- "HAH! Solon joutuu nyt kiemurrellen myöntämään, että muutokset geenisekvensseissä eivät ole syynä näihin nelijuovahiiren raitoihin."
Mitä sinä taas höpötät? Homeootisen ALX-geeniperheen Alx3 on syntynyt geeniduplikaation seurauksena ja sen koodaama tumaproteiini toimii transkriptiotekijänä. Sillä on aiemmin havaittu lukuisia säätelyvaikutuksia muun muassa kasvojen kehityksessä.
Tässä tapauksessa se identifioitiin RNA-sekvensoinnin avulla vaikuttavan myös nohin raitoihin. Tämän jälkeen tutkijat havaitsivat kohdennetun mutageneesin avulla, että muutokset tuon proteiinin sitoutumiskohdissa, toisin sanoen kyseisen geenin promoottorialueen DNA:ssa, saavat aikaan nuo raidat säätelemällä geeniekspressiota. Tarkkaan ei kuitenkaan vielä tiedetä, että kumpia raidoista se tarkalleen "kontrolloi".
"Näin on maalitolpat siirretty epigenetiikan puolelle. Vielä hän yrittää epätoivoisesti selittää, että metylaasi-entsyymi olisi satunnaisten tapahtumien seurausta."
Edelleen, näytä yksikin viesti minulta, jossa olen jollain tavalla esittänyt ettei epigeneettisillä tekijöillä olisi osansa fenotyypin plastisuudessa geeniekspression säätelytekijöinä? Tässä siitä ei kuitenkaan ollut kyse.
"Antaapa hänen sisäistää muutama viikko sitä tosiasiaa, että ravinto, ilmasto ja stressi ohjaavat metylaation määrää geeneissä."
Miten sinä edes kehtaat lässyttää minulle tällaista, kun olet vähintään 3/4 tietämistäsi asioista epigenetiikasta kuullut ensimmäisen kerran minun viesteistäni. Tämä on helppo todeta, jos siihen haluat lähteä. Voin kaivaa viime syksyltä alkaen viestiketjuja, joissa sinulla ei ole mitään hajua suurimmasta osasta asioista joista nykyisin jauhat. - "Jos ei ilmaus "Alx3 expression activation" saa sinua ymmärtämään, että kyse on puhtaasti epigeneettisestä geenisäätelystä, niin olet aivan pihalla molekyylibiologiasta."
Ja jos sinä et ymmärrä mitä transkriptiotekijät ovat ja mitä mutaatiot niiden sitoutumiskohdissa merkitsevät niin voit olla aivan hiljaa siellä. Sillä ei ole mitään väliä, että esim. metylaasi-entsyymi voi toimia transkriptiotekijänä.
https://en.wikipedia.org/wiki/Transcription_factor - Jep, kyseessä on mutaatiot transkriptiotekijöiden sitoutumiskohdissa promoottorialueella, mikä luonnollisesti muuttaa geeniekspressiota. Ei näissä ROT:n kirjoituksissa ole mitään järkeä, kun hän ei yksinkertaisesti ymmärrä aihetta.
- ”Nyt on ainakin selvää mitä tässä on tapahtunut ja mitä mieltä Kohl on Tomista. Kukaan tuskin yllättyi että Tomi on moraaliton myös tuolla tavalla.”
Vaikka Kohl onkin pesunkestävä pseudotieteilijä, niin ymmärrän kyllä täysin hänen tuohtumuksensa, onhan hän kuitenkin kehittänyt omaa malliansa jo lähes 30 vuotta. Sitten paikalle ilmestyy henkilö, jolla ei ole käytännössä minkäänlaisia pohjatietoja molekyyligenetiikasta, kuten saimme viime syksynä jokainen huomata. Useita kertoja kävi jopa niin, että esim. itse kerroin jostain mekanismista tai tapahtumasta jollaisen olemassaolosta Tomilla ei täysin selvästi ollut hajuakaan, ja muutamaa päivää myöhemmin hän tekee avauksia joissa hän ”esittelee” kertomani asian uutena mullistuksena ja evoluutioteorian kumoajana.
Edelleenkin Tomilla on hyvin puutteelliset tiedot, mutta ahkeralla lukemisella ja Kohlin avustuksella hän on petrannut siinä määrin, että kykenee lähes omatoimisesti jo yhdistelemään oppimaansa jollain tavalla ymmärrettävään muotoon, vaikka ei tietenkään itse kykene mitään uutta aiheeseen lisäämään. Imettyään kaiken tarpeellisen esikuvansa mallista, on hänellä sitten ollut pokkaa ujuttaa itsensä kaiken maailman keskustelupalstoille ja muille foorumeille jakamaan tuota ”tietoutta” omissa nimissään. Harvinaisen röyhkeää toimintaa, vaikka kyseessä onkin pseudotieteen suoltaminen. Kysessä on kuitenkin toisen henkilön rakas ”elämäntyö”.
Viime keväänä aloin jo ihmetellä, että kuvitteleeko Tomi olevansa itse Kohl, kun hän alkoi asian plagioinnin ohella matkia myös erittäin nolosti Kohlin tunnistettavaa kirjoitustyyliä kaikkine maneereineen. Huomautin häntä siitä tässä avauksessa ( http://keskustelu.suomi24.fi/t/14122273/korallien-proteiinirakenteen-muutos-ja-dna ), mutta hetkellisen lopettamisen jälkeen hän palasi siihen takaisin. Muutenkin hänen kehityksensä on ollut huolestuttavaa. Siinä missä hän aiemmin todella yritti argumentoida väitteidensä (Kohlin) tueksi loppuun asti, ei häntä tunnu enää kiinnostavan paskan vertaa edes yrittää keskustella. Onhan tuollaista kehitystä ja toimintaa tullut vuosien varrella nähtyä ennnenkin ja sen psykologista puolta jossain määrin hyvin tunnen, mutta silti se aina jaksaa hämmästyttää. - Tähän+vääristelyyn+unohtui+vastata+aiemmin.
"Esimerkiksi+ihmisen+ja+simpanssin+geneettinen+vertailu+perustuu+tähän+vajaaseen+kahteen+prosenttiin+geenejämme,+eli+proteiineja+koodaavaan+osaan."
Ei+tietenkään+perustu.+Eri+tutkimuksissa+on+selvitetty+eri+asioita+ja+siksi+vertailu+on+kohdistunut+eri+osiin+genomia.+Toki+myös+koko+genomin+vertailua+on+tehty+kädellisten+välillä,+heti+kun+sekvensointimenetelmät+ovat+sen+mahdollistaneet.
"Advances+in+genome+sequencing+technologies+have+created+new+opportunities+for+comparative+primate+genomics.+Genome+assemblies+have+been+published+for+several+primates,+with+analyses+of+several+others+underway.+Whole+genome+assemblies+for+the+great+apes+provide+remarkable+new+information+about+the+evolutionary+origins+of+the+human+genome+and+the+processes+involved."
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4113315/
"Mutta+varsinaiset+säätely-+ja+silmukointimekanismit+poikkeavat+toisistaan+merkittävästi+eri+lajien+välillä.+Mm.+ihmisen+ja+simpanssin+välillä+vaihtoehtoinen+silmukointi+ja+sitä+ohjaavat+epigeneettiset+mekanismit+ovat+tyystin+erilaiset."
En+tiedä+miten+käsität+"poikkeavat+toisistaan+merkittävästi"+ja+"tyystin+erilaiset",+mutta+tutkijat+eivät+ole+samaa+mieltä+kanssasi.
"Although+the+analyses+presented+here+focus+on+protein-coding+sequences,+the+chimpanzee+genome+sequence+also+allows+systematic+analysis+of+the+recent+evolution+of+gene+regulatory+elements+for+the+first+time.+Initial+analysis+of+both+gene+expression+patterns+and+promoter+regions+suggest+that+their+overall+patterns+of+evolution+closely+mirror+that+of+protein-coding+regions.+In+an+accompanying+paper83,+we+show+that+the+rates+of+change+in+gene+expression+among+different+tissues+in+human+and+chimpanzee+correlate+with+the+nucleotide+divergence+in+the+putative+proximal+promoters+and+even+more+interestingly+with+the+average+level+of+constraint+on+proteins+in+the+same+tissues."
http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7055/full/nature04072.html
Myös+vaihtoehtoisen+silmukoinnin+erot+on+selvitetty.
"This+study+represents+the+first+large-scale+comparative+analysis+of+alternative+splicing+patterns+in+humans+and+chimpanzees,+and+indeed+between+any+pair+of+species+separated+by+a+relatively+short+period+of+evolutionary+history.+The+results+indicate+that+at+least+4%+of+genes+in+humans+and+chimpanzees+have+one+or+more+cassette+alternative+exons+that+display+pronounced+splicing+level+differences+between+the+two+species+(refer+to+the+Supplemental+Material).+This+is+comparable+with+the+proportions+(2%–8%)+of+orthologous+human+and+chimpanzee+protein+coding+genes+reported+to+have+significant+transcript+level+differences+in+corresponding+tissues+(Preuss+et+al.+2004;+Khaitovich+et+al.+2005)."
http://genesdev.cshlp.org/content/21/22/2963.long
Minä+ymmärrän+"tyystin+erilaisen"+tarkoittavan+jotain+muuta+kuin+muutaman+prosentin+eroa.
Epigeneettisen+säätelyn+eroavuudet+ovat+myös+linjassa+nykyisen+ymmärryksen+kanssa+genomin+ja+epigenomin+välisestä+suhteesta+ja+evoluutiosta.
"In+recent+years,+due+to+the+development+of+genome-wide+techniques+that+allow+us+to+analyze+DNA+methylation+profiles+in+multiple+organisms,+the+field+of+comparative+epigenomics+has+started+to+emerge.+Exciting+questions+about+how+DNA+methylation+patterns+vary+through+time+and+how+this+variation+is+linked+to+genome+evolution+can+now+be+addressed.+It+has+been+shown+that+the+global+pattern+of+DNA+methylation+between+close+species,+such+as+human+and+chimpanzee,+is+similar+(10)."
"We+found+an+overall+conservation+of+the+DNA+methylation+profiles+between+species.+In+concordance+with+previous+studies+(13,45,46),+our+results+showed+high+conservation+of+DNA+methylation+levels+specifically+at+CpG+islands+and+gene+promoters."
http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/07/13/nar.gkv693.full#ref-10
Ja+kuten+voimme+jälleen+havaita,+tässäkään+ROT:n+viestissä+ei+ollut+juuri+mikään+totta. - "Satutko tietämään tarkemmin mihin Kohl uskoo?"
Toki hän yrittää kierrellä ja kaarrella parhaansa mukaan, mutta nuoren Maan kreationisti hän on.
"I tried to warn Perry Marshall that he was misrepresenting everything known to serious scientists about the innate immune system in "Evolution 2.0". Perry Marshall subsequently chose to attack Ken Ham. When I complained, Perry Marshall banned me from commenting on his FB page or blog posts.
Hopefully, discussion of the facts known to serious scientists will occur in this group.
In any case, I will try to post updates on the science that supports young earth creationism as more published works contribute to the overwhelming experimental evidence that theorists continue to ignore. See for example: Regulatory evolution of innate immunity through co-option of endoge...
The fact that immunity is innate attests to God's creation of the first perfect cell. Only biologically uninformed theorists could place innate immunity into the context of "regulatory evolution" -- as if creation automagically began to regulate itself, after the fact."
http://www.creationconversations.com/forum/topics/healthy-longevity-or-virus-driven-pathology?xg_source=activity
Tuossa hän kuitenkin ilmoittaa asian täysin selvästi. - Ei sitten...
- https://books.google.fi/books?id=9li9_FgRtmMC&pg=PA313&lpg=PA313&dq=stone independent research James Kohl&source=bl&ots=rzEGXizImQ&sig=BCfAKileyUQtQ7dxCDyfZ1xLY-k&hl=fi&sa=X&ved=0ahUKEwjL0vSg3YLQAhVHApoKHb5ND8gQ6AEIITAB#v=onepage&q=stone independent research James Kohl&f=false
Jospa tämä toimisi, jossa näkyy hänen yhteytensä yllä mainittuun laboratorioon. - "Kohl on siis epärelevantimpi kuin tiesinkään. Vai muka johtava geeniteknologian tutkija :)"
Hänen omilta sivuiltaan:
"Kohl worked as a medical laboratory scientist from 1974 until 2013, and he devoted more than twenty-nine of those thirty-nine years to researching the relationship between the sense of smell and cell type differentiation associated with life history transitions that include the development of human sexual preferences."
"James V. Kohl is certified with:
American Society for Clinical Pathology (Medical laboratory scientist)"
http://rna-mediated.com/about/
MLS vastaa Suomessa bioanalyytikkoa/laboratorioteknikkoa.
"In the United States, a Medical Laboratory Scientist (MLS), Medical Technologist (MT), or a Clinical Laboratory Scientist (CLS) typically earns a bachelor's degree in medical laboratory science, clinical laboratory science, medical technology, biomedical science or in a life / biological science (biology, biochemistry, microbiology, etc.), in which case certification from an accredited training program is also required in some states."
https://en.wikipedia.org/wiki/Medical_laboratory_scientist#United_States
https://books.google.fi/books?id=9li9_FgRtmMC&pg=PA313&lpg=PA313&dq=stone independent research James Kohl&source=bl&ots=rzEGXizImQ&sig=BCfAKileyUQtQ7dxCDyfZ1xLY-k&hl=fi&sa=X&ved=0ahUKEwjL0vSg3YLQAhVHApoKHb5ND8gQ6AEIITAB#v=onepage&q=stone independent research James Kohl&f=false
Toki hän väittää kaikenlaista muutakin osaamisestaan, mutta en löydä niille mitään varmistusta mistään muusta lähteestä. - Missä mennään pieleen on se, että jos tutkimuksessa löydetään esim. uudenlainen miRNA:n säätelytoiminto geenien ekspressiossa tai vaikkapa ympäristön-somaattisten solujen-ituradan solulinjan välinen epigeneettinen vuorovaikutus joissain tietyntyyppisissä erityistapauksissa, niin sinä ilmekään värähtämättä laajennat tämän koskemaan koko eliökuntaa ja kaikkia solutyyppejä, vaikka tästä ei olisi minkäänlaista näyttöä.
Toinen epäkohta on tietenkin se, että kuvittelette uusien mekanismien löytymisen jotenkin poistavan teille epämieluisat, vanhemmat ja hyvin tunnetut mekanismit. Kolmas epäkohta on tietenkin aivan suora jatkuva valehtelu siitä, mitä on todellisuudessa löydetty ja pystytty objektiivisesti näyttämään toteen.
Näiden yhdistäminen maallikolle hankalasti ymmärrettävään alaspesifiin käsitteisiin ja määritelmiin onkin sitten sellainen sekamelska, johon monien on hankala puuttua. Voisin minäkin kirjoittaa niin vaikeaa tekstiä, ettet siitä mitään ymmärtäisi tai löytäisi edes Googlella tarpeeksi apua sihen, mutta olisiko siinä mitään järkeä? Gish Gallop -luonteesta johtuen myös asiasta tietävien on usein hankala vastata yksityiskohtaisesti kaikkiin epäkohtiin, jollei halua kirjoittaa monta kymmentä tuhatta merkkiä pitkiä vastauksia. En ainakaan itse sitä enää jaksa jatkuvasti harrastaa.
Esimerkkinä voisin puuttua tähän:
”- Ohjaus ja säätely oikean proteiinityypin rakentamiseksi saadaan DNA:n analogisesta osasta, eli epigeneettisistä kerroksista. Solun mekanismit on suunniteltu siten, että kaikki tähtää tehokkaaseen energian käyttöön. Niinpä jos esim. kala elää pimeässä elinympäristössä, niin jo muutaman sukupolven jälkeen sen silmät häviävät ja sen suomupeitteestä katoaa pigmentti. Tämä kaikki tapahtuu puhtaasti geenejä säätelemällä, ilman ainuttakaan geenisekvenssimuutosta. Kalojen suomupeitteessä on valoa aistivia reseptoreja ja tieto valon määrästä välittyy kalan aivoihin, jotka ohjaavat microRNA-säätelyä.”
Aivan hienon kuuloista tekstiä, jolla varmasti saadaan huijattua tiettyjä lukijoita, mutta totta siinä ei ole kuin siteeksi.
"We found that speciation and population dynamics of these fishes are closely related to the uplifting stages of the Qinghai-Tibetan Plateau. Comparative genome analysis revealed many genetic changes, such as gene loss, pseudogenes, mutations and down-regulation, which were associated with regressive features (eye degeneration, albinism, rudimentary scales and low fecundity), and some gene expansions suggest that constructive features (such as the sense of taste) have evolved in caves (a few supplementary notes can be seen in Additional file 9: Note S6).”
Tämän vuoden puolella julkaistussa tutkimuksessa havaittiin siis lähes päinvastaista, mitä ROT väittää. Muutoksia havaittiin toki myös sekä geneettisessä että epigeneettisessä ekspression säätelyssä, kuten esim. valoherkkiä opsiiniproteiineja koodavien geenien ekspressiotason lasku, mutta suurimmat muutokset koskivat kaikki geneettisiä muutoksia.
http://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-015-0223-4
Vaikea tässä on käydä ROT:n ”haluamaa” asiallista keskutelua, kun toinen osapuoli ei lähtökohtaisestikaan ole siihen sitoutunut, vaan toimii Kohlin luoman esimerkin mukaisesti.
Todellisuudessa Kohl on kliininen laboratorioteknikko, joka on siis suorittanut alemman korkeakoulututkinnon, eikä mikään maailmalla arvostettu genetiikan ja mikrobiologian asiantuntija, jollaisena hän itsenä tykkää esittää. Samoin kuin Suomessa bioanalyytikot/laboratorioteknikot voivat toimia myös tutkimuspuolella, on Kohl tehnyt tutkimusuransa itsenäisenä tutkijana liittyen feromoneihin Stone Independent Research-laboratioriossa. Tuo yksityinen laboratorio ei omien sivujensa mukaan kuulosta paikalta, jossa tehdään maailman johtavaa genetiikan tutkimusta. En millään tavoin vähättele laboratorioteknikoiden työtä, mutta harvemmin he esiintyvät vastaavasti kuin Kohl.
”With four facilities to serve our clients, we are able to serve multiple niches in the nutraceutical and cosmeceutical industries. From conceptualization to turn-key production services, SIR specializes in custom development of high-end cosmetic products, fragrances, nutraceutical supplements and homeopathic products, lubricants, lotions, creams and gels.”
http://stoneindependentresearch.com/
Kohl on julkaissut muutamia vertaisarvioituja artikkeleita, lähinnä pienissä tiedejulkaisuissa, mutta on hän julkaissut myös yhden merkittävän ihmisten feromoneja käsitelleen artikkelin. Hänen tieteellinen panoksensa puolestaan genetiikan, mukaanluettuna epigenetiikka, saralla on olematon. Jos joku ei vielä jostain syystä tiedä, niin Kohl on kreationisti joka on oman uskonnollisen vakaumuksensa johdosta kehittänyt todellisiin epigeneettisiin mekanismeihin löyhästi perustuvan pseudotieteellisen ja loogisesti ristiriitaisen mallin, jonka tarkoituksena on selittää ekologinen adaptoituminen ja laajemmin biodiversiteetti luotuna ja suunniteltuna järjestelmänä. - ”Nykytiede+on+mennyt+kovasti+eteenpäin,+mutta+suurin+osa+palstaa+lukevista+ateisteista+elää+vielä+1980-luvun+oppikirjoissa.+Tämän+vuoksi+on+paikallaan+kertoa,+mitä+nykytiede+on+löytänyt+geenitutkimuksen+saralla+viime+vuosina.”
Katsotaan+sitten,+mitä+osaat+meille+kertoa.
”Perinteinen+ja+sittemmin+virheelliseksi+on+osoittautunut+käsitys,+jonka+mukaan+yksi+geeni+tuottaa+yhtä+proteiinia+tai+että+esim+ihmisen+solut+käyttävät+vain+näitä+proteiineja+koodaavia+geenejä+ja+loppuosa,+n.+98%+on+evolutiivista+roskaa.+Evoluutioteoria+rakentuu+pitkälti+tämän+virheellisen+olettamuksen+varaan.”
Varsinaisesti+geenien+toimintaa+alettiin+ymmärtää+vasta+joitain+vuosia+DNA:n+rakenteen+löytymisen+jälkeen+1950-luvun+lopulla.+Geneettisen+koodin+ymmärtäminen+eteni+kodonien+luonteen+ja+proteiinisynteesin+pääpiirteiden+selvittämisellä+60-luvun+loppuun+mennessä.+Proteomin+kokoa+suhteessa+genomin+kokoon+spekuloitiin+jo+70-luvulla,+ja+vuonna+1977+saatiin+ensimmäiset+objektiiviset+havainnot+vaihtoehtoisesta+silmukoinnista.+Samana+vuonna+löydettiin+intronit+ja+ymmärrettiin,+että+muillakin+alueilla+kuin+koodavilla+eksoneilla+on+merkitystä.+Vaikeammin+havaittavia+säätelyelementtejä+alettiin+löytää+hiljalleen+80-+ja+90-luvuilla+ja+2000-luvulla+löydöt+ovat+lisääntyneet++edelleen+merkittävästi.+Kuten+huomaamme,+todellisuudessa+havaitsemme+jatkuvan+kehityksen+ja+tieteellisen+tiedon+kasvun.
”Nykyaikainen+molekyylibiologia+on+jo+jonkin+aikaa+ollut+tietoinen+siitä,+että+proteiineja+koodaavat+geenit+ovat+monitoiminnallisia+geenejä.”
Eivät+tietenkään+kaikki+ole,+mutta+esim.+ihmisten+monieksonisten+geenien+transkripteistä+~95+%+modifioidaan+vaihtoehtoisesti.+Mutta+kuten+jo+ylempänä+kerroin,+niin+molekyylibiologian,+solubiologian+kuin+genetiikankin+tutkimus+on+ollut+jatkuvaa+edistystä+DNA:n+rakenteen+selvityksestä+50-luvulta+lähtien+ja+kiihtyvä+edistyminen+on+lähtenyt+jo+80-luvulta+uusien+molekyylibiologisten+menetelmien+synnyn+myötä.
”Tämä+tarkoittaa+sitä,+että...”
Seuraavat+pari+kappaletta+ovat+sitten+taas+tuttua+Kohlin+keskustelutekniikkaa.+Aiheessa+ei+ole+yhtään+mitään+sellaista+erikoisuutta+tai+uutta+tietoa,+jota+ei+jo+ensimmäisen+vuoden+opiskelija+olisi+joutunut+käymään+lävitse+useammassakin+yhteydessä,+vaikka+sinä+kuvittelet+sen+olevan+jotain+tavattoman+monimutkaista+ja+mullistavaa.+Olet+toki+jotkin+asiat+esittänyt+vielä+siten,+ettei+kukaan+alaa+oikeasti+ymmärtävä+niin+tekisi.+
Todellisuudessa+tiedämme+aiheesta+vielä+huomattavasti+paljon+enemmän.
”A+detailed+comparative+dissection+of+the+machinery+mediating+central+functions+can+enable+reconstruction+of+evolutionary+history+and+origins.+The+data+reported+here+provide+the+first+comprehensive+survey+of+the+architecture+of+the+NPC+from+a+highly+divergent+organism,+providing+key+insights+into+evolutionary+origins+of+function+and+mechanism+at+the+nuclear+envelope.”
http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002365
”Our+study+reports+a+large+number+of+GMAS+(genetically+modulated+alternative+splicing)++events+and+enables+a+better+understanding+of+the+evolutionary+and+regulatory+features+of+this+phenomenon.”
http://genome.cshlp.org/content/early/2016/03/09/gr.193359.115.full.pdf+html
”Evidence+from+biochemistry+and+comparative+genomics+strongly+suggests+that+spliceosomal+introns+originated+and+proliferated+during+the+origin+of+eukaryotes,+in+a+process+intimately+linked+to+other+evolutionary+events+of+eukaryogenesis.+The+resulting+portrait+of+the+LECA+spliceosomal+system+was+comparable+to+that+of+intron-rich+modern+eukaryotic+organisms,+with+myriad+introns,+complex+splicing+machinery,+and+coupling+of+splicing+to+other+cellular+processes.+From+that+complex+ancestor,+intron–exon+structures+have+been+highly+plastic+throughout+eukaryotic+evolution,+with+cases+of+extreme+divergence+from+their+ancestors+that+shaped+the+genomic+landscapes+of+eukaryotes+probably+like+no+other.+Particularly+remarkable+are+the+multiple+instances+of+recurrent+evolution+of+multiple+features,+including+massive+intron+loss,+constraint+of+splicing+signals,+restriction+of+BP-3′ss+distance,+loss+of+polypyrimidine+tract,+and+complete+loss+of+U12+introns.”
http://cshperspectives.cshlp.org/content/6/6/a016071.full
”Solun+mekanismit+ovat+siis+erittäin+monimutkaisia.+Perinteinen+evoluutioteorian+mukainen+käsitys+mutaatioista+ja+luonnonvalinnasta+ei+sovi+vakavasti+otettavan+tieteen+ymmärrykseen+solun+mekanismeista.+Perustelut:...”
Onko+joku+väittänyt,+ettei+solutoimintojen+mekanismit+olisi+erittäin+monimutkaisia?+Vakavasti+otettava+tiede+ei+löydä+minkäänlaista+näyttöä+suunnittelusta,+vaan+jatkuvasti+ymmärrämme+yhä+paremmin+erilaisten+kokonaisuuksien+evoluutiota.
Perustelusi+noudattavat+aina+samaa+kaavaa,+tai+siis+Kohlin+kaavaa.+Periaatteessa+niissä+on+runkona+aivan+oikeaa+tietoa,+joka+usein+vielä+liittyy+käsiteltävään+aiheeseen.+Jatkuu... - ”Tutkimus on julkaistu myös Nature:ssa”
Kyseessä ei ollut tutkimusartikkeli, vaan review-artikkeli eli laaja-alainen katsaus alan alkuperäistutkimuksiin. Olemme eri avausten yhteydessä jo keskustelleet noista mekanismeista ja olen korjannut sinun virheellisiä käsityksiäsi niihin liittyen, joten jätän sen hyödyttömänä tällä kertaa väliin. Totean vain, että teet edelleen täysin järjettömiä päätelmiä aiheesta, jota et todellisuudessa ymmärrä, vaikka yritätkin esiintyä jonkilaisena itseoppineena asiantuntijana. En tarkoita kuitenkaan sitä, etteikö kirjoituksissasi olisi myös aivan oikeaa asiaakin, mutta juuri se tekee niistä niin vastenmielisen epärehellisiä, kun yrität niiden varjolla syöttää lukjoillesi virheellistä informaatiota. Olet toki ymmärtänyt jotkin yksinkertaisetkin yksityiskohdat niistä väärin, eikä sinuun onneksi juuri kukaan palstalainen luota.
Koska väitteitesi virheiden korjaaminen ei saa sinua lopettamaan niistä valehtelemista, niin kokeillaan toisenlaista lähestymistapaa. Sokea vihasi Darwinia ja hänen kehittämäänsä teoriaa kohtaan on lähtökohtaisesti jo järjetön. Kuten esittelemässäsi artikkelissakin todetaan, Darwin kehitteli pangeneesin ideaa, jossa vanhempien hankitut ominaisuudet voisivat joissain tapauksissa periytyä jälkeläisille. Mendelin perinnöllisyyssäännöt ja Weissmannin havainnot siitä, että perinnöllisyys tapahtuu vain ituradan kautta eikä somaattisten solujen ja gameettien välillä (Weismann barrier), johtivat hiljalleen Darwinin oletuksen hylkäämiseen. Muusta ei tuohon aikaan ollut mahdollista saada havaintoja.
Vaikka Darwinin spekulaatiossa oli paljon virheellisiä olettamuksia, niin viimeaikaiset tutkimukset näyttäisivät osoittavan Darwinin ajattelun olleen oikeilla jäljillä, paljon enemmän kuin Lamarck, joten inhosi kohde on väärä. Sinunkin pitäisi tietää sen verran tieteellisen teorian rakentamisesta, ettei siihen voida sisällyttää ilman objektiivisia havaintoja olevia ajatusrakennelmia, joten synteettinen evoluutioteoria rakentui ilman mallia hankittavien ominaisuuksien periytymisestä. Moderni synteesi on kuitenkin yleisluonteisuutensa vuoksi tarpeeksi joustava sisällyttämään epigeneettisen periytymisen yhtenä muuntelun muotona sopeutumiseen, jos sen merkitys antaa siihen aihetta. Ei sinun pitäisi vihata Darwinia, vaan tieteen menetelmää, joka ei taivu valikoivaan näkemykseesi, jonka olet rakentanut puhtaasti uskonnolliselta pohjalta.
Esittämäsi teesi mutaatioiden ja geenien merkityksettömyydestä evoluutiossa on täysin perusteeton, eikä se siis saa minkäänlaista tukea ahkerasti esittelemistäsi tutkimuksista. Tällä kertaa olit sentään jättänyt hulluimman väitteesi pois, ettei luonnonvalintaa olisi edes olemassa. Evoluutioteorian ytimessä oleva valinnan periaate ei tule koskaan katoamaan. - ”Niiden eroavaisuudet johtuvat kasvien genomien polyploidiasta yhdistettynä epigeneettiseen geenisäätelyyn.”
Olen hiukan yllättynyt, että vastauksesi on sattumalta periaatteessa aivan oikein. Huvittavaa on kuitenkin se, että avauksessasi kiistät mutaatioiden vaikutuksen biodiversiteettiin, vaikka Brassica-suvun kasvit ovat paleopolyploidisia muinaisen genomin triplikaation seurauksena. Genomin monistumiset ovat peräisin satunnaisesta meioosin epätasaisesta kromosomin jakautumisesta (nondisjunktio) eli mutaatiosta. Tämän jälkeen niiden genomit ovat kokeneet jatkuvaa evoluutiota sekä rekombinaatioiden että mutaatioiden muodossa.
”Genomic rearrangement of the diploid species and their hybridization then contributed to Brassica speciation. The subgenome dominance effect and biased gene retention, such as the over-retention of auxin-related genes after WGT, promoted functional gene evolution and thus propelled the expansion of rich morphotypes in the Brassicaspecies. In conclusion, the WGT event initiated subsequent genomic and gene-level evolution, which further drove Brassica speciation and created rich morphotypes in each species.”
http://www.nature.com/articles/hortres201424
Myös geenien epigeneettinen säätely on ollut tärkeässä roolissa tuossa erilaistumisessa. Harmiksesi siihenkin sisätyy kieltämiäsi mutaatioita, kun todellisuudessa SDG-geeniperheen, joka kontrolloi histonimodifikaatioita eli säätelee histonikoodin kautta kromatiinin toimintaa ja geeniekspression epigeneettistä kontrollia, muutokset ajavat tuota erilaistumista muuttamalla epigeneettistä säätelyä. Hauskinta tässä on, että avauksessasi esität histonien metylaation estävän mutaatiot kokonaisuudessaan, vaikka mutaatiot ovat todellisuudessa mahdollistaneet epigeneettisen säätelyn kehittymisen.
”Our results illustrated that the expansion of the BrSDG family was primarily due to the WGT event, with rearrangement and tandem duplication taking place at some loci. A lot of BrSDGs were lost after the WGT event.”
”The expansion of SDG gene family in B. rapa resulting from the WGT event allows nonfunctionalization, subfunctionalization and neofunctionalization30.”
http://www.nature.com/articles/srep16851
Sinä se et vain kykene näkemään ja ymmärtämään, että Kohlin ja oman pääsi tuottama sekamelska on jatkuvasti ristiriidassa itsensä kanssa. - Tuota noin, ilmeisesti vertaukseni meidän samankaltaisesta suhtautumisessa eri asioissa ei oikein auennut, tai sitten refleksinomaisesti käsitit sen koskemaan tuota aihetta. Minähän puhuin aivotoimintojen periaatteellisesta laadullisesta erosta lajien välillä.
Yritin esimerkin avulla tuoda sitä esille, että samalla tavalla kuin sinä näet vain aste-eroja tietotekniikan kehityksessä, vaikka monet toteutukset ovat ulkoapäin, ja varsinkin maallikon silmin, katsottuna huikeita verrattuna vaikka parikymmentä vuotta sitten esillä olleisiin, niin samalla tavoin minä näen aivojen evoluutiossa ja sen mahdollistamien ominaisuuksien kehittymisessä lopulta vain aste-eroja muihin lajeihin nähden, vaikka ne helposti näyttäytyvätkin huikeina niihin verrattuna. - ”Eikö tuota ole arveltu jo aikaisemminkin, vai onko arvelu ollut vielä vahvistamatonta? Minun käsittääkseni isojen ihmisapinoiden on hyvän aikaa tiedetty esimerkiksi pystyvän huijaamaan toisiaan.”
On toki arveltu, ja olen itsekin niistä raportoinut palstalla vuosien varrella, mutta käytännössä kaikissa aiemmissa kokeissa ja havainnoissa on ollut enemmän tulkinnanvaraa, kuin tässä uusimmassa tutkimuksessa. Ei siis olla saatu selkeää näyttöä siitä, että kyse olisi todella jonkinlaisesta käsitteellisestä ajattelukyvystä ja mielen teoriasta eikä esim. peritystä vaistokäyttäytymisestä tai opitusta toimintamallista ilman asian ymmärtämistä. Toki tässäkin tapauksessa tarvitaan vielä vahvistavia uusintakokeita, koska eri tavoin aiemmin toteutetuissa vastaavissa testeissä ihmisapinat ovat järjestään epäonnistuneet. Tämä on siis vakuuttavin todiste tähänastisista siitä, että mielen teorian evolutiivinen historia yltäisi isojen ihmisapinoiden kantamuotoon saakka, eikä näin ollen olisi vain ihmisille ainutlaatuinen ominaisuus. - ”En ole aikaisemminkaan kieltänyt ihmistietoisuuden toimintojen alkuituja voivan olla muillakin elämänmuodoilla.”
Muistan kyllä tämän.
”Ihmisen nykytietoisuus, jota toisinaan tituloin korkeaksi on mielestäni nykyeliöille ainutlaatuinen ja myös ainutlaatuisella tavalla. Arvelen Pääbon ja Tomasellonkin asittäneen lainaamani lausumat tästä eikä tuon eron kehittymisen alkuitujen näkökulmasta.”
Toki se näyttäytyy ainutlaatuisella tavalla, mutta eri asia on, että sisältääkö se laadullisesti mitään muusta eliökunnasta poikkeavaa. Tomasello ei ollut aiemmin ollut vakuuttunut näytöstä, että ihmisapinoilla voisi olla samankaltainen mielen teoria kuin pienillä ihmislapsilla, mutta hänen uudet omat tutkimuksensa ovat saaneet hänet arvioimaan tilannetta uudelleen.
En nyt viitsi mennä tässä ketjussa syvemmälle tietotekniikkaan, mutta ”analogiana” voisin esittää seuraavaa. Sinun mielestäsi tietotekniikan toimintaperustassa ei ole tapahtunut olennaista muutosta, vaan erot tämän päivän ja menneen välillä on lähinnä suorituskyvyssä, uusissa ohjelmointitekniikoissa ja erilaisten oheislaitteiden tuomissa lisäyksissä.
Minun mielestäni taas ne muutokset lähinnä aivojen säätelyssä esim. tehokkuuden, aktiivisuuden ja plastisuuden osalta, joista yllä mainitussa avauksessani kerroin, selittävät juurikin ne erot, jotka havaitsemme tietyissä aivotoiminnoissa meidän ja muiden lajien välillä.
Ei tässä edelleenkään kukaan väitä, etteikö suuriakin eroja löytyisi, vaan kysymys on edelleen siitä, onko aivojen toimintaperustassa olemassa mitään periaatteellista laadullista eroa vai ei. Mielestäni ei ole. - "Tuo on juuri sitä asiaa mitä en ROTin höpinöissä tajua lainkaan."
En minäkään ole sitä ymmärtänyt missään vaiheessa, joten samassa veneessä ollaan.
"Ei ROT voi. Tuo valehtelu on mennyt jo niin patologiseksi että ROT ei vain voi."
Eiköhän kysymykseni ollut enemmän sarkastista retoriikkaa kuin todellinen pyyntö :) - Olen ROT kertonut sinulle, että metyyli-CpG -sidosproteiinin kiinnittyminen metyloituneeseen saarekkeeseen voi säädellä sitä, että samasta geenistä voidaan tuottaa erilaisia esi-mRNA-molekyylejä ja vaihtoehtoinen silmukointi voi toteutua eksonin ohituksella, intronin säilyttämisellä, vaihtoehtoisella 5´silmukointikohdalla, vaihtoehtoisella 3´silmukointikohdalla tai vastavuoroisesti toisensa poissulkevien eksonien muodossa.
Tällä prosessointimekanismilla ei ole kuitenkaan mitään tekemistä ei-synonyymisten substituutioiden kanssa, joiden seurauksena koodattava aminohappo muuttuu emäksen vaihtumisen takia. Et voi yrittää selittää havaittuja mutaatioita vaihtoehtoisen silmukoinnin seuraukseksi, koska siinä ei ole oikeasti mitään järkeä. Yhtä "järkevää" olisi väittää, ettei mäntämoottorissa laajeneva palamiskaasu työnnä todellisuudessa mäntää, vaan mekaaninen liike johtuu katalysaattorin keraamisesta kennostosta.
Voisitko lopettaa tämän valheen toistamisen? - "Asiayhteys on tässä genomin sekvensointi. Eksomisekvensointi tarkoittaa tässä sitä, että tutkitaan kaikki geenien eksonit."
Ja mitähän minä juuri kerroin?
"Kyllähän alaa opiskellut voi kirjoittaa tästä englanniksi."
Kyseinen kirjoittaja on riittävän monta kertaa osoittanut, ettei hän tunne genetiikan peruskäsitteistöä. Samalla tavalla typerältä kuulostaisi, jos kirjoittaisin että eukaryoottisoluilla on nucleus. - "ROT saattaisi ehkä tajuta vielä jotain jos oikeasti esim. yrittäisi itse vastata yllä esittämiini kysymyksiin mutta se ainakin menee kuuroille korville jos kerromme suoraan vastaukset."
Noinhan asia on, enkä itse aio ROT:n avauksiin ottaa sen enempää kantaa ellei niissä ole jotain uusia väitteitä, joita voisi sivullisille aukoa.
