7 - molekyylibiologian kivijalka?

http://www.helsinki.fi/~pjojala/7_molekyylibiologian_kivijalka.htm

Vaan mikä siinä on, kun lihasten supistuksessa (actomyosin contraction) vallitsee seitsenkertainen ko-operatiivisuus? Lihassupistus on kalsiumsäädelty, mutta tuo kalsiumpulssi detektoidaan ja poistetaan seuraavaa rundia varten parhaiten tuntemamme proteiinikoneiston kautta - jossa muuten on mukana myös suurin tuntemamme biosfäärin proteiini, titiini. Tämän sevenfold cooperativity -periaatteen saavat aikaan seitsemän aktomyosiiniyksikön välein tarttuvat proteiiniryppäät. Myös lihasdiskejä esiintyy seitsemän intervalleissa.

Myosiinin ja muidenkin "coiled coil" -superkierteiden salaisuus on luvussa 7. Yksittäinen alfa-kierre tekee yhden kierroksen noin 3,6 aminohappotähteen matkalla. Se ei kuitenkaan pidä muotoansa ilman kontekstia - ellei kierteitä sitten ole kahta kiertymässä toistensa ympäri. Tällöin rasvaliukoiset aminohapot sojottavat toista peptidiketjua kohden tasan 7 aminohapon välein. Mm. "common cold" eli flunssavirus pääsee coiled coil -koukulla soluista sisään.

Alfa-aktiinin aminohapposekvenssi sinänsä on 100% identtinen ihmisestä koiraan ja pyhään lehmään. Tämän perusproteiinin ihmisgeenissä on 7 koodaavaa DNA-aluetta kuin standardoinnin huipentumana.

Aktiinitukirangan komponentteihin sitoutuvat fosfatidyyli-inositolilipidit, tuttavien kesken Pipit, ovat ainoa fosfolipidien kategoria, joka kyetään ankkuroimaan plasmamembraanin sisäpinnalle. Teoriassa signaloivia fosfatidyyli-inositolifosfaatteja voisi olla olemassa kymmeniä. Käytännössä niitä on seitsemän:
PI3P - 1st
PI4P - 2nd
PI5P - 3rd
PI34P2 - 4th
PI35P2 - 5th
PI45P2 - 6th &
PI345P3 - 7th (jossa negatiivinen varaus saavuttaa neutraalissa pH:ssa arvon seitsemän; with the net charge of minus 7 in neutral pH).

Proteiinien laskostamisessa auttavat kaperoni-entsyymit ovat luonnon "esiliinoja" ja estävät valkuaisaineita saostumasta. Ne esiintyvät 7 alayksikön "tynnyreinä" ja korjailevat agregoituneita holhokkejaan ATP:n energian avulla, hydrolysoimalla "soluvaluuttaa" 7 yksikön sarjoin. Vain pahimmin agregoituneissa käytetään energiaa, pienet bugit korjataan lämpöliikkeen turvin. Jos energiaa käytetään - hydrolysoidaan ATP:tä 7 sarjassa, koko kierros.

Ohjelmoitu solukuolema eli apoptoosi käynnistyy siten, että CASP9-kaspaasit asettuvat seitsen-jäseniseen piiriin apoptosomi-koneistoksi. Sitten jokainen tarttuu mitokondriosta vuotaneeseen CYTC eli sytokromi c -proteiiniin adapteriproteiinin välityksellä. Näin muodostuu rengas, jossa on 7 7 7 alayksikköä.

Lähes kaikki solun amplifikaatiokaskadiin pääsevät signaalit tulevat läpi 7-TMS:stä, eli 7-transmembrane superfamily reseptoreista. Solun signaalinvälityksen vahvistinlaitteet siis ankkuroituvat solukalvoon läpäisten sen 7 kertaa.

Aktiini on kierrätettävä biopolymeeri, joka käyttää filamenttimuodostuksen käynnistykseen 7 alayksiköstä muodostuvaa biokoneistoa. Aktiini on autopolymeeri, mutta lepotilassakin esim. verihiutaleet käyttävät energiastaan 40% sen treadmillingiin, kuin hölmölässä peiton loppuessa jalkopäässä. Homma pitää valjastaa tarkasti säätelyyn. Niinpä polymerisaation nukleaatio vaatii aktiiniproteesin. Tässä Arp2/3-kompleksissa on 7 alayksikköä.

Luvut 7 ja 12 lienevät parhaiten tunnetut juutalaisuuden lukusymboliikasta. Luvun 7 voisi olettaa liittyvän erityisesti solun peruselementteihin, luvun 12 säätelyyn. Toisaalta elämä rakentuu hiilen varaan, ja atominen hiili koostuu kahdestatoista atomista; kuudesta 1-varautuneesta protonista ja kuudesta varauksettomasta neutronista.

On selvää, että solussa esiintyy myös muita lukuja kuin 7 ja 12. Numeerinen hypoteesi voisi korkeintaan erottaa solubiologian keskeiset komponentit tai peruspilarit joistakin vähemmän tärkeistä. Omaan innovaatioon kiintyy helposti, mutta herätessäni aamuisin en koskaan ole kovin vakuuttunut ideasta. Lopuksi on vielä hyvä muistaa, että niin kehitykseen kuin rappeutumiseenkin perustuvassa maailmankuvassa luonto on murrosvaiheessa, muuttumassa. Täysi optimaalisuus on joko tulevaisuutta tai menneisyyttä.

Pauli Ojala, biokemisti
http://www.helsinki.fi/~pjojala/7_molekyylibiologian_kivijalka.htm
5500
Äänestä

Muut lukivat myös

Vastaukset 5

Vanhimmat

että kertomasi on tärkeää evoluutiolle itselleen, onko se ?

Äänestä
  • Tieteellinen teoria on sekä verifioitavissa että falsifikoitavissa. Teoria joka selittää kaiken, ei selitä mitään.

    Evoluution on juuri tällainen ameeba.

    Oppihistoriallisesti on selvää, miten vilpillistä kehitysopin popularisointi on Suomessa ollut. Meille rantautunut evolutionismi oli mannersaksalaista mallia. Evolutionismimme isä oli Ernst Haeckel (1834-1919), ei Charles Darwin (1809-1882), mitä väitettä puolustan Itä-Saksan arkistosta tekemälläni lähdelöydöllä suomalaisoppineiden kirjeenvaihdosta Haeckelille. Pelkän kelpoisimman lisääntymisen ja valintaopin varassa kehitysoppia ei olisi onnistuttu myymään, vaan se vaati yliampuvampia väitteitä mekanismeiksi. Näitä olivat mm. Haeckelin sikiöoppien rekapitulaatio, väitteet solujen jatkuvasta sikiämisestä mudasta spontaanisti, ja hankittujen ominaisuuksien periytyminen.

    Alkion kantasolujen sekasikiö-lain lobbausta voi ymmärtää sen historian valossa, että embryologian popularisointi kansalle on ollut aivan poikkeuksellisen vulgaaria. Ernst Haeckelin väärennetyksi tiedetty selkärankaisten sikiövertailu on 1900-luvun biologian oppikirjojemme kierrätetyin kuvasarja. Tämän rekapitulaatio-opin mukaan ihmissikiö on identtinen jopa kalansikiön kanssa. Yksilönkehityksen piti pikakelata lajinkehitys kala- ja sammakkovaiheen läpi, ja oppi omaksuttiin poikkitieteellisesti fysiikasta psykoanalyysiin. Puhe oli ihmissikiön evistä, turkista, kidusaihioista ja ruskuaispussista. Ensimmäisessä perusbiologian oppikirjassamme (Kivirikko 1911) ihmissikiöllä oli vielä toimivat kidukset. Oppikirjojen tekijät eivät paljon lähdekritiikkiä harrasta - on helpompaa kopioida kollegoilta:
    http://www.helsinki.fi/~pjojala/haeckel.html

    Äänestä

  • pjojala kirjoitti:

    Tieteellinen teoria on sekä verifioitavissa että falsifikoitavissa. Teoria joka selittää kaiken, ei selitä mitään.

    Evoluution on juuri tällainen ameeba.

    Oppihistoriallisesti on selvää, miten vilpillistä kehitysopin popularisointi on Suomessa ollut. Meille rantautunut evolutionismi oli mannersaksalaista mallia. Evolutionismimme isä oli Ernst Haeckel (1834-1919), ei Charles Darwin (1809-1882), mitä väitettä puolustan Itä-Saksan arkistosta tekemälläni lähdelöydöllä suomalaisoppineiden kirjeenvaihdosta Haeckelille. Pelkän kelpoisimman lisääntymisen ja valintaopin varassa kehitysoppia ei olisi onnistuttu myymään, vaan se vaati yliampuvampia väitteitä mekanismeiksi. Näitä olivat mm. Haeckelin sikiöoppien rekapitulaatio, väitteet solujen jatkuvasta sikiämisestä mudasta spontaanisti, ja hankittujen ominaisuuksien periytyminen.

    Alkion kantasolujen sekasikiö-lain lobbausta voi ymmärtää sen historian valossa, että embryologian popularisointi kansalle on ollut aivan poikkeuksellisen vulgaaria. Ernst Haeckelin väärennetyksi tiedetty selkärankaisten sikiövertailu on 1900-luvun biologian oppikirjojemme kierrätetyin kuvasarja. Tämän rekapitulaatio-opin mukaan ihmissikiö on identtinen jopa kalansikiön kanssa. Yksilönkehityksen piti pikakelata lajinkehitys kala- ja sammakkovaiheen läpi, ja oppi omaksuttiin poikkitieteellisesti fysiikasta psykoanalyysiin. Puhe oli ihmissikiön evistä, turkista, kidusaihioista ja ruskuaispussista. Ensimmäisessä perusbiologian oppikirjassamme (Kivirikko 1911) ihmissikiöllä oli vielä toimivat kidukset. Oppikirjojen tekijät eivät paljon lähdekritiikkiä harrasta - on helpompaa kopioida kollegoilta:
    http://www.helsinki.fi/~pjojala/haeckel.html

    Myönnän että olet viisaasti tullut oikeisiin johtopäätöksiin, olet älykäs ja kaunis.
    Kaiken tieteen ja koko ihmiskunnan puolesta pyydän jumalalta ja Sinulta anteeksi evoluutioteorian pöhköyttä. On se niin väärin ja täyttä soopaa.
    Noin.
    Muuttuivatko nuo mainitsemasi alkiot täten erinäköisiksi, sekä evoluutio ei-olevaksi?
    Eivät, sillä "Se pyörii sittenkin!".

    Äänestä

  • oikeassa! kirjoitti:

    Myönnän että olet viisaasti tullut oikeisiin johtopäätöksiin, olet älykäs ja kaunis.
    Kaiken tieteen ja koko ihmiskunnan puolesta pyydän jumalalta ja Sinulta anteeksi evoluutioteorian pöhköyttä. On se niin väärin ja täyttä soopaa.
    Noin.
    Muuttuivatko nuo mainitsemasi alkiot täten erinäköisiksi, sekä evoluutio ei-olevaksi?
    Eivät, sillä "Se pyörii sittenkin!".

    Hyvä velii,

    Olisiko niin, että jos siult varastais rannekellon niin siin menis hyvä kello hankintahintaan?

    Nuo rekapitulaatiota todistelleet selkärankaissikiöiden kuvat ovat a) väärennettyjä, b) tiedetyt väärennetyiksi jo 1880-luvun jupakasta alkaen.

    Se ei kuitenkaan ole estänyt niiden käyttöä todistuskappaleina. Vieläpä kaikkein kierrätetyimpänä todisteena bilsankirjoissamme jotka olen skandeerannut tänne:
    http://www.helsinki.fi/~pjojala/Koulukirjat.html

    Pidempi englanninkielinen artikkelini aiheesta Tsukubassa painetusta kirjasta Challenges for Bioethics from Asia:
    http://www.helsinki.fi/~pjojala/Haeckelianlegacy_ABC5.pdf

    Haeckel lainaili muiden kuvia ilman lähdeviitteitä. Deletoi ja lisäili matkalla. Unohti aina mittakaavan, nimesi eliöt tahallaan väärin. Klassinen tiedevilppi.

    Olet myös oppihistoriallisesti valtamedian aivopesemä Galilein suhteen:
    http://www.helsinki.fi/~pjojala/Latvus2.html

    Äänestä

  • pjojala kirjoitti:

    Hyvä velii,

    Olisiko niin, että jos siult varastais rannekellon niin siin menis hyvä kello hankintahintaan?

    Nuo rekapitulaatiota todistelleet selkärankaissikiöiden kuvat ovat a) väärennettyjä, b) tiedetyt väärennetyiksi jo 1880-luvun jupakasta alkaen.

    Se ei kuitenkaan ole estänyt niiden käyttöä todistuskappaleina. Vieläpä kaikkein kierrätetyimpänä todisteena bilsankirjoissamme jotka olen skandeerannut tänne:
    http://www.helsinki.fi/~pjojala/Koulukirjat.html

    Pidempi englanninkielinen artikkelini aiheesta Tsukubassa painetusta kirjasta Challenges for Bioethics from Asia:
    http://www.helsinki.fi/~pjojala/Haeckelianlegacy_ABC5.pdf

    Haeckel lainaili muiden kuvia ilman lähdeviitteitä. Deletoi ja lisäili matkalla. Unohti aina mittakaavan, nimesi eliöt tahallaan väärin. Klassinen tiedevilppi.

    Olet myös oppihistoriallisesti valtamedian aivopesemä Galilein suhteen:
    http://www.helsinki.fi/~pjojala/Latvus2.html

    Näin on näreet.
    Eikö ole kumma kun kaikki on tehty niin vaikeaksi juuri sinulle? Koululaitos, tiede ynnä valtamedia ja kaikki..., ymmärtävät väärin, sinut ja koko maailman.
    Miksi ne kaikki toiset tajuavat, mutta sinä et?
    Miksei jumala anna sinun ymmärtää?
    Miksi se juuri sinua huiputtaa?
    Mutta muille kertoo luonnontieteistä ja antaa käyttää järkeä.
    Mitä jos onkin niin että juuri sinulla vaan ei sitä ole, sitä järkeä?
    Kuule, ei tyhmyysessäsi mitään pahaa ole, se on jumalasi tutkimaton tahto.
    Mutta tyhmyytensä selittely on rasittavaa...

    Äänestä

Kommentoi aloitusta


pjojala kirjoitti:

http://www.helsinki.fi/~pjojala/7_molekyylibiologian_kivijalka.htm

Vaan mikä siinä on, kun lihasten supistuksessa (actomyosin contraction) vallitsee seitsenkertainen ko-operatiivisuus? Lihassupistus on kalsiumsäädelty, mutta tuo kalsiumpulssi detektoidaan ja poistetaan seuraavaa rundia varten parhaiten tuntemamme proteiinikoneiston kautta - jossa muuten on mukana myös suurin tuntemamme biosfäärin proteiini, titiini. Tämän sevenfold cooperativity -periaatteen saavat aikaan seitsemän aktomyosiiniyksikön välein tarttuvat proteiiniryppäät. Myös lihasdiskejä esiintyy seitsemän intervalleissa.

Myosiinin ja muidenkin "coiled coil" -superkierteiden salaisuus on luvussa 7. Yksittäinen alfa-kierre tekee yhden kierroksen noin 3,6 aminohappotähteen matkalla. Se ei kuitenkaan pidä muotoansa ilman kontekstia - ellei kierteitä sitten ole kahta kiertymässä toistensa ympäri. Tällöin rasvaliukoiset aminohapot sojottavat toista peptidiketjua kohden tasan 7 aminohapon välein. Mm. "common cold" eli flunssavirus pääsee coiled coil -koukulla soluista sisään.

Alfa-aktiinin aminohapposekvenssi sinänsä on 100% identtinen ihmisestä koiraan ja pyhään lehmään. Tämän perusproteiinin ihmisgeenissä on 7 koodaavaa DNA-aluetta kuin standardoinnin huipentumana.

Aktiinitukirangan komponentteihin sitoutuvat fosfatidyyli-inositolilipidit, tuttavien kesken Pipit, ovat ainoa fosfolipidien kategoria, joka kyetään ankkuroimaan plasmamembraanin sisäpinnalle. Teoriassa signaloivia fosfatidyyli-inositolifosfaatteja voisi olla olemassa kymmeniä. Käytännössä niitä on seitsemän:
PI3P - 1st
PI4P - 2nd
PI5P - 3rd
PI34P2 - 4th
PI35P2 - 5th
PI45P2 - 6th &
PI345P3 - 7th (jossa negatiivinen varaus saavuttaa neutraalissa pH:ssa arvon seitsemän; with the net charge of minus 7 in neutral pH).

Proteiinien laskostamisessa auttavat kaperoni-entsyymit ovat luonnon "esiliinoja" ja estävät valkuaisaineita saostumasta. Ne esiintyvät 7 alayksikön "tynnyreinä" ja korjailevat agregoituneita holhokkejaan ATP:n energian avulla, hydrolysoimalla "soluvaluuttaa" 7 yksikön sarjoin. Vain pahimmin agregoituneissa käytetään energiaa, pienet bugit korjataan lämpöliikkeen turvin. Jos energiaa käytetään - hydrolysoidaan ATP:tä 7 sarjassa, koko kierros.

Ohjelmoitu solukuolema eli apoptoosi käynnistyy siten, että CASP9-kaspaasit asettuvat seitsen-jäseniseen piiriin apoptosomi-koneistoksi. Sitten jokainen tarttuu mitokondriosta vuotaneeseen CYTC eli sytokromi c -proteiiniin adapteriproteiinin välityksellä. Näin muodostuu rengas, jossa on 7 7 7 alayksikköä.

Lähes kaikki solun amplifikaatiokaskadiin pääsevät signaalit tulevat läpi 7-TMS:stä, eli 7-transmembrane superfamily reseptoreista. Solun signaalinvälityksen vahvistinlaitteet siis ankkuroituvat solukalvoon läpäisten sen 7 kertaa.

Aktiini on kierrätettävä biopolymeeri, joka käyttää filamenttimuodostuksen käynnistykseen 7 alayksiköstä muodostuvaa biokoneistoa. Aktiini on autopolymeeri, mutta lepotilassakin esim. verihiutaleet käyttävät energiastaan 40% sen treadmillingiin, kuin hölmölässä peiton loppuessa jalkopäässä. Homma pitää valjastaa tarkasti säätelyyn. Niinpä polymerisaation nukleaatio vaatii aktiiniproteesin. Tässä Arp2/3-kompleksissa on 7 alayksikköä.

Luvut 7 ja 12 lienevät parhaiten tunnetut juutalaisuuden lukusymboliikasta. Luvun 7 voisi olettaa liittyvän erityisesti solun peruselementteihin, luvun 12 säätelyyn. Toisaalta elämä rakentuu hiilen varaan, ja atominen hiili koostuu kahdestatoista atomista; kuudesta 1-varautuneesta protonista ja kuudesta varauksettomasta neutronista.

On selvää, että solussa esiintyy myös muita lukuja kuin 7 ja 12. Numeerinen hypoteesi voisi korkeintaan erottaa solubiologian keskeiset komponentit tai peruspilarit joistakin vähemmän tärkeistä. Omaan innovaatioon kiintyy helposti, mutta herätessäni aamuisin en koskaan ole kovin vakuuttunut ideasta. Lopuksi on vielä hyvä muistaa, että niin kehitykseen kuin rappeutumiseenkin perustuvassa maailmankuvassa luonto on murrosvaiheessa, muuttumassa. Täysi optimaalisuus on joko tulevaisuutta tai menneisyyttä.

Pauli Ojala, biokemisti
http://www.helsinki.fi/~pjojala/7_molekyylibiologian_kivijalka.htm

Anonyymi
5000

Ilmoita asiaton sisältö

  • Sisältää materiaalia, joka on loukkaavaa, herjaavaa, rasistista, uhkailevaa tai ahdistelevaa.

  • Materiaali sisältää nimiä, yhteystietoja tai muita henkilökohtaisia tietoja. Julkisuuden henkilöistä, julkisissa viroissa toimivista ihmisistä sekä yritysten vastuuhenkilöistä saa keskustella työhön liittyen. Myös yksityiselämään liittyvistä asioista voi keskustella siltä osin, kuin niistä on julkisesti kerrottu.

  • Sisältää lapsille haitallista tai heiltä kiellettyä materiaalia. Seksuaalinen sisältö on sallittua aiheeseen tarkoitetuilla palstoilla, joiden ikäraja on 18 vuotta.

  • Lainvastaista sisältöä voi olla mm. yksityiselämää loukkaavan tiedon levitys, kiihottaminen kansanryhmää vastaan, laiton uhkaaminen, alaikäisiin liittyvä seksuaalinen sisältö/grooming, petokset, identiteettivarkaudet, kunnianloukkaukset ja tekijänoikeusrikkomukset.

  • Sisältö ei liity palstan tai keskusteluketjun aiheeseen.

  • Viesti ei ole suomea tai ruotsia (pl. International Forums), se sisältää mainontaa, se sisältää tekijänoikeuksin suojattua materiaalia, se on massapostitus tai jokin muu syy.

Jaa keskustelu