Testasin evoluutioteoriaa

Täältä:

www.jalview.org

1. Lataa ja asenna tuo ohjelma täältä: http://www.jalview.org/Web_Installers/install.htm
2. Mene tälle sivulle http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez
3. Valitse Nucleotide vasemmasta yläkulmasta ja kirjoita hakuun etsimäsi geeni. Itse laitoin hakuun glutathione peroxidase 7 (GPX7) ja valitsin neljän eri lajin geenit.
4. Tuolla haulla itselleni tulee ensimmäiseksi vaihtoehdoksi simpanssin (Pan troglodytes) GPX7-geeni. Klikkaa sitä ja oikealla ylhäällä näkyy vaihtoehto: download. Kilkkaa sitä, valitse FASTA ja tallenna tiedosto.
5. Avaa Jalview ja avaa ladatut .fasta-tiedostot sillä (File> Input alignment> From file). Eteen aukeaa uusi ikkuna, jossa näkyy emäsjärjestys. Tässä ikkunassa lisäät muiden lajien geenit (File> Add Sequences> From file).
6. Kun halutut geenit on avattu, voit vertailla niitä klikkaamalla View> Overview window. Säädä Colour> Percentage identity niin näyttää paremmalta.
7. Puun rakennat valitsemalla kaikki geenit ja klikkaamalla Calculate> Calculate tree> Neighbour Joining using %Identity. Geenit voit valita pitämällä ctrl pohjassa ja klikkaamalla jokaisen geenin nimeä vasemmalla.

Geenit voi nimetä uudestaan hahmottamisen helpottamiseksi. Oikeaa hiiren painiketta ja sieltä säätää.

asfasdfsad kirjoitti:
"tässä testin tekijä ei nyt ole ottanut lainkaan huomioon että ohjelma on tehty juuri evoluutioteorian pohjalta."

Sen paremmin ohjelmaan tutustumatta uskallan väittää, että kyseessä on ohjelma joka etsii perimän yhtäläisyydet ja eroavaisuudet ja niiden perusteella ryhmittelee vertailtavat "etäisyyden" (mitä enemmän eroavaisuuksia sitä "kauempana" vertailtavat ovat). Vastaavaa datalouhintaa tehtiin jo 90-luvun alussa, kun minä vielä puuhailin tekoälytutkimuksen piirissä.

No, tuo ohjelma siis ryhmittelee vertailtavat tämän "etäisyyden" mukaan. Evoluutioteoria taas sitten antaa mahdollisuuden _tulkita_ tuota ryhmittelyä.

"Onko siis suuri ihme että ohjelma tuottaa evoluutiota???"

Pöh, näyttää siltä, ettet tiedä asiasta mitään. Ja jos olet se sama, joka on tuolla samalla nimimerkillä kirjoittanut täällä aikaisemminkin, niin et näytä oppineesi geeneistä, geneiikasta ja perimän muutoksista (ja periytymisestä) yhtään sitten viimeisimmän esiintymisesi.

Ohjelma tosiaan vain vertaa geenien eroavaisuuksia ja samankaltaisuuksia, kuten vanha-kissa sanoi. Voisin tehdä saman manuaalisesti, mutta se olisi melko tuskaista:

gctcaaccaa ggcggcatcc cctgctctga gcatccaggc cgaatccatc catcaccatg
gccagaaaca gatgttgccg cagccagagc cggagcagac gccgccgccc gagacaaaga
tgtcgcagcc agaggmggcg gtgctgccgg aggcgcagga gaggtgaggg ggtccgctcc
gtgggtgggg gccggggagc tggggtggag ctgggggttc agcccgtgct gaagtctgct
ctcgccccct cgctctccgc agtgtgctgc cgccgctaca ccacggtaag gtgtgcaaga
cggtaagcgc ccagtagcaa gaccaccaca ctcctgcctg aaccactacc agccttcaag
accctcttgc cacatctcga acatgccacc gttcygatga aatgaacagg agcctgccag
c

Lähde: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/255989741

Yritä nyt itse sitten vertailla ilman tietokonetta monta sataa emäsparia useammalta eläimeltä.

''-ja siis tosiaan noiden evoluutiota aiheuttavien vaikuttimien OLETETAAN olevan olemassa ja aiheuttavan mutaatiota ja kehittymistä.''

Mitä horiset? Mutageenit aiheuttavat mutaatioita (esim. säteily ja solumyrkyt) tai DNA:ta kopioitaessa sattuu virheitä. Tässä mutaatio, jossa 32 emäsparin poisto aiheuttaa homotsygoottisena vastustuskyvyn AIDS:iin: http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/273/5283/1856?HITS=10&hits=10&author1=Dean&maxtoshow=&resourcetype=HWCIT&titleabs...

''Äläkä edes ala banaanikärpäsistä ja niillä tehdyistä kokeista, sillä jos ne ovat niin nopeita evolvoitumaan, niin miksi, oi miksi, banaanikärpäset ovat yhä aivan samanlaisia kuin ne olivat tuhat vuotta sitten???''

Tuskin ovat samanlaisia. Varmasti perimää vertailemalla löytyisi paljon eroja vanhojen ja uusien väliltä. Laboratokokeissa ollaan havainnoitu uusien kärpäslajien syntyminen.

LauriT kirjoitti:

Ohjelma tosiaan vain vertaa geenien eroavaisuuksia ja samankaltaisuuksia, kuten vanha-kissa sanoi. Voisin tehdä saman manuaalisesti, mutta se olisi melko tuskaista:

gctcaaccaa ggcggcatcc cctgctctga gcatccaggc cgaatccatc catcaccatg
gccagaaaca gatgttgccg cagccagagc cggagcagac gccgccgccc gagacaaaga
tgtcgcagcc agaggmggcg gtgctgccgg aggcgcagga gaggtgaggg ggtccgctcc
gtgggtgggg gccggggagc tggggtggag ctgggggttc agcccgtgct gaagtctgct
ctcgccccct cgctctccgc agtgtgctgc cgccgctaca ccacggtaag gtgtgcaaga
cggtaagcgc ccagtagcaa gaccaccaca ctcctgcctg aaccactacc agccttcaag
accctcttgc cacatctcga acatgccacc gttcygatga aatgaacagg agcctgccag
c

Lähde: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/255989741

Yritä nyt itse sitten vertailla ilman tietokonetta monta sataa emäsparia useammalta eläimeltä.

''-ja siis tosiaan noiden evoluutiota aiheuttavien vaikuttimien OLETETAAN olevan olemassa ja aiheuttavan mutaatiota ja kehittymistä.''

Mitä horiset? Mutageenit aiheuttavat mutaatioita (esim. säteily ja solumyrkyt) tai DNA:ta kopioitaessa sattuu virheitä. Tässä mutaatio, jossa 32 emäsparin poisto aiheuttaa homotsygoottisena vastustuskyvyn AIDS:iin: http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/273/5283/1856?HITS=10&hits=10&author1=Dean&maxtoshow=&resourcetype=HWCIT&titleabs...

''Äläkä edes ala banaanikärpäsistä ja niillä tehdyistä kokeista, sillä jos ne ovat niin nopeita evolvoitumaan, niin miksi, oi miksi, banaanikärpäset ovat yhä aivan samanlaisia kuin ne olivat tuhat vuotta sitten???''

Tuskin ovat samanlaisia. Varmasti perimää vertailemalla löytyisi paljon eroja vanhojen ja uusien väliltä. Laboratokokeissa ollaan havainnoitu uusien kärpäslajien syntyminen.

Lue lisää

Keskustelet henkilön kanssa, joka odottaa hetkellä minä hyvänsä löydettävän puhuvia käärmeitä ja puhuvia kirahveja, ja joka uskoo paikallaan pysyvään maapalloon.

tieräks sää? nimimerkillä esiintyvä kreamultinikki kirjoittaa:
"Jokainenhan sen tietää, että on olemassa erilaisia geneeettisiä yhtäläisyyksiä eli on pienempiä ja isompia geenieroja eri eliölajien välillä. "

Niin, oletko koskaan miettinyt sitten, miksi niitä yhtäläisyyksiä on juuri pienempiä ja isompia?

Jos viitsit sitten vaivautua ajattelemaan, mihin isyystestit mm. perustuvat, niin alat olla jo hiukan hajulla asiasta.

"Mutta miten se todistaa evoluution muuten kuin uskon kautta? "

Evoluutiosta tehdään edelleen havaintoja (niin luonnossa kuin laboratorioissakin). Evoluutiossa perimä muuttuu ajan myötä. Näistä perimän muutoksistakin on havaintoja, niiden mekanismit tunnetaan aika tarkkaan jo.

Jos nämä havainnot ja ilmiöt sitten yhdistetään suuremmaksi kuvaksi: perimän muuttuminen ajan myötä tunnetuin mekanismein, perimän siirtyminen sukulinjassa sukupolvelta toiselle - niin voimme tulkita noita perimän yhtäläisyyksiä ja eroavaisuuksia tuota taustaa vasten. Ja katsos, ne erot ja yhtäläisyydet selittyvät nätisti yhteisen perimän kautta, ts. yhtäläisyydet ovat peräisin siltä ajalta, kun ko. sukulinjojen edustajilla oli vielä yhteisiä esivanhempia, ja ne eroavaisuudet ovat peräisin siltä ajalta, kun ko. sukulinjat olivat toisistaan erossa (jollloin noita eroja pystyi tulemaan eikä ne siirtyneet sukulinjasta toiselle).

Jos sinulle tuo yo. esittämäni periaate ei kelpaa, niin sitten sinulla pitäisi olla havaintoja ja selitysmalleja jollekin toiselle tavalle selittää ne yhtäläisyydet ja eroavaisuudet.