarttuisi johonkin tuollaiseen.”
Turhaa toki, mutta varman päälle pelatessa kenellekään ei jää mitään nokan koputtamista ja jossiteltavaa. - ”Ei ROT:ista ole siihen.”
Olen toki ollut näissä keskusteluissa niin pitkään mukana, että tiedän ettei vastausta tule kuulumaan :) Kysymys oli tarkoitettu nimenomaan alleviivaamaan tätä asiaa. - ”No miksi sitten valehtelet moisesta perusasiasta ja sanot, että mRNA on DNA:n kopio?”
Ja näin luodaan olkiukko savuverhossa, eli klassinen argumentaatiovirhe, jolla pyritään harhauttamaan ja viemään keskustelu pois varsinaisista argumenteista. Ylempänä kirjoitan ensin SE-geeneistä, jotka eivät käy lävitse RNA-silmukointia, ja hyvin harvoin vaihtoehtoisia 5´ ja 3´ päiden silmukointikohtia, eli se kypsä mRNA kopioituu käytännössä suoraan sen ainoan eksonin DNA:n emäsjärjestyksestä.
Ja kuten olen ylempänä myös kirjoittanut, niin solu käyttää pääsääntöisesti monieksonisista geeneistä RNA-silmukoinnin läpikäynyttä isoformia, vaikka myös vaihtoehtoisia variantteja rakennetaan, josta on vain intronit silmukoitu eli toimintaan päätyvien kypsien mRNA-transkriptien informaatio kopioituu käytännössä usein suoraan eksonien DNA:n informaatioista. Ja kun kirjoitan koko ajan post-transkriptionaalisesta modifioinnista, niin luulisi asiasta jotain ymmärtävän tietävän sen automaattisesti tarkoittavan esi-mRNA:n modifiointia kypsäksi mRNA:ksi. Eli vaikka kirjoitinkin yhdessä kappaleessa huolimattomasti ja teknisesti ottaen epätarkasti, jonka tietenkin myönnän, niin se on täysin epäollennaista koko ketjun kannalta, jossa esitettyihin argumentteihin et ole kyennyt mitään vastaamaan.
”Tuohan on juuri tapasi keskustella tällä palstalla; heittelet omia juttujasi ja oletat, ettei kukaan niitä tarkista.”
Olet oikeasti kuin joku sketsihahmo, Projektio-ROT, jonka erityistaito on ylikorostetusti projisoida omia käytösmalleja muihin henkilöihin.
”Onko sinussa miestä myöntää, että olit väärässä?”
Tietenkin myönnän kirjoittaneeni tuossa kappaleessa huolimattomasti ja epätarkasti, mutta ketjun lukemalla pitäisi jokaisen ymmärtää argumenttini, ja tämän olevan täysin epäolennainen savuverho. Onko sinussa miestä myöntämään ne kymmenet virheet tässäkin ketjussa, jotka johtuvat oikeasti siitä ettet tiedä miten ne asiat oikeasti ovat?
”Ja sinulta en ole vaihtoehtoisesta silmukoinnista oppinut yhtään mitään. Enkä muistakaan mekanismeista.”
Minä kerroin sykysllä 2015 useita kertoja, että Kohl pyrkii saamaan vaihtoehtoisesta silmukoinnista vetoapua mallilleen ja kerroin kuinka tuo mekanismi todellisuudessa toimii, etkä sinä reagoinut kirjoituksiini silloin mitenkään. Vasta kevättalvella 2016 aloit kirjoittaa vaihtoehtoisesta silmukoinnista, ja silloinkin alkuun kerroit sen useaan otteeseen olevan epigeneettisesti tarkasti säädeltyä mRNA:n modifiointia, ja minä korjasin sen olevan esi-mRNA:n post-transkriptionaalista modifiointia ja vain osittain epigeneettisesti säädeltyä.
Kerroin jo silloin spliseosomin toiminnan vaativan ainakin 5´silmukointikohdan GU dinukleotidilla ja konsensussekvenssillä, 3´silmukointikohdan AG dinukleotideilla ja konsensussekvenssillä, polypyrimidiini- ja haara-alueet, ja sen millä eri tavoin vaihtoehtoinen silmukointi voi tapahtua.
”Jos et edes ymmärrä, ettei mRNA ole DNA:n kopio, niin miksi haluaisin oppia sinulta yhtään mitään?”
Ad hominen argumentaatio ei pelasta sinua siltä, että ilman Dunning-Kruger vaikutusta voisit oppia hyvinkin paljon.
”Mutta tulkitsen kommenttisi niin, että pikku hiljaa alat myöntää, että DNA on passiivista informaatiota, joka ei kontrolloi solun tapahtumia. Kontrolloivia elementtejä ovat RNA-tuotteet, joita valmistetaan DNA-kirjastosta.”
Tulkitse aivan miten haluat, minua ei kiinnosta lapsellinen ”mun iskä on kovempi ku sun iskä” vertailu täysin välttämättömien nukleiinihappojen välillä, tai ylipäätään erilaisten makromolekyylien kesken. Solun toimintojen aikaansaanti ja kontrollointi vaatii lukemattomia erilaisia tekijöitä, joista sekä DNA:lla että RNA:lla ratkaisevat roolinsa. Kerro minulle looginen perustelu sille miksi nimenomaan RNA on se ainoa pääkontrolleri, eivätkä esim. proteiinit kuten transkriptiota säätelyllä kontrolloivat transkriptiotekijät (yhdessä RNA-polymeraasin kanssa), morfogeneesiä kontrolloivat kasvutekijät (esim. TGF-β, Shh, BMP), Wnt-solusignalointiproteiinit jne.?
”Näin se menee.”
Jos määrittelemme RNA merkittävimmäksi kontrolleriksi, niin miten se konkretian tasolla vie meitä lähemmäs suunnittelua, Jumalan olemassaoloa ja Raamatun totuutta? - ”Ei mRNA ole enää DNA:n kopio. Solon ei ymmärrä, että ainoastaan pre-mRNA on kopio DNA-jaksosta, mutta sitä muokataan vaihtoehtoisessa silmukointiproseduurissa ennen translaatiota.”
Älä nyt kehtaa päteä moisesta perusasiasta, jonka jokaisen lukion käyneenkin pitäisi ymmärtää, varsinkaan kun jokainen voi palstahistoriasta tarkistaa, että minä kerroin sinulle useita kertoja vaihtoehtoisesta silmukoinnista, sen toiminnasta ja ylipäätään post-transkriptionaalisesta modifioinnista useita kertoja sitä ennen, kuin sinä ensimmäistä kertaa yritit niistä edes jotain onnetonta selostaa.
Juuri ennen tuota tuota lausetta kirjoitin, että mRNA:t rakentuvat DNA:n informaation ohjaamina, vaikka prosessit eivät aina olekaan mitenkään suoraviivaisia. Tämä tarkoittaa sitä, että vaikka esi-mRNA:ta voidaan modifioida vaihtoehtoisessa silmukoinnissa esim. eksonin ohituksella, intronin säilyttämisellä, vaihtoehtoisella 5´silmukointikohdalla, vaihtoehtoisella 3´silmukointikohdalla tai vastavuoroisesti toisensa poissulkevien eksonien muodossa ja koodaavaan alueen 5´päähän lisätään 5´hattu ja 3´päähän poly-A-häntä, niin silti kypsän mRNA:n funktionaalinen informaatio rakentuu pääosin siitä geenin DNA:sta. Useinmiten solu hyödyntää, kuten ylempänä osoitin, nimenomaan sitä villityypin proteiinia, eli normaalissa silmukoinnissa eksonin DNA:sta käänntettyä informaatiota ja siitä translaatiossa rakentuvaa isoformia.
”DNA on passiivista informaatiota. Solusta voidaan poistaa koko genomi ja se kykenee elämään ilman DNA:ta varsin pitkään.”
Se on oikeastaan sekä passiivista että aktiivista informaatiota. Jos solusta poistetaan DNA, se ei kykene tuottamaan lisää mRNA:ta. Tämä johtaa siihen, että kun jo tuotetut proteiinit ja muut biomolekyylit on käytetty loppuun, solu alkaa hajota ja kuolee pois, kun se ei kykene replikaatioon.
”Kantasolussa on DNA tallella täydellisenä, mutta solu ei pluripotenttina kantasoluna tee yhtään mitään, koska siltä puuttuvat identiteetin määrittelevät ohjeet, eli epigeneettiset informaatiorakenteet.”
Hypometyloitu kantasolu on aktiivisen transkription tilassa, eikä se voi erilaistua ilman epigeneettisiä modifikaatioita. Solusyklistä riippuvaiset transkriptiotekijät aktivoivat DNMT-geenien ilmentymisen, ja koodatut DNMT3a, DNMT3b ja DNMT3l DNA-metyylitransferaasit katalysoivat de novo metylaation siirron [1], joka mahdollistaa erilaistumisen alkamisen. Solusykliä säätelevät puolestaan sykliinien ja sykliineistä riippuvaisten kinaasien muodostama proteiinikompleksi, transkriptiotekijät, kasvutekijät, epigeneettiset modifikaatiot jne. Kuten sinunkin pitäisi havaita, käytännössä kaikessa säätelyssä on kyse monimutkaisesta orkesterista, jossa on useita kontrollereita ja määrittäjiä, ja hyvin usein ne löytyvät DNA:n informaatiosta.
[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4003274/
”DNA:n passiivinen luonne on yksi niistä asioista, jonka myöntävät jopa ne evoluutiobiologit, jotka ovat muuttamassa evoluutioteorian periaatteita. Solonille tämän tieteellisen faktan ymmärtäminen tuntuu olevan mahdotonta.”
Kyllä minä sen ymmärrän hyvinkin, että DNA-templaatin voi nähdä pasiivisena, kuten Shapiro ja Noble esimerkisi ovat esittäneet, jos dymaaminen solujen säätelyverkosto suljetaan ajattelun ulkopuolelle. Mutta onko se millään tavalla mielekäs lähtökohta? Yhtä hyvin voi argumentoida, että koko säätelyverkosto, epigeneettiset modifikaatiot mukaanlukien, on vain passiivinen verkosto, elleivät ne saa DNA:n informaatiota työstettäväkseen.
”Mutta olkaa aktiivisia ja lukekaa, mitä maailmalla tapahtuu!”
Voisit lukea hiukan lisää meidän pluripotenteista kantasoluistamme, ettei sinun tarvitse enää käyttää tuota yksinkertaistettua fraasia, jota aina toistat [2]. Voisit myös lukea vaihtoehtoisen silmukoinnin säätelystä ja erilaistumisesta eri pääryhmien ja lajien välillä (evoluutiosta), ja ymmärtää, että ne tapahtuvat laajoilta osin geneettisten mekanismien kautta [3]. Älä huoli, kummatkin tutkimukset ovat viime vuodelta, eivät 80-luvulta.
[2] https://www.nature.com/articles/ncomms15055
[3] https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/02/13/107938.full.pdf
”Tämäkin havainto entisestään korostaa sitä, että solun mekanismit lukevat DNA:n jaksoja ja valitsevat niistä sellaisia jaksoja, joita voisi käyttää RNA-tuotteiden valmistukseen.”
Eivät ne mitään valitse. Vaihtoehtoinen silmukointi tuottaa lukemattomia toimimattomia ennenaikaisen lopetuskodonin sisältäviä transkriptejä, joita NMD pyrkii poistamaan, vaikka joillakin lyhyillä proteiini-isoformeille onkin funktio, Tämän lisäksi siitä valtavasta massasta potentiaalisesti funktionaalisia transkripti-isoformeja solu hyödyntää hyvin suuressa määrin vain villityypin isoformia. Mikään älykäs taho ei suunnittelisi näin tuhlaavaista mekanismia, mutta evoluution kautta kompromissina proteomin diversiteetin laajentuma esim. ympäristötekijöiden stressivaikutukseen reagoimiseen ja toisaalta geenien ilmentymisen säätelyn mekanismina tällainen on ymmärrettävissä. - ”Sinulta jäi osoittamatta se olennainen, eli et kyennyt todistamaan, että DNA:lla olisi kontrolli solun mekanismeista.”
Sinulla on vahvistusharhan ajamana kummallinen tapa nähdä asiat hyvin mustavalkoisesti ja ehdottomina. Se, että DNA:n säätelyelementtejä, koodaavien alueiden sekvenssejä ja funktionaalisia lopputuotteita voidaan myös epigeneettisesti modifioida, ja ne sekvenssit voivat käydä lävitse post-transkriptionaalista modifiointia kuten vaihtoehtoisessa silmukoinnissa, niin silti se DNA:n informaatio on siellä kaiken pohjalla. Solun toimintaohjeet löytyvät pääosin tuman rakenteiden ja dynamiikan kompleksista, ja tuon kokonaisuuden pääarkkitehteinä toimivat esim. erilaiset proteiinit, kuten transkriptiotekijät, kasvutekijät ja katalyytteinä toimivat entsyymit, samoin kuin erilaiset ncRNA:t ja katalyytteinä toimivat ribotsyymit.
Nämä kaikki rakentuvat DNA:n informaation ohjaamina, vaikka prosessit eivät aina olekaan mitenkään suoraviivaisia. Mistä luulet kopiotuvan mRNA:n saavan informaationsa, tai mistä ncRNA-molekyylit saavat suurimman osan informaatiostaan? Ei, se informaatio ei tule kuin osin epigeneettisistä markkereista. Oletko kaatamassa sitä 1950-luvulta asti ollutta paradigmaa, että DNA:n informaatio kopioituu mRNA:han, ja toimii funktionaalisten proteiinien ja muiden biomolekyylien rakennusohjeena? Kuten olen aina sanonut, niin solujen mekanismien toiminnan kontrolloinnin ja säätelyn taustalla on hyvin kompleksisinen joukko erilaisia tekijöitä, paljon muutakin kuin suoraan DNA:sta rakentuvaa, mutta silti DNA:n vähätteleminen, edes uskonnollisen agendan tähden, on hyvin kummallista.
”Ehkä alat vähitellen ymmärtää, hyvä niin. Se on ensimmäinen askel sen ymmärtämiseen, ettei evoluutiota tapahdu.”
Itse toivoisin, että saisit hiljalleen purettua niitä kognitiivisten vinouminen myötä syntyneitä haitallisia ajatusmalleja, ja pystyisit analyyttisen ajattelun kautta ymmärtämään vahvistusharhan luoman suppean kuvan sijaan laajoja todellisia kokonaisuuksia. Ehkä sitten voisit ymmärtää, että evoluutiota todella tapahtuu, ja evoluutioteoria on paras malli selittämään objektiiviset havainnot.
”Aurinkoista sunnuntaita!”
Sitä samaa! - Vielä enemmän se osoittaa käsittämättömän voimakkaita kognitiivisia vinoumia, kuten vahvistusharhaa ja Dunnig-Kruger -vaikutusta.
- ”Jokainen noista DNA-jaksoista käy läpi vaihtoehtoisen silmukointimekanismin. Huono yritys.”
Mitä sitten vaikka kävisikin, jos kuitenkin funktionaalinen lopputuote on käytännössä villityypin proteiini-isoformi, eli mRNA on rakennettu suoraan alkuperäisten eksonien DNA:sta?
”SEG-geenejä koskeva tutkimus oli vuodelta 2005. 13 vuodessa tutkimus ja ymmärrys on mennyt eteenpäin. Yrität reppana vielä roikkua kiinni jossakin 12 prosentissa ja uskotella ihmisille, että DNA:lla olisi jonkinlainen kontrolli.”
Näköjään osuus on pienentynyt pari prosenttia [1], mutta pointtihan oli siinä, että yhden eksonin geenit eivät luonnollisesti käy lävitse vaihtoehtoista silmukointia, koska niissä ei ole introneita ja vain yksi eksoni, jonka DNA:sta mRNA kopioidaan suoraan ja lopputuote translaatiossa valmistetaan. En yritä uskotella ihmisille mitään, vaan kerron sen faktan, että soluprosessien ja niiden kontrolloinnin taustalla ovat tuman rakenteet ja kompleksinen dynamiikka, joka sisältää esim. proteiini-proteiini yhteistoimintaa, geenien kontrollointia, kasvutekijöitä, lukuisia erilaisia RNA-molekyylejä, muita biomolekyylejä, soluviestintää monimutkaisine signaalitransduktioineen jne.
[1] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4897596/
”Jo se, että solu lukee SEG-jaksoja ja RAKENTAA niistä mRNA:n todistaa, ettei DNA mitään kontrolloi.”
Miten mRNA-ketju rakentuu ja mitä informaatiota se sisältää, jos se ei rakennu sen eksonin DNA:n emäsjärjestyksen ohjaamana sisältäen eksonin DNA:n informaation? Toki se käy lävitse ennen translaatioon päätymistä post-transkriptionaalista modifiointia, jossa esim. mRNA:n koodaavaan alueen 5´päähän lisätään 5´hattu ja 3´päähän poly-A-häntä, mutta funktionaalinen informaatio rakentuu siitä DNA:sta.
”Histonien epigeneettiset markkerit asettavat paikalleen pääsääntöisesti pitkät koodaamattomat RNA-molekyylit, ei siis DNA. Esim. siemennesteessä on satojatuhansia erilaisia RNA-tuotteita, joiden välittämästä informaatiosta osa tallennetaan histonien markkereihin. Sinulla on perusasiat ihan hukassa.”
Eivät aseta, vaan siirtoa katalysoivat histoni metyylitransferaasit, histoni asetyylitransferaasit ja erilaiset proteiinikompleksit, joita ja joiden osia geenit koodaavat lopputuotteinaan. Siemennesteessä kulkeutuvista eksosomeista ei todellakaan ole löydetty tuollaista määrää erilaisia RNA-molekyylejä, mutta niiden kuljettamilla ncRNA-molekyyleillä ja proteiineilla on toki tärkeitä funktioita [2,3]. Sekoitat jatkuvasti siemennesteen vesikkeleiden kuljettamat biomolekyylit ja kypsyneiden siittiösolujen akrosomeista ja sentrosomeista transferaasien siirtämät RNA-transkriptit. Sinä et ole perusteita ikinä opetellutkaan.
[2] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4755440/
[3] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4066774/
”Puhut jälleen epigeneettisistä ja suunnitelluista mekanismeista. Kiitos.”
Melkoisen laveasti pitäisi epigenetiikka määritellä, jos esim. cis-vaikutteiset esi-mRNA:n säätelyelementit (tehostajat, hiljentäjät) ja transkriptiotekijöinä toimivat RNA-sitoutumisproteiinit halutaan sellaisina nähdä. Olet uskomattoman hassu, kun kuvittelet, että jos puhunkin epigeneettisistä mekanismeista, niin se jotenkin tukisi harhaisia käsityksiäsi ja suunnittelua.
”alternative splicing dna methylation (solon sanoo, etteivät dna:n metylaatioprofiilit vaikuta silmukointiin)”
Kirjoitin, että DNA-metylaatiolla on myös useita säätelytoimintoja, mutta merkitys ei ole samanlainen kuin esim. histonimodifikaatioilla [4].
Lainaus: ”Two different mechanisms convey DNA methylation information into the regulation of alternative splicing...These two mechanisms, however, regulate only a fraction of such events.”
[4] http://www.cell.com/trends/genetics/fulltext/S0168-9525(15)00040-2
”alternative splicing histone modification (solon ei edes tätä ymmärrä)”
Kirjoitin juuri, että kromatiinin rakennetta muokkaavat histonimodifikaatiot ovat yksi merkittävä säätelymekanismi vaihtoehtoisessa silmukoinnissa, paljon tärkeämpi kuin DNA-metylaatio.
”alternative splicing microrna regulation”
Olen kertonut sinulle, että miRNA-molekyyleillä on lukuisia säätelytoimintoja vaihtoehtoisessa silmukoinnissa.
”Mitä tulee enhancer-proteiineihin, niin solon on muna-kana -ongelman edessä. Koska nämäkin proteiinit tarvitsevat oman tuotantoproseduurinsa, jossa jälleen epigeneettiset tekijät vaikuttavat niiden rakentamiseen.”
Aktiivisesti transkriptoitavia geenejä ei tietenkään metyloida, eikä transkriptiotekijöiden koodauksessa tai niiden sitoutumiskohtien synnyssä ole mitään poikkeavaa verrattuna muuhun genomin molekyylievoluution, vaan nekin syntyvät esim. duplikaatioiden ja de novo innovaatioiden synnyttäminä. Juuri tehostaja-alueiden ja niihin sitoutuvien transkriptiotekijöiden evoluutio ja niiden vaikutus geenien ilmentymiseen on ollut yksi suurimmista tekjöistä meidän ja simpanssien välisten erojen synnyssä [5].
[5] https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/07/16/083212.full.pdf - Noin+92-95%+monieksonisista+geeneistä+käy+lävitse+vaihtoehtoisen+silmukoinnin,+mutta+vaikka+silmukointivariantteja+syntyy+siis+paljon,+ei+se+tarkoita+automaattisesti+niiden+päätymistä+translaatioon+ja+toimiviksi+proteiineiksi.+Monimuotoisuuden+taustalla+voikin+olla+suuremmassa+mittakaavassa+geenien+ilmentymisen+säätelyn+monitasoisuus,+mukaan+lukien+epigeneettinen+säätely,+kuin+vaihtoehtoiset+transkripti-isoformit.+
- Gish Gallop näköjään jatkuu, mutta tähän voi onneksi vastata kopioimalla vahoja viestejä.
Ihmisten parinkymmenen tuhannen koodaavan geenin teoreettinen potentiaali on pari miljoonaa erilaista proteiinia, jos lasketaan se maksimi, jonka vaihtoehtoinen silmukointi, vaihtoehtoiset promoottorit ja vaihtoehtoiset transkription aloituskohdat voisivat erilaisia variantteja tuottaa, mutta todellisten tapahtumien kanssa se ei näytä suoraan korreloivan.
Ihmiseltä on löydetty tähän mennessä (2017) n. 20 000 todennäköisesti funktionaalista proteiinia [1], niistä n. 80 000 vaihtoehtoista transkriptivarianttia (isoformia) ja tämän hetken ennusteet ovat maksimissaan n. 200 000 variantissa. Näitä transkriptien variaatioita on kuitenkin identifiotu pääosin RNA-sekvenssitutkimuksissa, eikä niinkään proteomianalyysin yhteydessä, joissa selvitetään niiden toiminnallisuutta sekä niiden todellista määrää soluissa että evolutiivista konservoitumista, joiden kautta voidaan päätellä translaatioon päätyneiden transkriptien määrää.
Tällaiset proteomianalyysit ovat osoittaneet, että solut pyrkivät käyttämään tiettyä proteiini-isoformia, mutta jotuvat hyödyntämään välillä esim. helpommin laskostuvaa muotoa. Näyttääkin siltä, että proteomin kompleksisuus ja kudosten erityispiirteet ovat ennemminkin, ainakin jossain määrin, seurausta geenien ilmentymisen muista vaiheista ja muusta säätelystä, kuin erilaisten vaihtoehtoisesti prosessoitujen proteiinivarianttien määrästä [2].
Viime vuoden tammikuussa (2017) neXtProt:n mukaan HPP oli edennyt 20 055 erilaiseen proteiiniin, joista 16 518 on tähän mennessä identifioitu toiminnalliseksi proteiiniksi. Muut projektit ovat tällä hetkellä vielä pienemmissä luvuissa. RefSeq:n mukaan funktionaalisia silmukointivariantteja (isoformia) ei todellisuudessa olisi kuin pari/koodaava geeni, ja GENCODE (osa ENCODE-projektia) pysyttelee nykyisissä arvioissaan muutamassa toiminnallisessa variantissa/geeni.
[1] https://www.nature.com/articles/ncomms14271
[2] http://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/fulltext/S0968-0004(16)30118-9
”Esimerkiksi hedelmäkärpäsen Dscam -geenistä voidaan valmistaa peräti 38 016 erilaista proteiinia.”
Juuri tällaiset havainnot, joita massaspektrometria ja RNA-sekvensointia hyödyntäen saatiin aikaiseksi, laukaisivat hurjat spekulaatiot toiminnallisten proteiinien määrästä. Aivan parina viime vuotena on kuitenkin, kuten jo ensimmäisessä vastauksessani kerroin, kyetty myös analysoimaan silmukointivarianttien toiminnallisuutta, määrää soluissa ja konservoitumista, ja havaittu että suuri(n) osa transkripteistä ei päädy translaatioon ja siten toiminnalliseksi proteiiniksi, vaan kyseessä on erilaiset silmukointivirheet.
”Vaihtoehtoista silmukointia ohjaavat useat epigeneettiset tekijät, kuten DNA:n metylaatioprofiilit, histonien epigeneettiset markkerit sekä koodaamattomien RNA-molekyylien epigeneettiset markkerit, joita tunnetaan yli 140 erityyppistä.”
Todellisuudessa vaihtoehtoisen silmukoinnin merkittävimmät ohjaustekijät ovat cis-reaktiivisten RNA-elementtien ja RNA-sitoutumisproteiinien (esim. PTBP1) yhteistoiminta, RNA-RNA emäspariutuminen ja kromatiinin rakennetta muokkaavat histonimodifikaatiot. DNA-metylaatiolla on myös useita säätelytoimintoja, mutta merkitys ei ole samanlainen kuin esim. histonimodifikaatioilla. Se, että on löydetty 140 modifioitua RNA-nukleotidivarianttia ei tietenkään tarkoita niiden kaikkien olevan osallisena vaihtoehtoisessa silmukoinnissa, mutta esim. N6-metyyliadenosiinilla (m6A) on merkittävä roolinsa. - ”Lässynlässyn.+Jokainen+näistä+ns.+geeneistä+käy+läpi+vaihtoehtoisen+silmukointiproseduurin+osoittaen,+että+itse+DNA-jakso+ei+ohjaa+yhtään+mitään.+Ohjaus+on+epigeneettisissä+tekijöissä,+joista+suurinta+osaa+tiede+ei+vielä+edes+tunne.”
- ”RNA-molekyylit kuuluvat epigeneettisiin mekanismeihin, joten tässäkin asiassa jäit toiseksi.”
Missä jäin toiseksi? Epigenetiikalla tarkoitetaan päällekkäin oikeastaan kahta asiaa, ja tämä aiheuttaa jonkun verran sekaannusta, ja sinulle sitäkin enemmän. Perinteisemmin epigenetiikalla on tarkoitettu periytyvien ominaisuuksien siirtoa solun tai eliön seuraaville sukupolville siten, ettei periytyvä informaatio ole koodattuna DNA:n tai RNA:n sekvenssiin. Tämä on nimenomaan se puoli, joka on ollut keskustelun keskipisteessä. Ja vielä tarkemmin se, että kuinka stabiileja epigeneettiset modifikaatiot voivat olla, ja voivatko ne näytellä suurta roolia biodiversiteetin kehityksessä.
Ja sitten on se toinen puoli. Termiä on alettu viimeisen kymmenen vuoden aikana käyttää myös yleisemmin kaikista funktionaalisesti relevanteista muutoksista genomissa, jotka eivät kuitenkaan muuta itse nukleotidisekvenssiä. Sinä olet nimenomaan keskittynyt viime aikoina tähän jälkimmäiseen, vaikka evoluutiota vastustavana olisit paljon loogisempi, jos keskittyisit sen alkuperäiseen merkitykseen.
Tällä tavoin määriteltynä käytännössä suuri osa geenien ilmentymisen säätelyyn liittyvistä tekijöistä, mukaan luettuna erilaiset ncRNA-molekyylit kuin myös modifioidut mRNA-molekyylit ja RNAi-mekanismi, voidaan laskea epigeneettisiksi, mutta ei suurinta osaa tukijoita kiinostaa oikeastaan pätkääkään, että käytetäänkö jotain erityistä nimitystä vai puhutaanko edelleen yleisesti vain geenien säätelytoiminnoista ja niihin vaikuttavista tekijöistä. Olen tästä aiemminkin sinulle maininnut, mutta et osaa mitenkään perustella agendaasi.
”Havainto koodaamattomien eksonien päätymisestä vaihtoehtoiseen silmukointiproseduuriin herättää älykkäissä ihmisissä heti muutamia kysymyksiä: - Mitkä tekijät ohjaavat ja säätelevät ko. silmukointiproseduuria? (Vastaan itse: epigeneettiset tekijät, kuten histonien epigeneettiset markkerit, DNA:n metylaatioprofiilit ja yli 140 tunnettua RNA:n erityyppistä epigeneettistä markkeria.)”
Et olisi sitten itse vastannut. Todellisuudessa vaihtoehtoisen silmukoinnin merkittävimmät ohjaustekijät ovat cis-reaktiivisten RNA-elementtien ja RNA-sitoutumisproteiinien (esim. PTBP1) yhteistoiminta, RNA-RNA emäspariutuminen ja kromatiinin rakennetta muokkaavat histonimodifikaatiot. DNA-metylaatiolla on myös useita säätelytoimintoja, mutta merkitys ei ole samanlainen kuin esim. histonimodifikaatioilla. Se, että on löydetty 140 modifioitua RNA-nukleotidivarianttia ei tietenkään tarkoita niiden kaikkien olevan osallisena vaihtoehtoisessa silmukoinnissa, mutta esim. N6-metyyliadenosiinilla (m6A) on merkittävä roolinsa.
”- Mitä voimme sanoa DNA:n luonteesta em. havaintojen jälkeen? (Vastaan itse: DNA on vain hyvin karkea digitaalinen tallennusmuoto, jota solu käyttää raaka-aineena RNA:n tuotannossa. RNA-molekyylit välittävät signaaleja solujen välillä ja vastaavat myös periytyvien ominaisuuksien välittämisestä jälkipolville.)”
Aika onnettoman yksinkertaistettu kuva sinulle on muodostunut DNA:n luonteesta [3]. Tämäkään ei ole vähättelyä, mutta eksosomien RNA-molekyyleillä on kohtuullisen pieni rooli solujen signaalitransduktiossa, ja vielä pienempi rooli kokonaiskuvassa on jälkeläisille välittyvillä lncRNA-, pri-miRNA-, piRNA- ja miRNa-molekyyleillä, joten niiden esiin nostaminen vaikuttaa melko keinotekoiselta ja tarkoitushakuiselta.
[3] https://en.wikipedia.org/wiki/DNA#Biological_functions
Lopun tyhjyyttään kumiseva hätähuuto alkaa olla jo hyvin koominen, eikä sille löydy minkäänlaista tukea tieteellisestä tutkimuksesta. Olet kantasi lukinnut, eikä siinä mitään, mutta se aiheuttaa sen ettei sinulle ole mitään hyötyä esitellä niitä lukemattomia mekanismeja joita tutkijat ovat evoluutiolle löytäneet. Tämä on nähty jo satoja kertoja. - Jaa, että tästä piti tehdä vielä oma avaus, ja vielä kaksin kappalein? No, kopioidaan vastaukset näihinkin, jos nämä joskus tulevaisuudessa ponnahtavat esille, eikä kukaan enää löydä alkuperäistä ketjua.
”Termi 'gene evolution' tarkoittaa nyt paniikissa oleville evolutionisteille sitä, että solu rakentaa erittäin monimutkaisilla mekanismeilla sekä proteiinien koodaamiseen käytettävistä DNA-jaksoista että koodaamattomista jaksoista RNA-molekyylejä, joiden kirjo on aivan uskomaton.”
Olet sinä kyllä koominen hahmo. Jos olisit lukenut linkkaamasi tutkimuksen [1], olisit saattanut ymmärtää, että transkriptionaalisen monimuotoisuuden lisääntyminen luo tilaa uusien molekulaaristen innovaatioiden syntymiselle. Tämä johtuu siitä, että esim. tuon autosomi 21:n vaihtoehtoisten isoformien havaittiin koodaavan 845 uutta mahdollista avointa lukukehystä (ORF), joista voi potentiaalisesti syntyä funktionaalisia polypeptidejä koodavia de novo geenejä. Olethan itsekin polleana pätenyt, että jotkut lncRNA:t voivat koodata proteiineja, ja tästä juuri on kyse. Pieni avoin lukukehys syntyy mutaatioden kautta ja lncRNA-transkripti saa kaksoisfunktion, jolloin se voi koodata mahdollisesti toiminnalliseksi proteiiniksi laskostuvia polypeptidimolekyylejä kuten SPAR [2]. Tällainen on yksi esimerkki täysin uuden geneettisen informaation synnystä.
[1] https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/12/18/136275.full.pdf
[2] https://www.nature.com/articles/nature21034
”Ja nyt koska solon ja muut epärehelliset ateistit ovat viimeinkin tajunneet, ettei DNA kontrolloi yhtään mitään, niin he ovat alkaneet kutsua RNA-molekyylejä geeneiksi, jotta voisivat edelleen sanoa, että geenit kontrolloivat.”
En oikeasti tiedä oletko niin tyhmä, läpeensä epärehellinen vai psykologisten defenssien sokaisema siten, ettet oikeasti kymmenien korjaustenkaan jälkeen ymmärrä lukemaasi. Esim. kolmisen viikkoa sitten kirjoitin turhautuneena tähän samaan toistuvaan olkiukkoon seuraavaa:
”En jaksa enää edes kysyä miksi valehtelet. Olen kertonut sinulle, että osa proteiineja koodaamattomista DNA-jaksoista koodaa kuitenkin toiminnallisia ncRNA-transkriptejä, kuten lncRNA-molekyylejä, ja noista DNA-jaksoista käytetään nimitystä RNA-geeni. Loogista, eikö vain? ”
Geeni sattuu tarkoittamaan toiminnallisia molekyylejä lopputuotteenaan koodaavaa aluetta Tämän takia oli luonnollista kun 90-luvulla havaittiin osan lopullisista funktionaalisista tuotteista olevan erilaisia RNA-molekyylejä, että noitakin alueita kutsutaan geeneiksi. Tällä asialla ei ole mitään tekemistä kuvittelemiesi salaliittojen kanssa. Jos DNA ei kontrolloi mitään, niin miten korvaat esim. alkionkehityksessä homeobox-transkriptiotekijöitä koodaavat geenit, transformoiva kasvutekijä β -perhettä koodaavat geenit, fibroblastikasvutekijöitä koodaavat geenit, Shh-geenit, Wnt-geenit, BMP-geenit, erilaiset SR-silmukointitekijöitä koodaavat geenit ja niitä RNA-molekyylejä koodaavat geenit?
”Niin läpinäkyvää ja niin säälittävää maalitolppien siirtelyä.”
Miten on, mikä yllä esitetyistä vaihtoehdoista saa aikaan tällaista käytöstä?
”Muista solon, kuka sanoi jo kolme vuotta sitten, että solun prosessit ovat RNA:n ohjaamia tapahtumia. Nyt on sinun aika myöntää tappiosi. Olet vain yrittänyt harhaanjohtaa koko ajan, mutta nyt jäit kiinni.”
Elätkö oikeasti jossain vaihtoehtoisessa todellisuudessa? Olen varmaankin 20 vuotta ymmärtänyt, että solun prosesseja ohjaavat tuman rakenteet ja dynamiikka, jonka muodostavat lukuisat erilaiset tekijät, yhtenä merkittävänä osana erilaiset RNA-molekyylit. - ”RNA-molekyylit kuuluvat epigeneettisiin mekanismeihin, joten tässäkin asiassa jäit toiseksi.”
Missä jäin toiseksi? Epigenetiikalla tarkoitetaan päällekkäin oikeastaan kahta asiaa, ja tämä aiheuttaa jonkun verran sekaannusta, ja sinulle sitäkin enemmän. Perinteisemmin epigenetiikalla on tarkoitettu periytyvien ominaisuuksien siirtoa solun tai eliön seuraaville sukupolville siten, ettei periytyvä informaatio ole koodattuna DNA:n tai RNA:n sekvenssiin. Tämä on nimenomaan se puoli, joka on ollut keskustelun keskipisteessä. Ja vielä tarkemmin se, että kuinka stabiileja epigeneettiset modifikaatiot voivat olla, ja voivatko ne näytellä suurta roolia biodiversiteetin kehityksessä.
Ja sitten on se toinen puoli. Termiä on alettu viimeisen kymmenen vuoden aikana käyttää myös yleisemmin kaikista funktionaalisesti relevanteista muutoksista genomissa, jotka eivät kuitenkaan muuta itse nukleotidisekvenssiä. Sinä olet nimenomaan keskittynyt viime aikoina tähän jälkimmäiseen, vaikka evoluutiota vastustavana olisit paljon loogisempi, jos keskittyisit sen alkuperäiseen merkitykseen.
Tällä tavoin määriteltynä käytännössä suuri osa geenien ilmentymisen säätelyyn liittyvistä tekijöistä, mukaan luettuna erilaiset ncRNA-molekyylit kuin myös modifioidut mRNA-molekyylit ja RNAi-mekanismi, voidaan laskea epigeneettisiksi, mutta ei suurinta osaa tukijoita kiinostaa oikeastaan pätkääkään, että käytetäänkö jotain erityistä nimitystä vai puhutaanko edelleen yleisesti vain geenien säätelytoiminnoista ja niihin vaikuttavista tekijöistä. Olen tästä aiemminkin sinulle maininnut, mutta et osaa mitenkään perustella agendaasi.
”Havainto koodaamattomien eksonien päätymisestä vaihtoehtoiseen silmukointiproseduuriin herättää älykkäissä ihmisissä heti muutamia kysymyksiä: - Mitkä tekijät ohjaavat ja säätelevät ko. silmukointiproseduuria? (Vastaan itse: epigeneettiset tekijät, kuten histonien epigeneettiset markkerit, DNA:n metylaatioprofiilit ja yli 140 tunnettua RNA:n erityyppistä epigeneettistä markkeria.)”
Et olisi sitten itse vastannut. Todellisuudessa vaihtoehtoisen silmukoinnin merkittävimmät ohjaustekijät ovat cis-reaktiivisten RNA-elementtien ja RNA-sitoutumisproteiinien (esim. PTBP1) yhteistoiminta, RNA-RNA emäspariutuminen ja kromatiinin rakennetta muokkaavat histonimodifikaatiot. DNA-metylaatiolla on myös useita säätelytoimintoja, mutta merkitys ei ole samanlainen kuin esim. histonimodifikaatioilla. Se, että on löydetty 140 modifioitua RNA-nukleotidivarianttia ei tietenkään tarkoita niiden kaikkien olevan osallisena vaihtoehtoisessa silmukoinnissa, mutta esim. N6-metyyliadenosiinilla (m6A) on merkittävä roolinsa.
”- Mitä voimme sanoa DNA:n luonteesta em. havaintojen jälkeen? (Vastaan itse: DNA on vain hyvin karkea digitaalinen tallennusmuoto, jota solu käyttää raaka-aineena RNA:n tuotannossa. RNA-molekyylit välittävät signaaleja solujen välillä ja vastaavat myös periytyvien ominaisuuksien välittämisestä jälkipolville.)”
Aika onnettoman yksinkertaistettu kuva sinulle on muodostunut DNA:n luonteesta [3]. Tämäkään ei ole vähättelyä, mutta eksosomien RNA-molekyyleillä on kohtuullisen pieni rooli solujen signaalitransduktiossa, ja vielä pienempi rooli kokonaiskuvassa on jälkeläisille välittyvillä lncRNA-, pri-miRNA-, piRNA- ja miRNa-molekyyleillä, joten niiden esiin nostaminen vaikuttaa melko keinotekoiselta ja tarkoitushakuiselta.
[3] https://en.wikipedia.org/wiki/DNA#Biological_functions
Lopun tyhjyyttään kumiseva hätähuuto alkaa olla jo hyvin koominen, eikä sille löydy minkäänlaista tukea tieteellisestä tutkimuksesta. Olet kantasi lukinnut, eikä siinä mitään, mutta se aiheuttaa sen ettei sinulle ole mitään hyötyä esitellä niitä lukemattomia mekanismeja joita tutkijat ovat evoluutiolle löytäneet. Tämä on nähty jo satoja kertoja. - Jaa, että tästä piti tehdä vielä oma avaus, ja vielä kaksin kappalein? No, kopioidaan vastaukset näihinkin, jos nämä joskus tulevaisuudessa ponnahtavat esille, eikä kukaan enää löydä alkuperäistä ketjua.
”Termi 'gene evolution' tarkoittaa nyt paniikissa oleville evolutionisteille sitä, että solu rakentaa erittäin monimutkaisilla mekanismeilla sekä proteiinien koodaamiseen käytettävistä DNA-jaksoista että koodaamattomista jaksoista RNA-molekyylejä, joiden kirjo on aivan uskomaton.”
Olet sinä kyllä koominen hahmo. Jos olisit lukenut linkkaamasi tutkimuksen [1], olisit saattanut ymmärtää, että transkriptionaalisen monimuotoisuuden lisääntyminen luo tilaa uusien molekulaaristen innovaatioiden syntymiselle. Tämä johtuu siitä, että esim. tuon autosomi 21:n vaihtoehtoisten isoformien havaittiin koodaavan 845 uutta mahdollista avointa lukukehystä (ORF), joista voi potentiaalisesti syntyä funktionaalisia polypeptidejä koodavia de novo geenejä. Olethan itsekin polleana pätenyt, että jotkut lncRNA:t voivat koodata proteiineja, ja tästä juuri on kyse. Pieni avoin lukukehys syntyy mutaatioden kautta ja lncRNA-transkripti saa kaksoisfunktion, jolloin se voi koodata mahdollisesti toiminnalliseksi proteiiniksi laskostuvia polypeptidimolekyylejä kuten SPAR [2]. Tällainen on yksi esimerkki täysin uuden geneettisen informaation synnystä.
[1] https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/12/18/136275.full.pdf
[2] https://www.nature.com/articles/nature21034
”Ja nyt koska solon ja muut epärehelliset ateistit ovat viimeinkin tajunneet, ettei DNA kontrolloi yhtään mitään, niin he ovat alkaneet kutsua RNA-molekyylejä geeneiksi, jotta voisivat edelleen sanoa, että geenit kontrolloivat.”
En oikeasti tiedä oletko niin tyhmä, läpeensä epärehellinen vai psykologisten defenssien sokaisema siten, ettet oikeasti kymmenien korjaustenkaan jälkeen ymmärrä lukemaasi. Esim. kolmisen viikkoa sitten kirjoitin turhautuneena tähän samaan toistuvaan olkiukkoon seuraavaa:
”En jaksa enää edes kysyä miksi valehtelet. Olen kertonut sinulle, että osa proteiineja koodaamattomista DNA-jaksoista koodaa kuitenkin toiminnallisia ncRNA-transkriptejä, kuten lncRNA-molekyylejä, ja noista DNA-jaksoista käytetään nimitystä RNA-geeni. Loogista, eikö vain? ”
Geeni sattuu tarkoittamaan toiminnallisia molekyylejä lopputuotteenaan koodaavaa aluetta Tämän takia oli luonnollista kun 90-luvulla havaittiin osan lopullisista funktionaalisista tuotteista olevan erilaisia RNA-molekyylejä, että noitakin alueita kutsutaan geeneiksi. Tällä asialla ei ole mitään tekemistä kuvittelemiesi salaliittojen kanssa. Jos DNA ei kontrolloi mitään, niin miten korvaat esim. alkionkehityksessä homeobox-transkriptiotekijöitä koodaavat geenit, transformoiva kasvutekijä β -perhettä koodaavat geenit, fibroblastikasvutekijöitä koodaavat geenit, Shh-geenit, Wnt-geenit, BMP-geenit, erilaiset SR-silmukointitekijöitä koodaavat geenit ja niitä RNA-molekyylejä koodaavat geenit?
”Niin läpinäkyvää ja niin säälittävää maalitolppien siirtelyä.”
Miten on, mikä yllä esitetyistä vaihtoehdoista saa aikaan tällaista käytöstä?
”Muista solon, kuka sanoi jo kolme vuotta sitten, että solun prosessit ovat RNA:n ohjaamia tapahtumia. Nyt on sinun aika myöntää tappiosi. Olet vain yrittänyt harhaanjohtaa koko ajan, mutta nyt jäit kiinni.”
Elätkö oikeasti jossain vaihtoehtoisessa todellisuudessa? Olen varmaankin 20 vuotta ymmärtänyt, että solun prosesseja ohjaavat tuman rakenteet ja dynamiikka, jonka muodostavat lukuisat erilaiset tekijät, yhtenä merkittävänä osana erilaiset RNA-molekyylit.