solon1

Vapaa kuvaus

Aloituksia

273

Kommenttia

2386

  1. "HAH!+Solon+joutuu+nyt+kiemurrellen+myöntämään,+että+muutokset+geenisekvensseissä+eivät+ole+syynä+näihin+nelijuovahiiren+raitoihin."Mitä+sinä+taas+höpötät?+Homeootisen+ALX-geeniperheen+Alx3+on+syntynyt+geeniduplikaation+seurauksena+ja+sen+koodaama+tumaproteiini+toimii+transkriptiotekijänä.+Sillä+on+aiemmin+havaittu+lukuisia+säätelyvaikutuksia+muun+muassa+kasvojen+kehityksessä.Tässä+tapauksessa+se+identifioitiin+RNA-sekvensoinnin+avulla+vaikuttavan+myös+nohin+raitoihin.+Tämän+jälkeen+tutkijat+havaitsivat+kohdennetun+mutageneesin+avulla,+että+muutokset+tuon+proteiinin+sitoutumiskohdissa,+toisin+sanoen+kyseisen+geenin+promoottorialueen+DNA:ssa,+saavat+aikaan+nuo+raidat+säätelemällä+geeniekspressiota.+Tarkkaan+ei+kuitenkaan+vielä+tiedetä,+että+kumpia+raidoista+se+tarkalleen+"kontrolloi"."Näin+on+maalitolpat+siirretty+epigenetiikan+puolelle.+Vielä+hän+yrittää+epätoivoisesti+selittää,+että+metylaasi-entsyymi+olisi+satunnaisten+tapahtumien+seurausta."Edelleen,+näytä+yksikin+viesti+minulta,+jossa+olen+jollain+tavalla+esittänyt+ettei+epigeneettisillä+tekijöillä+olisi+osansa+fenotyypin+plastisuudessa+geeniekspression+säätelytekijöinä?+Tässä+siitä+ei+kuitenkaan+ollut+kyse."Antaapa+hänen+sisäistää+muutama+viikko+sitä+tosiasiaa,+että+ravinto,+ilmasto+ja+stressi+ohjaavat+metylaation+määrää+geeneissä."Miten+sinä+edes+kehtaat+lässyttää+minulle+tällaista,+kun+olet+vähintään+3/4+tietämistäsi+asioista+epigenetiikasta+kuullut+ensimmäisen+kerran+minun+viesteistäni.+Tämä+on+helppo+todeta,+jos+siihen+haluat+lähteä.+Voin+kaivaa+viime+syksyltä+alkaen+viestiketjuja,+joissa+sinulla+ei+ole+mitään+hajua+suurimmasta+osasta+asioista+joista+nykyisin+jauhat.
  2. "Jos+ei+ilmaus+"Alx3+expression+activation"+saa+sinua+ymmärtämään,+että+kyse+on+puhtaasti+epigeneettisestä+geenisäätelystä,+niin+olet+aivan+pihalla+molekyylibiologiasta."Ja+jos+sinä+et+ymmärrä+mitä+transkriptiotekijät+ovat+ja+mitä+mutaatiot+niiden+sitoutumiskohdissa+merkitsevät+niin+voit+olla+aivan+hiljaa+siellä.+Sillä+ei+ole+mitään+väliä,+että+esim.+metylaasi-entsyymi+voi+toimia+transkriptiotekijänä.https://en.wikipedia.org/wiki/Transcription_factor
  3. Jep,+kyseessä+on+mutaatiot+transkriptiotekijöiden+sitoutumiskohdissa+promoottorialueella,+mikä+luonnollisesti+muuttaa+geeniekspressiota.+Ei+näissä+ROT:n+kirjoituksissa+ole+mitään+järkeä,+kun+hän+ei+yksinkertaisesti+ymmärrä+aihetta.
  4. ”Nyt+on+ainakin+selvää+mitä+tässä+on+tapahtunut+ja+mitä+mieltä+Kohl+on+Tomista.+Kukaan+tuskin+yllättyi+että+Tomi+on+moraaliton+myös+tuolla+tavalla.”Vaikka+Kohl+onkin+pesunkestävä+pseudotieteilijä,+niin+ymmärrän+kyllä+täysin+hänen+tuohtumuksensa,+onhan+hän+kuitenkin+kehittänyt+omaa+malliansa+jo+lähes+30+vuotta.+Sitten+paikalle+ilmestyy+henkilö,+jolla+ei+ole+käytännössä+minkäänlaisia+pohjatietoja+molekyyligenetiikasta,+kuten+saimme+viime+syksynä+jokainen+huomata.+Useita+kertoja+kävi+jopa+niin,+että+esim.+itse+kerroin+jostain+mekanismista+tai+tapahtumasta+jollaisen+olemassaolosta+Tomilla+ei+täysin+selvästi+ollut+hajuakaan,+ja+muutamaa+päivää+myöhemmin+hän+tekee+avauksia+joissa+hän+”esittelee”+kertomani+asian+uutena+mullistuksena+ja+evoluutioteorian+kumoajana.Edelleenkin+Tomilla+on+hyvin+puutteelliset+tiedot,+mutta+ahkeralla+lukemisella+ja+Kohlin+avustuksella+hän+on+petrannut+siinä+määrin,+että+kykenee+lähes+omatoimisesti+jo+yhdistelemään+oppimaansa+jollain+tavalla+ymmärrettävään+muotoon,+vaikka+ei+tietenkään+itse+kykene+mitään+uutta+aiheeseen+lisäämään.+Imettyään+kaiken+tarpeellisen+esikuvansa+mallista,+on+hänellä+sitten+ollut+pokkaa+ujuttaa+itsensä+kaiken+maailman+keskustelupalstoille+ja+muille+foorumeille+jakamaan+tuota+”tietoutta”+omissa+nimissään.+Harvinaisen+röyhkeää+toimintaa,+vaikka+kyseessä+onkin+pseudotieteen+suoltaminen.+Kysessä+on+kuitenkin+toisen+henkilön+rakas+”elämäntyö”.Viime+keväänä+aloin+jo+ihmetellä,+että+kuvitteleeko+Tomi+olevansa+itse+Kohl,+kun+hän+alkoi+asian+plagioinnin+ohella+matkia+myös+erittäin+nolosti+Kohlin+tunnistettavaa+kirjoitustyyliä+kaikkine+maneereineen.+Huomautin+häntä+siitä+tässä+avauksessa+(+http://keskustelu.suomi24.fi/t/14122273/korallien-proteiinirakenteen-muutos-ja-dna+),+mutta+hetkellisen+lopettamisen+jälkeen+hän+palasi+siihen+takaisin.+Muutenkin+hänen+kehityksensä+on+ollut+huolestuttavaa.+Siinä+missä+hän+aiemmin+todella+yritti+argumentoida+väitteidensä+(Kohlin)+tueksi+loppuun+asti,+ei+häntä+tunnu+enää+kiinnostavan+paskan+vertaa+edes+yrittää+keskustella.+Onhan+tuollaista+kehitystä+ja+toimintaa+tullut+vuosien+varrella+nähtyä+ennnenkin+ja+sen+psykologista+puolta+jossain+määrin+hyvin+tunnen,+mutta+silti+se+aina+jaksaa+hämmästyttää.
  5. Tähän+vääristelyyn+unohtui+vastata+aiemmin."Esimerkiksi+ihmisen+ja+simpanssin+geneettinen+vertailu+perustuu+tähän+vajaaseen+kahteen+prosenttiin+geenejämme,+eli+proteiineja+koodaavaan+osaan."Ei+tietenkään+perustu.+Eri+tutkimuksissa+on+selvitetty+eri+asioita+ja+siksi+vertailu+on+kohdistunut+eri+osiin+genomia.+Toki+myös+koko+genomin+vertailua+on+tehty+kädellisten+välillä,+heti+kun+sekvensointimenetelmät+ovat+sen+mahdollistaneet."Advances+in+genome+sequencing+technologies+have+created+new+opportunities+for+comparative+primate+genomics.+Genome+assemblies+have+been+published+for+several+primates,+with+analyses+of+several+others+underway.+Whole+genome+assemblies+for+the+great+apes+provide+remarkable+new+information+about+the+evolutionary+origins+of+the+human+genome+and+the+processes+involved."https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4113315/"Mutta+varsinaiset+säätely-+ja+silmukointimekanismit+poikkeavat+toisistaan+merkittävästi+eri+lajien+välillä.+Mm.+ihmisen+ja+simpanssin+välillä+vaihtoehtoinen+silmukointi+ja+sitä+ohjaavat+epigeneettiset+mekanismit+ovat+tyystin+erilaiset."En+tiedä+miten+käsität+"poikkeavat+toisistaan+merkittävästi"+ja+"tyystin+erilaiset",+mutta+tutkijat+eivät+ole+samaa+mieltä+kanssasi."Although+the+analyses+presented+here+focus+on+protein-coding+sequences,+the+chimpanzee+genome+sequence+also+allows+systematic+analysis+of+the+recent+evolution+of+gene+regulatory+elements+for+the+first+time.+Initial+analysis+of+both+gene+expression+patterns+and+promoter+regions+suggest+that+their+overall+patterns+of+evolution+closely+mirror+that+of+protein-coding+regions.+In+an+accompanying+paper83,+we+show+that+the+rates+of+change+in+gene+expression+among+different+tissues+in+human+and+chimpanzee+correlate+with+the+nucleotide+divergence+in+the+putative+proximal+promoters+and+even+more+interestingly+with+the+average+level+of+constraint+on+proteins+in+the+same+tissues."http://www.nature.com/nature/journal/v437/n7055/full/nature04072.htmlMyös+vaihtoehtoisen+silmukoinnin+erot+on+selvitetty."This+study+represents+the+first+large-scale+comparative+analysis+of+alternative+splicing+patterns+in+humans+and+chimpanzees,+and+indeed+between+any+pair+of+species+separated+by+a+relatively+short+period+of+evolutionary+history.+The+results+indicate+that+at+least+4%+of+genes+in+humans+and+chimpanzees+have+one+or+more+cassette+alternative+exons+that+display+pronounced+splicing+level+differences+between+the+two+species+(refer+to+the+Supplemental+Material).+This+is+comparable+with+the+proportions+(2%–8%)+of+orthologous+human+and+chimpanzee+protein+coding+genes+reported+to+have+significant+transcript+level+differences+in+corresponding+tissues+(Preuss+et+al.+2004;+Khaitovich+et+al.+2005)."http://genesdev.cshlp.org/content/21/22/2963.longMinä+ymmärrän+"tyystin+erilaisen"+tarkoittavan+jotain+muuta+kuin+muutaman+prosentin+eroa.Epigeneettisen+säätelyn+eroavuudet+ovat+myös+linjassa+nykyisen+ymmärryksen+kanssa+genomin+ja+epigenomin+välisestä+suhteesta+ja+evoluutiosta."In+recent+years,+due+to+the+development+of+genome-wide+techniques+that+allow+us+to+analyze+DNA+methylation+profiles+in+multiple+organisms,+the+field+of+comparative+epigenomics+has+started+to+emerge.+Exciting+questions+about+how+DNA+methylation+patterns+vary+through+time+and+how+this+variation+is+linked+to+genome+evolution+can+now+be+addressed.+It+has+been+shown+that+the+global+pattern+of+DNA+methylation+between+close+species,+such+as+human+and+chimpanzee,+is+similar+(10).""We+found+an+overall+conservation+of+the+DNA+methylation+profiles+between+species.+In+concordance+with+previous+studies+(13,45,46),+our+results+showed+high+conservation+of+DNA+methylation+levels+specifically+at+CpG+islands+and+gene+promoters."http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/07/13/nar.gkv693.full#ref-10Ja+kuten+voimme+jälleen+havaita,+tässäkään+ROT:n+viestissä+ei+ollut+juuri+mikään+totta.
  6. "Satutko+tietämään+tarkemmin+mihin+Kohl+uskoo?"Toki+hän+yrittää+kierrellä+ja+kaarrella+parhaansa+mukaan,+mutta+nuoren+Maan+kreationisti+hän+on."I+tried+to+warn+Perry+Marshall+that+he+was+misrepresenting+everything+known+to+serious+scientists+about+the+innate+immune+system+in+"Evolution+2.0".+Perry+Marshall+subsequently+chose+to+attack+Ken+Ham.+When+I+complained,+Perry+Marshall+banned+me+from+commenting+on+his+FB+page+or+blog+posts.Hopefully,+discussion+of+the+facts+known+to+serious+scientists+will+occur+in+this+group.In+any+case,+I+will+try+to+post+updates+on+the+science+that+supports+young+earth+creationism+as+more+published+works+contribute+to+the+overwhelming+experimental+evidence+that+theorists+continue+to+ignore.+See+for+example:+Regulatory+evolution+of+innate+immunity+through+co-option+of+endoge...The+fact+that+immunity+is+innate+attests+to+God's+creation+of+the+first+perfect+cell.+Only+biologically+uninformed+theorists+could+place+innate+immunity+into+the+context+of+"regulatory+evolution"+--+as+if+creation+automagically+began+to+regulate+itself,+after+the+fact."http://www.creationconversations.com/forum/topics/healthy-longevity-or-virus-driven-pathology?xg_source=activityTuossa+hän+kuitenkin+ilmoittaa+asian+täysin+selvästi.
  7. Ei+sitten...
  8. https://books.google.fi/books?id=9li9_FgRtmMC&pg=PA313&lpg=PA313&dq=stone+independent+research+James+Kohl&source=bl&ots=rzEGXizImQ&sig=BCfAKileyUQtQ7dxCDyfZ1xLY-k&hl=fi&sa=X&ved=0ahUKEwjL0vSg3YLQAhVHApoKHb5ND8gQ6AEIITAB#v=onepage&q=stone+independent+research+James+Kohl&f=false+Jospa+tämä+toimisi,+jossa+näkyy+hänen+yhteytensä+yllä+mainittuun+laboratorioon.
  9. "Kohl+on+siis+epärelevantimpi+kuin+tiesinkään.+Vai+muka+johtava+geeniteknologian+tutkija+:)"Hänen+omilta+sivuiltaan:"Kohl+worked+as+a+medical+laboratory+scientist+from+1974+until+2013,+and+he+devoted+more+than+twenty-nine+of+those+thirty-nine+years+to+researching+the+relationship+between+the+sense+of+smell+and+cell+type+differentiation+associated+with+life+history+transitions+that+include+the+development+of+human+sexual+preferences.""James+V.+Kohl+is+certified+with:American+Society+for+Clinical+Pathology+(Medical+laboratory+scientist)"http://rna-mediated.com/about/MLS+vastaa+Suomessa+bioanalyytikkoa/laboratorioteknikkoa."In+the+United+States,+a+Medical+Laboratory+Scientist+(MLS),+Medical+Technologist+(MT),+or+a+Clinical+Laboratory+Scientist+(CLS)+typically+earns+a+bachelor's+degree+in+medical+laboratory+science,+clinical+laboratory+science,+medical+technology,+biomedical+science+or+in+a+life+/+biological+science+(biology,+biochemistry,+microbiology,+etc.),+in+which+case+certification+from+an+accredited+training+program+is+also+required+in+some+states."https://en.wikipedia.org/wiki/Medical_laboratory_scientist#United_Stateshttps://books.google.fi/books?id=9li9_FgRtmMC&pg=PA313&lpg=PA313&dq=stone+independent+research+James+Kohl&source=bl&ots=rzEGXizImQ&sig=BCfAKileyUQtQ7dxCDyfZ1xLY-k&hl=fi&sa=X&ved=0ahUKEwjL0vSg3YLQAhVHApoKHb5ND8gQ6AEIITAB#v=onepage&q=stone+independent+research+James+Kohl&f=falseToki+hän+väittää+kaikenlaista+muutakin+osaamisestaan,+mutta+en+löydä+niille+mitään+varmistusta+mistään+muusta+lähteestä.
  10. Missä+mennään+pieleen+on+se,+että+jos+tutkimuksessa+löydetään+esim.+uudenlainen+miRNA:n+säätelytoiminto+geenien+ekspressiossa+tai+vaikkapa+ympäristön-somaattisten+solujen-ituradan+solulinjan+välinen+epigeneettinen+vuorovaikutus+joissain+tietyntyyppisissä+erityistapauksissa,+niin+sinä+ilmekään+värähtämättä+laajennat+tämän+koskemaan+koko+eliökuntaa+ja+kaikkia+solutyyppejä,+vaikka+tästä+ei+olisi+minkäänlaista+näyttöä.Toinen+epäkohta+on+tietenkin+se,+että+kuvittelette+uusien+mekanismien+löytymisen+jotenkin+poistavan+teille+epämieluisat,+vanhemmat+ja+hyvin+tunnetut+mekanismit.+Kolmas+epäkohta+on+tietenkin+aivan+suora+jatkuva+valehtelu+siitä,+mitä+on+todellisuudessa+löydetty+ja+pystytty+objektiivisesti+näyttämään+toteen.+Näiden+yhdistäminen+maallikolle+hankalasti+ymmärrettävään+alaspesifiin+käsitteisiin+ja+määritelmiin+onkin+sitten+sellainen+sekamelska,+johon+monien+on+hankala+puuttua.+Voisin+minäkin+kirjoittaa+niin+vaikeaa+tekstiä,+ettet+siitä+mitään+ymmärtäisi+tai+löytäisi+edes+Googlella+tarpeeksi+apua+sihen,+mutta+olisiko+siinä+mitään+järkeä?+Gish+Gallop+-luonteesta+johtuen+myös+asiasta+tietävien+on+usein+hankala+vastata+yksityiskohtaisesti+kaikkiin+epäkohtiin,+jollei+halua+kirjoittaa+monta+kymmentä+tuhatta+merkkiä+pitkiä+vastauksia.+En+ainakaan+itse+sitä+enää+jaksa+jatkuvasti+harrastaa.+Esimerkkinä+voisin+puuttua+tähän:”-+Ohjaus+ja+säätely+oikean+proteiinityypin+rakentamiseksi+saadaan+DNA:n+analogisesta+osasta,+eli+epigeneettisistä+kerroksista.+Solun+mekanismit+on+suunniteltu+siten,+että+kaikki+tähtää+tehokkaaseen+energian+käyttöön.+Niinpä+jos+esim.+kala+elää+pimeässä+elinympäristössä,+niin+jo+muutaman+sukupolven+jälkeen+sen+silmät+häviävät+ja+sen+suomupeitteestä+katoaa+pigmentti.+Tämä+kaikki+tapahtuu+puhtaasti+geenejä+säätelemällä,+ilman+ainuttakaan+geenisekvenssimuutosta.+Kalojen+suomupeitteessä+on+valoa+aistivia+reseptoreja+ja+tieto+valon+määrästä+välittyy+kalan+aivoihin,+jotka+ohjaavat+microRNA-säätelyä.”Aivan+hienon+kuuloista+tekstiä,+jolla+varmasti+saadaan+huijattua+tiettyjä+lukijoita,+mutta+totta+siinä+ei+ole+kuin+siteeksi."We+found+that+speciation+and+population+dynamics+of+these+fishes+are+closely+related+to+the+uplifting+stages+of+the+Qinghai-Tibetan+Plateau.+Comparative+genome+analysis+revealed+many+genetic+changes,+such+as+gene+loss,+pseudogenes,+mutations+and+down-regulation,+which+were+associated+with+regressive+features+(eye+degeneration,+albinism,+rudimentary+scales+and+low+fecundity),+and+some+gene+expansions+suggest+that+constructive+features+(such+as+the+sense+of+taste)+have+evolved+in+caves+(a+few+supplementary+notes+can+be+seen+in+Additional+file 9:+Note+S6).”Tämän+vuoden+puolella+julkaistussa+tutkimuksessa+havaittiin+siis+lähes+päinvastaista,+mitä+ROT+väittää.+Muutoksia+havaittiin+toki+myös+sekä+geneettisessä+että+epigeneettisessä+ekspression+säätelyssä,+kuten+esim.+valoherkkiä+opsiiniproteiineja+koodavien+geenien+ekspressiotason+lasku,+mutta+suurimmat+muutokset+koskivat+kaikki+geneettisiä+muutoksia.http://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-015-0223-4Vaikea+tässä+on+käydä+ROT:n+”haluamaa”+asiallista+keskutelua,+kun+toinen+osapuoli+ei+lähtökohtaisestikaan+ole+siihen+sitoutunut,+vaan+toimii+Kohlin+luoman+esimerkin+mukaisesti.Todellisuudessa+Kohl+on+kliininen+laboratorioteknikko,+joka+on+siis+suorittanut+alemman+korkeakoulututkinnon,+eikä+mikään+maailmalla+arvostettu+genetiikan+ja+mikrobiologian+asiantuntija,+jollaisena+hän+itsenä+tykkää+esittää.+Samoin+kuin+Suomessa+bioanalyytikot/laboratorioteknikot+voivat+toimia+myös+tutkimuspuolella,+on+Kohl+tehnyt+tutkimusuransa+itsenäisenä+tutkijana+liittyen+feromoneihin+Stone+Independent+Research-laboratioriossa.+Tuo+yksityinen+laboratorio+ei+omien+sivujensa+mukaan+kuulosta+paikalta,+jossa+tehdään+maailman+johtavaa+genetiikan+tutkimusta.+En+millään+tavoin+vähättele+laboratorioteknikoiden+työtä,+mutta+harvemmin+he+esiintyvät+vastaavasti+kuin+Kohl.”With+four+facilities+to+serve+our+clients,+we+are+able+to+serve+multiple+niches+in+the+nutraceutical+and+cosmeceutical+industries.+From+conceptualization+to+turn-key+production+services,+SIR+specializes+in+custom+development+of+high-end+cosmetic+products,+fragrances,+nutraceutical+supplements+and+homeopathic+products,+lubricants,+lotions,+creams+and+gels.”http://stoneindependentresearch.com/Kohl+on+julkaissut+muutamia+vertaisarvioituja+artikkeleita,+lähinnä+pienissä+tiedejulkaisuissa,+mutta+on+hän+julkaissut+myös+yhden+merkittävän+ihmisten+feromoneja+käsitelleen+artikkelin.+Hänen+tieteellinen+panoksensa+puolestaan+genetiikan,+mukaanluettuna+epigenetiikka,+saralla+on+olematon.+Jos+joku+ei+vielä+jostain+syystä+tiedä,+niin+Kohl+on+kreationisti+joka+on+oman+uskonnollisen+vakaumuksensa+johdosta+kehittänyt+todellisiin+epigeneettisiin+mekanismeihin+löyhästi+perustuvan+pseudotieteellisen+ja+loogisesti+ristiriitaisen+mallin,+jonka+tarkoituksena+on+selittää+ekologinen+adaptoituminen+ja+laajemmin+biodiversiteetti+luotuna+ja+suunniteltuna+järjestelmänä.
  11. ”Nykytiede+on+mennyt+kovasti+eteenpäin,+mutta+suurin+osa+palstaa+lukevista+ateisteista+elää+vielä+1980-luvun+oppikirjoissa.+Tämän+vuoksi+on+paikallaan+kertoa,+mitä+nykytiede+on+löytänyt+geenitutkimuksen+saralla+viime+vuosina.”Katsotaan+sitten,+mitä+osaat+meille+kertoa.”Perinteinen+ja+sittemmin+virheelliseksi+on+osoittautunut+käsitys,+jonka+mukaan+yksi+geeni+tuottaa+yhtä+proteiinia+tai+että+esim+ihmisen+solut+käyttävät+vain+näitä+proteiineja+koodaavia+geenejä+ja+loppuosa,+n.+98%+on+evolutiivista+roskaa.+Evoluutioteoria+rakentuu+pitkälti+tämän+virheellisen+olettamuksen+varaan.”Varsinaisesti+geenien+toimintaa+alettiin+ymmärtää+vasta+joitain+vuosia+DNA:n+rakenteen+löytymisen+jälkeen+1950-luvun+lopulla.+Geneettisen+koodin+ymmärtäminen+eteni+kodonien+luonteen+ja+proteiinisynteesin+pääpiirteiden+selvittämisellä+60-luvun+loppuun+mennessä.+Proteomin+kokoa+suhteessa+genomin+kokoon+spekuloitiin+jo+70-luvulla,+ja+vuonna+1977+saatiin+ensimmäiset+objektiiviset+havainnot+vaihtoehtoisesta+silmukoinnista.+Samana+vuonna+löydettiin+intronit+ja+ymmärrettiin,+että+muillakin+alueilla+kuin+koodavilla+eksoneilla+on+merkitystä.+Vaikeammin+havaittavia+säätelyelementtejä+alettiin+löytää+hiljalleen+80-+ja+90-luvuilla+ja+2000-luvulla+löydöt+ovat+lisääntyneet++edelleen+merkittävästi.+Kuten+huomaamme,+todellisuudessa+havaitsemme+jatkuvan+kehityksen+ja+tieteellisen+tiedon+kasvun.”Nykyaikainen+molekyylibiologia+on+jo+jonkin+aikaa+ollut+tietoinen+siitä,+että+proteiineja+koodaavat+geenit+ovat+monitoiminnallisia+geenejä.”Eivät+tietenkään+kaikki+ole,+mutta+esim.+ihmisten+monieksonisten+geenien+transkripteistä+~95+%+modifioidaan+vaihtoehtoisesti.+Mutta+kuten+jo+ylempänä+kerroin,+niin+molekyylibiologian,+solubiologian+kuin+genetiikankin+tutkimus+on+ollut+jatkuvaa+edistystä+DNA:n+rakenteen+selvityksestä+50-luvulta+lähtien+ja+kiihtyvä+edistyminen+on+lähtenyt+jo+80-luvulta+uusien+molekyylibiologisten+menetelmien+synnyn+myötä.”Tämä+tarkoittaa+sitä,+että...”Seuraavat+pari+kappaletta+ovat+sitten+taas+tuttua+Kohlin+keskustelutekniikkaa.+Aiheessa+ei+ole+yhtään+mitään+sellaista+erikoisuutta+tai+uutta+tietoa,+jota+ei+jo+ensimmäisen+vuoden+opiskelija+olisi+joutunut+käymään+lävitse+useammassakin+yhteydessä,+vaikka+sinä+kuvittelet+sen+olevan+jotain+tavattoman+monimutkaista+ja+mullistavaa.+Olet+toki+jotkin+asiat+esittänyt+vielä+siten,+ettei+kukaan+alaa+oikeasti+ymmärtävä+niin+tekisi.+Todellisuudessa+tiedämme+aiheesta+vielä+huomattavasti+paljon+enemmän.”A+detailed+comparative+dissection+of+the+machinery+mediating+central+functions+can+enable+reconstruction+of+evolutionary+history+and+origins.+The+data+reported+here+provide+the+first+comprehensive+survey+of+the+architecture+of+the+NPC+from+a+highly+divergent+organism,+providing+key+insights+into+evolutionary+origins+of+function+and+mechanism+at+the+nuclear+envelope.”http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002365”Our+study+reports+a+large+number+of+GMAS+(genetically+modulated+alternative+splicing)++events+and+enables+a+better+understanding+of+the+evolutionary+and+regulatory+features+of+this+phenomenon.”http://genome.cshlp.org/content/early/2016/03/09/gr.193359.115.full.pdf+html”Evidence+from+biochemistry+and+comparative+genomics+strongly+suggests+that+spliceosomal+introns+originated+and+proliferated+during+the+origin+of+eukaryotes,+in+a+process+intimately+linked+to+other+evolutionary+events+of+eukaryogenesis.+The+resulting+portrait+of+the+LECA+spliceosomal+system+was+comparable+to+that+of+intron-rich+modern+eukaryotic+organisms,+with+myriad+introns,+complex+splicing+machinery,+and+coupling+of+splicing+to+other+cellular+processes.+From+that+complex+ancestor,+intron–exon+structures+have+been+highly+plastic+throughout+eukaryotic+evolution,+with+cases+of+extreme+divergence+from+their+ancestors+that+shaped+the+genomic+landscapes+of+eukaryotes+probably+like+no+other.+Particularly+remarkable+are+the+multiple+instances+of+recurrent+evolution+of+multiple+features,+including+massive+intron+loss,+constraint+of+splicing+signals,+restriction+of+BP-3′ss+distance,+loss+of+polypyrimidine+tract,+and+complete+loss+of+U12+introns.”http://cshperspectives.cshlp.org/content/6/6/a016071.full”Solun+mekanismit+ovat+siis+erittäin+monimutkaisia.+Perinteinen+evoluutioteorian+mukainen+käsitys+mutaatioista+ja+luonnonvalinnasta+ei+sovi+vakavasti+otettavan+tieteen+ymmärrykseen+solun+mekanismeista.+Perustelut:...”Onko+joku+väittänyt,+ettei+solutoimintojen+mekanismit+olisi+erittäin+monimutkaisia?+Vakavasti+otettava+tiede+ei+löydä+minkäänlaista+näyttöä+suunnittelusta,+vaan+jatkuvasti+ymmärrämme+yhä+paremmin+erilaisten+kokonaisuuksien+evoluutiota.Perustelusi+noudattavat+aina+samaa+kaavaa,+tai+siis+Kohlin+kaavaa.+Periaatteessa+niissä+on+runkona+aivan+oikeaa+tietoa,+joka+usein+vielä+liittyy+käsiteltävään+aiheeseen.+Jatkuu...
  12. ”Tutkimus+on+julkaistu+myös+Nature:ssa”Kyseessä+ei+ollut+tutkimusartikkeli,+vaan+review-artikkeli+eli+laaja-alainen+katsaus+alan+alkuperäistutkimuksiin.+Olemme+eri+avausten+yhteydessä+jo+keskustelleet+noista+mekanismeista+ja+olen+korjannut+sinun+virheellisiä+käsityksiäsi+niihin+liittyen,+joten+jätän+sen+hyödyttömänä+tällä+kertaa+väliin.+Totean+vain,+että+teet+edelleen+täysin+järjettömiä+päätelmiä+aiheesta,+jota+et+todellisuudessa+ymmärrä,+vaikka+yritätkin+esiintyä+jonkilaisena+itseoppineena+asiantuntijana.+En+tarkoita+kuitenkaan+sitä,+etteikö+kirjoituksissasi+olisi+myös+aivan+oikeaa+asiaakin,+mutta+juuri+se+tekee+niistä+niin+vastenmielisen+epärehellisiä,+kun+yrität+niiden+varjolla+syöttää+lukjoillesi+virheellistä+informaatiota.+Olet+toki+ymmärtänyt+jotkin+yksinkertaisetkin+yksityiskohdat+niistä+väärin,+eikä+sinuun+onneksi+juuri+kukaan+palstalainen+luota.Koska+väitteitesi+virheiden+korjaaminen+ei+saa+sinua+lopettamaan+niistä+valehtelemista,+niin+kokeillaan+toisenlaista+lähestymistapaa.+Sokea+vihasi+Darwinia+ja+hänen+kehittämäänsä+teoriaa+kohtaan+on+lähtökohtaisesti+jo+järjetön.+Kuten+esittelemässäsi+artikkelissakin+todetaan,+Darwin+kehitteli+pangeneesin+ideaa,+jossa+vanhempien+hankitut+ominaisuudet+voisivat+joissain+tapauksissa+periytyä+jälkeläisille.+Mendelin+perinnöllisyyssäännöt+ja+Weissmannin+havainnot+siitä,+että+perinnöllisyys+tapahtuu+vain+ituradan+kautta+eikä+somaattisten+solujen+ja+gameettien+välillä+(Weismann+barrier),+johtivat+hiljalleen+Darwinin+oletuksen+hylkäämiseen.+Muusta+ei+tuohon+aikaan+ollut+mahdollista+saada+havaintoja.Vaikka+Darwinin+spekulaatiossa+oli+paljon+virheellisiä+olettamuksia,+niin+viimeaikaiset+tutkimukset+näyttäisivät+osoittavan+Darwinin+ajattelun+olleen+oikeilla+jäljillä,+paljon+enemmän+kuin+Lamarck,+joten+inhosi+kohde+on+väärä.+Sinunkin+pitäisi+tietää+sen+verran+tieteellisen+teorian+rakentamisesta,+ettei+siihen+voida+sisällyttää+ilman+objektiivisia+havaintoja+olevia+ajatusrakennelmia,+joten+synteettinen+evoluutioteoria+rakentui+ilman+mallia+hankittavien+ominaisuuksien+periytymisestä.+Moderni+synteesi+on+kuitenkin+yleisluonteisuutensa+vuoksi+tarpeeksi+joustava+sisällyttämään+epigeneettisen+periytymisen+yhtenä+muuntelun+muotona+sopeutumiseen,+jos+sen+merkitys+antaa+siihen+aihetta.+Ei+sinun+pitäisi+vihata+Darwinia,+vaan+tieteen+menetelmää,+joka+ei+taivu+valikoivaan+näkemykseesi,+jonka+olet+rakentanut+puhtaasti+uskonnolliselta+pohjalta.Esittämäsi+teesi+mutaatioiden+ja+geenien+merkityksettömyydestä+evoluutiossa+on+täysin+perusteeton,+eikä+se+siis+saa+minkäänlaista+tukea+ahkerasti+esittelemistäsi+tutkimuksista.+Tällä+kertaa+olit+sentään+jättänyt+hulluimman+väitteesi+pois,+ettei+luonnonvalintaa+olisi+edes+olemassa.+Evoluutioteorian+ytimessä+oleva+valinnan+periaate+ei+tule+koskaan+katoamaan.
  13. ”Niiden+eroavaisuudet+johtuvat+kasvien+genomien+polyploidiasta+yhdistettynä+epigeneettiseen+geenisäätelyyn.”Olen+hiukan+yllättynyt,+että+vastauksesi+on+sattumalta+periaatteessa+aivan+oikein.+Huvittavaa+on+kuitenkin+se,+että+avauksessasi+kiistät+mutaatioiden+vaikutuksen+biodiversiteettiin,+vaikka+Brassica-suvun+kasvit+ovat+paleopolyploidisia+muinaisen+genomin+triplikaation+seurauksena.+Genomin+monistumiset+ovat+peräisin+satunnaisesta+meioosin+epätasaisesta+kromosomin+jakautumisesta+(nondisjunktio)+eli+mutaatiosta.+Tämän+jälkeen+niiden+genomit+ovat+kokeneet+jatkuvaa+evoluutiota+sekä+rekombinaatioiden+että+mutaatioiden+muodossa.”Genomic+rearrangement+of+the+diploid+species+and+their+hybridization+then+contributed+to Brassica speciation.+The+subgenome+dominance+effect+and+biased+gene+retention,+such+as+the+over-retention+of+auxin-related+genes+after+WGT,+promoted+functional+gene+evolution+and+thus+propelled+the+expansion+of+rich+morphotypes+in+the Brassicaspecies.+In+conclusion,+the+WGT+event+initiated+subsequent+genomic+and+gene-level+evolution,+which+further+drove Brassica speciation+and+created+rich+morphotypes+in+each+species.”http://www.nature.com/articles/hortres201424Myös+geenien+epigeneettinen+säätely+on+ollut+tärkeässä+roolissa+tuossa+erilaistumisessa.+Harmiksesi+siihenkin+sisätyy+kieltämiäsi+mutaatioita,+kun+todellisuudessa+SDG-geeniperheen,+joka+kontrolloi+histonimodifikaatioita+eli+säätelee+histonikoodin+kautta+kromatiinin+toimintaa+ja+geeniekspression+epigeneettistä+kontrollia,+muutokset+ajavat+tuota+erilaistumista+muuttamalla+epigeneettistä+säätelyä.+Hauskinta+tässä+on,+että+avauksessasi+esität+histonien+metylaation+estävän+mutaatiot+kokonaisuudessaan,+vaikka+mutaatiot+ovat+todellisuudessa+mahdollistaneet+epigeneettisen+säätelyn+kehittymisen.”Our+results+illustrated+that+the+expansion+of+the BrSDG family+was+primarily+due+to+the+WGT+event,+with+rearrangement+and+tandem+duplication+taking+place+at+some+loci.+A+lot+of BrSDGs were+lost+after+the+WGT+event.””The+expansion+of SDG gene+family+in B.+rapa resulting+from+the+WGT+event+allows+nonfunctionalization,+subfunctionalization+and+neofunctionalization30.”http://www.nature.com/articles/srep16851Sinä+se+et+vain+kykene+näkemään+ja+ymmärtämään,+että+Kohlin+ja+oman+pääsi+tuottama+sekamelska+on+jatkuvasti+ristiriidassa+itsensä+kanssa.
  14. Tuota+noin,+ilmeisesti+vertaukseni+meidän+samankaltaisesta+suhtautumisessa+eri+asioissa+ei+oikein+auennut,+tai+sitten+refleksinomaisesti+käsitit+sen+koskemaan+tuota+aihetta.+Minähän+puhuin+aivotoimintojen+periaatteellisesta+laadullisesta+erosta+lajien+välillä.Yritin+esimerkin+avulla+tuoda+sitä+esille,+että+samalla+tavalla+kuin+sinä+näet+vain+aste-eroja+tietotekniikan+kehityksessä,+vaikka+monet+toteutukset+ovat+ulkoapäin,+ja+varsinkin+maallikon+silmin,+katsottuna+huikeita+verrattuna+vaikka+parikymmentä+vuotta+sitten+esillä+olleisiin,+niin+samalla+tavoin+minä+näen+aivojen+evoluutiossa+ja+sen+mahdollistamien+ominaisuuksien+kehittymisessä+lopulta+vain+aste-eroja+muihin+lajeihin+nähden,+vaikka+ne+helposti+näyttäytyvätkin+huikeina+niihin+verrattuna.
  15. ”Eikö+tuota+ole+arveltu+jo+aikaisemminkin,+vai+onko+arvelu+ollut+vielä+vahvistamatonta?+Minun+käsittääkseni+isojen+ihmisapinoiden+on+hyvän+aikaa+tiedetty+esimerkiksi+pystyvän+huijaamaan+toisiaan.”On+toki+arveltu,+ja+olen+itsekin+niistä+raportoinut+palstalla+vuosien+varrella,+mutta+käytännössä+kaikissa+aiemmissa+kokeissa+ja+havainnoissa+on+ollut+enemmän+tulkinnanvaraa,+kuin+tässä+uusimmassa+tutkimuksessa.+Ei+siis+olla+saatu+selkeää+näyttöä+siitä,+että+kyse+olisi+todella+jonkinlaisesta+käsitteellisestä+ajattelukyvystä+ja+mielen+teoriasta+eikä+esim.+peritystä+vaistokäyttäytymisestä+tai+opitusta+toimintamallista+ilman+asian+ymmärtämistä.+Toki+tässäkin+tapauksessa+tarvitaan+vielä+vahvistavia+uusintakokeita,+koska+eri+tavoin+aiemmin+toteutetuissa+vastaavissa+testeissä+ihmisapinat+ovat+järjestään+epäonnistuneet.+Tämä+on+siis+vakuuttavin+todiste+tähänastisista+siitä,+että+mielen+teorian+evolutiivinen+historia+yltäisi+isojen+ihmisapinoiden+kantamuotoon+saakka,+eikä+näin+ollen+olisi+vain+ihmisille+ainutlaatuinen+ominaisuus.
  16. ”En+ole+aikaisemminkaan+kieltänyt+ihmistietoisuuden+toimintojen+alkuituja+voivan+olla+muillakin+elämänmuodoilla.”Muistan+kyllä+tämän.”Ihmisen+nykytietoisuus,+jota+toisinaan+tituloin+korkeaksi+on+mielestäni+nykyeliöille+ainutlaatuinen+ja+myös+ainutlaatuisella+tavalla.+Arvelen+Pääbon+ja+Tomasellonkin+asittäneen+lainaamani+lausumat+tästä+eikä+tuon+eron+kehittymisen+alkuitujen+näkökulmasta.”Toki+se+näyttäytyy+ainutlaatuisella+tavalla,+mutta+eri+asia+on,+että+sisältääkö+se+laadullisesti+mitään+muusta+eliökunnasta+poikkeavaa.+Tomasello+ei+ollut+aiemmin+ollut+vakuuttunut+näytöstä,+että+ihmisapinoilla+voisi+olla+samankaltainen+mielen+teoria+kuin+pienillä+ihmislapsilla,+mutta+hänen+uudet+omat+tutkimuksensa+ovat+saaneet+hänet+arvioimaan+tilannetta+uudelleen.+En+nyt+viitsi+mennä+tässä+ketjussa+syvemmälle+tietotekniikkaan,+mutta+”analogiana”+voisin+esittää+seuraavaa.+Sinun+mielestäsi+tietotekniikan+toimintaperustassa+ei+ole+tapahtunut+olennaista+muutosta,+vaan+erot+tämän+päivän+ja+menneen+välillä+on+lähinnä+suorituskyvyssä,+uusissa+ohjelmointitekniikoissa+ja+erilaisten+oheislaitteiden+tuomissa+lisäyksissä.+Minun+mielestäni+taas+ne+muutokset+lähinnä+aivojen+säätelyssä+esim.+tehokkuuden,+aktiivisuuden+ja+plastisuuden+osalta,+joista+yllä+mainitussa+avauksessani+kerroin,+selittävät+juurikin+ne+erot,+jotka+havaitsemme+tietyissä+aivotoiminnoissa+meidän+ja+muiden+lajien+välillä.+Ei+tässä+edelleenkään+kukaan+väitä,+etteikö+suuriakin+eroja+löytyisi,+vaan+kysymys+on+edelleen+siitä,+onko+aivojen+toimintaperustassa+olemassa+mitään+periaatteellista+laadullista+eroa+vai+ei.+Mielestäni+ei+ole.
  17. "Tuo+on+juuri+sitä+asiaa+mitä+en+ROTin+höpinöissä+tajua+lainkaan."En+minäkään+ole+sitä+ymmärtänyt+missään+vaiheessa,+joten+samassa+veneessä+ollaan."Ei+ROT+voi.+Tuo+valehtelu+on+mennyt+jo+niin+patologiseksi+että+ROT+ei+vain+voi."Eiköhän+kysymykseni+ollut+enemmän+sarkastista+retoriikkaa+kuin+todellinen+pyyntö+:)
  18. Olen+ROT+kertonut+sinulle,+että+metyyli-CpG+-sidosproteiinin+kiinnittyminen+metyloituneeseen+saarekkeeseen+voi+säädellä+sitä,+että+samasta+geenistä+voidaan+tuottaa+erilaisia+esi-mRNA-molekyylejä+ja+vaihtoehtoinen+silmukointi+voi+toteutua+eksonin+ohituksella,+intronin+säilyttämisellä,+vaihtoehtoisella+5´silmukointikohdalla,+vaihtoehtoisella+3´silmukointikohdalla+tai+vastavuoroisesti+toisensa+poissulkevien+eksonien+muodossa.+Tällä+prosessointimekanismilla+ei+ole+kuitenkaan+mitään+tekemistä+ei-synonyymisten+substituutioiden+kanssa,+joiden+seurauksena+koodattava+aminohappo+muuttuu+emäksen+vaihtumisen+takia.+Et+voi+yrittää+selittää+havaittuja+mutaatioita+vaihtoehtoisen+silmukoinnin+seuraukseksi,+koska+siinä+ei+ole+oikeasti+mitään+järkeä.+Yhtä+"järkevää"+olisi+väittää,+ettei+mäntämoottorissa+laajeneva+palamiskaasu+työnnä+todellisuudessa+mäntää,+vaan+mekaaninen+liike+johtuu+katalysaattorin+keraamisesta+kennostosta.Voisitko+lopettaa+tämän+valheen+toistamisen?
  19. "Asiayhteys+on+tässä+genomin+sekvensointi.+Eksomisekvensointi+tarkoittaa+tässä+sitä,+että+tutkitaan+kaikki+geenien+eksonit."Ja+mitähän+minä+juuri+kerroin?"Kyllähän+alaa+opiskellut+voi+kirjoittaa+tästä+englanniksi."Kyseinen+kirjoittaja+on+riittävän+monta+kertaa+osoittanut,+ettei+hän+tunne+genetiikan+peruskäsitteistöä.+Samalla+tavalla+typerältä+kuulostaisi,+jos+kirjoittaisin+että+eukaryoottisoluilla+on+nucleus.
  20. "ROT+saattaisi+ehkä+tajuta+vielä+jotain+jos+oikeasti+esim.+yrittäisi+itse+vastata+yllä+esittämiini+kysymyksiin+mutta+se+ainakin+menee+kuuroille+korville+jos+kerromme+suoraan+vastaukset."Noinhan+asia+on,+enkä+itse+aio+ROT:n+avauksiin+ottaa+sen+enempää+kantaa+ellei+niissä+ole+jotain+uusia+väitteitä,+joita+voisi+sivullisille+aukoa.
    21. 13 / 120
TietosuojaselosteKäyttöehdotEvästeasetuksetSäännöt