Tykalupakkigeenit

Laadin vastausta RoT:n aloitukseen, joka oli sillä aikaa poistunut. Laitetaan tähän uudelleen omaksi avaukseksi ja kreationistien kiusaksi.

Tässä on mielenkiintoinen artikkeli työkalupakkigeeni -nimen historiaan. Nimi on poikkeuksellisen hyvä koska se kirkastaa ja viestii täsmällisesti ja kuvaavasti sitä, mitä se on, toisin kuin monet muut, vaikkapa selfish gene, evolutionary tinkering jne. Konsepti on tiedetty yli 100 vuotta. Jo 1894 Willian Bateson kirjoitti kirjan Materials for the Study of Variation, Treated with Especial Regard to the Discontinuity in the Origin of the Species. Kirja haastoi Darwinin demokraattisen käsityksen siitä, että kaikki geenit olivat samanarvoisia ja evoluutio tapahtui vähittäin kasautuvalla variaatiolla. Jo 1900 -luvun alussa huomattiin, ettei eläinten kehityksessä kaikki geenit ole samanarvoisia vaan on olemassa ruumiinkaavaa kontrolloivia keskeisiä geenejä. Tämä havaittiin homeoottisissa mutaatioissa, joissa esimerkiksi hyönteiselle kasvoi tuntosarven tilalle toimiva jalka.

Batesonin Darwinin haastanut idea oli pannassa ison osan koko 1900 -lukua hänen henkisten perillisten neodarwinistien toimesta. Sivuraiteella olevat harvat tutkijat jatkoivat kuitenkin idean tutkimista mutaatiokokeilla, keskeisenä mm. Edward B. Lewis. Yhdistelmä-DNA-tekniikan keksimisen ja eläinten DNA:n sekvensoinnin jälkeen huomattiin, että HOX -geenejä löytyi käytännössä jokaisen lajin genomista. PAX6 löydettiin (geeninä se tunnistettiin jo 1920 -luvulla eyeless -mutaation avulla) ja yllätykseksi huomattiin, että hiiren PAX6 toimii banaanikärpäsessä.

Työkalupakki -nimeä taisi ensimmäisenä käyttää Sean B. Carroll. Se on kuvaava ja idean hyvin tiivistävä. Nimeä ei ole koskaan edes määritelty eikä sille ole edes ollut tarvetta. Ei ole listaa työkalupakkigeeneistä vaan niitä ovat kaikki ruumiinkaavaan merkittävästi vaikuttavat, koko eläinkuntaan levinneet ja hyvin säilyneet geenit, joita on artikkelin kirjoittajan arvion mukaan noin 200-300. Tämä on vähän verrattuna eläinkunnan geenien yhteismäärään.

Työkalupakki -käsite tiivistää hyvin kaksi vastakkaista evoluution ajuria eli variaation ja kelpoisimman säilymisen. Työkalupakkigeenien tuottamat proteiinit ovat toimivia ja niin tärkeitä, että geenin koodittavan osan mutaatiot karsiutuvat pois ja koodittava osa on säilynyt samanlaisena jopa puoli miljardia vuotta. Variaatio syntyy geenien säätelyosissa, jotka kertovat miten työkalupakkigeenejä käytetään alkionkehityksen aikana (tämäkin käyttöohje on DNA:ssa). Työkalupakki -nimi ja sen takana oleva implisiittinen käsite selittää samalla kertaa variaation syntymisen ja toimivien ratkaisujen säilymisen (ja samalla kumoaa kreationistien harhaisen käsityksen rappeutumisesta).

Työkalupakkigeeni -nimi on nerokas, mutta sen heikkoutena on se, ettei se ota juurikaan kantaa säätelyyn. Työkalujen lisäksi DNA:ssa olevat piirustukset ovat tärkeitä. Toki evo-devon syntymisen aikoihin näistä piirustuksista (geenien säätelyverkostot ja niiden yhdistelmät) ei tiedetty yksityiskohtaisesti vielä juuri mitään. Tutkimus jatkuu niiden osalta menetelmien ja laskentatehon kehittyessä.

Evo-devo osoitti, että neodarwinismi ei ollut ihan oikeassa. Osa kreationisteista nylkyttää vieläkin tätä olkiukkoa. Kaatuiko evoluutioteoria siihen, että Ernst Mayr oli väärässä väittäessään silmän kehittyneen rinnakkain noin 40 kertaa? Ei kaatunut. Päin vastoin PAX6 osoitti, että kaksikylkisten silmällä on yksi yhteinen alkuperä ja lujittaa evoluutioteoriaa. Eikä evoluutioteoria kaadu siihenkään, että työkalupakki -nimen käyttötarve vähenee kun säätelyverkostojen yksityiskohdat avautuvat. Fakta on kuitenkin se, että eläinkunnassa on suhteellisen pieni joukko muita tärkeämpiä, koko eläinkuntaan levinneitä geenejä, joita käyttämällä on syntynyt loputon määrä variaatiota erilaisina ilmiasuina ja lajeina.

https://www.researchgate.net/publication/277701102_The_Genetic_Tool-Kit_The_Life-History_of_an_Important_Metaphor

12

249

    Vastaukset

    Anonyymi (Kirjaudu / Rekisteröidy)
    5000
    • Koita nyt kiemurrella itsesi ulos kaiken sen disinformaation jälkeen, mitä olet suoltanut.

      • Minä olen käyttänyt työkalupakkigeeni -nimeä juuri samalla tavalla kuin se on syntynyt. Se on niin kuvaava, ettei sitä tarvitse edes määritellä ja alaa tunteva pystyy kertomaan geenistä, onko se työkalupakkigeeni vai ei.


      • Anonyymi

        Teistä kahdesta vain sinä Tomi suollat väärää tietoa.


    • Ymmärrätkö lainkaan, mitä tarkoittaa, että solumme rakentavat vähintään 81 erilaista silmukointivarianttia Pax6 -jaksosta?

      Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
      Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

      Kun näihin olet antanut nykytutkimukseen perustuvat oikeat vastaukset, voimme ehkä jatkaa keskustelua.

      • Artikkelista: "For instance, to take the most famous example, a gene (Pax6) crucial for eye formation in Drosophila, which was first identified by Thomas Hunt Morgan and his colleagues in the 1920s', as the gene eyeless, is required comparably for mouse and human eye development. Or, to take second example, the fruit fly gene tinman, required for mesoderm and specifically heart development, was found to be represented by a small family of homologous genes in vertebrates which are similarly required for mesederm and heart development."

        En minä kiistä silmukkavarianttien olemassaoloa tai niiden merkitystä variaatiolle. Varmasti niillä on merkitystä. Keskeistä tässä aloituksessa on, että on olemassa pieni joukko koko eläinkuntaan levinneitä ja hyvin säilyneitä geenejä, joita käytetään erilaisilta näyttävien ruumiinkaavojen rakentamiseen alkionkehityksessä. Silmukkavariantit ovat yksi osa noita piirustuksia siitä, miten työkaluja käytetään. Työkalupakkigeenit vahvistavat evoluutioteoriaa yhteisestä alkuperästä ja yhteisestä polveutumisesta ja kumoavat kreationistien harhaiset väitteet genomin rappeutumisesta.

        Siitä täytyy antaa kiitos sinulle, että olet kehittynyt viidessä vuodessa. Et enää kiistä työkalupakkigeenejä vaan keskityt niiden käyttöä sääteleviin yksityiskohtiin. En jaksa alkaa kaivamaan kaikkia yksityiskohtia, ovatko ne faktuaalisesti oikein, ovatko ne oikeassa mittasuhteessa kokonaisuuteen nähden. Tieteellisistä tutkimuksista otetut lainaukset ovat varmasti oikein, mutta sinä saatat muuttaa painotuksia ja mittasuhteita kokonaisuudessa, jotta ne tukisivat kreationistista agendaasi. Tämä on kuitenkin mennyt parempaan suuntaan ja on selvästi nähtävissä tekoälyn käytön hyödyt sinun kaltaisellesi "tutkijalle". Uskot tekoälyä ja se parantaa tekstiesi laatua silloin kun yrität kirjoittaa kokonaisuudesta. Eiliset, jo poistetut avaukset "The_Ravenin aivopierut" vai mikä niiden nimi nyt olikaan, olivat selvästi tekoälyllä kirjoitettu, ensimmäistä kertaa kokonaiskuvaa hahmottavia ja oikean suuntaisia, mutta ei niissä ollut kyllä jäljellä enää kreationismia (vääristelyä, kokonaiskuvan hämärtämistä) lainkaan.


      • The_Raven kirjoitti:

        Artikkelista: "For instance, to take the most famous example, a gene (Pax6) crucial for eye formation in Drosophila, which was first identified by Thomas Hunt Morgan and his colleagues in the 1920s', as the gene eyeless, is required comparably for mouse and human eye development. Or, to take second example, the fruit fly gene tinman, required for mesoderm and specifically heart development, was found to be represented by a small family of homologous genes in vertebrates which are similarly required for mesederm and heart development."

        En minä kiistä silmukkavarianttien olemassaoloa tai niiden merkitystä variaatiolle. Varmasti niillä on merkitystä. Keskeistä tässä aloituksessa on, että on olemassa pieni joukko koko eläinkuntaan levinneitä ja hyvin säilyneitä geenejä, joita käytetään erilaisilta näyttävien ruumiinkaavojen rakentamiseen alkionkehityksessä. Silmukkavariantit ovat yksi osa noita piirustuksia siitä, miten työkaluja käytetään. Työkalupakkigeenit vahvistavat evoluutioteoriaa yhteisestä alkuperästä ja yhteisestä polveutumisesta ja kumoavat kreationistien harhaiset väitteet genomin rappeutumisesta.

        Siitä täytyy antaa kiitos sinulle, että olet kehittynyt viidessä vuodessa. Et enää kiistä työkalupakkigeenejä vaan keskityt niiden käyttöä sääteleviin yksityiskohtiin. En jaksa alkaa kaivamaan kaikkia yksityiskohtia, ovatko ne faktuaalisesti oikein, ovatko ne oikeassa mittasuhteessa kokonaisuuteen nähden. Tieteellisistä tutkimuksista otetut lainaukset ovat varmasti oikein, mutta sinä saatat muuttaa painotuksia ja mittasuhteita kokonaisuudessa, jotta ne tukisivat kreationistista agendaasi. Tämä on kuitenkin mennyt parempaan suuntaan ja on selvästi nähtävissä tekoälyn käytön hyödyt sinun kaltaisellesi "tutkijalle". Uskot tekoälyä ja se parantaa tekstiesi laatua silloin kun yrität kirjoittaa kokonaisuudesta. Eiliset, jo poistetut avaukset "The_Ravenin aivopierut" vai mikä niiden nimi nyt olikaan, olivat selvästi tekoälyllä kirjoitettu, ensimmäistä kertaa kokonaiskuvaa hahmottavia ja oikean suuntaisia, mutta ei niissä ollut kyllä jäljellä enää kreationismia (vääristelyä, kokonaiskuvan hämärtämistä) lainkaan.

        Et vastannut kysymyksiin:

        Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
        Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

        Tarvitsetko apua tiedon etsinnässä?

        Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?


      • RaamattuOnTotuus kirjoitti:

        Et vastannut kysymyksiin:

        Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
        Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

        Tarvitsetko apua tiedon etsinnässä?

        Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?

        "Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?"

        En myönnä 😂

        Protein Similarity:

        The paired domain and homeodomain within the Pax6 protein are highly conserved. For instance, there's a 93% homology in the amino acid sequence of these domains between human and Drosophila Pax6.

        Identical Protein Sequence:

        The amino acid sequence of the Pax6 protein is the same in both humans and mice.


      • Anonyymi
        RaamattuOnTotuus kirjoitti:

        Et vastannut kysymyksiin:

        Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
        Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

        Tarvitsetko apua tiedon etsinnässä?

        Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?

        RoTia harmittaa kun Raven on häntä huomattavasti älykkäämpi ja tietäväisempi, RoT saa siksi raivokohtauksia.


      • Anonyymi
        RaamattuOnTotuus kirjoitti:

        Et vastannut kysymyksiin:

        Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
        Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

        Tarvitsetko apua tiedon etsinnässä?

        Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?

        Miksi sinä et vastaa kysymyksiin vaan juokset heti karkuun?


      • Anonyymi
        RaamattuOnTotuus kirjoitti:

        Et vastannut kysymyksiin:

        Mikä on silmukointivariantti? (splice variant)
        Mitkä mekanismit ja tekijät säätelevät silmukointivarianttien rakentumista?

        Tarvitsetko apua tiedon etsinnässä?

        Myönnätkö, että olet antanut virheellistä tietoa väittäessäsi, että Pax6-jakso on identtinen mm. ihmisellä, hiirellä ja banaanikärpäsellä?

        RoT sinä se et ikinä vastaa vaikeisiin kysymyksiin vaan pakenet ketjuista ja kohta aloitat uuden, et pysty sivistyneeseen keskusteluun.


      • Anonyymi
        Anonyymi kirjoitti:

        RoT sinä se et ikinä vastaa vaikeisiin kysymyksiin vaan pakenet ketjuista ja kohta aloitat uuden, et pysty sivistyneeseen keskusteluun.

        Ne polvirukoukset vievät oman aikansa,ei kaikkea voi vielä AI:lle ulkoistaa...


    Ketjusta on poistettu 5 sääntöjenvastaista viestiä.

    Luetuimmat keskustelut

    1. Asiakkaalle ei myyty energiajuomaa - tuomio tuli syrjinnästä

      Vaikka oli ilmeisesti täysi-ikäinen. Tosin ei lapsiakaan saisi syrjiä, koska oppivat helposti itsekin syrjimään, jos koh
      Maailman menoa
      82
      4367
    2. Jos venäjällä olisi kansan valitsema presidentti, olisiko Ukrainan sotaa?

      Ei varmasti olisi. Sehän on tiedossa, että raskaalla vaalivilpillä putin jatkaa pressana.
      Maailman menoa
      183
      3472
    3. Pakkoruotsista luopumalla kymmenien miljoonien säästöt

      Pakkoruotsin opiskelun kustannuksista ei ole juurikaan tehty kustannusselvityksiä, mutta joidenkin arvioiden mukaan siit
      Maailman menoa
      136
      3370
    4. Miten Yxäri iskettiin?

      Voisin tässä unta odotellessani kertoa, miten mieheni lähestyi minua. Tunsimme entuudestaan. Hän kyseli minulta aina j
      Sinkut
      222
      2599
    5. "Kostokakka!" Farmi Suomen pehtoori avaa sanaisen arkkunsa Frederikin haisevasta jäynästä

      Voi hyvänen aika Reetun touhuja! Pehtoori Terho Häkkinen sai ennen näkemätöntä höykytystä heti Farmi Suomi -realityn alk
      Tv-sarjat
      20
      2245
    6. Ylen juontaja möläytti suorassa radio-ohjelmassa

      Ylen Radio Suomen juontaja Samuli Aaltonen käytti törkeää kieltä maanantaiaamupäivän Koko Suomen radio -ohjelman lähetyk
      Maailman menoa
      43
      2158
    7. Katsoitko Petolliset, mitä mieltä?

      Vanajanlinnan käytävät ja salongit täyttyvät jälleen kuiskailuista, salaisuuksista ja petoksista. Petollisten uudella
      Tv-sarjat
      11
      2046
    8. Ei se halua mitään!!

      Arkailija koko tyyppi!
      Ikävä
      29
      1984
    9. Onko Janne Naakka tuttu kasvo ja mitä mieltä olet Farmi-kokoonpanosta?

      Somevaikuttaja Janne Naakka on tubettaja ja bloggaaja sekä yksi uuden Farmi Suomi -kauden kisaajista. Naakka tuottaa mm.
      Tv-sarjat
      0
      1943
    10. Tidjan Ba paljastaa kihlatusta, Kolmiodraaman Heidistä - Mielipahaa tästä syystä Farmilla

      Tidjân Ba on mukana uudella Farmi Suomi -kaudella. Ban kihlattu on Kolmiodraama-realitystä tuttu Heidi Kytö. Ba ja Kyt
      Suomalaiset julkkikset
      1
      1885
    Aihe