solon1

Vapaa kuvaus

Aloituksia

273

Kommenttia

2386

  1. ”RNA-molekyylit+kuuluvat+epigeneettisiin+mekanismeihin,+joten+tässäkin+asiassa+jäit+toiseksi.”Missä+jäin+toiseksi?+Epigenetiikalla+tarkoitetaan+päällekkäin+oikeastaan+kahta+asiaa,+ja+tämä+aiheuttaa+jonkun+verran+sekaannusta,+ja+sinulle+sitäkin+enemmän.+Perinteisemmin+epigenetiikalla+on+tarkoitettu+periytyvien+ominaisuuksien+siirtoa+solun+tai+eliön+seuraaville+sukupolville+siten,+ettei+periytyvä+informaatio+ole+koodattuna+DNA:n+tai+RNA:n+sekvenssiin.+Tämä+on+nimenomaan+se+puoli,+joka+on+ollut+keskustelun+keskipisteessä.+Ja+vielä+tarkemmin+se,+että+kuinka+stabiileja+epigeneettiset+modifikaatiot+voivat+olla,+ja+voivatko+ne+näytellä+suurta+roolia+biodiversiteetin+kehityksessä.Ja+sitten+on+se+toinen+puoli.+Termiä+on+alettu+viimeisen+kymmenen+vuoden+aikana+käyttää+myös+yleisemmin+kaikista+funktionaalisesti+relevanteista+muutoksista+genomissa,+jotka+eivät+kuitenkaan+muuta+itse+nukleotidisekvenssiä.+Sinä+olet+nimenomaan+keskittynyt+viime+aikoina+tähän+jälkimmäiseen,+vaikka+evoluutiota+vastustavana+olisit+paljon+loogisempi,+jos+keskittyisit+sen+alkuperäiseen+merkitykseen.Tällä+tavoin+määriteltynä+käytännössä+suuri+osa+geenien+ilmentymisen+säätelyyn+liittyvistä+tekijöistä,+mukaan+luettuna+erilaiset+ncRNA-molekyylit+kuin+myös+modifioidut+mRNA-molekyylit+ja+RNAi-mekanismi,+voidaan+laskea+epigeneettisiksi,+mutta+ei+suurinta+osaa+tukijoita+kiinostaa+oikeastaan+pätkääkään,+että+käytetäänkö+jotain+erityistä+nimitystä+vai+puhutaanko+edelleen+yleisesti+vain+geenien+säätelytoiminnoista+ja+niihin+vaikuttavista+tekijöistä.+Olen+tästä+aiemminkin+sinulle+maininnut,+mutta+et+osaa+mitenkään+perustella+agendaasi.+”Havainto+koodaamattomien+eksonien+päätymisestä+vaihtoehtoiseen+silmukointiproseduuriin+herättää+älykkäissä+ihmisissä+heti+muutamia+kysymyksiä:+-+Mitkä+tekijät+ohjaavat+ja+säätelevät+ko.+silmukointiproseduuria?+(Vastaan+itse:+epigeneettiset+tekijät,+kuten+histonien+epigeneettiset+markkerit,+DNA:n+metylaatioprofiilit+ja+yli+140+tunnettua+RNA:n+erityyppistä+epigeneettistä+markkeria.)”Et+olisi+sitten+itse+vastannut.+Todellisuudessa+vaihtoehtoisen+silmukoinnin+merkittävimmät+ohjaustekijät+ovat+cis-reaktiivisten+RNA-elementtien+ja+RNA-sitoutumisproteiinien+(esim.+PTBP1)+yhteistoiminta,+RNA-RNA+emäspariutuminen+ja+kromatiinin+rakennetta+muokkaavat+histonimodifikaatiot.+DNA-metylaatiolla+on+myös+useita+säätelytoimintoja,+mutta+merkitys+ei+ole+samanlainen+kuin+esim.+histonimodifikaatioilla.+Se,+että+on+löydetty+140+modifioitua+RNA-nukleotidivarianttia+ei+tietenkään+tarkoita+niiden+kaikkien+olevan+osallisena+vaihtoehtoisessa+silmukoinnissa,+mutta+esim.+N6-metyyliadenosiinilla+(m6A)+on+merkittävä+roolinsa.”-+Mitä+voimme+sanoa+DNA:n+luonteesta+em.+havaintojen+jälkeen?+(Vastaan+itse:+DNA+on+vain+hyvin+karkea+digitaalinen+tallennusmuoto,+jota+solu+käyttää+raaka-aineena+RNA:n+tuotannossa.+RNA-molekyylit+välittävät+signaaleja+solujen+välillä+ja+vastaavat+myös+periytyvien+ominaisuuksien+välittämisestä+jälkipolville.)”Aika+onnettoman+yksinkertaistettu+kuva+sinulle+on+muodostunut+DNA:n+luonteesta+[3].+Tämäkään+ei+ole+vähättelyä,+mutta+eksosomien+RNA-molekyyleillä+on+kohtuullisen+pieni+rooli+solujen+signaalitransduktiossa,+ja+vielä+pienempi+rooli+kokonaiskuvassa+on+jälkeläisille+välittyvillä+lncRNA-,+pri-miRNA-,+piRNA-+ja+miRNa-molekyyleillä,+joten+niiden+esiin+nostaminen+vaikuttaa+melko+keinotekoiselta+ja+tarkoitushakuiselta.[3]+https://en.wikipedia.org/wiki/DNA#Biological_functionsLopun+tyhjyyttään+kumiseva+hätähuuto+alkaa+olla+jo+hyvin+koominen,+eikä+sille+löydy+minkäänlaista+tukea+tieteellisestä+tutkimuksesta.+Olet+kantasi+lukinnut,+eikä+siinä+mitään,+mutta+se+aiheuttaa+sen+ettei+sinulle+ole+mitään+hyötyä+esitellä+niitä+lukemattomia+mekanismeja+joita+tutkijat+ovat+evoluutiolle+löytäneet.+Tämä+on+nähty+jo+satoja+kertoja.
  2. ”Termi+'gene+evolution'+tarkoittaa+nyt+paniikissa+oleville+evolutionisteille+sitä,+että+solu+rakentaa+erittäin+monimutkaisilla+mekanismeilla+sekä+proteiinien+koodaamiseen+käytettävistä+DNA-jaksoista+että+koodaamattomista+jaksoista+RNA-molekyylejä,+joiden+kirjo+on+aivan+uskomaton.”Olet+sinä+kyllä+koominen+hahmo.+Jos+olisit+lukenut+linkkaamasi+tutkimuksen+[1],+olisit+saattanut+ymmärtää,+että+transkriptionaalisen+monimuotoisuuden+lisääntyminen+luo+tilaa+uusien+molekulaaristen+innovaatioiden+syntymiselle.+Tämä+johtuu+siitä,+että+esim.+tuon+autosomi+21:n+vaihtoehtoisten+isoformien+havaittiin+koodaavan+845+uutta+mahdollista+avointa+lukukehystä+(ORF),+joista+voi+potentiaalisesti+syntyä+funktionaalisia+polypeptidejä+koodavia+de+novo+geenejä.Olethan+itsekin+polleana+pätenyt,+että+jotkut+lncRNA:t+voivat+koodata+proteiineja,+ja+tästä+juuri+on+kyse.+Pieni+avoin+lukukehys+syntyy+mutaatioden+kautta+ja+lncRNA-transkripti+saa+kaksoisfunktion,+jolloin+se+voi+koodata+mahdollisesti+toiminnalliseksi+proteiiniksi+laskostuvia+polypeptidimolekyylejä+kuten+SPAR+[2].+Tällainen+on+yksi+esimerkki+täysin+uuden+geneettisen+informaation+synnystä.[1]+https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/12/18/136275.full.pdf[2]+https://www.nature.com/articles/nature21034”Ja+nyt+koska+solon+ja+muut+epärehelliset+ateistit+ovat+viimeinkin+tajunneet,+ettei+DNA+kontrolloi+yhtään+mitään,+niin+he+ovat+alkaneet+kutsua+RNA-molekyylejä+geeneiksi,+jotta+voisivat+edelleen+sanoa,+että+geenit+kontrolloivat.”En+oikeasti+tiedä+oletko+niin+tyhmä,+läpeensä+epärehellinen+vai+psykologisten+defenssien+sokaisema+siten,+ettet+oikeasti+kymmenien+korjaustenkaan+jälkeen+ymmärrä+lukemaasi.+Esim.+kolmisen+viikkoa+sitten+kirjoitin+turhautuneena+tähän+samaan+toistuvaan+olkiukkoon+seuraavaa:”En+jaksa+enää+edes+kysyä+miksi+valehtelet.+Olen+kertonut+sinulle,+että+osa+proteiineja+koodaamattomista+DNA-jaksoista+koodaa+kuitenkin+toiminnallisia+ncRNA-transkriptejä,+kuten+lncRNA-molekyylejä,+ja+noista+DNA-jaksoista+käytetään+nimitystä+RNA-geeni.+Loogista,+eikö+vain?+”Geeni+sattuu+tarkoittamaan+toiminnallisia+molekyylejä+lopputuotteenaan+koodaavaa+aluetta+Tämän+takia+oli+luonnollista+kun+90-luvulla+havaittiin+osan+lopullisista+funktionaalisista+tuotteista+olevan+erilaisia+RNA-molekyylejä,+että+noitakin+alueita+kutsutaan+geeneiksi.+Tällä+asialla+ei+ole+mitään+tekemistä+kuvittelemiesi+salaliittojen+kanssa.+Jos+DNA+ei+kontrolloi+mitään,+niin+miten+korvaat+esim.+alkionkehityksessä+homeobox-transkriptiotekijöitä+koodaavat+geenit,+transformoiva+kasvutekijä+β+-perhettä+koodaavat+geenit,+fibroblastikasvutekijöitä+koodaavat+geenit,+Shh-geenit,+Wnt-geenit,+BMP-geenit,+erilaiset+SR-silmukointitekijöitä+koodaavat+geenit+ja+niitä+RNA-molekyylejä+koodaavat+geenit?+”Niin+läpinäkyvää+ja+niin+säälittävää+maalitolppien+siirtelyä.”Miten+on,+mikä+yllä+esitetyistä+vaihtoehdoista+saa+aikaan+tällaista+käytöstä?”Muista+solon,+kuka+sanoi+jo+kolme+vuotta+sitten,+että+solun+prosessit+ovat+RNA:n+ohjaamia+tapahtumia.+Nyt+on+sinun+aika+myöntää+tappiosi.+Olet+vain+yrittänyt+harhaanjohtaa+koko+ajan,+mutta+nyt+jäit+kiinni.”Elätkö+oikeasti+jossain+vaihtoehtoisessa+todellisuudessa?+Olen+varmaankin+20+vuotta+ymmärtänyt,+että+solun+prosesseja+ohjaavat+tuman+rakenteet+ja+dynamiikka,+jonka+muodostavat+lukuisat+erilaiset+tekijät,+yhtenä+merkittävänä+osana+erilaiset+RNA-molekyylit.
  3. Tutkijat+havaitsivat,+että+autosomi+21:n+lncRNA-geenien+ja+transloitumattomien+(5´ja+3´+UTR)+alueiden+eksonit+silmukoidaan+useinmiten+vaihtoehtoisesti,+ja+tämä+moninkertaistaa+esi-mRNA:sta+modifioitavien+isoformien+määrän+[1].+Sama+mekanismi+on+suurella+todennäköisyydellä+havaittavissa+muissakin+kromosomeissa.FANTOM+-projekti+on+selvittänyt+pääpiirteissään+ihmisen+transkriptomin+koon,+ja+lncRNA-geenejä+on+löydetty+27+919.+Eksoneja+niistä+löytyy+keskimäärin+kaksi+per+RNA-geeni,+ja+yhden+eksonin+keskipituus+on+suunnilleen+200+nt,+joten+lncRNA-geenien+eksonit+muodostavat+noin+0,3%+genomin+koosta.+Transloitumattomat+alueet+puolestaan+muodostavat+noin+5%+genomista,+ja+eksonien,+eli+siis+niiden+alueiden,+joiden+sisältöä+löytyy+lopullisesta+kypsästä+mRNA:sta,+osuus+on+vain+murto-osa+tuosta+viidestä+prosentista.Ja+ei,+tämä+ei+tarkoita+missään+määrin,+että+vähättelisin+asiaa,+koska+syntyvillä+isoformeilla+voi+olla+paljonkin+potentiaalisia+vaikutuksia+useisiin+säätelytoimintoihin+ja+muihin+tapahtumiin,+mutta+toisaalta+iso+osa+sekä+lncRNA-transkripteistä+että+muista+vaihtoehtoisesti+silmukoiduista+molekyyli-isoformeista+on+osoittautunut+toimimattomiksi.+Sinulta+taisi+jäädä+myös+huomaamatta,+että+mekanismi+edesauttaa+geenien+adaptiivista+evoluutiota.Lainaus:+”We+propose+that+noncoding+exons+are+functionally+modular,+with+combinatorial+alternative+splicing+generating+an+enormous+repertoire+of+potential+regulatory+RNAs+and+a+rich+transcriptional+reservoir+for+adaptive+gene+evolution.”[1]+https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/05/10/136275.full.pdfVoimme+havaita,+ettei+ROT+ymmärrä+taaskaan+kokonaisuuksia+ja+suuruusluokkia,+kun+hän+yrittää+argumentoida+koko+genomin+olevan+funktionaalinen.+Todellisuudessa+ihmisen+mutaatiofrekvenssi+osoittaa,+ettei+genomista+voi+olla+merkityksellisesti+toiminnallista+kuin+maksimissaan+25%,+ja+todennäköisesti+toiminnallinen+osuus+on+selvästi+vielä+pienempi.+Optimaalinen+funktionaalisuusaste+olisi+korkeintaan+10-15%+tunnetulla+mutaatiofrekvenssillä,+mutta+uusin+ja+laajin+tutkimus,+jossa+funktionaalisuutta+selvitettiin+ncRNA:n+osalta+niin+biokemiallisella,+geneettisellä+kuin+evolutiivisella+lähestymismetodilla,+toiminnalliseksi+osuudeksi+määriteltiin+18,5%+[2,3].+Tämä+tarkoittaisi,+kun+lukuun+lisätään+proteiineja+koodaavat+jaksot,+että+noin+20%+genomista+olisi+oikeasti+toiminnallista.Lainaus:+”Mutational+load+considerations+lead+to+the+conclusion+that+the+functional+fraction+within+the+human+genome+cannot+exceed+25%,+and+is+probably+considerably+lower.”Lainaus:+”We+find+support+for+the+functionality+of+18.5%+annotated+ncRNAs+based+on+their+resemblance+to+known+genes.”[2]+https://academic.oup.com/gbe/article/9/7/1880/3952726[3]+http://shiulab.plantbiology.msu.edu/images/6/69/Tsai.pdfTutkimuksessa+ei+kuitenkaan+voitu+määritellä+intronien+ja+intrageenisten+alueiden+toiminnallisten+osien+seassa+olevaa+toimimatonta+välike-DNA:ta,+joten+todellinen+lukema+funktionaalisuuden+osalta+on+todennäköisesti+jonkin+verran+pienempi.+Tästä+huolimatta+voimme+havaita,+että+nykyisellä+mutaatiofrekvenssillä+genomiimme+todella+kertyy+myös+haitallisia+mutaatioita,+mutta+joiden+kanssa+synergistinen+epistaasi++ja+luonnonvalinta+vielä+pärjäävät.++Kuten+olen+useasti+joutunut+kertomaan,+mutaatiofrekvenssin+kasvu+ei+johdu+kuvitteellisesta+syntiinlankemuksesta,+vaan+lievästi+haitallisia+mutaatioita+alkoi+kertyä+eri+populaatioiden+geeniperimään+jo+tuhansia+vuosia+sitten,+kun+kasvaneiden+maatalousyhteiskuntien+kehitys+johti+kaupunkikulttuurien+syntyyn+ja+väestönkasvuun.+Teollisen+vallankumouksen+alkaminen+1700-luvulla+nosti+elinajanodotetta+huomattavasti,+ja+samaan+aikaan+lapsikuolleisuus+laski+radikaalisti.+Teollistumista+ja+väestönräjähdystä+seurasi+luonnollisesti+kasvanut+altistuminen+ympäristön+mutageeneille.+Muita+vaikuttavia+tekijöitä+yhtälössä+ovat+esim.+kehittynyt+lääketiede,+perhekoot+ja+sosiaalipolitiikka+yhdistettynä+siihen,+että+lapsia+hankitaan+yhä+vanhempina,+mikä+lisää+mutaatioiden+määrää+sekä+isän+että+äidin+puolelta.+Muistutetaan+vielä+loppuun,+ettei+roska-DNA+ollut+mikään+evoluutioteorian+ennuste,+vaan+saatu+havainto,+joka+on+kuitenkin+tarkentunut+ja+muuttunut+kehittyneempien+menetelmien+myötä.
  4. ”Älä+yritä.+Jopa+T-Rexin+histoneja+on+saatu+talteen+sekä+myös+pätkiä+DNA:sta,+minkä+ei+pitäisi+olla+mahdollista,+jos+luut+ovat+65+miljoonaa+vuotta+vanhoja.”Histoni+H4+proteiinin+rakenteita+on+todellakin+löydetty,+muttei+DNA:ta.+Ottaisit+joskus+selvää+siitä+mitä+kirjoitat.”DNA:n+puoliintumisaika+on+n.+500+vuotta,+eli+30000+vuoden+jälkeen+ei+DNA:sta+pitäisi+olla+mitään+jäljellä.”Tutkimus+tehtiin+muutamien+tuhansien+vuosien+ikäisistä+moalintujen+luista,+ei+siis+fossiileista,+eristämällä+mtDNA:ta.+En+kuitenkaan+menisi+vielä+vannomaan,+että+tutkimus+voidaan+laajentaa+koskemaan+aina+kaikkia+tilanteita.+Puoliintumisaika+oli+tosiaan+521+vuotta,+mutta+muuten+menit+jälleen+metsään+[1,2].Lainaus:+”...effectively+every+bond+would+be+destroyed+after+a+maximum+of+6.8+million+years....The+DNA+would+cease+to+be+readable+much+earlier+—+perhaps+after+roughly+1.5+million+years,+when+the+remaining+strands+would+be+too+short+to+give+meaningful+information.”[1]+http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/279/1748/4724[2]+http://www.nature.com/news/dna-has-a-521-year-half-life-1.11555
  5. Avauksessa+ei+ole+mitään+järkeä.+Ringwoodiittiin+sitoutunut+kidevesi+voi+kovassa+paineessa+ja+lämpötilassa+(syvällä+Maan+vaipassa)+vapautua+kivestä+ja+päätyä+erilaisten+prosessien+kautta+hiljalleen+valtameriin.+Vedenpaisumuksen+äkilliset+purkaukset+”syvyyden+lähteistä”+eivät+ole+näillä+mekanismeilla+mahdollisia+[1].+Suolapannujen,+suola+ja+haliitti+sedimenttikerrostumien+ja+muiden+suolaan+liittyvien+rakenteiden+ja+muodostelmien+synnyn+mekanismit+tunnetaan,+eikä+niillä+ole+mitään+tekemistä+kuvitellun+vedenpaisumuksen+kanssa+[2,3,4].+[1]+http://bib-pubdb1.desy.de/record/168146/files/10.1038_nature13080.pdf[2]+https://en.wikipedia.org/wiki/Salt_surface_structures[3]+https://en.wikipedia.org/wiki/Salt_tectonics[4]+https://en.wikipedia.org/wiki/Salt_dome”Vedenpaisumuksen+todisteita+on+havaittavissa+mm.+dinosaurusten+pehmytkudoslöytöinä.+Mm.+T-Rexin+luista+löydetyt+punasolut+kumoavat+evoluutiouskovaisten+väitteet+miljoonista+vuosista.”Kuten+jo+tänään+kerroin,+happokäsittelyn+(demineralisaatio)+jälkeen+korkean+resoluution+massaspektrometrillä+analysoidusta+luunäytteestä+on+saatu+identifioitua+esim.+useita+verisuonten+rakenteista+vastaavia+proteiineja.+Mikroskoopilla+näkyvät+rakenteet+ovat+jäänteitä+esim.+verisuonten+ulkokalvon+tiiviistä+sidekudoksesta.+Sidekudossolut+erittävät+soluväliainetta,+joka+koostuu+pääosin+kollageenisyistä.+Käsittelyjen+jälkeen+kollageenisyiden+joukosta+(kuiduista)+on+saatu+joustavia.+Hemoglobinii+esim.+on+linnuilla+erittäin+rautapitoinen+proteiini,+ja+raudan+kemialliset+sidokset+ovat+voineet+edesauttaa+tutkimusten+mukaan+punasolujen+rakenteiden+säilymistä.PHEX-proteiinin+jäänteet+löydettiin+67+miljoonaa+vuotta+vanhasta+Tyrannosaurus+rexin+fossiilista.+PHEX-proteiinista+esiintyy+nykyisin+ainoastaan+lintujen+osteosyyteissä,+jotka+ovat+mineralisoituneessa+soluväliaineessa+sijaitsevia+yksitumaisia+soluja.+Miten+selität+kyseisen+havainnon,+jos+linnut+eivät+jaa+yhteistä+kantamuotoa+T.+rexin+kanssa+ja+kuulu+molemmat+teropodeihin?+Aivan,+selität+sen+sillä+pakkomielteisellä+taikurilla.+Lue+itse+mitä+erilaisista+säilyneistä+rakenteista+ja+jäänteistä+oikeasti+tiedetään,+ja+mieti+tukevatko+ne+sittenkään+näkemystäsi+[5].+[5]+https://www.nature.com/articles/s41598-017-13873-4
  6. Mitä+sinä+taas+sekoilet?+Lainaus:+"+Many+of+the+underlying+genetic+changes+involved+regulatory+structures,+such+as+the+HOX+gene+cluster+found+in+almost+all+metazoans+and+homeobox+genes+found+in+fungi,+plants+and+animals.+The+hierarchical+genetic+regulatory+control+of+developmental+traits+provides+an+avenue+for+rapid+phenotypic+evolution+by+few+mutations6."Ja+ne+fenotyypin+nopeaan+muutokseen+kohdistuneet+mutaatiot+kehitystä+kontrolloivissa+DNA-jaksoissa+ja+geeneissä+löytyvät+yksilöityinä+tutkimuksesta.
  7. "+PHEX-proteiinista+esiintyy+..."Piti+olla,+että+kyseistä+muotoa+PHEX-proteiinista+esiintyy...
  8. ”Polyploidia+yhdessä+epigenetiikan+kanssa+on+erittäin+tehokas+keino+eliöiden+adaptoitumiseen+nopeasti+muuttuvissa+olosuhteissa.”Onneksi+olkoon,+kirjoitit+suurin+piirtein+järkevän+lauseen.”Solon+ei+kuitenkaan+koskaan+tuo+esille+sitä+tieteellistä+faktaa,+että+polyploidien+eliöiden+geeni-+tai+genomiduplikaatiot+ovat+RNA:n+ohjaamia,+mekanismiin+perustuvia+tapahtumia,+jotka+siis+todistavat+suunnittelusta.”Paitsi+että+olen+useasti+korjannut+sinulle,+että+duplikaatioiden+osalta+RNA-välitteisyys+liittyy+ainoastaan+retrotranspositioihin+ja+retropositioihin,+ja+muut+duplikaatioihin+jothtavat+mekanismit+ovat+DNA-välitteisiä.+RNA-välitteiset+duplikaatiot+ovat+paljon+yleisempiä+kuin+DNA-välitteiset,+mutta+ne+johtavat+myös+paljon+harvemmin+toiminnallisiin+lopputuloksiin.+Nämä+ominaisuudet+kompensoivat+toisiaan,+ja+uusia+geenejä+syntyy+suunnilleen+saman+verran+sekä+RNA-+että+DNA-välitteisinä+[5].+Miten+se+RNA-välitteisyys+todistikaan+suunnittelusta?[5]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19803737”Samoin+muut+eliöryhmien+yhteiset+ominaisuudet+ja+mekanismit+todistavat+yhteisestä+suunnittelusta.”Esimerkiksi+Epäjumalienkieltäjä+on+jaksanut+perusteellisesti+demonstroida+sitä,+miksi+elokehän+hierarkinen+taksonomia+on+selitettävissä+loogisesti+ainoastaan+evoluution+kautta,+jos+emme+oleta+suunnittelijan+olevan+pakkomielteinen+ja+kykenemätön+loogiseen+ajatteluun.+”Suurin+osa+fossiileista+on+säilynyt+poikkeuksellisen+hyvin+(exceptional+preservation)+,+mikä+voidaan+havaita+pehmytkudoslöytöinä+jne.+Mm.+T-Rexin+punasoluja+ja+verisuonia+on+saatu+luista+talteen.”Tämä+on+taas+alusta+loppuun+saakka+pelkkää+valehtelua,+ja+ensimmäinen+lauseen+alku+on+oikeastaan+oksymoron.+Happokäsittelyn+(demineralisaatio)+jälkeen+korkean+resoluution+massaspektrometrillä+analysoidusta+luunäytteestä+saatiin+identifioitua+useita+verisuonten+rakenteista+vastaavia+proteiineja.+Mikroskoopilla+näkyvät+rakenteet+ovat+jäänteitä+esim.+verisuonten+ulkokalvon+tiiviistä+sidekudoksesta.+Sidekudossolut+erittävät+soluväliainetta,+joka+koostuu+pääosin+kollageenisyistä.+Käsittelyjen+jälkeen+kollageenisyiden+joukosta+(kuiduista)+on+saatu+joustavia.+Hemoglobinii+esim.+on+rautapitoinen+proteiini,+ja+raudan+kemialliset+sidokset+edesauttavat+tutkimusten+mukaan+rakenteiden+säilymistä.PHEX-proteiinin+jäänteet+löydettiin+67+miljoonaa+vuotta+vanhasta+Tyrannosaurus+rexin+fossiilista.+PHEX-proteiinista+esiintyy+nykyisin+ainoastaan+lintujen+osteosyyteissä,+jotka+ovat+mineralisoituneessa+soluväliaineessa+sijaitsevia+yksitumaisia+soluja.+Miten+selität+kyseisen+havainnon,+jos+linnut+eivät+jaa+yhteistä+kantamuotoa+T.+rexin+kanssa+ja+kuulu+molemmat+teropodeihin?+Aivan,+selität+sen+sillä+pakkomielteisellä+taikurilla."Mahtaako+hän+myöskään+tietää,+että+maankuoren+alla+on+monin+paikoin+jopa+2-4+km:n+paksuinen+suolakerros?+Ja+jos+hän+nyt+kysyisi+uudestaan,+mistä+merien+ja+maankuoren+suola+on+lähtöisin.”Miksi+minä+sitä+sinulta+kysyisin,+kun+se+oikeakin+vastaus+tiedetään+[6].[6]++https://en.wikipedia.org/wiki/Salt_tectonics”...puhkesivat+kaikki+suuren+syvyyden+lähteet...+”Minä+puhkesin+vain+nauramaan...
  9. ”Palstan+harhaanjohtaja,+pseudotieteilijä+solon+kuvittelee+ampuvansa+artikkeleideni+argumentit+alas+vetoamalla+tutkimuksiin,+jotka+muka+todistavat+evoluutiota+tapahtuvan.+Todellisuudessa+nuo+tutkimukset+ovat+täynnä+seuraavanlaisia+lauseita...Eli+jokin+näyttää+kehittyneen+varhaisessa+vaiheessa,+koska+jollakin+eliötyypillä+on+havaittu+olevan+tuo+sama+mekanismi.”Mielesi+on+sairas.+Käytit+suunnitellusta+mekanismista+esimerkkinä+AID-entsyymiä,+jonka+totesin+kertovan+paljon+enemmän+evoluutiosta,+koska+immunoglobuliinien+monimuotoisuudesta+saatavan+hyödyn+varjopuolena+on+riski+yleisimmän+imukudossyövän,+B-solulymfooman+kehittymisestä,+sillä+sama+mutaatioprosessi+on+kummankin+taustalla.+Tarjosin+sitten+linkkiä,+josssa+käydään+lävitse+adaptiivisen+immuunijärjestelmän+ja+immunoglobuliinien+monimuotoisuuden+taustalla+olevien+mekanismien+historiaa+ja+evoluutiota.+Et+lukenut+alkua+pidemmälle,+vaan+lainasit+tiivistelmästä+yhden+lauseen,+jonka+kuvittelet+jotain+todistavan,+koska+et+ilmeisesti+ymmärrä+tieteellisen+artikkelin+rakennetta.AID/APOBEC+-deaminaasit+ovat+todennäköisesti+peräisin+sinkki-riippuvaisia+deaminaaseja+koodaavasta+superperheestä,+joiden+koodaamilla+entsyymeillä+on+rooli+pyrimidiini-+ja+puriiniaineenvaihdunnassa,+ja+vielä+tarkemmin+ilmaistuna+tRNA+adenosiini+deaminaaseista+(Tad/ADAT2).+Jospa+vaikka+lukisit+tämän+viime+vuonna+ilmestyneen+tutkimusartikkelin+tiivistelmää+pidemmälle,+niin+voisit+ainakin+teoriassa+ymmärtää+jotain+AID/APOBEC+-perheen+evoluutiosta+[1].[1]+http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1005471#pcbi.1005471.ref013”Hänen+kehnot+yrityksensä+ovat+jääneet+sille+tasolle,+että+hän+on+väittänyt+microRNA-+ja+lncRNA-molekyylien+olevan+uutta+informaatiota+(koska+ne+ovat+hänelle+geenejä).”En+jaksa+enää+edes+kysyä+miksi+valehtelet.+Olen+kertonut+sinulle,+että+osa+proteiineja+koodaamattomista+DNA-jaksoista+koodaa+kuitenkin+toiminnallisia+RNA-transkriptejä,+kuten+miRNA+ja+lncRNA-molekyylejä,+ja+noista+DNA-jaksoista+käytetään+nimitystä+RNA-geeni.+Loogista,+eikö+vain?+Tämän+lisäksi+olen+kertonut+sinulle,+että+lncRNA-transkriptin+sisään+voi+syntyä+pieni+avoin+lukukehys,+joka+alkaakin+koodata+toiminnalliseksi+proteiiniksi+laskostuvaa+polypeptidiä,+ja+näiden+de+novo+geenien+informaatio+on+täysin+uutta.+Eihän+tätä+ole+kovin+vaikeaa+ymmärtää?”Samoin+polyploideillä+eliöillä+tapahtuvaa+genomin+duplikaatioita+hän+käyttää+mielellään+argumenttinaan+evoluution+puolesta+tajuamatta,+että+kyseessä+ei+ole+uusi+biologinen+informaatiokokonaisuus,+vaan+kopio+olemassaolevasta.”Geenien+ja+koko+genomin+duplikaatioista+olen+kertonut,+että+ratkaisevaa+on+se+säästyykö+duplikaatti+karsivalta+valinnalta,+ja+tähän+on+kehittynyt+erilaisia+mekanismeja.+Näin+voi+tapahtua+esim.+kahdentumisen+osuessa+pleiotropiseen+geeniin,+jolloin+duplikaatti+voi+olla+heti+positiivisen+valinnan+kohteena+[2].+Duplikaatit+myös+useimmiten+hypo-+tai+hypermetyloituvat+aluksi,+ja+nämä+DNA-metylaation+aikaansaamat+epigeneettiset+modifikaatiot+estävät+osaa+niistä+karsiutumasta+[3.+Näiden+lisäksi+osan+duplikaateista+mutaatiofrekvenssi+on+paljon+suurempi+kuin+alkuperäisillä,+mutta+ne+myös+kestävät+maladaptiivisia+eli+haitallisia+mutaatioita+alkuperäisiä+paremmin,+joten+ne+eivät+välttämättä+karisiudu+pois,+vaikka+niihin+kertyisikin+alkuun+huomattava+määrä+vahingollisia+mutaatioita+[4].+Nämä+syyt+yhdessä+mahdollistavat+myös+uusien+adaptiivisten+funktioiden+syntymisen+(sub/neofunctionalization)+noihin+duplikaatteihin,+ja+se+nimenomaan+on+vasta+sitä+uutta+informaatioita.+Tällaisista+duplikaattien+kokemasta+evoluutiosta+olen+antanut+kymmeniä+esimerkkejä+aina+mikrobeista+ihmisiin+saakka.+Luonnollisesti+koko+genomin+duplikaatiota+seuraa+yleensä+miljoonien+vuosien+kuluessa+tapahtuvaa+genomin+voimakasta+uudelleen+organisoitumista,+jolloin+hyödyttömistä+duplikaateista+voi+suurin+osa+kadota.[2]+https://www.researchgate.net/publication/232535356_Real-Time_Evolution_of_New_Genes_by_Innovation_Amplification_and_Divergence[3]+http://www.pnas.org/content/111/16/5932.full[4]+http://genome.cshlp.org/content/24/11/1830+Jatkuu
  10. ROT+yrittää+tällä+tavoin+vain+peittää+sen+tosiasian,+että+hänen+aiempien+etusivulla+olleiden+avaustensa+argumentit+on+ammuttu+alas,+joten+Gish+Gallop+-strategia+on+taas+aika+ottaa+käyttöön.
  11. Laitetaan+nyt+tuo+esimerkkikin+näkyviin+[1].[1]+http://www.cell.com/developmental-cell/fulltext/S1534-5807(15)00556-0Koska+ROT+kierrättää+vanhoja+juttujaan,+niin+itsekin+kopioin+useampaan+ketjuun+nopeasti+vanhoja+vastauksia,+ja+tästä+syystä+jotain+linkkejä+puuttuu.
  12. Podarcis+siculan+suomenkielinen+nimi+on+rauniosisilisko,+vaikka+siitä+tunnutaan+usein+käytettävän+englannin+kielestä+tehtyä+suoraa+käännöstä.+Kreationistit+ovat+jostain+syystä+pitäneet+kymmenisen+vuotta+tuon+liskon+nopeaa+adaptaatiota+loistavana+todisteena+baraminologialle.Mikä+tuossa+ROTin+kirjoittamassa+on+sitten+vikana?+Yksinkertaisesti+se,+että+osa+hänen+väitteistään+ei+perustu+tutkittuun+tietoon,+vaan+hänen+omiin+johtopäätöksiin,+jotka+on+kokemuksen+valossa+syytä+kyseenalaistaa.+Emme+yksinkertaisesti+tiedä,+kuinka+paljon+kyseessä+on+fenotyypin+plastituus+eli+genotyypin+kyky+ilmaista+erilaisia+ilmiasuja+ympäristötekijöiden+muutoksissa,+ja+mikä+osuus+on+mahdollisilla+geneettisillä+muutoksilla.+Fenotyypin+plastisuus+itsessään+on+evolutiivinen+adaptaatio+ja+geneettiset+tekijät+määrittävät+ne+rajat,+joiden+sisällä+muun+muassa+epigeneettinen+säätelyn+kontrollointi+voi+siihen+vaikuttaa.Väite+siitä,+ettei+sekvenssimuutoksia+havaittu+perustuu+tutkimuksen+huonoon+uutisointiin.+Tutkimuksessa+ei+edes+etsitty+mitään+geneettisiä+muutoksia,+vaan+liskot+tunnistettiin+käyttämällä+PCR-tekniikkaa,+jossa+templaatti-DNA:na+käytettiin+mtDNA:n+12S-+ja+16S-rRNA-geenejä,+ja+näistä+löydettiin+täysi+vastaavuus+kantapopulaatioon.+Tämä+ei+tietenkään+tarkoita+sitä,+etteikö+geneettisiä+muutoksia+joko+säätelyverkostoissa+tai+koodaavissa+geeneissä+olisi+voinut+tapahtua,+kuten+tutkimuksen+tekijätkin+epäilivät+tapahtuneen.Kallon+morfologiset+muutokset+ja+varsinkin+käytöksen+vaihtuminen+voivat+mahdollisesti+mennä+fenotyypin+plastisuuden+piikkiin,+vaikka+kallon+muutoksiin+on+voinut+hyvin+vaikuttaa+cis-säätelyelementtien+muutokset,+jotka+voivat+samalla+vaikuttaa+myös+epigeneettiseen+säätelyyn.+Umpisuolen+läpän+kehittyminen+on+sitten+hyvin+todennäköisesti+jo+vaatinut+muutoksia+transkriptiotekijöiden+sitoutumikohdissa+jo+olemassa+olevissa+säätelyverkostoissa.+Nämä+eivät+ole+kuitenkaan+lopulta+kovin+suuria+muutoksia,+koska+tapahtumat+ilmenevät+alkionkehityksessä+jo+muissa+tehtävissä+olleiden+geenien+ilmentymisen+säätelyssä.+Vastaava+esimerkki+uudesta+rakenteesta+löytyy+tästä.Ravinto+voi+jossain+määrin+suoraan+vaikuttaa+genomin+säätelyyn+epigenomin+kautta,+mutta+se+on+nimenomaan+luonnonvalinta,+joka+on+laajassa+mielessä+mahdollistanut+rauniosisiliskojen+nopean+adaptoitumisen+siltä+osin+kun+kyse+ei+ole+fenotyypin+plastisuudesta,+koska+populaatio+koostui+aluksi+vain+muutamasta+parista+ja+valintapaine+oli+erittäin+voimakas+kasvispainoitteisempaan+ravintoon.
  13. Kysyn+aivan+vakavissani,+että+mietitkö+ollenkaan+kirjoituksiasi+laajemmassa+kontekstissa,+vai+kirjoitatko+suu+vaahdossa+hurmoshengessä+ajattelematta+mitään,+jos+vastaan+tulee+tuore+tutkimus+epigeneettisen+säätelyn+vaikutuksista?+Etkö+ikinä+käsittele+tai+pyri+sisäistämään+saamiasi+vastauksia,+ja+yritätkö+ikinä+edes+hahmottaa+mitä+toiset+argumentoivat?+Tai+turha+näitä+on+kysellä,+kun+kirjoituksesi+ja+jatkuva+olkiukkojen+rakentelusi+kertovat+jo+vastauksen.En+ymmärrä,+miten+sinä+et+jatkuvasta+rautalangasta+vääntämisestä+huolimatta+käsitä,+ettei+kukaan+kuvittele+geenien+toimivan+täysin+satunnaisesti+ja+lukemattomien+ominaisuuksien+ja+piirteiden+syntyvän+jokainen+kerta+yksilöllisten+mutaatioiden+seurauksena.+Minäkin+olen+takonut+kalloosi+kohta+kaksi+ja+puoli+vuotta,+että+epigeneettinen+säätely+on+mukana+jollain+tasolla+hyvin+suuressa+osassa+geenien+ilmentymisprosessia,+ja+tämä+säätely+on+täysin+välttämätöntä+alkionkehityksen+varhaisimmista+hetkistä+lähtien.+Se+on+kaikille+selvää,+että+epigeneettiset+tekijät+toimivat+vuorovaikutuksessa+sekä+ulkoisten+että+sisäisten+ympäristötekijöiden+kanssa,+ja+mahdollistavat+näin+tietyn+asteisen+nopean+reaktiotivasteen+ja+siitä+seuraavan+mahdollisen+adaptoitumisen.Tämä+ei+kuitenkaan+tarkoita,+etteikö+kaiken+takana+suuressa+mittakaavassa+olisi+geenit+ja+niiden+erilaisissa+DNA-sekvensseissä+tapahtuvat+muutokset.+Muutokset+noissa+DNA-alueissa+ja+niiden+erilaiset+kombinaatiot+ovat+sen+taustalla,+että+minkälaiset+muun+muassa+kasvojen+peruspiirteet,+ihonväri,+pituus,+silmien+ja+hiusten+väri+sekä+rakenne+tiettyyn+haploryhmään+kuuluvalla+väestönosalla+keskimäärin+on.+Näihin+kaikkiin+ominaisuuksiin+ja+yksilöllisiin+eroihin+vaikuttaa+sitten+geenien+ilmentymisen+säätely,+joka+tapahtuu+kasvojen+yksilöllisten+piirteiden+osalta+uuden+tutkimuksen+mukaan+suurelta+osin+histonien+modifikaatioista+johtuvista+kromatiinin+rakenteen+muutoksista+useiden+geenien+promoottori-+ja+vahvistaja-alueilla.+Vastaavasti+epigeneettinen+säätely+vaikuttaa+jossain+määrin+esim.+pigmentin+sävyyn,+mutta+se+ei+itsessään+sitä+määritä+tai+kykene+muuttamaan.
  14. ”Havaitsemme+kaikkialla+eliöiden+nopeaa+ekologista+adaptoitumista,+joka+perustuu+etupäässä+ravinnon,+ilmaston+ja+erilaisten+stressitekijöiden+aikaansaamaan+epigeneettiseen+geenisäätelyyn,+joka+saa+myös+aikaiseksi+geneettisiä+muutoksia.”Nopea+adaptoituminen+voi+syntyä+myös+muutoksista+kehitystä+ohjaavissa+prosesseissa.+Naturessa+muutama+kuukausi+sitten+julkaistussa+artikkelissa+esim.+osoitettiin,+kuinka+sienten+(samat+kasveilla+ja+eläimillä)+kehityksestä+osaltaan+vastaavissa+homeobox-geeneissä+tapahtuvat+mutaatiot+voivat+aikaansaada+nopeita+ja+drmamaattisia+vaikutuksia+kohdegeenien+pysyvissä+ja+väliaikaisissa+ilmentymisprofiileissa+[6].+Suuria+vaikutuksia+on+havaittu+myös+esim.+Sox9,+Wnt,+hedgehog,+FGF,+ja+TGFβ+ohjausgeenien+kohdalla.Muutokset+ekspressioissa+johtuivat+muutuneiden+homeoottisten+transkriptiotekijöiden+uudenlaisesta+sitoutumisesta.+Tässä+tapauksessa+ei+siis+todennäköisesti+ollut+kyse+epigeneettisistä+tekijöistä,+vaan+geneettisistä+muutoksista.+Tämä+tarkoittaa+sitä,+että+periaatteessa+vastaava+lopputulos+voidaan+saavuttaa+useammalla+eri+tavalla.Lainaus:+”Dramatic+phenotypic+changes+have+been+observed+in+studies+of+developmental+mutants,+affecting+growth+and+dispersal.+Many+of+the+underlying+genetic+changes+involved+regulatory+structures,+such+as+the+HOX+gene+cluster+found+in+almost+all+metazoans+and+homeobox+genes+found+in+fungi,+plants+and+animals.”+Lainaus:+”Three+characteristics+indicate+that+the+phenotypic+differences+are+most+likely+genetic,+not+epigenetic.”[6]+https://www.nature.com/articles/s41598-017-16229-0”Suurin+osa+DNA:n+sekvenssimodifikaatioista+on+kuitenkin+geneettisiä+virheitä,+jotka+johtavat+DNA:n+rappeutumiseen.”Suurin+osa+mutaatioista+on+neutraaleja,+eivätkä+näin+ollen+vaikuta+kelpoisuuteen.”Muutoksessa+ei+ole+siis+kyse+mutaatioista+ja+luonnonvalinnasta+vaan+mekanismeihin+perustuvasta+ekologisesta+adaptoitumisesta.”Toisessa+ketjussa+käytit+tällaisesta+mekanismista+esimerkkinä+aktivaatio-indusoituva+sytidiinideaminaasi+(AID)+entsyymiä.+Kyseinen+entsyymi+toimii+pääasiallisesti+B-lymfosyyteissä+ja+se+muodostaa+transkription+aikana+katkoksia+koodaamattomaan+DNA:han+ja+välillisesti+myös+koodaavaan+DNA-juosteeseen.+Tästä+sitten+seuraa+korjausentsyymien+aktivoituminen,+mikä+johtaa+tiettyjen+emästen+vaihtumiseen.+AID+on+osana+ainakin+somaattisissa+hypermutaatioissa,+geenikonversiossa+ja+Ig-luokanvaihto+rekombinaatioissa,+osassa+pääsäätelijänä+ja+osassa+avustavassa+roolissa.+Suunnittelua+tässä+ei+näy,+sillä+todellisuudessa+AID:n+toiminta+on+täysin+selvästi+evolutiivinen+”kompromissi”,+koska+immunoglobuliinien+monimuotoisuudesta+saatavan+hyödyn+varjopuolena+on+riski+yleisimmän+imukudossyövän,+B-solulymfooman+kehittyimsestä,+koska+sama+mutaatioprosessi+on+kummankin+taustalla.+AID:n+ja+muiden+immunoglobuliinien+monimuotoisuuden+taustalla+olevien+mekanismien,+kuten+V(D)J-rekombinaation,+evoluutiosta+voit+lukea+täältä+[7].[7]+http://www.jimmunol.org/content/jimmunol/188/8/3559.full.pdf”Tässä+mielenkiintoisia+artikkeleita,+jotka+vahvistavat+Raamatun+totuuksia.”Voisitko+siis+sivistää+tyhmää,+ja+yrittää+uudelleen+kertoa,+että+millä+tavoin+kyseiset+artikkelit+vahvistivatkaan+Raamatun+totuuksia?
  15. ”Jos+uuden+lintulajin+syntymiseen+ei+mene+kuin+pari+sukupolvea,+ovat+todisteet+Raamatulliselle+luomiselle,+vedenpaisumukselle+ja+sen+jälkeiselle+nopealle+biodiversiteetin+syntymiselle+täydelliset.”Epigeneettisten+modifikaatioiden+variaatiot+voivat+kyllä+olla+luonnonvalinnan+kohteena+ja+olla+joissain+tapauksissa+mahdollisesti+laukaiseva+tekijä+lajiutumisprosessissa+[1],+mutta+tästä+ei+nyt+ollut+kyse.+Ensimmäisen+linkkisi+tapauksessa+kyse+oli+homoploidisesta+hybridilajiutumisesta,+jossa+kahden+lajin+risteymästä+syntyy+elinvoimainen+populaatio,+joka+ei+enää+risteydy+kantalajiensa+kanssa+ja+johtaa+uuden+lajin+syntyyn.+Uutta+tässä+oli+oikeastaan+vain+se,+että+nyt+tutkijat+ovat+olleet+havainnoimassa+koko+prosessin+ensimmäisistä+yksilöistä+lähtien.[1]+https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26837057Homoploidiassa+määritelmällisesti+tuman+kromosomimäärä+ei+kasva,+toisin+kuin+polypoidiassa,+vaikka+todellisuudessa+joissain+homoploidiseksi+hybridilajitumiseksi+tulkituissa+tapauksissa+on+havaittu+myös+yksittäisiä+kromosomien+fissioita+ja+fuusiota+[2].+Lisääntymisisolaatio+johtuu+näissä+tapauksissa+meioottisessa+rekombinaatiossa+syntyneen+mosaiikkiperimän+vaikutuksesta+esim.+pariutumiskäyttäytymiseen,+ja+joissain+tapauksissa+kromosomien+segregaation+muutoksista,+jota+tietenkin+epigeneettiset+tekijät+osaltaan+kontrolloivat.[2]+http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/282/1807/20150157Vaikka+tällainen+lajiutuminen+ei+ole+eläimilläkään+aivan+niin+harvinainen+kuin+joskus+oletettiin+[3],+niin+silti+se+on+selkärankaisilla+melko+poikkeuksellista,+varsinkin+maanisäkkäiden+osalta.+Hybridejä+kyllä+syntyy,+mutta+vaikka+ne+eivät+olisikaan+steriilejä,+niin+syntyneistä+yksilöistä+kehittyy+varsin+harvoin+uusi+elinvoimainen+populaatio.+Sen+lisäksi+ettet+ole+tällaisesta+lajiutumisesta+ikinä+kirjoittanut+riviäkään,+ei+se+edes+harvinaisuudestaan+johtuen+mitenkään+selitä+tai+tue+väitettyä+nopeaa+biodiversiteetin+syntyä.+Ja+miten+ihmeessä+väärinkäsityksesi+tukisi+täysin+mahdotonta+ja+jälkiäjättämätöntä+globaalia+tulvaa+vain+muutama+tuhat+vuotta+sitten?[3]+https://www.nature.com/articles/hdy20177+Forbesin+uutinen+puolestaan+keskittyy+tutkimukseen,+jossa+tutkittiin+saman+lajin+eri+elinympäristöissä+eläviä+kantoja+[4].+Tutkimuksessa+ei+löydetty+suuria+kopioluvun+muutoksia+(CNV),+mutta+muita+geneettisiä+variantteja,+kuten+esim.+yhden+emäksen+monimuotoisuutta+(SNP),+ei+tässä+yhteydessä+edes+etsitty.+Tutkimuksessa+kuitenkin+kerrotaan+kahdesta+vastikään+julkaistusta+tutkimuksesta,+joissa+löydettiin+useita+geneettisiä+variantteja,+esim.+muutoksia+DLK1+ja+HMGA2+geeneissä,+joiden+tiedetään+osaltaan+vastaavan+nokan+kasvun+kehityksestä.[4]+https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-017-1025-9#Sec15Tässä+tapauksessa,+jossa+tutkittiin+saman+lajin+eri+kantoja,+joiden+asuinalueiden+erot+ovat+syntyneet+viimeisten+60+vuoden+kuluessa,+on+kuitenkin+varsin+mahdollista,+kuten+tutkijatkin+esittävät,+että+syntyneet+morfologiset+muutokset+ovat+peräisin+lähinnä+muuttuneista+metylaatioprofiileista,+jotka+johtavat+geenien+ilmentymisen+epigeneettisen+säätelyn+muuttumiseen.+Adaptoituminen+pitkässä+juoksussa+tapahtuu+yleisesti+ottaen+sekä+geneettisellä+että+epigeneettisellä+tasolla,+vaikka+pelkkä+epigeneettisen+säätelyn+muutos+voikin+mahdollisesti+toimia+ensivasteena+muuttuviin+elinolosuhteisiin+tietyissä+tilanteissa.Eli+kaikki+adaptoituminen+eivät+välttämättä+ole+peärisin+geneettisistä+muutoksista,+vaan+kuten+on+jo+kerrottu+ne+voivat+olla+myös+epigeneettisiä+modifikaatioita,+ja+toisaalta+muutoksen+taustalla+voi+olla+myös+jo+kehittynyt+fenotyypin+plastisuus,+eli+genotyypin+kyky+ilmaista+erilaisia+ilmiasuja+muuttuvien+ympäristötekijöiden+johdosta.+Fenotyypin+plastisuus+on+kvantitatiivinen+polygeeninen+ominaisuus,+jota+säätelevät+niin+signaalitransduktiot+kuin+kvantitatiivisiin+ominaisuuksiin+vaikuttavat+genomin+alueet+(QTL+[5]).+Muuttuvat+ympäristötekijät+voivat+esim.+laukaista+de+novo+metylaatioprofiilien+syntymistä+aktivoituvien+DNMT-metyylitransferaasien+vaikutuksella.+Nämä+modifikaatiot+voivat+sitten+säädellä+esim.+DLK1+ja+HMGA2+kaltaisten+geenien+ilmentymistä,+joilla+on+suora+vaikutus+nokan+morfologiaan.[5]+https://en.wikipedia.org/wiki/Quantitative_trait_locusTämä+ei+ole+mikään+automaattinen+mekanismi,+vaan+yksilöt+reagoivat+eri+tavoin+ympäristötekijöiden+vaikutukseen,+jos+edes+reagoivat.+Luonnonvalinta+toimii+aivan+samalla+tavoin+epigeneettisten+modifikaatioiden+kohdalla,+kuin+se+toimii+erilaisten+geneettisten+muutosten+kanssa.+Ne+yksilöt,+joilla+on+suurin+potentiaali+adaptoitumiseen+muuttuvissa+olosuhteissa,+saavat+myös+keskimääräisesti+enemmän+jälkeläisiä,+ja+stabiilit+metylaatioprofiilit+periytyvät+myös+niiden+jälkeläisille+muuttaen+geenien+ilmentymisprofiilia.
  16. "Tämä+ei+ollut+ensimmäinen+kerta,+kun+vaihdat+diploideja+eliöitä+käsittelevän+artikkelin+omiin+polyploidiaesimerkkeihisi."Mutta+kun+se+uusimman+ja+laajimman+tutkimuksen+mukaan+nimenomaan+on+todennäköisemmin+diploidinen+kromosomisto+kuin+autoploidinen.Lainaus:+"...+which+resulted+in+their+high+diploid+chromosome+number+(2n = 102).""Olet+erittäin+epärehellinen,+Solon."Ymmärtäisitpä+mitä+projisointi+tarkoittaa...
  17. Eihän+tuo+liity+millään+tavalla+siihen+väitteeseen,+että+kettu+olisi+lajiutunut+sudesta.
  18. Eihän+tuo+lässytys+liity+millään+tavalla+esittämääni+tapaukseen.+Siinä+tapauksessa+verta+imevä+laji+kehittyi+mettä+imeväksi.
  19. "Pampaviskatsarotta+on+partenogeneesistä+johtuen+kaksinkertaistanut+oman+genominsa."Ei+todennäköisesti+ole.+Juuri+linkittämäni+uusin+ja+laajin+tutkimus+aiheesta+kyseenalaistaa+spekulaatiot+siitä,+että+kyseessä+olisi+partenogeneettisestä+lisääntymisestä+seurannut+autoploidinen+kromosomisto.+Pampaviskatsarotan+laajentunut+genomi+ei+siis+todennäköisesti+ole+peräisin+koko+genomin+duplikaatiosta."Tätä+suunniteltua+mekanismia+käyttävät+mm.+monet+matelijat,+kalat,+sammakkoeläimet+ja+nisäkkäistä+jotkut+jyrsijät+olosuhteissa,+joissa+eliön+lisääntyminen+on+turvattava+ilman+koiraan+apua."Jätän+houreet+suunnitelusta+omaan+arvoonsa,+mutta+nisäkkäillä+ei+edelleenkään+ole+luonnossa+havaittu+partenogeneettistä+lisääntymistä."Tuliko+rotasta+jotain+muuta+kuin+rotta,+vaikka+sen+kromosomimäärä+tuplaantui?"Jätän+sinut+aivan+suosiolla+yksin+pieksemään+omaa+olkiukkoasi."Solon+yrittää+taas+harhaanjohtaa,+mutta+jäi+kiinni+valehtelusta."Missä+tuo+harhaanjohtaminen+ja+valehtelu+tapahtui?
  20. ”Hämmästyttävää+on,+että+solusta+voimme+myös+löytää+DA-muuntimen.+Tutkijat+ovat+havainneet,+että+solu+on+jatkuvassa+vuorovaikutuksessa+ympäristön+ja+eliön+muiden+solujen+kanssa.+Se+saa+signaaleja+ympäristöstään+mm.+solunulkoisten+vesikkelien+välittämänä,+jotka+toimivat+RNA-molekyylien+kantajina.”Se+ei+puolestaan+ole+kovinkaan+hämmästyttävää,+että+takerrut+lähes+viisi+vuotta+vanhan+tutkimuksen+löyhään+analogiaan+D/A-muuntimen+ja+signaalivälityksen+kromatiiniin+välillä,+ja+sitten+vielä+esittelet+välittäjäksi+solulle+yhtä+pienimmistä+rooleista+siinä+näytelmässä.+Me+olemme+keskustelleet+signaalitransdunktion,+soluviestinnän,+kromatiinin+rakenteen+ja+histonikoodin+evoluutiosta+ja+yhteydestä+jo+kymmenissä+ketjuissa,+ja+niissä+olen+yksityiskohtaisesti+käynyt+lävitse+esim.+histonien+kovalenttisia+modifikaatioita+ja+niiden+vaikutuksia.+Aiheesta+tiedetään+huomattavissa+määrin+enemmän,+kuin+tuolloin+2013+ilmestyneen+tutkimuksen+aikaan,+joten+ainoa+syysi+avaukseen+taisi+olla+tuo+mieltäsi+lämmittävä+löyhä+analogia?PS+Soluviestinnän+ja+signaalitransduktion+ajatuksen+juuret+yltävät+1800-luvulle,+ja+ensimmäiset+havainnotkin+ovat+1900-luvun+alkupuolelta,+joten+ei+sitä+jatkuvaa+vuorovaikutusta+ympäristön+kanssa+aivan+eilen+havaittu,+kuten+sinä+suunnilleen+tunnut+kuvittelevan.+Yksityiskohtia+toki+selviää+koko+ajan+vielä+lisää.
    21. 3 / 120
TietosuojaselosteKäyttöehdotEvästeasetuksetSäännöt