"Junk DNA"-termin etymologiaa

Ei pidä tyytyä lööppiotsikoiden liioitteluihin ja yksinkertaisuuksiin.

ENCODE-projektin johtajan Ewan Birneyn haastattelusta käy selvästi ilmi että nuo puheet 80%:sta on suurinpiirtein jotain hihasta ravistettua, kun hän arvioi toiminnallisen DNA:n osuudeksi jotain 9% ja 80% väliltä.

Asia ei siis toistaiseksi prosentintarkasti tiedetä. 80% DNA:sta tuottaa siis RNA:ta, muttei tiedetä mitä se suurimman osa DNA:ta tuottama RNA loppujen lopuksi tekee vai tekeekö yhtään mitään. Ja jos se ei tee mitään, silloin se DNA joka sen RNA:n tuottaa ei tietenkään ole toiminnallista.

http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=hidden-treasures-in-junk-dna&page=2

[Kysymys]: "Earlier studies suggested that only, say, 3 to 15 percent of the genome had functional significance—that is, actually did something, whether coding for proteins, regulating how the genes worked or doing something else. Am I right that the ENCODE data imply, instead, that as much as 80 percent of the genome may be functional?"

[Birney]: "One can use the ENCODE data and come up with a number between 9 and 80 percent, which is obviously a very big range. What’s going on there? Just to step back, the DNA inside of our cells is wrapped around various proteins, most of them histones, which generally work to keep everything kind of safe and happy. But there are other types of proteins called transcription factors, and they have specific interactions with DNA. A transcription factor will bind only at 1,000 places, or maybe the biggest bind is at 50,000 specific places across the genome. And so, when we talk about this 9 percent, we’re really talking about these very specific transcription-factor-to-DNA contacts.

On the other hand, the copying of DNA into RNA seems to happen all the time—about 80 percent of the genome is actually transcribed. And there is still a raging debate about whether this large amount of transcription is a background process that’s not terribly important or whether the RNA that is being made actually does something that we don’t yet know about.

Personally, I think everything that is being transcribed is worth further exploration, and that’s one of the tasks that we will have to tackle in the future."

kekek-kekek kirjoitti:

Ei pidä tyytyä lööppiotsikoiden liioitteluihin ja yksinkertaisuuksiin.

ENCODE-projektin johtajan Ewan Birneyn haastattelusta käy selvästi ilmi että nuo puheet 80%:sta on suurinpiirtein jotain hihasta ravistettua, kun hän arvioi toiminnallisen DNA:n osuudeksi jotain 9% ja 80% väliltä.

Asia ei siis toistaiseksi prosentintarkasti tiedetä. 80% DNA:sta tuottaa siis RNA:ta, muttei tiedetä mitä se suurimman osa DNA:ta tuottama RNA loppujen lopuksi tekee vai tekeekö yhtään mitään. Ja jos se ei tee mitään, silloin se DNA joka sen RNA:n tuottaa ei tietenkään ole toiminnallista.

http://www.scientificamerican.com/article.cfm?id=hidden-treasures-in-junk-dna&page=2

[Kysymys]: "Earlier studies suggested that only, say, 3 to 15 percent of the genome had functional significance—that is, actually did something, whether coding for proteins, regulating how the genes worked or doing something else. Am I right that the ENCODE data imply, instead, that as much as 80 percent of the genome may be functional?"

[Birney]: "One can use the ENCODE data and come up with a number between 9 and 80 percent, which is obviously a very big range. What’s going on there? Just to step back, the DNA inside of our cells is wrapped around various proteins, most of them histones, which generally work to keep everything kind of safe and happy. But there are other types of proteins called transcription factors, and they have specific interactions with DNA. A transcription factor will bind only at 1,000 places, or maybe the biggest bind is at 50,000 specific places across the genome. And so, when we talk about this 9 percent, we’re really talking about these very specific transcription-factor-to-DNA contacts.

On the other hand, the copying of DNA into RNA seems to happen all the time—about 80 percent of the genome is actually transcribed. And there is still a raging debate about whether this large amount of transcription is a background process that’s not terribly important or whether the RNA that is being made actually does something that we don’t yet know about.

Personally, I think everything that is being transcribed is worth further exploration, and that’s one of the tasks that we will have to tackle in the future."

Lue lisää

Ja vielä tarkemmin Birney kertoo omassa blogissaan asiasta. Eli nyt on tutkittu noin puolet solutyypeistä ja 9%:lla on havaittu biologisesti jotenkin merkittävä funktio. Kun loputkin saadaan tutkittua on Birneyn mukaan realistista odottaa biokemiallisesti merkittävän funktion löytyminen n. 18-20%:lta tilke-DNA:sta.

Loput n. 80% tilke-DNA:sta tuottaa toimimatonta RNA:ta eli biokemiallisessa mielessä roskaa.

On se jännää, miten kreastionistit hehkuttaa tätä tutkimusta ja lainailevat Byrnea ja muita tutkijoita ja otiskoita aiheesta kuten tämän; "That desert, it turns out, is teeming with action. Almost 80% of the genome is biochemically active, a finding that surprised scientists." Wall Street Journal." , mutta eivät sitten millään tunnu ymmärtävän mitä sama henkilö todellisuudessa sanoo, kun hän kertoo rautalangasta vääntäen mitä se todellisuudessa tarkoittaa.

http://genomeinformatician.blogspot.fi/2012/09/encode-my-own-thoughts.html

solon1 kirjoitti:

Ja vielä tarkemmin Birney kertoo omassa blogissaan asiasta. Eli nyt on tutkittu noin puolet solutyypeistä ja 9%:lla on havaittu biologisesti jotenkin merkittävä funktio. Kun loputkin saadaan tutkittua on Birneyn mukaan realistista odottaa biokemiallisesti merkittävän funktion löytyminen n. 18-20%:lta tilke-DNA:sta.

Loput n. 80% tilke-DNA:sta tuottaa toimimatonta RNA:ta eli biokemiallisessa mielessä roskaa.

On se jännää, miten kreastionistit hehkuttaa tätä tutkimusta ja lainailevat Byrnea ja muita tutkijoita ja otiskoita aiheesta kuten tämän; "That desert, it turns out, is teeming with action. Almost 80% of the genome is biochemically active, a finding that surprised scientists." Wall Street Journal." , mutta eivät sitten millään tunnu ymmärtävän mitä sama henkilö todellisuudessa sanoo, kun hän kertoo rautalangasta vääntäen mitä se todellisuudessa tarkoittaa.

http://genomeinformatician.blogspot.fi/2012/09/encode-my-own-thoughts.html

Lue lisää

Kretujen typerät lainaukset kertovat ainoastaan kreationismin epätoivosta. Kreationismi ei ole kyennyt esittämään ensimmäistäkään tieteellistä todistetta kreationismin puolesta eikä myöskään evoluutioteoriaan vastaan.

Tämän vuoksi tartutaan mihin tahansa jonkun tutkijan yksittäiseen lausuntoon, joka väännetään ja tulkitaan jollain tavalla siihen muotoon että näyttäisi tukevan kreationismia.

Lainatessaan kreationistit eivät tietämättömyyttään edes tajua mitä tutkijoiden lausunnot todellisuudessa tarkoittavat.