Geneettisen rappeutumisen mekanismeja

Nykytiede, erityisesti vakavasti otettava tiede, tuntee useita geneettistä rappeutumista aiheuttavia mekanismeja. DNA:han kohdistuu paljon vaurioita aiheuttavaa kuormaa solun ulkopuolelta, mutta kuten olen usein kirjoittanut, ovat epigeneettiset tekijät ja mekanismit erittäin tärkeässä roolissa DNA:n vaurioissa ja geneettisissä virheissä.

Metylaatioprofiilit stabiloivat eli vakauttavat genomin. Useat tutkimukset ovat havainneet, että vääristyneet, heikentyneet tai vaihtuneet metylaatioprofiilit johtavat geneettisiin virheisiin ja näin genomin rappeutumiseen. Suurin yksittäinen pistemutaatioita aiheuttava epigeneettisiin mekanismeihin liittyvä ilmiö on metyloituneen sytosiinin vaihtuminen tymiiniksi deaminaatiossa, jota aiheuttaa mm. oksidatiivinen stressi. Solun replikoituessa tämä virhe johtaa CG>TA -vaihdoksiin. Näitä tiedemiehet yrittävät korjata mm. ihmisen genomista. Kiikarissa on n. 32000 ko. mekanismilla syntynyttä geneettistä virhettä.

Rappeutumiselle löytyy siis valtava määrä mekanismeja, mutta yksikään tiedemies ei kykene kertomaan, todisteisiin tukeutuen, millä mekanismilla evoluutiota voisi tapahtua. Satuja kyllä saamme kuulla ja kaikenlaista pseudotieteilyä mutaatioista ja valinnasta, mutta vakavasti otettavan tieteen kanssa näillä ei ole mitään tekemistä.

Lista geneettisen rappeutumisen mekanismeista on ketjussa.
11206
1Äänestä

Muut lukivat myös

Vastaukset 11

Vanhimmat
Aloittaja

Tässä+listaa+rappeutumisen+mekanismeista+ja+tieteellistä+tutkimusaineistoa+niihin+liittyen.https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6541967/"Many+studies+have+reported+that+CpG-SNPs+are+associated+with+different+diseases,+such+as+type+2+diabetes,+breast+cancer,+coronary+heart+disease,+and+psychosis+which+show+a+clear+interaction+between+genetic+(SNPs)+and+epigenetic+(DNA+methylation)+regulation."https://www.nature.com/articles/modpathol2009130"Loss+of+expression+of+the+O6-methylguanine+DNA+methyltransferase+(MGMT)+protein+is+a+frequent+occurrence+in+many+types+of+cancer,+including+30–46%+of+sporadic+colorectal+cancers.9,+10,+11,+12,+13+This+is+almost+invariably+associated+with+methylation+of+the+MGMT+promoter.9+MGMT+is+a+ubiquitously+expressed+DNA+repair+protein+that+protects+against+mutagenesis+by+repairing+mutagenic+O6-methylguanines+within+DNA.+By+direct+cleavage+of+the+methyl+adducts,+the+enzyme+can+restore+the+affected+guanine++nucleotides+to+normal.14+If+this+fails+to+occur,+O6-methylguanines+can+pair+erroneously+with+thymine+during+DNA+replication,+resulting+in+G:C>A:T+transitions+in+the+DNA,+which+can+be+important+in+neoplastic+transformation.""Recently,+MGMT+methylation+was+found+to+be+closely+associated+with+the+C>T+SNP+(rs16906252)+within+the+first+exon+of+MGMT+in+colorectal+cancer."https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1004585"Surprisingly,+hydroxymethylated+sites+are+consistently+associated+with+elevated+C+to+G+transversion+rates+at+the+level+of+segregating+polymorphisms,+fixed+substitutions,+and+somatic+mutations+in+tumors."https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5578878/"DNA+hypomethylation+promotes+genomic+instability+4,+in+many+cases+leading+to+an+increased+mutational+load+and+activation+of+proto-oncogenes."https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4930698/"DNA+methylation+has+been+linked+to+mismatch+repair+(MMR)+deficiency+and+genomic+instability+in+multiple+contexts,+in+both+cell+lines+and+in+disease.+In+the+HCT116+colorectal+cancer+cell+line,+ablation+of+catalytically+active+DNMT1+causes+cell+cycle+arrest+and+apoptosis+due+to+increased+chromosomal+instability.+In+mouse+ES+cells,+loss+of+Dnmt1+also+causes+global+hypomethylation+and+increased+mutation+rates."https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20846930"If+we+assume+that+CpHpG+methylation+also+occurs+in+the+germline,+and+that+5mC+deamination+can+occur+within+a+CpHpG+context,+then+we+might+surmise+that+methylated+CpHpG+sites+could+also+constitute+mutation+hotspots+causing+human+genetic+disease.+To+testthis+postulate,+54,625+missense+and+nonsense+mutations+from+2,113+genes+causing+inherited+disease+were+retrieved+from+the+Human+Gene+Mutation+Database+(http://www.hgmd.org).+Some+18.2+per+cent+of+these+pathological+lesions+were+found+to+be+C+→+T+and+G+→+A+transitions+located+in+CpG+dinucleotides+(compatible+with+a+model+of+methylation-mediated+deamination+of+5mC),+an+approximately+ten-fold+higher+proportion+than+would+have+been+expected+by+chance+alone."https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC33658/"Altered+DNA+methylation+and+genome+instability:+A+new+pathway+to cancer?"http://www.biochemist.org/bio/03905/0012/039050012.pdf"This+increased+genome+instability+is+characterized+by+increased+occurrences+of+mutations,+cells+with+incorrect+chromosome+number,+loss+of+heterochromatin+and+mistakes+in+transcription."https://www.intechopen.com/online-first/a-hypothesis-to-explain-how-the-dna-of-elderly-people-is-prone-to-damage-genome-wide-hypomethylation"A+reduction+in+DNA+methylation+leads+to+genomic+instability,+accumulation+of+endogenous+DNA+damage,+and+sensitivity+to+DNA-damaging+agents."https://jcs.biologists.org/content/112/24/4513"CpG+methylation+reduces+genomic+instability."https://pdfs.semanticscholar.org/d685/909cc287511ce7ab88368a72de1f09e988b8.pdf"As+well,+DNA+methylation+is+thought+to+be+a+major+contributor+of+point+mutations+leading+to+human+genetic+disease,+when+it+precedes+deamination+of+5-methylcytosine+(m5C)+present+within+CpG+dinucleotides.+CpG+dinucleotides+are+hypothesized+to+be+a+hotspot+for+mutations+in+a+variety+of+genes,+where+a+substantial+proportion+of+intragenic+single+base-pair+mutations+(35%)+occur+in+CpG+dinucleotides+and+are+the+result+of+C>T+or+G>A+transitions.+Consequently,+the+rate+of+transitions+at+CpGs+is+suggested+to+be+20-fold+higher+than+transitions+at+non-CpG+sites."https://www.atdbio.com/content/56/Epigenetics#Role-of-base-flipping-in-DNA-methylation"When+cytosine+is+mutated+to+uracil+by+spontaneous+deamination,+the+DNA+glycosylase+enzyme+UDG+(uracil+DNA+glycosylase)+reverses+the+damage,+in+a+base+excision+repair+mechanism.+When+the+equivalent+deamination+reaction+occurs+on+5-methylcytosine,+however,+the+product,+thymine,+is+not+repaired+by+DNA+repair+enzymes."

1Äänestä
Aloittaja

ja lista jatkuu....

https://jb.asm.org/content/200/24/e00371-18
"I show that sites methylated by the Dcm enzyme exhibit an 8-fold increase in mutation rate in natural bacterial populations. I also show that modifications at other sites in various bacteria also increase the mutation rate, in some cases by a factor of forty or more."

https://www.cell-stress.com/researcharticles/epigenetic-mechanisms-behind-cellular-sensitivity-to-dna-damage/
"The architecture of the chromatin itself and its level of condensation can greatly impact the expression of genes as well as the sensitivity of the DNA to damage."

"For example, DNA is more highly methylated, and therefore compacted, in areas that contain repetitive sequences to prevent the expression of non-coding DNA, induction of double-stranded breaks (DSBs), transposable elements and inappropriate recombination events likely to occur at repetitive DNA sequences. These events can lead to mutations, genome instability and cancer development."


https://www.labroots.com/trending/cell-and-molecular-biology/13307/warning-using-epigenetic-modifiers-therapeutic-targets
"When chromatin is more 'open,' major genetic disruption is more likely. And when the researchers inhibited an epigenetic modifier called G9a, they found that chromatin accessibility, or openness, increased substantially."

1Äänestä

Ensimmäinen ei auennut, ja toinen puhui spontaanisti kehittyvästä syövästä. Luin jutun lähes puoliväliin, eikä siinä vaiheessa ollut sanaakaan genimin rappeutumisesta. Voitko laittaa lainauksen kohdasta, jossa rappeutuminen on mainittu. Juttu on melkoisen pitkä ja Gish Gallop tyyliin linkitit pitkän listan linkkejä.
Oletatko, että joku viitsii käydä ne kaikki läpi ja pyyhkiä taas kerran pöytää väitteilläsi?

1Äänestä

Tarjoat syöpää esimerkiksi genomin rappeutumisesta. Farao Hatšepsut sairasti syöpää ja eli vajaa tuhat vuotta Nooan jälkeen. Miten hänen genominsa oli ehtinyt rappeutua? Hänenhän olisi pitänyt omata lähes rappeutumaton genomi, jos sinun väitteesi ihmisten nopeasta geneettisestä rappeutumisesta olisi totta.

2Äänestä

ROT lainaa tekstejä genettisistä sairauksista, joita on ollut varmasti yhtä kauan kuin ihmisiäkin ja väittää, että genomi rappeutuu. Yhdessäkään lukuisista läpi käymistäni lainauksista ei viiata siihen, että genenomin virheet olisivat oleellisesti lisääntyneet. Genomin rappeutumisesta en löytänyt sanaakaan.

Eli taas kerran ROT:n ihan ikiomaa tulkitaa. Noloa RPT noloa.

1Äänestä

Mietitkö usein kysymystä, oliko Amerikkaa olemassa ennenkuin Kolumbus "löysi" sen ?

2Äänestä
  • Heh
    (Oliko maa 6 000v vanha ennenkuin kreationistit oivalsivat sen...)

    Äänestä

  • Oliko kuolemaa ennen kuin ROT havaitsi rappeutumisen ;)

    Äänestä

Eli käytät nyt keppihevosena tutkimuksia sairauksista?
Vähän sama kuin menisi poliisiasemalle tutkimaan rikoksia ja toteaisi kaikkien olevan rikollisia.

Jos kysyisit noilta tutkijoilta onko evoluutio totta niin saisit ihan varmasti myönteisen vastauksen. En meinaan löytänyt viitteitä rappeutumiseen vaan ihan normaalia muutosta joka voi olla haitallista, neutraalia tai hyödyllistä. En löytänyt oikean tarkennusta onko kyseessä edes pelkästään haitallisia, vai voiko kyseessä olla jotenkin myös hyödyllinen piirre. Jos väität näiden olevan jotenkin vasta ilmaantunut ihmiselle, niin olet pihalla asiasta. Aikaisemmin olen havainnut sinulta sellaisiakin väitteitä.
Mikä estää hyödyllisen mutaatioiden syntymisen? Missä noissa artikkeleissa väitetään informaatiota hävinneeksi. (Tämähän oli aikoinaan sinulla se pointti).

1Äänestä

Ainakin tuo biochemist.org jonka luin (kiinnostavaa, kiitos!) valotti koko artikkelin pituudella sitä asiaa, että epigenetiikan yksi tärkein tehtävä on suojata genomia ("Decades of research have revealed that these epigenetic mechanisms play important roles in helping to maintain genome integrity"), minkä se tekee kolmella eri tavalla. Eli se nimenomaan suojaa häiriötekijöiltä.
Vasta ikääntyessä suoja alkaa pettää, eikä tähän mennessä ole selvää, aiheuttaako vanhenemisen prosessi heikentynyttä epigeneettistä suojaa vai päinvastoin. Eli lainaamasi heikentävä tekijä - sitaatti oli aivan artikkelin jossain lopulla ja koski vanhenemista.

Äänestä
  • biochemist.org sivuilta
    "Origins of replication
    are the sites along the chromosome where DNA
    replication is initiated. While the sites are determined
    by DNA sequence, which of the potential binding
    sites are selected is determined epigenetically, most
    likely by differences in the chromatin structure that
    makes certain sites accessible while keeping others
    inaccessible. By carrying out essential functions
    in centromere and telomere maintenance and by
    regulating access to potential origins of regulation,
    epigenetic mechanisms contribute to the maintenance
    of genome stability throughout an organism’s life. "

    Äänestä

Ketjusta on poistettu 3 sääntöjenvastaista viestiä.

Kommentoi aloitusta


RaamattuOnTotuus kirjoitti:

Nykytiede, erityisesti vakavasti otettava tiede, tuntee useita geneettistä rappeutumista aiheuttavia mekanismeja. DNA:han kohdistuu paljon vaurioita aiheuttavaa kuormaa solun ulkopuolelta, mutta kuten olen usein kirjoittanut, ovat epigeneettiset tekijät ja mekanismit erittäin tärkeässä roolissa DNA:n vaurioissa ja geneettisissä virheissä.

Metylaatioprofiilit stabiloivat eli vakauttavat genomin. Useat tutkimukset ovat havainneet, että vääristyneet, heikentyneet tai vaihtuneet metylaatioprofiilit johtavat geneettisiin virheisiin ja näin genomin rappeutumiseen. Suurin yksittäinen pistemutaatioita aiheuttava epigeneettisiin mekanismeihin liittyvä ilmiö on metyloituneen sytosiinin vaihtuminen tymiiniksi deaminaatiossa, jota aiheuttaa mm. oksidatiivinen stressi. Solun replikoituessa tämä virhe johtaa CG>TA -vaihdoksiin. Näitä tiedemiehet yrittävät korjata mm. ihmisen genomista. Kiikarissa on n. 32000 ko. mekanismilla syntynyttä geneettistä virhettä.

Rappeutumiselle löytyy siis valtava määrä mekanismeja, mutta yksikään tiedemies ei kykene kertomaan, todisteisiin tukeutuen, millä mekanismilla evoluutiota voisi tapahtua. Satuja kyllä saamme kuulla ja kaikenlaista pseudotieteilyä mutaatioista ja valinnasta, mutta vakavasti otettavan tieteen kanssa näillä ei ole mitään tekemistä.

Lista geneettisen rappeutumisen mekanismeista on ketjussa.

Anonyymi
5000

Ilmoita asiaton sisältö

  • Sisältää materiaalia, joka on loukkaavaa, herjaavaa, rasistista, uhkailevaa tai ahdistelevaa.

  • Materiaali sisältää nimiä, yhteystietoja tai muita henkilökohtaisia tietoja. Julkisuuden henkilöistä, julkisissa viroissa toimivista ihmisistä sekä yritysten vastuuhenkilöistä saa keskustella työhön liittyen. Myös yksityiselämään liittyvistä asioista voi keskustella siltä osin, kuin niistä on julkisesti kerrottu.

  • Sisältää lapsille haitallista tai heiltä kiellettyä materiaalia. Seksuaalinen sisältö on sallittua aiheeseen tarkoitetuilla palstoilla, joiden ikäraja on 18 vuotta.

  • Lainvastaista sisältöä voi olla mm. yksityiselämää loukkaavan tiedon levitys, kiihottaminen kansanryhmää vastaan, laiton uhkaaminen, alaikäisiin liittyvä seksuaalinen sisältö/grooming, petokset, identiteettivarkaudet, kunnianloukkaukset ja tekijänoikeusrikkomukset.

  • Sisältö ei liity palstan tai keskusteluketjun aiheeseen.

  • Viesti ei ole suomea tai ruotsia (pl. International Forums), se sisältää mainontaa, se sisältää tekijänoikeuksin suojattua materiaalia, se on massapostitus tai jokin muu syy.

Jaa keskustelu