>> SE on kyse siitä mitä sanoilla tarkoitetaan.

Sen takia olisikin tärkeää, että sanoja käytetään vakiintuneessa merkityksessään:
"Sukupuutto tarkoittaa jonkin eliölajin, populaation tai muun taksonin alueellista tai globaalia häviämistä viimeistä yksilöä myöten." Tässä ei ole mitään merkitystä, väheneekö populaatio olemattomiin pitkän ajan kuluessa, vai yhdessä rysäyksessä.

>> Tässä on todellisuudessa kyse geenikadosta, koska valitaan pois joitakin ominaisuuksia, jotta toiset korostuisivat.

Jalostettaessa syntyvä geenikato ei ole tarkoituksellista. Se syntyy siinä, että haluttu ominaisuus on aluksi harvoilla, tai vain yhdellä. Kun se halutaan yleistyvän nopeasti, jalostetun muodon sukupuu jää kapeaksi. Monet lajikkeet on jalostettu siemenettömiksi (banaanit ja naval-appelsiinit), minkä takia kaikki yksilöt ovat klooneja samasta alkuperäisestä.

>> Sitten onkin ongelmana . . .

Ongelmasi on siinä, että suljet syyn pois. Wikipediassa on artikkeli myös lajiutumisesta. Jos kiinnostaa.