Tykalupakkigeenit

Laadin vastausta RoT:n aloitukseen, joka oli sillä aikaa poistunut. Laitetaan tähän uudelleen omaksi avaukseksi ja kreationistien kiusaksi.

Tässä on mielenkiintoinen artikkeli työkalupakkigeeni -nimen historiaan. Nimi on poikkeuksellisen hyvä koska se kirkastaa ja viestii täsmällisesti ja kuvaavasti sitä, mitä se on, toisin kuin monet muut, vaikkapa selfish gene, evolutionary tinkering jne. Konsepti on tiedetty yli 100 vuotta. Jo 1894 Willian Bateson kirjoitti kirjan Materials for the Study of Variation, Treated with Especial Regard to the Discontinuity in the Origin of the Species. Kirja haastoi Darwinin demokraattisen käsityksen siitä, että kaikki geenit olivat samanarvoisia ja evoluutio tapahtui vähittäin kasautuvalla variaatiolla. Jo 1900 -luvun alussa huomattiin, ettei eläinten kehityksessä kaikki geenit ole samanarvoisia vaan on olemassa ruumiinkaavaa kontrolloivia keskeisiä geenejä. Tämä havaittiin homeoottisissa mutaatioissa, joissa esimerkiksi hyönteiselle kasvoi tuntosarven tilalle toimiva jalka.

Batesonin Darwinin haastanut idea oli pannassa ison osan koko 1900 -lukua hänen henkisten perillisten neodarwinistien toimesta. Sivuraiteella olevat harvat tutkijat jatkoivat kuitenkin idean tutkimista mutaatiokokeilla, keskeisenä mm. Edward B. Lewis. Yhdistelmä-DNA-tekniikan keksimisen ja eläinten DNA:n sekvensoinnin jälkeen huomattiin, että HOX -geenejä löytyi käytännössä jokaisen lajin genomista. PAX6 löydettiin (geeninä se tunnistettiin jo 1920 -luvulla eyeless -mutaation avulla) ja yllätykseksi huomattiin, että hiiren PAX6 toimii banaanikärpäsessä.

Työkalupakki -nimeä taisi ensimmäisenä käyttää Sean B. Carroll. Se on kuvaava ja idean hyvin tiivistävä. Nimeä ei ole koskaan edes määritelty eikä sille ole edes ollut tarvetta. Ei ole listaa työkalupakkigeeneistä vaan niitä ovat kaikki ruumiinkaavaan merkittävästi vaikuttavat, koko eläinkuntaan levinneet ja hyvin säilyneet geenit, joita on artikkelin kirjoittajan arvion mukaan noin 200-300. Tämä on vähän verrattuna eläinkunnan geenien yhteismäärään.

Työkalupakki -käsite tiivistää hyvin kaksi vastakkaista evoluution ajuria eli variaation ja kelpoisimman säilymisen. Työkalupakkigeenien tuottamat proteiinit ovat toimivia ja niin tärkeitä, että geenin koodittavan osan mutaatiot karsiutuvat pois ja koodittava osa on säilynyt samanlaisena jopa puoli miljardia vuotta. Variaatio syntyy geenien säätelyosissa, jotka kertovat miten työkalupakkigeenejä käytetään alkionkehityksen aikana (tämäkin käyttöohje on DNA:ssa). Työkalupakki -nimi ja sen takana oleva implisiittinen käsite selittää samalla kertaa variaation syntymisen ja toimivien ratkaisujen säilymisen (ja samalla kumoaa kreationistien harhaisen käsityksen rappeutumisesta).

Työkalupakkigeeni -nimi on nerokas, mutta sen heikkoutena on se, ettei se ota juurikaan kantaa säätelyyn. Työkalujen lisäksi DNA:ssa olevat piirustukset ovat tärkeitä. Toki evo-devon syntymisen aikoihin näistä piirustuksista (geenien säätelyverkostot ja niiden yhdistelmät) ei tiedetty yksityiskohtaisesti vielä juuri mitään. Tutkimus jatkuu niiden osalta menetelmien ja laskentatehon kehittyessä.

Evo-devo osoitti, että neodarwinismi ei ollut ihan oikeassa. Osa kreationisteista nylkyttää vieläkin tätä olkiukkoa. Kaatuiko evoluutioteoria siihen, että Ernst Mayr oli väärässä väittäessään silmän kehittyneen rinnakkain noin 40 kertaa? Ei kaatunut. Päin vastoin PAX6 osoitti, että kaksikylkisten silmällä on yksi yhteinen alkuperä ja lujittaa evoluutioteoriaa. Eikä evoluutioteoria kaadu siihenkään, että työkalupakki -nimen käyttötarve vähenee kun säätelyverkostojen yksityiskohdat avautuvat. Fakta on kuitenkin se, että eläinkunnassa on suhteellisen pieni joukko muita tärkeämpiä, koko eläinkuntaan levinneitä geenejä, joita käyttämällä on syntynyt loputon määrä variaatiota erilaisina ilmiasuina ja lajeina.

https://www.researchgate.net/publication/277701102_The_Genetic_Tool-Kit_The_Life-History_of_an_Important_Metaphor

12

242

    Vastaukset

    Anonyymi (Kirjaudu / Rekisteröidy)
    5000
    • Koita nyt kiemurrella itsesi ulos kaiken sen disinformaation jälkeen, mitä olet suoltanut.

      • Minä olen käyttänyt työkalupakkigeeni -nimeä juuri samalla tavalla kuin se on syntynyt. Se on niin kuvaava, ettei sitä tarvitse edes määritellä ja alaa tunteva pystyy kertomaan geenistä, onko se työkalupakkigeeni vai ei.


      • Anonyymi

        Teistä kahdesta vain sinä Tomi suollat väärää tietoa.


    • Ymmärrätkö lainkaan, mitä tarkoittaa, että solumme rakentavat vähintään 81 erilaista silmukointivarianttia Pax6 -jaksosta?

      Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
      Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

      Kun näihin olet antanut nykytutkimukseen perustuvat oikeat vastaukset, voimme ehkä jatkaa keskustelua.

      • Artikkelista: "For instance, to take the most famous example, a gene (Pax6) crucial for eye formation in Drosophila, which was first identified by Thomas Hunt Morgan and his colleagues in the 1920s', as the gene eyeless, is required comparably for mouse and human eye development. Or, to take second example, the fruit fly gene tinman, required for mesoderm and specifically heart development, was found to be represented by a small family of homologous genes in vertebrates which are similarly required for mesederm and heart development."

        En minä kiistä silmukkavarianttien olemassaoloa tai niiden merkitystä variaatiolle. Varmasti niillä on merkitystä. Keskeistä tässä aloituksessa on, että on olemassa pieni joukko koko eläinkuntaan levinneitä ja hyvin säilyneitä geenejä, joita käytetään erilaisilta näyttävien ruumiinkaavojen rakentamiseen alkionkehityksessä. Silmukkavariantit ovat yksi osa noita piirustuksia siitä, miten työkaluja käytetään. Työkalupakkigeenit vahvistavat evoluutioteoriaa yhteisestä alkuperästä ja yhteisestä polveutumisesta ja kumoavat kreationistien harhaiset väitteet genomin rappeutumisesta.

        Siitä täytyy antaa kiitos sinulle, että olet kehittynyt viidessä vuodessa. Et enää kiistä työkalupakkigeenejä vaan keskityt niiden käyttöä sääteleviin yksityiskohtiin. En jaksa alkaa kaivamaan kaikkia yksityiskohtia, ovatko ne faktuaalisesti oikein, ovatko ne oikeassa mittasuhteessa kokonaisuuteen nähden. Tieteellisistä tutkimuksista otetut lainaukset ovat varmasti oikein, mutta sinä saatat muuttaa painotuksia ja mittasuhteita kokonaisuudessa, jotta ne tukisivat kreationistista agendaasi. Tämä on kuitenkin mennyt parempaan suuntaan ja on selvästi nähtävissä tekoälyn käytön hyödyt sinun kaltaisellesi "tutkijalle". Uskot tekoälyä ja se parantaa tekstiesi laatua silloin kun yrität kirjoittaa kokonaisuudesta. Eiliset, jo poistetut avaukset "The_Ravenin aivopierut" vai mikä niiden nimi nyt olikaan, olivat selvästi tekoälyllä kirjoitettu, ensimmäistä kertaa kokonaiskuvaa hahmottavia ja oikean suuntaisia, mutta ei niissä ollut kyllä jäljellä enää kreationismia (vääristelyä, kokonaiskuvan hämärtämistä) lainkaan.


      • The_Raven kirjoitti:

        Artikkelista: "For instance, to take the most famous example, a gene (Pax6) crucial for eye formation in Drosophila, which was first identified by Thomas Hunt Morgan and his colleagues in the 1920s', as the gene eyeless, is required comparably for mouse and human eye development. Or, to take second example, the fruit fly gene tinman, required for mesoderm and specifically heart development, was found to be represented by a small family of homologous genes in vertebrates which are similarly required for mesederm and heart development."

        En minä kiistä silmukkavarianttien olemassaoloa tai niiden merkitystä variaatiolle. Varmasti niillä on merkitystä. Keskeistä tässä aloituksessa on, että on olemassa pieni joukko koko eläinkuntaan levinneitä ja hyvin säilyneitä geenejä, joita käytetään erilaisilta näyttävien ruumiinkaavojen rakentamiseen alkionkehityksessä. Silmukkavariantit ovat yksi osa noita piirustuksia siitä, miten työkaluja käytetään. Työkalupakkigeenit vahvistavat evoluutioteoriaa yhteisestä alkuperästä ja yhteisestä polveutumisesta ja kumoavat kreationistien harhaiset väitteet genomin rappeutumisesta.

        Siitä täytyy antaa kiitos sinulle, että olet kehittynyt viidessä vuodessa. Et enää kiistä työkalupakkigeenejä vaan keskityt niiden käyttöä sääteleviin yksityiskohtiin. En jaksa alkaa kaivamaan kaikkia yksityiskohtia, ovatko ne faktuaalisesti oikein, ovatko ne oikeassa mittasuhteessa kokonaisuuteen nähden. Tieteellisistä tutkimuksista otetut lainaukset ovat varmasti oikein, mutta sinä saatat muuttaa painotuksia ja mittasuhteita kokonaisuudessa, jotta ne tukisivat kreationistista agendaasi. Tämä on kuitenkin mennyt parempaan suuntaan ja on selvästi nähtävissä tekoälyn käytön hyödyt sinun kaltaisellesi "tutkijalle". Uskot tekoälyä ja se parantaa tekstiesi laatua silloin kun yrität kirjoittaa kokonaisuudesta. Eiliset, jo poistetut avaukset "The_Ravenin aivopierut" vai mikä niiden nimi nyt olikaan, olivat selvästi tekoälyllä kirjoitettu, ensimmäistä kertaa kokonaiskuvaa hahmottavia ja oikean suuntaisia, mutta ei niissä ollut kyllä jäljellä enää kreationismia (vääristelyä, kokonaiskuvan hämärtämistä) lainkaan.

        Et vastannut kysymyksiin:

        Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
        Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

        Tarvitsetko apua tiedon etsinnässä?

        Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?


      • RaamattuOnTotuus kirjoitti:

        Et vastannut kysymyksiin:

        Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
        Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

        Tarvitsetko apua tiedon etsinnässä?

        Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?

        "Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?"

        En myönnä 😂

        Protein Similarity:

        The paired domain and homeodomain within the Pax6 protein are highly conserved. For instance, there's a 93% homology in the amino acid sequence of these domains between human and Drosophila Pax6.

        Identical Protein Sequence:

        The amino acid sequence of the Pax6 protein is the same in both humans and mice.


      • Anonyymi
        RaamattuOnTotuus kirjoitti:

        Et vastannut kysymyksiin:

        Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
        Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

        Tarvitsetko apua tiedon etsinnässä?

        Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?

        RoTia harmittaa kun Raven on häntä huomattavasti älykkäämpi ja tietäväisempi, RoT saa siksi raivokohtauksia.


      • Anonyymi
        RaamattuOnTotuus kirjoitti:

        Et vastannut kysymyksiin:

        Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
        Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

        Tarvitsetko apua tiedon etsinnässä?

        Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?

        Miksi sinä et vastaa kysymyksiin vaan juokset heti karkuun?


      • Anonyymi
        RaamattuOnTotuus kirjoitti:

        Et vastannut kysymyksiin:

        Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
        Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

        Tarvitsetko apua tiedon etsinnässä?

        Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?

        RoT sinä se et ikinä vastaa vaikeisiin kysymyksiin vaan pakenet ketjuista ja kohta aloitat uuden, et pysty sivistyneeseen keskusteluun.


      • Anonyymi
        Anonyymi kirjoitti:

        RoT sinä se et ikinä vastaa vaikeisiin kysymyksiin vaan pakenet ketjuista ja kohta aloitat uuden, et pysty sivistyneeseen keskusteluun.

        Ne polvirukoukset vievät oman aikansa,ei kaikkea voi vielä AI:lle ulkoistaa...


    Ketjusta on poistettu 5 sääntöjenvastaista viestiä.

    Luetuimmat keskustelut

    1. Persut ja Tall poppy -syndrooma

      Persut ovat uhranneet käytännössä koko elämänsä lannistaakseen tai sabotoidakseen yksilöitä, jotka erottuvat joukosta ky
      Maailman menoa
      68
      5204
    2. Orpo: Seuraavalla hallituksella ei ole yhtään enempää rahaa

      Valtiovarainministeriön virka-arvion mukaan julkisen talouden sopeutuksen tarve on noin kymmenen miljardia euroa ensi va
      Maailman menoa
      261
      4299
    3. Suomen kieli hiipuu vähitellen Vantaalla

      nykytahdilla jo joka kolmas vantaalainen on vieraskielinen 2030-luvun alussa. Maahanmuutto, suomalaisten alhainen synty
      Maailman menoa
      99
      3931
    4. Kun puolustusvoimat on huolissaan nuorison huonosta kunnosta

      ajatellen varusmiespalvelusta(kun moni joutuu keskeyttään), niin johan tuli joku yliopiston vasemmistonainen selittään,
      Maailman menoa
      167
      2297
    5. Vain vasemmistolaiset ovat aitoja suomalaisia

      Esimerkiksi persut ovat ulkomaalaisen pääomasijoittajan edunvalvojia, eivät auta köyhiä suomalaisia.
      Maailman menoa
      33
      1633
    6. Jos vedetään mutkat suoraksi?

      Niin kumpaan ryhmään kuulut? A) Niihin, jotka menevät edellä ja tekevät? Vai B) Niihin, jotka kulkevat perässä ja ar
      Sinkut
      65
      1351
    7. Tiesitkö? Kohutun L/over sarjan Juha eli Jani Volanen on tämän julkkisnaisen ex-mies!

      Jani Volanen näyttelee L/over - ikuisesti minun psykologisessa trillerissä Juhaa. Mutta tiesitkö, että hän on tämän julk
      Tv-sarjat
      6
      989
    8. Ajattelen sinua

      Ajattelen sinua joka päivä, joka hetki… Kaikkea, mitä minun olisi pitänyt sanoa sinulle, enkä osannut sanoa, kaikkea nii
      Ikävä
      37
      943
    9. Millainen mulle

      Sitten sopisi?
      Ikävä
      94
      889
    10. entäs jos yhtenä päivänä kävisi niin

      että miehet vaan yhtäkkiä kollektiivisesti kyllästyisivät ja lopettaisivat naisten palvelemisen ja naiset saisivat pärjä
      Sinkut
      137
      867
    Aihe