Se, mitä Vapaa-ajattelijain Liitto tarkoittaa vapaa-ajattelulla näyttää olevan aivan muuta kuin todellista vapaata-ajattelua.
He ovat sitoneet ja rajoittaneet ajattelunsa ateistiseen viitekehykseen. Se näkyy mm. siinä, etteivät he tunnusta Jumalan olemassaoloa, Raamatun arvovaltaa eivätkä usko hengellisiin asioihin.
Vapaa-ajattelu -termiä he käyttävätkin todennäköisesti vain naamiona, jolla ilmeisesti pyritään uskottelemaan ihmisille, että he olisivat maailmankatsomukseltaan neutraaleja ja puolueettomia.
Kuuluisassa vuorisaarnassaan Jeesus varoitti kuulijoitaan tällaisista ihmisistä sanoessaan:
"Kavahtakaa vääriä profeettoja, jotka tulevat teidän luoksenne lammastenvaatteissa, mutta sisältä ovat raatelevia susia." (Matt.7:15)